MSTRG.18965.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.18965.1.p1
Unique NameMSTRG.18965.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000210_pilon:536524..540315-

Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.18965.1.p1 ID=MSTRG.18965.1.p1|Name=MSTRG.18965.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=3792bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000210_pilon:536524..540315- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GAAGAGTTGAAAATGATTAAGTTAATTTTCTTGTTATGTTTGAATATTTA
TTGGGTGGAGACAAAAGAAGCAGTCTGTGAAGACTATATTGCTGGTGACG
AATTCTGTGTGTGTCGTAAGTCAAATTGATTGTCCCATATACCTTAAACG
GGAACAAGAAAGCCTAAGCGGCGTAAAGGCACAGCAGTGCTGGCACTGCC
AACATATTTTTTCGTTGCAGAATCGCCATACAACAGAAGCGAATTTTTTC
AATGTATAGACTCGAGTCGGGCGAACAATAAAGATTTATTAAGCTTTTTT
CTACTAATTAAGGAAAGAAAGGTTTGACCATATAAGTTGGAGGTATTAAT
TATATGTGGTTTTTCCTTACGCATGCGCACAATAGAAAGTCAGATAGTTC
GATTATAGCCTGGAATCGTCGATTGATAATTGCGTTCATAGGCCCCGACA
AAGTCAAATCTTTTCAACCAGTTGTGTTTTAAAGGCCCATTGCGCTGCGC
GCTGCGCCTGACGAAATTTTTACAACAGTTGCGAAGTTGTCATTCATGAC
AATTCCCGACTTAGTTTTTCCGGAATCCGTTTTTCCCGTATCAGTCAAGA
TTTTTTTTGCTAGTGTTTTTTTCAGTGAGTGTGGCTGTAAACCAAGTGGG
CATTGAGTGGCTTGTTGAACTATTTTAAAGGTCCAGTTTAAACTCGCCAC
AGAAATCGTCCTTTTAGCGTAAGCTAGCGTTGCTCACCAATTAAAGACTG
TTGACTCACTCTAATTCGATCTTAAAAAGACCAAAAGTTATCGAATTAGA
GAAAGATTTGCAATTCCAAAAGTATTTTATACAAATTTTTAGCTGAGGGG
ACCTATATTTAAGTTCGAGTTATAGAAAGATTCGAATAGTAGAGACTCGA
ATAATTGACTGTATATTCTCAACCACTGATCATACTTTATCAGAGTATAC
TTTTAATTAGACGAACCTACTGTCAACACAAGGTTACTAAAAAGGGAAAT
AATTAAATGTAGCATAAACTTGGAAATAGATTTTAGCGGGGCGGATAGAC
GATGCTATCGTCCGTTTAAAGGTCAAGTAAACGCGGGAAAAAGTTCGGGC
GTCAGGGCGGTTTACGGGAAAAAAGTGGTGGTAGAGTTTTGGAACATCTC
CGCCACTGCTTACTCCACCCGAATTTATCACGCCTCTCCTAAACTATTCC
CTTTTTTAGTGATCTTGTGTAGACGTAAGCAGTGGCGGAGGTGTTTACAG
TGTAAACTATTTGTTCCAAAATCTACCGCTACTATTTTTTTCCGTAGACT
GCCTCCCACCGTGATGGTATATATTTCCCGTGTTTACTATCTCTCTAACG
GATGATATTTAATTAAGGCTGGTCTCCACTTTCGCGTGAAATGGGCGACA
GTTTTTTTCTTAACCTTTTTTGCCTGAAGAAAAGATTACGTCATAAAAAA
GTTTCGCGCGAACAAAAAAAAAGTTGAAGGAAGTTCTATTTTTTTCATCC
GTTAGTCAATTTCGACCAATGGAATTGCTTATCATTTTTCAACCGACCAA
TGACCTCACAAAAACGTTAAAAAGTTTTCGCTGATGTCGCGCTAAAGTGG
AGACCGGCCTTTAGAGTATACTTTTATTCTGTTACTACATTCAATTTTGT
TTTCTTTTACAGACAATGGGTACATTTTCACTTATGTTCCCGAACCAACC
AACGGAATAGCAGCGTTAGAAATGTGTAAGCCAGGATATTTGGCCACTAT
TCAAGATTTGTCTGATATACAAGTAATCAGTGATCTTCTAGCACGCAAGT
AAGACTCCTAGCTGACACATAACGTTGTTTCGACGTCAGTTTAACCATGT
TTAAAATTCACAACGTCCATATAACGTTAAATGAACGTTGAAACAACGTT
GTGTGTCAGCTTTGTAACGTTTGGACATGCTCCATTTTTCCCTATTTTCA
ATCAAAAAATTTCAATTTTAGTCCAAATTACGAGAATTTACAACCCTTTG
ATTATAGGGACTCGATTTTCGATATATCGTACTTTTGGGACTGAAACTGA
ATTGCTTATTTATGGTTTTATGCCCCTACTTTAAGAGACTTTTAAGAATT
TAAAAAGGAACCTTTATAGCTCACAACCATTTACCCCCCTCCCCACGGAT
ATATTTTATTTTAATACAAAGTTACATTACTTTTCTACCAACAAACTTTT
CGTTTAATTTAATTTTTGTAAACGATTCAACACATTTGTATGATCGTTCT
ATTATGTACAGTTTTTAACTTTCAGCAATGCTCCCGCGAGTGCAGAAATT
TTCCTTGGTGGGCCAGTGAATCTTCCTCAATTGGGGGTTGGGATTTTTAA
CGTTGATGCTACAATGACGAATCCTTCGATCCCGGATCCACAGGTAGGGA
ATGTGGCTACCATCAGTGCTGGTGATTCACAATTTTCTGATCTCTCAGAA
GCCTTTGGTTTATTATCGTTGGGATATGTGTGCAAGTCTATTTATTATGA
TAATGGAAAGATTTTTTTCTCCACTTTGAATTCGTTCACTCGACGCGATG
AAGCTGATTGTGGTGAGAATGGAAAACTGGTCACATTTGATCAACATTCT
GCTAACAAAGTGACTAGAATCACCAAAGAACTCAGTTTGAAGTAAGTTCT
GCATTTTAAGTGTGCATGCGTACGTAAGTATTAATCATTATTCAAAACCT
GCTGTTTTGGTGTGATGTGCAACTTTAGAAAATTTGATAGAACCTTTGTG
TCTTTTGAGCTTTTACCCAGTCGAAAATCAGGACTTCGTAAACTTTTAAA
AACACCCCGTGTATTTCACAATCTAAAAACAGTATTTAATAACCCCATTC
AAAGCAAATTAACAGAAAAAAATTTCCTCGTTTTTTGATCGGCTAGTTTA
TTACACTGTCAACAATTCTCACTTGGCAAGTTTATGTATTTGCCCTTTTG
AGGAAGGTAAAGTGACACATACGTAATCTTGGTATTTATAAAGTTACCCG
TTGTCATCTTAAAGCTCTCCTGATTCACAAAAAATGGGTATTTATCATGG
CACATGGCAGTTAAACTAAATGATTCAATGCTGGTCAAAATCAATAGCAT
CAATTTCCGGGAAAACATTTCCCTGTGACCAAACTAAAACTTGCATAGGA
AGCATATTGCATAGGAGGTTGAAATACTACTAAAAACATGGAAAGAATAT
CAAAGGTTAAAAAAATATTTTTTGACTTTGTTTTTCAGAGCATTTGGATT
TTCGGAAATCTTGTATCACATTGGAGCAACGTATGATGCAGAAACAATGG
AATTGGCGTGGGATGATGGGACTCGCTCTACTGTCCGTAACTGGTGCTCA
AACCCTCCCTCCGTTGATAACCCTAATAACTTGGACCCAGTTCCTGATCA
GTGTGTCGTGGTGACGTCAACTGGTTGTTGGGAGTTACAACGTTGTTTCG
CGGTGCTCCCAACTCCCCCGCTTGGTTTTATTTGTGACGCTGATCAGAGA
GGAATCGATTTAAGTGAGAGAAACCAGATGCTAACAATGGTCAAAGTATT
ACAAAAAAAGATCGCTGAAATAAAGGCTGGTTGTCAATCTTGTGCTAAAA
GACATTGAAAAACAAGTGTTTTTTTCTTTGAGTTTAAAGCTAAAAGACAT
TAGTCAGGCAGCTGGGGTCACATAATCTTTAGTTACAAAGTTTGTGAAGA
AAGCTCTGTTGGTTTTTATAATCGAGTTGTGTTGAGAAATCGTGTATATC
CACTAATAAAAAGTCTTCTATATCGATTTTTGAGAGCTTTCG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000210_pilon:536524..540315-

>MSTRG.18965.1.p1 ID=MSTRG.18965.1.p1|Name=MSTRG.18965.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3948bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000210_pilon:536524..540315- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AGCATTTGGATTTTCGGAAATCTTGTATCACATTGGAGCAACGTATGATG
CAGAAACAATGGAATTGGCGTGGGATGATGGGACTCGCTCTACTGTCCGT
AACTGGTGCTCAAACCCTCCCTCCGTTGATAACCCTAATAACTTGGACCC
AGTTCCTGATCAGTGTGTCGTGGTGACGTCAACTGGTTGTTGGGAGTTAC
AACGTTGTTTCGCGGTGCTCCCAACTCCCCCGCTTGGTTTTATTTGTGAC
GCTGATCAGAGAGGAATCGATTTAAGTGAGAGAAACCAGATGCTAACAAT
GGTCAAAGTATTACAAAAAAAGATCGCTGAAATAAAGGCTGGTTGTCAAT
CTTGTGCTAAAAGACATTGACAATGCTCCCGCGAGTGCAGAAATTTTCCT
TGGTGGGCCAGTGAATCTTCCTCAATTGGGGGTTGGGATTTTTAACGTTG
ATGCTACAATGACGAATCCTTCGATCCCGGATCCACAGGTAGGGAATGTG
GCTACCATCAGTGCTGGTGATTCACAATTTTCTGATCTCTCAGAAGCCTT
TGGTTTATTATCGTTGGGATATGTGTGCAAGTCTATTTATTATGATAATG
GAAAGATTTTTTTCTCCACTTTGAATTCGTTCACTCGACGCGATGAAGCT
GATTGTGGTGAGAATGGAAAACTGGTCACATTTGATCAACATTCTGCTAA
CAAAGTGACTAGAATCACCAAAGAACTCAGTTTGAAACAATGGGTACATT
TTCACTTATGTTCCCGAACCAACCAACGGAATAGCAGCGTTAGAAATGTG
TAAGCCAGGATATTTGGCCACTATTCAAGATTTGTCTGATATACAAGTAA
TCAGTGATCTTCTAGCACGCAAGAAGAGTTGAAAATGATTAAGTTAATTT
TCTTGTTATGTTTGAATATTTATTGGGTGGAGACAAAAGAAGCAGTCTGT
GAAGACTATATTGCTGGTGACGAATTCTGTGTGTGTCAGCATTTGGATTT
TCGGAAATCTTGTATCACATTGGAGCAACGTATGATGCAGAAACAATGGA
ATTGGCGTGGGATGATGGGACTCGCTCTACTGTCCGTAACTGGTGCTCAA
ACCCTCCCTCCGTTGATAACCCTAATAACTTGGACCCAGTTCCTGATCAG
TGTGTCGTGGTGACGTCAACTGGTTGTTGGGAGTTACAACGTTGTTTCGC
GGTGCTCCCAACTCCCCCGCTTGGTTTTATTTGTGACGCTGATCAGAGAG
GAATCGATTTAAGTGAGAGAAACCAGATGCTAACAATGGTCAAAGTATTA
CAAAAAAAGATCGCTGAAATAAAGGCTGGTTGTCAATCTTGTGCTAAAAG
ACATTGACAATGCTCCCGCGAGTGCAGAAATTTTCCTTGGTGGGCCAGTG
AATCTTCCTCAATTGGGGGTTGGGATTTTTAACGTTGATGCTACAATGAC
GAATCCTTCGATCCCGGATCCACAGGTAGGGAATGTGGCTACCATCAGTG
CTGGTGATTCACAATTTTCTGATCTCTCAGAAGCCTTTGGTTTATTATCG
TTGGGATATGTGTGCAAGTCTATTTATTATGATAATGGAAAGATTTTTTT
CTCCACTTTGAATTCGTTCACTCGACGCGATGAAGCTGATTGTGGTGAGA
ATGGAAAACTGGTCACATTTGATCAACATTCTGCTAACAAAGTGACTAGA
ATCACCAAAGAACTCAGTTTGAAACAATGGGTACATTTTCACTTATGTTC
CCGAACCAACCAACGGAATAGCAGCGTTAGAAATGTGTAAGCCAGGATAT
TTGGCCACTATTCAAGATTTGTCTGATATACAAGTAATCAGTGATCTTCT
AGCACGCAAGAAGAGTTGAAAATGATTAAGTTAATTTTCTTGTTATGTTT
GAATATTTATTGGGTGGAGACAAAAGAAGCAGTCTGTGAAGACTATATTG
CTGGTGACGAATTCTGTGTGTGTCAGCATTTGGATTTTCGGAAATCTTGT
ATCACATTGGAGCAACGTATGATGCAGAAACAATGGAATTGGCGTGGGAT
GATGGGACTCGCTCTACTGTCCGTAACTGGTGCTCAAACCCTCCCTCCGT
TGATAACCCTAATAACTTGGACCCAGTTCCTGATCAGTGTGTCGTGGTGA
CGTCAACTGGTTGTTGGGAGTTACAACGTTGTTTCGCGGTGCTCCCAACT
CCCCCGCTTGGTTTTATTTGTGACGCTGATCAGAGAGGAATCGATTTAAG
TGAGAGAAACCAGATGCTAACAATGGTCAAAGTATTACAAAAAAAGATCG
CTGAAATAAAGGCTGGTTGTCAATCTTGTGCTAAAAGACATTGACAATGC
TCCCGCGAGTGCAGAAATTTTCCTTGGTGGGCCAGTGAATCTTCCTCAAT
TGGGGGTTGGGATTTTTAACGTTGATGCTACAATGACGAATCCTTCGATC
CCGGATCCACAGGTAGGGAATGTGGCTACCATCAGTGCTGGTGATTCACA
ATTTTCTGATCTCTCAGAAGCCTTTGGTTTATTATCGTTGGGATATGTGT
GCAAGTCTATTTATTATGATAATGGAAAGATTTTTTTCTCCACTTTGAAT
TCGTTCACTCGACGCGATGAAGCTGATTGTGGTGAGAATGGAAAACTGGT
CACATTTGATCAACATTCTGCTAACAAAGTGACTAGAATCACCAAAGAAC
TCAGTTTGAAACAATGGGTACATTTTCACTTATGTTCCCGAACCAACCAA
CGGAATAGCAGCGTTAGAAATGTGTAAGCCAGGATATTTGGCCACTATTC
AAGATTTGTCTGATATACAAGTAATCAGTGATCTTCTAGCACGCAAGAAG
AGTTGAAAATGATTAAGTTAATTTTCTTGTTATGTTTGAATATTTATTGG
GTGGAGACAAAAGAAGCAGTCTGTGAAGACTATATTGCTGGTGACGAATT
CTGTGTGTGTCAGCATTTGGATTTTCGGAAATCTTGTATCACATTGGAGC
AACGTATGATGCAGAAACAATGGAATTGGCGTGGGATGATGGGACTCGCT
CTACTGTCCGTAACTGGTGCTCAAACCCTCCCTCCGTTGATAACCCTAAT
AACTTGGACCCAGTTCCTGATCAGTGTGTCGTGGTGACGTCAACTGGTTG
TTGGGAGTTACAACGTTGTTTCGCGGTGCTCCCAACTCCCCCGCTTGGTT
TTATTTGTGACGCTGATCAGAGAGGAATCGATTTAAGTGAGAGAAACCAG
ATGCTAACAATGGTCAAAGTATTACAAAAAAAGATCGCTGAAATAAAGGC
TGGTTGTCAATCTTGTGCTAAAAGACATTGACAATGCTCCCGCGAGTGCA
GAAATTTTCCTTGGTGGGCCAGTGAATCTTCCTCAATTGGGGGTTGGGAT
TTTTAACGTTGATGCTACAATGACGAATCCTTCGATCCCGGATCCACAGG
TAGGGAATGTGGCTACCATCAGTGCTGGTGATTCACAATTTTCTGATCTC
TCAGAAGCCTTTGGTTTATTATCGTTGGGATATGTGTGCAAGTCTATTTA
TTATGATAATGGAAAGATTTTTTTCTCCACTTTGAATTCGTTCACTCGAC
GCGATGAAGCTGATTGTGGTGAGAATGGAAAACTGGTCACATTTGATCAA
CATTCTGCTAACAAAGTGACTAGAATCACCAAAGAACTCAGTTTGAAACA
ATGGGTACATTTTCACTTATGTTCCCGAACCAACCAACGGAATAGCAGCG
TTAGAAATGTGTAAGCCAGGATATTTGGCCACTATTCAAGATTTGTCTGA
TATACAAGTAATCAGTGATCTTCTAGCACGCAAGAAGAGTTGAAAATGAT
TAAGTTAATTTTCTTGTTATGTTTGAATATTTATTGGGTGGAGACAAAAG
AAGCAGTCTGTGAAGACTATATTGCTGGTGACGAATTCTGTGTGTGTC
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.18965MSTRG.18965Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.18965.1.p1MSTRG.18965.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.18965.1.p1.exon4MSTRG.18965.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18965.1.p1.exon3MSTRG.18965.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18965.1.p1.exon2MSTRG.18965.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18965.1.p1.exon1MSTRG.18965.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000210_pilongenomesc0000210_pilon:536524..540315 -