MSTRG.17418.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.17418.1.p1
Unique Name	MSTRG.17418.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000175_pilon:30969..59437+
coding sequence from alignment at sc0000175_pilon:30969..59437+

mRNA from alignment at sc0000175_pilon:30969..59437+

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>MSTRG.17418.1.p1 ID=MSTRG.17418.1.p1|Name=MSTRG.17418.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=28469bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000175_pilon:30969..59437+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CTTTCAGTCAATAatcaaaaagcaacaaaaaataaaatgaattttagtGA
ATGTTTCAAGCAGACTGGTCAGTTATGCAAGTTTTCACCAAATCAAAAGG
CTTTGGTAAGTATATGTGGGTGGGCTACCAAAAGAGTTTCTCTCTTTGAA
ACTAATTTTCTCGAAATCTAAAAATTTTAAAAGAACCAGTCCTATTTCAT
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CTTTTTTGTGGTGCACCCGGTATTAAGTCTTCAatgataacaaaaaataa
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AAGGCAGTATTTCTCCTTCTGTCACAtctctttcattgaaattttcattt
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GTCTTCAAATCAAAGCATTGTTCACATGTTTGGACAACATTAACCATATT
GAGGTATAAAATCTTAGATAATCAATAACAAGACCTtattttgaagatgt
tttatttgatttatgACTTTCAAATGACGGTCTTTAAAGGGGGCGTATAT
ACCAGTTTGTCGGTGTATtggtattttccttttttgcgtcggtattgcag
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cccctatttaaattttttttttgaatctgCGCTATTTTCAGCAGCAGTCC
ACCAgtcattcaaaaccaaaaacattgaaaattgtatgaaaaattctaag
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TGTTTTTTAGTTGTCCCAcaccaaatatctaaatcaatataaaatatgat
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CCTAAAATCTCAAACCTCCCATTTTATTCGGAAAATCTCCTATCCCCTCA
TAAAGTTCTTCTGGAAAAGTTTGAtcccccttaaaaaaggggggggtccA
CACTATGATTTCGGTGATCAACAAAAAATGTGTCGATATTTTGGTGTTTG
AGATGCTTTTCAGTGacggaaaatgttaaatttttcaatcgGTGATACAG
TAATTTTCCTGTAAAATGTCAGAGAAACGGTGCTAAATCAAGGACTATTT
CTCAGAAATCCCTCCTATCCTCTTGTCTCATAttagaattttagaaaaaa
taacatgAGAAAATCGTACACCCCTGCTATAAAAGATCCTActgattttc
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ACTTAGTACTGTGTTTGATCCATATCATTTTGGTTAAGTTGCCCTCATCT
ATCCCTATCCTCttttttttAGTGGTCTGCAGACTCGATGTTTCTTTTGT
GTGCAATGTACAAAAGAGGAATCATACAGGTAAAAATTTAGTCTTGAAAG
GACATCATTTAACGTATAAACCAtcttgcttacacagcatttttaaacaa
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AGAATACTGAGTGGACATGCAAAATTGATCATGGTTCTTTGGGGCTTGTT
TATGCAAGGTGGAGTCCAGATAGCCGACATATTTTATCAACTTCTGATTT
CAAGGTTTGTTTCTCTAAGTAAAGCAGCTCATGAAGTAAAAAAGGTCATC
GCTGATTTAACAAATTTACTTCATAAAACTCACAGGCACTTACCAGGCAC
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CTTTTTCTCCAGCTCCCTATTGTTTGAAAATCTATAGTCCCAACAGAAAT
AAGGGGAGGGCACTGTGTGATAAAATATTGAGtgaaaacaagaaatttaa
aagTGATTTAGAATTCCCTAGAATTTATTCTCTTCTTTTTAGCTTCGAAT
AACAGTATGGTCACTGATCAATAAAGCAGTTTCCTACATCAAGTTTCCAA
AGCACTcacaaaaaggtaaaaaattgagctctaaaatcaaataaatgagC
TTTGTCTTTGAAGTGAAAATATGAAGTATTgattttccatccccccccct
AATTCAGAGCGGCCCTTCTTACCCCttcatttgttttcatttttagccGG
CGAGCTCTAATTTAATTCTGATCTTTCAACCCGACCCTTGTTGTGTCAGC
AACaaaaaaaTAACGACAATAAGGGTCAGCTTAAAAAGAACCAATAAGTA
ATTTGAGTACATTCTTATATTCGGTGCTTACATTTCACGGATGACACAAA
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TTGGTCCAATTACTGTATATTATTAATGGTGTTTGATGGTTCtatatgtt
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CCATGTTCAAGCGAATTACATGAAATGTAATGTAAAGAAAAGCAGGTGAA
CCTGGGACCCCGTCCAAGTAGAATGCAGGGGGAAATTAgcgatttttcat
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GGCTAGGGGAAAATCGGCTCTTGGCGAATTTATTTCTTATGCCAGGCCAA
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TAATCTATTCATTAGACGGACGTTTCATTTCATCGTACAGTGCTTACGAT
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TGCTGTTGGGAGTTACGATCAACAGGTAAATCAGATAGAGGACACCTACT
TTTCAATTAACTTTCCATTACTTTATCGATCTTTTCACGATGGATTTCAT
TTTACATTGggccgttcatggggggtggaggatcaattgtccaggggtat
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taCCCTCCTCTACCGATTTCGATGTAGATTGAAAATTATGTTGAACTTTA
GAAAATCCCGACAATGTAACCCTCTGAGAAAGCTCGATAGTAATGTTTTA
CTGAATGACATTGATGCTAGTAAAGATTTCAATCGAATAGTTCATGATGG
AATACAACACTCGAATCCGCTTGTTGATAAATACGAAGTTCTCACTACTG
CTATGACTTCTGCTGCTTCAACTGTATTGCCACAAAAAGCTCGTGTTAGT
CCAGACTGGTTCACCGAAAATGAAACTGAATtgtcaaatttgattgaaaa
gagAAACCTTGCTATACTATGTAAAATGAATCGTGTTACAAGAAGGACCA
CTGAAAACCTTCGTGTCGCTCGGAAGCAGTGAAATTCTGCCATCTCAAGG
GCAAAGAACAATGGGTTAAAAGTGTCTGTGATAAAGTAAATCAAAGGGAC
ACTACTCGTACCGGTACTCAGGCATATTGGACAgcattaaacttttaaaa
agggGAATGGAAAAACCTCCCCCAAGCAAGCAAACGATGATGATGAAACC
GAACGGTGACAGATGTACCAGCCCTGAAGAAAATGCTAATGTGTTCCGTG
ACCATTTTGAGATCTCTACGACAGACCAGCTACTTTCGATCCATCTGTGT
TAGACCTATTAGAACAACGACCGATTTTTCCGAATATTGATTATATCCCA
GATGACAATGAGATACGTAAAGCCATCGGCCGCCTCAAGAACAAAGCACC
GGGAGATTCGTCTCTTACACCTCAAATGTTCAAAACTCTACTTGAGGACA
ACGTATGTTTTAATCTACTTAAAGATATTATTGTTGATATATGGGTGAAC
GAAATTTGCCCTACCGATTGGAACACTGGTCTCCTCAGGATATTACCTAA
AAAGGGGGATTTAAGAAAGCCCGGGAACTATCGAGGCATTATGCTCTTAG
AATCCTCTTATAAAGTAATTGCTATCCTGATTCACAGTCGACTTCAACCA
CTTATCGAGAGCCTAGATCATGAAACTCAATGCGGTTTTCGAAAAGATAG
GGGTTGCGTAGATGCGGTGTTTTCTGTCAAGCTGGCAATAAAGAAACGCA
GAGAGCATAATCAAGAGACTTGGATACTGTTTCTAGACCTTGTCAAAGCC
TTTGATAGGGTCCCTCGCCAACTTCTATGGATGGTCCTTGAGAAATTCGG
TACGCCAAAGAAGCTCGTTTCGCTGCTCAAATCACTTCATTCATCCTTCC
AAGTGAAATTCGTAGTCGACGAAGTGTCCCACACGCTGAAATGCACAATA
GGCGTCAAACAAGGACCGGCCCTGTTCACCATCTTCATCGCTGCAATCAT
GATAACCTGGAGAAAGAAAAACGAACCGACCCACTCTGTCTTTTCCACAC
aaaaaaaTGATTTCCAGATGACGGGTCGTCGTTACAATGCCAAAGGTTCC
GAATTCCCAGTCGAAGACTCCGAATATGCAGACGACACTGCAGTACTTTT
CGAATCTCGCGAGATTTTGGCTGAGTACCACCGCTACTTATTGAACATTT
CGATCTTTTCGGTATGGAAATCCATAAAGGTGACCTAGAACATCCAGACA
AACCTGCGAAAACGGAAGTTCTATTCGTATCCGCTCCTGAGAAATCTTAC
CGAAACGCTGCCACTTTTGATGATACTGATCTttcaaatatcaattttgg
tgGAAGTTATTTCTTCCCTGTAGTTGAAAAGTGTTCTGTTACCTCGGCAC
CATGATTACCCGCGACTGTAAAGATAACGAAGATGTATGTTGTCGAATCA
AAAAAGCAGGTAATGCCTTTGGTGCATTACGTAGTTCTTTATTCTCCAAA
CCCATCGATAACGTATGAAGCCAAAGGTGCTGCCTATTGTATCCTCATCC
TTCCCATTCTTCTGTATGGTGCAGAATCTTGGTGTTTAACGGAAAATCTT
TATAATCAATTACGAACATTTTCATCATAGATGTGCTCGTTCAATGCACC
GAATAAATCGTCGACACGTTTATTTACACCGGATAGGTAGTAATGAGttg
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GAATTGTTATCTTCGTGGGTCAAAATCGTAGACCAAGGGGCGCACCCTGA
ATTTACTTTTGGGCGTGGAATGTATAAAGCACTTCGTCGTGCTAATATCA
GTAAAGataattggtttgttttggcgCAAGATCGTTGTGAATGGCGTAGA
ATGATTAATAGTTTTACATAATGTCTATTTTTTAGTGCTATATTGTTTTG
CTTTATTACGCGTAGTAATTTCCTAGagatattttatttaatatttaatt
tttctaggCCAATTCCTAATGATCTAGGATGGttcactctctctctctct
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ACCTGGTCTAGTGtttaaaaaaacaactaaaaaggAGCAGCATTTTGCAA
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ATAACCATATAATCTAAAACAAGGTTTCAAAAGGTTAAAAACTGCTAACa
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TTCCGACTACCAAACTTAAACAACTTTCCttacatttttggacctacccc
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tgtccgttcgttaccagcttttctcgagattgaatcataggaatcatttg
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CTCAGGGAGATTTTCGCAAAaagatttgttggctcaaaaaacgcatgttt
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TGAAGAACCGTTTAATCCTATCTATTGTAGTGAACTAATGGATAAggttt
attgaatttttatatttcttcGCTTGATCATGATAAACAAACATAATCTC
ATgtgaaaaatgaaatccaaagGGAGATTAGGGTACCTTAATGTATATAA
TTTCTGGTCTGTTCCTCTAATTACAGAACTCTCAAGGAACTTCTATTGAA
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AGAATGAATTGTACTTAAGGGAACTTTTTATTACCTCAGGAATTAAACTT
GATATAAAATGTTCTTTGTTCCTTCTATGAGAGGGAACATTATCTTCACT
GCTTTTTTTGAACCTTAATGTTCCCTTTTAAAGGAATTGAACGTTCCTGA
TCAACGAAAATTAAATGAATCAAATTATTCCCTAACGTAACAGTATCGAG
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TTAGTTAGCGTtttgtaaaatattatttttttcttattgtatataaaatt
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TCAAAGTTCACCGATGTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000175_pilon:30969..59437+

>MSTRG.17418.1.p1 ID=MSTRG.17418.1.p1|Name=MSTRG.17418.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=19152bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000175_pilon:30969..59437+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CTTTCAGTCAATAatcaaaaagcaacaaaaaataaaatgaattttagtGA
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CTTTGGCCAATGCAGCTCAATACCGTCTTGTAATACGAGATGTTAAAAGT
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CATTCAGTTATAACTCACATTACATGGCCACCAAGAATGACAATATGCCA
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GGTACAATGTCACGCCATTAAAGctTTCTCTTGGGATCCAAAAGAAATCC
GTTTGGCTTTATGTGCTGGTACCAACAAACTGTACATGTGGTCATTAGCT
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TGCAGACTCGATGTTTCTTTTGTGTGCAATGTACAAAAGAGGAATCATAC
AGGTTTGGTCACTAGAGAATACTGAGTGGACATGCAAAATTGATCATGGT
TCTTTGGGGCTTGTTTATGCAAGGTGGAGTCCAGATAGCCGACATATTTT
ATCAACTTCTGATTTCAAGCTTCGAATAACAGTATGGTCACTGATCAATA
AAGCAGTTTCCTACATCAAGTTTCCAAAGCACTcacaaaaagGATTGGAA
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TTCATTAGACGGACGTTTCATTTCATCGTACAGTGCTTACGATTATGCCC
TGGGTGTCAAATCGGTCACGTGGTCACCGACCAATCAATTTCTTGCTGTT
GGGAGTTACGATCAACAGGTTCGTCTCTTGAACAACGTTACGTGGAAATC
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TCTATTTGGAGATTGAGAAAAAGAATGTCTTGTTACCTTGGGAAACAGAG
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GGGATCCAAAAGAAATCCGTTTGGCTTTATGTGCTGGTACCAACAAACTG
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TATTGGCAAGTAAAGATCAAATGTGTATGTGTTTCTTGACAAACCCTGAA
GACAGCATGTAACTTTCAGTCAATAatcaaaaagcaacaaaaaataaaat
gaattttagtGAATGTTTCAAGCAGACTGGTCAGTTATGCAAGTTTTCAC
CAAATCAAAAGGCTTTGGCCAATGCAGCTCAATACCGTCTTGTAATACGA
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TAACCATATTGAGTGGTCTGCAGACTCGATGTTTCTTTTGTGTGCAATGT
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AGATAGCCGACATATTTTATCAACTTCTGATTTCAAGCTTCGAATAACAG
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AGAGCGAAGAAATCATAAAGATTTCATAAGCATCTTTGCTTGTGACACTT
GGGAAATGCTGAAGcATTTTGCAACAGACACGAAAGACCTATCAGATATT
TCTTTTTCACCTAATGGAAACATGATTGCTGCATGGGATTCCAAACTTGA
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TTACCTTGGGAAACAGAGCCAGGGACTTCACGCTCACAGCCGAGTCATTA
TGCTGTTCAAGACAAACCTTATCAATTGCCATCAATACGTCCAGATGCGG
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CCATTAAAGctTTCTCTTGGGATCCAAAAGAAATCCGTTTGGCTTTATGT
GCTGGTACCAACAAACTGTACATGTGGTCATTAGCTGGTTGTTTGGCTGT
TGAGGTGCCTGGTGAAGgtGATATAGCAGTGACCAGTTTGACTTGGCATG
AATCTGGTGATTCCATCTTATTGGCAAGTAAAGATCAAATGTGTATGTGT
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CACATGTTTGGACAACATTAACCATATTGAGTGGTCTGCAGACTCGATGT
TTCTTTTGTGTGCAATGTACAAAAGAGGAATCATACAGGTTTGGTCACTA
GAGAATACTGAGTGGACATGCAAAATTGATCATGGTTCTTTGGGGCTTGT
TTATGCAAGGTGGAGTCCAGATAGCCGACATATTTTATCAACTTCTGATT
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ATCAAGTTTCCAAAGCACTcacaaaaagGATTGGAATTCTCGAAGAATGG
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AAAGACCTATCAGATATTTCTTTTTCACCTAATGGAAACATGATTGCTGC
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GTTTCATTTCATCGTACAGTGCTTACGATTATGCCCTGGGTGTCAAATCG
GTCACGTGGTCACCGACCAATCAATTTCTTGCTGTTGGGAGTTACGATCA
ACAGGTTCGTCTCTTGAACAACGTTACGTGGAAATCTATTTGTGAATTTC
AACACCCTCCTAAAATAACCAACCCGCATACAACGATCTATTTGGAGATT
GAGAAAAAGAATGTCTTGTTACCTTGGGAAACAGAGCCAGGGACTTCACG
CTCACAGCCGAGTCATTATGCTGTTCAAGACAAACCTTATCAATTGCCAT
CAATACGTCCAGATGCGGAGAAACCGAACCCGAAACTCGGAGTTGGTTCT
GTTTCATTCAGTTATAACTCACATTACATGGCCACCAAGAATGACAATAT
GCCAAACGTATTATGGGTATGGGATTTGAGAAGCTTGAAATTGGTCAGTC
TTTTGGTACAATGTCACGCCATTAAAGctTTCTCTTGGGATCCAAAAGAA
ATCCGTTTGGCTTTATGTGCTGGTACCAACAAACTGTACATGTGGTCATT
AGCTGGTTGTTTGGCTGTTGAGGTGCCTGGTGAAGgtGATATAGCAGTGA
CCAGTTTGACTTGGCATGAATCTGGTGATTCCATCTTATTGGCAAGTAAA
GATCAAATGTGTATGTGTTTCTTGACAAACCCTGAAGACAGCATGTAACT
TTCAGTCAATAatcaaaaagcaacaaaaaataaaatgaattttagtGAAT
GTTTCAAGCAGACTGGTCAGTTATGCAAGTTTTCACCAAATCAAAAGGCT
TTGGCCAATGCAGCTCAATACCGTCTTGTAATACGAGATGTTAAAAGTCT
TCAAATCAAAGCATTGTTCACATGTTTGGACAACATTAACCATATTGAGT
GGTCTGCAGACTCGATGTTTCTTTTGTGTGCAATGTACAAAAGAGGAATC
ATACAGGTTTGGTCACTAGAGAATACTGAGTGGACATGCAAAATTGATCA
TGGTTCTTTGGGGCTTGTTTATGCAAGGTGGAGTCCAGATAGCCGACATA
TTTTATCAACTTCTGATTTCAAGCTTCGAATAACAGTATGGTCACTGATC
AATAAAGCAGTTTCCTACATCAAGTTTCCAAAGCACTcacaaaaagGATT
GGAATTCTCGAAGAATGGGAAATATATGGCGGTCGCAGAGCGAAGAAATC
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TCTATTCATTAGACGGACGTTTCATTTCATCGTACAGTGCTTACGATTAT
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AATCTATTTGTGAATTTCAACACCCTCCTAAAATAACCAACCCGCATACA
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AACCTTATCAATTGCCATCAATACGTCCAGATGCGGAGAAACCGAACCCG
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CACCAAGAATGACAATATGCCAAACGTATTATGGGTATGGGATTTGAGAA
GCTTGAAATTGGTCAGTCTTTTGGTACAATGTCACGCCATTAAAGctTTC
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ATCTTATTGGCAAGTAAAGATCAAATGTGTATGTGTTTCTTGACAAACCC
TGAAGACAGCATGTAACTTTCAGTCAATAatcaaaaagcaacaaaaaata
aaatgaattttagtGAATGTTTCAAGCAGACTGGTCAGTTATGCAAGTTT
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ACAGTATGGTCACTGATCAATAAAGCAGTTTCCTACATCAAGTTTCCAAA
GCACTcacaaaaagGATTGGAATTCTCGAAGAATGGGAAATATATGGCGG
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ACTTGGGAAATGCTGAAGcATTTTGCAACAGACACGAAAGACCTATCAGA
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CATGAATCTGGTGATTCCATCTTATTGGCAAGTAAAGATCAAATGTGTAT
GTGTTTCTTGACAAACCCTGAAGACAGCATGTAACTTTCAGTCAATAatc
aaaaagcaacaaaaaataaaatgaattttagtGAATGTTTCAAGCAGACT
GGTCAGTTATGCAAGTTTTCACCAAATCAAAAGGCTTTGGCCAATGCAGC
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TGTTCACATGTTTGGACAACATTAACCATATTGAGTGGTCTGCAGACTCG
ATGTTTCTTTTGTGTGCAATGTACAAAAGAGGAATCATACAGGTTTGGTC
ACTAGAGAATACTGAGTGGACATGCAAAATTGATCATGGTTCTTTGGGGC
TTGTTTATGCAAGGTGGAGTCCAGATAGCCGACATATTTTATCAACTTCT
GATTTCAAGCTTCGAATAACAGTATGGTCACTGATCAATAAAGCAGTTTC
CTACATCAAGTTTCCAAAGCACTcacaaaaagGATTGGAATTCTCGAAGA
ATGGGAAATATATGGCGGTCGCAGAGCGAAGAAATCATAAAGATTTCATA
AGCATCTTTGCTTGTGACACTTGGGAAATGCTGAAGcATTTTGCAACAGA
CACGAAAGACCTATCAGATATTTCTTTTTCACCTAATGGAAACATGATTG
CTGCATGGGATTCCAAACTTGAAtaCAAAGTAGTAATCTATTCATTAGAC
GGACGTTTCATTTCATCGTACAGTGCTTACGATTATGCCCTGGGTGTCAA
ATCGGTCACGTGGTCACCGACCAATCAATTTCTTGCTGTTGGGAGTTACG
ATCAACAGGTTCGTCTCTTGAACAACGTTACGTGGAAATCTATTTGTGAA
TTTCAACACCCTCCTAAAATAACCAACCCGCATACAACGATCTATTTGGA
GATTGAGAAAAAGAATGTCTTGTTACCTTGGGAAACAGAGCCAGGGACTT
CACGCTCACAGCCGAGTCATTATGCTGTTCAAGACAAACCTTATCAATTG
CCATCAATACGTCCAGATGCGGAGAAACCGAACCCGAAACTCGGAGTTGG
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AGTCTTTTGGTACAATGTCACGCCATTAAAGctTTCTCTTGGGATCCAAA
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TAAAGATCAAATGTGTATGTGTTTCTTGACAAACCCTGAAGACAGCATGT
AA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.17418	MSTRG.17418	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.17418.1.p1	MSTRG.17418.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000175_pilon	genome	sc0000175_pilon:30969..59437 +

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MSTRG.17418.1.p1 (mRNA) -