MSTRG.18364.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.18364.1.p1
Unique NameMSTRG.18364.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000196_pilon:521050..540677-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.18364.1.p1 ID=MSTRG.18364.1.p1|Name=MSTRG.18364.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=19628bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000196_pilon:521050..540677- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CAAAATTTCAACTTCAAACAATTCTTCGCTCGGAAGATATCGAAATTCAA TTTTATTTTTCACGGAGGAGATTTTTCCCGTTATAAGTAAAATGATTTTT CACTGAGCAAAAAGTTTTCGTCCAAATTTTAAAAACTTTTTGCCATCAAC TCGGAAATATTTTTGTTGTTCAGATTGGAAAATTTCAGCTTTAAAGTATT TTTAGTTCTTGAGATATCGAGGTTAAATTCTTTTTTAAGTGGAAATATTC TACCGTCAAGAATGAAAATGATTTCTTGCTGAGCAAAAAGTTTTCCTTCA AAATTCAAAATTTTTTCGCCATCAATTCGGAAATATTTTCTTCGTTCTGT TTGCAAAATTTCAGCTTCAAAGTATTTTTAGTTCTTAAGATATTGAGGTT CATTTTTTTTGAAAGTTTTTTTTACCTCGGGAAAAGTTTGAATTTCTTCA TTTTTTCTTCAGATGTTTGGAAAATTTTGCGCGAAAAGAATTTCAAGAAA TTCGAAGAAATTTTCCAACAAAATCCGAACATCGTCAACTCGTTGCGTGA TGGTGGTTTTCGTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTTCGACACTTCTCATGA AGGCTGTTTATGAAGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCACTTGATGGAATAT CCGCACGATTTTTCACTCGTGGACAAACATGGTTGGAACGTTCTTCATTG GGTTGCTTCGAGAGGATCAGTTCGTCATTTGGAAATGTTTGATCGACAAA CAATCAAAATGTTGATCGATGGAAGAACCAAACATAACTACACACCATTG CATTTTGCAGCATTGAACAACAAACATGACGTCATCAGACGGTTGTTGGC CAAAGGAGCGGATCATGAATTGAAAGATGATAATGGTCAACGCCCTGATG AACAGTCTGAATGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCTTTCGATCGTTTCGT TCGTCTTGGTAAGAAACATATCCACTTTTTCATGTTTTTTAGGGTGGAAA TATTTTTCGTAGGTTGGAATCTTTTTTTCTATTATTGCGAGAAGTGTTGA AACTTTTTCTTAAAGTTTTTAAAATAGATGTGAAATGTTATTTTAGGTAG ACTTTAAATTTTTCAGTTTGATAAATTTTACCTTTTCGGAGTTTAAATGA ATGAAACGGATAAATTAATTTCAATTTTTTGATTAAGATTTTTCATTGCA TTGGAGCAGACATATTTTGGAGACATATTTTTGCAAATAGATGGTTGTTT ATGAAATTTTTTCTCTGGTTGTTATGAATTAATTTTTCAGTGAAGAAAGA AATTGTCGTTTTTTTCGATTTTATAGTACGTTTCTTATTATATTGTGTTC ATGTATTTGTTTTCAATTGTTACTCACTCGATGATTTATTTTTCAGATTG ATTGATTGATTGTTTCCATTGTCTCTTTCATCGTTTCCAATGACGTCATC GGTTCCAAACATTTCCACGTAAGTCTATTTGATTATGTATTTGGTTTCTG GTTGAAGCAATATTGTGTATGAAGCCTAAAATATCCTAACTTTGACCTAG AAGTAAGAAACAGCTTTGCAACAACATGAGGCTGAAAATTCCAAACAGGT TGTGATACTGTACCTCAAATAAGTTTAGTAGTTCTTATAAAAAATTGTAC TGCTCCGTTATCAGATTCTCAGCATTCTCATTAGCTGCTTTAAAAAAAAA CATTTATTCATCTTAAAGAAGTCAACAAGTTTCGTTTGGCAATAAACCTC CAATTTTTTATTTTTAGATTCCCAACATGACAGCACGCATGAGAAGTTAC ACCCGTTATTTTCGACGCCGTTTCTACGCTTACGATATTTATTCATTCCA TCTCTACATTTCTGTAACGCATTTTGGCTTGCTTTTAGATGTATTTTTAC CACTTCACTATCTTGACTATTATTACGTCAACCGTCACTAGTTTTGGTGG CGTGTCTACTCTTGTGCCCTTACTTTTCCACCTTATGGATTACCTCGGTT GAATATGAAAAAGAGTCACTATTGATTTCGATTGGATCACTTCCCTTGTA AATATCCGACTTTTTTCACTAACTCGGTGAAATTTTGCTCAGTCAGAAAA CCCTGCCAACAGTGGCCTCGGTGAAAACATGATTTTTTTCTTACAATCAA GGTTAAATTATCTAAGTACTGTCAAAGTTTTTACGGTTTTTTTTTCGGAA GAGACTCATGGGCGCTAAATATTGGATGGTTTTAGTTTGCTCTTTATTTC AAGCCGATGAACATTTTTTGGTATATATATACGACGAATATTTATATGGT AATAGACGATATCGGCTTAACATGAAAACTCAGATTTGATCCCCGAGAAT TCCCCAAGTTTCACAATGCTTTGCACGGAAAAAAGTTCACGGTGAAATAT TTTCCGTGCAAAGCATTGTGGGGAATTCTCGGGGATCAAATCTGAGTTTT CACGTTAAGCCGATATCGTCTATTAGATAAGAAGACTTTATCATTATATA GAATTGATAAATACATATACTGTATAAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000196_pilon:521050..540677-

>MSTRG.18364.1.p1 ID=MSTRG.18364.1.p1|Name=MSTRG.18364.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=7125bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000196_pilon:521050..540677- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AATGTTTGGAAAATTTTGCGCGAAAAGAATTTCAAGAAATTCGAAGAAAT
TTTCCAACAAAATCCGAACATCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGGTTTTC
GTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTTCGACACTTCTCATGAAGGCTGTTTAT
GAAGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCACTTGATGGAATATCCGCACGATTT
TTCACTCGTGGACAAACATGGTTGGAACGTTCTTCATTGGGTTGCTTCGA
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GAAGAGTTTGTTGTTAATGTCAAAGGAAGAGAACGTCAAAATTTGGAATC
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GATGGTGTCGACCTGTTCAATTTTTTCACCGAGCCTAAGAGGAAAAGGAA
GCTAGACTCTTTGTTGAAACAAAACTCTATTTATCAAGATCAATACGATT
TACTCTTACCACAAAATTGTTTAACGGAGTCTAAAAATTGGGACGTGACT
ATCATAGCTCGTGTTGCTGGGGAATTTCTTTTTCTACCAAATTCTTCCAA
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ACCCGGAAGAGTTTAAACAGCAACAGAAATTTAATGACACGATGGACGAT
ATTAAAAAGCTGCTGATCGAGCTAAACTATGCTAAAATGAATGATTTTCA
TAACTTAAGAAACAATACATTACAAATTGATTTGAACACTTTGATGAACT
TTCACAAGACTTTGATGACAAACGTAACAAATGACATTTTGAAACAAGTT
ACCGATTCTTTCAACGTCAAAAGAGAATGTTTGGAAAATTTTGCGCGAAA
AGAATTTCAAGAAATTCGAAGAAATTTTCCAACAAAATCCGAACATCGTC
AACTCGTTGCGTGATGGTGGTTTTCGTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTTC
GACACTTCTCATGAAGGCTGTTTATGAAGATCGTTTCGACGTTTTCGTTC
ACTTGATGGAATATCCGCACGATTTTTCACTCGTGGACAAACATGGTTGG
AACGTTCTTCATTGGGTTGCTTCGAGAGGATCAGTTCGTCATTTGGAAAT
GTTTGATCGACAAACAATCAAAATGTTGATCGATGGAAGAACCAAACATA
ACTACACACCATTGCATTTTGCAGCATTGAACAACAAACATGACGTCATC
AGACGGTTGTTGGCCAAAGGAGCGGATCATGAATTGAAAGATGATAATGG
TCAACGCCCTGATGAACAGTCTGAATGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCT
TTCGATCGTTTCGTTCGTCTTGGCTTGAAAGAAACCTCCACAAAGACGTT
CAAATCACTTTGAATTTCAAAAACTTGAACATTGCTAATATCACTGCTAT
TGATGTCGGCAAAGAAATCGACGAAAAAATAGAAATCGTATATAAAGGTT
TACAACAAAACGAATACTTGATCACACCATTGCATGATATCCAGTTAGTT
CAGATTTTTAAGGAGATGGAGTCGGGGTTCGTTCATTCTATTAAAATGAA
AACATTGCAAACTGATGGCACCAATGAAGAGTTTGTTGTTAATGTCAAAG
GAAGAGAACGTCAAAATTTGGAATCTAAGGAGATCAGATGGGTAATTCAA
ACTCAACAGTTGTTGTTGACAATTGCAATTATTTGATTGCCACTCTAAGT
ATTGACATTCATGTAAAAGAAGCATTACTGGAAAGTTGCCGTGATACATC
ATTTGTTAAAGTTTCTTTGCCTGCTGATGGTGTCGACCTGTTCAATTTTT
TCACCGAGCCTAAGAGGAAAAGGAAGCTAGACTCTTTGTTGAAACAAAAC
TCTATTTATCAAGATCAATACGATTTACTCTTACCACAAAATTGTTTAAC
GGAGTCTAAAAATTGGGACGTGACTATCATAGCTCGTGTTGCTGGGGAAT
TTCTTTTTCTACCAAATTCTTCCAAAGCAATTATCAAGGATGCTCAGAAG
TCTAGAAACGGTATTAAACACGGCAACCCGGAAGAGTTTAAACAGCAACA
GAAATTTAATGACACGATGGACGATATTAAAAAGCTGCTGATCGAGCTAA
ACTATGCTAAAATGAATGATTTTCATAACTTAAGAAACAATACATTACAA
ATTGATTTGAACACTTTGATGAACTTTCACAAGACTTTGATGACAAACGT
AACAAATGACATTTTGAAACAAGTTACCGATTCTTTCAACGTCAAAAGAG
AATGTTTGGAAAATTTTGCGCGAAAAGAATTTCAAGAAATTCGAAGAAAT
TTTCCAACAAAATCCGAACATCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGGTTTTC
GTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTTCGACACTTCTCATGAAGGCTGTTTAT
GAAGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCACTTGATGGAATATCCGCACGATTT
TTCACTCGTGGACAAACATGGTTGGAACGTTCTTCATTGGGTTGCTTCGA
GAGGATCAGTTCGTCATTTGGAAATGTTTGATCGACAAACAATCAAAATG
TTGATCGATGGAAGAACCAAACATAACTACACACCATTGCATTTTGCAGC
ATTGAACAACAAACATGACGTCATCAGACGGTTGTTGGCCAAAGGAGCGG
ATCATGAATTGAAAGATGATAATGGTCAACGCCCTGATGAACAGTCTGAA
TGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCTTTCGATCGTTTCGTTCGTCTTGGCT
TGAAAGAAACCTCCACAAAGACGTTCAAATCACTTTGAATTTCAAAAACT
TGAACATTGCTAATATCACTGCTATTGATGTCGGCAAAGAAATCGACGAA
AAAATAGAAATCGTATATAAAGGTTTACAACAAAACGAATACTTGATCAC
ACCATTGCATGATATCCAGTTAGTTCAGATTTTTAAGGAGATGGAGTCGG
GGTTCGTTCATTCTATTAAAATGAAAACATTGCAAACTGATGGCACCAAT
GAAGAGTTTGTTGTTAATGTCAAAGGAAGAGAACGTCAAAATTTGGAATC
TAAGGAGATCAGATGGGTAATTCAAACTCAACAGTTGTTGTTGACAATTG
CAATTATTTGATTGCCACTCTAAGTATTGACATTCATGTAAAAGAAGCAT
TACTGGAAAGTTGCCGTGATACATCATTTGTTAAAGTTTCTTTGCCTGCT
GATGGTGTCGACCTGTTCAATTTTTTCACCGAGCCTAAGAGGAAAAGGAA
GCTAGACTCTTTGTTGAAACAAAACTCTATTTATCAAGATCAATACGATT
TACTCTTACCACAAAATTGTTTAACGGAGTCTAAAAATTGGGACGTGACT
ATCATAGCTCGTGTTGCTGGGGAATTTCTTTTTCTACCAAATTCTTCCAA
AGCAATTATCAAGGATGCTCAGAAGTCTAGAAACGGTATTAAACACGGCA
ACCCGGAAGAGTTTAAACAGCAACAGAAATTTAATGACACGATGGACGAT
ATTAAAAAGCTGCTGATCGAGCTAAACTATGCTAAAATGAATGATTTTCA
TAACTTAAGAAACAATACATTACAAATTGATTTGAACACTTTGATGAACT
TTCACAAGACTTTGATGACAAACGTAACAAATGACATTTTGAAACAAGTT
ACCGATTCTTTCAACGTCAAAAGAGAATGTTTGGAAAATTTTGCGCGAAA
AGAATTTCAAGAAATTCGAAGAAATTTTCCAACAAAATCCGAACATCGTC
AACTCGTTGCGTGATGGTGGTTTTCGTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTTC
GACACTTCTCATGAAGGCTGTTTATGAAGATCGTTTCGACGTTTTCGTTC
ACTTGATGGAATATCCGCACGATTTTTCACTCGTGGACAAACATGGTTGG
AACGTTCTTCATTGGGTTGCTTCGAGAGGATCAGTTCGTCATTTGGAAAT
GTTTGATCGACAAACAATCAAAATGTTGATCGATGGAAGAACCAAACATA
ACTACACACCATTGCATTTTGCAGCATTGAACAACAAACATGACGTCATC
AGACGGTTGTTGGCCAAAGGAGCGGATCATGAATTGAAAGATGATAATGG
TCAACGCCCTGATGAACAGTCTGAATGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCT
TTCGATCGTTTCGTTCGTCTTGGCTTGAAAGAAACCTCCACAAAGACGTT
CAAATCACTTTGAATTTCAAAAACTTGAACATTGCTAATATCACTGCTAT
TGATGTCGGCAAAGAAATCGACGAAAAAATAGAAATCGTATATAAAGGTT
TACAACAAAACGAATACTTGATCACACCATTGCATGATATCCAGTTAGTT
CAGATTTTTAAGGAGATGGAGTCGGGGTTCGTTCATTCTATTAAAATGAA
AACATTGCAAACTGATGGCACCAATGAAGAGTTTGTTGTTAATGTCAAAG
GAAGAGAACGTCAAAATTTGGAATCTAAGGAGATCAGATGGGTAATTCAA
ACTCAACAGTTGTTGTTGACAATTGCAATTATTTGATTGCCACTCTAAGT
ATTGACATTCATGTAAAAGAAGCATTACTGGAAAGTTGCCGTGATACATC
ATTTGTTAAAGTTTCTTTGCCTGCTGATGGTGTCGACCTGTTCAATTTTT
TCACCGAGCCTAAGAGGAAAAGGAAGCTAGACTCTTTGTTGAAACAAAAC
TCTATTTATCAAGATCAATACGATTTACTCTTACCACAAAATTGTTTAAC
GGAGTCTAAAAATTGGGACGTGACTATCATAGCTCGTGTTGCTGGGGAAT
TTCTTTTTCTACCAAATTCTTCCAAAGCAATTATCAAGGATGCTCAGAAG
TCTAGAAACGGTATTAAACACGGCAACCCGGAAGAGTTTAAACAGCAACA
GAAATTTAATGACACGATGGACGATATTAAAAAGCTGCTGATCGAGCTAA
ACTATGCTAAAATGAATGATTTTCATAACTTAAGAAACAATACATTACAA
ATTGATTTGAACACTTTGATGAACTTTCACAAGACTTTGATGACAAACGT
AACAAATGACATTTTGAAACAAGTTACCGATTCTTTCAACGTCAAAAGAG
AATGTTTGGAAAATTTTGCGCGAAAAGAATTTCAAGAAATTCGAAGAAAT
TTTCCAACAAAATCCGAACATCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGGTTTTC
GTGGTGGTGGTTTTGGTGGTGGTTCGACACTTCTCATGAAGGCTGTTTAT
GAAGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCACTTGATGGAATATCCGCACGATTT
TTCACTCGTGGACAAACATGGTTGGAACGTTCTTCATTGGGTTGCTTCGA
GAGGATCAGTTCGTCATTTGGAAATGTTTGATCGACAAACAATCAAAATG
TTGATCGATGGAAGAACCAAACATAACTACACACCATTGCATTTTGCAGC
ATTGAACAACAAACATGACGTCATCAGACGGTTGTTGGCCAAAGGAGCGG
ATCATGAATTGAAAGATGATAATGGTCAACGCCCTGATGAACAGTCTGAA
TGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCTTTCGATCGTTTCGTTCGTCTTGGCT
TGAAAGAAACCTCCACAAAGACGTTCAAATCACTTTGAATTTCAAAAACT
TGAACATTGCTAATATCACTGCTATTGATGTCGGCAAAGAAATCGACGAA
AAAATAGAAATCGTATATAAAGGTTTACAACAAAACGAATACTTGATCAC
ACCATTGCATGATATCCAGTTAGTTCAGATTTTTAAGGAGATGGAGTCGG
GGTTCGTTCATTCTATTAAAATGAAAACATTGCAAACTGATGGCACCAAT
GAAGAGTTTGTTGTTAATGTCAAAGGAAGAGAACGTCAAAATTTGGAATC
TAAGGAGATCAGATGGGTAATTCAAACTCAACAGTTGTTGTTGACAATTG
CAATTATTTGATTGCCACTCTAAGTATTGACATTCATGTAAAAGAAGCAT
TACTGGAAAGTTGCCGTGATACATCATTTGTTAAAGTTTCTTTGCCTGCT
GATGGTGTCGACCTGTTCAATTTTTTCACCGAGCCTAAGAGGAAAAGGAA
GCTAGACTCTTTGTTGAAACAAAACTCTATTTATCAAGATCAATACGATT
TACTCTTACCACAAAATTGTTTAACGGAGTCTAAAAATTGGGACGTGACT
ATCATAGCTCGTGTTGCTGGGGAATTTCTTTTTCTACCAAATTCTTCCAA
AGCAATTATCAAGGATGCTCAGAAGTCTAGAAACGGTATTAAACACGGCA
ACCCGGAAGAGTTTAAACAGCAACAGAAATTTAATGACACGATGGACGAT
ATTAAAAAGCTGCTGATCGAGCTAAACTATGCTAAAATGAATGATTTTCA
TAACTTAAGAAACAATACATTACAAATTGATTTGAACACTTTGATGAACT
TTCACAAGACTTTGATGACAAACGTAACAAATGACATTTTGAAACAAGTT
ACCGATTCTTTCAACGTCAAAAGAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.18364MSTRG.18364Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.18364.1.p1MSTRG.18364.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.18364.1.p1.exon6MSTRG.18364.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18364.1.p1.exon5MSTRG.18364.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18364.1.p1.exon4MSTRG.18364.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18364.1.p1.exon3MSTRG.18364.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18364.1.p1.exon2MSTRG.18364.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.18364.1.p1.exon1MSTRG.18364.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000196_pilongenomesc0000196_pilon:521050..540677 -