XLOC_017400 (mRNA) -

Overview


Name	XLOC_017400
Unique Name	XLOC_017400
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000476_pilon:104282..116057+
coding sequence from alignment at sc0000476_pilon:104282..116057+

mRNA from alignment at sc0000476_pilon:104282..116057+

Legend: polypeptideCDS

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>XLOC_017400 ID=XLOC_017400|Name=XLOC_017400|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11776bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000476_pilon:104282..116057+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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aacaacttgcacgtatctttaattgagccgcattgaattgtgggattgca
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gttgcggagcgctattgatTGGAAGCTTTGTgtgatttgtcaaaaaattc
aaaaggaagAAGTGGTTAACTCTTTCAGTACGGCCCAGCAAGAAATCGTT
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TGAACATTAGATTGTAAACACACTTTACACCAACTCCATAGCCTTATAGA
TTGTGTTTTACCTATCTTCAGGTGCTCAGTAAACCTccatgaagaagaag
aaagtcaATCTCAACCAACAAACACCACAACAAGCAGTGAAAATTATATC
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CATTCAGAGTGTGGTAAAAACTACTTCCACAAGGAGCAAGAGGGATGTTG
TTGAAGAGAGAAAAACCTACCCAAAGAGACAGCGAAAACCACTTACTACT
GAATATTTTGCTGCTACGAACCCGAATGACTCCGACGAATACTCTGATGT
TTGCAGTCCCTCCTCGccagtcaaaaagaagaaagttgaGAAAGACATCA
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ACAACCTTGTGAACCACAAATCGAAAATTACAAATCATACGATGATGTCG
ATTCAAAATTGAATACCGTAAAAAACTTTGCACCTAGTAGAAATCCAGGT
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tttcagtttattttttgacaaaaatattatttccaAAATTGTAAGGCACA
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TGCCCTTCTGGTGTATCAAGGATTAGTAAAAGTTAGCACTCTAAAATCCT
ATTGGAGTACAAAGTCACTATATCATGGACTTTGGGCGCGGATAATGATG
GGACGTGATCGTTTTAACGCACTCATGTCAATGATCCATATTGTTGACCC
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CTGACAGTCGAAATGGTTACACGATTGACTTCAATGTCTATGCTGGGAAA
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ATTTTTACAGCTCGTGTGAccttttttctgatttatttgATGAATCTATC
TACTGCTGTGGTACTACAACTGAGAATAGAAAAGGCTTTCCTGTTTCTAT
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GGTCCAGGGATAAACCTAATCTAGCTTTACAATGGAAAGACAATAAAGCG
GTAACCATGCTTTCTACTATACACAACGCCAACGAGTTTGTCATGGTGAA
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CAAAAGTTATATCAGAATACAATAGTTACATGAATGGGGTAGACAAATCA
GATCAAATTTTGTCATCCAACAATCTTCTCAGGAAATGTTTGCGGTGGtg
gaaaacattattttttcatcttattGACATCGCAATTGTGAATAGCTTCA
TTTTGTTCCAAGAATTACGAAAACAAGGCAAGCTTGGTGATGTAAAAAGG
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CGGAGAAATTGTCATTTATGttatgaaaaagacaaaaaagagtTTAAAGT
TTCTTGTTTCTGTCCTGAATGCAAAATATATTTACATTGTAACCCCAAGA
CAAACTGTTTCGCTGAATGGCACCGTACTAAGTTTTGTGATTCACAATCC
AATTAAGTTTACGGTAACAAATTTATGTTTTACGCTTTGTAATATTTCAG
GCTATAATATTAGATCGAGTTAGATTTTTCTCATAAAATGTCACAGGAAG
GTAGGTGACACTCtaagaaacatttttctaaGCAAAATCTAAGCTGTTTG
CTAACtttttgaaagagttatttgaatttttatccaattttgtttgcatt
ttgtcatgtttttccggatttaagctaccattttggattttatgacgtca
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GAATATATATAGTTTTATTATGTTTAAAGCAACATTTCTGATAGTATTAC
TACTTTTATATTCATAGTCACTGTTTATATTTCACCTAAGTCTGCGGTAA
AGAAGTTCAAATTTACGCTTTGTCACATTTCAGGCCATAATGGCGGATTG
AGTCGGAATTGGTTCAAAAAACTTTACAGGAAGGTAGATGACACCCTTAg
gaacatttttataagcaagatCAAAGCTGTTTGACAACtttttgataggg
ctattttgattgttatcaattttctttgcattttttcatgttttttccgg
atttaagctaccattttggattttatgacgtcataagtgaaaaatttttt
gcatAATATGAAAGTTTATTCTATTACCTTTCAGAATATATATGGTTTTA
TTATGTTTAAAGCAACATTTCTGATAGTATTACTACTTTTAGAATCATAG
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CTTTGTCCCATTTCAGGCCATAATGGCGGATTGAGTCGGAATTGGTTCAA
AAAATTTTACAGGAAGGTAGATGACACCCTTAggaacatttttataagca
aaatCAAAGCTGTTTGCCAACtttttgacagggttattttgatttttagt
aatttgtttcgtatttttccatattttttcaagatttcagctaccatttt
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TTCTATTACCTTTCAGAATATATATGGTTTTACTATGTTTAAATGTATAC
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TCTAGGTACCAGTAAACTCTATTTACTTTGTCAGTAGATTTTCAACAGAT
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TTAATGCTAAACATAAAAAGGATTAAGGATGGGAGAACAgtagtttgaat
gtttttgaattgcGTTCCTATAGCTATTTAccttaagaaagaaattttgg
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tctgcaaccacaaaattaaattcccttcaaattaaattttcccaggcatc
cgccaaattaaattccctctgaaaaaactttttcggccatctgccaaatt
aaattcccgccaaaaatttcttcctttaaggtatacaTTCTTCTGCTTTG
ATAAGGTGCGACAGAAAGAAAGATTTACTTTTACTTTATCGCTTAATTTG
AAAGAGTTCGAAGAGAACACTAGTTCGTCTCGTAATATCGAAAGAATTGA
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CAGAAGGAACacgtaaacaaaaaatttctgaaGCAAACAAAGAGCTAGAC
GAGCAAACACGATAAAGTTCGCCGTATGGTGTAAGAGCTAAGTGATTACG
AATTAATGGTGAAATTCTGCTCAGGAGACATGATGCCAGCTGATGCGAAA
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TTAGCGTTTGTTAAATGATAATTTGTGAATTAACGTACAATTATGTACAA
CGACAGATGCAGTGATGTCATCTGTATGGGTCCTCTGCACATCGAAATGA
TCTACATGGGTGTAAGGCAACTGGATTGAGTGCTCAGGGTAGGTAGAAGC
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GCCTGATTGGGTGAGACTTGAAAGAAAGGCATTTGATCAACAAACTACAA
CTTCTTGCTTGTCAGAAAATGCTAACGCTCGTTTATGGTTTGGCCTGATC
GATATGCAAGTTCTGTTATTCGATTAGCCTACGCGATGCGGACTTCACTT
CATTCCTAAACAGTCTGAAACGTATATGTCAATGGATGTTTTCAATGGAT
CATACCCATTATGCCCGTTGGCTTCCAGTCTTCATCAATGATTTGGAAAA
ACTCAGGCAAGTTACGGCCTGTGCAAAAATTCGATAAATCGTGACGGCCA
GTTGTTCCACCcctttttatgggaaaatcttTCATTATTTTAACTCTTCA
TATTAGtacctttccaaaaagtcctgggccaaaaattctgtttcagccat
tttgggaaatttaaagcaaaacactttttgctgacgtcagcaaaaatttg
aaatacaaatATCTCCTGGAATATTTATTGAAATGAGCTAAAATTTTGTA
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aTTTATAAACTCTACCTTCGTaccaaatttcagttcatttggataaatat
tccaggagttattagcaatttaaatttttgctgacgtcagcaaaacttct
AACTTTCATTGGctttcttttcagcaaaagctgtAAGAAGAAAAGTTGTT
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CTTCAAGAATTTttcatgacgtcagcaaaaaagtgctgacgtcagcagtc
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GTGCATGTCTGTgccaagtttcatgcttttttcaCAAACTGAAGTATTAT
TGTGATAAGCCACtggactataatgtcaagagcAATCTTTACCCGATATC
TCTAAGGAATGttctaaattttgatctagCACTTTTCCGAATCCTCTCGT
TAATACGCTTCTTTGAAGCTATATATTACTTGGTAAAATCGGTTGAAAGC
AGTGCCTGTTAGGCAAAATATGTTTTGCACTTGCTCAACCTATGTGTATT
ATTCTGTACATCCAACACTCAGTTTTTTAATTGTGACTTATTTCTTCCTT
TTTAGTCTCTGAGAGAGCAAACCATAAAATTAAGAGTTGCCATCTGTCAT
TTTGCGGTTTTGCCCAACCAATCGTTGCAAAAGCTGTCATTAGTGACACA
CATGGATCAATGACTGGGTTTCCCCAAAGGtaataaaataacaaatttaA
ATGTATGCTTTAGTGCTGATTGTTTGTATTTTTGCACCTACCTGGTGGTC
CTATAAatattaacctgtgtttgtccGTCCGACTATTACCAACTTTCCTC
GGgatcgaatcataggaattttgtgatttttggtacaaaggttcAAAATG
GTGATTACCAAAATGTGTCAAAGCccgacttttgaataaaaaaagttttg
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tgaaaaatctgttcattagtttttcctgactTTTTATACAAAGACGTAAA
ATTTAACTGtgctaaatatgaaaaagttcattttgcttttttgttcaact
tcaatttttaaattattcagtttttgtttctacattgccttcattaaact
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AGATTGTTATAAATACTCTTATCAGATAAGTTTAAATTTGAATTCTCGAT
TCGCAAAAATTGTCCCCACAAAGATCCTCTTAACCCTAAAGCccccctta
aaatctcaagattgacaagttCTATTaccttaatattttgaccattggTA
GATATGGGTAATTGAAGATGGTTTACAAAATTTTGGTTCGGCCACctgtc
tggttggtattttacagaccagaatgtgaACTTGACCAACTGATTGATTC
gttcgatttgactgaaattcgtTCCTGAAGGCTGATTTGTCAATTTAAAG
AGACTATCAACAGAAAAAATTCCTTCACatgagtatttggtactttgcaC
AAACTGGTCTTCTTTCATCAATACCTAactaaatttcaagtcaatagcat
tttccAATCACAAGATACATATCCTAGGGCTACTTAGGCAAAAAAGGGCA
ACTTTTGGGGCCGGTttgtaaaatacaaaataccAACAGGGGGCAAAAAA
TTTACCCTCAGTCGAATTATACATGTCATGTGGAGTCGCCTCACAGAAAA
GCTAGACGGAAATCCTATTTTCGGTATTTTTaagataaatatttcaaaaa
aatttgttttggtgCTCGAAGGTTTGAGGTTATAATGTTTTCACGATTTG
CCCAGTACTTTTCACTGATCCAATGATAGACATTATGTTGACAGAGCCAG
ATTTCTATCctttcattttagatttttgtggTACTTTGCTCCTGAACACT
TCTCATCTTACAATGATCTATTGCTCTACGATGATGAAAAAAGAACCTTG
GATCAGTTCAGAGAAAATTTCAGTATGTATAATATCCCTGTATTTATTTT
ATAGCATAATTTTAAATGGATTAATAATTTGATCaccttttatttcaaaa
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CTTTTAAtattataaaaagttttgataaatttaattCCAGTTGGAAAAAT
GTCAGAAGCCTATGCCACAAAGGACCTTCGTTCCTCTGTAAACTGGCATA
ACAAAATGATCATTGTTGATCCATCGGTCCTCAAATTCTGCCTTTCTGAT
GAAGCTAAGGAATATCACATCCATAATTACGATTGGACTGAGTTTGAGAT
GATGTTCCCAAGTGGATATAGTTTCGTGAAAGGTACGATATTCAATATAA
TGTAGAAATATTGACTTTGAATGCACCAGATGCACTAAAGAATGTGACAC
AGTTTTTTCAATagtccaatttttttaagagccTGCAAGTGCATCAAACC
TTTTTGAAAcgcttctttttcatttttttaattataagcaactccaattg
AaAGGAAAGaccatcaattttattttattttatcaggCCAATTCAACAAA
GGACGTGGCATGATATTGAGGGCCTCTGCCCTAATAGAGATGCTGGTCAG
GTCCTTTGACGAACGATCGTTGATACCCGATGAGGTCAATGAGGTTGTCG
AGATATCAAAGACGTCGCTCATGATT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000476_pilon:104282..116057+

>XLOC_017400 ID=XLOC_017400|Name=XLOC_017400|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2082bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000476_pilon:104282..116057+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTTTGTGAAATTTTGGCGAAGCAAAAGAAACAAGACAGGACATCTATACT
AATGTGCCTTATGTCAGTTGCTTGTCTTTGCATTGGGCATTCTGTTGTCG
ACAACAACAATGGTTTGTGAAATTTTGGCGAAGCAAAAGAAACAAGACAG
GACATCTATACTAATGTGCCTTATGTCAGTTGCTTGTCTTTGCATTGGGC
ATTCTGTTGTCGACAACAACAATGGATGGGAGGAGATTGGACCATTATGG
TTCATTATTGTAATGGAATCAGGATGGGAGGAGATTGGACCATTATGGTT
CATTATTGTAATGGAATCAGGTGGCGGAAAATCTATCGGGTACAATTATT
TCAAGGCCATGATTCTGGACATATACAAAGTTGCGTTGGAAAAGATTTAT
GAGAATGAGAGTAATTTACCTGATATCCAGGATAGGAAAGTGTTGGTTCC
AACTGACATTTCTTGGGTGGCGGAAAATCTATCGGGTACAATTATTTCAA
GGCCATGATTCTGGACATATACAAAGTTGCGTTGGAAAAGATTTATGAGA
ATGAGAGTAATTTACCTGATATCCAGGATAGGAAAGTGTTGGTTCCAACT
GACATTTCTTGGgaaaaatttggcAGCATCATTGCCCACAATGTTGGCAG
GGTTATGGCAATATTAGACGAAGCTGTCAGTTTTTTCATTGGAAACAAAA
TGATGACCCAGCAATGGAACATCATTGATGGAAAAGAATTCCGAAGTTTT
CTCAGTTTATTCGGCGGTGATGAAATTGAAAGGTGTACAGgaaaaatttg
gcAGCATCATTGCCCACAATGTTGGCAGGGTTATGGCAATATTAGACGAA
GCTGTCAGTTTTTTCATTGGAAACAAAATGATGACCCAGCAATGGAACAT
CATTGATGGAAAAGAATTCCGAAGTTTTCTCAGTTTATTCGGCGGTGATG
AAATTGAAAGGTGTACAGTCTCTGAGAGAGCAAACCATAAAATTAAGAGT
TGCCATCTGTCATTTTGCGGTTTTGCCCAACCAATCGTTGCAAAAGCTGT
CATTAGTGACACACATGGATCAATGACTGGGTTTCCCCAAAGTCTCTGAG
AGAGCAAACCATAAAATTAAGAGTTGCCATCTGTCATTTTGCGGTTTTGC
CCAACCAATCGTTGCAAAAGCTGTCATTAGTGACACACATGGATCAATGA
CTGGGTTTCCCCAAAGatttttgtggTACTTTGCTCCTGAACACTTCTCA
TCTTACAATGATCTATTGCTCTACGATGATGAAAAAAGAACCTTGGATCA
GTTCAGAGAAAATTTCAatttttgtggTACTTTGCTCCTGAACACTTCTC
ATCTTACAATGATCTATTGCTCTACGATGATGAAAAAAGAACCTTGGATC
AGTTCAGAGAAAATTTCATTGGAAAAATGTCAGAAGCCTATGCCACAAAG
GACCTTCGTTCCTCTGTAAACTGGCATAACAAAATGATCATTGTTGATCC
ATCGGTCCTCAAATTCTGCCTTTCTGATGAAGCTAAGGAATATCACATCC
ATAATTACGATTGGACTGAGTTTGAGATGATGTTCCCAAGTGGATATAGT
TTCGTGAAAGTTGGAAAAATGTCAGAAGCCTATGCCACAAAGGACCTTCG
TTCCTCTGTAAACTGGCATAACAAAATGATCATTGTTGATCCATCGGTCC
TCAAATTCTGCCTTTCTGATGAAGCTAAGGAATATCACATCCATAATTAC
GATTGGACTGAGTTTGAGATGATGTTCCCAAGTGGATATAGTTTCGTGAA
AGgCCAATTCAACAAAGGACGTGGCATGATATTGAGGGCCTCTGCCCTAA
TAGAGATGCTGGTCAGGTCCTTTGACGAACGATCGTTGATACCCGATGAG
GTCAATGAGGTTGTCGAGATATCAAAGACGTCGCTCATGATTgCCAATTC
AACAAAGGACGTGGCATGATATTGAGGGCCTCTGCCCTAATAGAGATGCT
GGTCAGGTCCTTTGACGAACGATCGTTGATACCCGATGAGGTCAATGAGG
TTGTCGAGATATCAAAGACGTCGCTCATGATT

Gene-mRNA-Prot

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_017400	XLOC_017400-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000476_pilon	genome	sc0000476_pilon:104282..116057 +

Properties


Property Name	Value
Aaloc	907-1044:11639
Aaloc	715-903:11243
Aaloc	613-711:10973
Aaloc	490-609:9658
Aaloc	310-486:2049
Aaloc	166-309:1465
Aaloc	118-162:312
Aaloc	4-114:1

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XLOC_017400 (mRNA) -