MSTRG.15840.6.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.15840.6.p1
Unique NameMSTRG.15840.6.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000144_pilon:193672..209019-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.15840.6.p1 ID=MSTRG.15840.6.p1|Name=MSTRG.15840.6.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15348bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000144_pilon:193672..209019- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GTGGTTTGACAAGGTAACTAATTTTGCCAAGAATGCTTCACATCCTACTC TAACGATGATAAAATTGACAAAATAAAGCTTGTTATTTCTTTGTTGTTAT TTTTGCTTCTTTAGAAAATTAGATTGGTATAAGGGGCATCTTAAGGAGCA AGGTCATAATTTTGAAGCAGTTTTGGAACAAGTTAAGGTAAGTAAGATTT ATTATATGAGAATCACAGAATGTTAGGGATTCACATGAAATTTTCTTGAT TAAAAGCATGTTTGAAGAACTTTCTATTTTTTGAGATCTAATGGTTGAAA GATACATCACTCTGCAGCTTTATGAAGCTCGTCAGCCTTTTTCATCTTTT TCAACCACTGATATAAGGCCCAACTAAGAATTCGGTCCAGCAAATCAGAC AAAATGTTACTAAATCTTTCATGTAATAAGCAATTGTATTATACCGTCTT TAATTATATGTTAAGGAATAAAGTTTTAAAATAAAAGTTGAAATGAAACG AAAATATCAAAATTCTTGGTTTTTCCAAGCATTCACTCAAAGCAGGCTGG CCTTCATGGAATTCAAATTACGGATTAAAGTATAATTTTACAACCTCTAG GATGTCTTGGTTAAAACAATGTTGGCAGGCCACCCGTACATGAATTACAG TTATGAGAAACACAGACCAAAATCTGAGTCTGTTAATGGTAGCCACTGCT TTCATCTGTTTGGTGTAGACGTAATTCTTGACCAACAGTTCAAACCCTGG CTAATTGAAGTAGGTAGCAAAGTTTTTAAACTGCAAACTCAGTAACTCAT GAGAAAACTTCCGAAATTAGATTCAGATTAGATTTTTCATTTTTTATCTT AAGTATATACTTTTTTTTTTCAAAAGTTGTGCCCTTATTTTTTGAGAGTG TCTTGTAGCCTAAAAATGCGAACAATAAATCAGAAATTCCCATACAACGA ATCTAGATTTTGCCAGATCTAAGGAATAGAATGATTATTGATATTAATTA TACTGTGATAATGCATCATATAATTTATCCACTCATTAGTGTAAGATTAT ACTTTTAGCTGAATGGTAATCCCAGTTTATTTGGACAACTCCCTGATATG AAAATGCAGATTTTCAAAGATGTCCTAAATGTTTTAAATTTAAGGTTAGT TTTTAATAACTGTTAAGAATTGAGTAGTTTGTACACAGACCCAGTATCTA CGTCTAATTGCTCCGGCCTAGGAGCCTTAAATTCTCTCTCGTCCGAAGAC GACGACAACAACGACGGTCAAGACATTTTTATTTGTTTATCTAATCCGAT GATCTATTCCGATTTAATAAAGACGGATTATCTGGATTTCGATAATATTG CGAAAGTATTTAGAAAAAGATGGCTGCCGAAAGTGGGCTTAGCTGCAAAT CTCAGTGAAAGATAGTGATCATTTTCATCATTATTCATGATGTTTTGGAC ATGATTTATGAGAAGTTTGATGCATACTGGTCTAACAATGTGGAAAGACT TTGGAGAAATTTTGACCATGAATCGTCAGCTGCTCGAGTGCTTAAATCTT GCATATGGCCATATGGCTAACTTCTCTAGTTTTAAGGACGCACAAAAAAA ACCATAAGCATAAAACTCTGTAACTTGACAATGGAATGAAACTTTCAAAC ACACATCCATTGGAATTCGAAAGAGAATACTAAAATTACAACATTACAGT GCAAATTTGAAAACGATCTGAGCAGTTTTTGTGGTGTTATGTGTATGGCT GAAAATGATCCTGACTGGGCGACCGTTCCTTTTGATTTTTCAAACCCGAC ACAGATATTTTACAAACATTATCACTATGAGAATTCAATAAAGGATATTA AAACACAATTCCTGTGTAAATTTGAACAAGATTGGAGAAACTTTCACAGT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000144_pilon:193672..209019-

>MSTRG.15840.6.p1 ID=MSTRG.15840.6.p1|Name=MSTRG.15840.6.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=10476bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000144_pilon:193672..209019- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AGGTTTTATATTTCAAAGAAGAACTGATGAGCATGGGATTAAACTCTGTT
TCTTATACAACCCACGAATTGGATAAAATGGTAGAAGAGAAATTTACCAC
AGAAAGGATAACAATGAATTCTATAAATCAAAGAGCACTGCATAGTAAGA
TTATTTGCAAGAAGAAGACGACTACATAGAGGGAGGTTTTGATCAAATTT
ATCCCTGCCTTGAAAAAGATGAATATTACAAAGAACTTAATCAATATTGT
GTGGATGCCAGTAAAGACCAGAAGATCGAACAGGGCCTTGTGAAGAAAAA
ACACCTGATCACAAGATTAACTTACTGAATGGTAATCCCAGTTTATTTGG
ACAACTCCCTGATATGAAAATGCAGATTTTCAAAGATGTCCTAAATGTTT
TAAATTTAAGGATGTCTTGGTTAAAACAATGTTGGCAGGCCACCCGTACA
TGAATTACAGTTATGAGAAACACAGACCAAAATCTGAGTCTGTTAATGGT
AGCCACTGCTTTCATCTGTTTGGTGTAGACGTAATTCTTGACCAACAGTT
CAAACCCTGGCTAATTGAAAAAATTAGATTGGTATAAGGGGCATCTTAAG
GAGCAAGGTCATAATTTTGAAGCAGTTTTGGAACAAGTTAAGGATGATTT
CTTCATACACTTGACCAATACAACACTGAATAAGAAAAACAAAACTGAAA
ATAGTGGTTTGACAAGGTGCGTTTGGCAACTCAAACCTACAAGCCTCCAA
CCAATGAAAATAAGATGGGCAAGAGTCGACGAAATTTAAATATTAACATA
GTACGAGGTTATTGGAATGGTTTAAGCCCCGAAGAACGAAACCAGAGTTC
ACGCAATGACAGTTACGAGGGAAAGGTTTTATATTTCAAAGAAGAACTGA
TGAGCATGGGATTAAACTCTGTTTCTTATACAACCCACGAATTGGATAAA
ATGGTAGAAGAGAAATTTACCACAGAAAGGATAACAATGAATTCTATAAA
TCAAAGAGCACTGCATAGTAAGATTATTTGCAAGAAGAAGACGACTACAT
AGAGGGAGGTTTTGATCAAATTTATCCCTGCCTTGAAAAAGATGAATATT
ACAAAGAACTTAATCAATATTGTGTGGATGCCAGTAAAGACCAGAAGATC
GAACAGGGCCTTGTGAAGAAAAAACACCTGATCACAAGATTAACTTACTG
AATGGTAATCCCAGTTTATTTGGACAACTCCCTGATATGAAAATGCAGAT
TTTCAAAGATGTCCTAAATGTTTTAAATTTAAGGATGTCTTGGTTAAAAC
AATGTTGGCAGGCCACCCGTACATGAATTACAGTTATGAGAAACACAGAC
CAAAATCTGAGTCTGTTAATGGTAGCCACTGCTTTCATCTGTTTGGTGTA
GACGTAATTCTTGACCAACAGTTCAAACCCTGGCTAATTGAAAAAATTAG
ATTGGTATAAGGGGCATCTTAAGGAGCAAGGTCATAATTTTGAAGCAGTT
TTGGAACAAGTTAAGGATGATTTCTTCATACACTTGACCAATACAACACT
GAATAAGAAAAACAAAACTGAAAATAGTGGTTTGACAAGGTGCGTTTGGC
AACTCAAACCTACAAGCCTCCAACCAATGAAAATAAGATGGGCAAGAGTC
GACGAAATTTAAATATTAACATAGTACGAGGTTATTGGAATGGTTTAAGC
CCCGAAGAACGAAACCAGAGTTCACGCAATGACAGTTACGAGGGAAAGGT
TTTATATTTCAAAGAAGAACTGATGAGCATGGGATTAAACTCTGTTTCTT
ATACAACCCACGAATTGGATAAAATGGTAGAAGAGAAATTTACCACAGAA
AGGATAACAATGAATTCTATAAATCAAAGAGCACTGCATAGTAAGATTAT
TTGCAAGAAGAAGACGACTACATAGAGGGAGGTTTTGATCAAATTTATCC
CTGCCTTGAAAAAGATGAATATTACAAAGAACTTAATCAATATTGTGTGG
ATGCCAGTAAAGACCAGAAGATCGAACAGGGCCTTGTGAAGAAAAAACAC
CTGATCACAAGATTAACTTACTGAATGGTAATCCCAGTTTATTTGGACAA
CTCCCTGATATGAAAATGCAGATTTTCAAAGATGTCCTAAATGTTTTAAA
TTTAAGGATGTCTTGGTTAAAACAATGTTGGCAGGCCACCCGTACATGAA
TTACAGTTATGAGAAACACAGACCAAAATCTGAGTCTGTTAATGGTAGCC
ACTGCTTTCATCTGTTTGGTGTAGACGTAATTCTTGACCAACAGTTCAAA
CCCTGGCTAATTGAAAAAATTAGATTGGTATAAGGGGCATCTTAAGGAGC
AAGGTCATAATTTTGAAGCAGTTTTGGAACAAGTTAAGGATGATTTCTTC
ATACACTTGACCAATACAACACTGAATAAGAAAAACAAAACTGAAAATAG
TGGTTTGACAAGGTGCGTTTGGCAACTCAAACCTACAAGCCTCCAACCAA
TGAAAATAAGATGGGCAAGAGTCGACGAAATTTAAATATTAACATAGTAC
GAGGTTATTGGAATGGTTTAAGCCCCGAAGAACGAAACCAGAGTTCACGC
AATGACAGTTACGAGGGAAAGGTTTTATATTTCAAAGAAGAACTGATGAG
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TAGAAGAGAAATTTACCACAGAAAGGATAACAATGAATTCTATAAATCAA
AGAGCACTGCATAGTAAGATTATTTGCAAGAAGAAGACGACTACATAGAG
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AGAACTTAATCAATATTGTGTGGATGCCAGTAAAGACCAGAAGATCGAAC
AGGGCCTTGTGAAGAAAAAACACCTGATCACAAGATTAACTTACTGAATG
GTAATCCCAGTTTATTTGGACAACTCCCTGATATGAAAATGCAGATTTTC
AAAGATGTCCTAAATGTTTTAAATTTAAGGATGTCTTGGTTAAAACAATG
TTGGCAGGCCACCCGTACATGAATTACAGTTATGAGAAACACAGACCAAA
ATCTGAGTCTGTTAATGGTAGCCACTGCTTTCATCTGTTTGGTGTAGACG
TAATTCTTGACCAACAGTTCAAACCCTGGCTAATTGAAAAAATTAGATTG
GTATAAGGGGCATCTTAAGGAGCAAGGTCATAATTTTGAAGCAGTTTTGG
AACAAGTTAAGGATGATTTCTTCATACACTTGACCAATACAACACTGAAT
AAGAAAAACAAAACTGAAAATAGTGGTTTGACAAGGTGCGTTTGGCAACT
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AAATTTAAATATTAACATAGTACGAGGTTATTGGAATGGTTTAAGCCCCG
AAGAACGAAACCAGAGTTCACGCAATGACAGTTACGAGGGAAAGGTTTTA
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TAACAATGAATTCTATAAATCAAAGAGCACTGCATAGTAAGATTATTTGC
AAGAAGAAGACGACTACATAGAGGGAGGTTTTGATCAAATTTATCCCTGC
CTTGAAAAAGATGAATATTACAAAGAACTTAATCAATATTGTGTGGATGC
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TCACAAGATTAACTTACTGAATGGTAATCCCAGTTTATTTGGACAACTCC
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AGGATGTCTTGGTTAAAACAATGTTGGCAGGCCACCCGTACATGAATTAC
AGTTATGAGAAACACAGACCAAAATCTGAGTCTGTTAATGGTAGCCACTG
CTTTCATCTGTTTGGTGTAGACGTAATTCTTGACCAACAGTTCAAACCCT
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TTATTGGAATGGTTTAAGCCCCGAAGAACGAAACCAGAGTTCACGCAATG
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GGATTAAACTCTGTTTCTTATACAACCCACGAATTGGATAAAATGGTAGA
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GTTTTGATCAAATTTATCCCTGCCTTGAAAAAGATGAATATTACAAAGAA
CTTAATCAATATTGTGTGGATGCCAGTAAAGACCAGAAGATCGAACAGGG
CCTTGTGAAGAAAAAACACCTGATCACAAGATTAACTTACTGAATGGTAA
TCCCAGTTTATTTGGACAACTCCCTGATATGAAAATGCAGATTTTCAAAG
ATGTCCTAAATGTTTTAAATTTAAGGATGTCTTGGTTAAAACAATGTTGG
CAGGCCACCCGTACATGAATTACAGTTATGAGAAACACAGACCAAAATCT
GAGTCTGTTAATGGTAGCCACTGCTTTCATCTGTTTGGTGTAGACGTAAT
TCTTGACCAACAGTTCAAACCCTGGCTAATTGAAAAAATTAGATTGGTAT
AAGGGGCATCTTAAGGAGCAAGGTCATAATTTTGAAGCAGTTTTGGAACA
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AAAACAAAACTGAAAATAGTGGTTTGACAAGGTGCGTTTGGCAACTCAAA
CCTACAAGCCTCCAACCAATGAAAATAAGATGGGCAAGAGTCGACGAAAT
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TCAAAGAAGAACTGATGAGCATGGGATTAAACTCTGTTTCTTATACAACC
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AATGAATTCTATAAATCAAAGAGCACTGCATAGTAAGATTATTTGCAAGA
AGAAGACGACTACATAGAGGGAGGTTTTGATCAAATTTATCCCTGCCTTG
AAAAAGATGAATATTACAAAGAACTTAATCAATATTGTGTGGATGCCAGT
AAAGACCAGAAGATCGAACAGGGCCTTGTGAAGAAAAAACACCTGATCAC
AAGATTAACTTACTGAATGGTAATCCCAGTTTATTTGGACAACTCCCTGA
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TGTCTTGGTTAAAACAATGTTGGCAGGCCACCCGTACATGAATTACAGTT
ATGAGAAACACAGACCAAAATCTGAGTCTGTTAATGGTAGCCACTGCTTT
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AATTGAAAAAATTAGATTGGTATAAGGGGCATCTTAAGGAGCAAGGTCAT
AATTTTGAAGCAGTTTTGGAACAAGTTAAGGATGATTTCTTCATACACTT
GACCAATACAACACTGAATAAGAAAAACAAAACTGAAAATAGTGGTTTGA
CAAGGTGCGTTTGGCAACTCAAACCTACAAGCCTCCAACCAATGAAAATA
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TGGAATGGTTTAAGCCCCGAAGAACGAAACCAGAGTTCACGCAATGACAG
TTACGAGGGAAAGGTTTTATATTTCAAAGAAGAACTGATGAGCATGGGAT
TAAACTCTGTTTCTTATACAACCCACGAATTGGATAAAATGGTAGAAGAG
AAATTTACCACAGAAAGGATAACAATGAATTCTATAAATCAAAGAGCACT
GCATAGTAAGATTATTTGCAAGAAGAAGACGACTACATAGAGGGAGGTTT
TGATCAAATTTATCCCTGCCTTGAAAAAGATGAATATTACAAAGAACTTA
ATCAATATTGTGTGGATGCCAGTAAAGACCAGAAGATCGAACAGGGCCTT
GTGAAGAAAAAACACCTGATCACAAGATTAACTTACTGAATGGTAATCCC
AGTTTATTTGGACAACTCCCTGATATGAAAATGCAGATTTTCAAAGATGT
CCTAAATGTTTTAAATTTAAGGATGTCTTGGTTAAAACAATGTTGGCAGG
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CTGTTAATGGTAGCCACTGCTTTCATCTGTTTGGTGTAGACGTAATTCTT
GACCAACAGTTCAAACCCTGGCTAATTGAAAAAATTAGATTGGTATAAGG
GGCATCTTAAGGAGCAAGGTCATAATTTTGAAGCAGTTTTGGAACAAGTT
AAGGATGATTTCTTCATACACTTGACCAATACAACACTGAATAAGAAAAA
CAAAACTGAAAATAGTGGTTTGACAAGGTGCGTTTGGCAACTCAAACCTA
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AACCAGAGTTCACGCAATGACAGTTACGAGGGAAAGGTTTTATATTTCAA
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AATTGGATAAAATGGTAGAAGAGAAATTTACCACAGAAAGGATAACAATG
AATTCTATAAATCAAAGAGCACTGCATAGTAAGATTATTTGCAAGAAGAA
GACGACTACATAGAGGGAGGTTTTGATCAAATTTATCCCTGCCTTGAAAA
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ACCAGAAGATCGAACAGGGCCTTGTGAAGAAAAAACACCTGATCACAAGA
TTAACTTACTGAATGGTAATCCCAGTTTATTTGGACAACTCCCTGATATG
AAAATGCAGATTTTCAAAGATGTCCTAAATGTTTTAAATTTAAGGATGTC
TTGGTTAAAACAATGTTGGCAGGCCACCCGTACATGAATTACAGTTATGA
GAAACACAGACCAAAATCTGAGTCTGTTAATGGTAGCCACTGCTTTCATC
TGTTTGGTGTAGACGTAATTCTTGACCAACAGTTCAAACCCTGGCTAATT
GAAAAAATTAGATTGGTATAAGGGGCATCTTAAGGAGCAAGGTCATAATT
TTGAAGCAGTTTTGGAACAAGTTAAGGATGATTTCTTCATACACTTGACC
AATACAACACTGAATAAGAAAAACAAAACTGAAAATAGTGGTTTGACAAG
GTGCGTTTGGCAACTCAAACCTACAAGCCTCCAACCAATGAAAATAAGAT
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ATGGTTTAAGCCCCGAAGAACGAAACCAGAGTTCACGCAATGACAGTTAC
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CTCTGTTTCTTATACAACCCACGAATTGGATAAAATGGTAGAAGAGAAAT
TTACCACAGAAAGGATAACAATGAATTCTATAAATCAAAGAGCACTGCAT
AGTAAGATTATTTGCAAGAAGAAGACGACTACATAGAGGGAGGTTTTGAT
CAAATTTATCCCTGCCTTGAAAAAGATGAATATTACAAAGAACTTAATCA
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AGAAAAAACACCTGATCACAAGATTAACTTACTGAATGGTAATCCCAGTT
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AATGTTTTAAATTTAAGGATGTCTTGGTTAAAACAATGTTGGCAGGCCAC
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ACATGAATTACAGTTATGAGAAACACAGACCAAAATCTGAGTCTGTTAAT
GGTAGCCACTGCTTTCATCTGTTTGGTGTAGACGTAATTCTTGACCAACA
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AAGGAGCAAGGTCATAATTTTGAAGCAGTTTTGGAACAAGTTAAGGATGA
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AAAATAGTGGTTTGACAAGGTGCGTTTGGCAACTCAAACCTACAAGCCTC
CAACCAATGAAAATAAGATGGGCAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.15840MSTRG.15840Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.15840.6.p1MSTRG.15840.6.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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MSTRG.15840.6.p1.exon13MSTRG.15840.6.p1.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15840.6.p1.exon12MSTRG.15840.6.p1.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15840.6.p1.exon11MSTRG.15840.6.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15840.6.p1.exon10MSTRG.15840.6.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15840.6.p1.exon9MSTRG.15840.6.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.15840.6.p1.exon7MSTRG.15840.6.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.15840.6.p1.exon5MSTRG.15840.6.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.15840.6.p1.exon1MSTRG.15840.6.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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