XLOC_023918 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_023918
Unique NameXLOC_023918
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000539_pilon:2868..14283-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_023918 ID=XLOC_023918|Name=XLOC_023918|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11416bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000539_pilon:2868..14283- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TTTGACTGCAATCACAGCGTACGCAAGTGGAGCCCGGGCCTTAACTAGGA TTGGTCTATTTCAGATGGCGCAGAACTTTTTGATAAATTTTATCATCTTA TCATCTTACTATTGTAAGTAGCAAAGTAGCAAAGAGAATCGTTGAAATAT ATAGCAGCCAATGAAAAATAAACAAGCTATTTCTGATTGGTTACCTTGTT GATTTATTCACCGCTATTTATTTTGCCTACAATCTAAGATGTCTGCAGCA TTATCGGAAAAGGTCTATATAGTGAATGATCATGAGATATATTGTTGTAA GAAAAAACAAACAAACAAGGAGATGTGAAAGTCAGTAAGATAATGACACC ATGATTTTCGAAATATGTTTTTGAGAAGCTTTTCCAGATTTTCCTTGAAT TTTATTAAATTGACTAAATTGTCAAGCTGTATGAATTCTTCAAGTATTTT GTTAATGGAATATGATTTTTCAACCAATCAATAAATAATTAAATCAATCA ATTATTCCTGATTATTTTTTATGCTTTAATTTTTTTTAAAGCATTAACCC TATTTTTATCAGGGGGGGGGGGGTGTTTTCCACCAGGCTGGCACTATTTT GCTAATAGCTCACTGAATTTTTTTTTTTAACACTCTGAAACTTTTTGACT TTTAATATAATCCTATTAGCAGCATGTATACCAAATTTTACAATTATACA CCGACCACATCAGGTTTTATGACTTTTTTGTGCAGGCATATCATAAAATC CAGCTAAAACCCTGTAAAATCCCAAAATCTTAAATTTAGCATAACTTTTG ATCTAGGCATCCAACTGACTTCAAATTTTGACAGGTTTTAGGTATCAATA ATAAATTCTAAAAAATATTAAGAAAATTTTCAAAAACTGCTGACGTCATC AAAAATGACGTCATTGTATTTTGAAAAAATTTACTCATTTTCTGCATGGA 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TTTTTCATTGCACCCAAATACAACAAAGGATTAGCAACCGAATTCAAAGT TGCCAACAACTGGAAAATCATAATCAATTTAATATGTTCCATATTAATGT AATTGTATCTTGCTAAAATATATAACCCTGCCAAAGGTAACCAGCATATT GCAAAAGTTACAATTATTAACGTTGAAATCTTCGTTAGCTTCTTTTCTCT AAGGGTTAAAGCAGTCTGCCGTTCTCTTTTCAAGGTTTCTGCAATTTCAT TTGTATCTTGGTTATTGCCACTTTCGAGTGTATGTCTATTCTTTATCAAC CGTTGCCATATCAACAAATAGCAACAACAAAGCAAAGCACAAGTACTGAA AATCAAACATGGCATTATAATCACATATACTGAAAGGCTAATATAAAATC CTCTAATGGCATATAAATGTACTACTACAGAAATGATCAATAAAGCTAAA ACCCATAAAGATACACATATGCACACAGCATATTTTCGGCTTGAGTTTCG GTACTGTATTGGTTTCATAACACACCACAGTCTATCTACTGTGATTCCTA CAAGATTCAGTATGGATATGATGGAAGATCCCTCAAGGAATAAGAATATC AAATCTATTGAAGTTGATTTATGACGTTCCGGTAGTAAAAATATTACAAC GATCAAAATCACCATTACAAAACCAACTAAACCGTCAGACATACAAAGGC TCGTTAAAAAAATTACTGAATTCCCAACTCGTGTGTTTCTTTGATTCAAA CTCTTCTTGACGATAAATATAATTTGTAAAATATTCAATACAAACGCTGT TAATCCAACTATAACCCATATTGCTATATACGCTTGGTAAAATAAGGTGA TCTCGTCAGGATTGTACTGTTTAACGGTGGTTGTATTATTTGAAACCATT CTTACTTTGCTCAAATTACTGAGATTTTTCTCTCCTCTTTAAAGCTGAAA AAAAAACTAAGAAAACGTTTTAATGCATATATTGTGGGTTAAGAAGTAGC TAAAAATTCGGTGAAAGTTTTAATCAAAAATATTTTTAAAGTTAAAATAT ATTTTTTAACATATCTAAAGTTATTAAACGAAGCGCGATATATTAAGGAC ACTCAATATTTTTACAATAGAATCTGTCGTTTTATTGATCAACAAGCAGT GTGAAGACCATTTCAAACTGATTTTGCATTTTGTTCTTCTGAAACATTCA AAAATAAGGGTTAATTTATAAAGCAGATGTCTTGAAACATCCCAGGCGGC AACGTTGTGGTTTTTCAAGTTTCTTTTGCAGTTAGTTTTCAAAGACAACT CATTAGACTGTTCAAAATCAATCACTATTTAGAAGTATAACGGTGCTTTG ACATTTTTCTTTTCATATCTACGCGGCTCGGGATTTATTAGAAAATTTAA TTCCAATCATTATCCATAAAATACAGTGTCGTAGAACAGACCAGATTGAT TGCCTAATCATTGATAGTCTAGCAAGCTAGACGACTAATTCAGACATTAG TAGAAATAAAGCGAAAAGTAATGGAGGGAAAGTATATACAAACTAAATCC CGTAACAATAATCGTACCATCATTCATATAACGCCTATACTACTGTATTA CACGCATTATAAACGACTCCAGTCTAAGAAATATGAACGAAATAATCTTC ATTGACTTTTTAATGTTCAGTAGCCTGTATCAGATGACCACAGATTTACC CGCTCCTGGTTTTTCAATCTCGAACTTGGCGTGCTCGAAGCTTCATATCC CTAAAACAAAGACTTTATTCACAATAAAATTTTCACCGTAGAACGCTGAA TAAACGTGCCTTCAGCTAATTTAGAATTTAGTTGGTTAAGCCTAAGGTTT TTTCATGATTTGATTTTACCTTCTGAGTACTCTGCAGAACACACTGCAGA ACATAAGTACCGCTTGACATTCAAGAATAAAAAAGATCATGGATCAAAAG TTGAGGTGAAAAGTCTAATATCCTAACACCTTTTTTGGAATTTTTTCGCT TTTTAAACATTTTTGCGACCCGTAGAGGGATTTCTTAGGTCAGAAAAAGA ACCATCCATTTTTCTACGTAGACCCATGGTTTTTCAAAATGAAAAATAAG TACCCTCTTCCCAAATATGGTTTTTAGCTCCCTCCTCCCGCCCCCCAAAG AAAAAAAACACACATCAAAAATCTTCTCTTGGCACAAAGTGTAGGACTCT TGGTCTTTAAGAAGAGGATGCATTCAGCCTGAATTTTCTCAGTCAAAATC TACTCTTTGGCGACAAGAATTTCACGCCGTCATATCATCATGTCAATTTT CTTCAGATTCCACGCTCAATTTAATCCCCTGGGGGGTCAAAGAGTCATGA ATTCTCGAAATTTGGTATAGAATTTATAGAATTTTGAGGAAATAGTCTCT CTAAGGGTGACAAAACATAAAAAATGGACAAAATTTTCGAAGATCAGTCG ATTCTCGATGACCTAGTACCTCCACCCCCCTGGTAGATTAATTTACGCGG AAGAAAATGAGAAAGAAAGACTTCTTTGTGCCTTGTTCTCCTTCTTCTTT TACTCAAACGTCATTTTTGACATTGAAACTGTAAGTTTAATTTTTTGGCA ATGATTTTTTGTATCCTAATTAAGTTTTAATAAGGTGAACAAAAGTGATT TTGACAAAAATGACCAAAATAACAACTTTCTGATCAAAAACTATTACTAT TCCAAGGCGCAACGTTTTTTGAAAAATGTCCAAACTTATTTTTTTGAAAT CCAAATTTTTCAAACTAACATTAAAACTTGTAACTTGAGTTTGACAATGA TTTTGGTATCAGTTTATGCCCTTTTAAATCAAGTGGTCAGGGGTTATAGC ATTCAAGTCTTGGACTTGGTATATTAGCAAATTTAGAACGTGTATACACG TCTCCCAGGTTTGAGGGGGATAATAGGACTCCCAAAATCGATAAACAGCA CAAAAATTTGCCCTTTCACCGATAAACTGAAAAATCTAATCCTTTTATCT GACAAGCTATTTTTCCTTCTTGCTCAAGAAGCCTATAGTTATCGTTGCAG TGTTCCAGTCCAAAATTGATTAATTTATTTTAGGGATCAAAAACCAACCG TAAATCCATATTCATGGAGCTCACCGTTTAGGTTCGTTTTAAATAATTGT TTCTTAGACTTAAGGCTTGGGTACACGAGAAAAAATTTGCGTGTTTCATG GTTTATTACAAAAAGTGAGGGAAATACCCAAAAGACACGGTGATTTTGTC CGTAGGACGAATGTGAGAAAAGCAAAAAAGTGATTAAAACAAAAATAGGG TGGAGACACGAGAGAGTGTTTCAGGTTGGTGAGATGGAGCATGTTGCATT GCACCAACGCGAAAAAAATTGTTTGTGTCACCAAGCCTTTAAACTTCATT GCCATTTATGCTGTAGTTATTTGCTGAAATAGTTCTAATGAGTTGTATCC TGTTGGCTTATAATATACCAAGACTAAAGACTGTAACGTTAGTTAGTCTA GTTAGTGCTGTCAGGGGGATTTCACTGGTGACTTCCTTTTATTCCCTATA ATGGCCCTTATAATGGCCCTTAAATTTCCCAGGAAAAATTAAGGTAAAAC AACAAGGGGGCATTTAAAGTTCGAAACCGGCTGAACCAACAATTTGATTT ACCCAACGATGTAAAAATAATAGATAACCAACTTGCCTTGATTCTCAAAA AACATCCGTGTTACGGTTGTAAAAATATTAATGACATTTTGCATCGTAAA AAGTGCAATTAAATAAAAACTTGCTTCATTTGCAACCTTCTATTGGACAG AATCGATCACGTGATGTATATTTTTCCAAAATTTGGGTTAAAAAAAGGGT ATTTTCCTATAGGCAGCCTCACAGAAGGAATTTTTTAATTAGATATTATT GTTCTATAAACATTCATCTGTTTATTTTGTATCAGGCAACCTTCATGCAC TTTTCATTCGTGAGATATCGCACTTCAAATCACACATATATTTTTCAGAT AACAGTATTTTATGAGCGTTTATTTATCCAGATGAAGATTAAGTGGTATC AGGCCGATCCGTAGTCAATTTGTCTAAAAATTGGTACCTTTATCTTTTGA AAAAAATTCCAAAATTTGCAGTAAATAACAATTCAAATTTTCTATCAATT CAGTGGATGTCAAAAAGTGGGTCAAAATCTAGCTAAAAGCATAACACGCA CTGCACACAGAGCTTTTTAAAGGAGTGCTCATTTCAATAGGAAAACAATG GTTGCTCTCTTGGGAGAAGTGCCCTCTAGAGGTAGTTGGTTATCTATTAT TTTTACATCGTTGATTTACCGTACACCCACAAGAAATACCTTACAAGAGA GTTTCTACTTTAGAACGAAGTAGAAGTCAAGGCATTCTTTGATAGTATCC AAATTGGTCGTTAGATTAAAAATAAATGCACTTAACAATTATCAACAGAA ATTAATTTGATATAATGATGTGATGTGAGGGATCCTTTGTTAATATAGAA ACTATTTAGGGAAAACCACAACAGCGAGAGTCATTTTTGGAAAAAAAGAT TCAAGAAACTTTTTGACGGCAAGTACAATGTATTTCTTTCATTCCATCCC CTTACAAAAGTTTCGAATGCTTGAGTTGAGTTGGAGGGCATGGCTATAAA AAGAGGAGAAAGGCTTTTAAGAATCATTCAATTCTGAAGATCAACAAAAG AGAGATATAAAAAAGAAGATTTATTACTGCGTAAATCAAGACAGTAAAAG ATGAAAGTTCTTTGCTTGGCATTACTTTGCTTTTTCATATCAACTGCAAA AGGTATTCCTTACTTCAATTTTTCTCTCCTAATCAATAATAAACTGGTAA TGGCCATTTGAACTATTCATTTACGTTGCCTTCCAGAAAAGTTACAATTA TTCGGGAGGTTAAATTGCGGACTGCTCTCATCTAGATTTTATTTTGAAGG AATTAATTTTCAAAGTCATGATTTGTTTTACTTAGCTAACCAAAATGAAA ATGAAAAATGGCATGACGGCAAACTTGAGTCAAGATTGAGATTTGAAAAT GTTGAAGATCCCATCACAAACGTGGACAAAGAAGATCAAGAAGAAGATTT GAAAAATGATGATAAAGAAAATGAAGATGAAGAAAATAATGATGATAATG ATAATAGTGATGAGAATGAAGAAGAAAATGAAGACGACGCAGATAAAAAT GACGATGACGATAACGATGACAAAATAAATGATCGCGAGGTTCAAATTAC CGACACAGATAATTCCATTAAAGGTAATGAATACATTGAAAGCTTTCGAA GGTCAAATAGGAAAATATCATCTAGTAGAAGAAGGGGCTCAGATCCTTTC GAATATTTCGAACACAATCTACATAAGCTTATTTCCACCTTCTTAGAAAA AGACAAAACAAAAGAATATTTTTCTCACAATAAATAAATTTTGTAAAGCC AGAAAGTAAATGATTTGATAATAAAGCCAATCCGAGGAAAATTGCTAAAT TCATTGTAATAAGAGACACATTTTCAAAAACCAAATATTGTCTGTTTCAT TAAAAGACGCTGTTCTTAAAATAAAAAGTTTTTTTCTTTTATAAATAGTG CAAAAGGATCCCATAGTCGGTGGATTGCTTGCTGGGGCGAGCACTGCCTT GAAATTTCGCCGTGCTACTGGTTTCCGAGTACGTCGAACCTTCCGTCATG TTCGACGTGCGTTTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000539_pilon:2868..14283-

>XLOC_023918 ID=XLOC_023918|Name=XLOC_023918|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=888bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000539_pilon:2868..14283- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAACTTCTTTGTTTGGCAATACTTTGTATTTTCATATCAACTGCAAA
AGATGAAACTTCTTTGTTTGGCAATACTTTGTATTTTCATATCAACTGCA
AAAGCTAACCAAAACGCAAATGAAATATCACATGACGGTGAAATTGAGTC
AAGATTGAAATTTGAAAATGTTGAAGATGCCACCATAAACGATGATAAAG
AAGATCAAAAAGAAGATTTGGAAAATGACGATAATGATAATAATGATAAC
GATAATGACGATGAGAATGAAGAAGAAAATGAAGACGAAGACGACACAGA
TAACGATGATGATGACGATGACGAAATAAAAGATCGCCAGCTTCAAAAAG
CCGACCCAGATCATCCCCTTAAAGCTAACCAAAACGCAAATGAAATATCA
CATGACGGTGAAATTGAGTCAAGATTGAAATTTGAAAATGTTGAAGATGC
CACCATAAACGATGATAAAGAAGATCAAAAAGAAGATTTGGAAAATGACG
ATAATGATAATAATGATAACGATAATGACGATGAGAATGAAGAAGAAAAT
GAAGACGAAGACGACACAGATAACGATGATGATGACGATGACGAAATAAA
AGATCGCCAGCTTCAAAAAGCCGACCCAGATCATCCCCTTAAAGTGCAAA
AGGATCCCAGAGTCGGAAGATTGCTTGTACGTGGGTGCAAAAGGATCCCA
GAGTCGGAAGATTGCTTGTACGTGGGGGCGAGCACTGCCTTGAAATTTCG
CCGTGCTACTGGTTTCCGAGTACGTCGAACCTTCCGTCATGTTCGACGTG
CGTTTAGGGCGAGCACTGCCTTGAAATTTCGCCGTGCTACTGGTTTCCGA
GTACGTCGAACCTTCCGTCATGTTCGACGTGCGTTTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_023918XLOC_023918-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000539_pilongenomesc0000539_pilon:2868..14283 -
Properties
Property NameValue
Aaloc361-441:82
Aaloc322-360:10568
Aaloc253-318:10977
Aaloc55-252:11178
Aaloc1-51:11417