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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000281_pilon:290854..299078+ Legend: CDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_006001 ID=XLOC_006001|Name=XLOC_006001|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8225bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000281_pilon:290854..299078+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGCGTTTTTACCtgcaggtatataataaaaacgAATATTACCCTGTT
TCACTCAGGACTATTATTTTTCCCCCGGGGTCAAAATGAGGGCTTAGTCA
TTTTgaagcaaaacaaaatattatacTCCCAACTGCCGAAACTAATGTct
aattcttaattttttaggtGGATTGAAGCAACAATACAGCTATTATTCCT
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aactttgagacaaaaatgtaattttagctccCAGTGTGCACCCAAAATTC
TCCAACTCTCAAATTGACCGTTTGTCATGTTTGTTTAAAAGTCAAGTctc
aaaaagtaagaatacattAAGAATATTCCACCCTCAATTTTATCACtggt
aatttcttaagaatacttgatcctcatccaaagtaccacttttcttatta
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aaaatattttaatttccaCACATGGGGGAATTTTACATTGTGAAATCcag
aaaatatcaataaatataCTGTAAGTACCAGTggtaccccttaaaaccta
caacaaaaaaaggtaccccctATATCATGATAGAGAAAACAGTAAGAGCT
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tggttttttgtaaaagctgctaagaaaattctttttgcttcgtgaaaaaa
tgcaattttagttatttaccccttaaaacctacaaaatgtttttcttgaa
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cactgcaaagttactaaTACTAAAAATAGAGcattggtacctaaatattt
tcaaaactgtacgttaaaatcaaattacacctTAAAAACCTACACTATGT
ACACCTTAAAACCCCCTTAATGCAATTTCgccttttttttgtcaaaaaac
ggctttgaagggttaaaacttttattcacttcatttttttcacgTATGct
actaatgtttttctaaatctccatcaaatttgtgacattttggtatgtaA
TATGACcttgttttgagaaagtcgaatTTTCAGACTTGATTGGCCACTAc
cataaatgagctttaaaatagaactttgagggACTTAGGATTTCTTTGGG
GTGTAACCATGGAGAAGAAAGTGATTTTTtcgtacctaccataagtatag
gtacctaaaaagtatataggttttatgaccttaaattcatttgtgtaatc
tctaggtctaaaaaacttgattttttgaagggatttcttgtaaaattttc
agtaactttgaattttacgacacttacgataattaaaattcttgaaatta
ggtAATTTATGAAATTACCTATATTAGAGATTGTAGAAAAGTGAATTATG
CAATATTAAATGAAGTTTGGAGGTTAAGAGAGCCCCCAAAACTCAACTTT
GTAGGTTGTAAGGGGTATGTGGATTCAAGGGGTTATCCACTGGTACCAAA
ATTGACTTAATATAAAGGAGTTCTTAAAATTAAAGGGGGATCCCCCCTGT
TTGCCCTGGGTTGACTCAGACTCCGTGATGCTTTGCGGCTTTGAAAAGTA
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TGATTAATAATCAAAATTGTAAGAGTAAATAACTTGCAGTCAATTAGGCT
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tcatttaacTTTCCCAATTGTTGAAAAAGCTGTATAAAATGaagtctgta
aaatattttcaaggtcGAAACAATCTCTCTCGAAAAATTTCTATAACGAC
TGTGGCAATAAATGGTTGACCTGAGTCTGACGAAGAATGTCAAGTTTTAG
TATTTTTCAATATCTTCTTCTGTTTTATATTggtgaaaaatattattata
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GGTACCCAAATAAGAAGCCAAATTGGGTACCCAACCTTTTCAACTGACCC
GGAATATAGTATACCCCCTATCTTGCAAAATTACTCAGAAGCTGTTTCGA
ATTGTAATTTCGAATTGGACTTTATCTAATAATGACGGTTGactcttgct
aattcgaactcgaacgcaCGGGGAATCTTTttcgttcgaattacagagag
attcgaataataaaaaatattctaagagggtttctccttgacagggactg
gaaacaagttcgaaatatgcaaagattcgaataaccagtttgagtaaaga
aaacgatttaagttaatttcatactcaaagtttcatgccaaactttaaga
ttcaaataatagacGTTCAAATAAACGAGAATTTATTGTATTTGCttttt
ttCAGCTGATTGTCCATATCAAGTTGAAGCGATCGGATGTTACAAAGATG
ATTTGAATCGTGCCCTTCCAAGTGAGGTAAAATATACTAAAATTCGTTAG
TCTGAACTTTCGCACGTAGACAAAAATTGATGAGCAAGTTTGTTTTGGTA
TAGGATTAGTAAAGACTCGGTGAAATAAAAGACACCTTCTTCttacagac
ccgctgggatTTTTCtaaccagtggggataaaaataacgaaatGAATCTC
gacggggattgatattctGATACTTTaaatggctggggatttaagtttct
tttgttttcaagtcaggaaAACTTTCAACAGGgtcgatattttggccaat
ttttccaatgggaaggggtcccagtggatctgtgagaaggggatgtataA
GTTCTTTAACCTGTAAAGAAGATCAGGGTACCATTTTTATGGGATCCATA
TAACCGAAATGCGGTTGAGATTTCAAGATGACTCTATTTTCAATTCTTAA
ATCGGAAAGCATTTCACTCAAAAGCAACCACTGCGAGAGGAGACTTTGGG
ATTCCAACTTTGGCAGTTTACAACTTACTAGGACTCTCGTAAATTTGATT
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AAGTCCTGAACAAGTTAATTgagaaaaaacttaattttctttttgatatg
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GAACCACAAATCCAATGGACAAATTATAATCATTGGTTGGCAAACTTCAT
TTGTCAGTAAGTAGTATATTCGCTTCTTTATTTATTCGTCATGTTGTATG
TTGTATTTGATTAAATAAATCTCTAGTCTGTACCAAACTCTGCTTCGCTG
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TTTTTGGTACGGTGCTCGCTATCCATCTAGCGTCTATTTTAAGGCATCAC
TAGCTTTGGAAAAGGTTTTAAACGGCTTTACTTTATTGGTTATGCTGTTA
TCGTAAGGTTTTTTGGCTATAAAAGTTTTAATGGGAATAGCTCTATATTT
TGTACTGCTTACATCACATTACTACGAAATATGTACACATTTTATATTtg
tcacccggggggggggggtacttaggcaaaatgggtgccgggtatgtgcg
agccataagggtaccttttctcattcctcaaaagtctctcaaaggggtac
aaattcaaaagttagtctctgaaagggtcccaaaatcacaaaaatcaaaa
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cccccccccccccccccgggatctgTCACTCTGGCTAAGCTTAACCAcga
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aaagagacaataaaagatagatgtccagtcgtttatatgttcatgccaCT
ATGTACTTATATTATAGGGGCGCaaggaaactttttgaaaagaagcCAAA
TACATTTGCTGACTACATTGGCGTTCAATTTTACGGTAAGTTGATATAGc
gactttcaaattttcataaattattctTCAGAAGAATTAAACCTTACGTA
TTAAGATTACTAAAGAAATGGCTTTTAAGTGTCTTACAGCCCCGGCCGAA
CTATTTTcctcaatggggatgaaaattccttttgaaatcTCCATGGAGTA
Gaaattgttccaaggttaaaaaacccagtggggatagttttggagcgcaa
attttaaacattgaatttcgagtggagataaaatcaaagtcaatttccca
gtgaggctgaaattccagggtaaaTTTTTCAGttggtctgtgacacaggg
gtgtgctTTGAGTCAAGTGGCATTTCATAGTAAATATATGTGTGtttttt
tGCCCTACCTTCAtataaaatttcagaaaaaattacaatatgCCACTATT
ATGAATAACCAAAAGTAGGTCCAATAAGTCAACTTAACAATTTCAAATAA
CAAAGAAATTTGAAGTTTGGGCAAAAAATAGCACGACCCCCGTCGATTTT
ACCCCCTTCTTTACCCAAATTTTTTACTCTAATAATGGCGGCGATTATTA
GGTTTGCGAAATAAGGAGGGGTCTCGCCCATTTTTGAAACTCGGAAATTT
CAGAGACAAAAATAgagaaattttgtgaattttggggCCTATTATCGAGA
CTTTTCTCCTAAAATTTAGCGTTTTTAGAGATAAATACTATGAGCGCCAC
ATAACAGTACCCTCCTTTTGCAtaaataccccccccccatttatagGTGC
AACAGGCTCAATAATGtaatttgtgtttttctaaACACAGGTGAAATTTG
GGCCAATCTTGATGAAGAGGTACGAACGAAATACAATAAATATGGCTCCT
CATTGAACTGTGTGAATGGAAATTACAAGAAAGTGCTTTCACATAAGCCA
ACACAATGTGGATTATTCGTTGGAGATGAACTCGCTAATTATGTATACAA
AGTTACCAGGTAAGTCGCTATAGTACATTAAGTAAGTGAGTATATAtcca
tctggtggctgtcggtaGTGCCAAGAGTGTAACCCCTATTCTATTTTCTG
AGAGGTAGAGCGTCACACCTACTCTCAACTCCCAGTAATTACCACCAGGA
GCAGTCTACCCAATATAGGCTACTCTTGCGcagagttggcggtgaccggg
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GACTGGCATGAGCTACCCAGACAGCACCTTAATATATCGATGGAAAAATT
ATCGGCCTTCTATACGGGCTTGTTATCTTAACACTGCAACCTCTTCAGGC
CGGAAAAAAGatcgaaaatattttgacaataCTAGGTGACGAAAGAACTC
TCTTACTGTGAAGACATAAATTGTGTGTTATTATCTTAACTGGACGGATT
TCCGTCTATACAGACGGGTAAGTTGCAacactgcaaaaaaaatgagtaaa
ggAAACATACCAACTTGAAGACCTGTAGCACCTTAATTTTCATTAACAGT
GTATCTTCCTGTCGTCTCTTAGATATAACAAGGACGAAGATTCAAAAACG
TGTCCATACTTCGAATCGAGCGGATGCTGGGCGGACAACGATCCATACTT
GAAGCCACACCAACGCCCTATGACAGTCtataaaatgaatgaaagagATC
CTTATATTAATAACTGGAACAAGAAATTGATTGATTGGGGAAACTGGGGT
AAAGGCTACTTGGGAGATTTGTTGTGCCGATGTGCAGAGCTagccaaaaa
agaaaacatgaaatACTTCTCCATCCAATTTTACGGTAAGACAATAATTA
ACATTCATATTTCGTTGTAAATTCATTACTAGTCCCCTAAAAAACCGTAT
TCTATCATGGCAGGGCAATATTGggcttacccccttggaatggaaatgga
cctcctcaagaggtttttttctggaaaagcccattagattttgaagattt
ctcaGATATTGCAGGGTTACtttaaaatgcaatattttagaTGGGAACAG
CCCTTGAGCTGCCAAGATACTTTTCTATGAACCGAACGGACCACAGATTT
TTGAGGGGTTCATTTCAAAGGTGGGGAACTGAAAATCTCAAACGTTTCTA
TTGCAAATTGCAAAGATTCTAGAGCGAAACCATTCTACAGATTCTTATTA
TGGCGGATTCTAATTTAACTTTCCGAATATCAATAATTTGTGGCCTGTTC
AGTTAATAGAAAACTATCATGACAGATCAAGGGATGTTCCCATCTAACAT
ATTACATTTAAAAGTAACCCAACATGTGAGAAATCTTCGAAATTTAATAT
TGCTCTGCCATGATAGCCAGCGCCGCGGTCGGCTTTCTTTAGGGGACTAG
TAGTAGtttttactgtctttttaggagattttataagtgtaattctactt
ttatttttatttttgccgaccgaccgactctttttttgggtagcttggct
cgtaaaacaacaaattaaattggcctcgcctaagaatcttttttttttct
caggtgAATGTTGGTTAGGGAATAACGAAACGAATTTTAAACGTGATGAA
AAAACCGACCGATGCGTTGATAACAAATTTGATGTTTGTGATGTCgatca
aaaaacaaaatgtcGTGCTCAATTATGTGCTGGAAAGTGGAAAGCCAACA
AAGTCTACGAATTGAAACAAGGTATAGACCCTTTTTTATGAgaactattt
tataagaacaatgaggctcaaaatctccAAAGAATAATAACAATATAAAA
GAGAACTGCAACGCTTGGAATTACTCAATTCATTTAAATTTtgtctcttt
aagggtcggttttcggtcCGATCCGTGTATTCTCAACATTCTCCAACCGT
AATACACCCCCGGAGGAGTACCCTGAACTATCAGATTATAACACAACTAT
TTTCCATGTTTCAGGACCACACAAGTGCGCAACATCACCATGTAAGAACG
AAGGAAAATGTTTGACCATTGGTACAAACGATTATGTTTGCCAATGCAAG
AAAGGTTTCGGTGGTGATCAATGCGAGAAAGGATCCCCTGCTGTCAACCC
TACAGATGAAATAGAACTAAGCTAG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000281_pilon:290854..299078+ >XLOC_006001 ID=XLOC_006001|Name=XLOC_006001|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2244bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000281_pilon:290854..299078+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGCGTTTTTACCtgcagATGGGCGTTTTTACCtgcaggtGGATTGAA
GCAACAATACAGCTATTATTCCTTgctctgctgacgtcagcaaaacgttA
CTGGGATGCTGAACTGGATAAGCAGCTCGAATATCTTGAATTAGgtGGAT
TGAAGCAACAATACAGCTATTATTCCTTgctctgctgacgtcagcaaaac
gttACTGGGATGCTGAACTGGATAAGCAGCTCGAATATCTTGAATTAGCT
GATTGTCCATATCAAGTTGAAGCGATCGGATGTTACAAAGATGATTTGAA
TCGTGCCCTTCCAAGTGAGCTGATTGTCCATATCAAGTTGAAGCGATCGG
ATGTTACAAAGATGATTTGAATCGTGCCCTTCCAAGTGAGATCTTGAACA
GTCGTGACCGAACCCGAAGATCGATTTTTATGGAACCACAAATCCAATGG
ACAAATTATAATCATTGGTTGGCAAACTTCATTTGTCAATCTTGAACAGT
CGTGACCGAACCCGAAGATCGATTTTTATGGAACCACAAATCCAATGGAC
AAATTATAATCATTGGTTGGCAAACTTCATTTGTCAGGGCGCaaggaaac
tttttgaaaagaagcCAAATACATTTGCTGACTACATTGGCGTTCAATTT
TACGGGGCGCaaggaaactttttgaaaagaagcCAAATACATTTGCTGAC
TACATTGGCGTTCAATTTTACGGTGAAATTTGGGCCAATCTTGATGAAGA
GGTACGAACGAAATACAATAAATATGGCTCCTCATTGAACTGTGTGAATG
GAAATTACAAGAAAGTGCTTTCACATAAGCCAACACAATGTGGATTATTC
GTTGGAGATGAACTCGCTAATTATGTATACAAAGTTACCAGGTGAAATTT
GGGCCAATCTTGATGAAGAGGTACGAACGAAATACAATAAATATGGCTCC
TCATTGAACTGTGTGAATGGAAATTACAAGAAAGTGCTTTCACATAAGCC
AACACAATGTGGATTATTCGTTGGAGATGAACTCGCTAATTATGTATACA
AAGTTACCAGATATAACAAGGACGAAGATTCAAAAACGTGTCCATACTTC
GAATCGAGCGGATGCTGGGCGGACAACGATCCATACTTGAAGCCACACCA
ACGCCCTATGACAGTCtataaaatgaatgaaagagATCCTTATATTAATA
ACTGGAACAAGAAATTGATTGATTGGGGAAACTGGGGTAAAGGCTACTTG
GGAGATTTGTTGTGCCGATGTGCAGAGCTagccaaaaaagaaaacatgaa
atACTTCTCCATCCAATTTTACGATATAACAAGGACGAAGATTCAAAAAC
GTGTCCATACTTCGAATCGAGCGGATGCTGGGCGGACAACGATCCATACT
TGAAGCCACACCAACGCCCTATGACAGTCtataaaatgaatgaaagagAT
CCTTATATTAATAACTGGAACAAGAAATTGATTGATTGGGGAAACTGGGG
TAAAGGCTACTTGGGAGATTTGTTGTGCCGATGTGCAGAGCTagccaaaa
aagaaaacatgaaatACTTCTCCATCCAATTTTACGgtgAATGTTGGTTA
GGGAATAACGAAACGAATTTTAAACGTGATGAAAAAACCGACCGATGCGT
TGATAACAAATTTGATGTTTGTGATGTCgatcaaaaaacaaaatgtcGTG
CTCAATTATGTGCTGGAAAGTGGAAAGCCAACAAAGTCTACGAATTGAAA
CAAGgtgAATGTTGGTTAGGGAATAACGAAACGAATTTTAAACGTGATGA
AAAAACCGACCGATGCGTTGATAACAAATTTGATGTTTGTGATGTCgatc
aaaaaacaaaatgtcGTGCTCAATTATGTGCTGGAAAGTGGAAAGCCAAC
AAAGTCTACGAATTGAAACAAGGACCACACAAGTGCGCAACATCACCATG
TAAGAACGAAGGAAAATGTTTGACCATTGGTACAAACGATTATGTTTGCC
AATGCAAGAAAGGTTTCGGTGGTGATCAATGCGAGAAAGGATCCCCTGCT
GTCAACCCTACAGATGAAATAGAACTAAGCTAGGACCACACAAGTGCGCA
ACATCACCATGTAAGAACGAAGGAAAATGTTTGACCATTGGTACAAACGA
TTATGTTTGCCAATGCAAGAAAGGTTTCGGTGGTGATCAATGCGAGAAAG
GATCCCCTGCTGTCAACCCTACAGATGAAATAGAACTAAGCTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000281_pilon | genome | sc0000281_pilon:290854..299078 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 964-1122:8067 |
| Aaloc | 796-960:7656 |
| Aaloc | 532-792:6674 |
| Aaloc | 364-528:5943 |
| Aaloc | 295-360:5069 |
| Aaloc | 196-291:3759 |
| Aaloc | 127-195:3008 |
| Aaloc | 22-123:169 |
| Aaloc | 1-18:1 |
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