XLOC_015485 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_015485
Unique NameXLOC_015485
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000247_pilon:198792..209175-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_015485 ID=XLOC_015485|Name=XLOC_015485|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=10384bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000247_pilon:198792..209175- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATGCCGTCGTTATCAGACTTGAAGAATCTCTTTCCGACGAAGCTGCA TGCCATCATATTTGTTGGTTACATGGCTCTCTTCATTAATCAAGGTATCT ATTTATTTTGAATTAATTTGTAGTCTGCTGAGGGGACTACAAAATGCAAG TAGCACTGTTTAGCTTGAATACAACAGAATACAATGATATTCAAATTAAA AAGTAATAAAGCCAAAAAATGCTATATTTTCGTTGATTATTTTAGATACA AAAAAATAAGCATGCATATTATGGTCTGTATACGAAAATGAGTACTAATA AAGGAATTTGTTAATTTTTATTTAACGTAAAAAAGGAAAAAGTGACAACT TTTCCTCATTAATGCCCCCTCCCTTGAAAACTTCCTTTTTGGAATGGGCA GCTGCAAAACTTGACGCACTTGATAAAAGCCCATTGTCATTCAAGGAGAA TTTGTACAATTGAGCTTTTGGACCTACCCCGGTGGGGTGGAGGTCCTATA AATTCACCTCTGTCCGTCCGTCCGTTCGTTACCAGATTTTCTCGAGATTG AATCATAGGAATCATTTGATTTTTGGTACAAAGGTGCAAAACGGTGGTGG CCAAAATGTGACCGAGCCCGATTTTCGAAAAAAAAATTTTTTGGGCAAAT TTGGGCCAAAAAACGGCTAAAAAACGGGTTTTTTGGACTTTGTGAAAAAT TGGATCATTAAATTTTTTTGATTTTTTGCATGAAAGTAGGGTACCATCAT AGGTAAAAGATGGCTCAAGCAGATTTTTGCAAAAAAATTTATTTGGCTTA AAAAACGCATGTTTATCTATAAGAATCACTATTAATAAGCATGCATCAAT GTTCTTAGTCAAATTACTCAATTTGTTTATGAGATAGAAGTTTTTTTTGC TCATGAGGGCTTACTTTTGAAGAATATGTGTGTTTAGACATGAAATTTTG 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AAAAAATTATTTAGCTTAAAAAACGCATGTTTATCTATAAGAATCACTAT TAATAAGCATGCATCAATGTTCTTAGTCAAATTACTCAATTTCTTTATGA GATAGAGGTTTTTTTGCTCATGAGGGCTTACTTTTGAAGAATATGTGTGT TTAGACATGAAATTTTGGTTGCTTGGCGTGCTTTTATAGAAAAACTGGCC AAGTTCAATATTTTTTTATAAGCACATTATCAATTACTTAGGTATTAGCT TTTCTCGAGATTGGCTCTTTCATTCTTTAAGACTTTTTGCACAAAGATGC ATAACTATAAACCTTCGAATGTGACGGAGCCCGATTTTCGAAAAAAAAAT TTTGGGGCAAATTTGGGCCAAAAAACGGCTAAAAAAACGGGTTTTTTTGG ACTTTGTGAAAAATTGGATCATTAAATTTTTTTGATTTTTTGCATGAAAG TAGGGTACCATCATAGGTAAAAGATGGTTCAAGCAGATTTTTGCAAAAAA ATTTATTTGGCTTAAAAAACGCATGTTTATCTATAAGAATCACTATTAAT AAGCATACATCAATGTTCTTAGTCAAATTACTCAATTTCTTTATGAGATA GAAGTTTTTTTTTGCTTATGAGGGCTTACTTTTGAAGAATATGCGTGTTT AGACATGAAATGTTGGTTGCTTGGCGTGCTTTTATAGAAAAACTGGCCAA GTTCAATATTTTTTTATAAGCACATTATCAATTACTTAGGTATTAGCTTT TCTCGAGATTGGCTCTTTCATTCTTTATGATTTTTGCACAAAGATGCATA ACTATAAACCCTCGAATGTGACTGAGCCCGATTTTTGAAAAAACATGTTT TTGGGCAAATTTGGGCCAAAAAACGGCTAAAAAAAGGGTTTTTTTGGACT TTGTGAAATATTGGATCGTTGTTTTTTTCTGATTTTTTTGCATGAAAGTA GGTAAAAGATGGCTCAAGCAGATTTTTGTAAAAAAACTTTTCAGCTCAAA AAACGCATCTTTATCTATAAGAATCACTATTAATAAGCATACATCAATGT TCTTAGCCAAATTACTCAATTTTTTGATGAGATAGATGTCTTTTTATGCT CACGAAGTCTTGAATATGAAAGAATATTTCAAGAGCATGAAATTTTGGTT TCTAAACGTTTTTTTATAAGAAACAAACGACTAATTTTAATAAATCGTCA CTACCTGTGTTCTGGATGATTGTTTAACGTTCATGCTCATGTAGATATCA ATTATATTATATGTGTTAAATGCATAACCAGGTAGGTCCATAAAAGTATC ACTTGTTTTACTTGAAGCTGCAGTCCCTACAATACTATAAAAAGTATGGA TTTATGGATAGAACCATAAAAACATGATGCACAAAAGAGGTGTAGCAAGG TAAGATTGTAAATTCTTTTCTTCTTTGGCTATGATTAAATTTCTCCCAGG CTTTCTAAATTTGTGTAATATTAAAAGAATCTGTCTGGCAGACTTTCCAC CTGACAACAAAAACCCAATTTCTGGCCAAAGAAATTTTTATGAGGATGTT TGTGATGATTAGGAAGTCAAATGAAAAAAAAGTTGGACACATTCTAACAT ACTTTTTATTTCTCTTTTAGGGATAAAACCAACAAAAAACATTGAAAAAC AGCGAAAAAACTGGATGATTATGTTTTCCTTGATACCTAGCACTCGGACA TCGGGAGGGACGGATCAAAGTGCCAGGATGGCCTCATCAAGTTCCAGTAC TGGGAACTCTGGCGCACAAATGGCGAAATGGATGAAGGAGATACAAGACT TTAAAGTTGATCGTGTTGAGATGAATAAACTGGTGATGAATTATTTGGTT CAGGAAGGATTCAAAGATGCAGCGGAGAGGTTTAAGCTGGAGGCTGGTGT GGAGCCTGGACCCCAACTTGATTTATTGGATGATCGTATTAAGATCAGAG AGGCTGTCCAAAATGGTCAAATTGATGACGCCATATCAATGACCAATGAC TTGCATCCAGACATTTTAGATTCGAAATCGCATTTATTTTTCCATTTACA ACAACAGAAATTAATTGAACTGATACGTGAGAAAAATGTGGACGAAGCTC TAGCCTTTGCTCAAAGTGTCATGTCTGAGCTTGGTACGGAGAACACAGTC TATCTTGAAGAATTGGAAAAGACAATGGCTTTGTTAGCATATGAAGATCC GGACTCTTCACCTTTTGGTCATCTTTTGAACCCTTCGCAACGACATATGG TTGCTAGCGAAGTTAATGCCGCCATTTTGGAAACACAACATCAAGAGACT ATGCCTAAGTTGGCAGGCGTTGTTAAGCTATTGCTATGGACGCAAAACGA GCTAGACAGGAAGCATGTTAAATATCCCAAAATGACGGATATAGCTGAAG GGACCATCAAATCACACTCTGACGCAAAATCGAGCAGCTCAAATACTACT ACTTAAAATTCTTTGAATTGATTGAATTTGAATTTATTGAAGGGATCTTG GGGAGCTAGAGTTCTTCACCATTTCTGGGTTTGAAGATTCCTAACTTTCT TCAATCTTTGAAAGTGATCTTTACAACCAAATATCCTTTACAGCGCTTCT TAAATCACATGAAGCTTTTGAAGAGATCCCACTTAGTCCAATACTTATTA ATGATGCTCTCACATTCAATAATTTGGTTTTTGTACATTATTTTATTACT ATGTTGACTTTATGTATTTTACTTTTTTTAAATAATATCACGTAAATAGC AATGAAATATATATTAATAGTTCTAAATCTTTTTTTCTTAGATCATGTCA GACAAAGTCTCACTAGAGTTGTGATAAATGAAAATGCTTCATTCGTTTAA ATTTAAAAAGCTATAGAGCTTTTAAGATCCCACCAGTGCTGTCGTCATTC TCGTTCATTATAGTCAATACAGTCTTTGATTAACTTTTCACTTTTCTTTT GTTCAGGTATCTTGGTAACAGCAACGAAAGATAAGAACAACAAATATCCT TACAACCCTACCACGTTGGTCTTGTTGTCAGAATGTCTCAAAATGGTAAC CGCAGCTGTCCTCTACGCCAAAGAGTACGTTTCGATTTTACCTGTTCTTT TTTATCGATCATTGTTCATTTAAAGAGAGTATTTCTTTTTCGTACATTTT TTACCAATACTTCTCTTTATTGAAACGGTTTGCAACAGTAAGTAGAAGGT AGAAGGTAGAAGCATAAGTTTCTTATACCAAAGGCTCTTTTTTTATATCG TTTTTTATTTGTAACCAATAATGTTTTATTTATCCTTCCAGTGATGGTAT CTCAGGAGTTATCAGTGGTACAGTCAAATATTCGAGAGGTAATTACCACC AATAAATAAAGACTTTGTAATACCTTTTTATGAAAAGAAACCAAATCAAA AAATAATATAAACTTATATAAACTAACAGGCCACTTATCACGAACATCTA GCCTATCAATGAATACTATATTATTTAGCTTCTAGACCTGTCCAGATTAA AAATCACTGGTTCTTTAATTTCCTGTTAACTGGTACTAGTCGGGATATTT TTGACCGGTATTCGAGAAATCTTTGGCCAGAACGCTATGGTAGTTCATGA AAAAATAACCGGTATCCCTGTATTTTGTAGCCTCGAGAGCCTCCATCTTT TGAAGTTAAATAATAAACACTTAACGTGAAGTTAAATAATAAACATTTAA CGTGAAGTTAAATAATAAACATTTAACGTGAAGTTAAATAATAAACATTT AACGTGAAGTTAAATAATAAACATTCTTTAACGTTTTTCTTTTCTTTTTG TTGAACAGTGTTGTTATGGTATTTAGTACCAGCGTTTTTATATTGTTTAT ACAACAATCTGGCGTTCGTCAACCTTCAATCATATGATCCAACATCTTAC TTCTTGTTGCTACAATTTCGTGTGGTAGTCACTGGCGTCATCTTCCAGGT CAGTACCTTCCTTCATTCTTAAGTATTGTCTCTTTTTGGGTTACAGGTTA ATCTGTTAAATGATTTTTATTGTACAGTTGGCGCTCTCTAATTCGATTTT CGAGAAATTTCATCGAATAAGGGACCGTATCGAATAATAGAGTGTCGTTT ATGAGTGTTTCTTGTTACCGCGATGATTTTCATATCGAATAATCATAGTG TGCACCCCCCCCACTCTGCAGGGGGGGGGTTTGGATTTTTGGGTCCAAAA CAGCCAGGTGGGAGTCTGAAATTTTGGACTTTCAGGTGGGGGAAATAGGT TGAGGTGGGACTAGAAATCTTTAGGTGGGACTCTTATGGAAATCTTGAAA GAAAAATTATTTTAAATTTTAGATTTTTACATATTTGTCTTTGAATCCTG TAATCTGTTTTTCATTGAAAATTCCCCTGACTTTTTATTGGAATTTTCAT TCCAAACTGCCCGAAGTGCCAACTGTTTGCCAATCAAATATGCAAAAAAT TTGGCCTTCATAAGGCAAAAATTATGCTTTAAACGAGTCATTCGAAAGTT CGAAAGAGTCTGCAAAGCCAATTAAAATCATTCTATTCTTCATGTACGTT AGTTCCCTATTTTAGGTGGGACTTGGAAAGTCAACTATCAGGTGGGAGTT TCTCAAGTGCTGGGACCTGGAATTTTAGGTGGGACCTTGACCCCCCCTGC ACACTATGATAATGGAGTATATCGAAAAGTAGAACGTCGAATTAGAGAAC GTGAGATAGGTCTAGGAGAACATGGACGCTTCCCATTTGAGCTTTTGAAC ACTGCCATACCTTCAAACACAGTATTGTTGTGTAGTCTTTCCAAACGAGT TGTCCATCCAGTTCAGTATCCTTTCTCTAAACAAAACAAAATATTTTTGG TAACGATATTTCGACACTTATGTGTCTTATGTGTCTTTTTCATGTATGTT TTGTTTTGACTTAGTTACACATGTTATGGTTTCTCTAAACACTGTATTCT TTAGCCAAGTTCCATATTTTCTAATTAGCTAATGAATGTCACTTTATTTT TGATATCCAGGTGGTTTTTAAAAAGAAGTTGAGTCGAACTCAATGGTTTT CGTTGATCCTCTTAACCCTTGGTTGTATCATCAAACAACTCAACATCTCC GGTGGTTCTTCTTCAACATCGTTCAACTTCGCCCTCAATTTCAATTTCAT GTTGATTTTGGTGCAAATCTTTTGCTCCTGTTTCGCTGGTGTTTACAATG AGTACTTGTTGAAAGGTAATAAAGAGGATGTTCCTTTCATGTTGCAAAAT GTCTTCATGTATATGGATTCCATTGTCTGCAATGCCATCGTATTGGCGTA CACCGGTAAACTGATGGGTGCTTTCACACCAGATGCCATGCAGACCATCC TCCAACCAAAAGTCATTCTAATTATCATCAATAATGCTGCCATTGGTATC GTCACAGCCATGTTCCTCCGCTCTCTTAACTCCATCCTCAAGACGTTCGC CAGCGCGTTAGAGTTGATGTTCACAGCTGTTTTATCTTGGATGTTGTTCG GTATCCCCGTCAATGTTTTAACGGCCGTTGCCATAGCAATCGTCTCTTAC GCTACCTTGTTGTACGCTCAGAATCCGGTGGATAATACGAAACCGGTCAA CGAGAACAGGGAAGAGGACAATAGTAAAGTATAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000247_pilon:198792..209175-

>XLOC_015485 ID=XLOC_015485|Name=XLOC_015485|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2046bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000247_pilon:198792..209175- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATGCCGTCGTTATCAGACTTGAAGAATCTCTTTCCGACGAAGCTGCA
TGCCATCATATTTGTTGGTTACATGGCTCTCTTCATTAATCAAGATGATG
CCGTCGTTATCAGACTTGAAGAATCTCTTTCCGACGAAGCTGCATGCCAT
CATATTTGTTGGTTACATGGCTCTCTTCATTAATCAAGGTATCTTGGTAA
CAGCAACGAAAGATAAGAACAACAAATATCCTTACAACCCTACCACGTTG
GTCTTGTTGTCAGAATGTCTCAAAATGGTAACCGCAGCTGTCCTCTACGC
CAAAGAGTATCTTGGTAACAGCAACGAAAGATAAGAACAACAAATATCCT
TACAACCCTACCACGTTGGTCTTGTTGTCAGAATGTCTCAAAATGGTAAC
CGCAGCTGTCCTCTACGCCAAAGATGATGGTATCTCAGGAGTTATCAGTG
GTACAGTCAAATATTCGAGAGTGATGGTATCTCAGGAGTTATCAGTGGTA
CAGTCAAATATTCGAGAGTGTTGTTATGGTATTTAGTACCAGCGTTTTTA
TATTGTTTATACAACAATCTGGCGTTCGTCAACCTTCAATCATATGATCC
AACATCTTACTTCTTGTTGCTACAATTTCGTGTGGTAGTCACTGGCGTCA
TCTTCCAGTGTTGTTATGGTATTTAGTACCAGCGTTTTTATATTGTTTAT
ACAACAATCTGGCGTTCGTCAACCTTCAATCATATGATCCAACATCTTAC
TTCTTGTTGCTACAATTTCGTGTGGTAGTCACTGGCGTCATCTTCCAGGT
GGTTTTTAAAAAGAAGTTGAGTCGAACTCAATGGTTTTCGTTGATCCTCT
TAACCCTTGGTTGTATCATCAAACAACTCAACATCTCCGGTGGTTCTTCT
TCAACATCGTTCAACTTCGCCCTCAATTTCAATTTCATGTTGATTTTGGT
GCAAATCTTTTGCTCCTGTTTCGCTGGTGTTTACAATGAGTACTTGTTGA
AAGGTAATAAAGAGGATGTTCCTTTCATGTTGCAAAATGTCTTCATGTAT
ATGGATTCCATTGTCTGCAATGCCATCGTATTGGCGTACACCGGTAAACT
GATGGGTGCTTTCACACCAGATGCCATGCAGACCATCCTCCAACCAAAAG
TCATTCTAATTATCATCAATAATGCTGCCATTGGTATCGTCACAGCCATG
TTCCTCCGCTCTCTTAACTCCATCCTCAAGACGTTCGCCAGCGCGTTAGA
GTTGATGTTCACAGCTGTTTTATCTTGGATGTTGTTCGGTATCCCCGTCA
ATGTTTTAACGGCCGTTGCCATAGCAATCGTCTCTTACGCTACCTTGTTG
TACGCTCAGAATCCGGTGGATAATACGAAACCGGTCAACGAGAACAGGGA
AGAGGACAATAGTAAAGTATAAGTGGTTTTTAAAAAGAAGTTGAGTCGAA
CTCAATGGTTTTCGTTGATCCTCTTAACCCTTGGTTGTATCATCAAACAA
CTCAACATCTCCGGTGGTTCTTCTTCAACATCGTTCAACTTCGCCCTCAA
TTTCAATTTCATGTTGATTTTGGTGCAAATCTTTTGCTCCTGTTTCGCTG
GTGTTTACAATGAGTACTTGTTGAAAGGTAATAAAGAGGATGTTCCTTTC
ATGTTGCAAAATGTCTTCATGTATATGGATTCCATTGTCTGCAATGCCAT
CGTATTGGCGTACACCGGTAAACTGATGGGTGCTTTCACACCAGATGCCA
TGCAGACCATCCTCCAACCAAAAGTCATTCTAATTATCATCAATAATGCT
GCCATTGGTATCGTCACAGCCATGTTCCTCCGCTCTCTTAACTCCATCCT
CAAGACGTTCGCCAGCGCGTTAGAGTTGATGTTCACAGCTGTTTTATCTT
GGATGTTGTTCGGTATCCCCGTCAATGTTTTAACGGCCGTTGCCATAGCA
ATCGTCTCTTACGCTACCTTGTTGTACGCTCAGAATCCGGTGGATAATAC
GAAACCGGTCAACGAGAACAGGGAAGAGGACAATAGTAAAGTATAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_015485XLOC_015485-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000247_pilongenomesc0000247_pilon:198792..209175 -
Properties
Property NameValue
Aaloc400-1023:625
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Aaloc214-258:2343
Aaloc97-210:2677
Aaloc1-93:10385