MSTRG.16647.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.16647.1.p1
Unique Name	MSTRG.16647.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000159_pilon:405998..446106+
coding sequence from alignment at sc0000159_pilon:405998..446106+

mRNA from alignment at sc0000159_pilon:405998..446106+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.16647.1.p1 ID=MSTRG.16647.1.p1|Name=MSTRG.16647.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=40109bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000159_pilon:405998..446106+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TACCGGGTGTGCtagaaataagttaccctctttgactTAATATTGCAGGC
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tacaaaaatactttttgaaattggCAAAAGCCAAGCTGCCGATACCTGGT
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TGAAAGGGTCTACGGCATATTGGTTTCTATAATTAATCCTAATAAGCTGG
TTTTTAAAGATAGCTCATGTCACGAATTACAATATCAATTTCCCCTTTTA
TTCGATTCTTGAATATCTAATAATAAGGCTTGAATAATGTACCCTCTGTG
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aaaaatattcgGAACTTTTCTTAGGCAACTGAAGTCGCAAAGTTCTATTT
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caaattattttttataatcctattcaaaaataataattttttttaaactc
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TCGCTGGACTTCTGCAATAATTGTTATCAAAAGTATTCATGtttttttGT
CTATATCCGTCCTCATTAACGCTCTGAGCAAATTATCAAACACCCACGTC
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AATGTCCATTGCATTAAGGGTACCTTCTTCATGCTGATAAAAGTGTGATG
AAATCCATCTGTTCAAAGAGGTCATTGACAGTACATGGTCCAGTCCAGAG
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ATGATTGATTATTTTCCCTCTAGACCTTTTGAGAATGGCACGCACACTAT
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TCATTTGCTCAGATTAACTTTATTGCTAGATTGTTTTGCAAAGCTCATGT
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gtgtcgtgtttagacttactatatttgccgttttttactgttttttaatg
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gcttttaatatttttgtctttaaaaatttttacatcTTATTGCGCTTGTA
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TTTACTTGCCATCGTTGTGAACTGTATTATGATGGCAATGAGTGCTCCAC
TACCACTCAACGATACAAATGAGCTGAACAATAGTATAGTAAGTCTATGT
TTTAAATATCCCCTTTATTGTGTTGTGCCTCATCAAACCGTCTGGCTGGG
TGCACTCCTTACGGGTTTAAAGCAATTCAAAGACACAATTAATTTCTACT
TTGAACTTCCTCGTGTTAACAGACCCTATAACTTTTCATTAGGCCTAGAT
TGAGTAGCTAGGTTCATCTTTTAAGCCTCCCTTTCGTATTAACCACCTCA
TCACCACCGTTTAGACCTTACCATCACCCAAAAGAGGTTATCTCTAGATC
TAACATTTCTGTAtatgtataccgagtttatcgttctacatcagcaattt
gagctttacgaAGCTCGTTTGACATTCTACCGATTCGTAtttgtgaaggt
ttcgatcacagacttgcaccgccatggactgtgttcgaatcccaagcact
tccaggcagggtgttagggaaatatggtgatagattCTCTACCTTTACTC
ACAtttctttatgtttttaatCCTTTCAGGAAGCTTTGGAGGTCTATTTG
CTGGCCATTTTCATAGGAGAAGCTTGCGTCAAAATGCTAACTCAAGGTTT
CATTTTACATGCTGGTTCGTACATTCGAAACGGATGGAACTTGCTGGATT
TCACTGTCGTTGTTACAGGGTAAATGCTTTTATAAACAgcatgtcccgaa
aaaagcggacaaatttttatataaagtaaaatcctcataataTAATTTAT
GCCGATTTTTATGACTTACATACTAAATATCTCAATCGCAAAAACCTGTT
CAATCATTTCTGGGATactgaatatctattgattgaactgTAATCctatt
tcaattattctaatTCAAGTTtaatgagttttgaggattttacatttgtc
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CTAGGTGGTTTGATTATATCTAAAATGAGCCTTGTTTTTCTTTACAACTA
TACATGCTTTTCTCTTTGTAAGAACGCATAAAGCTAAATTTTAGCAACGA
CCTAAGAGCAAATTATAAGACCAATCCAAACAATACAAGCCTTATAGATT
TTGTAAACGGTTTAGTAGAGAATGCTGATTTGTAGCCCCTAGCAAGTCAA
TAAAGAAATCATAAACCGTGTACTATTCCAAAGCAAGAATATCGATGTCT
TGATTTCCGAAAGGTCCTACCCGATGAATAAAAGAACACActctaaaatc
taaaaaataccCACATCTTTGATAAGACAAAACGCTTAATATAAAGCTCT
TATCTTGCCGTTACTATAATTATGTTATCATAATTCTCTTATAGTATTTT
GGGTTTACCGTCGGTTGGAATGGGTGAAAATGCGGGACCAATGAAAGTCA
TCAAAGCTGCTAGAGTGTTACGTCCATTGAAACTTGTTTCTGGTGTACCA
AGTGAGTTTTCTAAAGAAATCATCAGATTGTTTGAGATCCTGTTGATAGT
ACAACAAGCCAGttttttttCGAGTGTGAAAACATGCTATGTTCTTAACG
ACGCtcttaaattttgagatcaATTAAATCATCAAAGAATTGTTACCTGG
ACTgattaagatgttcttattttttagtaagatttcagcctaaatgttct
tataaattggGTTCCAATACGTGAATTCTCATTTTTACATTTCAGGTTTA
CAAATTGTTATGAGTGCCATCATCAAATCTATGGCCTCACTTTTACAAAT
TTCTCTACTCATTGGTTTTGTAATTGTTATTTTCGCCATCATTTTCTTGT
CTTTTCTACCCGGAAAATTCCATTACACATGTTTCAAGAATGCAACTGAA
CCGTTTCCTCAAGAATGTAAGTTGTTTGTTGTAGGTTTGTTTGTTAGCTt
gtaagaacaagttaagaacctTCAGAACGTAGggtggaaaaaatcttttt
agaaaatgcTGAATTTTTAAATCCTGATTCGTTTAAGATAAACAATCGAC
TACTATTATTATCAACTCGAGCTAAAATAGAAAGCTACATTTTTATAATT
CTGGCCTCTGGATCTTAATTTTAAACGCAGATAGCTTGAAAACATTATAA
GAGGGTTTCGCTTCTTAAAAACCACAATATTATGTACACAATTAGAACGG
CGCATGCAACTAGCCTTCCTAACCTTCTTTcgaattttgagtttttttac
cTACAGAAGCACACTCCCCTCCCCATTCGTGTGACGTAATATAATTCCAG
AACGGCGTTTTTTACCATCTATCACCAAAGATTTGAAATTCGACCTcaag
aaaagaaagttttgacaGTACTATAcggaataaaaatgaaacataaaaaa
gagATATTTGTATAAGTTAACTTGAATAATCGTCCTGAATTTAATGTTAG
TACCTACGTACAATAGTTTCAAGAATAAACAATTTCCTTTTTAGATCAAA
TAGAAGCTGGTCGACTATGTTCCGAGGGGAGCTCAGGACGTCCATGTCCC
GAGGGAAGCATATGTAAAAGATACTGGGATGGTCCTAATTTTGGTGTGAC
AAATTTCGATAATATTTTCAGTGCATGTCTGACTGTCTTTACGTGTATCA
CATGTGAAGGGTGGACAGATACTATGTATTGGGTGAGATCGCTTTCTTTA
TCATTCTTATAAGTATTGATGACTAAGAACTTGTCAAATAGAACAAAAAT
AAGTCCGAAAAAAGACATCTTGGCTCCTTGATACTCAGATATAGACACAA
TGCAATACATAGAAGCGCCAAAACAGGGTCTTAGAACACACTTACAAAGA
TAAGTTTATTTAAGGGATGTTAATTTCATGGTTTCGTCTGCCGCCGCAAC
ATAATGATGATGGttttttttGGGAAGGCGCTAATTTCCCCCTTGCCGGT
TGCCATTTTTTATAAACAGTCCAATCTCCTCTTAGAAACAATGTTTACGC
TTCTGCAACCCTGGGCTAAGAAAATTGCTAATATTAATGTGAAATTATTT
CGTGCTTCAAAGCCGAGCTGTTTCCTGATCTTGTAAAAGTGGGGGTTAGT
TAATAGGTGTATTCTTTTTCTTCGCAGACGATGGATGTTATGGATTATGA
TGGATATTATATGTTTTCGATTTATTGGCTTTTGAATGTCATTGGTGCTC
AATTCATGTTGAATTTAGTCTGTGGTGTCCTCAGCGGGTaagtttgttga
ttttttaataCGGTCATTTCCAACTGGACGCAATGCTTTTGGTTTATTTC
AGCTTAAGACCACGTTCACACACTACGTTCTGTTTCGCTCCAAAACACTG
TCTGAACGTCAAAATtggaaacgtcaaaaagaagacgtgtacaaagcaaa
acagattgaAACGGTCTCGCTTGCACTATTTTAATAAGAACGGAAATgtt
ccgttttcttgctccaaaaCTTCCGAAAATGAGTATGAACACTTCTTATC
CGTAACAAATACCACACTGgagcgatacgaaaccgtaacgtctaaACATA
GTGTCTCTCTAAGATTCGTCTGTTCgtgatatgcatcactgcagTATCTT
CTACATCACACcatagacccaacagctgattggttgtaaatggcgtaaaa
tcagtcaatacgtcacttacaaccaatcagctgatGGCTTCgttatgtaa
tgttagaagCTTAATGTTATAGTGCATATCATGgatacacgaatattact
aggcaagtgtTCAACGGCCCTGAAATTAAcacacaaaaaattaacacgaa
ttttattttatttttcaaggacaccacggctggttttaattaagggtttt
tgattgatttaattaatcaattcgtgttaataaaatgactagtaatattc
gtgtaatcaGGTAGTCAAGAATTTGATTATAACTTTAATGACTAAGATTG
CTATTTGCTTCATGTTTCATTACTCAGTAAAGCCCTTCACGAAACGTTCA
TTATGAGCTCTTCCTCcaaacaaaatgaaagataaaCCCTAAAATTCATT
CAAAGTTGTATACAGTTTTATGTCGTACCCACCGACATCATATACAAAAC
ACTAGAAGGAGCTTCTTCGGCCCTTACTAAAGCAGAATTATACGATATCT
TAAGTAAACAAATTACAATTTAGTGAACTTTTATAAAAGATATTGCCTAT
TTTGGTTCACCTATCGTGGCATGGGAAAGATATGGAGACACTGTTTTAAG
TGTCACTTTAACCTCCTTGAGGGAAGTGTGATATGActtttatttcgttt
ttttctccAGTGAGTTTAGTAAAGAAAAAGAACGTGTTGAAAGTCGTAAC
GAATTTTTGCGACAACGCCGTGAAGATGAAGCACGTGAGAGGGCCATAGC
GAACGGTGAAGAATGGATCGATGAAGGGGAGAGACTCAGACTGGAGGAAG
AAGCCAGAAAATGTGAGtttttttGTGTGTCAATCCCCGTCTTTGTAGTC
ATGATTGTATGCacaattgcaatgtcttctgacattacatcacggtccaa
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AAAATTGAACGTGGAGATTTAAGACtttttttGTGTTGTGCCAATCCTCA
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GATGGAACAACAAGAGGCATCTTGAATGAACCTAAACTTTATTGGATCTT
TGTGTAAATAAGGCATCAAATAGATGTGTGGTAGTTTTTCATTCTCCTCT
GGAACCTCGcgacaaaaatttcaattcagaGCGAGTTTTAACATCCCTCT
CTATAAATATCTGCAACTGCCAATAAGGAACAGTTGGTTGCCATTGATGA
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>MSTRG.16647.1.p1 ID=MSTRG.16647.1.p1|Name=MSTRG.16647.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=180882bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000159_pilon:405998..446106+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACAGAACCAATGACGTACGAGCAATATGCAAAGGACTACCCAGGAAA
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GGGACCACATCATTTGGATGAATTTGTCACCGTTTGGTCTGATTTCGATC
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CCTTGTCCTTGGTCCAACAAACCCTGTCCGTAAAATCGCTTTCAAAATAT
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TGTATTATGATGGCAATGAGTGCTCCACTACCACTCAACGATACAAATGA
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TCTGGTGTACCAAGTTTACAAATTGTTATGAGTGCCATCATCAAATCTAT
GGCCTCACTTTTACAAATTTCTCTACTCATTGGTTTTGTAATTGTTATTT
TCGCCATCATTTTCTTGTCTTTTCTACCCGGAAAATTCCATTACACATGT
TTCAAGAATGCAACTGAACCGTTTCCTCAAGAATATCAAATAGAAGCTGG
TCGACTATGTTCCGAGGGGAGCTCAGGACGTCCATGTCCCGAGGGAAGCA
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AATATTTTCAGTGCATGTCTGACTGTCTTTACGTGTATCACATGTGAAGG
GTGGACAGATACTATGTATTGGACGATGGATGTTATGGATTATGATGGAT
ATTATATGTTTTCGATTTATTGGCTTTTGAATGTCATTGGTGCTCAATTC
ATGTTGAATTTAGTCTGTGGTGTCCTCAGCGGTGAGTTTAGTAAAGAAAA
AGAACGTGTTGAAAGTCGTAACGAATTTTTGCGACAACGCCGTGAAGATG
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GAGAGACTCAGACTGGAGGAAGAAGCCAGAAAATTGGCAGAATCTCAAAA
AGAAGAACCCATAGAAGGAGTCGACCCACCGCCTCAATTGAGTGCATTTC
AAGCATTTGTGGTCAAGAATAACGCATTTCGAGTGAAACTGAAATCTTTC
ATGCTGTCAAAATTCATGTTTTGGTTTATCGTCAGTGCTGTCTTTCTAAA
CTCACTGTTTGGTGCCATCCAACATTACCGCCAGCCGCAATGGATCACTG
ATGTTACTTCAATTACCGACAATCTGTTTCTTGGAATTTTTGTATCCGAA
ATGTGCTTGAAACTATACGCTGTTGGTCCCAACGCATATTTTCAATCTAA
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TTCTTTCCAAAATGTTCAACATCAATCTTGGTATTCCAGTTCTTCGACAG
CTTCGGTTGATGCGGCTCTTTAAGTTCACCAAatattaCAAGAAGATGAA
GAATTTGGTCCAATCCATCATCAACAGTATGGCAGCCATTGTTTCCTTGC
TTgtcttgttgtttttgtttctcATGATTTTCGCTCTACTTGGAATGAAC
ATCTTTGGTGGCCAATTTTATGCTCGAGAACACATTGGAAAACCATTTTC
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CGGTGTCACTGTGTTGGGCAATTATGTCTTGTTGAATGTGTTTTTGGCTA
TTGCTGTGGACAACATTTCacttgatgatgatgaagaaaaggctgaagaa
gaagcggaagaagaaagGGCGGACGCCCAACAAGCTGtcaaagataaata
tgctcCACCCTCTGCTAGATCGAACGGTGAGATCGAAACAGCATCGCAAG
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TGCATTGCATCCGAATTCATATTGTCGTGATACATGGAATTGCGCTGATA
TGTTTGTTGTATCTTGTGCTATCACTTCACTTGTTCTAAGtcAAGATAAA
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AGGAATCGCTCTCACAACACTGTTCTCCTCGGCTACTGGTGAAGGCTGGC
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TTATTGAACAATAAGATTTGGATCGCCATTTATTTCATCGTTTTTGTGGT
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CTTTCCAAAACCTTCAGATCGATCCAAATGCAGCTTTAGATAGAAACACG
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GTCCTTATGATGGAGTTTGCTGATCAACCTGATTGGTATAGCAATATTTT
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TTCGTGCACTTCGTTTGATCAAACTGTTGAGACGTTTCAGAGATTTACGA
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CATGTTAATCTTCCTCCTGTTTTTCGTTTATGGAATCATTGGCATGCAGA
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CAGAGTTGCTACGGGCGAGAATTGGCCGAACATAATGTTGGCGTGTACAT
CGGGTGCCAAATGTGATCAAAAGCTGAGATCTGTTCAAATTGATAACATG
CAAGATTGTGGCTCACCAATTGCTTATGTTTATTTCAtctcttttgtttt
cttctgcTCTTTTCTTATGTTGAATCTCTTCATTGCTGTCATTATGGATA
ACTTTGCATTTTTAACAGAAGATTCTAGTATCTTGGGACCACATCATTTG
GATGAATTTGTCACCGTTTGGTCTGATTTCGATCCTAGAGCATCAGGTCG
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TTGGTCTTGGTTTGAAATGTCCAAAAACTGTAGCATACAAGCGACTTGTG
CAAATGAACATGCGATATTATCGTGATGGAACAGTCGATTATACAGGAAC
CTTCTTTGCTCTTGTTCGGACTGGTCTCAAAGTCGCCACTCAAGATGCAA
ACTTGAAGAAGACAGACCAAGAATTTAAGAACATGTTgaagaaacaaata
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TGCCAAACACATGACTATTGCGAAAATATATACAGCTAAATTGATATGGG
AGAattacaaaaacatgaaaaaagctCAACAACCAGAACGCAGAAAGTCC
ATATTCGTCCCTTCTGCTGAACCACCCAAACCAGTAGCGAACGGTAAAGC
TCCGGTACGTAACGGACATGCTAACGGAAGCGTCCCTAACGGCGGTGTTA
CGTTAAAACAAGCAGATGAGGAATGGTGCTAA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.16647	MSTRG.16647	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.16647.1.p1	MSTRG.16647.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.16647.1.p1.exon1	MSTRG.16647.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon2	MSTRG.16647.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon3	MSTRG.16647.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.16647.1.p1.exon5	MSTRG.16647.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon6	MSTRG.16647.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon7	MSTRG.16647.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon8	MSTRG.16647.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon9	MSTRG.16647.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon10	MSTRG.16647.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon11	MSTRG.16647.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon12	MSTRG.16647.1.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon13	MSTRG.16647.1.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon14	MSTRG.16647.1.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon15	MSTRG.16647.1.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon16	MSTRG.16647.1.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon17	MSTRG.16647.1.p1.exon17	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon18	MSTRG.16647.1.p1.exon18	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon19	MSTRG.16647.1.p1.exon19	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.16647.1.p1.exon21	MSTRG.16647.1.p1.exon21	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.16647.1.p1.exon24	MSTRG.16647.1.p1.exon24	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.16647.1.p1.exon30	MSTRG.16647.1.p1.exon30	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon31	MSTRG.16647.1.p1.exon31	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon32	MSTRG.16647.1.p1.exon32	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon33	MSTRG.16647.1.p1.exon33	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon34	MSTRG.16647.1.p1.exon34	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.16647.1.p1.exon35	MSTRG.16647.1.p1.exon35	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.16647.1.p1.exon37	MSTRG.16647.1.p1.exon37	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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Position

The following features are aligned


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MSTRG.16647.1.p1 (mRNA) -