MSTRG.17088.4.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.17088.4.p2
Unique NameMSTRG.17088.4.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000168_pilon:273538..295162-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.17088.4.p2 ID=MSTRG.17088.4.p2|Name=MSTRG.17088.4.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=21625bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000168_pilon:273538..295162- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AAACTTGATCAGCCGTTGTTAAATCAAATTGTCGTTTGAAAATTTAATGT TTCAGTTTGGACTTTGCAGTCCAGTCTCTTTCCTCTAGATTGAGAGAAAT TTCAATTTGATCGCCGTTTGGGGGCCACATACTTATCATTTTATGAAATG AATAAAGTCAATGTCAATGAATAATAAAGATTCAAAAGAACGTCCTTATA GCGTTGAAATCGTTACAAAATATTTTGATGTTTTTCGTTCATATTTTATA ATGGATACAAAAATTTATATCAAATATCGCTGTGACAAAAGAAATTTACC AAAAAGTCACTGTCCTCTGTAACTTAAGGACACACATTTACTCTAAATAA AAAAGAAAGAAAGATCCACCTCGACTTAATTTTTTATTTGGGTCATATAC AATCAGGGAAACATGGGCTGCAGCGATCCTAGGTACACGCACGAAAAAAT CAAGCGATCTGATACAATGTCATTGGACCTTAAAACCTTAATATTCAATG ATAGGAGAGGGCTCCAGTCCTTTCCCTGGATTTCTCCACTTCCCCTTGAT CCGTCTTTTTAGTTGCTGAGAATCAAGCGTAAAGGTATCACGTATCATTT TGGGAATTTTTGATAATACTTGGTTAGGTAGGGGTCGAACGAACATATTC ATGATATCCCATGATGTAATGTTTTCTACGGAAACTACAAATTTAAACTA GACGAAAGTTGTATAAAGCTTGCCACTACTGGCAAAAACCGGGGTCTTTC CGTAGAAAACATTACGTCATGAATATCATGAATTGCGCACTGTAGCTGGA TGTTTTACTTTATGTAAACAACAAGAGGATAGGGACTATTTTACCAGGGA GGAATGACGCCAAAATGTTTGTATTTGTAGGAAAGGCAACCAAAACGTAA TAGTTATCGGATTTTTCCGTACAATATAGCCTTTAGGCGAGGAAAACATA CGGAAAATCCGGAACGAGTGAAATATTTCCATATTGTACTAGTATATGCC TGATAACTGGTTTATCGGTGACCCAAAAATTTTGTACATGTAAAATACAA GATTTATTGTACTCTTTTTAACCAATCAGATCGCAGATATTTTTCGGATC GCCGATAAAGATATTTAATATCATTACTTCCTGGATAACTCTTGCAAGAA TTGCATGTATGAAAATATCTATATTATCTCCTATTTCCTTATGATAGGGA GAAAGGGAAGACAAAGGAAGATTATAGCAATTCGGAATATTCAACATATG GAGATGATCGAAGCAGATCTGAGGTACAAGAACAACAGCATAAGAATACC AAAGCTCAAAATGCTCAAAACTAAGAACAATTTAAGACAGCCCTTAGCCT CGAATTAATGAAATTAGTATCACTACTAGTATGGGAATAGGGATGGTGAA ATTTATCGTTTTTCATTATTTTTAGTCGACTTTATTTTATTAGAATTTGG TCCAAACTCTTCCTCATTTGAGGCTTGAAGTACACGCTTTTTTATGATAA TATTTATGATAAAATTGGCCAAAAAATTTAGAATATGGTAAAGAATGTCA TTTCTATAGCATTTTACCATTAAATTGCCAATTATTCCCCAACAATGCTA AAAGGTTCCACAAAAATGGCAAATATTTGCTTGAGTTATGCACTGAAAAA CACTAATATTATAAAATAAGCGTGTATCAAGTTTGAAGAAATGCCTTATT TCTTACTTTATTGTCCAATAGCGGATGCTAATAGACTAGATTGTTACCTC TAGTACTACCTACCTAGATAACCTCTACCTTTTTAACAATTGAAAGCTGT AAATCTATGATTTTATAAAATTCAGACTTTTAAATTTACATTCACATTTT TTTGTACAGAGCATGTTCGAAGTGGCGCGAAAAATTTACATCGTTGAGAA AAGAGGTTCGATCGATCACAACCTCAATGTTGGTACACCTCCTGGTAAGT GGTCAATCTTTTACTTTAATGGGATAAACTTTCGCGGGGATTAAATTTCG CGGATTTCGCGGATTTTGGTGTCATCCGCGAAATTCCAGTGGTCCCAATG GAAATTTGGAAGGGCCTCATCCGCGAAATATTTCTAAACAAAACTCAAAT TATGTCAAATAAATACTATTTGGAATGGTTACTTGCATCAAAGAGGCGCA AACAATGTGTATTTCAACCAACATGCATAATTTGACAGTAAAAGTCACAA AATCATGAAAATATTGCCACCCAATAATGCAACCCGCGAATTTAAGTCCC CAAAATTTTTGAATTTCGCGGATAGGCTCAACCGCAAAATATAATCCCCG CGAAGGTTTATCCCATTAAAGTAAGAATTTATATCGCACTTTCACTTTCC ATAAACCATTACCATTTTTATCATGAAAGTTCTGCGTCTCCCCCATAAAT GCTGATAATCTTCGTTTTTCTAGATAGCATTCTCAAGACATCACGAAAAG AAGGCGATATCGACAGCCGCGGTAACGAAATTCGACCGCGCAACAAAACT AAAAATAGTTTCTTAAGCACTGATCTATCATCAGGTAACCAAGGCACACA AACCGAGGACGAACGGCCGAAACGAAAGGAAACATGTGATTGCGCTACGT ATACCGAACACGATATCCCAACCCTAGTTGCGGCCTCTATAGGCCAACTC AAGGACCCTAACGACTCCAAAAAAGCGTATCATCGGCGCCGAAAGACATG GAATTGGTTTGAATCGTCAAAGAAATCAAAAGGAAAGAAGTCGTATGATA TTAAACAAAAATCTAAAGAGAAAAATGAAATAATAGAAGTCAATTTACAG AAAATGAAGAAGATTTCACAGACGAGTACAGAGTCTTTTTCTAACCCTAT ACATGATGAAATAAAGGCTGAAACGGAATCGAGGTCTAGGAATAGTAACC AAATCACGATACATACTCAAACTGCTAGTACAGATCTGGATGGTGATATC TTGGAATGCGGGATAGATAATGAGGCGTATAGTCGATCAGAATCCGTGAA TCTACCTTCACCTCTACAAGTAACTTAAGAATGTGTTCGTTTGGAAAAGG ATGTTTAGAGGTTCAAATTTAAAAAAAGCAATGAAGGCGTTAGCGTCTCG AACAAGAGGTTTGACTATGGTTCAAATCATCGCTTATTATAATGTGCTCC GTGCAGGTCATAAATAGACAAGCCGTCTGGTCGTGGACCCCATGAAATGT TTAGAGGTTCAAATTTAAGAGAGCGATGTTCAAGGCGTCAGCTCGTCAAT CAAGGGGTTTGACTATTGTTCGAATTCTTGCTCCCACTTATATGTTCCGT GCAGTTTATGAATAGCCAAGCCCGCTGGCCGTGGACCCCTTGAAAAATCC TCGATTCCTCGGGTATCCACGTAAATAATTGAATGACTCTATCTATTTAT TCTAAGTATCCCCGGACTCTATGCGCCACGGATATGAATTCAGGGGTATA TAACAATATGCGGAGTCTCACTTTGGAGTATGTGGTTACACGGATATTAT AATATGCGGGATCAAAATCGCAAAATATATTACCGTATATTTTATGTTGA ACGGTGAAAAAGAATGCGGCTGTTA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000168_pilon:273538..295162-

>MSTRG.17088.4.p2 ID=MSTRG.17088.4.p2|Name=MSTRG.17088.4.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3252bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000168_pilon:273538..295162- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TGGACTGGAAACACGTGTGAAACTAGATGAGTCGACGGAAGGTGAATCTG
AAAATTGCAAAGTCAGCGAAATTGAATACGAAAATATCGACGTTAACGAA
TATTCAAAATGGCGTGTGCTAAATACGATTAAATCAAAGTTCAAATTTGA
TATTCAAGCCTGTCCTTTCTGCTTCTCCACAAGCCCAACACAACCCATCA
TGCTCAATTTGATGCAGAATACCAAAAACTTACCAGTAGGGCGGTTGATG
AGGTGCAAAGGCGGTGCACCCATCCCACCTGTACGAATACTTACAGAAAA
AGATGACATTGATGAAATTTCAAGCGACCTACTCAGCGGTTCTTCTTTTA
AAGACTGTAGTTCTCATAGCCTGTGACCCACACCCATCTTATAAAGATAA
CTTTGCAACAGCTAGAAATCCCAATACTGGTGTAATGACGACTACTTGTT
CAAATCGAATAATAGTGTGGAGAACGGCAGAACAACCAGATCAATATTTG
ATCGAACATTTAGTTGATTCAACGTTAGAAAAATGTCACAATGAATTGGT
GTGTCATATTAAGGAAAATCAGGGTGATGCTTCATTGAAAGGGAATTCCC
TGAGTGAAGGTAGTTCTCGCCGAAAGAAAATTTCCCTGAAAAATAAAGGA
GATTCCTTGAGCAGAAATAAGAAACAAGATTCCCTGAGAATTAGACCTGA
AGGTGATTCCCTGCTTGAAGAAAATGCTGATGTAAAAGAACCCTGCAAAT
GCAAGACATCAAATGAGACGTTTTATGCAAGAGAGATTGGTTGCAAGTAT
GGCTTTGATCAAGTGGACTGGAAACACGTGTGAAACTAGATGAGTCGACG
GAAGGTGAATCTGAAAATTGCAAAGTCAGCGAAATTGAATACGAAAATAT
CGACGTTAACGAATATTCAAAATGGCGTGTGCTAAATACGATTAAATCAA
AGTTCAAATTTGATATTCAAGCCTGTCCTTTCTGCTTCTCCACAAGCCCA
ACACAACCCATCATGCTCAATTTGATGCAGAATACCAAAAACTTACCAGT
AGGGCGGTTGATGAGGTGCAAAGGCGGTGCACCCATCCCACCTGTACGAA
TACTTACAGAAAAAGATGACATTGATGAAATTTCAAGCGACCTACTCAGC
GGTTCTTCTTTTAAAGACTGTAGTTCTCATAGCCTGTGACCCACACCCAT
CTTATAAAGATAACTTTGCAACAGCTAGAAATCCCAATACTGGTGTAATG
ACGACTACTTGTTCAAATCGAATAATAGTGTGGAGAACGGCAGAACAACC
AGATCAATATTTGATCGAACATTTAGTTGATTCAACGTTAGAAAAATGTC
ACAATGAATTGGTGTGTCATATTAAGGAAAATCAGGGTGATGCTTCATTG
AAAGGGAATTCCCTGAGTGAAGGTAGTTCTCGCCGAAAGAAAATTTCCCT
GAAAAATAAAGGAGATTCCTTGAGCAGAAATAAGAAACAAGATTCCCTGA
GAATTAGACCTGAAGGTGATTCCCTGCTTGAAGAAAATGCTGATGTAAAA
GAACCCTGCAAATGCAAGACATCAAATGAGACGTTTTATGCAAGAGAGAT
TGGTTGCAAGTATGGCTTTGATCAAGTGGACTGGAAACACGTGTGAAACT
AGATGAGTCGACGGAAGGTGAATCTGAAAATTGCAAAGTCAGCGAAATTG
AATACGAAAATATCGACGTTAACGAATATTCAAAATGGCGTGTGCTAAAT
ACGATTAAATCAAAGTTCAAATTTGATATTCAAGCCTGTCCTTTCTGCTT
CTCCACAAGCCCAACACAACCCATCATGCTCAATTTGATGCAGAATACCA
AAAACTTACCAGTAGGGCGGTTGATGAGGTGCAAAGGCGGTGCACCCATC
CCACCTGTACGAATACTTACAGAAAAAGATGACATTGATGAAATTTCAAG
CGACCTACTCAGCGGTTCTTCTTTTAAAGACTGTAGTTCTCATAGCCTGT
GACCCACACCCATCTTATAAAGATAACTTTGCAACAGCTAGAAATCCCAA
TACTGGTGTAATGACGACTACTTGTTCAAATCGAATAATAGTGTGGAGAA
CGGCAGAACAACCAGATCAATATTTGATCGAACATTTAGTTGATTCAACG
TTAGAAAAATGTCACAATGAATTGGTGTGTCATATTAAGGAAAATCAGGG
TGATGCTTCATTGAAAGGGAATTCCCTGAGTGAAGGTAGTTCTCGCCGAA
AGAAAATTTCCCTGAAAAATAAAGGAGATTCCTTGAGCAGAAATAAGAAA
CAAGATTCCCTGAGAATTAGACCTGAAGGTGATTCCCTGCTTGAAGAAAA
TGCTGATGTAAAAGAACCCTGCAAATGCAAGACATCAAATGAGACGTTTT
ATGCAAGAGAGATTGGTTGCAAGTATGGCTTTGATCAAGTGGACTGGAAA
CACGTGTGAAACTAGATGAGTCGACGGAAGGTGAATCTGAAAATTGCAAA
GTCAGCGAAATTGAATACGAAAATATCGACGTTAACGAATATTCAAAATG
GCGTGTGCTAAATACGATTAAATCAAAGTTCAAATTTGATATTCAAGCCT
GTCCTTTCTGCTTCTCCACAAGCCCAACACAACCCATCATGCTCAATTTG
ATGCAGAATACCAAAAACTTACCAGTAGGGCGGTTGATGAGGTGCAAAGG
CGGTGCACCCATCCCACCTGTACGAATACTTACAGAAAAAGATGACATTG
ATGAAATTTCAAGCGACCTACTCAGCGGTTCTTCTTTTAAAGACTGTAGT
TCTCATAGCCTGTGACCCACACCCATCTTATAAAGATAACTTTGCAACAG
CTAGAAATCCCAATACTGGTGTAATGACGACTACTTGTTCAAATCGAATA
ATAGTGTGGAGAACGGCAGAACAACCAGATCAATATTTGATCGAACATTT
AGTTGATTCAACGTTAGAAAAATGTCACAATGAATTGGTGTGTCATATTA
AGGAAAATCAGGGTGATGCTTCATTGAAAGGGAATTCCCTGAGTGAAGGT
AGTTCTCGCCGAAAGAAAATTTCCCTGAAAAATAAAGGAGATTCCTTGAG
CAGAAATAAGAAACAAGATTCCCTGAGAATTAGACCTGAAGGTGATTCCC
TGCTTGAAGAAAATGCTGATGTAAAAGAACCCTGCAAATGCAAGACATCA
AATGAGACGTTTTATGCAAGAGAGATTGGTTGCAAGTATGGCTTTGATCA
AG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.17088MSTRG.17088Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.17088.4.p2MSTRG.17088.4.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.17088.4.p2.exon9MSTRG.17088.4.p2.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon8MSTRG.17088.4.p2.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon7MSTRG.17088.4.p2.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon6MSTRG.17088.4.p2.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon5MSTRG.17088.4.p2.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon4MSTRG.17088.4.p2.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon3MSTRG.17088.4.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon2MSTRG.17088.4.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.17088.4.p2.exon1MSTRG.17088.4.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000168_pilongenomesc0000168_pilon:273538..295162 -