|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000416_pilon:103190..109043+ Legend: CDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_013557 ID=XLOC_013557|Name=XLOC_013557|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5854bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000416_pilon:103190..109043+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atggcCCTTGTTGCAGACAGTTGTGAAATCACTTCCAATGGTTTTTTACA
TGAGGTATGGCAAGTTCAACTTTATTGCCTGATTTTAaacatttctgaaa
tttttttgtatcaaaatgtgATAAGTGCACCGCTTTTTCTTCTCATGTTT
GAGTCACCTTTGCTCgggattatcttttcaacagtgCAATTTTTGTTGCA
ATTGATTCATTTATTGAGAAAGCtagaaaaaacgaaaattagTAGACACT
TATAATATGAATGGGTAAGGTTTTGAAATTAAGGTCTAAGTAATTGAGAA
TTCCAGAATAAGTTTGTTTATACCGCAACTTTGTGTAATCCTGACATACC
TTGTCTAGTTCCTTCATAGCAAAtatctggtctttaaaatgtttatagAT
AAAACCTTCATAATACtagctgtttaaaaaaatcactcaaaCTACTTGTA
ACTATGGTGGAATTAGACAAGTTATATCAACATTACACAAAGCTACGGTA
CCCAACAAAATTCGTATTAGAAGTTTTATGGCGTCTTGGATTACAACTCA
AGATATGttttctccactatttaattttaacttaacttttaattttatgg
attttattttctttttatagattcttttCATTGCTAATATTGGTATGCTT
ACATCACTGTTATCGTAAGTAGCAAAGAAGCTGTTAATAGCAATTATAAC
TTCAGAACATTTTTACCGTGAAATAATATTGttttttgattcagataaaa
aaattttattgaatattttttaccattttttttacgtttttagaATGATT
GCAACATTTATGATCATCACCTATGTTTTTTACAAAGGAACATTTTCCCT
CCCAACAGTGAGTGCTTTCATTCTGTCCATAAGAGTGAaacaaatttatt
caaattgatTACCTTGTAATAATATCCTAGGTAGGCCAGACCAGGTTATC
AGTTTTTCAGCAGAATGGAACTCTCATGGACACTGTAAAAAGTTGAAGTC
AAGTgcctgttaaattttcattCTATTAAATATCTTACTGGTTAGACATA
ATTTAATTCATGAAGTCCTGACTTACTCTCggatacctaatagccggggg
gattggaataaggggggggggttggaaaaaatctcaaaacttaataagcg
agggggttggaataaaaaatgtcctgagtggaaaatttttgaaaaggagg
ctaatacagctgaattaggataAAAGAGGgagctttcaaaaacattttcc
caaaaattaataaccggggggggggggggggttggaataagaatgtcctg
ggtggaaaaaattttcgaaaaattaattagcgggggggacggctattagg
tacccaagagtagcTAAGAAGCAGGAAAAACAATCCTATGAAAGCACAAA
GTTTAGATAAGATTTTGCattgtttcaaatttcaatcTACACATCTTgga
caaaaaaatcatgaaacaaaaaacaaaacggaaaacTACCTTGAAATTCT
CTAATTGTCCTTCCTTGAACAGGAAAAGTCTGGAGTAATCACTGAATATA
TATTATTATTTGTATCATTGTCAACAGTATATATTTTATTTCTGCTCAAA
AACAGTAGAACCAAGTCTAAACAAGAATCTACtctttgatgttttttctc
atttgataattttatgttgttttggtttctttctttttaggtCAAACCAT
TACTTCATCTTACTATTGCtgattttttcctttcttaTGTTTGGTTTTCT
TCGAATCTTGATTATATGAGCAATAAAAATGCCAATTACACTAAATCACT
TGCAAGGCACTGTCTTGTTTGGCAAGTTCTTGCAGAGGTATTCTTAAGCA
ATTATTTATTCAGTCTGTTAAATTAATATGCCAGTAGTTAAGTGGATTTC
TTCTgtgtttaattctttttttcagctttttttccaCATCAATATTTCTC
AACACTGGCCAAGTtcgattttgttgattttaatgttatagttttttaat
tcaacttttagcattttgaaaagaaatttgtaagaaaaataatttatttt
gtcacaatttttacaaaacttcTCGTAAAATCACTGTAGGACTGTACCTA
TTTAAAAAGAATGTTCAAACGACTTTTAAGTGTTTGTTCAGGTTTGTTTC
TTTATTTCCTCATTCGATTTTCAAGTAAtttttttACCGGTTTACTCAGG
TTCTTCATTTAACCACATTTGGTTTCACAATCAATTATTCAGTCAACATC
TTCCTAACCATGAAAGAGAAAACACAATTTGGTTATGTTTATGCTGATGT
AAGTAAAAGCTTTGTTTGCTTATGATTCTTAACTTGTCAATGGCAGACTA
TCAATTACAACCATATCTACTGTTACTCtaactgattttttttatacATG
ACACTACTCTCCTACTTATAAAACTCTAATTGCTAGAGTCCTAAACTGCT
GATTTACAAGCACAGGCATATGACAAATTGATAAGCAATAATTTTCCCAT
CAACTGACTCAGACTCAAACCTAGGGTTAGGCGACCGACAGCATGCAGTT
TTGAATTTACTTTGTGGTTTTAGTTTCCTATAatgcaaaaaatatcattt
tcctATCCCTTTCGCAGATAATCAATAGTCTATGCATGCACAAACTACAC
cttgtttttttggatttccctTTTGTAGCTTAACGTACAGCACCAGGTGA
GCACAGACTTATTGACACACACATACTCTTCCACGACAAGTAAAACtatc
taccttattggaactaattttcttgggaactaaattttgcagtcgaaaaa
aatatctgaaaaattgcatttcccgggttttaattttcgtggttttttcc
attctggaatttttgcgggttttaattttcgcagttttgccctttttttg
gcaaatttctttcattttcctggggatttttcaaattttttgataaaaaa
attgtatttcatgggaattaattttcgcggttttcaacgctcaaaatttt
ttgcgggatcaaattttcattttcattttcattgacgaaaaaccgtgaaa
aacgctaaaattaaaacccgcaaaaattatttccaataaGTTATTACCTT
TATGCATGCATATAAGTCTATACTATTAAACTCTCTGATGACAATGGTAG
ATCAATCTTTTACATTAGTTAAGTGACGGTAGATAAAATACTccttgttt
tttctttctttcttgtatAGGCCAATCACCAACAAAGAGTTACTGAACGA
GTTgataaagtcaaaaaagtccTTTACTATATGTTCTGGTAAGAAAATAA
CAATTTAGATTCTTTCAGTGTTTAAAGCTCTTCCATCTTTGATGGATTTT
CCTCTCAGCTAAGTATATCAAGAGGCTTTTCtatctcaaaattctgcata
attcaccaaaattttgagaatatgtgatatttttctttgtagAATCCCTT
TTTCAACTCAGACGAAAAGCGTTGCTGTGATCaccgttttttatatttta
ttggtCAATAAAATAATGAGTGCTTAAAAATATTGATTGCAAATCGGTTC
ACATTTTGACAAACATTTTGAAGagcttttaaaaatctttatattGTAAC
TGTAGGATATTACCACCACTCTCAATGTTACCAATCTTGTCAAAGATAGA
AGATAAACATATCTGTTTATGTGAAAGGTTTGGATGATAGGCTTTTATTC
ATGAAATGAAATGTAAATTTCTTTCACCAAATTATACTTATTCAATATCA
ATTTACCACATCATCTTTTAAGCACAGACCAGGCCATGttttagaaaggc
aaggcagTGTCCGTTGGTgaccaaaaagggcactttttgggtcaggctgt
ttttaccaatattttagtaatttcaagaggggcagcgtccgataaccgaa
cgcttaaagggcatgaaaaatggcctgcaAACTTTATATGGTTAGTGATA
TGCTAGTATTACCAGGCATGCATATATTTCATGCACTCAAGAACCCTCAT
AGCTGAGGATACTTTGATTTTAACATGATTATCTTTTCTTTTCAGATGTG
TCATTTTGATTGATGTTCCAAGATTAGTGGTAAGGTCTCTTCCAAGACTT
ATCAATAACTTGTGCTAACTTCATTTTTACAAAACTTACCAAATAAAGTC
CAgaaattatttcaatatttgtttTACCAAATGTTAGATGATACTGTGAG
AAtccagattttttcatttaataaacttttaactttcatttctagcattt
agatttgttttaTCAATCTTATGGATATGTATTATTGGCATGTGCATTAG
TAGCATCCATGATAAGTGTTGTGGTACGTTGTAAATTTTGTGCTACATAG
ATATTTGCCTGACCCGAGGTCATCTAACTCTAAACAAGAAATTCTTTAGC
GGGACATCATGGCCCCCGGTGTGCTAATCGAATTGAGGGTGccaagaaaa
ttttcgacttttcacccttatttcatccctctaaacggtatatataagat
tttttaaagtaaaagaaaactactttgcaaaatattggtcCATGGACATT
CATGACTATTGCCTCATTTATTCAAAATCTCTTCTCTATGTAAGTCCtgc
aattttaaaatactttaattAAGAATTGTTGTTGATAATCAAGCTAAGAA
AGTCAAATTCTGTCCTTTCTAACAAAGATACAAGTTCCTCTAAAAGAGAC
TTTTCTTCTATTACTTTTTAGGTACTTTACATCTTAACACTTAGAATGTA
TTGGAAGACAGCTCCAGGTTTGATCATTTTAATACTTTACTTCATTTGAA
GGAAGACTTCCTTTAGTTAAGTGTATCAAGTGTTGCATTCCTCTTGATCA
GTATGGGTAGTTTATATATTGTGTACCGGTAGGAATTTCTgtataatttt
aatttcatttttctttaacaataataataagCTGGAACTAACACGCATAA
TACTAACCATTCTTTCTTTCTAGGATACTGTACTGATCGAGAAAGGAAGA
AACTGAAGAATTTACAACGGAGGATTACGTCATATGTTGTTGTATTCTTG
ATTTGCTGGTTTCCTGGTATAATGTTTAAATTTTGCATGtttttttAGTT
ATGTGTCTCCCTAAATTGCTACATTTACTGTCTGCTTCTTGCTTATGGCA
ACAAAAATTCAACAACGGAAAACGCTTTTTCCAATTTAGAATAGATATAg
gattctttttttattctgcGTACTTGACATTGATACTGATTTGCATGGGA
CTGATGTTATCATCACATAATGTTGATGACCAGCAGGATGATATTGTGGT
CAATTTTTAATCTGTCTAGCACCTATTTTTTAGCTTTGGCCATCTCAATA
ATGAAGAGTTACGAGATGATGTATTACAGAGGAAAACGACTGAAACAAAG
AGATATAACGCAGTTTTATTGGTTGTATTTACTGCAggttcttataatta
ttgatttcatcatcatcatttagtttttaaaggtttttacatttttttta
ctaCCGCTTCCGTCATGTGATTTTGTCTGTTTTCCCTGCCCCTGTTACAA
CTCTATCTAACTGGAAgtctctaaaataaaaaaagctaagaGTTGTCTTG
TACTAGCAGCATCTCTGAACACTTTGCGACTTTTATTATAGGCAATCTTG
ACACCGCTTCAAggttttttcaatacaattGTGTATGGATGGACAAGACG
GTCATTCAGAAGAGCATCTAGACCGCTCTCTgaagagaaaatcttttttg
ctgATCATGAAACAGACTCTGCTTTGTTGAGAAGTCCCATTGATAGTGAA
GTGGAATTTAGCCAATCGTCTCTTCCAGCCTATGGCAGTGATGATGAGGA
TTAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000416_pilon:103190..109043+ >XLOC_013557 ID=XLOC_013557|Name=XLOC_013557|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2232bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000416_pilon:103190..109043+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atggcCCTTGTTGCAGACAGTTGTGAAATCACTTCCAATGGTTTTTTACA
TGAGatggcCCTTGTTGCAGACAGTTGTGAAATCACTTCCAATGGTTTTT
TACATGAGattcttttCATTGCTAATATTGGTATGCTTACATCACTGTTA
TCattcttttCATTGCTAATATTGGTATGCTTACATCACTGTTATCaATG
ATTGCAACATTTATGATCATCACCTATGTTTTTTACAAAGGAACATTTTC
CCTCCCAACAaATGATTGCAACATTTATGATCATCACCTATGTTTTTTAC
AAAGGAACATTTTCCCTCCCAACAgtCAAACCATTACTTCATCTTACTAT
TGCtgattttttcctttcttaTGTTTGGTTTTCTTCGAATCTTGATTATA
TGAGCAATAAAAATGCCAATTACACTAAATCACTTGCAAGGCACTGTCTT
GTTTGGCAAGTTCTTGCAGAGgtCAAACCATTACTTCATCTTACTATTGC
tgattttttcctttcttaTGTTTGGTTTTCTTCGAATCTTGATTATATGA
GCAATAAAAATGCCAATTACACTAAATCACTTGCAAGGCACTGTCTTGTT
TGGCAAGTTCTTGCAGAGGTTCTTCATTTAACCACATTTGGTTTCACAAT
CAATTATTCAGTCAACATCTTCCTAACCATGAAAGAGAAAACACAATTTG
GTTATGTTTATGCTGATGTTCTTCATTTAACCACATTTGGTTTCACAATC
AATTATTCAGTCAACATCTTCCTAACCATGAAAGAGAAAACACAATTTGG
TTATGTTTATGCTGATGCCAATCACCAACAAAGAGTTACTGAACGAGTTg
ataaagtcaaaaaagtccTTTACTATATGTTCTGGCCAATCACCAACAAA
GAGTTACTGAACGAGTTgataaagtcaaaaaagtccTTTACTATATGTTC
TGGATATTACCACCACTCTCAATGTTACCAATCTTGTCAAAGATAGAAGA
TAAACATATCTGTTTATGTGAAAGGATATTACCACCACTCTCAATGTTAC
CAATCTTGTCAAAGATAGAAGATAAACATATCTGTTTATGTGAAAGATGT
GTCATTTTGATTGATGTTCCAAGATTAGTGATGTGTCATTTTGATTGATG
TTCCAAGATTAGTGcatttagatttgttttaTCAATCTTATGGATATGTA
TTATTGGCATGTGCATTAGTAGCATCCATGATAAGTGTTGTGcatttaga
tttgttttaTCAATCTTATGGATATGTATTATTGGCATGTGCATTAGTAG
CATCCATGATAAGTGTTGTGGTACTTTACATCTTAACACTTAGAATGTAT
TGGAAGACAGCTCCAGGTACTTTACATCTTAACACTTAGAATGTATTGGA
AGACAGCTCCAGGATACTGTACTGATCGAGAAAGGAAGAAACTGAAGAAT
TTACAACGGAGGATTACGTCATATGTTGTTGTATTCTTGATTTGCTGGTT
TCCTGGATACTGTACTGATCGAGAAAGGAAGAAACTGAAGAATTTACAAC
GGAGGATTACGTCATATGTTGTTGTATTCTTGATTTGCTGGTTTCCTGCT
TTGGCCATCTCAATAATGAAGAGTTACGAGATGATGTATTACAGAGGAAA
ACGACTGAAACAAAGAGATATAACGCAGTTTTATTGGTTGTATTTACTGC
AgCTTTGGCCATCTCAATAATGAAGAGTTACGAGATGATGTATTACAGAG
GAAAACGACTGAAACAAAGAGATATAACGCAGTTTTATTGGTTGTATTTA
CTGCAgGCAATCTTGACACCGCTTCAAggttttttcaatacaattGTGTA
TGGATGGACAAGACGGTCATTCAGAAGAGCATCTAGACCGCTCTCTgaag
agaaaatcttttttgctgATCATGAAACAGACTCTGCTTTGTTGAGAAGT
CCCATTGATAGTGAAGTGGAATTTAGCCAATCGTCTCTTCCAGCCTATGG
CAGTGATGATGAGGATTAAGCAATCTTGACACCGCTTCAAggttttttca
atacaattGTGTATGGATGGACAAGACGGTCATTCAGAAGAGCATCTAGA
CCGCTCTCTgaagagaaaatcttttttgctgATCATGAAACAGACTCTGC
TTTGTTGAGAAGTCCCATTGATAGTGAAGTGGAATTTAGCCAATCGTCTC
TTCCAGCCTATGGCAGTGATGATGAGGATTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000416_pilon | genome | sc0000416_pilon:103190..109043 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 904-1116:5642 |
| Aaloc | 802-903:5336 |
| Aaloc | 709-798:4976 |
| Aaloc | 661-705:4722 |
| Aaloc | 583-660:4246 |
| Aaloc | 550-582:4047 |
| Aaloc | 478-546:3607 |
| Aaloc | 409-474:3221 |
| Aaloc | 310-408:2200 |
| Aaloc | 163-309:1691 |
| Aaloc | 100-162:795 |
| Aaloc | 55-96:621 |
| Aaloc | 1-54:1 |
|
