MSTRG.188.5.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.188.5.p1
Unique NameMSTRG.188.5.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000001_pilon:3510380..3531378-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.188.5.p1 ID=MSTRG.188.5.p1|Name=MSTRG.188.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=20999bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001_pilon:3510380..3531378- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAAAAGAAACACAGTTCCCTGTCAAATTTTAATCAGTATTAATCTATAAT TGATCACTCGTGGCTCAAAATTATCTCTCCTGCATTCTTTTCCTGAGTTT GTCAGTTTGACAAATCGAGACAAAACAAAACAAACGAACGAATGAAGGCC AGGAGGTGGGCAGTTGTCTTCATCAAGAGTTTTTATCAAACGGGAACTTG AATTCTTTCGGGATATGATGACGAAACATAAACCAAGGTAGAAAACATGA CGTCATCAAAATATGTAAATAAGATGGAATGGCTTTTGTTTTGTTACCTT GGTAGTAATTGAAATTTCATTGTTCTTTTTATGAAACCCTTTTGTTCATG TTTGTAATTTTTCGATACGATTCTTCCTTCTATTTCTGCTCTGAGGTTTG ATTATTGTTATGGTCTATTTTTTAGAATGTTTTTTTTTTATCAACTAGAT GAGTGCAGCGATAATTGGCATCCTTGTTCGCACATGGGGCTCTTGTTGAA TGTAAAAAATTGCGCTCGCTTTTTATACCAAACACTAGTGTTCAATCAAA AGCAATAAAATTTTTATAATGACTATAACTGACTCATTTTAGCAGACCAG GAAAATTTTAAGTTTATTTGAATTGTATTTTTCGACTGCTGGAAAAAGTG AAAGATTGCATTCGGCTATTCGGATTCGAAAAAAATGTTAACCTACCTAA TTTATCATTTTGCTTGATTTTTTATCTTCCTTTTTTTCTCAAGAATTTTC CGCCCGTTTCACTGAAATTTTAGTTTGTTTGAACAGCCGTTTTGATAAAT GTTTGCATAACTTGTCGAGAAATTAAAAAGAAAATTCCCTTTTCAAAATC TAAAATTATATGGCATGGCAAGAAATATTTGATTTTAGATAATTTTTTTC TTTAGCAAAATTGACACACTGCATTGTCTTTCCTCGCAAAAATAGAATAA 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CATTTCTTTTCATAATATAATAACTGATTTTTCAAAGCATTTCTTCATTT AAACAGACTTTCTGTTTGTAAAAAAGTTGATATTTTTTGACGTTGCCTGT CTTATGACGAAGCTTTAATGTCCTCTTATATTTTGATATTTTTTGGATTC TTTTTCAAAATGGCGAATTTTCGGAGTGAAGACGAGGAAACAGTAAGGTT CTTGTTGGGAAAAAAGGGGTACATCCAATCTAAATGCGAAGGTTCAAGTA ACAAGAAATCTTGAACAACTTTGTGTTCGCTTTTGATGCAAAGCAAAACT CTGAAAGGCCTGAGAAAACATCAATTTAACAACAATTAAACAAGTCTAGA TGGAAGTTTTTTATTTTATTTTTAATTTCATTTTAGATGCTTCAAGAACT GAAGAAAGAGAATTTCGACCTCAAACTTCGTCTGTATATGACGCAGAAGA ACAGCGAGGTGAGTTTCTTTTTCATATTCCATGGCGCGTGCAAGTATTCT TGAGAGAGAAAAAATGTTTAACATTGCATAAGCATATCCGAGCCTAAAAA AAGTATTTATAAAATGAATGTGGAAATTTGGATTTGAGGGAATCTCTTGC TCTCGGATACCTAAAAGCTGGCTGGGGGTTGGAATAAGCGGGGAGTTTGA ATAAGCGGGGAGTTGGAAAAAATCTCAAAACTTAATAAGCGGGGGGTTGG AATAAAAATGTCCTGGGTGGAAAATTTTTGAAAGATTAATTAGCGGGGGG CGGCTATTAGGTACCCAAAAGTAATTTCTACTGTTATCTCCTAATCAGAA GTTTGAGGCTTTTGAGGCAAAATTAAAAACAGGACGGTTTAGAACCCGGA GTTCCTAGGTCCAGACATGCCGATGCATGATTGAAAAATCGAGCGATCAT CAGCAAACCTTTTGGATAATATTTATATGTAGACCACAGGAAAACCTGCC CAATTAAATCGAAAACAACAAAATCGGTTAAAATTTAAATGTACAAAATT ATTTATGACTTGATTGTAGGAAGATTGACCAATTACATTTCTTGATAGAT TAACCATCTGTATGTAAAGCCCGCTCGTCTGATCACTCAACACTTTTCAG AAAATACATCAGCATTTTTTGACAGATTTTGAATCATTTTTTCATTCCTA AAAACATCGAAACCAGTTTAAAATAATTTTAGGAAAGAGAAAGCAGAATT TTTCAACTCACAAGATCCCTTGAAATGTTGTACATTGAAAATTAAAAACT TTGATATCTTTCCTGGACAAGAAACGAAACCTTAAATTCTTACTTATGAC GAAAAAATATTTTATTTTTAGATACACGCTTTTTTTTTATAAGAATGGTG TAAATTCATTTCATCATGGATATTTTTAACGTTTTTGGGAAAACATTACA GCATTCTTAGGTTAGGATCCTAATTCAGACTAGATTAAACATACATACGT ATCAAGCATAAAATGGCATTTTTGTGAAAGGAGTGAGCCTTACTTTGGGG GTAATTGACAATTTATAATTGAAAATGATCTAAAAACGGCATTCTTAACA TGAGTAGCAAAATTCCATAATGTTGATATTCTTAGAATTATTCTTAATTT TTTTGGCCGTTTTCATCATGGACATTCTTATAAAGTGTATTTTATAAAAA AAAGCGTCTAACCCTTTCTTTACCTAAAACTCAGCCCTTCCAGGCTCAAC AGTGTTTTTAAGTTGCTCTCATATTTAGAGATTTTTGAGTTGTTGTTCTA ATTTAAAACCGAATAAATATCAATTTCATAAATAATCAACTAATACGCAT GCGCGATTCGGCTCATCCTTCCTTAGCGAGAGGAAAGCTTTCTTCACCAA AACAAGCATGTTATAAAACCCTCAATTAACTTGATAATAATACACTAATA AGATGGTATTCAAAACATTGTCAATAATTATAAGTTAACATCCGAAATGT GATTAGAAAGAAATGATACTTTTAAAGTGATCTATTGAATTAGGATTTGT GATTCCCTGACTTCCTGAACCTAAATAGTCCGTTATATCTTTTATGCACC CCCTAGTTTTGACAATTAATTTTGTTTTTATTTTAATAAGTCTAGCCTAG AACTTTTTAAAATTTGTGACAAATTCCCTGATTTCTTGAACCTAAATAAG TCCCTCATATTTTTAATGTATGGCTTATCTTGTATTTGTTTTCATTCCAA GAAATCTAATTTAGAACTTATTTAGAACTTATTTAGAACTTATTTCGAAC CATATCAAAAAGGTTGAGATTCTCCTCTAGTCTTTGGCTTGAAACTCAAT GAGCATTCCATATGAATATTAATTTAGCTCTCTTTTCATTGGTAGAATGC TGAAGGGAAGGTGGGAGAATACGAACAGCAATTGGCTGCACTCTTAAACA GTCTTGAAGAACAACAACGACTCTCCGATCAACAAACTAGAGACTTAGAA GAATCGAGACAGCGCGAACGACAGTTGTTGAACGATCAAAAGAAAATGGA GGTCACTATGAAAGAGCAGGATGAACAAATACACAACCTCTCTCTCAACC TTTCACAAGTTTCCAAAAGTATGCATAATATCTCATTAAGTAACAAACCA ACACATCAATCAACGCCCGTTAGAACTGCAACGTCAGCATATTTCCATTC CGCCCACCACCATGGCAATGACGGCGATGGAGGTGCAGCGAGCGGGAGTG AATCGGGCGATCACGACACGTCCGCCACAATACGCCATATAAACCACATG AATATTTCACACGTAGCGCCCATGCAGCGCGAACCTCAAGTCGCTTCATC GGTTCCACAAGGCGACCGCTCGCATCTCCTCGACAACGACCAAGGCTCGA ATACGAGTTACACGGAAGGCAATAAATATTTAACAAAGAACTACCATTAT CATAACGATAACGATAATCGGACTATTAACCTCCCGGAAGGACCCCCGGA TATTGTCGGTGTAGTTCGACCAAATAATACAAGGACAGTAGTTGACGTGG AAATACCACCGGAACCGATACAAGAAAAGCCGATACCGAAAAAGAAGAAA AAGGGTATTATGAAGGTGTTTAAACTTTGTACAGGGAAGTCCGGACAAGC TAAAGAGTACGCTAAGGATGATATGTATGTTAAACGAGAACCGGTTAAAG TGACTATGAATACATATTCTAATGAAACATGTAGTTAAGTAAGGAATATT TGTTCGTGGTTATTGATCAAAGATGCTTGAATCTTCAATTCGAAAGAATG TCGAGCTCTCCTTCTAAAGATGGATTTGGAGAGGGCGTTAGTTGGAGTAT TTTGATTATTCTGATATAGATTTTGACCTTTTGAAAGGGTATCATTAACA GACAACTCGTATCTTCGAATGATTTTCTCATATGTTTAATCCATTGAGTT TACTGACGTGACTCACTCTATTGGAGCTTCATGTGTTTAGTTTCTTAAAG CAATGATCTCTTCTTCTTATTTTCAAATAAAGCAGACATCGCGCGGACAA AAAGTTACAGTTCTTTGTGATAATAATATCAGTTGTGATAATAATATGGT ACATGGCGACAAAAAGGAAAATTTTTTATAATGGTTGAAATTTATGATTT GACGGTGATAGAAGTCTGGTAACGAGGCTTCTTTTCCCGTTCGCTGATTG GTTGGTTGTTCATTATTTTTTATTGTTTTATTTTTAAGAACTTTTGTGTT GGTTGATTGTAATTACCTTAACGGCCCTATTTCACGCTGGTCGTTATTAT GCCAAAGCTCAATTTTTCTATGATTAGGCCGGCCTTTATTTAATTCTAAT CCTGTACACCGGCCCTTGTTACGACAACGATGAAAAAATAACGTTAATAA GGTCTGGCATAAAAAAGTCAGATAAGTTATTAGTTGTAGTCTGTTCATT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000001_pilon:3510380..3531378-

>MSTRG.188.5.p1 ID=MSTRG.188.5.p1|Name=MSTRG.188.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4104bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001_pilon:3510380..3531378- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AATGCTGAAGGGAAGGTGGGAGAATACGAACAGCAATTGGCTGCACTCTT
AAACAGTCTTGAAGAACAACAACGACTCTCCGATCAACAAACTAGAGACT
TAGAAGAATCGAGACAGCGCGAACGACAGTTGTTGAACGATCAAAAGAAA
ATGGAGGTCACTATGAAAGAGCAGGATGAACAAATACACAACCTCTCTCT
CAACCTTTCACAAGTTTCCAAAAGTATGCATAATATCTCATTAAGTAACA
AACCAACACATCAATCAACGCCCGTTAGAACTGCAACGTCAGCATATTTC
CATTCCGCCCACCACCATGGCAATGACGGCGATGGAGGTGCAGCGAGCGG
GAGTGAATCGGGCGATCACGACACGTCCGCCACAATACGCCATATAAACC
ACATGAATATTTCACACGTAGCGCCCATGCAGCGCGAACCTCAAGTCGCT
TCATCGGTTCCACAAGGCGACCGCTCGCATCTCCTCGACAACGACCAAGG
CTCGAATACGAGTTACACGGAAGGCAATAAATATTTAACAAAGAACTACC
ATTATCATAACGATAACGATAATCGGACTATTAACCTCCCGGAAGGACCC
CCGGATATTGTCGGTGTAGTTCGACCAAATAATACAAGGACAGTAGTTGA
CGTGGAAATACCACCGGAACCGATACAAGAAAAGCCGATACCGAAAAAGA
AGAAAAAGGGTATTATGAAGGTGTTTAAACTTTGTACAGGGAAGTCCGGA
CAAGCTAAAGAGTACGCTAAGGATGATATGTATGTTAAACGAGAACCGGT
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AAGAACTGAAGAAAGAGAATTTCGACCTCAAACTTCGTCTGTATATGACG
CAGAAGAACAGCGAGATGGACAGAAGAATATCACAATGAAAGACAAAGAT
GAGATGGACTCCAACCGTGAAAGTCTTGATCTGGAGGAGTTTCAGTTTGA
TGATCCATCAAATCAGTCACAGACAGAATGCTGAAGGGAAGGTGGGAGAA
TACGAACAGCAATTGGCTGCACTCTTAAACAGTCTTGAAGAACAACAACG
ACTCTCCGATCAACAAACTAGAGACTTAGAAGAATCGAGACAGCGCGAAC
GACAGTTGTTGAACGATCAAAAGAAAATGGAGGTCACTATGAAAGAGCAG
GATGAACAAATACACAACCTCTCTCTCAACCTTTCACAAGTTTCCAAAAG
TATGCATAATATCTCATTAAGTAACAAACCAACACATCAATCAACGCCCG
TTAGAACTGCAACGTCAGCATATTTCCATTCCGCCCACCACCATGGCAAT
GACGGCGATGGAGGTGCAGCGAGCGGGAGTGAATCGGGCGATCACGACAC
GTCCGCCACAATACGCCATATAAACCACATGAATATTTCACACGTAGCGC
CCATGCAGCGCGAACCTCAAGTCGCTTCATCGGTTCCACAAGGCGACCGC
TCGCATCTCCTCGACAACGACCAAGGCTCGAATACGAGTTACACGGAAGG
CAATAAATATTTAACAAAGAACTACCATTATCATAACGATAACGATAATC
GGACTATTAACCTCCCGGAAGGACCCCCGGATATTGTCGGTGTAGTTCGA
CCAAATAATACAAGGACAGTAGTTGACGTGGAAATACCACCGGAACCGAT
ACAAGAAAAGCCGATACCGAAAAAGAAGAAAAAGGGTATTATGAAGGTGT
TTAAACTTTGTACAGGGAAGTCCGGACAAGCTAAAGAGTACGCTAAGGAT
GATATGTATGTTAAACGAGAACCGGTTAAAGTGACTATGAATACATATTC
TAATGAAACATGTAGTTAAATGCTTCAAGAACTGAAGAAAGAGAATTTCG
ACCTCAAACTTCGTCTGTATATGACGCAGAAGAACAGCGAGATGGACAGA
AGAATATCACAATGAAAGACAAAGATGAGATGGACTCCAACCGTGAAAGT
CTTGATCTGGAGGAGTTTCAGTTTGATGATCCATCAAATCAGTCACAGAC
AGAATGCTGAAGGGAAGGTGGGAGAATACGAACAGCAATTGGCTGCACTC
TTAAACAGTCTTGAAGAACAACAACGACTCTCCGATCAACAAACTAGAGA
CTTAGAAGAATCGAGACAGCGCGAACGACAGTTGTTGAACGATCAAAAGA
AAATGGAGGTCACTATGAAAGAGCAGGATGAACAAATACACAACCTCTCT
CTCAACCTTTCACAAGTTTCCAAAAGTATGCATAATATCTCATTAAGTAA
CAAACCAACACATCAATCAACGCCCGTTAGAACTGCAACGTCAGCATATT
TCCATTCCGCCCACCACCATGGCAATGACGGCGATGGAGGTGCAGCGAGC
GGGAGTGAATCGGGCGATCACGACACGTCCGCCACAATACGCCATATAAA
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CTTCATCGGTTCCACAAGGCGACCGCTCGCATCTCCTCGACAACGACCAA
GGCTCGAATACGAGTTACACGGAAGGCAATAAATATTTAACAAAGAACTA
CCATTATCATAACGATAACGATAATCGGACTATTAACCTCCCGGAAGGAC
CCCCGGATATTGTCGGTGTAGTTCGACCAAATAATACAAGGACAGTAGTT
GACGTGGAAATACCACCGGAACCGATACAAGAAAAGCCGATACCGAAAAA
GAAGAAAAAGGGTATTATGAAGGTGTTTAAACTTTGTACAGGGAAGTCCG
GACAAGCTAAAGAGTACGCTAAGGATGATATGTATGTTAAACGAGAACCG
GTTAAAGTGACTATGAATACATATTCTAATGAAACATGTAGTTAAATGCT
TCAAGAACTGAAGAAAGAGAATTTCGACCTCAAACTTCGTCTGTATATGA
CGCAGAAGAACAGCGAGATGGACAGAAGAATATCACAATGAAAGACAAAG
ATGAGATGGACTCCAACCGTGAAAGTCTTGATCTGGAGGAGTTTCAGTTT
GATGATCCATCAAATCAGTCACAGACAGAATGCTGAAGGGAAGGTGGGAG
AATACGAACAGCAATTGGCTGCACTCTTAAACAGTCTTGAAGAACAACAA
CGACTCTCCGATCAACAAACTAGAGACTTAGAAGAATCGAGACAGCGCGA
ACGACAGTTGTTGAACGATCAAAAGAAAATGGAGGTCACTATGAAAGAGC
AGGATGAACAAATACACAACCTCTCTCTCAACCTTTCACAAGTTTCCAAA
AGTATGCATAATATCTCATTAAGTAACAAACCAACACATCAATCAACGCC
CGTTAGAACTGCAACGTCAGCATATTTCCATTCCGCCCACCACCATGGCA
ATGACGGCGATGGAGGTGCAGCGAGCGGGAGTGAATCGGGCGATCACGAC
ACGTCCGCCACAATACGCCATATAAACCACATGAATATTTCACACGTAGC
GCCCATGCAGCGCGAACCTCAAGTCGCTTCATCGGTTCCACAAGGCGACC
GCTCGCATCTCCTCGACAACGACCAAGGCTCGAATACGAGTTACACGGAA
GGCAATAAATATTTAACAAAGAACTACCATTATCATAACGATAACGATAA
TCGGACTATTAACCTCCCGGAAGGACCCCCGGATATTGTCGGTGTAGTTC
GACCAAATAATACAAGGACAGTAGTTGACGTGGAAATACCACCGGAACCG
ATACAAGAAAAGCCGATACCGAAAAAGAAGAAAAAGGGTATTATGAAGGT
GTTTAAACTTTGTACAGGGAAGTCCGGACAAGCTAAAGAGTACGCTAAGG
ATGATATGTATGTTAAACGAGAACCGGTTAAAGTGACTATGAATACATAT
TCTAATGAAACATGTAGTTAAATGCTTCAAGAACTGAAGAAAGAGAATTT
CGACCTCAAACTTCGTCTGTATATGACGCAGAAGAACAGCGAGATGGACA
GAAGAATATCACAATGAAAGACAAAGATGAGATGGACTCCAACCGTGAAA
GTCTTGATCTGGAGGAGTTTCAGTTTGATGATCCATCAAATCAGTCACAG
ACAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.188MSTRG.188Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.188.5.p1MSTRG.188.5.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.188.5.p1.exon5MSTRG.188.5.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.188.5.p1.exon4MSTRG.188.5.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.188.5.p1.exon3MSTRG.188.5.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.188.5.p1.exon2MSTRG.188.5.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.188.5.p1.exon1MSTRG.188.5.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000001_pilongenomesc0000001_pilon:3510380..3531378 -