|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000538_pilon:21418..28023+ Legend: CDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_001076 ID=XLOC_001076|Name=XLOC_001076|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6606bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000538_pilon:21418..28023+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTCAGTTGAGAGTAAAGCTCGTGTTTATGCCGATGTCAATACACACAG
ACCAAGAGAGTATTGGGATTATGAATCACATGTTATTGAATGGGGGTAAG
TAATATTCAACACCATGAATCTTAAAACCTCTGCTTAATATTAAGGTTAA
TCAGTAACAAGAGCCTTCGCTTCAGGATGTTgtttaaatcaaattttgaa
aatataattttactcAGTGGTCAAACTTCTTTCTtctcgaaaacattttt
tgttatgAAGTTTTGAAAGATGCAGCTTAGctcaaaaattcaataaaata
ttaAGTATATGGGTCAGTTTGTTGTGTAACGTCCATTTTCTATCTTActg
tagaaagaaaaattaaagctTTGATCTGACCAATGTTGCTGGAATATCTA
AAAATCACCAACATTCTTAACTGATTGTAATGCCTAGCATACTATACCCC
TCCCTTTATAAATCTAATCCCCCTTTTATGACCAACTCAACCGATTCTCA
CAGTTAAACCTACCCTACCACATCTTCATAAAGTcttattcaaaatattc
tttacaAGGCTCCTCTTTATAAGACTAATTTGTCCTACCCTTTCATTTAT
TAAGTGAtttttttgggggggTTATTGAAATCTCTATCATAACACCTTTT
TTGGTGAAATTCATGCCACTTCATTTAGTGTTCGAGTATTTATTTCTTTG
ATTAAATgatatgaaaaatttatttctagGCAACAAGACAACTACCAGCT
AGTAAAGAAGCTTGGACGAGGAAAATATTCAGAAGTATTTGAAGGAGTCA
AGGTCACAAATAACGACaaagttgtaataaaaattctaaaggtaaaaaga
aatttctgttttattaagtttgtaattttgaataactttttttcaGCATA
CCTTTGGACAGCACAATAGCTAGAACGTATTATTAGTATCTTCCTGGGAT
TTTATAGATATACCAATAAATTAGGCTTTTACTATTATAATGAATTCTAA
TGAACTGTCCAGAAAAGTAACAAAtgtcaatgtttacattttatagcctg
tcaaaaagaagaagattaagcgTGAAATAAAAATTTTggaGAATTTGCGA
GGAGGGCAAAATATTATCACATTACTGGATGTAGTTAAAGACCCCGTggt
aagaaaaattttgaaatgtttgctTTTTCTTCTCTGAGCATGCGCATGAG
CAGTCATTTTTTATTGAAGATTGTTCatcggttactttttcgaagcaggc
tacacggctttttgcgcaatacaattggttcttttcgcatgaccaCGGGC
TTACACTACACAGAGTTGCTCGTcattaggaaaattcattgtgacgtcac
ttttttcaaGATGAACactgcgttgacatcatttgtcTCAATCACTGGTT
AATGAGGGCGCTACTGTGAAATATTGGCCTTGATCAATGCAacggcaata
tttctcagtacagccctcatcaaccggtcattattgtattatgaGAAGAT
GAAAATTGAATGTGTAAAATCCCAGTAGCATAATGAAGAAGTAGAGTTTA
CAAACCTGTTTTATCGGACGTGAAACAAATATTTGTAATCTTGAAGACAA
ACCTTTGGaaccatccatatagtacgccAATAGTTGAGGGGGAGGGTGGG
gttcttttattgtttgaataataacctttctattattttctGCGTGCAAg
ggggggAGGGGATGTTAAAGGTTTGGGAAATATTGAGGTACATGCTATAT
AGGTCATCCACATAAACCTATTTAAAACTTACCTATTCATTATAATgtca
tgaaaaaagaaaatttcaacattaTACGTTTCATGCTCTTTCCTTTTTAG
TCGAGGACACCTGCATTAGTTTTCGAATATGTCAATAATACAGATTTTAA
GGTAATGATTGATTTTATCTGCTTGTCTGTCGCTATTTCAGAGAGTGatt
ttattaatgatatcaaattttctttttcatgagGCATGAGTTTCTATTTG
TGTAAGCTAGCATgtcatttcttcttctttcttcgcCTTTGTTTTAAAGC
CAACATATTCTTGATGGTAAAGTGATTGCCACTAAACATAAACCTTGTTG
ATCGGACTTAGACATGACCATGAGGGGTATACAatatatatctttttttc
ttcatttcagtCGCTTTACAATCAGTTTACGGATCACGATGTCAGGTTTT
ATATGTACGAATTATTAAGGGTAAGTTAATAAAGTagatgttttttctga
aaaacaaaacttcttgAGATTTTTCCAGagattaaatttgaaaatgtttg
aaaatataaaccAGCTTCAATACTTCATAATATCTATTGTGTCACCAGGC
ACTGGATTACTGCCACAGTATGGGAATCACACACAGAGACGTTAAACCAC
ACAACGTCATGATCGACCACGAACAAAAGAAATTACGACTCATTGATTGG
GGTTTAGCGGAATTCTACCATCCAATGCAAGAGTACAACGTCCGTGTGGC
TTCAAGATATTTTAAAGGGCCCGAACTTTTGGTTGACTTTCAAGAATACG
ATTACTCACTGGATTTGTGGAGTTTTGGTTGTATGTTTGCTTCAATGGTA
AGTTATAAAAGCTTATTCGCAGACATAATTTAGTCTCGCTGGACAGTCTT
ATGCTACTTACATAATCTTCTGATTGGAGCTGCTCTGACTTGTATACTTA
CAAGTTGTATACTGTGCTTGCTTGCTTGGTTGGACATTTAGCATAGATAT
TACTATTCTATGTAATACTGAAAATAATGGTTTTGTATCCTTGTCTTGTT
GTATGTTGAGCTTGTTccttattggtcagcctaagctgagcattcgaata
ggtaaaattttcttccatcatcatcaccatcatcataagacggcaaaaaa
aaaatccgattttccgatctcactttgatttctaaactttcttccgatcg
ggttaactttttgggtacttttagcgtgcgttgtttttacagatcttaat
gtagtttcaagatggcggctcaagtgatagtcagatgtgataagtcagtg
ttgtaccaaagtatttccagtgtaaatttgctgcaagcttcaatttctgt
catttattttttttaacccggcaaatcaaacacatgattttcatcaaggg
gattctttttctacatcctttgaaggtttaaagccgtttgctcaagtttt
tgtttatgttgcttaatttattgctgctttttaatagtttttacaataaa
aacatatttttcttgtttgcctctaggggaattgatggtgttataatgtt
attgggatttgataaagtttacaaaagtacagctactgtataaatttgat
ataaagactggatgcaatcgtgcttttttggacttggacgtgtttgtgat
aaaggcgaatcgcaaaaaactgtttggttccggtcatttctactttaaaa
agtgggagtcgttcggccggtcagtcgaaaatatttttctgttaagaagc
agctatacatcttgttgaaagggaattcgtgtggactgatctgaatttta
aaattgagaaaccgtggattaaactggtgttttcggtttactctccatta
gcatgcggctctgtacttcgatttgaaaacttttaaacacagagcgtgca
gaggtcgacagtggaaatccagcaaagcaggggaaaagctttccgactct
ccagctctacctgctgaccataaatcagatgacgggaaccaaatgatgac
atcacatctcctattattggacttgtaaaattatgacaaatggtctttgg
aatttgatcatttatattaatattaatatatacagttcttgttgaaattg
atcaaactatttttcacgcagttccggacgcagattgtgtttttctaacc
ttttctaaccttggtgcacattttgactgaatgatggaatggaatgaatg
gcgataacagtttatagattATCAGACTTGCCGAAAGCGGgctgccgtca
agttacacaacatgcacactctcgtcacaacttgcacagccataacaaac
agatcaatctggtcttcatttaacattgttttaaattttaaaaaacactg
ccagttcttggcacagaagagaggattcccagttgaaattaattgttaca
ccgctgccctgttgaatttatttattatggttgtgtgtttattccgctaa
ggcggtaaatcaatcgcccaaattcatagaccaatcaaaagcgagtttaa
agcaaaacgggggaaaaatgagcttccccgcatagttatgaattttaagt
tttgctttcgattatcatttgcgaccagcaaagtcttcaagatggttgtg
tgcatgttgtgtaacttgacggttactaaactaaaaaatttatttaccca
gactggaggggccatccattggtacgtacacagtgaaggggggagagggg
gttcagcaaaagcgtacatctattgtttaaacaaagtcattactattgtt
ctctgcgtacaaggggggagggggtgtcaaatatttggaaaatctttgcg
tacgtactatatggacaatgctaaagagaagtatactttgagcttctcgt
ggggggggggttggaggagctctcaggcttgttttacttaattttaaatc
aagtaatcaaatgtttcacattttgtacattattcaacatatttagtcta
ctctgtttcagtgcatctcttacatctgttaacccacttattaaagctat
ctagctaagctctattggctgaccttccagcctcggctggtttattctaT
TTTGATCGTTTCTATCTTTAGATCTTTCGCAAAGAACCCTTTTTCCATGG
ACACGACAATTACGATCAAGTAAGCAAACTCTATTTAGATACCATGCTTT
TTGGTAGAGTCCTCTACTTTATTTTTTACGTTAGTAAGCCTCAACACCAA
GCCTCGACACTAAGCCTCGACACCAAGCCTCAACACTAAGCCTCGACACC
AAGCCTCGACACTAAGCTTTCACTTGTCTTAATTTGGAGAATTAAACAAA
ATGTTATAAAATTATATTGATAATTCTTTTGGTATCATCGTTGAACTTTT
ACATTTCCTAAGCTTGTGAGAATTGCAAAGATCCTTGGTACAGATGAATT
ATTCGATTACATGGACAAATACGGAATCAGTCTGGATCCTCGCTTCAACG
ACATCCTCGGCAGGTTAGTTGATAAttggttttcaaattttcaaatattg
aatGCCATCTTGATAATGGTTCCAAACTAAATGGAAAAACAAAGCCTCAC
TTACATCAGTTTTATCGCGTTTTCTATTTGCGTTTCACAAAGATATAATC
CTCAGGTGGCGTGCAACACACTTTCCCAGCTTCAAGTTGCTCACTGCATC
ATACtacatttttattgttttgaagacaatttttgtattgcaattccctt
ttttctcttttcaatgTTAGACATTCAAAGAAACGATGGGAACGTTTTAT
CAACACGGACAACCAACATCTAGTCAGTAGTGAAGCTCTCGACCTTTTGG
ATAAACTACTCAAATACGATCATATGGTATGAACGCTTTCTGTCATTCCT
TGATTTCGCTAAGCTCTGCTTTTGAAAATTAACTTCAGTGGCaactttct
tgaaaataaatacaGTGTTGACCCTATTCAATTTTGATGACAAATACAGT
GGattctttttaactcgaacctctataactcgaacgtctccttaactcga
acaagttttcctGGCCATTCATTAACCAATGCCCTATAAACCCTAGTCTT
CCcgtgcgggttcgagttatggagactccactgtagaaTCGCAAAAAGAC
AAAATCAACATCGATATTTCAAATTCCTGATGAAGATTCTATGTGTTTGT
AGTTACTGTATCTAATTCACTTTTAGGAACGATTGACGGCCAGCGAAGCA
ATGGACCACCCTTACTTTGGTATGTCATTATTAAAAGCTTTACCctccat
tctttttttttaatgtttgcagaaaatgtccgtacaatggggggggttgg
aggataaAGTGTCCGGGAGGATAGTGAAAGTCTACAAAATGTgtcttgtc
cgggggtaaacttgctctaaGAGCCCAATTTTTGAGACATATTTTTACCT
TTGTTCAAAACCATTTTGTCAATGGTTGACTAATTATCTGACAATGCGAA
AATGTTTGTCTCATTGTAAAACCTGaacaaagatttttatttgttcgaat
ttcAAACTCGAAGAAATTCGCTCAGAGGATTTTAACATTAATAATTTATA
TTTACTCCCTGTTAGAAAACTTAAAATGTAAAAGCAGTAAATTTATTGAA
CAGAAAAATAAAGCGACTACTTatgtagaaattttcgtcatctttacgtg
acttcatcagcataaTAGCCAAACAAAAAGTGATATCTTTTTTATAATGG
AAGCTAggaatttgacaaaaaactcCCTGttaattatataattttttttt
ctttctctgtTTATTTTTAGCTACAGTAAGACAAGGAGCTGAGAAATCTG
ACTCCAACAACACCAGCACAGGTGCAGCATCGTCGCCATCAACACCATCC
AAATAG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000538_pilon:21418..28023+ >XLOC_001076 ID=XLOC_001076|Name=XLOC_001076|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2106bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000538_pilon:21418..28023+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTCAGTTGAGAGTAAAGCTCGTGTTTATGCCGATGTCAATACACACAG
ACCAAGAGAGTATTGGGATTATGAATCACATGTTATTGAATGGGGATGTC
AGTTGAGAGTAAAGCTCGTGTTTATGCCGATGTCAATACACACAGACCAA
GAGAGTATTGGGATTATGAATCACATGTTATTGAATGGGGGCAACAAGAC
AACTACCAGCTAGTAAAGAAGCTTGGACGAGGAAAATATTCAGAAGTATT
TGAAGGAGTCAAGGTCACAAATAACGACaaagttgtaataaaaattctaa
agGCAACAAGACAACTACCAGCTAGTAAAGAAGCTTGGACGAGGAAAATA
TTCAGAAGTATTTGAAGGAGTCAAGGTCACAAATAACGACaaagttgtaa
taaaaattctaaagcctgtcaaaaagaagaagattaagcgTGAAATAAAA
ATTTTggaGAATTTGCGAGGAGGGCAAAATATTATCACATTACTGGATGT
AGTTAAAGACCCCGTgcctgtcaaaaagaagaagattaagcgTGAAATAA
AAATTTTggaGAATTTGCGAGGAGGGCAAAATATTATCACATTACTGGAT
GTAGTTAAAGACCCCGTgTCGAGGACACCTGCATTAGTTTTCGAATATGT
CAATAATACAGATTTTAAGTCGAGGACACCTGCATTAGTTTTCGAATATG
TCAATAATACAGATTTTAAGtCGCTTTACAATCAGTTTACGGATCACGAT
GTCAGGTTTTATATGTACGAATTATTAAGGtCGCTTTACAATCAGTTTAC
GGATCACGATGTCAGGTTTTATATGTACGAATTATTAAGGGCACTGGATT
ACTGCCACAGTATGGGAATCACACACAGAGACGTTAAACCACACAACGTC
ATGATCGACCACGAACAAAAGAAATTACGACTCATTGATTGGGGTTTAGC
GGAATTCTACCATCCAATGCAAGAGTACAACGTCCGTGTGGCTTCAAGAT
ATTTTAAAGGGCCCGAACTTTTGGTTGACTTTCAAGAATACGATTACTCA
CTGGATTTGTGGAGTTTTGGTTGTATGTTTGCTTCAATGGCACTGGATTA
CTGCCACAGTATGGGAATCACACACAGAGACGTTAAACCACACAACGTCA
TGATCGACCACGAACAAAAGAAATTACGACTCATTGATTGGGGTTTAGCG
GAATTCTACCATCCAATGCAAGAGTACAACGTCCGTGTGGCTTCAAGATA
TTTTAAAGGGCCCGAACTTTTGGTTGACTTTCAAGAATACGATTACTCAC
TGGATTTGTGGAGTTTTGGTTGTATGTTTGCTTCAATGATCTTTCGCAAA
GAACCCTTTTTCCATGGACACGACAATTACGATCAAATCTTTCGCAAAGA
ACCCTTTTTCCATGGACACGACAATTACGATCAACTTGTGAGAATTGCAA
AGATCCTTGGTACAGATGAATTATTCGATTACATGGACAAATACGGAATC
AGTCTGGATCCTCGCTTCAACGACATCCTCGGCAGCTTGTGAGAATTGCA
AAGATCCTTGGTACAGATGAATTATTCGATTACATGGACAAATACGGAAT
CAGTCTGGATCCTCGCTTCAACGACATCCTCGGCAGACATTCAAAGAAAC
GATGGGAACGTTTTATCAACACGGACAACCAACATCTAGTCAGTAGTGAA
GCTCTCGACCTTTTGGATAAACTACTCAAATACGATCATATGACATTCAA
AGAAACGATGGGAACGTTTTATCAACACGGACAACCAACATCTAGTCAGT
AGTGAAGCTCTCGACCTTTTGGATAAACTACTCAAATACGATCATATGGA
ACGATTGACGGCCAGCGAAGCAATGGACCACCCTTACTTTGGAACGATTG
ACGGCCAGCGAAGCAATGGACCACCCTTACTTTGCTACAGTAAGACAAGG
AGCTGAGAAATCTGACTCCAACAACACCAGCACAGGTGCAGCATCGTCGC
CATCAACACCATCCAAATAGCTACAGTAAGACAAGGAGCTGAGAAATCTG
ACTCCAACAACACCAGCACAGGTGCAGCATCGTCGCCATCAACACCATCC
AAATAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000538_pilon | genome | sc0000538_pilon:21418..28023 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 970-1053:6523 |
| Aaloc | 925-966:5927 |
| Aaloc | 820-924:5472 |
| Aaloc | 718-816:5113 |
| Aaloc | 670-717:4822 |
| Aaloc | 421-669:2349 |
| Aaloc | 361-420:2161 |
| Aaloc | 310-360:1851 |
| Aaloc | 208-309:1047 |
| Aaloc | 97-207:731 |
| Aaloc | 1-93:1 |
|
