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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000327_pilon:177009..182520+ Legend: CDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_020683 ID=XLOC_020683|Name=XLOC_020683|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5512bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000327_pilon:177009..182520+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTTAGACAAATAATAAAGTCACAAAATGAAATTATATGTTTGATTGAAAT
AATGAATCTTGAAGGATTGCGTTCTACGTTTATCAACGTTTTCGACACAC
AAGAACTGGTAGAAACTCTGATGGACAAGTTACCATTTGGCAAGGATGAA
TTCAAAATCATATCAGTTAATGGCTCAGTCAAGAGGTTAAAGGCAAATAT
AGATTGTAAATTGATAAATCTGGAcagttttattcaaaattataaTGAGA
AAACAGATGAAACATTACGAGTATCTTCAACCAGGAAGCAATCTGATAAA
AGTTTATATGAAAAGTATATTTATTTGAGATGTCACCACAAAACTCGGTA
CACCAAAACAAATCCTGAACTCATAAGGAAACAAAAACCGTCTAAGAGAT
TTAAAAACACAGACTGTCCGTTTTCATTgtgcttgaaattcaaaaaacac
AATGATACCACCTCCCATGACTTCAACTGTAACATTAACCTTGAATGGAA
TCACAACCATCCAACTCGCTCTTTACAAGCACTCTCATTCAAGGACATTC
AAAAGTCAACTCAGGCAGATATTGCTAAGCTGTTCGATCAAGGCTTCACT
CCGGGTCCAGCTTATCGCGAATTTTGGAGACTGATCAAAGAGGTTTGCTC
TAATGAGCTTGAGTTACACAAATTGACATCAGATCGCTCACGATTCCCGA
GACGAACAGATTTTAACAAATTATTCACTGATTACCACAGACAAAAGTTT
GGAAGCAAAGATTTAGAGTCCATGTTTCGAGTTTTGGGCTGTAAGTATAA
TATTTGTGTAAGATTGAaccttttttatgtttttaaaaaggcAAAACCAT
ATTAATAGCCTTTGTAAACTAATGAAAGCTCTCCttctatttatattttt
ttaggtAAAGAAATTAACTAGTAGGGGGATATCTTTACTCCTAACTTGAA
AATCTGTATTATCATGTATTACAATGAATTACAACAATCTATTTATAGCT
TTGgttgagaaattgaaaaacgaagaGCCAGAATCCATCATAAATTTTCA
GAAGTTCGATGCTGCGGAGGATGATCCTTTCATATTAGTTATTGTCACTG
GGTTGATGCTAAGGGTTCATAAAACGGTAACTATTAATCTCACATTTGAA
TAATATAGAGTAAAACCTGATTTATATTAGTCTAATAATTAAAAAGCAGG
CATTTTATTAGGTCCTTAGAATTAATAATGCAACCTTTTTGTCATATACT
AAATCGGATCGATCGATTGGATAAAAAACCTAAAGTTTAGAGAGTACAAA
CTTGTAGCTTGTTTACTGtatatatcaaaataatataaacaaagatatat
atatatatataagtataaaaaCGTTTTCCTTGGGAttcttattttgaata
ataaaagaaaaaaagaatgacattgttctttttttttagcttaaaaCCTC
ATCAGAAATGATTTTTGTTGATTCAAGTGGTGGGATGGAGGAGTATAATC
TTCGAGTTTTCTTGGTTGTGACACATTCATTCAGTGGTGCCTTACCTCTT
GGGGTAATAGTAACTAGTGATGAAACGACAGAGACACTAACAAGggcatt
tgaaatgttttcttcACTTCTACCAGGTAGTTTTTAGTGTAAATTTTGTC
CATGAAGCAACAGTACttgcaaatattttcatttccaCACTTTTCTGTAA
GCCAAAGAAACAGCTCTGgtacaaaatcatcaaaatgattttaaagagTT
TCGAGTCAATAactaaaacaattttatttaaattgttTAGATTATGCGTT
CTACAGCAGCCGTTCTGGACCTGGCATTGTCATGACTGATAATTGTGGCG
AGTTGCATGATGCTTTGCATGCTATCTGGCCTATGGCACGTTTACTGTTG
TGTTTTTTCCACATCATGCAGCAAGTGTGGCGCTGgctttttgacaaaaa
caacaaaatttcacaAGTAGATAGACCAGGTAAATAATGTAATTGCTCTC
ACTTTTAAGTTAAAGTTTGTGTAAGTAGGTAAGAATTGATTTTCAGGTGA
CAACatgatatgaaaaaagtttaacttatttaaattgaaattcaaaatta
caaaatttatatttcataTCGCAAACTGAATAAGGAACACTCTACTATTG
CTTGTACACCAGCAGTGATCCCCACCCCTTGAATGTACTGTACTAAATTT
ATTGTCTACataattactcaattttttacaGAAATCATACAGATGTttcg
aaatattgtttattgttctaatgaagATATGGTGGATACTTCAGTCACCG
AAATCAATGAAGCATATGGACAGAAATATAAGAATCTTCAGGCCTACATG
AACACGCTGTTTGAGTACAAAGAACGTTGGTGTTTGGCCTACCGTCAGAA
TTTATTAACAAGGGGCAACAACACCAACAACTTTGTCGAGGCCCAGTTTC
TTGTCCTTAAGGATAATGTCCTTAATAGAACCAAAGAGGTAATAATACTT
AATACAAGCAATAAATCCTGTACCCTTTTTGAGCACTAAAAACAGTTACT
CTACAGCTATTTAAATTTCGGTTTAAGTTACGTTATTTCTGGTGAATTTA
ATCAGCCATTTACAATAGAACGTATCTTCTATCCCTTTTTAGATCAACAT
CAATGGGCTTATCCAAAAGTTGGTggaagatttcaacgaccatttcaAGG
TCAAACTTATTAGCATTGCTAATGGTCGCTACGATGGAGTATACAGTAAA
AGATTTAAAGGTGGGATATCATTCATTCCGGCTTCattcatttctttcat
ttattcTCATTTAACGATTGAAACGCTACTAAGTTAGTGATCAGTATGGT
GCAACCAGGTACGAACCcgtaattttctaatttttacagGTTTATCGAAG
GATAAAAAATCGTCCATTGGATTCAGATTACCGTCTCAAGCCGAGCTCGA
TTTATTGGTACAAAAGATTGTTGATCGTGGAGCAGGTTCCTATCTAGTTC
CCAGTTTTAAAAATCAAGAGTCGTTTTACTTCGTTGACACTGACCTTGGC
GTATGTGAATGTGAAGTTGGCAGATATGGAACTCCTTGCAAACACCAATA
TCTTATATGGACGCATGGTCTGAAGAGTAACAATTTTCTACCATATTTGA
GTTGTGAGGAGAGAAAGAAATGTTCGTATATAGCTATCGGGAAAGTGTTG
GAAGATGAATTGTACGAAAGCATTCACGACCATTTAGACCAAGATCCACA
AGGAAACAATCTAGAGAGGTTATTTAAATtacattttataatttcaaact
ttttggacGGTactttaaagccttaaaatattattaataataaactaaat
agcataatataatattaattTCTACCAGGATCGCTGTGTATCAACTATAC
TCAAGCTTTGCGAAtttttttATGCGCTACGCCTAAAATACCGTTTGTGC
AACAGCAACATTCTCTACTTTTTAGAGTTGATCAAGTCACCTGTCCTTCT
GATAGTTCGACTGTTGACACCGCACATGTTGGTTCAATAGAAGTCACAAA
TGAAAGTCATTGTAAGTTTGGTTGGATTATTGACCTTAGCCATAGTGTGA
ACCCCCTTTCTAAAGGGTGGGGTGGAGCCTTCCAAAAATCACCAAAGGGG
AGGGGTAGATTTTCAAAGGGAAgggtaaaaaaattttatacGGAAATTCA
CGAAAAGATGATTgtaattctttcaaaaatctttaatcTTTTACCATTCt
cctaaaaacatatttttaactTAATAAACTGATGAAATTATTAGAATTAG
GGGGGcccccccTAATTATGACCAGGTTCTTTATCAAATTGACAATGACA
CTCTAATTAGCgggaatttttcttcttctcttctAAGTACTGTACAGtat
ttttttaaccctttgagcgcgcagtagttttgaaaaagttgaaaaatttc
aatgattttcttttttaaacttgaaaattcaaaatggcgtaaaagcttgt
agcttttgatttagacactcgttttggtaccattggaatggtaattttgt
actctttcaaaaagcattcggtttatgcccctttaaatcaagtcctaggg
ACCTGGGACCCAACCtttgggacttggtattttggctgtttcaggacgcg
aaaacgcgtctcatggagtctaagggttaatgagacccctgataaaaatt
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tttttttaaacttgaaaattcaaaatggcgtaaaagcttgtacaatcagg
gacaaaatatttggcacaaaaaggaaattcaccggggtgttttgaaacca
caatcgatttgtaagtgctctaaagtaggttcgaagggtagagttttaac
tctgagttttaacgctagacttaagacttaggaccttaggatctgaggat
ccaaaagttcaaaaatggtctagtagggcttgaaatatagcctagaaacc
cataaatccctcccagatcgaaatacttgatgaaatcaagttgaaggcct
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gccaaaagtgccaatatattatgaccctgattgtagcttttgatttagac
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ttcggtttatgcccctttaaatcaagtcctagggACCTGGGACCCAACCt
ttgggacttggtattttggctgtttcaggacgcgaaaacgcgtctcatgg
agtctaagggttaatgagacccctgataaaaattttttatggtcaaaaca
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GTATTTGTAGATGATTCCAGACGAACTATCGAAACAACATCGTTCGATGA
TGCTCAAGAAGCCGTTTCAGATATCCATCAAGCACTGTCAAGAATTATTG
AGAGTCATAAGAATAACCGACAGCTCCTTCAAGGagtactaaaatttcag
aatcgtttgaaaaaatactctCAACAGCCATCAAAATTGACATCTGCATT
CCACACGTTTGGTAGTGTATCTCATTACCGCAGTCGCAAACAAACTGGTA
CCTCAATGGTCAAGAAACAGCAGGGGAAAATCCGAGTTCAACCTGCTGCG
GTTACAAGACGCGTAACTAAAAATGGAAGTAAAACTGCAATTGTGAAGGG
AATGAACAAAAGGAATCCATTTGAGAATAAAACTGTCGCTaaaaaaaGGC
CTCACAATCTTGCTCAGAATATTGAGAGACTAGAGCCAGTTCCaaaaaaa
GCggaaaaataa Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000327_pilon:177009..182520+ >XLOC_020683 ID=XLOC_020683|Name=XLOC_020683|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5172bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000327_pilon:177009..182520+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTTAGACAAATAATAAAGTCACAAAATGAAATTATATGTTTGATTGAAAT
AATGAATCTTGAAGGATTGCGTTCTACGTTTATCAACGTTTTCGACACAC
AAGAACTGGTAGAAACTCTGATGGACAAGTTACCATTTGGCAAGGATGAA
TTCAAAATCATATCAGTTAATGGCTCAGTCAAGAGGTTAAAGGCAAATAT
AGATTGTAAATTGATAAATCTGGAcagttttattcaaaattataaTGAGA
AAACAGATGAAACATTACGAGTATCTTCAACCAGGAAGCAATCTGATAAA
AGTTTATATGAAAAGTATATTTATTTGAGATGTCACCACAAAACTCGGTA
CACCAAAACAAATCCTGAACTCATAAGGAAACAAAAACCGTCTAAGAGAT
TTAAAAACACAGACTGTCCGTTTTCATTgtgcttgaaattcaaaaaacac
AATGATACCACCTCCCATGACTTCAACTGTAACATTAACCTTGAATGGAA
TCACAACCATCCAACTCGCTCTTTACAAGCACTCTCATTCAAGGACATTC
AAAAGTCAACTCAGGCAGATATTGCTAAGCTGTTCGATCAAGGCTTCACT
CCGGGTCCAGCTTATCGCGAATTTTGGAGACTGATCAAAGAGGTTTGCTC
TAATGAGCTTGAGTTACACAAATTGACATCAGATCGCTCACGATTCCCGA
GACGAACAGATTTTAACAAATTATTCACTGATTACCACAGACAAAAGTTT
GGAAGCAAAGATTTAGAGTCCATGTTTCGAGTTTTGGGCTTTTAGACAAA
TAATAAAGTCACAAAATGAAATTATATGTTTGATTGAAATAATGAATCTT
GAAGGATTGCGTTCTACGTTTATCAACGTTTTCGACACACAAGAACTGGT
AGAAACTCTGATGGACAAGTTACCATTTGGCAAGGATGAATTCAAAATCA
TATCAGTTAATGGCTCAGTCAAGAGGTTAAAGGCAAATATAGATTGTAAA
TTGATAAATCTGGAcagttttattcaaaattataaTGAGAAAACAGATGA
AACATTACGAGTATCTTCAACCAGGAAGCAATCTGATAAAAGTTTATATG
AAAAGTATATTTATTTGAGATGTCACCACAAAACTCGGTACACCAAAACA
AATCCTGAACTCATAAGGAAACAAAAACCGTCTAAGAGATTTAAAAACAC
AGACTGTCCGTTTTCATTgtgcttgaaattcaaaaaacacAATGATACCA
CCTCCCATGACTTCAACTGTAACATTAACCTTGAATGGAATCACAACCAT
CCAACTCGCTCTTTACAAGCACTCTCATTCAAGGACATTCAAAAGTCAAC
TCAGGCAGATATTGCTAAGCTGTTCGATCAAGGCTTCACTCCGGGTCCAG
CTTATCGCGAATTTTGGAGACTGATCAAAGAGGTTTGCTCTAATGAGCTT
GAGTTACACAAATTGACATCAGATCGCTCACGATTCCCGAGACGAACAGA
TTTTAACAAATTATTCACTGATTACCACAGACAAAAGTTTGGAAGCAAAG
ATTTAGAGTCCATGTTTCGAGTTTTGGGCTCTTTGgttgagaaattgaaa
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GGATGATCCTTTCATATTAGTTATTGTCACTGGGTTGATGCTAAGGGTTC
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GAGTTTTCTTGGTTGTGACACATTCATTCAGTGGTGCCTTACCTCTTGGG
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GTGATGAAACGACAGAGACACTAACAAGggcatttgaaatgttttcttcA
CTTCTACCAGATTATGCGTTCTACAGCAGCCGTTCTGGACCTGGCATTGT
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CTATGGCACGTTTACTGTTGTGTTTTTTCCACATCATGCAGCAAGTGTGG
CGCTGgctttttgacaaaaacaacaaaatttcacaAGTAGATAGACCAGA
TTATGCGTTCTACAGCAGCCGTTCTGGACCTGGCATTGTCATGACTGATA
ATTGTGGCGAGTTGCATGATGCTTTGCATGCTATCTGGCCTATGGCACGT
TTACTGTTGTGTTTTTTCCACATCATGCAGCAAGTGTGGCGCTGgctttt
tgacaaaaacaacaaaatttcacaAGTAGATAGACCAGAAATCATACAGA
TGTttcgaaatattgtttattgttctaatgaagATATGGTGGATACTTCA
GTCACCGAAATCAATGAAGCATATGGACAGAAATATAAGAATCTTCAGGC
CTACATGAACACGCTGTTTGAGTACAAAGAACGTTGGTGTTTGGCCTACC
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CAGTTTCTTGTCCTTAAGGATAATGTCCTTAATAGAACCAAAGAGAAATC
ATACAGATGTttcgaaatattgtttattgttctaatgaagATATGGTGGA
TACTTCAGTCACCGAAATCAATGAAGCATATGGACAGAAATATAAGAATC
TTCAGGCCTACATGAACACGCTGTTTGAGTACAAAGAACGTTGGTGTTTG
GCCTACCGTCAGAATTTATTAACAAGGGGCAACAACACCAACAACTTTGT
CGAGGCCCAGTTTCTTGTCCTTAAGGATAATGTCCTTAATAGAACCAAAG
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catttcaAGGTCAAACTTATTAGCATTGCTAATGGTCGCTACGATGGAGT
ATACAGTAAAAGATTTAAAGATCAACATCAATGGGCTTATCCAAAAGTTG
GTggaagatttcaacgaccatttcaAGGTCAAACTTATTAGCATTGCTAA
TGGTCGCTACGATGGAGTATACAGTAAAAGATTTAAAGGTTTATCGAAGG
ATAAAAAATCGTCCATTGGATTCAGATTACCGTCTCAAGCCGAGCTCGAT
TTATTGGTACAAAAGATTGTTGATCGTGGAGCAGGTTCCTATCTAGTTCC
CAGTTTTAAAAATCAAGAGTCGTTTTACTTCGTTGACACTGACCTTGGCG
TATGTGAATGTGAAGTTGGCAGATATGGAACTCCTTGCAAACACCAATAT
CTTATATGGACGCATGGTCTGAAGAGTAACAATTTTCTACCATATTTGAG
TTGTGAGGAGAGAAAGAAATGTTCGTATATAGCTATCGGGAAAGTGTTGG
AAGATGAATTGTACGAAAGCATTCACGACCATTTAGACCAAGATCCACAA
GGAAACAATCTAGAGAGGTTTATCGAAGGATAAAAAATCGTCCATTGGAT
TCAGATTACCGTCTCAAGCCGAGCTCGATTTATTGGTACAAAAGATTGTT
GATCGTGGAGCAGGTTCCTATCTAGTTCCCAGTTTTAAAAATCAAGAGTC
GTTTTACTTCGTTGACACTGACCTTGGCGTATGTGAATGTGAAGTTGGCA
GATATGGAACTCCTTGCAAACACCAATATCTTATATGGACGCATGGTCTG
AAGAGTAACAATTTTCTACCATATTTGAGTTGTGAGGAGAGAAAGAAATG
TTCGTATATAGCTATCGGGAAAGTGTTGGAAGATGAATTGTACGAAAGCA
TTCACGACCATTTAGACCAAGATCCACAAGGAAACAATCTAGAGAGAGTT
GATCAAGTCACCTGTCCTTCTGATAGTTCGACTGTTGACACCGCACATGT
TGGTTCAATAGAAGTCACAAATGAAAGTCATTAGTTGATCAAGTCACCTG
TCCTTCTGATAGTTCGACTGTTGACACCGCACATGTTGGTTCAATAGAAG
TCACAAATGAAAGTCATTATGATTCCAGACGAACTATCGAAACAACATCG
TTCGATGATGCTCAAGAAGCCGTTTCAGATATCCATCAAGCACTGTCAAG
AATTATTGAGAGTCATAAGAATAACCGACAGCTCCTTCAAGGagtactaa
aatttcagaatcgtttgaaaaaatactctCAACAGCCATCAAAATTGACA
TCTGCATTCCACACGTTTGGTAGTGTATCTCATTACCGCAGTCGCAAACA
AACTGGTACCTCAATGGTCAAGAAACAGCAGGGGAAAATCCGAGTTCAAC
CTGCTGCGGTTACAAGACGCGTAACTAAAAATGGAAGTAAAACTGCAATT
GTGAAGGGAATGAACAAAAGGAATCCATTTGAGAATAAAACTGTCGCTaa
aaaaaGGCCTCACAATCTTGCTCAGAATATTGAGAGACTAGAGCCAGTTC
CaaaaaaaGCggaaaaataaATGATTCCAGACGAACTATCGAAACAACAT
CGTTCGATGATGCTCAAGAAGCCGTTTCAGATATCCATCAAGCACTGTCA
AGAATTATTGAGAGTCATAAGAATAACCGACAGCTCCTTCAAGGagtact
aaaatttcagaatcgtttgaaaaaatactctCAACAGCCATCAAAATTGA
CATCTGCATTCCACACGTTTGGTAGTGTATCTCATTACCGCAGTCGCAAA
CAAACTGGTACCTCAATGGTCAAGAAACAGCAGGGGAAAATCCGAGTTCA
ACCTGCTGCGGTTACAAGACGCGTAACTAAAAATGGAAGTAAAACTGCAA
TTGTGAAGGGAATGAACAAAAGGAATCCATTTGAGAATAAAACTGTCGCT
aaaaaaaGGCCTCACAATCTTGCTCAGAATATTGAGAGACTAGAGCCAGT
TCCaaaaaaaGCggaaaaataa
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000327_pilon | genome | sc0000327_pilon:177009..182520 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 2137-2586:5063 |
| Aaloc | 2050-2133:3477 |
| Aaloc | 1672-2046:2892 |
| Aaloc | 1552-1668:2643 |
| Aaloc | 1297-1551:2234 |
| Aaloc | 1108-1293:1793 |
| Aaloc | 919-1104:1440 |
| Aaloc | 793-918:1001 |
| Aaloc | 1-789:1 |
|
