XLOC_013505 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_013505
Unique NameXLOC_013505
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000146_pilon:790690..799133+

Legend: CDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_013505 ID=XLOC_013505|Name=XLOC_013505|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8444bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000146_pilon:790690..799133+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgaaTCCAATATCAGCTCTGGCAAACATCTTATTGGTGATGTTGATTGC TTCGACATCCTCATTTGCAAGTCCACCAACATCACAGAAACCTTTTCGAC AAAGAATCGAACAGATAGCCTCAGCTTCTGGTGATGGCAGCGCCGGGTCA CAATCGACAGAGTGGTACCCACAAAATTACACAGTAAACCGTTATAGAAC TGGTGATCTAGTCTCTGGTAATTTCTCAAATGGTTGCCATGAGATATTCG CGTATGATGTTAATGATACTAATTGTATTTGTAAGAATGAGACTACGTTT TATTGGAGGGATGGAGCTAATTGGTGGACGGAGATGTCGTGCTGGCTGAC CACCCCATCGGGTATGTCACTGGCAAATCTTCCTATAATTATATATAAGA ACTTTTGGAACCAAAATCTAAAACCCTTTTAAGAACCATTCTAAGGACTT CcggatttaaaaaattgcaatttcttAATGAATTAGCAAACCTTATTACG TATATCACTAAGCTATAATGCACCAATATGTCGACCACCGATTATCTTAA CATATAAATCACCCCTGCCACAATGGCGTAGTGAAAACCTATTATCCGCA ATGAGGAGCAAATAGCTAGTATATTTTGTTTCGTATAATTGAGCacttta aattttattgtttatccAGGACGGATTTTCAATTAACCTTCTTTTCATGA GCCTATACCCAGCAGGCACGtaacgttattttaacgtttatctaacgctc acaacgtccatataacgttagattaaccgcgttgaaacaacgttgtgtgc caacctATAGcgtaattttcaaaatcttctaGCTAGGTTCCAGGGTCCTT TTCTCAGTAGGTGCGATTTCTTTAACAACTTTTCCAGTGGGTAGCCGTCC TACCTGGTCTGTGCTACTGTGGTGCAGCAGAGGCTCATAGAGATACTGCC 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GGTTGGATGTGGTGGTGTGTATATCTCTTGGTCGTGGAACGTGCATATCA TTCCCGTTGCCACAGACCTGTTATCCAATCAAACTGGATAATCTCCGTCC CCGGTTGATAAAATACCCTGCAGTAACTTTTGACACACAGGGAAAATACC CTATGATTTTGTCCCGTTTAGAGACcgaattgaaataattttaccCCTAC CAGTGGAAGAAAATAATAGATACGTCAGTCTAATTTTCATTCTCACTGAG GGAACTACTTAGCTCAACttgggcactgagacagggatgtaatgtAAATT CAATATTATAAGGACGTAATAGATGTAAGATCGGtgtttttttacatgaa tttttttatctgtctaGATCAACTCCAAGGATCATACATTAGCGGGTCAC TTGGTGCAATTATCATTTACttgtttcaagaatttttcatcTGGTGAATT ATTCTCCACTGTACTGAAGTTTGAAGGACAAATGTCGTACCAAAACCGTA AGTGTAAACTCAATCTTGTACCAAAAGCCACGTGCACCgacttttgattt tacttaattgaaaaacttttcttgaGCATTATTAGAAAGTGAACTAAGGA CTGGGCTTAAGTTTGTCGTaaactgtacacgttttttatataagaactaG CAGATTTTGGCTGAGACTTGACTGTCCTTAAGTGTTCTAATGCGTACACG TTTTATTATGAGAACGTTtagatttttaaagcctttggatgttcttaaca tgttcttattttcagcattttgtgagtgtttttgtccaatttcctaAGAG AATAGGGAAATTTCTGGGATTTTCTTGACTTCTCTGAGGCTCACTCTCTT TTAAAATTGGTTTAGAATTTTATTGTCGTCACTTCATTTCATGAATCTTT AGAAAGATTATTGCTCTATTATTATTACTTTCCATAACTTGTGCTTCTGA ATGTACTCTCCAGAAAAAGCTCAAGTTAAGACTCGATTAATTCGCATTCT TTGATCTTGCTTAAAAATGTTGACTTTTTTCCAAGGCAAAAAAGCATCCT TCACCAATATTTTCCTAAATTTGTTCAAAGGGCCAGGGTACATAACTGTC ACCTGTCCCCTCCTCTTAGTGGTGTGTAATTCTTTGCTGAAATGGTTTCC ACAAGAAAGATTACACACTTAATGGACTTTACAGTAGCttttagactagc aaactagtctgttaattaattaattatgtTGTtgagagggcgggaacata aaggtgGTGGGCATTTACTgaaataggagctgcgtaggagaacgagaaaa ggttggtgagaggctgctgattaactgctttcagcccttgccaccgacaa aatttcttcttacgcttacctaactcctacgctcacttttcccgcgtgat accgttccaccCCCACTGGTGTGACAGTCTAAATAGCTTTTAAAATTCAT ATTCCTTCGTATATCTTTTATCGGTATCGTTAAAGGATTCATTTATTAGA GATGATTAGATTATGAACCCTGATATTATATaaacttttatttcataaaC TTTAATTCAAAGTCACTTCTTTCTTTTGTCAAGATTTTGTCAAAGATATA TAGACCACAAAGCAGTTATTTTTAATGCGAATAAGTACAGTTTCATACCC TGCGaaaaaaaCTGcaaggtttttttttgcaatacaGTTGATATCCTCTA ATTTCTTTTTAAGggaaattagattttcatcaaataaggaaaagattttt ttcgaatattggagcgtcgtttatgagagtttctttgACAGCAATTTTCA ATAGCATCAAATAAACGCTCTATTATTGAAAATTACTGCAGTTGAATAgt ggggatgagctggagtttttacaagatgcttaactgattggttattttta aacaatagggatgacgagttctttagaaaaagtaataaaatcgtttgtct caacatttaacgaccaacagagtcatcaaaggacttgtaaaaactccagc ttgatagcgtcaactgtagttgtTGATCATCAAGCAAATCTGTCTGCTtc tcaaaattgaaattgtttgaatGTCTGATTTTTAGTCTCATCAGTCCCAC CTCCCACAATGCCACCGACACAACCAACCCCTATTGGCAAGGTAGGTTTC TTTAAAGGtttcgtttttaaataagataGTCAACAACTTTTATAGGACTA AACGCAACctgtttcatttcaaatttgaattttttgagaaGAGTCAAATT TAAGGCCCGGGAAAATTTtttgtgaccaaaatagtgacgccataggcaaa actgcaagggaaaataaggggtagagaaatagctgattttcaaaaatttg actcttctcaaaaaattctaattattaTATATTAAACTTTGAAATGGAAC AGGTTTCGTTTAGTCCTATAGAAGTTGCCACGGGATCTGAGACTTGGACC CCTACTATCCTACTaagaatgatatcgtttgcttactcatcacttttaat taacaagctttttcacattggattgacacggatgtggagcaagattggtc agaaagaggaaaagaaaaacattttttgcttttatcagcacaatataaca ataagaagacactgtcctgatatgaaatatatgtctgatatgaaacactt atgtaaaattaaaacctcacaaaaagtcacaaaaattcATTAGTATTATt tagtacacccctgtctcagtgccccggtggaaccttatCTCACATTTGGG ATGAAAATTGTGATCGAAATCCCAATAGAGATAAAAAATATCTATTGTTT CGATCCTAAAGAAAactagtggggatggttttgtgttttaatttttttct 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AGGGGAGGGCGCCTCTTTCTggctggattgctccacttacccttgatcct tctcttaatggatgagcatcaagcagagaggcatcaagtaccatttctTT GTGAATGTTTGGTATGACACGGCTGGGGGTTGAAACACacaaccttgcac accgtagccggatgctctaccactgcactacggtcgctactAGTACTAAT ACAGTATTTAGGAAAGTTTTCAGgataaattttttacaaattccAATCTG CTCTCAAATGATTAAtcactttcttttcatttctagGCCTTGTTCAATCA AACTAATCACCCTGGTAACCTACATATAAACAACAACGGTGGAAATAGCC CAGCGCCGCCCGTTCCTCGATCGCCAAGACCAAATAGCCGCCCAGTCTCA GCTGCATTCAATAACGGTTATATAGATATGGCGAATGATAACCCACAACA ATATACAGCCTTAAATTCAAACACAAGGGTCGATCAGCAGTATCAGCCTA TTAATTCACCAAAAGACAAAATACCAACCTTGTCAGAACAGGATGAATAT CTAGATTTAACAGACCCTAAAAATAATAAGCAGCAGACTACACCAGGAGA GATATATACAGATCTAGACTATCAACCAGGAAATATATACGAAGGGGTTG CTCAACCTGGTCATAAAAATAATCCTCGAAATTACAATGGGTCTAATAAT CCTTCAAAAACATCAGAGACATATGCGGATTTACAGGGAGCTCAAAGGAC CCCAGAGACGTACCAAGACTTGAATACCGCGCGTCTGCCTGTCAATGGAA CTTATGAGGATATAACAAACGGGACAGATTATGATAATCCAACG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000146_pilon:790690..799133+

>XLOC_013505 ID=XLOC_013505|Name=XLOC_013505|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3198bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000146_pilon:790690..799133+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgaaTCCAATATCAGCTCTGGCAAACATCTTATTGGTGATGTTGATTGC
TTCGACATCCTCATTTGCAAGTCCACCAACATCACAGAAACCTTTTCGAC
AAAGAATCGAACAGATAGCCTCAGCTTCTGGTGATGGCAGCGCCGGGTCA
CAATCGACAGAGTGGTACCCACAAAATTACACAGTAAACCGTTATAGAAC
TGGTGATCTAGTCTCTGGTAATTTCTCAAATGGTTGCCATGAGATATTCG
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ATGTTGATTGCTTCGACATCCTCATTTGCAAGTCCACCAACATCACAGAA
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CAGTACGCGGTGTCGGTTTCATCAAACATATGGGTGCTGCGTGGCAAATA
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CAACATGGAACTGGTCATTTTAAACTAAAGATCAACTCCAAGGATCATAC
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catcTGGTGAATTATTCTCCACTGTACTGAAGTTTGAAGGACAAATGTCG
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CCCACCTCCCACAATGCCACCGACACAACCAACCCCTATTGGCAAGTCTC
ATCAGTCCCACCTCCCACAATGCCACCGACACAACCAACCCCTATTGGCA
AGTCAACACCCCGTGATGCGGAGAGCGAAGGGGTCGAAGATACGAACGAA
GCGTTGGTTATTGGAATCGTTGTTGCTGTGGTAGTCATCTTTGTGCTTCT
CGTTCTCTTGGTTGTTTTGTGGAGAAGTCAACACCCCGTGATGCGGAGAG
CGAAGGGGTCGAAGATACGAACGAAGCGTTGGTTATTGGAATCGTTGTTG
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AAAATACTCCGACTAATACTAAGCAGAATGAAACAGAGTTTTATCAAGCA
CCATCGTACAATTACCCAGACAAATGAAACAGAGTTTTATCAAGCACCAT
CGTACAATTACCCAGACAACAAACCTAACCCATTTAGTGGCTCAACAAAG
ACAAACCTAACCCATTTAGTGGCTCAACAAAGGCCTTGTTCAATCAAACT
AATCACCCTGGTAACCTACATATAAACAACAACGGTGGAAATAGCCCAGC
GCCGCCCGTTCCTCGATCGCCAAGACCAAATAGCCGCCCAGTCTCAGCTG
CATTCAATAACGGTTATATAGATATGGCGAATGATAACCCACAACAATAT
ACAGCCTTAAATTCAAACACAAGGGTCGATCAGCAGTATCAGCCTATTAA
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TGAGGATATAACAAACGGGACAGATTATGATAATCCAACGGCCTTGTTCA
ATCAAACTAATCACCCTGGTAACCTACATATAAACAACAACGGTGGAAAT
AGCCCAGCGCCGCCCGTTCCTCGATCGCCAAGACCAAATAGCCGCCCAGT
CTCAGCTGCATTCAATAACGGTTATATAGATATGGCGAATGATAACCCAC
AACAATATACAGCCTTAAATTCAAACACAAGGGTCGATCAGCAGTATCAG
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GAGAGATATATACAGATCTAGACTATCAACCAGGAAATATATACGAAGGG
GTTGCTCAACCTGGTCATAAAAATAATCCTCGAAATTACAATGGGTCTAA
TAATCCTTCAAAAACATCAGAGACATATGCGGATTTACAGGGAGCTCAAA
GGACCCCAGAGACGTACCAAGACTTGAATACCGCGCGTCTGCCTGTCAAT
GGAACTTATGAGGATATAACAAACGGGACAGATTATGATAATCCAACG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_013505XLOC_013505-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000146_pilongenomesc0000146_pilon:790690..799133 +
Properties
Property NameValue
Aaloc1039-1596:7887
Aaloc1009-1038:7319
Aaloc961-1005:6837
Aaloc925-960:6354
Aaloc799-921:6057
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Aaloc613-741:3218
Aaloc361-612:1234
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Aaloc1-258:1