|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000268_pilon:1071..7419+ Legend: CDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_011966 ID=XLOC_011966|Name=XLOC_011966|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6349bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000268_pilon:1071..7419+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACACACCAACAGTATCAAGTTGACCGAAATTATTTATGGAACATTTT
TCAAAGGTATATAAGCTCAAAGAACTTCATCCAAGTTTTTTATTCTGTGT
GTTTCAATGGACCATTTCATTCAGCCTGGCAAAATCCTTGTAGTACTGTA
ATCAAggacgacccacggcatggcccgaacatattcgggcctgttcggac
catgctcgggccacaaaaaagtattattgaatcggccccCGAATAttttt
ttcggaccatgttcgggccatgtatttacaattgatatGGATTTGCTCGG
GCCAtgttaccgtgagtggtcctaaatccgacagccctgcctaaatccga
ccccccaaatgactgctatgaaaaaaaattctatgtttacaaacattccc
tctccaagttgaacaataaactactgcaagaactcttgaaaaaacatcta
acaatatgactataatgtcaagatctgaagatgtcaattaatgagaTCAA
AAacgtgtgagttgtaaaaataattacctctattattctgaatccgttgc
gCTCCTGTTTAACGTTAACAATTCGGACAATTTTGTAtaaaagcaattat
tgttatttggttcaaaatcagtgtatcaaatttctcagtttagttgacac
tttggtggtatcttcgttgcgtcacagtttttattttagtttgtatcttc
gatctttgaaagaccccatcggatttaggcagggctgtcggatttaggac
cactcacggtacctttcctggtttatcatcacccattgttaaatattttc
attagacaaattcaaagttccaaatttataccagtttgattcacaaagtt
gtataacagtacaaaaaacgatccagaaaaattctgcttcgaataggaga
agaccacgagagaaaagggaacgggataaagaataaaaagaagaccatat
tatgtaagatttgaatcattatttttagtaattttcctaacttaattgga
aaatagatgattaacttttatatttgaacaatatatatttaaataaagat
gaagatttttaaatttgtttgctaaaataaggaatttaaaatattgggtc
ctgaaattacacgcgcgatcgtagcaagttttcgaaaatctggcccgaac
atggtctgAAACTGCGCGGGCCCGCGCGGGCCATGcgcgggccattttta
aaaagtattaatcaagaggcccaaACATGTttgggccatgccgtgggtcg
taatccaggcggtgtcaaccgaaccctatcgaaccgattttcgttatcga
accatcgaacttttttgaataaaatcgaacgatagctgttcgattaccga
acccgatcgaacagctatcaaactttacgaaaatttcttgataagttcga
tttagttcgatgagttttctttgttcaatgaagttcgattgatgttcgat
gagttcAATTTAAGTTCGTTGTGGTTCGATGGTTGTGTCGGAtagattct
acttttctttacctttcagaaaattacgaggttgtttaatcaaaacacag
gcacGGAATGCTTCTTTCTGtaaagaaagtaataaagattaaaatctttt
tttttacaaattaaacgACCAATACACCGCCTGGTGTAATGTGTGTGTtt
atttttgatccagagtagGCGGAGAAGTGTAAAAAGAAATACCACCGTCA
CCTGCTCTAatttgggacgattggtcaaatctTGGGATTGTTGAtttctg
gactgtattttcactttatactgtcaactgctcaaATCTTTTTGACATCA
AGTTTGATTTGATACTTCATTCCAACCATAAAGTtgatcaatcaaacttt
caacGCCCCACAATCAcaaccaaatgtatttttaaagcattttaaaagta
tataatttgaagatgtaattaacaatttaatcacACGCTATTCACATCTT
AATgccattttttgtgttgttttttctctagagacttttttCCAGCGTGT
GCGCGCGATATTGATTGACATGTCAAAGTTACAGAGTGTCGATAACAACA
GATCACAACACAATTTTCCGCGGAGGAACAGACTTTTTTATATCTGTTTT
GGACGCTTGCGTAAAtgcgtgcgggattgcatttacgCTTTTCTTGTtgc
aaagatttgttttttttgcaggTTTGAAAGTCTACCTGGTGAGAAGTAGC
ATATTCACATTATTATATTTGGTATCTATGATTTGTGATTATGttaattt
ttaatgattttggaggttcggtgaaatggtgacGGAATGGCTGTCACATG
TTTTATTAGATAGTCCCAATTTAGAGTTTGACAGTAGACAGCTTGGGAAA
TACCGTGCGTACCGAGCTGCGtagttgatttgttttgaaattttgctgct
atgattggtcagtcatttgatggctatgcaagtttccctctactgatgca
agttacccGACTTCACTGTACATAGTTGACACGTAATATACATTGACAGA
AGTATTACCTATGTAATGTTTATATTTAAATCtgctataaaaatgaaagt
ggtctcttcttctCAGTGGCTTCTGCAAGTCTTTTTAAATTCCAACCAAT
GAGATTGTCGCGTATGATGAAGGTTGAAGCATTTTTTCTTACCCTTAGTT
CTCAAAtgaaagcaggaatttgatgcaagcgttattctttcaaagaataC
TTTCATTTGATTGAatacttctttttaaacaattttcacACAGCAATTTT
TTGATTGGACAAAATAAAGATCTAATATTTTCCAGGGGTgaatttttagc
ttttcttcATGTTAGCCAATCTGGGGAGTCTTCATAtatataccattgga
aagctatCTTAATCTTGAGTTTGGAATATCCCCAAGATTGGTGAACAATC
Attttttgtcacttactacttttttctttgatcttttactgttttctttt
gttgcatcatctatttatcctatatactttttgatttgatatttatttca
tttaatgAATGCTGTTTTGCTGTTGCAACTGGTTACAATCATAGTTTGAT
TTTCTTGATCTGACTTGATGAATTATGTTCTGTCTTTATAGAATTGACCG
CAATGGGGATCAGAGCATTGACTGCAACGAATTACAAACAGCtctcaaaa
atggtttgttttttacacccctcaaatttctttttctttgtacattttta
attttcaaagggTCCTGTATTTACTGAATGAAGAATCTAGTTATATTTTG
TATCACTTTTTGAAGGCTGCAATTAGTTCTTTACAATTAGAATTAGTGGT
GAGGTGGATGTAGAAAGATTGAAAGAGCAAAACATTGGTTAACAGAAGCt
gctttttgcttattttggaCGTTTTGGCCTCAACAGAGTACCATCATCAT
CACTATCATcagtaaagaacattttcattttcattcgaaacgtctaaaca
aaatttcaaaatgaaccaaaagcagCTTCTGTTATTCAACCTATTGCTTA
AGATGTATGGAAGGATTCATTTATTTAAAACATTGGTTACAAATACTGCA
CAAATTCaaatgatgatatttttttatctaGGCTCATGGGCGCCATTCAA
TTTAGAAACAACAAGACTTATGATAGGTAACATGATCATTTTTCAACTGT
GTAATCATTTTTTAGTTCATTTTCAAAAGTACCTAGATTGGTCCTTACAA
TGGGAACCCAATTGTACAAAAGAGTggtgaaaaatatatataaaaagaag
tCACTGAGGTATTACCGACTTTAACTTTCATTTCTTAGGTATGTTTGACT
TTAACAACAATGGAACGATCGATTTCAATGAGTTTTGTTCTCTGTGGCAA
TACGTTACAGATTGGACGCGAACTTTCAAAGGGTATGACCTGGATGGGAA
CGGAACAATCGACCACAAAGAACTTTCACAAGGTTTCACTTATTAATACC
GAAGCGCGATTTATTtcagaaagaaaaagtaaatttgaTTAACTAAGGAG
CAAATAACTTCGTGATTATTTCTTGAATAATTCAAGAACTTCTTTGAagt
ctttttcaactttctctGTGTAATCgaaaaataccatttttcatAAGAGA
GGTTATATGAGAATTTAACGTTAATGGTAGATTATTATACAtctcgtttt
tctttttcagctaTGCATGGATTTGGTAAGTGAATCTTTCATCACAATTT
CAATGCAGCCATAAGTTCTTTAGATGTCCAGACTAAATTCCCTTTCGATG
CGATCctcaaaaaaatatgaaaataatacaatgcttttgaaaataatttg
gtAATTATCTATAAGTTTGACTAGGAAAAACCTAGTCTGAATTTTGAACC
TCTTTTGgaccttttgaaatatttatctaattgacttgaaattttgtgcA
CCAAACATGAATTGGAaacattgaagaaaatttcagcATCATTGACGtcg
tgattttttgaaaataccgaaAATAGGACCCCCtatctaactttttttca
ctttaatttgTTTGCTCAAAATTTTGTGAGGCAACTCCACGCGACATTCA
TTTTTGGGGCATAGGATCAATTTTTAGCCACATGTTGgtattgtgtattt
tacagacacCGGCCTAAAATTGCCCTTTTTGCCTAAATCAACCCTAGGTT
ACAATGTAAAAATACAAACTTGCAgacaaaatttcagcaaaatcggaCGA
GCagttatgctgaaagtgagcattttcaCTTACGTTATTAATTTTGCGCA
CTGACTTAAATGGTCAATATCtatcactggtgaaaatttcaagtcaaaag
ctccAGTAGTTCCTGAGTTCCGACAGGTTGTCAATGTGTATTTaaaaaaa
CGGTCTTCAAAGTACTAAATATTCATGGGAAGAAAATCTTTCTGTTACTA
GCTTCTTTAATTTGACAAATCAGCCTTCAGGaagaaatttcagtcaaatc
gaacGAGTCGATCAGTAaatacattctggtctgtaaaataccaaccagac
aggtggccgaaccaaatttttgtcaatcatCTTTGATTAACCATATTTAC
CACTGGTCAAACGTTTAAGgtcatagcacttgtcaatcctGAGATTTTAA
GGGGGCCTCGAGTCCCTCCCCCAAAGATGCTTCCCCTAGTAAAGAAAATA
GAAAGATGCTCGAAGTGTTGTgataattgaatattttttcttaGGTTTTC
GCGTTTCTGAAAGAATTATCAGCATATTGATTCGTAGATTTGATCGGACG
GGTCAGGGACAAGTTCGTTTTGATGATTTCATTCAATTGTGCATTATCGT
GAGGGTGAgttatttctttttctatttctttgtTTATCGATTCAGTTCCA
ACAAAACTAGTGTCTTGTTGATACGAATTTTAATATACGTACGTACGTTC
GTTAAAAATTCAATACATTTCAATCTACTAATCTAATTTGCTTttgctac
atgttttttataagcaagtgtatgccccttggtcaggctcgtgtatgctt
aagttctcaaagcatccaggcgtagcttatgcttattatatgcttatgaa
tcatgcttatgattcacctcgagccaagtttttagtgaaatttcagaaat
ttttgtaaaaatttgttcagattttgggagcagtgaaATGTAGGAAACCG
TGGAAAGTCCtttttttACTTGACTCtcctaccaaacctttttaaacaga
taaacagtgttcaaagtttttccgtctctgacggatttccgtctcagcga
GGTACAAAAAGAGGTTTTCCCGTCTCCAGATTCAACAAAATTTCCGTAAA
ACATGAAGAAACTGGCCAGATTTGTTGTTTGAAGTCTATTTCCGTCTGTG
ATGAAaactttgctttgaccactggataaaaatgacaactggAAAAATAT
TGCAGACTGACGTATATGCTTATGTTCtgtttaggaattctgcaaatctg
agccttcatatgcttaaaagcgttatgcttataaaatccATTAAAACTGA
GAGAGGATTAGTTAGCgttttcaagttaaaataaatttctttgcgAGGAG
GTTACATCATGACAAATAGGCTCGTGGGTCAAACTTGATTGTCAGGATGT
TTTTTCATCTAGAGGTTAATATTTTTCGCCCGGGGAGTCAAAGTTCCTTG
TCTGAGGAGTCTAAATTCTTTTCTTGAGAAGTCTTAACTACTGGAAAATG
TCGCACCCCCTATgtagttttttttctattttcagatGCTGACGAATTCG
TTCCAACGTTTCGACTATCAACGTAACGGAAATATTCAAGTTTCTTACGA
ACAGTTCTTAACAATGGTCTTCCAAACTAAAGCCGCTACTTCTAAGTAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000268_pilon:1071..7419+ >XLOC_011966 ID=XLOC_011966|Name=XLOC_011966|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1092bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000268_pilon:1071..7419+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACACACCAACAGTATCAAGTTGACCGAAATTATTTATGGAACATTTT
TCAAAGATGACACACCAACAGTATCAAGTTGACCGAAATTATTTATGGAA
CATTTTTCAAAGAATTGACCGCAATGGGGATCAGAGCATTGACTGCAACG
AATTACAAACAGCtctcaaaaatgAATTGACCGCAATGGGGATCAGAGCA
TTGACTGCAACGAATTACAAACAGCtctcaaaaatgGCTCATGGGCGCCA
TTCAATTTAGAAACAACAAGACTTATGATAGGCTCATGGGCGCCATTCAA
TTTAGAAACAACAAGACTTATGATAGGTATGTTTGACTTTAACAACAATG
GAACGATCGATTTCAATGAGTTTTGTTCTCTGTGGCAATACGTTACAGAT
TGGACGCGAACTTTCAAAGGGTATGACCTGGATGGGAACGGAACAATCGA
CCACAAAGAACTTTCACAAGGTATGTTTGACTTTAACAACAATGGAACGA
TCGATTTCAATGAGTTTTGTTCTCTGTGGCAATACGTTACAGATTGGACG
CGAACTTTCAAAGGGTATGACCTGGATGGGAACGGAACAATCGACCACAA
AGAACTTTCACAAGctaTGCATGGATTTGctaTGCATGGATTTGGTTTTC
GCGTTTCTGAAAGAATTATCAGCATATTGATTCGTAGATTTGATCGGACG
GGTCAGGGACAAGTTCGTTTTGATGATTTCATTCAATTGTGCATTATCGT
GAGGGTTTTCGCGTTTCTGAAAGAATTATCAGCATATTGATTCGTAGATT
TGATCGGACGGGTCAGGGACAAGTTCGTTTTGATGATTTCATTCAATTGT
GCATTATCGTGAGGatGCTGACGAATTCGTTCCAACGTTTCGACTATCAA
CGTAACGGAAATATTCAAGTTTCTTACGAACAGTTCTTAACAATGGTCTT
CCAAACTAAAGCCGCTACTTCTAAGTAAatGCTGACGAATTCGTTCCAAC
GTTTCGACTATCAACGTAACGGAAATATTCAAGTTTCTTACGAACAGTTC
TTAACAATGGTCTTCCAAACTAAAGCCGCTACTTCTAAGTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000268_pilon | genome | sc0000268_pilon:1071..7419 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 433-546:6236 |
| Aaloc | 325-432:5197 |
| Aaloc | 310-321:4163 |
| Aaloc | 166-306:3791 |
| Aaloc | 121-162:3584 |
| Aaloc | 58-117:3093 |
| Aaloc | 1-54:1 |
|
