XLOC_004813 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_004813
Unique NameXLOC_004813
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000435_pilon:117718..129007-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_004813 ID=XLOC_004813|Name=XLOC_004813|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11290bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000435_pilon:117718..129007- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGTGAAACAATGGTTGAGACTGCAAGACCCGAAGAAAAAACAGAAGA AGAACAGGTAAAAGTTTTTGCTGAGTTGGGTCCTCCTGTTTATCCTCATA TTATACAGTATACAATCAAAAGCTTTTTCCAATCAATGACATATCAATAA CCAATGGATTGATTGGATATTGATTGATTCTGATAATCAATAGGTAATCA AGACTATTATATATACTGTAAAATCTTGAGTATCGATTGATCATTGAATG TTTTTTCATCAAATTGCCTATGGATTGTCCCGACGGTGTCAATCAAATAA CTTTGAACAAAAATCGCAATTGAACCAATTGAATGAATGTAACCGAGCGT GATCGAATAGAATAATTGCGATTCAATTGTCGAACGTTATCGAATCTCAA TTGAACGGCTGATTCCTGGGTAATATTCGATTGTGTTTCATTGCGTTCGA GTAAGGTTAGATTGGCTCGATTGATAGTTGACTATGTTCGATATTGGTTT GATTGATTTTCAATTACATTGGATTAATCTTCGATTTCGTTCGATTACAA TTATGTCCAATGAGTTTTATTGCGATTAAATTAAATTGGATCACTCTGTT AGAGCTCTTTAGCGTGGGCGGCCGGGTTCTTGAAGTACCATACCAAAGCA AATAAAATCTAATACAATTGAATGAATCAAACTTAATCGAATACAATCAA ACGTAATCGAATACAATAGACCTTTTCGCCTTTCCATCCACCATATTGAA TTGTATGCAAAAATTATAGCGGCCGAATTGCTGTGGTGAAATTCCCTTAG AAAGTATGCACAACATATGCAAAAAGAAAGTATTATAAAACTTACATGCA TAATTGGCATTATATTAAAGTGTAATCTTGTAGAAGAAAGATTAAATTTG CTTCTCTTGAAAACTAAAAATAATTATATTCGCTCAATAATATTTGACAT 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TGAGAACATTCAACAACAGAAGCAGTGATGTTATGATAACGTTATGGAAA TCCTTAGTTTCTCCCTCACCTCGACTACTGTTCTCAGCTTTGGTCACCAA ACAGCATCCACCAAATTGAACAGATTCATTCTGTACAAAAGAACTTCTTC AATAAAATCAAAGGCCTTAGTGCTTTCGTTTATTGGGAACAAATTGAAAA TGTTGAAAATGTATTCTCTACAAAGGAGGAGGGAGAGATCCAGAATTATT TATATCTGGTCGATACTAGAGTGTACAGTACAAAATTTCAGCCACACTGA AGGAGATGGCACTTTAAAAGGTGGTGTCTCATCTTCAACTACGAGCTGGG TTGGTCGAAAATGCCAACTACAAACAATCAAACGAAGTAGCTTTCGCAAA TTTATTTTTGAGAGCTTGGCTGTACAGGGTCCAAAACTCTTCAACAGTAT TCCCTCTGACATACGAAATATCACTGGCTGTTCAAAAGACTCATTCAAGA AACAACTCGATAAATATCTGTGCTCTATACCCGACGAACATCACACTACG TCGCCACAAACAAGATTGGTTGAATCAAATGCTCTTTTCGATCAAATTAT ACGTGTTGGGCTCAACGAGCTGGACAGATTAATATCATCAAATTAAACTG AAGTAAACTGAAGTATAAGTATAGTGGGTGGATGGGTTAAAGGTTGTTAA CGTTTTTTTTTTCAAATCTAGAAACATGAATTTTTAATTCCATGCCAAAT ATTACTGCCCGCCATTTTTCTGTTTAATCACTTTGTCTGTTTTGAAAACC AAAACAAACGGCCTAATGTTAATGTCTTTTCTTTGTTTGACGGCCCGAAC AGAGGTGCAAACTCTCACGCATTGGACGCATTCCAACACTGTCTCATGCA ATTTTTCAAAAGTTTGATTTCTCACGCATTTTTTTATATTTTGAAAGAAA TTTCCTCCTTTTTCCGATTTTTTGGAAAAAGTTTCCCAGATTTTCTGATT TTCAGAAAATTTTTTTCCTGATTTCTCCATTTTTGAATTTTTGGAAAATT TTTTCCCAGGTTTCCAATTTTTTGGAAAACCTTTTCCGTTTTCCGATGTC AAAAAATCAGGCTAAGATTTCGGATTTCGCTTCAAAATTTTTATCTTGCG CAAAATGAACATCTCAAGTTGGCAGGTCTGCCCGAACGGCCCTTGAATTT TTGCAGATGGGCAAAATTATTTTAAAGGGAACCAGAGACCACCTTGATTT CAAAAGGATACTGTGCATAAAGTGGAGATTGTCATTGAATGATTTTAATT TCAGAGGATGCACAATAATAAAAAATGCTGAAAAATGAGAGCTCATGCGA GTCTGTAGCACAAGCGAAACTAAAGTTATGGCATTTTAAAGCTCAAAAAC TGCCCATTTTTTCCATGAAACAGAGTGTCACCCAAAAATTTGCATTATTA AAGTGGTTAATAAATTGACACTGACTGATGATCATGCTATCAAAGTCATG ATTTTTAGCCATAGCAACTATAACACTTTGAGAAAATCAAAAAGATTTTT GGTAACACTCAACCAATTTTTTAAATTCAATATGAATGCGGTACACATGA TATGAAACAGAATCAGCTGTAAAAATTTTATTTAACTTTAAACCCTATAT AGGGTTAATGGAAAGGTTTTCAAGATAGATCAAATGCTTAGATTTTGATA CAAAGTTACTGTATCAGCTTAAAAATGGTTAAGTGAAAATTTCATAATTT TTATCTCAGTAAAGTAAGATAATTTTCCGTCATTCCGTAACCAAAAATGA TTTCTCAATTAAAAACCAGTCTTCCCCCAATGGCAATTAATTTATGCCTG GTTCGAAAGTACTCAGTAAGAGGTAGAAACTTGCCAAATATTTTACTCTA AAAATGTTTCCTTAAAACTTTCCAGCATTTTTTATTTTTCCGTCATTCCG TAACCAAGATTTTTGGAAAATAAAATCCTCAACCGTTCAATCCAGGGAAG GCCAAACATGCTGTAAATGAGTAAATGATGTTGGATTTTGAACAACTAAA ACTGAAGCATTCATTGTATTTTTTGTGATATGGCTGTGGCTGTTTTTTAG GCTAAAAAGCTTTAATTTCAAGGCTTTTTAGCCTAAAAAATGGCAAATTC ATGTTTCGGAAGTGCTGTAGCTCTAAAACAACTGCAAACTAGTTTCAGAT ACTATGAGAAATGATACATATAAATTTGAAAATGTTAACTGAAAAAAAAT TTTCAGCTCCCAGATGCACTTTTTGGTTCCCTTTAAAATAATTTTGCACA GATGGGCGTTCTTTCTGTCGCTATAATACTACAGAGATAATTAATTACAG GAATTGTAAACAAGTTTAGAAATTCGCGACCTTACTTCAACAAGGTTCCA ACTCTGCAAATAGCGGTTGTTAGTAAAATGCATTTGTTTGAAGCTTGGGT CTTTACTTTGCTTTTTGGACCTACCTCTGGGTACCCCTGTGGAGGTTCTA TAAATTAACCCATGTTCGTTCGTTCGCCCGTCTGTTACCAGCTTTTCTCA GGATTGGTTCATTAGTTTTTTCTGATTTTTTGCACAATGATGCAAAATGG CAATGCCCAGAACGTGACGGAGCCCGATTTTTGAGAAAAAAATTATTTCA AGGGCAAATTTGGGCCAAAAATCATGGCTCGCAACCCCCCCCTGCCTGAG CGGGGGGAGCTACTCCTAAATTTGCCATATAAGAGGTGGGAGCTGCTTCT CTTTCCAGACAGGCGGGGGGAGCTCTATCTTGGGGGGAGCTCTATCTTGG GGGGACCTGCATTAGTTTATGTAACTCTGGGGGCTAAATAACACTATCTA AATATTTTTCTTTACTGTTGTTTTTTAATTTCTCTAAACCTTTATGTTTT CATGCAAAGTGTGATCTGATCCTTAAAATGCAAAAATGAAGACATTCTAT TGCATTCTCTAAAAGTGCACACACATGTAAATAGACCTTTGTGAATGGCA TAAAATTTTCCCCCTATACTGGGACCTAAAATTTTATCAGGCTGGGGGGA CCTTGTTCTCAGGGGGGACTTAAATTTGACAGGGACCTAGAACCCCAGTT GGAGCCATGTTTCAGTTTCATATCAATATAATCTTCTATTTTCATGATAG TTCTAGGTTCTAACCTTCAAGGCTCTAGGTTCTAACCTTCTAGGTTCTAG GTTCTAACCTTGTTGACCTTAAAATTATTGGAAAAGGCATTTATCACGAA TCGTGCTAAGAATTTTTCCTTGAAAATTTCCGATAGAACTTTGTTGTGAT GTGCCAAAGACCAAATTAACTGATAGAACTTAGTGGAATATGTTATTTTG AGCCATGGAATTAAGATGTAGTTGGCGTCGTGGTATAGTGGACATCAACC TTGATTCCTGTACAGGCGACCAAGGTTTGATTCCCACTCACGGTTCACTT GGCAAGTGAACAAACTTCAACAGGGTCAACTCATGCCATGTGAGGGGAAT TGGGTAGTCAGTTCAAGGTGCTGACGGAATGCTTACTCATAGCATCTGTA GTTGCGAGAATGGGCTCCAGAGCCTCCTGTAACTCAACCACAATGACAAT AGAATAGAATAGAATGGAAGATAATTTGAAAGTTTACAGCATTAAATATT AGTTTTTGGCATATTAAACGTTATGAACCAAAAAACTCAATTTTTTCAAA ATTCATGATAGAACCTTGTTGAAGTAAGGTCGCATATTATCCCTGTTTCT TTTTTTCAAATATAAACTATGCGAGCCATAGTGAAAATCAAGATTGCTGA 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TTGAAAATTCTAAAGAGAAATTCTACACAACAAGAATAGAGTAACCCACC ACTTGCTAAGTGAAGATACAGCTTTCTGTTACATGAAAACAGGCAGCTTG GTAAAATCTGTGTGTTTCAAGAAATTTTGCGCAAGTCATCGATGACGCAA GAAACCAAAAAAAAAAACCAAGAAAAGATAGAAGAGAAAAGCCGTAAGTG GGATAAAATGTTTGTTCGCCAATCTTTGAGATTTCCCAAGCTCATGATTA CGTTATATGAAGACTCCCCGGATTGGCTAACATAAAAAAATAGAAGAAAA ACTAAAAATTCATCCCCTGGAAAATATTTAGATTGTTTTAAATTTTGTTC AATTGCAAACGCTTGTGAAAGCGCCAAATATTTTAAAATGGTAGAACTTA GCTGTGGTAGCTGGTGATAGATCATTTTCATGGAAGCTGTTGGAATGTTA ATAAGGTTCTTGACACAGCTTGACAGAAAATCCTTTTAACAGAAAATTCT AAGTTTAAGATAAAATATTTTACACACTTTCTATGAAAATATTGCCCGGC AGGCAAAAAATTTTCATATTCATGAGCTTCAATTTGAGTAATTGAAGCCA ACTATTAAGCTGAATTATTTTAGCCCCCAAAGTGATGCCCCTCATAAATG GTAGCATAACGGCATCAGATGAGAATGTTTAGATGGTTAGGAACCCTCCA CCATCAGAGATGGACATAGATCAATGGAGTGTATTCACTCTAAAAGCTAT GGCTATGGCTATGGCTCCGTAAAAGGATCTGCCTAGCTTGGGGAGCATCG CTTTGATCTTTTCATCCAGATTGGGAATGAATATTAAATGGAGCAGGCTG ATTGTCGCTAAAGCAAAATAATCAGGCCAAAATCAACTGTTAATCACATG AACATTTGCATCAGTTGTTTTGCTTTCCTTATCAAGCAAAAGCAAGGCGG TTTTGATTGTTTTGGCTGAACAACAAGGCCAGATTGTCACACTCACCATG TCCCATTTAGAGAAGAGCGTGGTTTGCCCAGAATGGATGATATGTCAGTA AATCACAGACCAAAATTGAAGTTTTAAATAAATCTAAAGGAATTTTTATT CTCATCTTCCAGAGTACGATAGCAAAAGAATTGATGGTGAAACACCCTTT ACAAAATCGCTGGTCGCTGTGGTTCTTTAAAAACGACAAATCAAAGAATT GGGCAGCTAACTTGAGACGAATCACCACATTTGACTCAGTAGAAGACTTT TGGAGCATTTACAATCACATTCAGTTGGCTAGTAAATTAAGTTTAGGTTG TGATTATTCATTATTCAAGGTAAGAAAAATTTGCTTGTCTTCAATTTGGA AAAAGAGATACATCATCATTTTAATTTTTACACCACTCTTCAACACATTG AATCAGGCGGTCTGTTTAGATTTTAAATTTAGATTTTCATCTTCTCACTA TGAATAATTTCTGTAAATGAGCCATTACATTTCGCTACCTTAATAACGGT TTTATTTTTACATAAGTGGTCCCGTTTTATATCAGACACATATTTCATAT CAGGACCGTTTCTCTCTATTGTTATATTATGCTTATAAGCAAAAAATTTT GTTATTTTCCTCTTTCTGCCCGATCTTGCTCCACATCCGTGTCAATTCAA TGTTAAAAAGCTTGTAAATTCAAATTGATGAGTAGGCATACGATACGACT CTTATTAAAAAAAACCTTTAATTCAAAAGTCCATTAAACCTGATTTTCTT CTTTTACATCCTGAACTTGTTATTTCAGGAAGGAGTGCAGCCTATGTGGG AAGACGACAGAAACAGAATGGGTGGTAGATGGCTGGTCAATATGAGCAAA GCACAAAGAAATTCTGATTTGGACAGAGTTTGGCTGGAAACGGTTTGTAT TAGTAGTTTGATTCGCTCCCAATTTCTGTCTTTGAATCCCTTGGTAACTT TGTAGTCGACTGTGAATCAAAAATAAGAAAAAGTCATCTGTGGAAAGTAT GTCTTTTCTGTGGAAAATTTAAAATAATGTAACCAGCTGTAATCCCTTTG ATTCCCACATACCTTTCAATTTTGTGAAACGCGTGATTAAACTAGGTAAA CTAGGTAAAAAAACTATCCTAGTAATTACAAGATGTAGAAAGGATTACAG GCTAATGCAAAGATGATGTCAGAAAAATAGAGGCACTAAATAGAAAGCCA ATCTGAAAATGAGTAATGGGATTTTAAGGTAGAAGTTTGTTTGATTTCAT TCTCCATTTGTCAAATCTTTTTATCAAACTAAATATCTTGGATATCTTTT TTCCGGTAGCTTCTTTGTCTCATTGGTGAAGCATTTGGTGAAGACTCCGA TCAAGTTTGTGGTGCTGTTGTCAATATTCGTGCAAAAGGAGATAAACTAG CAGTATGGACACAATTTGCAGATAAATCTGAATCAGTTTTACACATAGGG TATGTCTGGATTTTCTTCAGTAATCCTTGTTATTTTGATCCTCCATTTTA ATTAGCCACAAATTGTTGGCTACCTAACCAAATAAACAGCCAAAGATTTC TTGTCAGCAACAAGTCTTTCTTGTTTTTTTGACAAATAAAAAGCTTGCTA ATTTGGTGTTGTAATTAACACTTTGATAAACTGTGGCCGGCTGCATGAGG TGGGGAAATTGCTTTTTTTCTGGAAGATTGCTTGCCATTTACCTACCTTC TTTACCGGTAGATATATAGCTGGATATTTCTCTTGCCAGCAAAAGTGCCT TTTCACGATTGTTGCCAGAAAACTTTTATATCAGCTTATTGCATGTGGCG ATTTATAAATAGTCAATCTGATCAAGAGTGTTGCCGGCAAGATGTCCATT TATTTGGCTGGAATCACTTTATTTTTATGCACTTAAACTGACTTAAAATT TGGCTATTTCATTTAATTTCCATACAGAGGGTCAACAAACCTTTTTAAAA GCCAAAAAAAAATATGTAATAGCCCCATGGCTTGGAGAATCACCTATGGG CTTTTCAAAGTAAACATCAACCCTCGAGCAAAAAAGAAAGTTCTTTTAAA AGTTTTGCTGAAAAACTCTGTTTTACACTGTAGTGCTCCTAAGCCCTTGC TGGAGCTGGCTGCACCAGGCTAGATAGAAGGTCCCTTTTGGATCAGTTTC AATAGTGCACATTATTATGAAGTATTTTATTGCTTGTCTAGCAAAAATTA ATTGTTTTTGATTTCTTTGTCGTATAATATTCATTCTGTCCAAACTTGTT ATTTTCTTACTTAGAAAAATGTTCAAGGAAAGGCTGACATTACCTGCTAA ATTCCCAATTATGTACGAGGTAATGATATTTTAATGGGCTTTTCTTTACA ATTGCTTTGAATGAATACCTTGGGGACATCAAAGTTTTAAAGTAAAAGGT GTTTCAGAAAAATTCGCTGAGTGGCTGTAATTTTTTGGGAGAGTAATTTT TGTCTGACTTTCGGCCCGTTTTCAAATAAGAAGTTCCTCAATGACTAACT TTATAGTAGTTTCAAAAATACCCTTCGATAGATTTAATGATTGTGCTATC TTGTAATTATTCAGGTTCCTAAGGATTTTCTTACTTAGCAAATAACTTTT TACGCTTTTACATGTTATTTACTCTCATAGAAACACATGGATACGGCCAA CAAAACTGGATCACAGACAAAAAATAAATACCAATTATAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000435_pilon:117718..129007-

>XLOC_004813 ID=XLOC_004813|Name=XLOC_004813|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1266bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000435_pilon:117718..129007- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGTGAAACAATGGTTGAGACTGCAAGACCCGAAGAAAAAACAGAAGA
AGAACAGATGGGTGAAACAATGGTTGAGACTGCAAGACCCGAAGAAAAAA
CAGAAGAAGAACAGAGTACGATAGCAAAAGAATTGATGGTGAAACACCCT
TTACAAAATCGCTGGTCGCTGTGGTTCTTTAAAAACGACAAATCAAAGAA
TTGGGCAGCTAACTTGAGACGAATCACCACATTTGACTCAGTAGAAGACT
TTTGGAGCATTTACAATCACATTCAGTTGGCTAGTAAATTAAGTTTAGGT
TGTGATTATTCATTATTCAAGAGTACGATAGCAAAAGAATTGATGGTGAA
ACACCCTTTACAAAATCGCTGGTCGCTGTGGTTCTTTAAAAACGACAAAT
CAAAGAATTGGGCAGCTAACTTGAGACGAATCACCACATTTGACTCAGTA
GAAGACTTTTGGAGCATTTACAATCACATTCAGTTGGCTAGTAAATTAAG
TTTAGGTTGTGATTATTCATTATTCAAGGAAGGAGTGCAGCCTATGTGGG
AAGACGACAGAAACAGAATGGGTGGTAGATGGCTGGTCAATATGAGCAAA
GCACAAAGAAATTCTGATTTGGACAGAGTTTGGCTGGAAACGGAAGGAGT
GCAGCCTATGTGGGAAGACGACAGAAACAGAATGGGTGGTAGATGGCTGG
TCAATATGAGCAAAGCACAAAGAAATTCTGATTTGGACAGAGTTTGGCTG
GAAACGCTTCTTTGTCTCATTGGTGAAGCATTTGGTGAAGACTCCGATCA
AGTTTGTGGTGCTGTTGTCAATATTCGTGCAAAAGGAGATAAACTAGCAG
TATGGACACAATTTGCAGATAAATCTGAATCAGTTTTACACATAGGCTTC
TTTGTCTCATTGGTGAAGCATTTGGTGAAGACTCCGATCAAGTTTGTGGT
GCTGTTGTCAATATTCGTGCAAAAGGAGATAAACTAGCAGTATGGACACA
ATTTGCAGATAAATCTGAATCAGTTTTACACATAGGAAAAATGTTCAAGG
AAAGGCTGACATTACCTGCTAAATTCCCAATTATGTACGAGAAAAATGTT
CAAGGAAAGGCTGACATTACCTGCTAAATTCCCAATTATGTACGAGAAAC
ACATGGATACGGCCAACAAAACTGGATCACAGACAAAAAATAAATACCAA
TTATAGAAACACATGGATACGGCCAACAAAACTGGATCACAGACAAAAAA
TAAATACCAATTATAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_004813XLOC_004813-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000435_pilongenomesc0000435_pilon:117718..129007 -
Properties
Property NameValue
Aaloc574-633:61
Aaloc520-573:426
Aaloc379-516:1382
Aaloc265-378:1913
Aaloc58-264:2579
Aaloc1-57:11291