MSTRG.19406.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.19406.1.p1
Unique Name	MSTRG.19406.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000221_pilon:460421..540995+
coding sequence from alignment at sc0000221_pilon:460421..540995+

mRNA from alignment at sc0000221_pilon:460421..540995+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.19406.1.p1 ID=MSTRG.19406.1.p1|Name=MSTRG.19406.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=80575bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000221_pilon:460421..540995+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AACTATTGTACTATGATTTTACGACAGCAATTGGGGGtttgtttgagatt
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GCTTTTcactttctagaaaaaaaaaggaTAGAAAATGAAATCCTTACAGA
GCTAAAATAAAATCATAATCCGGgatttcagatttttattaCGAGAATAT
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TTTTTCTacccatttttctttcaccaTTGTGGTTTTCAAGCTTCTAATTC
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TTGATGTGCTATTTacaaaagtttaataaaattATGCCAGCTGATACCAC
CTGaaaaaaaCAAGAGCTCTTCCATCATAATTGCAATACTGTATTTTTCT
CGTACTCGTAACATGCATCGCAAATGTTAATACATTCCACCGAGGTCAAC
AAGACAAGGGTATAATGTAATGGTCATTAATTATTTGTGATGTCTTATAG
TCATATAGTCGGTGTCAACATATATTCTGATCGTTTATCAGTTGCAAAGT
CGTTAAATTCTTTCTCCATTGAAAATGATTTAGTTTCAGTCTTCCCTCAG
AGACCTGCAGTACTTATTATTGGCCAGATCCAAACAACACGTGTGCCTTA
GTGGACAGTCTCCTTCCGCATGGCAGGGTACCCGGTGTCCCATCAATGGT
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ACAGTTCAATTAAATCAAAACCCCTTTTTTCAACAAACGGTATCGAATAT
GAAAAGAGGGAAAttaaaatctttgcaaaattcTCTCATCTACGTATAAA
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ACGCTCAAAAATGTTTGAACTTGTTTATCATATTTTGCGGCCATTGAatc
attatgttcttataaaaaacgtatagcAGCTTAAGAGTTAATTATCACCC
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ACACGACAACCCAGGGCCACAATGGTCATCATACGTGCAAGGATACGATA
ACAAAAGATCCATACAACGCAAGGATGACGGACATTCACCTGTGATTCCG
GATAAAAGAAAGTAAGTTTGCTGTTCTCTTGTAAGGCTTCGTTTCTGTAG
AGAAGTCGGTCGGGAGTAGTCACTTTAGTctaatttgttttgaaacgGTT
AATAATCACATTATGCCTCTTAAAcggatacatgtttttttataagcaag
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ATTGGTTTGGTGATGTATAACTTCTTGGAAGCAATCTTCTTTTTCATCTC
AATCTCGTGTTTGGAAATTTTATCTTTCTTTGTTTGAGTGTTTTCACTTG
TCGTCTTGAGTTTGATCTCGTGAGAGTTTTCATTTTCGTTCGCATTCGGT
CGCGCGATCTGATCTTTCTTTACATTTTGATGGTGCGGATGACGGATTGT
ATGATTTCGTTTTCTCACCGTGATTGTCTTGTTAATTATCGGTAAGGCtg
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ACAGGCATTGTTCTCGATTTTAggacaaccccccccccccggtgacAATT
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GAATTAATCTCAGCCTCATGAAGATCTAGAAGTcttattaaaaatttaaa
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TTAGAACGGTGTATAAATAAGTGGTCATCACAACTTTTCTTTTCTCGAGC
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ATCTTTTCCAGTAGCTCAGTAGCTACTTCACTATCCTATATAAAATATCA
CCAAATATAAAGGGTGTATGCATGAGTACACAGAACAAAGCATAAGAAGA
TTTAAGCTTTTTTCAAGTAACCTTGGTCACTCATTTGATCTTTGTCGATT
GTGCCAAGATGTTGACAAAAATTatcatcatttttatttcattgttgCTA
TGAAGacgaaatatgtgttaaaatggCGTCTATCAATAAATGCGATTTGG
CACTCATTCTATGCAGAAATTATTTTAACGACATTGTATAAACTTATTCT
GGTTTTGCATACTCCTAACAACCCTTTATGTAGTTGTTAGCTTAAATTCT
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AACCTACAAATTACATCCCTTCTAATTATATTCGACAAAATCCTGCGAAT
TTTAAAgtagaaatagaaattaatGGTCGCATTCCTTTCCtataaaaata
cttaaaaaaacataaatttcacatttttaaaaatcatgttGATAATAGAT
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ATCTTGAAATCGGAAGTCACATCAATTTTCGAATCAATAATGTATCTTGC
ATAGACTTTCATCATCAGTAAAGATGTGACGATTaaaaaaaTAGTATTAC
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TTGAAGTAAGGGAATGCGGAAAAAATCTTACAGCTGACTTTCTTTGTCCG
AAAATcatcaatttcttaattcaaaaaattagaaCCGTTTATTTTTGtac
gaaaaattgggatgaaaaattggtaaaaagccactatttttaagattttg
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TGATTGTGATCGAAAATTCCATGCACCATCTCATCTTAAACGACATCGAC
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CTTTAACTGTGTAAAAGTCATAAACGGGGAATGAAAACTTTCTCTTAATT
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ATCAAGGAGCATGAATGTACAGTCTGCAATAAGATGTTCACGTTGAGAAG
TAACTTGAAAGTTCATATGAGAAAACATACTGGTGAAAAACCTTACCAAT
GTGAAATTTGTTTGAAGAGATTTGGTCAACGAGGACATCTTCAATATCAT
ATGAGAAAACATGAAGGTAAGGGATTGATGCCCTCATCCAAAGAAAGGGA
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ACGATTGTTCACTGGCGAATTTaggacaatagagcaagtatgtCGGAAAC
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GGTCTTATCTTATCACCAGTAAAGTCAATAATCTACATTTTCTCTTCACA
GGAAAGACACCTTCAACACCAACTGGTAAAGAACACAGTGTCATCAAAGC
TAACGAATTTatcacaaaatcaaaatcaatggaAGAAGATGAGAAAGACC
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GCGGGCTCGATACTCTCCATTATCACCTGTCAGCAGACCTATCCCGATGT
CCAGAAGCCCGTACAATCCACCATCTCCTCCCGAGAGTAGTTTCTTCAGA
TTCGCCGGTAACGATATCCCACTTTCAGGACGCATGTTTGATCACACGAA
CCCCACAGAAATCAAACCTTTCGTTTGCGTGTCCTGCAATTGCGGGTTCG
GTGAGATCCGCTCGATCCGCGCGCACGTGCGACATTCACACGCTCGAAAT
AGTATCCATAACGAGCTCTTCTCGTGTGCTTTTTGTTGTAAAACGTTCAC
AACGATTGACTCGTTACAACACCACCATGATGCTTGCAAGCAACGACACA
TCCCATTGTCAACTCTTCCAACTCCTCCGTTGCTCAAGAAAGAACACATC
GATTATGATTACAATCCAAGACCATTGAAACGTTCCGGTTCCtcagaaat
ttattttcaatacgGAAAACGACAAATGTACGGGCCTGTATCTCCTGGTG
GCCGCTCCTCAACCTCCGATACCACCTTCGATCGCCTACTACCGCCGTAC
AACAGAGAACCAGCTCTTTACGAATGTCCTCATGGTTGTGAATGTAGGAA
ACCTCCTACTAACTTGAACAACAAAATGGTACAAGCCAGATACATCAAAT
ATTTGGAACAATGTCAACAAATGTTGGAATCTCATGTTCAATTAATGGAA
GCTATCAAGGTATCCAGAAAATAGAACCTCTTCTAAAAAACTAATAACCT
CGACTTATAACCAGACGACCAACTTTTGTCTGGAGAATGTGGAAAAGATA
AGACAGGAAGTGGACCTTCTAAGCTAGAGTTATCCTTATATTTGAACGTT
AAGTTAGAGATTGTACAAACGACTGTACCCTAGAACACGAGGCGAAACAT
TATTTCTAATACATCTTCTTTTCTTATTGAGGATATGATActgctttttt
tatctttaaaaatttgaccACAGATAATATATCTGGATTCTTTAAAATAA
CTCGTTTAGAGTTTACtttggtaattaaaattatttatttcttccttaga
ttttttggtgttcatattttgttttttatttcaatttttataaccTTGAC
TTAAGACATAATCAGGTGTCTgtatttacaaaataatttataatcaataa
ttaaagattttacccattttttatgggtgacaaattttttgacggcaatt
tttaaaagagaaatttagaaaatctaaTAAATTTTATAGAACGGTGTGAG
TGATTTTTTACTCTCGCTTCTCTTCAACGGACTATCAAATGCACACATTT
AGTTGTGTCCCCAATTTGCAAAGAAATCTTTTAGTTTCAACCTGGTTTCG
CAATCAAACTGATCATATGGATATGTTAAACCTCGGATATTGATTGCCTC
AGCTTGTACGGTATTTCCcaaacttcattttcaaatactttttgTTCCTA
ATAAAATTCCTTAAGAGCAcgaacaaaattaaaattgacttttctattgc
ttttaatttcatccaaaaattaaaggttttgtttttaaataagagtgata
tcgtttggttacttactcatcaattttaattcacaagcttgaattggcac
ggatgtggagcaagaaagatgaaaagaaagacattttttgcttatatcag
cataatataacaatacgCAGACACAGTGTCTGCCtcttgttatattgtgc
tgatataagcagaaaattgtttttcttttcctctttctgaccatattgct
ccacatccgtgtcaattccaTGTGAAGAAGCTTGTAATTTAAGTAAGTAA
AGCAAAGTAAAGTAAACGATGTCActcttatctaaaaacaaaacctttaa
gtgatTTCAAGAAATCGCAAACTAAAAGTAAAATGtattacaatatcgtt
atacgctagctattgtattatactaattatatcatattatatattttttg
acgATACTGACCTCTTATGGTTGGTTGATATTACGACGATTTGATATATT
AGAATAATacattatctttttattccgATTGTAAACTTTTGACCATATTG
TTTTGGAAAGCAATAGAACTGTCCCATGCTCATTAACATGTAGTCTTCAG
TATTTTTTAGAACCGTTGAAAATTG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000221_pilon:460421..540995+

>MSTRG.19406.1.p1 ID=MSTRG.19406.1.p1|Name=MSTRG.19406.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3582bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000221_pilon:460421..540995+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACCATTCATACCGGAAACAAACCTTTCCAATGTCCGGAATGTCCCAA
AACATTCGGAAGTCGTTTTGAAATGAAGACTCATTGTAACTACATTCATA
AAGGTATCAAGGAGCATGAATGTACAGTCTGCAATAAGATGTTCACGTTG
AGAAGTAACTTGAAAGTTCATATGAGAAAACATACTGGTGAAAAACCTTA
CCAATGTGAAATTTGTTTGAAGAGATTTGGTCAACGAGGACATCTTCAAT
ATCATATGAGAAAACATGAAGGAAAGACACCTTCAACACCAACTGGTAAA
GAACACAGTGTCATCAAAGCTAACGAATTTatcacaaaatcaaaatcaat
ggaAGAAGATGAGAAAGACCTTACTACATCTTCTGATTACGGTAGTGAAT
CTGACTCCATGAACAGTGACCCTGCGTCACCCATGTCACCTACCTTTCCC
TCAATGACTACCCCTGTATCGCGGGCTCGATACTCTCCATTATCACCTGT
CAGCAGACCTATCCCGATGTCCAGAAGCCCGTACAATCCACCATCTCCTC
CCGAGAGTAGTTTCTTCAGATTCGCCGGTAACGATATCCCACTTTCAGGA
CGCATGTTTGATCACACGAACCCCACAGAAATCAAACCTTTCGTTTGCGT
GTCCTGCAATTGCGGGTTCGGTGAGATCCGCTCGATCCGCGCGCACGTGC
GACATTCACACGCTCGAAATAGTATCCATAACGAGCTCTTCTCGTGTGCT
TTTTGTTGTAAAACGTTCACAACGATTGACTCGTTACAACACCACCATGA
TGCTTGCAAGCAACGACACATCCCATTGTCAACTCTTCCAACTCCTCCGT
TGCTCAAGAAAGAACACATCGATTATGATTACAATCCAAGACCATTGAAA
CGTTCCGGTTCCtcagaaatttattttcaatacgGAAAACGACAAATGTA
CGGGCCTGTATCTCCTGGTGGCCGCTCCTCAACCTCCGATACCACCTTCG
ATCGCCTACTACCGCCGTACAACAGAGAACCAGCTCTTTACGAATGTCCT
CATGGTTGTGAATGTAGGAAACCTCCTACTAACTTGAACAACAAAATGGT
ACAAGCCAGATACATCAAATATTTGGAACAATGTCAACAAATGTTGGAAT
CTCATGTTCAATTAATGGAAGCTATCAAGGTATCCAGAAAATAGATGACC
ATTCATACCGGAAACAAACCTTTCCAATGTCCGGAATGTCCCAAAACATT
CGGAAGTCGTTTTGAAATGAAGACTCATTGTAACTACATTCATAAAGGTA
TCAAGGAGCATGAATGTACAGTCTGCAATAAGATGTTCACGTTGAGAAGT
AACTTGAAAGTTCATATGAGAAAACATACTGGTGAAAAACCTTACCAATG
TGAAATTTGTTTGAAGAGATTTGGTCAACGAGGACATCTTCAATATCATA
TGAGAAAACATGAAGGAAAGACACCTTCAACACCAACTGGTAAAGAACAC
AGTGTCATCAAAGCTAACGAATTTatcacaaaatcaaaatcaatggaAGA
AGATGAGAAAGACCTTACTACATCTTCTGATTACGGTAGTGAATCTGACT
CCATGAACAGTGACCCTGCGTCACCCATGTCACCTACCTTTCCCTCAATG
ACTACCCCTGTATCGCGGGCTCGATACTCTCCATTATCACCTGTCAGCAG
ACCTATCCCGATGTCCAGAAGCCCGTACAATCCACCATCTCCTCCCGAGA
GTAGTTTCTTCAGATTCGCCGGTAACGATATCCCACTTTCAGGACGCATG
TTTGATCACACGAACCCCACAGAAATCAAACCTTTCGTTTGCGTGTCCTG
CAATTGCGGGTTCGGTGAGATCCGCTCGATCCGCGCGCACGTGCGACATT
CACACGCTCGAAATAGTATCCATAACGAGCTCTTCTCGTGTGCTTTTTGT
TGTAAAACGTTCACAACGATTGACTCGTTACAACACCACCATGATGCTTG
CAAGCAACGACACATCCCATTGTCAACTCTTCCAACTCCTCCGTTGCTCA
AGAAAGAACACATCGATTATGATTACAATCCAAGACCATTGAAACGTTCC
GGTTCCtcagaaatttattttcaatacgGAAAACGACAAATGTACGGGCC
TGTATCTCCTGGTGGCCGCTCCTCAACCTCCGATACCACCTTCGATCGCC
TACTACCGCCGTACAACAGAGAACCAGCTCTTTACGAATGTCCTCATGGT
TGTGAATGTAGGAAACCTCCTACTAACTTGAACAACAAAATGGTACAAGC
CAGATACATCAAATATTTGGAACAATGTCAACAAATGTTGGAATCTCATG
TTCAATTAATGGAAGCTATCAAGGTATCCAGAAAATAGATGACCATTCAT
ACCGGAAACAAACCTTTCCAATGTCCGGAATGTCCCAAAACATTCGGAAG
TCGTTTTGAAATGAAGACTCATTGTAACTACATTCATAAAGGTATCAAGG
AGCATGAATGTACAGTCTGCAATAAGATGTTCACGTTGAGAAGTAACTTG
AAAGTTCATATGAGAAAACATACTGGTGAAAAACCTTACCAATGTGAAAT
TTGTTTGAAGAGATTTGGTCAACGAGGACATCTTCAATATCATATGAGAA
AACATGAAGGAAAGACACCTTCAACACCAACTGGTAAAGAACACAGTGTC
ATCAAAGCTAACGAATTTatcacaaaatcaaaatcaatggaAGAAGATGA
GAAAGACCTTACTACATCTTCTGATTACGGTAGTGAATCTGACTCCATGA
ACAGTGACCCTGCGTCACCCATGTCACCTACCTTTCCCTCAATGACTACC
CCTGTATCGCGGGCTCGATACTCTCCATTATCACCTGTCAGCAGACCTAT
CCCGATGTCCAGAAGCCCGTACAATCCACCATCTCCTCCCGAGAGTAGTT
TCTTCAGATTCGCCGGTAACGATATCCCACTTTCAGGACGCATGTTTGAT
CACACGAACCCCACAGAAATCAAACCTTTCGTTTGCGTGTCCTGCAATTG
CGGGTTCGGTGAGATCCGCTCGATCCGCGCGCACGTGCGACATTCACACG
CTCGAAATAGTATCCATAACGAGCTCTTCTCGTGTGCTTTTTGTTGTAAA
ACGTTCACAACGATTGACTCGTTACAACACCACCATGATGCTTGCAAGCA
ACGACACATCCCATTGTCAACTCTTCCAACTCCTCCGTTGCTCAAGAAAG
AACACATCGATTATGATTACAATCCAAGACCATTGAAACGTTCCGGTTCC
tcagaaatttattttcaatacgGAAAACGACAAATGTACGGGCCTGTATC
TCCTGGTGGCCGCTCCTCAACCTCCGATACCACCTTCGATCGCCTACTAC
CGCCGTACAACAGAGAACCAGCTCTTTACGAATGTCCTCATGGTTGTGAA
TGTAGGAAACCTCCTACTAACTTGAACAACAAAATGGTACAAGCCAGATA
CATCAAATATTTGGAACAATGTCAACAAATGTTGGAATCTCATGTTCAAT
TAATGGAAGCTATCAAGGTATCCAGAAAATAG

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.19406	MSTRG.19406	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.19406.1.p1.exon1	MSTRG.19406.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon2	MSTRG.19406.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon3	MSTRG.19406.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon4	MSTRG.19406.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon5	MSTRG.19406.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon6	MSTRG.19406.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon7	MSTRG.19406.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon8	MSTRG.19406.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon9	MSTRG.19406.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon10	MSTRG.19406.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon11	MSTRG.19406.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon12	MSTRG.19406.1.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon13	MSTRG.19406.1.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon14	MSTRG.19406.1.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon15	MSTRG.19406.1.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon16	MSTRG.19406.1.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.19406.1.p1.exon17	MSTRG.19406.1.p1.exon17	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.19406.1.p1	MSTRG.19406.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000221_pilon	genome	sc0000221_pilon:460421..540995 +

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MSTRG.19406.1.p1 (mRNA) -