XLOC_003808 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_003808
Unique NameXLOC_003808
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000281_pilon:439277..445996-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_003808 ID=XLOC_003808|Name=XLOC_003808|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6720bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000281_pilon:439277..445996- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAGGCTGACGAGCATGGTGAAAAAAGACCTTTACAAAAAGCAAGTTT
AATTTGAACTTTTTTTCGTATTTCGTTCATTGGAAGATACGGAATCAAAC
AACTTAAATCATTATTAGGGTTATTAGAGTTGAAGGAGATTTCTGTTGTT
TACGTGCGATGTTTGATTCTGGTGATTTTCATTGAGAAATGAGCGGTGGT
CAAATTTTGACACTTTTTGTGATCTTGGTTATACTATATCATGTGCAACA
TAAACAATTTAGTCTATTTGATTATTGATTGGATACGTGCTCAAATGTAT
ACTTGGTGGCTCGAGGGGGGGGGGGCAATCGATTCAAAAACATCCGTATG
TGCGGCTCAAAATTAGGTCATTGAAATCCAACCCTTTACAGTACAGAGAA
AATCTAGCCAAAAAACGACACTTTCTTGAAATTTGTTGACCATTTTCAGG
AAAAATGTTGCACCCTTTCGGTGCAATTTTTATCAGACCCTGACAGTGCA
ATTTGGGAAGCTTGAAATAAGGGCCCAACCCCCCCGGGTTGGTGTATAGC
AGCAACATACTAAAACTGGGGAAGATCATGAAATTCAACGTAATTTTATT
TTTTACTTCTTTGCAGGGTACTACACCGTTATCTGATGTTTTGGCAAAAC
TTGGTGATAAAGGATGGTACCCGGTGGTCTTCTGTTTATGCATTTGTGTG
CTCAACTCAACGGTGGCGTTTAACCATCTTATTATGGCGTCCTTTGGATT
CACACCACCCCATAGGTCAGTAAAAACCGCAAAAACAGTAAGATTAGTAA
GTTATCTGGTACCAGATGTGGAAATATGCTACAAAACCATTTGCTCTGAA
GGTCGGGCATATTGGTCCGCTTCTTTAGAGCTTTAGCGTGAGCGGCCGCT
AATACACCATCAGAATATTAGTTGAAATTAGGAAGCGACGATATATAATT
ACAAGAAAAGCTCCAGAACTGAAATCTCCAAATCTCAAATATCCATAGTG
TTTGGAGAGAAGTTTCAACCTTTCGTTTATAGTCCATTCACCCAATACAC
ATTCCCCTATTTTTAGTACCTCACGAACGCGCATCAAATGTTTATAGTAA
ATGGTGCGTACACGGCACCACTAGCTAAATTTACACTTTTCATTGCTATT
TTGCTCACAAATACCAACAGTGTTACTGTTGTATAAACACTTCGCGTCCA
GTGCTAAATACCAGCCCAATTCTTCATATTTCTTTCGATGCAAAGAATTG
ATAATTTTCATAATAGGACTCTAAGATTAATAATCTGAACCTCTATTTCC
AAACAAGCGGTCCCAGACGTCGCCACAGACGACATTTTTCACATCCAAAA
TGTACATAAAGTCATATAGGAATGCAGCAAAAATTGAATGATAAAAAATA
ACACATTAAACCCCGAAAAAGAATTACGGCAGGTCGAAATCGCTAGCGAA
AATGAAAACGCTACAGAGAATTATCTGGCACCCAGATGCACGTTAAAGCT
CTGAAGGTTGGAAAAATTTTCAACATCTGAAAAGTTTAAATTACGGAATT
TTGCAAGACCACGTCAAGAATTTTGCAGCAGCAGGTCTGGTAACCCAGCC
CTCGTTTTCGGGGATTGGCGGGTCCAACCAAAATATTTTTAGCTTTACGC
GCAACGCTAATTGAACCCGACTGGGGATGCAGCACATCAAAGGCCGATTA
TCATTCCTCTCCGATGGAAGATTGACCCGCTCCTTTAGAGTTTTAGGCTG
GGCGGCCGCTAATCCGCCATCGGAATATCAGATAATACAGAGAAAGGCTT
CAAGCACGTAGGGCCATTATCATATAGATTCTTACTCTCCAGCTGCAAGC
TCCCTGATGGATATACAAAAAATGCAAGTATCCCAATGGAAATGATCAAA
GGGAAAGAAAGTTACAGCCAATGTAAGATTTACCAAGACTTTAACTCCAC
CAGTGGATCGACTGAAGGTTGTCCAAACGGATGGAACTTCATATTGAATG
GTAAAGAATCAACAATTGTAAATGAGGTATGAACATTTGATCTTTAGGTC
CTGGATACAGTTTCTCAATCCAAATCAAAATCTTTGATACTGGTCATCGA
TGCAGGTCATCACTTTTTTTAATAAACAGCAGGACAGCATTGTATTAAAA
ACTGATCAACGTCGATTACAATTTAGGGTACCACCTTTTAAGAAAATGCT
CCAATCAAAGAGGGTGGACTTTAGCTCGACAAGACTTTTTGGCATTTTAG
TTTGCTTCTTTCAATGTATTAAAATTTAGAAATTCCTATCTAAATCTTTC
TTTTCCCCGTCAAATTTTGCGCTGACGTCGTCGTTGCCGTCGTTTTCACC
TATGTCGTCGTACCAGAAACTTGCTCTTGTGTATTGACGTAAACAAGTTT
TTTACACATTTTCTTTCAGTGGTCACTTGTTTGCGACCAAAAATATTTGG
TTTCCCTTGCCACAACCATTTATTTCACCGGCGTGATGATCGGGGGTGCA
GTTTTCGGACAGCTTGGTGATAAATTCGGACGGAAACCAATTACATTGAT
ATGTTTGTATTCACATATTGCATTGGCTGTTGGTGTTTATTTCTCACAAT
CCTTTGAAGTTTTTGCAGCTCTTCGATTCTTTGTTGGTTTCTTTTTGCAA
GTAAGTTACTCTTTATTTAAGTAACCAGTTAAAAATTATTGACATTTAAA
CTTTGATCTAGGCTCTACTTTTATTAATTATTGACATTTTCAGCCTCAAA
TTGTTTTATCCTATATCATCGCTTTTCGGATGACGTCATCAAATTGTTTT
TTCTTCCTGGAAGTTTGTGTCATGATGGAGAACATTTGTACCAATTTTTA
TAGCCATAGTTCTTCTAGATCAAAAATAATCGAGGGTGATACACGCTTTT
TTTATAAGAATAGTGTACTTTGGCTGAGGGTGAGCATCATTCTTATTTTT
CTATTGTTCTTAACAATAGGCCTATTGTTCTAACTCTGAAATCTCACCCT
GATATTCTTATAGAAGTTATTCTTATAAAAAAGCGTGTAGATTATACCCC
CTGGGGCTACAAAAGTCAAAAAAGGTTGGGGTTAATAGGGTTAAATATCA
TTCTAGGGTGTACAAACCAACTCCTACGTTCTTATGGCTGAAATGACATC
CAAAAAGAATTTAGTATTGACTGTTGGGTTTTTCGAAATCTTCTGGGCTG
TCGGTACATTATGGTTGGCAACTTTATCGTGGCTCATTCAAGACTGGAGA
AATATCCAACTGGCTTTGTGTTTACCAAGTTTGATCACTCTTATTTATAT
ATGGTAAGATAAATTTTTTTTATTGAATTTTAATAATAATTATAACTTTA
CTCAAACCCAGTCCCTTAGATAGCTTTTCCATTATGATTCTGTTTGCGCT
CATGAAAGGCTCGTGATCTGAAAATCAAAATGGGGTGCATAAGTGACTCT
TGGGTATTGATTGGCTTGAAATATACACAATTAAAGAGAATCATTGGGAT
GGACTTCATTCTTATCCAGGCATCAATTTAATCACCCAATCACCCCTTAA
TTGATCCATTGATACTGACCAGGCCGGTTAGTTTTGGCGGATCAACATTT
TATACTGAAAACTGTAGTATCCCTTCAAAACTAGTTGTCTTATATTATTT
CTACCCCTTATAAATCATTTGGGAAATATTAAAGTCTCATATAGCGCTAC
CAGATGCTCACTTTAATTGCAAAATATCCATCCCTATCTTTTGGACACCC
CTGTGTGTTACAGACCCGCTGAGACACTACCCCCACGTGGCCTTACTGGA
TAAATTTTCAAAGAAACGTCCTGGAGTAAAAAACATACCTTAAATTTCAG
CCCCACTGGAAAATTACCCCATGATTTTATTTCCATTGAAAACCTAATGG
AAAAAATTGCACTCCAAGACCATCCAATAGGCTCAAAACAATAGCTTTCC
TTTCCCATTAGAATTTTGATAGAGTTTTCGTACTCACTTGGAGAAAAAGT
AGCACCGGGGCTGTGAGACAGGGGTGTTCTTGGGCTCAAAATATTATGTT
TGTCAATCTCTCAAAGGTTATTTCCAGAATCAGTTCTCTGGCTCATTAAC
AAAAACAAAATGGAAGAAGCCAAAGAAAATTTAATGAAGATTTCACGAAT
CACTGGTAAAAAGCTTACAGCTGAAGATTTAGATTTGATCAAACCAAAAG
TGAACGAATCAATCCAATATTCGTTTCATCATTTAGTGAAAACTCCGAAC
ATCAGAAAGCGAACTTTCTTAATGTGCTACTTGTGGTATGTACAATTACG
TCATACAAAAGTTTAACAAATTTTAGTCCAATTTTACCGGAAATTGCCCT
TAGTGACTTTCAATTTTCGTTGTTTTTGGATTTTTTTTTTGTGAAAAAAT
ACCCTTATCATTCTCCCGGTATCCACTTTGGTAAGGTGATCTCCCAGATC
AAAAGTTTCAACCTTCACCTAAATGACTCTTTATTGAAACTGTATTTCAG
GTTAGCTTCATCAGTAGGGTATTATGGACTATCATTGGCTGTTGGTGGGT
TGGCTGGTGATAGATATTTGAATCAATTCATCGGTTCGGTTATTGAGTTG
GTTGCTTTCTCATCCGTAATCTTCGTCTTGAAATAGTAAGTGTAGAATCG
TAACCTTTGGGGCATCTTACTGAAACTTCTTTTTTCTTAAGAGCACTAAG
CCAATATAACCTTCCTCACATATTTTAATTTTGTTTCAAGATATGCACCG
TAACCTAACCTAGATTGTAATGTTTGCAGATTAAATGATGCTTGAAATTA
TTTACGGCCCTGCATTTATCAAGAAAATCACATTGTTCATTACACCACCA
TGCTATAAGTTGATGACATTTTCCTTACACTTCAGTTTCAGGAGGAGGTA
CCCATTGATGGCGTATTACATCACCGGTGGTGTCACGTGTATAGTTGCCG
GTGTTCTCAAGTCACAAGCTTCTAAAGGTATACAAGAAGCTACTACATTA
TCGGTCCTTTACGCAGGCCCTAGTTTAGCCGGCCTTTTTACCTCAAAGTT
CATTTTCCTTTCATTTTAGACCGGTTCTAATCTTTTTCCGATCCTTTACG
CCCATATTACGCCAACGTTGAGAAACCCATTCCAATAAGGGTTGACGTAA
AATGATAACTGGCTTTGTGGTAAAAAAATTGCTTGTTTAGAAAAGTCTTT
AATTGGGTCACAGAGCGTTTTTGTAAAAAGATTTGCCAGTTTCAATTAGT
GGGACTTATTTAAGTAAAAAGTAAGTAAGTCTGCGACCGCAGTCGGAGGC
GATACGAAGGCTCCTCTTTCGATATCTATCCACCCAAAGGTAGGGGAGGG
CGCTACTCTTTCTCCCTGGATTGCTTCAACTTACCCTTGATCCTTCTTTT
AATTGCTGAGTACCAAGCAGATAGGCATCAAGTACCATTTTGGAAATCTT
CGGTATGACCCGGCTGTGGGCGGCTGTGGGTTGAACCCACAACCTTGCGC
ACCGTAGCCGGTGCACTACGATCGGCAGTCTATTTAACGACAATTAATAA
TACACTTTTATCATTTCAGATGGTTTCAGAGCTGCCACCTACCTTGCATT
GATAGGGAAGTTTGGGTTAAGTGCAAGTTTTGCCACCATTTTCTTATTTA
CTGTTGAGCAGTTTCCAACTGTTGTAAGGTAAGTTTGGTAAAAAGGCGAA
TCTTATTAGCTCACACCCTGCTTTGAATTCGATTGAGACAGTTTCCCTTA
CTTTTGTAAAGACATGTAGAGGTTAACTTAGTCTGAATCGTAGACCTCTA
TGATATATTCCCTAAGAAATCTATGAGAAACTTTTTTTGCTAGAGGATGA
GCAGAAGCCTAAGGTCAACTAAATGATAACTAAGACGCCCCATGTTTAAT
TTTAAAATATTTTATACCCATTTCAACCAAGTCCCCTTTTATGATAATTG
ATTGATATTCGAGATTCGATCTATCCATACTACATGGATAAAAGATTTAC
TTGTACCCTTCTACATTCTCCTTAGAACACTTGGTATGGGAACTTGTGTA
TTCTGGGCACGTGTTGGTGGTATGATTGCTCCACAAATACTTCTTTTGGT
AAGTTGCTAACTAGCCTTTTATCTATCTCTATACCATATAATAATAGCCC
ATACAACTTCAAAAAAATCACTGATTTAAAAGGATTTTCTTCCCTAGGCG
GGATACCAAACTTTCAAGAAAAATTGTAAGGTCGAAAAATCGTGAAATGT
ACGAAATTTACTTTCACGATTTGACAAAAAATGGGTAAAGATTTGCGACA
ATCGCCAAAGTCTTCACCCGGGAAAGTTTGTATGCCTAGAATATGGGCTA
TTAGCCTGGATCGGGATCTGAAAGTACGGGCCTCACCAACACCTGTCACC
AGCAATATTACTACTTAAATTTAATTTCCCTCGATGCTTAAAGAATGGTC
ATTCGTGTGTTTGTGAGATATCTCACTCTTACTTAGACTGTGGAACTCTT
TAGCCTACAGCCCTTTTGATCTTATTTGTAGGGCAAATACACTTTCAACG
AGTTACCTTACCTTATATTTGGAAGTCTATCATTACTCGCTGCCATGGCT
ACCTATTTCCTTCCTGAGACGTTTGGAAAAACATTACCAAATACAATTGA
TGAAATCGAGGGAATAACAGTCGAGGAAAACGGAACGGAATTGAGAGATA
GAGATCACATCGAAACATAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000281_pilon:439277..445996-

>XLOC_003808 ID=XLOC_003808|Name=XLOC_003808|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3240bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000281_pilon:439277..445996- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAGGCTGACGAGCATGGTGAAAAAAGACCTTTACAAAAAATGGAGGC
TGACGAGCATGGTGAAAAAAGACCTTTACAAAAAGGTACTACACCGTTAT
CTGATGTTTTGGCAAAACTTGGTGATAAAGGATGGTACCCGGTGGTCTTC
TGTTTATGCATTTGTGTGCTCAACTCAACGGTGGCGTTTAACCATCTTAT
TATGGCGTCCTTTGGATTCACACCACCCCATAGGGTACTACACCGTTATC
TGATGTTTTGGCAAAACTTGGTGATAAAGGATGGTACCCGGTGGTCTTCT
GTTTATGCATTTGTGTGCTCAACTCAACGGTGGCGTTTAACCATCTTATT
ATGGCGTCCTTTGGATTCACACCACCCCATAGCTGCAAGCTCCCTGATGG
ATATACAAAAAATGCAAGTATCCCAATGGAAATGATCAAAGGGAAAGAAA
GTTACAGCCAATGTAAGATTTACCAAGACTTTAACTCCACCAGTGGATCG
ACTGAAGGTTGTCCAAACGGATGGAACTTCATATTGAATGGTAAAGAATC
AACAATTGTAAATGAGCTGCAAGCTCCCTGATGGATATACAAAAAATGCA
AGTATCCCAATGGAAATGATCAAAGGGAAAGAAAGTTACAGCCAATGTAA
GATTTACCAAGACTTTAACTCCACCAGTGGATCGACTGAAGGTTGTCCAA
ACGGATGGAACTTCATATTGAATGGTAAAGAATCAACAATTGTAAATGAG
TGGTCACTTGTTTGCGACCAAAAATATTTGGTTTCCCTTGCCACAACCAT
TTATTTCACCGGCGTGATGATCGGGGGTGCAGTTTTCGGACAGCTTGGTG
ATAAATTCGGACGGAAACCAATTACATTGATATGTTTGTATTCACATATT
GCATTGGCTGTTGGTGTTTATTTCTCACAATCCTTTGAAGTTTTTGCAGC
TCTTCGATTCTTTGTTGGTTTCTTTTTGCAATGGTCACTTGTTTGCGACC
AAAAATATTTGGTTTCCCTTGCCACAACCATTTATTTCACCGGCGTGATG
ATCGGGGGTGCAGTTTTCGGACAGCTTGGTGATAAATTCGGACGGAAACC
AATTACATTGATATGTTTGTATTCACATATTGCATTGGCTGTTGGTGTTT
ATTTCTCACAATCCTTTGAAGTTTTTGCAGCTCTTCGATTCTTTGTTGGT
TTCTTTTTGCAAGGTGTACAAACCAACTCCTACGTTCTTATGGCTGAAAT
GACATCCAAAAAGAATTTAGTATTGACTGTTGGGTTTTTCGAAATCTTCT
GGGCTGTCGGTACATTATGGTTGGCAACTTTATCGTGGCTCATTCAAGAC
TGGAGAAATATCCAACTGGCTTTGTGTTTACCAAGTTTGATCACTCTTAT
TTATATATGGGTGTACAAACCAACTCCTACGTTCTTATGGCTGAAATGAC
ATCCAAAAAGAATTTAGTATTGACTGTTGGGTTTTTCGAAATCTTCTGGG
CTGTCGGTACATTATGGTTGGCAACTTTATCGTGGCTCATTCAAGACTGG
AGAAATATCCAACTGGCTTTGTGTTTACCAAGTTTGATCACTCTTATTTA
TATATGGTTATTTCCAGAATCAGTTCTCTGGCTCATTAACAAAAACAAAA
TGGAAGAAGCCAAAGAAAATTTAATGAAGATTTCACGAATCACTGGTAAA
AAGCTTACAGCTGAAGATTTAGATTTGATCAAACCAAAAGTGAACGAATC
AATCCAATATTCGTTTCATCATTTAGTGAAAACTCCGAACATCAGAAAGC
GAACTTTCTTAATGTGCTACTTGTGGTTATTTCCAGAATCAGTTCTCTGG
CTCATTAACAAAAACAAAATGGAAGAAGCCAAAGAAAATTTAATGAAGAT
TTCACGAATCACTGGTAAAAAGCTTACAGCTGAAGATTTAGATTTGATCA
AACCAAAAGTGAACGAATCAATCCAATATTCGTTTCATCATTTAGTGAAA
ACTCCGAACATCAGAAAGCGAACTTTCTTAATGTGCTACTTGTGGTTAGC
TTCATCAGTAGGGTATTATGGACTATCATTGGCTGTTGGTGGGTTGGCTG
GTGATAGATATTTGAATCAATTCATCGGTTCGGTTATTGAGTTGGTTGCT
TTCTCATCCGTAATCTTCGTCTTGAAATAGTTAGCTTCATCAGTAGGGTA
TTATGGACTATCATTGGCTGTTGGTGGGTTGGCTGGTGATAGATATTTGA
ATCAATTCATCGGTTCGGTTATTGAGTTGGTTGCTTTCTCATCCGTAATC
TTCGTCTTGAAATATTTCAGGAGGAGGTACCCATTGATGGCGTATTACAT
CACCGGTGGTGTCACGTGTATAGTTGCCGGTGTTCTCAAGTCACAAGCTT
CTAAAGTTTCAGGAGGAGGTACCCATTGATGGCGTATTACATCACCGGTG
GTGTCACGTGTATAGTTGCCGGTGTTCTCAAGTCACAAGCTTCTAAAGAT
GGTTTCAGAGCTGCCACCTACCTTGCATTGATAGGGAAGTTTGGGTTAAG
TGCAAGTTTTGCCACCATTTTCTTATTTACTGTTGAGCAGTTTCCAACTG
TTGTAAGATGGTTTCAGAGCTGCCACCTACCTTGCATTGATAGGGAAGTT
TGGGTTAAGTGCAAGTTTTGCCACCATTTTCTTATTTACTGTTGAGCAGT
TTCCAACTGTTGTAAGAACACTTGGTATGGGAACTTGTGTATTCTGGGCA
CGTGTTGGTGGTATGATTGCTCCACAAATACTTCTTTTGAACACTTGGTA
TGGGAACTTGTGTATTCTGGGCACGTGTTGGTGGTATGATTGCTCCACAA
ATACTTCTTTTGGGCAAATACACTTTCAACGAGTTACCTTACCTTATATT
TGGAAGTCTATCATTACTCGCTGCCATGGCTACCTATTTCCTTCCTGAGA
CGTTTGGAAAAACATTACCAAATACAATTGATGAAATCGAGGGAATAACA
GTCGAGGAAAACGGAACGGAATTGAGAGATAGAGATCACATCGAAACATA
GGGCAAATACACTTTCAACGAGTTACCTTACCTTATATTTGGAAGTCTAT
CATTACTCGCTGCCATGGCTACCTATTTCCTTCCTGAGACGTTTGGAAAA
ACATTACCAAATACAATTGATGAAATCGAGGGAATAACAGTCGAGGAAAA
CGGAACGGAATTGAGAGATAGAGATCACATCGAAACATAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_003808XLOC_003808-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000281_pilongenomesc0000281_pilon:439277..445996 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1432-1620:190
Aaloc1360-1431:695
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Aaloc1-42:6721