MSTRG.15412.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.15412.1.p1
Unique Name	MSTRG.15412.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000136_pilon:59692..96175+
coding sequence from alignment at sc0000136_pilon:59692..96175+

mRNA from alignment at sc0000136_pilon:59692..96175+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.15412.1.p1 ID=MSTRG.15412.1.p1|Name=MSTRG.15412.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=36484bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000136_pilon:59692..96175+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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ACATATAAAAGCAAAACCTCCCTGAtgtatagactggagtcgtttataat
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aaagtgaaatatgcAAATCCTTAGCTGAGGTATgcttctcaaaataattt
aaattgtaAAGTTCTGTTTTAGCAAAGTGCATATCCCCATACGTTCTATT
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ATCGACTCTTTTCCCCTATGAATAGGTCTCAAAACTGACAAGTTCAACAC
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tttgttattttccatttttagtgTTTAGGGCAAGCGTCCGATAATTCAAC
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GTAAATGACTTGCATAACTATCTCCCAGTAAGATTTCcacaacaaaaaat
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TCATGGGTATTGTTATAGATAGCTTTAtcccttaaagggacataaaagta
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gtttttattttgtattttgacatgtgacatttgtttttattttgtatccc
CCTCCATACAGTTTATTCActaatttcgtcagtacttttatgccCCTTTA
AGATGTCATTATGTTTTTATCTCACTAGAATTGACATGTGATGGTATGCT
ACTTGTTGGAGGTGCATCTAATATTTGTTTGCACTTGAGCCAGGATGTCA
ATGATTATAAGTTCGTAATTTTCTTGTATATTTATTTTACCCCGTCTCGA
TCTGCTCTATTTTCCTTAACATTTTTGGTGGGTTTTTTAGTACAGAGTGT
AATTGCAATGTTTAAATGTTGaagcttaaaggttttatttttacttaagt
gttcccgtttcatatcagacacatatttcatatcaggacagtgtctgcct
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TGAATTaagattgatgagtaagcaaacgatatcactctattcaaaaacaa
aaacttcgAAATATTCGAAATTTGCTTTATCATTCTTATTATTCGATTCA
ATTGTTTTACTCTTACAGGTTGCTTTTCCTTGGTGTTGAAACTTTATGGA
ATATTCTGGAATATGGTTCAGTTGAACAGGTACTGTGCAAACAATTTTAT
TATATAAAtaccagtgccgtagcaactgagGGGCGatggggggctatgcc
ccccccatataattttttcaaaaatggtcattttgcaaaatgcaaagatt
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CTCaagtgccaaaaaaaaagaaggccccccccccaatataaaaatgcttc
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TTTGCATATCatattttgattatattttgataGACTTTTTCGGTGTTCTT
TTGAAGTTCTCCTTAGTAATCTTTTTTCACTCACAGGATaacatttcctt
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AATTTTGTGGTATTGTCACACTTGAGAATAATACAATCAataaggtcata
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TGGCAATGTCACAGTCACGCAGATCGCCAATTACGTAACGATATATTCGT
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000136_pilon:59692..96175+

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ATGGCGGCGGCCTTGACTGTTCAATCTTCTGGATTTTTTCCAGACTATTC
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ATAAAGAACTTCACACCAAGgtTCACCAGCCCACACCACCTGAAATCAAT
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TCATTGTTGATctgatggaaaataaaaatACATTGAAACACTTGGGTATA
TGGCGTGGTGATGAGAACAAGACGATCGGTAAACTGTTGGTTGATTTGTG
GACTGGTGAAGAGAAACGATTGAATGTACAAAGAGATGACAAGGGTGTCG
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TACATCATTGTACCAATGCATTTTGCAAGTCCAGCTATCGTCGACATCCC
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AGAATGTAGAAGGATTACAAGCAAAAGACTACATTGTGGTATCTATCATT
GAACACTACTTGGACTTCAAGACGTTAGAGGTTTGGCAGGAGATACGAGA
TGAATTGACCAAAGAACAGATTGAACCTGTGTCGACAGACAAAGAATGCA
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GCTGGATTTCTATAGCAAGATCAAAGAAAGTTataaacaagaagaaaaac
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GTTCCATGGAAGTGATAAAGATCTGGAAGATAGATTCAAAAATCTCGAAG
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TGTCAAAGAATTGGAACGTTCAATGCTACCAAAAGTTTTTGATGATACCG
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GAGtgTTTAGGGCAAGCGTCCGATAATTCAACCCGATATATTCTCCTCAA
AGCACTTTCTGCACTATCAGACTCGAAATTGACATGTGATGGTATGCTAC
TTGTTGGAGGTGCATCTAATATTTGTTTGCACTTGAGCCAGGATGTCAAT
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TGCTTAaattctcaaagcatccagaaGATTTTGagttaaagaaattattt
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GAATTGCAATTGCATGCGATGGCTGTGTTGGCTGTTTATGCTTCCATTGC
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TCGACTATTGAGGTCCATATGTAACACTGGTGATGAAGAGATCCTACAGG
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TGCAGTTCCAGTACAGATATCAATGATGCTGTGGATATAGAATTGCAATG
TGATATGCTGTTCATTTTAGCCATACTATGTGAAAGTGATATACATCGAA
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TGTTAACCCATTAAAGACGAACTTTCAGTCCCTTCACGAATACATCATTG
TACCAATGCATTTTGCAAGTCCAGCTATCGTCGACATCCCTGACAATCTA
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TGGACTTCAAGACGTTAGAGGTTTGGCAGGAGATACGAGATGAATTGACC
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TGACTGATCAAGGGATAATCTCTCAATTAGTTGccattttaaGTGCATGC
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TATGCTGTTCATTTTAGCCATACTATGTGAAAGTGATATACATCGAAAGg
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TAACCCATTAAAGACGAACTTTCAGTCCCTTCACGAATACATCATTGTAC
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GAACAGATTGAACCTGTGTCGACAGACAAAGAATGCATAAGTACCATCAT
TCATATTCTTCAACACAAAGCCAAAGAGGTTGCCAGGAAACAGaCAGCTC
TCATTGATCACCATGGAGACTTGGAGGTTCTGGAAGAGCTGGATTTCTAT
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GAACGTTCAATGCTACCAAAAGTTTTTGATGATACCGAGTCTTCTAGTGG
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CTGGATTTTTTCCAGACTATTCGAAAGATCAAGAAAGTGTTCCACTCCCA
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GCCCACACCACCTGAAATCAATTTAGAAAAGCTCCTGAAGTTGCTGACAA
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CTCTGTTCCTGTTATAAGAATGGTATTCATTTAAAAGATGTCAAATTGGT
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ATGAAGAATCTGTGTGCAGTATTTTAAACTTATTAAGCAAGCCTTTCTTA
AAAAGTAAAGTTTCAGAAGAAATTACATTCCTACCTACAGTCAGCCAATG
CATGACAGAATTAGGTCTTGCTGCAGAAGATTCATCTGATAATATTAAAT
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AGAGAGCCAGTACATGATCCACAACCAGTATCTACAAAATTTATCAAAGA
ATgtatttcaaaaagtgaaatatgcAAATCCTTAGCTGAGtgTTTAGGGC
AAGCGTCCGATAATTCAACCCGATATATTCTCCTCAAAGCACTTTCTGCA
CTATCAGACTCGAAATTGACATGTGATGGTATGCTACTTGTTGGAGGTGC
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GAACAGatCCAAAATCAGCTATCCAATCTTGAATGTTTGCTAGCTTTAAA
ACATACATTTCTGACACACATTTGGCAATGTCACAGTCACGCAGATCGCC
AATTACGTAACGATATATTCGTTATCATTACTCTGGTCATATCAAAATGT
CCTGACGCACCTCTTCTGGAAAGTGGGCTTGTTCACGTTATTGCATCCTA
TGCAAGCTACCCTGAAGTACCCACTCGTGATCAATCTATGCAGTTGCTTA
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gctATCAATATTCTCTGTGTGCATCCAGAAGCGAAGACAATGGTAAAAGC
ATTAAAGAGAAGTCAAGTGATGCTTGCTTTGTATTCCTATGTTATTCCTA
TTAAAGAACCCATGCCAAAGGAATGGAGTTTATCCGAGTTTGAAGAATTG
CAATTGCATGCGATGGCTGTGTTGGCTGTTTATGCTTCCATTGCATTAGA
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GGTGTGTTAACGCAGaggaatttgGTGGCCATGGTAACAGTTTCTATGGA
GCAGGTGGTCGTGGCAGTAAGCGTGCACAAATGAGATACTGTATTCGACT
ATTGAGGTCCATATGTAACACTGGTGATGAAGAGATCCTACAGGATTTGA
CTGATCAAGGGATAATCTCTCAATTAGTTGccattttaaGTGCATGCAGT
TCCAGTACAGATATCAATGATGCTGTGGATATAGAATTGCAATGTGATAT
GCTGTTCATTTTAGCCATACTATGTGAAAGTGATATACATCGAAAGgaGT
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TTCACCGTCACCAAAGGGCCAGTTGAGAATCATAAGCTAGTTTTGTCCAC
CGTCGATTGTATATGGTCGACAGTGATTGGTTGttatttgaatgaaattt
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TGTCCAGAAAAGATGCAAAACGTGGTGATGGGTATCATTGTTGATctgat
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ACAAGACGATCGGTAAACTGTTGGTTGATTTGTGGACTGGTGAAGAGAAA
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TGCATTTTGCAAGTCCAGCTATCGTCGACATCCCTGACAATCTACGGGCT
AAGATATATAGCCTATTCTCCAAAATTGGATTTCAGAATGTAGAAGGATT
ACAAGCAAAAGACTACATTGTGGTATCTATCATTGAACACTACTTGGACT
TCAAGACGTTAGAGGTTTGGCAGGAGATACGAGATGAATTGACCAAAGAA
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TTGATCACCATGGAGACTTGGAGGTTCTGGAAGAGCTGGATTTCTATAGC
AAGATCAAAGAAAGTTataaacaagaagaaaaacgaTACCAAGATTTCGT
CCATTTTGTTGAACGAACTTCTAATCACGCCGCTCTCAAGAACGCAAGAC
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AAAGATCTGGAAGATAGATTCAAAAATCTCGAAGAAAGAAAAATACAACA
CGAGACGCTTGACCCAAAACTGCAGACTACGGTGTTTTGCGGTCGAAATG
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GATTTTTTCCAGACTATTCGAAAGATCAAGAAAGTGTTCCACTCCCAGTC
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CACACCACCTGAAATCAATTTAGAAAAGCTCCTGAAGTTGCTGACAAATA
AACATTCCAAATCATTGATTGAACGACATTATCGTGCAATAAAACTCCTC
TGTTCCTGTTATAAGAATGGTATTCATTTAAAAGATGTCAAATTGGTACT
GGAAGTTTTAAAGAAATGTCACGAGTATCTTAACATTGATACTGGATATG
AAGAATCTGTGTGCAGTATTTTAAACTTATTAAGCAAGCCTTTCTTAAAA
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GACAGAATTAGGTCTTGCTGCAGAAGATTCATCTGATAATATTAAATGCA
CCACAGCTGAAGCAATATCCAAACTCTACACGACTCCATCAAGAAACAGA
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tatttcaaaaagtgaaatatgcAAATCCTTAGCTGAGtgTTTAGGGCAAG
CGTCCGATAATTCAACCCGATATATTCTCCTCAAAGCACTTTCTGCACTA
TCAGACTCGAAATTGACATGTGATGGTATGCTACTTGTTGGAGGTGCATC
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TCCTTGGTGTTGAAACTTTATGGAATATTCTGGAATATGGTTCAGTTGAA
CAGatCCAAAATCAGCTATCCAATCTTGAATGTTTGCTAGCTTTAAAACA
TACATTTCTGACACACATTTGGCAATGTCACAGTCACGCAGATCGCCAAT
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GACGCACCTCTTCTGGAAAGTGGGCTTGTTCACGTTATTGCATCCTATGC
AAGCTACCCTGAAGTACCCACTCGTGATCAATCTATGCAGTTGCTTAaat
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ATCAATATTCTCTGTGTGCATCCAGAAGCGAAGACAATGGTAAAAGCATT
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TTGCATGCGATGGCTGTGTTGGCTGTTTATGCTTCCATTGCATTAGAAGA
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GGTGGTCGTGGCAGTAAGCGTGCACAAATGAGATACTGTATTCGACTATT
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CGATTGTATATGGTCGACAGTGATTGGTTGttatttgaatgaaatttgtt
tGTTGGAAAAAGAGGGTGCTTTTTTGTTATTGGACCTTCTTGAAACATGT
CCAGAAAAGATGCAAAACGTGGTGATGGGTATCATTGTTGATctgatgga
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TTGAATGTACAAAGAGATGACAAGGGTGTCGTCACAGATTTTGTTAACCC
ATTAAAGACGAACTTTCAGTCCCTTCACGAATACATCATTGTACCAATGC
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ATATATAGCCTATTCTCCAAAATTGGATTTCAGAATGTAGAAGGATTACA
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ATCACCATGGAGACTTGGAGGTTCTGGAAGAGCTGGATTTCTATAGCAAG
ATCAAAGAAAGTTataaacaagaagaaaaacgaTACCAAGATTTCGTCCA
TTTTGTTGAACGAACTTCTAATCACGCCGCTCTCAAGAACGCAAGACGTA
TACAGTTAGAGCATATTCAACAATCACGTACGTTCCATGGAAGTGATAAA
GATCTGGAAGATAGATTCAAAAATCTCGAAGAAAGAAAAATACAACACGA
GACGCTTGACCCAAAACTGCAGACTACGGTGTTTTGCGGTCGAAATGTTA
TTGTTCAAAGCACTAAAATGGAAGATCCCGTTGTCAAAGAATTGGAACGT
TCAATGCTACCAAAAGTTTTTGATGATACCGAGTCTTCTAGTGGAGCTGA
AATACTGgAATTGTGA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15412	MSTRG.15412	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15412.1.p1.exon1	MSTRG.15412.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon2	MSTRG.15412.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15412.1.p1.exon4	MSTRG.15412.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15412.1.p1.exon6	MSTRG.15412.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon7	MSTRG.15412.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon8	MSTRG.15412.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon9	MSTRG.15412.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon10	MSTRG.15412.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon11	MSTRG.15412.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon12	MSTRG.15412.1.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon13	MSTRG.15412.1.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon14	MSTRG.15412.1.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon15	MSTRG.15412.1.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon16	MSTRG.15412.1.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon17	MSTRG.15412.1.p1.exon17	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon18	MSTRG.15412.1.p1.exon18	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon19	MSTRG.15412.1.p1.exon19	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon20	MSTRG.15412.1.p1.exon20	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon21	MSTRG.15412.1.p1.exon21	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon22	MSTRG.15412.1.p1.exon22	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon23	MSTRG.15412.1.p1.exon23	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon24	MSTRG.15412.1.p1.exon24	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon25	MSTRG.15412.1.p1.exon25	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon26	MSTRG.15412.1.p1.exon26	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon27	MSTRG.15412.1.p1.exon27	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.1.p1.exon28	MSTRG.15412.1.p1.exon28	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15412.1.p1	MSTRG.15412.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000136_pilon	genome	sc0000136_pilon:59692..96175 +

You are here

MSTRG.15412.1.p1 (mRNA) -