XLOC_009843 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_009843
Unique NameXLOC_009843
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000023_pilon:744657..754172+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_009843 ID=XLOC_009843|Name=XLOC_009843|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=9516bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000023_pilon:744657..754172+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGATGCTATAAATGATAAACTCAATTCGTACGTCATTGGTGGGAAATA TGGATTTGAATTTATCCCGATGGAGGAAATTGCAAAATCCCTAGGTGTAT CTGCTGTTGGATTGCGATTCATGTGTGGTATTCTTGTCGGTAAGGATCAA TATATAGCTTTTATTTCAGCTGCCCGTTGCATTTCTTTCGAACCTCTTGA GAATATTTAAAATTAACAATGGTAATGTATTTTCCAGTTTGGCCAATAGT GTTTACTGTCCAAAATTCTCTTGGCTTGGTTTTGAACGTGGAATGAAATT CTAAATTCAATCCATCTGCTTCACTTATCTAGCCCTTCAAGCttaactta attaaatttaatttgacttaatgaaatttaatttgatttttttctctgac AGGTTATCCATTCGCTCTCATATATTTACTCTTCCCAAAATCAGCATATA ATAGAAAGGTATACTCAATTGGTTTTCTCTCGAGATTTTGGATGGACATG TATATAAAGATTGATACACTTCGAAGGCTTCTGGGAtattttttcggatt ttttccACGAATATGGAAGTAATCTGAAGTAATCATAGCGTTCTTAATGA GAGCACTTATAGCTTTTGATGTTGACGTTTTGACCACTTCTCCTTACTTT CCTGGAACGTTATTCGATCGCACTACACAGTTGACAGGGTTGCATTGTGG TTTTAAAAAATGTATtgtagtttgaaaaatatttcactacTTTCACATGT TCATACCAGGGCGTTCTCTattttttcagcatttctaCTTCACTATCACT GGTATCACAATAACCTACTTCTGTTTCGGTAagattttctttcgaaaatt ttttctaaagaatcgGCTTCATAGCGTGGGTCCGAATCATCACTGGCCTC TATTTAAAAACCCCTTGACCAAGAAATTTTATCCGATATTTTTATGTCTA 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AACCCAGCAGCTATATGCGCTTGCAAACTATCAAAAATCGAATTCATATT CAACCTATatcatttcattaaaaagatcgTCGCTCCCTTTGTTCAATATT TGCCTCTTTCTTCTgttactttttcattttcattatatCGTTAAATGAAA TCAGCCTCTTTTTAGTTTTCTTCGTCCCTGTTTATATTTACAATATATAT TAAGTTCAATCTAATATCTTTGAGCTGAAACTTCAAGACTGTGAAACAGG AGAATGGAGAGGCTTCGAAATATGATCATGTAGATATGATAAAACATTCT TCGAAATAATGTCTCTTTTTGCTCATTGGTTAACTATTTTGTTGCTAGTT AAAGCGACGTGCATTTCTCTACGTTTGAAATCACCTCTTGGTGACCCTTA CTATGTCTTCGGAATTGGCCCCACGTGTTACCATAAACCAATAAACCAAT CAACAGAGATGAACCTCAGAGCCCGTTTCCACGATAAAGCAGTCGACTAC ATCTTCTACAAAAGAGACATAACTAACCCTTGGCTAAATTCCCGATTGtt tcaatacaaacattttGACATATGCGATGGTGGCGATGTGTTGCTGAAAC TATTGGTAGATCTGCTCTTAAACCCAGAGTATACAATCACGACAGATCCT TGTGTCAAGACAGGACGAAGAATATATGCTTGGAAGTacaaatctaaaat tttgatCGTGTTTGCCTATATGGAAGATCGTAATTTTAAACTGCTTGCGG AAATTTTAAGTGACACCGATATCTTGATCTTAAACCTTCGAAGCGATGTA AGGTTTCACCAGAATGAAAACGTGTTGCCATCTCTAACCATAGGAGCTAT CGACAAAGTGAAAACTTCTTTTCAAGAACTATTGGGAGTGATGAACTGGA AATATCTAACTCTTATCTATCTCCGAAACTCGATTTCGAATTCTGAAGAA 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CCATCTATTTGTTATGGTTTTGAATTTCGGACTGTTAATTTATGCTTTTT ACGGGACGCcgactattttgaaatgttactGCCGTCTTTTTTCGTTGACG ATGTTTTATACTGTTTCGGTTGCACTGGTCTTGTTGAGATCTCAGAGAGT ATTAAAAGCATTCGGGTCGCACGTTAAAATGACCAAGTCTGAAGTACGCA AATCCAAAATGGTGGAATTCTTTTCAGTGTTAATACTCATCATTGCTCAA AACTTAATACTGTTGGTCGTGGTTTATCAGAAACCTATCGCCGTCAAAAC TATCATCAATATAAAGACATTTGAGAAAACACCTTTTTGCGAGATCGAGA CGCATTTAAACATAGTTATTGGGATGACCATTTGTTTACAATTCGTGTGT TTTGTGCAAGCATTCTGTGGTAGACGCCTACCCGGTGCTTTCAAAGAAAC AATGTCTATCGTCTATGGAAGTTTCATcgtgattttgattttcatcgtTT CATACCCTATAGtatcttttcaaaaagatgttcTACAGCGAGACATCTTT TATTGGATTTCTATTACACTGAGCATGAATGTTCTGGTCGTGTTTTGTTA TTTCCGACGTGTTTACATTGCGGTATTTTGTCCGGAACAGAACACGGTTG AATATTCAAGAGCAATAATTATGGCTAAAATGAGTAAACAATCACGAATA ACCTTGCTTagatgattttattttcatcatttttgcagttttgtattata ttattttaagGTCCATATaatgaatgagaaaataacttGGTGCAGACATG CACCTATCTCAGTTGACATCAAATACGACTTACAAACACATTACTTATTT AATCTTTCTCAGAAATGGAATTAGGACAAGAAATAAGACACaagaattta taaaatttttaaacacgTCTGAACATGTCCATGTCCCTAGTCCAAGAAAG TAGAGGGTGAGCTAAAAACGTGCTCACACGATATCTACAAAAAAGTTCTG GAACTAGCGAGAAAATATAAATGGTAGctaatcaaattcaaaataattac gGCCAATATGGCTTtctctttcactttcgtttacaaCTTTCTTACGtttt ttttGCCGATAAATCGATATCTCACAAAGTTAAATGGGTTGTGGTTCATA TCAATAATTGCAATGTTTTCTATTTAtctgtttctttttttcagttttct ttCCAACGTTACATTCGGTTCACGACAAACACGCTGGTAGACGCTGACAT CCAAGATAAGCAAAGTGGAAGGTAACAATATGTCATTTGAACCCTACCAA TAATGTTTTAATAATATGTGGTTTGCCCAATCAGGACAATTACGGGGGAT GCGAATTAAATAGTTTTTATCAGTGtttttttAATTAAGGGGTCAAAAAC TTTTCGAGTCTctcaattttgactttaaaactcaaattctCCATTTTACT TTGTAAATCTACTATGTACCCTCTCCTAGTGAAGAGCCcctttcttgaaa tttagaccTCTCCAATCAATGTTAGTGTTAAAtgttgcagcaaaatttta gtgtttttgctttctttttatgGTGCAGATTCGCAGCAAGTTTCAAGCGG TTTTTATCTGGTTTACTGGTGGTAGCCTTGTTCACTGTTTTTGACTCAAG TTACAGAAGTGATATGCTGTTAACCTCCAAAGTGTTGGTATGCTTAATCT TTGTTCACATCTATGTCGGTCCTGCTGGGCTTCGGCTTAATTTTTCAGCT CtcctttaaaatcaaaaaaagtccAATCGTGGGTGACTTGATTTTGAAAC AACCGTACACGCTCCCGTCTAATATTAGCCtaatcatagatttataaagc ccgaagggctagatggcgtacttttgctgaaaagtgtgccgtggttaggt aggaaatcctacctaagtcacgtgacattacaatagaatttcagcgcttg accaatcagaagcttcgcgagttttcgaaaacaatagcaacaatattcac tattttgcctgcgatggcttgaAGCGCgacatctagcctttcgggcttta taaatctatgagccttatagcctggatatccaggctgatAACTTAAGGCA GACAAGCCTGTAAATAgtagaaatatcaaaataagaaaaagatttGCAGC TTGGATATCAAGGATTAAGTCCATTAATTACctagctttttggacctacc ctggtggggtggaggtcctataaattaacccatgttcgttcgttagttcg ttagttcgttagttagttaccaacttttctcgagattggctcattagttt tttctgatttttggcacaaaggtgcatgaccataaaccctcgcatgtgac ggagcccgattttcgaaaaaaaaaatttttgggcaaatttgggccaaaaa acggcttaaaaacgggttttttggacttagtgaaaaattggatcattaat tttttctgatttttagcatgaaagtagggtacaatcatagttaaaagatg gctcaagcagatttttgcaaaaaaaaattttggctcaaaaatcgcatttt tatctataagaaccacttttaataagaatacatcaatgttcttagccata ttattattattatttttattagtttttttttaagatgaaaatgtcacggt ggagggtaatgatttgagttttctagaaacacttattatttttttggctg aaaaacgaatctttatctataagaatcactaattataagcatagatcaat gttcttagccaaattattattttattattattttttctaaacaaagaaaa tgtcaccttagagcgcgatgatttgagttttctgtaaacacttattattt ttttggctgaaaaacgaatttttatctataagaatcactatttataagca tagatcaatgttcttggccaaattattattttcttattattttttctaaa caatgaaaatgtcaccttagagcgcgatggtttgagttttctgtaaacac ttattatttttttggctgaaaaacgaatctttatctataagaatcactat ttatgagcatagatcaatgttattagccaaattatttttttattattatt ttttctaacagaagaaaatgtcacgatAGAGTGCGacagttttctggaaa ccttatttattaagctgtgcatttttctgatagtggtttttataaagaaa agcgcttaatagcttttttatttatttttcaaaaatctttttcaatagtg ttgatagtttctctcaatagatatgctttcattttctttatttttttgta ttttgaccagttatgtcttaaccaggtaggtccataaaagtatcgcttgt ttgaaaataagaacatcttcattactttcaggaaaattttgaaaagtccG CATATGGTACCCAGTCACGcagaatttttgaatgttttcttatttttaga aCAAACCATTTCTGGAGAAAGTTTTATTGATGGGTATCATTTATTACGTC CAATTTGCAAAATATGTCTTTGTTTGGTGGTTTGCTGTAAGTTATACTTT CTCCGCGTCAAAAAGTGTTCAGTTAGTATTTTGCCTTATAATTCCTGGAA AAATGGCACACTTTATTGAATATCTTCAAAGGTTTATAGAATTTCCCTTC AAGTAAAACCAAAGGGTCGATCATCCTTACAGAAAACAAATAAgatgatt tttcaaaagttttagctATGCTTAATGTGAATCGCAGATGATATATCAGG TGCACGAAtccattacatgtttttttttttataagcaagtgtatgcccct tggtcaggctcgtgtatgcttaagttctcaaagcatccaggcatagttta tgcttattatatgcttaagaatcatgcttatgattcaccccccgagccaa gtttttaatgaaatttcagaaattttgtaaaaatttgttcagattttggg agcagtggaatgtgtagctagccgtggaatgtcttattttttacttgaca tcTACCAAACCTATTTTAAACAGAtgaaaatgaccacttgaaaaatattt taggctgacatatatgctcatgttatgcttaggaaatctgcaaatctgag cctccatatgcttataagcgttatgcttataaaaaaaaaaacatgtagta gaTGCCAGTtaagggaccattcaaaaagtgcGTACGCTCGAAAATGGCAA ATATTTGACTCCCcttccccccttgtacgctttcGCTTTTttagtacacc cccccccctaaccaaagtcgaaacttgaaactcttgtaacagtagaatat ttaggtatccaatcgtatttataacaaagtctcaataaattaaaagaatc tataagatgaacaaaaataccaggagaaatgaaaaataacaatcgcaaaa aacattttttgatgtgaaaatattacgtttttctttcaaaaaagacagtt caggaaaaattacgagcgtacgtacttctcctcaaggacccccctccccc tcgtacgcttttgggagtaccccctccccctctcgagcgtacgtactttt tgaatggtccctaaAGGCTATGACCGGTTAAAATTTTCATCGGGAACAAT CTATTCACTATATATCTCAATCCACCTTTCATTGACATTACAGGAGAGTA TATGTATGTTGATTGGTTTAAGTTACGATGGAAAAGATTCCCATGGAAAC GCCAAATGGGAAGGACTGAACAATTTCAAATTCCGAAAGTTCTTCTTTGG TGCATTCTTTCAAGTG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000023_pilon:744657..754172+

>XLOC_009843 ID=XLOC_009843|Name=XLOC_009843|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1974bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000023_pilon:744657..754172+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGATGCTATAAATGATAAACTCAATTCGTACGTCATTGGTGGGAAATA
TGGATTTGAATTTATCCCGATGGAGGAAATTGCAAAATCCCTAGGTGTAT
CTGCTGTTGGATTGCGATTCATGTGTGGTATTCTTGTCGATGGATGCTAT
AAATGATAAACTCAATTCGTACGTCATTGGTGGGAAATATGGATTTGAAT
TTATCCCGATGGAGGAAATTGCAAAATCCCTAGGTGTATCTGCTGTTGGA
TTGCGATTCATGTGTGGTATTCTTGTCGGTTATCCATTCGCTCTCATATA
TTTACTCTTCCCAAAATCAGCATATAATAGAAAGGTTATCCATTCGCTCT
CATATATTTACTCTTCCCAAAATCAGCATATAATAGAAAGcatttctaCT
TCACTATCACTGGTATCACAATAACCTACTTCTGTTTCGcatttctaCTT
CACTATCACTGGTATCACAATAACCTACTTCTGTTTCGGTGCTGATTGTA
TCTACAATTTGTTTAGTATCTTCATGAGTTACGTGTCATTCTCGTTGCTT
GGTCCTTCCATCAGTAATGTCATCTTCAACTTCCTCTTTCACACGGTGCT
GATTGTATCTACAATTTGTTTAGTATCTTCATGAGTTACGTGTCATTCTC
GTTGCTTGGTCCTTCCATCAGTAATGTCATCTTCAACTTCCTCTTTCACA
CGACTTTCCTGTTTGTTGGGTACGTTGTCAACGCGACGGAGAATTATGAC
GTCAAATGGACAACGCCACAGTGTATCTTATGTCTGCGACTTATAGACTT
TCCTGTTTGTTGGGTACGTTGTCAACGCGACGGAGAATTATGACGTCAAA
TGGACAACGCCACAGTGTATCTTATGTCTGCGACTTATAGgtTTGGCATG
GGACGTGTACGATGGCCACCAACCTGAGgtTTGGCATGGGACGTGTACGA
TGGCCACCAACCTGAGGAAACGCTGAGCGAAGAACAAAAATACTTTCGGA
TCACGAAGAAACCAAGTTTTATGGAGGAAACGCTGAGCGAAGAACAAAAA
TACTTTCGGATCACGAAGAAACCAAGTTTTATGGAGaTGTTTGGCTTTTC
ATATTGCTTTTGTGGATGTTTATCCGGCCCTCAGaTGTTTGGCTTTTCAT
ATTGCTTTTGTGGATGTTTATCCGGCCCTCAGttttctttCCAACGTTAC
ATTCGGTTCACGACAAACACGCTGGTAGACGCTGACATCCAAGATAAGCA
AAGTGGAAGttttctttCCAACGTTACATTCGGTTCACGACAAACACGCT
GGTAGACGCTGACATCCAAGATAAGCAAAGTGGAAGATTCGCAGCAAGTT
TCAAGCGGTTTTTATCTGGTTTACTGGTGGTAGCCTTGTTCACTGTTTTT
GACTCAAGTTACAGAAGTGATATGCTGTTAACCTCCAAAGTGTTGATTCG
CAGCAAGTTTCAAGCGGTTTTTATCTGGTTTACTGGTGGTAGCCTTGTTC
ACTGTTTTTGACTCAAGTTACAGAAGTGATATGCTGTTAACCTCCAAAGT
GTTGaaCAAACCATTTCTGGAGAAAGTTTTATTGATGGGTATCATTTATT
ACGTCCAATTTGCAAAATATGTCTTTGTTTGGTGGTTTGCTaaCAAACCA
TTTCTGGAGAAAGTTTTATTGATGGGTATCATTTATTACGTCCAATTTGC
AAAATATGTCTTTGTTTGGTGGTTTGCTGAGAGTATATGTATGTTGATTG
GTTTAAGTTACGATGGAAAAGATTCCCATGGAAACGCCAAATGGGAAGGA
CTGAACAATTTCAAATTCCGAAAGTTCTTCTTTGGTGCATTCTTTCAAGT
GGAGAGTATATGTATGTTGATTGGTTTAAGTTACGATGGAAAAGATTCCC
ATGGAAACGCCAAATGGGAAGGACTGAACAATTTCAAATTCCGAAAGTTC
TTCTTTGGTGCATTCTTTCAAGTG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_009843XLOC_009843-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000023_pilongenomesc0000023_pilon:744657..754172 +
Properties
Property NameValue
Aaloc865-987:9394
Aaloc778-864:8200
Aaloc670-777:6330
Aaloc592-666:5945
Aaloc544-591:2536
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Aaloc247-351:1090
Aaloc196-243:780
Aaloc142-195:405
Aaloc1-138:1