MSTRG.16613.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.16613.1.p1
Unique NameMSTRG.16613.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000159_pilon:557..22609+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.16613.1.p1 ID=MSTRG.16613.1.p1|Name=MSTRG.16613.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=22053bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000159_pilon:557..22609+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000159_pilon:557..22609+

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GGCACAAATTGTGAATCAGAAATAAATGAGTGTCAACCTGACCCATGTGT
CAATGGTACTTGCACAGATAAATTTGCCAGTTACGAGTGTTCATGTTCTC
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GGATATTGCGAGAACAGTATCAAATGTACTGATAAATTTCTCGACTATGA
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GTCAACACTGTGGGTAGTTACCGTTGTGATTGCCAGCCAGGATACACGGG
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GTCAGAATTGTACCGAAAGAATTGGTCTCTGTTTTCCGAACAATCCATGT
CAAAACAAAGGTTCCTGCATGTATAACACTGACTTTAGCAATTACACTTG
CCAGTGCCCGAAAGGCTTCGAAGGGCGTAACTGTACCGACAACATCAACG
AATGCGAACGATTCCCAAAACTGTGTGACTCTTTAGATTGGAAAGCGGTA
TGTCGGGATACTATGGGGTCTTATGAGTGTGAATGCTCGACGAAATTCCA
AGGCCCAAATTGTACAGAAGATGTGAACGAGTGTGACACACCTTCCAATT
GTGTCAATGGTAAAGAGTGTTTTAACTCAGTCGCTGCAAAGAATAATCCG
AACGGCTATCACTGTGATTGCAAGCCTGGATGGTctgGTATCAGATGCAA
CAAAGCGTTCTTCCCTTGTCTCAGTTACTTAAAGACACACGGTGAACCAT
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CGAATGTGATCCTACACCATGTAAGAACAATGGCACCTGTCATGATCTGA
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CAGATCAATATTGATGAATGTGCCTCTATGCCTTGCATCAATGGTGTCTG
TGTTGACGGTATCAACAATTACGAATGTCAATGTTATATTGGATACGAAG
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GCACCTGTCATGATCTGATCAATGCTTACAACTGCAGTTGTGAAGCTGGA
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TGAAGTGTTAAAACCGTGCCAAAACAATGCTACTTGTCTGGATAGCATGG
CAGGGTATAATTGTACGTGCACCGAAAAATATCACGGAACTAATTGCACT
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CTCGGTTGCCGGAGCTTTTATCTTGCTACTGGTGGCGTGCGTTTGTTTAT
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AAAACAATGCAGTTTGTATTGATGATAAAAATGCCACAGACCAGTACAGA
TGCAATTGCACTAGAGGTTATACTGGCAAAGACTGTGGCCTAAACATCAA
TGATTGCATACCTAACAAATGTATAAATGGAAGATGCATCGACTTGATCG
AAAATTTCACCTGTGACTGTACAGGATCTGGGTTCAAAGGTCAATTTTGT
GAGACTGACTTAAATGAATGTGACACTCCCAACTTTTGTAATAACGGAAC
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CCGGCACAAATTGTGAATCAGAAATAAATGAGTGTCAACCTGACCCATGT
GTCAATGGTACTTGCACAGATAAATTTGCCAGTTACGAGTGTTCATGTTC
TCCTGGATACAACGGAACAAATTGCGATCGAGAATCGGACGAGTGTACTT
TCGGATATTGCGAGAACAGTATCAAATGTACTGATAAATTTCTCGACTAT
GAATGCACATGCATGGaagGTTACACTGGTAAAAATTGTACAGACGACAT
AAACGAATGCAATTCGACATCCACAATCCTTTGTACGAACGGTGGTCAAT
GTGTCAACACTGTGGGTAGTTACCGTTGTGATTGCCAGCCAGGATACACG
GGTAGAGATTGCAGTGTGAACATACAAGAGTGTGACAGTAATCCTTGCGT
TAATGGAACGTGTTTGGATGGCATCAACAATTACACTTGTCAATGTGATA
CAGGTTTCACTGGCAGGAACTGTGAACTTGATATTGACGATTGCGCTGTC
AACAACCAGCCATGTGAAAACAACGGTCAGTGTATTGACGGTCTCAACGA
TTTCACATGTCAATGCATTTCTTCGTGGACTGGTGACAATTGTACGATTG
CGCAAGATCCATGTGCTTTGTTTTCACCTTGTGCAAACAATGCTACTTGC
TCACGTGACCCTACTTTTGGATACCGATGCAATTGCTCGGACGAGTACGG
TGGTCAGAATTGTACCGAAAGAATTGGTCTCTGTTTTCCGAACAATCCAT
GTCAAAACAAAGGTTCCTGCATGTATAACACTGACTTTAGCAATTACACT
TGCCAGTGCCCGAAAGGCTTCGAAGGGCGTAACTGTACCGACAACATCAA
CGAATGCGAACGATTCCCAAAACTGTGTGACTCTTTAGATTGGAAAGCGG
TATGTCGGGATACTATGGGGTCTTATGAGTGTGAATGCTCGACGAAATTC
CAAGGCCCAAATTGTACAGAAGATGTGAACGAGTGTGACACACCTTCCAA
TTGTGTCAATGGTAAAGAGTGTTTTAACTCAGTCGCTGCAAAGAATAATC
CGAACGGCTATCACTGTGATTGCAAGCCTGGATGGTctgGTATCAGATGC
AACAAAGCGTTCTTCCCTTGTCTCAGTTACTTAAAGACACACGGTGAACC
ATATTGTAATAATAGTGGCAACTGTATTGATCAAGGAGACGATCCTGTTT
GTAACTGCAACAATACTGGGTACACTGGCAAACAATGTGAGGATGAAATC
GACGAATGTGATCCTACACCATGTAAGAACAATGGCACCTGTCATGATCT
GATCAATGCTTACAACTGCAGTTGTGAAGCTGGATTTACTGGAAAGAATT
GCCAGATCAATATTGATGAATGTGCCTCTATGCCTTGCATCAATGGTGTC
TGTGTTGACGGTATCAACAATTACGAATGTCAATGTTATATTGGATACGA
AGGAAAGAATTGTAGCCAGGACATTGATTATTGCCAGAACGTGACCTGCG
TCAACGGTGGACATTGTCAGGACTTGAATTCGACCTTCACCTGTAACTGT
TTCCCCGGATTTGACGGTAAAACGTGTGACGTAGATATCAACGAATGTCA
GATGAAGCCGTGTCGATACGTGGACGCCAACGGGAAGGTCTTTGAGAATG
AATGCATTGAAAGATCGAATGTGACGGCAATGAAAATGAATAATTTCACG
GTGAACGAGACAAGTTTCCATGATAGGGCTGGTTATGAATGCATTTGTGT
CACAGGGTTATCAGGAAATAACTGTAGCACCAATGCACAGGATTGTATGG
TTGGTTACTGCAAGAATAATTCTACGTGTGTGGATTTGGTCGATGACTAT
AAATGCTTATGTCAGCCAGGATACAGTGGCAAGAATTGCAGTACCGACTA
TGACGAATGCATTGACGAGCCGTGCCTCAATAACGGTACGTGTAACAATC
TCATCAATAACTACACGTGTTCGTGTCCCGCCAACTTCACTGGACATAAC
TGTGAACGAGAAATAAATTATTGCACCATCAACACGCCCTGTCTGAATGA
GGGCGTTTGTAAACCAATGGGTGGTGAAACGTTCAAATGTTATTGTGCTG
CAGGATACACAGGGGAGGTTTGTGACATCAAAACTACTTTCAACATGAAC
GGAAACGGTCATTGGAACATCACCAACATTAACAACCAAGCTGACACTGA
CGTCCAATTCAGATTCCGAACCACCGTTAATAGATTGCTGATGACTGTAA
ACCTCCAAACAACCTCTGTAAGTTTCTACCTGGAGAACGGTAATTTGACA
ATGAAGCATGGTGACATCAAATCAACATATGCTACATCTACCAAAAACCT
TGTTGATGGTTCTTGGAAGCATGTAAAGATTTACGGAAATGCTCAAAGGA
CCACTATTGAAGTCAGCGGTCTTAGATCACAGCTATTTGACGCAATTAAG
ATACATGATCTTCAATCTATCACTGTCGGTGGAAACAGTACTGATATCTC
TTCAGATTTTATCGGCTGTATGAAGGATTTTTCTGTTAACGGTAAAACTT
ACATTGAATCTGATGCTGGTCATGAAGGACTGGTCTTTGGTGATTGCCAA
CGAATAGAACAGTGTGGTGTGGACTCATGTAACAGACATGGTAATTGCAT
GGACGAATGGATATCATCATCATGCCAATGTTTCAGACAATACTTCGGAT
CAAAGTGCGACCAAGAAATTAAATCATTTGGATTTCAACTTCCTGCAAAA
ACTGTTGttgctcaaaacaaaacaaacaaagtaCGACGACGACGTCGCTC
AACAGAAACATCGTCCAACCTTTACGTTCGTTCAAAACTAACAGAAAACT
ACTACAAGATGAACTCAACACACGGTTTCTCTTTCCTACTCCGGACACGG
CAACCGAACGGATTTGTAGCCATCTTGATGGATAAAGAACCGACCAGTGC
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CCTTCGCTTTACATCAAAACCGTCTCTACTACGGCTATGAGTGGCTGTTT
GCAAGCCGTCAAATTTGGTAATAATTTCTTGACCAACCAAGCTATCCCTT
CTAGTTTTACCGTCAGCGTCATAATACCAGACAGTGAACCAGGATTCCAG
TTAGGCTGTCCGGGAACTCCAGTGTGCGATTCTAAACCATGCCTTTACAA
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GCTCACGTGACCCTACTTTTGGATACCGATGCAATTGCTCGGACGAGTAC
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CTGATCAATGCTTACAACTGCAGTTGTGAAGCTGGATTTACTGGAAAGAA
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GTTTCCCCGGATTTGACGGTAAAACGTGTGACGTAGATATCAACGAATGT
CAGATGAAGCCGTGTCGATACGTGGACGCCAACGGGAAGGTCTTTGAGAA
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CGGTGAACGAGACAAGTTTCCATGATAGGGCTGGTTATGAATGCATTTGT
GTCACAGGGTTATCAGGAAATAACTGTAGCACCAATGCACAGGATTGTAT
GGTTGGTTACTGCAAGAATAATTCTACGTGTGTGGATTTGGTCGATGACT
ATAAATGCTTATGTCAGCCAGGATACAGTGGCAAGAATTGCAGTACCGAC
TATGACGAATGCATTGACGAGCCGTGCCTCAATAACGGTACGTGTAACAA
TCTCATCAATAACTACACGTGTTCGTGTCCCGCCAACTTCACTGGACATA
ACTGTGAACGAGAAATAAATTATTGCACCATCAACACGCCCTGTCTGAAT
GAGGGCGTTTGTAAACCAATGGGTGGTGAAACGTTCAAATGTTATTGTGC
TGCAGGATACACAGGGGAGGTTTGTGACATCAAAACTACTTTCAACATGA
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GACGTCCAATTCAGATTCCGAACCACCGTTAATAGATTGCTGATGACTGT
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CTTGTTGATGGTTCTTGGAAGCATGTAAAGATTTACGGAAATGCTCAAAG
GACCACTATTGAAGTCAGCGGTCTTAGATCACAGCTATTTGACGCAATTA
AGATACATGATCTTCAATCTATCACTGTCGGTGGAAACAGTACTGATATC
TCTTCAGATTTTATCGGCTGTATGAAGGATTTTTCTGTTAACGGTAAAAC
TTACATTGAATCTGATGCTGGTCATGAAGGACTGGTCTTTGGTGATTGCC
AACGAATAGAACAGTGTGGTGTGGACTCATGTAACAGACATGGTAATTGC
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ATCAAAGTGCGACCAAGAAATTAAATCATTTGGATTTCAACTTCCTGCAA
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TCAACAGAAACATCGTCCAACCTTTACGTTCGTTCAAAACTAACAGAAAA
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GGCAACCGAACGGATTTGTAGCCATCTTGATGGATAAAGAACCGACCAGT
GCTGACGATGCCACTTTCCAATACATTCTCATCGAAATCATCAACTCATA
TTTGAAAATCACCCATAAAAGTACAGACCAGAATGCCGTCAAAGTCATCC
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AGCCTTCGCTTTACATCAAAACCGTCTCTACTACGGCTATGAGTGGCTGT
TTGCAAGCCGTCAAATTTGGTAATAATTTCTTGACCAACCAAGCTATCCC
TTCTAGTTTTACCGTCAGCGTCATAATACCAGACAGTGAACCAGGATTCC
AGTTAGGCTGTCCGGGAACTCCAGTGTGCGATTCTAAACCATGCCTTTAC
AACGGGACCTGTGTAGACCAATGGAACGATTTCACCTGCCAGTGTTCTGA
AGGCTTTGGTGGAAAAACTTGTTCTGAGTTTGGATGTACATTGAACGACA
CATGTCCAGCTTCATCTGGTTATTGTTACGACGTACCTCTATCTAGTCCA
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TCAGAACGAGGCAAGAATCTGCCTCGATTTTATCGATGGATAATggtgaa
tttcaaattttgattgagGACAAAAAGCTGGTTTTCACGACGaactctgg
aaatcaaaaattcgAAGATTCTGTTGCTATCAACGATGGCCAATCACATA
CCGTAACTCTGGAAACGATCGCAGACCAAACCAAATTAACTATCGGCCAA
CGAATCAATCAGAAAATAATCAGCTTACTAAGCTCTACGTGGCAAACTTC
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AAGACATGTAACGAAACTATAAATATAGACTGTTCTTTCGATATTAACTT
GTGTCAAAATAATGGTACTTGCCAGTCGACGGCTGTTGGTACGGGACCGA
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TTGTCAAAATGGCGGCACTTGCACTGATGAAGTGAACGGCTATCAATGTG
GGTGCGTCCCTGGATACACAGGTACCAACTGTGAGACTGATATTAACGAG
TGCGCAGGAAACCCATGTCAAAATGGACGCCAATGTACTGAATTGGTGAA
CGACTACGAATGTGATTGCGGCGGTGTTTTCACGGGCAAAAACTGCCAAA
CGGACGTTGATGAATGTTTGAACGCGACCACGTGCTTACACAACGGCACG
TGTACGAACACTGTGGGTGGATTCTCTTGCGCATGCGAACCTGGTTATTT
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GGTGGCGTGCGTTTGTTTATATAGGTATTGTAAAGACAAGAGCGGCATGG
AAGGCACTTACAGCCCCAACAAAGAAGAACAAGCCGGCGGTAATGTCGAA
ATGCACGCCGTCAAAAAACCGAAAACTGAACGATTGATATGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.16613MSTRG.16613Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.16613.1.p1.exon1MSTRG.16613.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon2MSTRG.16613.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon3MSTRG.16613.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon4MSTRG.16613.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon5MSTRG.16613.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon6MSTRG.16613.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon7MSTRG.16613.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon8MSTRG.16613.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon9MSTRG.16613.1.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon10MSTRG.16613.1.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon11MSTRG.16613.1.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon12MSTRG.16613.1.p1.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon13MSTRG.16613.1.p1.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16613.1.p1.exon14MSTRG.16613.1.p1.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.16613.1.p1MSTRG.16613.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000159_pilongenomesc0000159_pilon:557..22609 +