MSTRG.15060.1.p2 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.15060.1.p2
Unique Name	MSTRG.15060.1.p2
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000130_pilon:529012..585430+
coding sequence from alignment at sc0000130_pilon:529012..585430+

mRNA from alignment at sc0000130_pilon:529012..585430+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.15060.1.p2 ID=MSTRG.15060.1.p2|Name=MSTRG.15060.1.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=56419bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000130_pilon:529012..585430+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GGCGATAATAGTTTGGAAGGTGCGACGCTCACAACCAGCCATAACAAACC
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AATACGATTTTTCTCGGTTGTTGGAGTTTCATCATACCACTCAAACGAGA
TGATATCGTTAAGCTTTAACAAGATTTGGCCATTAAACCAGCTGATATTT
AACCACAAAATTCCCTTTCTTTTCTTGTTCTAGCCTTCATTAAAACATCA
AAGTCAATCCAAGACCCCATCATATCGTAGTTTAATGTCACCCAAAACCA
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CCTGGTAAGGTACCATCTTCACAAGTACAGCCAAGCGGTAAACATCAAAC
TTTAGACCTGAGTTACACCACCGAAGAAACAGTATCTCCTCGCAGATCAC
CTACCCTGTTCAGCGACCGCGATGGTGAAAATCCTTTAGATCCGGTTCTG
ACATCAACCAGAAGGTCACCACGACATGAACCGGTAAAAAACTTAGCACC
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GAATGTCTCCAAACGCATTGGAAAGACGTCTCAGAGCTGAGTTGAATTTA
TTCGATACTGTGGGTGATTCCCTTCAACAGGTGACGGAAATGGATCGTGT
TCGCGATATAGTTCAAGCACAACAAGAGACTGTCTCGCTTGCCCAGGTTT
TAAAGAATAGGCAAGTTTTACACCAAAAAGAGCTTGATCGAATGAGCATC
GAGGCAAGAGAGAAAGCAGCTCAATCTGCTAGGGATATCGAAATTGCGCG
TCGCAATGCTTTAGAGGCTGAAACCAAAGCGCAGAAGGTGATAGCTGAAG
TGAAAAGCCAAGCAGCGGAAAATGTAGCTGTTTCTACTCAAGCTttctcc
aaaCaacaaaatgaagcgactgctttATCCTTAGACGCTATCAAAGAGTC
GGAGAAAGTTCGTCGTGACGCTTTTGAGGAGTACAAGAAATCCGTCGACG
ATCGATTAGCAAACATCGATGGCATAATGAATTCTGCGGTTTCTGCGGCA
TCCACGGCTGCAGTTGAAGTGGCTCTGCGACAACACCGCGAGAAATTGGA
ATCGCTCCGGAAAGAGTCTCTTCATAAGGTTTCAAAGACCTTCACGTCAT
TTAGTGAGGAAAGCAGCACTGTTTCTGATCGTTCAACAACTTCACCTACC
AAAACTTCTTATCAGACGGGATCCAGTGTTTCCACTGCTAAAGATTTATC
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AAACGCCGTCTAGAAGAAATATATCGTCTGCTAAGTCACCAAGCTATACT
GAACCTGTATCCGAAAGCTACGTTAGTGCctcaaaattaaaatcatcGCC
TGAGATTTCTGAACGGCTACCGACTTCAAACCGAACTTCCCCAGCCAGTA
AATTAGATATTTCCGAACAACTACCGACAACCAAACGAACATCATCGGTG
ATTTCTGAGAAGTTCCCTTCGTCAGCCGGCGAAAATACAGATGTGACAGA
GGATGTACCGACAGAAGTTGACGAAGATAAAGAATTGACGGAAGCTTTGT
TCAGCACTGGTAAAAAATCTGGTACGTTATTCATCATCAAAGTTCCTATA
TGCAGACTACACTTGTCGCTCtgaatttgattttgtttacaGTATTTTTC
GCCTGAGGgttatttttaattcaatttttaaatgtCGAAAACAAATCTCA
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caagaaaaaacataacTCGAAGATCAGCATCCttcttagtttttaaataa
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CTactcaagtcttgttcagttcatacttttattcgctgggccttcatgcc
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CTACCCTCCGAAAATCATCGCCGTAAAAGCTTGGATGTTCACCGTGATTT
CATCGTGTCTGGAAATGACGAGACTTCTTCGGTAAAGATTATAAGAATTT
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TTAGCTCATATTTGATATAAATATATACATTTTTTATCGTATAAAACCAT
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000130_pilon:529012..585430+

>MSTRG.15060.1.p2 ID=MSTRG.15060.1.p2|Name=MSTRG.15060.1.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=29376bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000130_pilon:529012..585430+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atggattccTACCGTACGGAGAATGCTTTCTCCATTGCTGATTATTGCGT
GTTCGGTGGGATGTTACTCATCTCCAGTGTTATCGGTATATATTTCGCTT
ACGGTGGCAAACAGAAGAGTACTAAAGAATATTTAATGGCTGGTCGTGAT
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TATGCTGTTTATTCCAAGTGTGACATCGGGAAGTTTGGTCTTGGTTATGT
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CTCAGCACTGCTTCTTCAGGATTGAACTCGATCGCAGCAGTTTTATTGGA
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AAGATACCAAGTATTGTCCAAGGAAATGGACTCGCTTATCCAACTTTAGA
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CGATCGCAGCAGTTTTATTGGAGGATGTTGTGAAGAAAGTCAAACCTGAT
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CGCTACCAGAATGTCCAAAATTATCGCCTGTGCTCTTGGATTTCTTGTGA
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TCTTGGAATGCTTGTTCCCTGGTCTACTTGGAAGGGTGCTTACTGTGGTG
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TTGTTCTGTAAATACGTGTTAAAAGAGGAAGAGGAAGATGTGGACGAAGA
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GCCGATCAGATAGTTATGAGATGAATAGGAGCAGCAAAGGAAACGAGgaA
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GAATGCTTTCTCCATTGCTGATTATTGCGTGTTCGGTGGGATGTTACTCA
TCTCCAGTGTTATCGGTATATATTTCGCTTACGGTGGCAAACAGAAGAGT
ACTAAAGAATATTTAATGGCTGGTCGTGATATGCCGTGGTTCCCTGTTTT
TGTATCGCTACTGGCTTCTTACTTATCTGCTATCACGCTATTGGGTGTTC
CGTCAGAGATTTATACATATGGTGTGCAATATATCGTCTTGTGCTTCTCA
TACTTCATTCTGATTGGTGCAGGAGTCATTATCTTTCTACCAATCTTCTA
CAAGCTTCAAGTGGTCAGCTCTAATGAGtatcTTGAAAAACGTTTCACGC
CTGGTGTCAGAAGTCTTGGATGTTGCTTGGTATCACTACAATACatcCTA
TATCTTGCTGTTGTTTTGTACGCCCCCAGTTTAGCTTTGGAAGCTGtgGC
AGGAGTTCCTCTCACAGCAACCATTATCAGTACTGGATTAGTATGTACAT
TTTATACTACGTTGGGTGGAATGAAGGCTGTCATTTGGACGGATGTGTTT
CAAGCATTTGTCATGGTAACCGGACTTATTGTTGTCATTATCGTCGGTGC
CGTTGAATTGGATGGGTTTGGAGAAGTGTTCTCACGGATACAAGCTGGTC
AAAGAGACCGTGTTTTCGACTTCAACCCTGACCCGACCACACGAAACACG
TTCTGGACACTTTCTATTGGTGGCGCATTCACTGCTATGCCTGTATGGAC
TGTCTGTCAACCTGCCGTGCAACGATTTCAAGCTGCTAGAAGTCTCAAAG
AATCCAAAAAAGCTCTTGGAATGAACATCATTGGTTTGATTTTGATTGTG
TTGTTATGTGTGATGGATGGGTGTGTCATTTATGCTGTTTATTCCAAGTG
TGACATCGGGAAGTTTGGTCTTGGTTATGTCACCTCAAATGATCAGGTCT
TACCTTACTTCATCATCGACAAACTGAAAGAATACCAAGGAGTTCCTGGA
CTTTTCACTTCTTGCTTATTCAGTGGTGCTCTCAGCACTGCTTCTTCAGG
ATTGAACTCGATCGCAGCAGTTTTATTGGAGGATGTTGTGAAGAAAGTCA
AACCTGATATTAATGATGCCGCCGCTACCAGAATGTCCAAAATTATCGCC
TGTGCTCTTGGATTTCTTGTGATCGGTTTATCATTTCTTGTCTCCAAATT
TGGAACCATGGTTCTTCAGTTGGCATACAGTATTTTTGGTATCATCGGAG
GCCCATATTTAGGATTGTTCTGTCTTGGAATGCTTGTTCCCTGGTCTACT
TGGAAGGGTGCTTACTGTGGTGTAGTAGTTGGCGTTAGTACAACATTATG
GCTTGCTGTGGGTGGTATTATCTATCCGCCCAATAAACACGCCCAAATGG
TTGATGTGAGAGAATGTCAGGTGTATAAAGATTATCATAATCCGAACGCC
ACTATGTATGAACAATTACGTAATGATACCAAGATACCAAGTATTGTCCA
AGGAAATGGACTCGCTTATCCAACTTTAGAATTCAACGACCACGATATCT
CGTTAGCTTCATGGTATTCGATGTCTTATCTTTGGTATGCAGCCATTGGT
GTCTCTTTCACTTTCGTTACCGGTTGTTTAGTCAGCTTGTTCTGTAAATA
CGTGTTAAAAGAGGAAGAGGAAGATGTGGACGAAGATTTATTGTTCGATT
ATTACGGCTTCTTCCAATCACTCATCCCCAAGAAATGCCGATCAGATAGT
TATGAGATGAATAGGAGCAGCAAAGGAAACGAGgaATCATACCCTTTGAA
AGAACAGGAGGCTTAAatggattccTACCGTACGGAGAATGCTTTCTCCA
TTGCTGATTATTGCGTGTTCGGTGGGATGTTACTCATCTCCAGTGTTATC
GGTATATATTTCGCTTACGGTGGCAAACAGAAGAGTACTAAAGAATATTT
AATGGCTGGTCGTGATATGCCGTGGTTCCCTGTTTTTGTATCGCTACTGG
CTTCTTACTTATCTGCTATCACGCTATTGGGTGTTCCGTCAGAGATTTAT
ACATATGGTGTGCAATATATCGTCTTGTGCTTCTCATACTTCATTCTGAT
TGGTGCAGGAGTCATTATCTTTCTACCAATCTTCTACAAGCTTCAAGTGG
TCAGCTCTAATGAGtatcTTGAAAAACGTTTCACGCCTGGTGTCAGAAGT
CTTGGATGTTGCTTGGTATCACTACAATACatcCTATATCTTGCTGTTGT
TTTGTACGCCCCCAGTTTAGCTTTGGAAGCTGtgGCAGGAGTTCCTCTCA
CAGCAACCATTATCAGTACTGGATTAGTATGTACATTTTATACTACGTTG
GGTGGAATGAAGGCTGTCATTTGGACGGATGTGTTTCAAGCATTTGTCAT
GGTAACCGGACTTATTGTTGTCATTATCGTCGGTGCCGTTGAATTGGATG
GGTTTGGAGAAGTGTTCTCACGGATACAAGCTGGTCAAAGAGACCGTGTT
TTCGACTTCAACCCTGACCCGACCACACGAAACACGTTCTGGACACTTTC
TATTGGTGGCGCATTCACTGCTATGCCTGTATGGACTGTCTGTCAACCTG
CCGTGCAACGATTTCAAGCTGCTAGAAGTCTCAAAGAATCCAAAAAAGCT
CTTGGAATGAACATCATTGGTTTGATTTTGATTGTGTTGTTATGTGTGAT
GGATGGGTGTGTCATTTATGCTGTTTATTCCAAGTGTGACATCGGGAAGT
TTGGTCTTGGTTATGTCACCTCAAATGATCAGGTCTTACCTTACTTCATC
ATCGACAAACTGAAAGAATACCAAGGAGTTCCTGGACTTTTCACTTCTTG
CTTATTCAGTGGTGCTCTCAGCACTGCTTCTTCAGGATTGAACTCGATCG
CAGCAGTTTTATTGGAGGATGTTGTGAAGAAAGTCAAACCTGATATTAAT
GATGCCGCCGCTACCAGAATGTCCAAAATTATCGCCTGTGCTCTTGGATT
TCTTGTGATCGGTTTATCATTTCTTGTCTCCAAATTTGGAACCATGGTTC
TTCAGTTGGCATACAGTATTTTTGGTATCATCGGAGGCCCATATTTAGGA
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TATTCGATGTCTTATCTTTGGTATGCAGCCATTGGTGTCTCTTTCACTTT
CGTTACCGGTTGTTTAGTCAGCTTGTTCTGTAAATACGTGTTAAAAGAGG
AAGAGGAAGATGTGGACGAAGATTTATTGTTCGATTATTACGGCTTCTTC
CAATCACTCATCCCCAAGAAATGCCGATCAGATAGTTATGAGATGAATAG
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TCGTCGGTGCCGTTGAATTGGATGGGTTTGGAGAAGTGTTCTCACGGATA
CAAGCTGGTCAAAGAGACCGTGTTTTCGACTTCAACCCTGACCCGACCAC
ACGAAACACGTTCTGGACACTTTCTATTGGTGGCGCATTCACTGCTATGC
CTGTATGGACTGTCTGTCAACCTGCCGTGCAACGATTTCAAGCTGCTAGA
AGTCTCAAAGAATCCAAAAAAGCTCTTGGAATGAACATCATTGGTTTGAT
TTTGATTGTGTTGTTATGTGTGATGGATGGGTGTGTCATTTATGCTGTTT
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GATCAGGTCTTACCTTACTTCATCATCGACAAACTGAAAGAATACCAAGG
AGTTCCTGGACTTTTCACTTCTTGCTTATTCAGTGGTGCTCTCAGCACTG
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AAGAAAGTCAAACCTGATATTAATGATGCCGCCGCTACCAGAATGTCCAA
AATTATCGCCTGTGCTCTTGGATTTCTTGTGATCGGTTTATCATTTCTTG
TCTCCAAATTTGGAACCATGGTTCTTCAGTTGGCATACAGTATTTTTGGT
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CACGATATCTCGTTAGCTTCATGGTATTCGATGTCTTATCTTTGGTATGC
AGCCATTGGTGTCTCTTTCACTTTCGTTACCGGTTGTTTAGTCAGCTTGT
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TTGTTCGATTATTACGGCTTCTTCCAATCACTCATCCCCAAGAAATGCCG
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ACCCTTTGAAAGAACAGGAGGCTTAA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15060	MSTRG.15060	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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MSTRG.15060.1.p2.exon7	MSTRG.15060.1.p2.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon8	MSTRG.15060.1.p2.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon9	MSTRG.15060.1.p2.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon10	MSTRG.15060.1.p2.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon11	MSTRG.15060.1.p2.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon12	MSTRG.15060.1.p2.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon13	MSTRG.15060.1.p2.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon14	MSTRG.15060.1.p2.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15060.1.p2.exon16	MSTRG.15060.1.p2.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15060.1.p2.exon20	MSTRG.15060.1.p2.exon20	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15060.1.p2.exon37	MSTRG.15060.1.p2.exon37	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15060.1.p2.exon41	MSTRG.15060.1.p2.exon41	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon42	MSTRG.15060.1.p2.exon42	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon43	MSTRG.15060.1.p2.exon43	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon44	MSTRG.15060.1.p2.exon44	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon45	MSTRG.15060.1.p2.exon45	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon46	MSTRG.15060.1.p2.exon46	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15060.1.p2.exon50	MSTRG.15060.1.p2.exon50	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon51	MSTRG.15060.1.p2.exon51	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15060.1.p2.exon52	MSTRG.15060.1.p2.exon52	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15060.1.p2	MSTRG.15060.1.p2-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000130_pilon	genome	sc0000130_pilon:529012..585430 +

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MSTRG.15060.1.p2 (mRNA) -