MSTRG.15671.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.15671.1.p1
Unique NameMSTRG.15671.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000140_pilon:817476..823567-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.15671.1.p1 ID=MSTRG.15671.1.p1|Name=MSTRG.15671.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6092bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000140_pilon:817476..823567- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTCTTCCCGTTTTTGAAGATATGAACTACACGATTACGAAAATGAAAAAA
TCGTTTATTTTAATTCTTTGTCTCGTAACTTTTGTCTATGGCAGAGAAAG
TGGCTCTGGTGGTTCCGGTGGAGACGGTTATTATGAATGCAGTAAGTATG
AAGCATGTCATTTTGCATAATATTCCACTTCCTGCGATAAAGTTCCCCTG
ATTTTTCTGGAATTTTTCAACTATTTTTCCGCTATTTTCCCACTATTTTT
CCGCTATTTTTCTGCTATTTTTCTACTATTTCTCCACTATTTTTTCCACT
ATTTTCCCGCTATTTTTCCACTATTTTCACACTACTTTCTGCTATTTTTC
AAGGATAACTGGTGAGAGATTTCTTGTAAAGGTACGGAAAGTCTTGTGTT
TACTTACGCAACTGTTTAACTTTCCAACGCTTATTATTTTTCAACTACCT
GGAGCCTAGTCATTTCGAACAAAAAGCTGACAGTAGAATCTTAGTCCGGG
AAGAAGAATGTTCTAAACTTGCTCAAAATTAAACTTTTTTGACAAAAAAA
TGCCTGTTTTTTGGCCACTTTTTAGATTACTCTTGCAGTAAAAATATGAT
AATTTTTGCTCAAATTAGCTTTACAAAAAACGCAATACCTTATCGGCCAA
AACTTAGTTGGCCATAATTTTAGTCGGCCTTATTTATTAGTCGGCCCTAA
TTTTAGTCACCTCGTCAAATTTAGTCACTAAGGGCCGACTAATAAATAAG
CCCGACTAAAAAATTGAGCTATTTCCAAATTTCCAAGCAGATGGAAAATA
GGAGAAAGCTTAAAATAATGGAATATAAGGAAAGCTTAATTAAAAACTTT
TAATTTGGCCTAAAATTTTAGTCGGCCCAAATTTTAGTCGGCCCTAATTT
TTAGTCGCGCCAAATTTTAGTCACCAAGCCAAAATTTAGTCACTTAAGGC
CGATTAAATTTTGGCCGATAAGGTGATTTTTTTTCTATAAATGCAACAGA
GGTCAGCGACCCCTCGTTGAAACGAGAAAATATAGAGCTTTCCAATGAAC
CAAGTTTGTCAGGGGTAGATAAAAGTTTGAAAATCGGCCTAAAGTGGTAG
GCTAACTCATACAAAACAACGGTAGTGTGTAAATTTGTTAATCTTTCTAG
TTCCAATCAATACATATAGGGGAAGGGAAGCTCGAGGCCCTTTTCGAGGC
ATTTCAAGATCTCAAAATGCCAATGACTTCACATTTTATTCAGTGATAAT
AGTAGGGAGAATCTTGTTCGATTTTTTGGAATCGCTCGACTGTTTTGTTA
GAAGCACTTGTTATACATTTTTGGAAAGCTAAGGGGTAGGGGAATCGAAA
TTACTATGTTTTCAATTTTTTTTCGGACACTTTGGTGTGATTTTCAGACA
AATATGACGGTCTCGCAGGCAAAAAGCATAGGGTTAAAAATTAATGAAAC
TTTTAGCTCGAGAAAACGGAGACCTGTTGTATATTTTTGGAAAGCTCTCA
AAAAATTAAGAATAGAGATATATTGCAAGTATAGGTGATTTCTGTACCTA
ACTCGAGATATTAAACCTTGAAAACCGTGTTTTTCAGCCAGAAACAGCTA
TTTTGTCCAGTTTTTGCGCTTTTTGAAGCTCAATATCTCGAGTTAGGTCT
TTTGTATTGTGATAGCGAATCTAATTTCAATTCATCCGAGAGTAAAAGAA
AGGGCAAAAACCCGTACTCTTCCACTTGTCTAATAATTGCACGAGTGATT
TTTTTGTTATTAATTTGAAACGAAAAAATCACGAGTGCAATTTTCGATCT
GTTCGAGTTATTATGTGATTACGAGCTAATCGCACAATCTTTTCACTACT
TTTTCCCTGTCAGGAAAGTAAATTACACTGAAAGTTATACATTTTCCTCA
CTTTATGTTTTTCATTTATTGTTTGCTTGAAGATTTTCTTTCTCAAAAAA
TGAATTTCGAATGCAATTAAAACGTTCGATAAAAAAATGTAAGAAAAAAA
ATTTAAATCAATTTTGCAAACATTGGCGTGTCATTGAAGAGTGTGATTAA
CGATTAATTGCTCTCTACATGATGCAATTAACGATTAATTGCTCTCTTTG
AAGGCGCGCCAAAGAAGAAAAAATAACTCATCGTGCGATTACTCGAAAAA
GTTTACGTGATTTTATTCCCATGTTACAATAGTGTCAATAAATTCGAACC
AGTCAGAAATAATTGTAATGTAACAAGTACATAAAAATCTCGAGTAAAAG
CGTGATTTGTCTTCAAACTTTAATTTTGTAGCCTGTGTAACAAGGGTCGA
AGCTGAGCTACTTATTTTTCCTTGGATTGTTTTTGCTAGTTATTTTTCGG
GTTCAGCTGTCATACATTTTCTTTGGAAAAGTGGAATTTGCACTTTATCA
TCAACAGATCTGTATTGCTTTTTTCACATTATTTTTCCAGGTTGCGTGGA
TACCACTGGAGATTGTGACGAAAGATACCATTGCACAGATAACAGACGTT
CTTGTCCTGCCACCTGTGGAGAATGCGTACCTACCCTTCCACGTAAGTTA
ATATTTCTATAGTTATCCAGAAATAACGAACAAAGGTCATTTCAACTTGT
ACACGTGTTGATTAGTTTTAATAGAAAATCCAAAATCTCTGAAGCCTTCT
GTTCTTTCATAATCATAGCTCCTCCCCCGGGAGGGGCATTAGAGGTAGAT
GAGCATAAGCAATGTGGTCCTTAAGGGTATATTCTCCGCCAGGTTTTACC
AAAGGTTAAAATCAGCTCCAAGGGTGTAAAATTCTGAAAATATGGCTATA
TATATTTTGCCTAAAAATTGTCAAAAACTTTCAAAAAAATGCACAGCAAG
GGTCGATTTTTCGCTCAAATTTGTTCAAATTTTTAAAATTTTCAATGCAC
TGTTAGTCGTTTTAAGCACGTATGGTCGTTTTTGAATCGAGCCCCCCCCC
CGCCAGGTTTCTTTTCATATAAAAACTAGTTTCGTTTTTATTTTTCATAG
CTTATCACGAGGGAGAGCACATAACTCCACCTGAGGAAATAAAGGAAATA
AATGGTGAGTATTAGAACTATTTTGACAGGGGGAGTTTACGGGGATTTTT
ATTTGTTGGAGCATCCAATATTTTTGAAGTTCTCGGAAATTCTTAACTGT
TTCAGTTTTAAGCCTAAAACTGTTCTTAATATGTTTTTACTTTCATATTT
TTAGAGTATTTAGTCCATTCTCATAAGAGATAAGGTGCTCTACAGTTCGC
AAAACCTTAAAAACGAACCCTTTTCACAGATTCAGTAAGATTTTTTCGGC
CAGTGGGGTAAAAAAATGACAGACAAAAAATGAATTTCGACCTGTGCTTT
TCACGGTATAAGCAAACGATATCACTCTAATTTAAAATCCAAACTTTTAG
ATGTACATTTCCATCCGAAACTTTCAAATTTTACCCTTAATTAAGCAGAA
AATATGACTTTTTGAGCGAGTTTGATTTTTTATACTTCGTAATAATTGAA
ACCCTTTCAAATATTCAATATAATTATGGTTTTTTACCCCTTTGTGAGAC
TTTAGAGGGTAAGGTTGAAATTACAATCCGGTACTCGATTCAAAAACGAA
CATTTGTACGTCTCAAAATTAGTGCTTTGAAATCAACACTTGCACCTACA
GTGCAGAGAAAATTTAGTCAAACTTTAGTAAATTTGGGTGGGAAATCGAC
CTCCTTAAGGTAAATTTGCAAGAATATGGCAAGAAATGGTCAGATTTTAC
AAATTTTACACCCTAAAAAGTGTACTTTTTCTCATCTTGCTCATTCCGAC
GCTTGCATTAGAGAAGCTTGGAAAACGAATCCTTAAGGGCTGCACCGGTA
GGTTTTTTACAAGCCCTACCGGGAATAGCTAGATCTGACAAAGTGGTTCT
AACACCTTTTATTCATAATTTTTAGAGATATGTGCATCAGAACATAACAA
ATATGATGGTGTTAATTTGGTGTTCGATAATTCAATTGCACATTATTCAC
AACTACGTGCAGAATATGTTGTCGAACAACAGCAAGGTTCATATCAAAAT
GTACACGATAAGTGCAAGCTTAATTTGTTCCCAGACTTAAGATGGCTTGT
TGGTAATTACATGCCTTTCAATGAACCAATGGACCTCATCGCTGCTTTAA
AACGTGCCATCCAGGTTTGGTGAGTAAGAATTTTTGCTTGATTTAATAAG
ATAATACTCTCGATATATATCCGATAGCTGAAATGGTTTCCTTGTCAGAT
TCACGGAAGGATGATCTGAAAACTACCGTAAATGCTGTAGGAGAATCGAC
TCTTATGGTGCACTTCCTTGAACGTGTTATTTGTCCGTTTGAAGGGATTT
TCTCTCTTTTTGCAACCTTTCAGTACACTTTCTCTTATTTTGATATTTAC
ATATTGTTCTATTGGAAGCCTAAAAACGTATCCTTAAGGCCGTATTGAAG
AAGAACTCTTCCTTCCCTTTTTGATTTTAAAATTTACAGACATGATAAAT
TAAAAATCTGCCAGCAAAAAAGTTAGTTTGGTAATCCCAGCAGTAAAATA
TTTTCTTGTTTTGATGTTTCTGCTATTTAAACAGCTAGGTCTCCACTGAT
GCTTGTTAACCCAGGGTCGGCATTTTTTTTTGCTTTGTGCAACAATGTAC
GCATGCGCTGCCTACTGTTAATGAAATCGATTTAGGAAGACCAGAGGGTA
ATCCAGAAACGTATTAAAAAGTTTACAGTCTGGATATCCAGGCTAGCAGA
AATATCAGTTTTTGTTCCAAATACAATCATGGTCGTAATATTTGAGAAAA
AAGGAAGTGATTTGGAAGCGCTGTAAATTAGGTTGGAAGGGTAGAGTTTT
AACTCTGAATTTTAACGCTAGACTTAAGACAAAAATTCAAGAATAGTCCA
ATAGTGCTCAGAATATAGCCTGAAAGTCTATAAACCCCTCCCGAATTGAA
ATATTCGATAACATTTATCAATTATCCCAAAAGCAGCTTTCTCGCCCGAA
CTCCAAATTTCGAAAAATGAGGAAATAAGCTAAATTCTCAATAGATTTTG
ACCATGATTGTAGATATCACTGTCATGGCATATAGTAACTTACAATTTTT
TTTATATTTAAAGGTATGAAGAAGTTAACAATCCTGGTGGAGATCAAAGT
CATTATGAAGCAATGATTGGTCACAGTTTAGTCGGCTGTGGAGTTGCATC
AAATGGAAAGATTACAAGAGTGGTGGTCTGGTATGGCACACCCAAAGCCT
AATTGAAATTCCATATAAAAATTTATGTCATCAGATAAACTACCAAAAAA
TAACAAATTTGCAGCATAACAAACCAAAATGTAGCAAAATCAATTCTGTT
TTCCCACAGTAATTTATCCTTTTTCCTTCCTGATTCGGAATTTCATTACA
GTTAGTGGGGTGACTTAGCTCAAGTAAACATGCTAATTGTTCTTTAGCTC
AGATATTTTGTAAAATATAATTATATAGAGATCACCTATTGATAAATTAG
AAACTTTTGGCCAAGAGAGGCAAAATTAAAAAAACCCTGTTTTCCCCTAG
CAACGGAAATGACGGGTTTTTTTCAAAATACGAATACCCTGTTGAAATTC
ATTACTTAGCTGGCACACAACGTTGCTTCCACATTCATCTAACGTTATGT
ATGTGGATGTTGTGAACATTCAACCAACCATAGCTTCTACTAACTGCAAT
CTGCTAGAAATGCTTTATAAAGACTACTTAATACTGATTAGACTTTTCAA
TGCTTTATAGGCAACTAGCCGTCCCGGCGTCGTCGTAGACGACTCTTTGC
CATGATGATTAAGCTCGCTGTCATTTTTGAGAAATTAAATTTGTCTTTTA
CTTTAATGAGAAATAGGTAAGCGGTTTCTTGTATTTTTCTAAGGAAAAAT
AACAAATATATTTTCTTTTATATGAATGAATGAAATATTAATTACAACAC
TTTCCTGTCTTTCCCAAGGAAAATAATGTAGAGAAAATGTCTAAGATATT
TGAAGGAAATTAACTAAGAACCAATTTTATATATTTTCAAAGAAAAATTA
CCTAAAATAATTTCTTGTATTTGGCAAGAAAAACAACCTAAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000140_pilon:817476..823567-

>MSTRG.15671.1.p1 ID=MSTRG.15671.1.p1|Name=MSTRG.15671.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3390bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000140_pilon:817476..823567- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTATGAAGAAGTTAACAATCCTGGTGGAGATCAAAGTCATTATGAAGCAA
TGATTGGTCACAGTTTAGTCGGCTGTGGAGTTGCATCAAATGGAAAGATT
ACAAGAGTGGTGGTCTGGTATGGCACACCCAAAGCCTAAAGATATGTGCA
TCAGAACATAACAAATATGATGGTGTTAATTTGGTGTTCGATAATTCAAT
TGCACATTATTCACAACTACGTGCAGAATATGTTGTCGAACAACAGCAAG
GTTCATATCAAAATGTACACGATAAGTGCAAGCTTAATTTGTTCCCAGAC
TTAAGATGGCTTGTTGGTAATTACATGCCTTTCAATGAACCAATGGACCT
CATCGCTGCTTTAAAACGTGCCATCCAGGTTTGCTTATCACGAGGGAGAG
CACATAACTCCACCTGAGGAAATAAAGGAAATAAATGGTTGCGTGGATAC
CACTGGAGATTGTGACGAAAGATACCATTGCACAGATAACAGACGTTCTT
GTCCTGCCACCTGTGGAGAATGCGTACCTACCCTTCCACCTTCCCGTTTT
TGAAGATATGAACTACACGATTACGAAAATGAAAAAATCGTTTATTTTAA
TTCTTTGTCTCGTAACTTTTGTCTATGGCAGAGAAAGTGGCTCTGGTGGT
TCCGGTGGAGACGGTTATTATGAATGCAGTATGAAGAAGTTAACAATCCT
GGTGGAGATCAAAGTCATTATGAAGCAATGATTGGTCACAGTTTAGTCGG
CTGTGGAGTTGCATCAAATGGAAAGATTACAAGAGTGGTGGTCTGGTATG
GCACACCCAAAGCCTAAAGATATGTGCATCAGAACATAACAAATATGATG
GTGTTAATTTGGTGTTCGATAATTCAATTGCACATTATTCACAACTACGT
GCAGAATATGTTGTCGAACAACAGCAAGGTTCATATCAAAATGTACACGA
TAAGTGCAAGCTTAATTTGTTCCCAGACTTAAGATGGCTTGTTGGTAATT
ACATGCCTTTCAATGAACCAATGGACCTCATCGCTGCTTTAAAACGTGCC
ATCCAGGTTTGCTTATCACGAGGGAGAGCACATAACTCCACCTGAGGAAA
TAAAGGAAATAAATGGTTGCGTGGATACCACTGGAGATTGTGACGAAAGA
TACCATTGCACAGATAACAGACGTTCTTGTCCTGCCACCTGTGGAGAATG
CGTACCTACCCTTCCACCTTCCCGTTTTTGAAGATATGAACTACACGATT
ACGAAAATGAAAAAATCGTTTATTTTAATTCTTTGTCTCGTAACTTTTGT
CTATGGCAGAGAAAGTGGCTCTGGTGGTTCCGGTGGAGACGGTTATTATG
AATGCAGTATGAAGAAGTTAACAATCCTGGTGGAGATCAAAGTCATTATG
AAGCAATGATTGGTCACAGTTTAGTCGGCTGTGGAGTTGCATCAAATGGA
AAGATTACAAGAGTGGTGGTCTGGTATGGCACACCCAAAGCCTAAAGATA
TGTGCATCAGAACATAACAAATATGATGGTGTTAATTTGGTGTTCGATAA
TTCAATTGCACATTATTCACAACTACGTGCAGAATATGTTGTCGAACAAC
AGCAAGGTTCATATCAAAATGTACACGATAAGTGCAAGCTTAATTTGTTC
CCAGACTTAAGATGGCTTGTTGGTAATTACATGCCTTTCAATGAACCAAT
GGACCTCATCGCTGCTTTAAAACGTGCCATCCAGGTTTGCTTATCACGAG
GGAGAGCACATAACTCCACCTGAGGAAATAAAGGAAATAAATGGTTGCGT
GGATACCACTGGAGATTGTGACGAAAGATACCATTGCACAGATAACAGAC
GTTCTTGTCCTGCCACCTGTGGAGAATGCGTACCTACCCTTCCACCTTCC
CGTTTTTGAAGATATGAACTACACGATTACGAAAATGAAAAAATCGTTTA
TTTTAATTCTTTGTCTCGTAACTTTTGTCTATGGCAGAGAAAGTGGCTCT
GGTGGTTCCGGTGGAGACGGTTATTATGAATGCAGTATGAAGAAGTTAAC
AATCCTGGTGGAGATCAAAGTCATTATGAAGCAATGATTGGTCACAGTTT
AGTCGGCTGTGGAGTTGCATCAAATGGAAAGATTACAAGAGTGGTGGTCT
GGTATGGCACACCCAAAGCCTAAAGATATGTGCATCAGAACATAACAAAT
ATGATGGTGTTAATTTGGTGTTCGATAATTCAATTGCACATTATTCACAA
CTACGTGCAGAATATGTTGTCGAACAACAGCAAGGTTCATATCAAAATGT
ACACGATAAGTGCAAGCTTAATTTGTTCCCAGACTTAAGATGGCTTGTTG
GTAATTACATGCCTTTCAATGAACCAATGGACCTCATCGCTGCTTTAAAA
CGTGCCATCCAGGTTTGCTTATCACGAGGGAGAGCACATAACTCCACCTG
AGGAAATAAAGGAAATAAATGGTTGCGTGGATACCACTGGAGATTGTGAC
GAAAGATACCATTGCACAGATAACAGACGTTCTTGTCCTGCCACCTGTGG
AGAATGCGTACCTACCCTTCCACCTTCCCGTTTTTGAAGATATGAACTAC
ACGATTACGAAAATGAAAAAATCGTTTATTTTAATTCTTTGTCTCGTAAC
TTTTGTCTATGGCAGAGAAAGTGGCTCTGGTGGTTCCGGTGGAGACGGTT
ATTATGAATGCAGTATGAAGAAGTTAACAATCCTGGTGGAGATCAAAGTC
ATTATGAAGCAATGATTGGTCACAGTTTAGTCGGCTGTGGAGTTGCATCA
AATGGAAAGATTACAAGAGTGGTGGTCTGGTATGGCACACCCAAAGCCTA
AAGATATGTGCATCAGAACATAACAAATATGATGGTGTTAATTTGGTGTT
CGATAATTCAATTGCACATTATTCACAACTACGTGCAGAATATGTTGTCG
AACAACAGCAAGGTTCATATCAAAATGTACACGATAAGTGCAAGCTTAAT
TTGTTCCCAGACTTAAGATGGCTTGTTGGTAATTACATGCCTTTCAATGA
ACCAATGGACCTCATCGCTGCTTTAAAACGTGCCATCCAGGTTTGCTTAT
CACGAGGGAGAGCACATAACTCCACCTGAGGAAATAAAGGAAATAAATGG
TTGCGTGGATACCACTGGAGATTGTGACGAAAGATACCATTGCACAGATA
ACAGACGTTCTTGTCCTGCCACCTGTGGAGAATGCGTACCTACCCTTCCA
CCTTCCCGTTTTTGAAGATATGAACTACACGATTACGAAAATGAAAAAAT
CGTTTATTTTAATTCTTTGTCTCGTAACTTTTGTCTATGGCAGAGAAAGT
GGCTCTGGTGGTTCCGGTGGAGACGGTTATTATGAATGCA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.15671MSTRG.15671Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.15671.1.p1MSTRG.15671.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.15671.1.p1.exon5MSTRG.15671.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15671.1.p1.exon4MSTRG.15671.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15671.1.p1.exon3MSTRG.15671.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15671.1.p1.exon2MSTRG.15671.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.15671.1.p1.exon1MSTRG.15671.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000140_pilongenomesc0000140_pilon:817476..823567 -