MSTRG.14545.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.14545.2.p1
Unique NameMSTRG.14545.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000121_pilon:937308..949313+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.14545.2.p1 ID=MSTRG.14545.2.p1|Name=MSTRG.14545.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12006bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000121_pilon:937308..949313+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
agattgcaaaaagaaataatacaaaataattaaaatattactcctacaag
aaaaacaagtaaaagagaagaaCACAACAATGGATGACATTGGATTACGA
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AATGAAGGGTTATTTcttcttaaccctttaagtaccaatGACGAGTATAC
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agttagaaatcgtcacttttggtctaactcgtaggaattggattgggttt
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CCTCCAAaattggccctgttttacttgactctgtcctctagcgaattaat
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GAATGAGAAGATTTTGACTACAGATTGTCATCGTGCTGCTGGTAAGATAT
TTAACTgtgtttttggaaattttgctgCGTCAGCAAATAATCTCaattct
tcaaaactttttatttgaagtttCCTCCCCCTTCACCCCCCTTCATCGAC
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CTTTAAGTgtgtacttttttttttgctctcgtGTGGAAACCAGTCTCAAG
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gtgaaggatataatGTCCGGGGGTATTGAAGaataaaatctacaaaattt
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aaaaaatgttatatcctccaccccctagattcaatttttttctggaaaag
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TGTGTTTACTGAAACACTTCAAAGTGGTCGATATTATCGAGCAATGCGAA
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tcaaaaagaattctttaaaatatgTTGATACCCCCTAGAAAAcggcaaaa
attttcaaaagaacccttggaatAATTTGTCATACTTTTAAGGTGATGGG
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taccccctggaaatgttcgtttACCTCCCTGTATCGGTATAAAATCTCTT
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TCAGTTAAAGTTTGAACAATTCTATAAAATGGTCACCGTATTGATATGCT
GATAGTGGAGACCAGGCCTTAGGATCCGCCGTGCACCCACACTTAGTTCT
TTGTTggaaaagtattttaagagaaAATGGGTGACTCCCTAGTCCATCCC
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Acgctatgaactttaaaaagacgttaatgatatgttgcatcaccttcttt
tataaaaagtgctaagttttaatgggtaattaacttttttgttttgaagt
tttttcaaactgtccgcaaagaactgaactgtttaaatttttcggaaaaa
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tgggatggaaaactggtcaaaaagcactattttcaagattttgaagcaaa
taagcttttagaaaaattttccaaaaaaaataattttagttcggtaaaag
atacaccatctaccgcaaaaaaattttcaaaatattttttcttcgctgaa
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agattcacgAATAATTGGCCTGAAagaatatgtataacatgccacagttt
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AAATTCACCATGGTCAGAGCCTTTCAGGTATTTGTTCGACTTCCAGATGT
CAAAAACTGTCCTGGGTCATCCATAGTCCAATTTTATCATAAAAATAGCT
TGACCTACCAACAACCTTTTTCCCTATCTTTTCTGATTCGTGTTGGTAAA
CCATGGAAATGCGGTTTGAACTCAAAACAAACACGTTTCAAACGTCTAGA
GaagtgaatgaaaaaaatgagatgAATAATTGTTAAAAGTATCCCGACAC
ACTCAGAATAGCCCTATTGAAGATCTTTGGTTTAAAATTAGATTTCGGTT
GGCCtaaattacacatttttttataagcaactccaaatTTCGGGTTAGGG
CTGGGGTTGTTTGGCATTCtaatttattttctgaaaaaatttgctttgac
taTACCCCTGATAATGGTTATcgtttgccatggttagattatcaacaaaa
cttttactttatgagatagtgaaaaaaatttgggcaaattttagGGCTCG
AACCGTACCGTAGCAACATGGCTGCTTATAGAAAAATTGTGTACTTGGAT
TCCCACTTTCCGGCGGGGGGCACTCGTATGGTCtgacccacggcatgtgc
cgcccttaagggtaagTTTTTCGAGAcctaaatgcactgtaagggtgtac
tttttataaagtgcactacaagggtcttctttaagctggatacactgtaa
gggtgtgtttggggatTGCTGAATTGGCAGTTCTGACAttaaaatctgat
gtatctGTATAGTTTTGACTCACATCCAGTTTGATTTGATCccaggctca
ttttcaggtaACTTAAGCGAAATAAgttatgaaatcaaactacactgtaa
gggtaagAAACGTTCgataaaatgcactgtaagggtccgattttgaaagc
caattttttggcggcacatgccgtcgtttagaaatcgagtgccccccccg
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ATTGACAATAAGGTGCTCCAGTGGAAAAATTCCAAACTAACTTTAACACG
TTCACTGCTGATAATTGCCCGAGGGGATTTCACCAAGTTTGCGTTTAAGT
GTACTTCTATTTTACTTTAAATAACTCCAAATTACCAATCGATGCAGAAt
tgaaaatctaataaaaataaAGCAAGCTAAAAGTttctgtatcaaaagtt
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AAAAGAGACTGTTTAATCGAGACAAAGTTCTAGTACCACAGTCACTGACC
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GCACTACGATTGCTTCTTTACGTgtaacactttcaaaaaaactccaatca
aagatggtgaTTATAGCTTTTCCCTGGTtcataaaagattttaaatcatt
tttagaATGACGATTCACTGGCATCAAGAATAGAAAATATCTTCACCATT
GGAGCCCaggtaaaaaatgttttgtgtCACTAAACAACATTTGGTCCCAA
ATAAACGTCTCCCccggttattaattttcaaaaagttctcgTTCCATccc
ttttctgaaaaaaattgtcatcCAAAGCTGAATTGCTCTAAAAAGCCTGG
TTTTAGTCTATAATTctcttattttggggtttttggACGTAGAATATCTG
ACACCCCGGGCCTTTTAATTCGGAGcccctactattcgggacctttGAGT
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GGGTAAGCAGAACTTAAACCTCGATTCGCTGCCAGaaaaaaaCACTGTTT
ACAGGGATGGCAGATATATTGTGTAGGGGTAAGAGAAAATTCCGAACAAC
TTCCTTGTTACTACCACTCACCCAATATGAATTTGTAATGCCCAGTGATA
AAAGTTTTCATGTCCAAAGAGTcgattttaaatttgttctgGTGTAAAAC
ATGTGTAAAACAAATAAAGATAACCTCATCGAACCTATGAATTATTGTTG
AAATAGCGCACcgtttctttttcacttttttcagtCTTTCATCCCATCTG
CAGGACATTATGATTTGATTTGGATGCAATGGTTTGTTGGTCACTTCACC
GACGGTAAATTGCTGCTTTTTTATCATTGGGTtcctaatagaccttttca
aaaattacgtcgCAAATAATtatcccttttttagtgatcttgtgcagacg
ataggatcgtctaggaATTTGTATAAGAATTGAtaaaatgttggaaaaaa
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aaaaactccgatcaaagattttgcttgcctgggattgagaaacttggtcc
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atttatcTTTTCTTCAGACGATTTCGTTGCAGTGTTACAGAACTGTAAAC
GTGGATTACGAGAAGGAGGATGTATTGTGATCAAAGATAATGTGGCTTCA
AAAGAACCAGTGCTTGATGAAGATGATAGCAGTGTCACCAGGTAGTTTCA
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ATCGGAAAGAGTTTGTTTCTAAAGCTACGGAAAATCTTGTATTAGCTCAA
GAAACTGCCTAACTTTTcaaagcttatttttcaactacccaaaATCCTGG
TCTTTTTCAggtagaaaagtggcaaaggatTCCTTGTGCgaaaatgggaa
tcttatacaaaatgaCGGAtacatcttttataagcaactctgTTTTTGGG
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ATTATATAGGTTATTTTACCATCCCTAATATTATATCATATTTGTGCTTG
TTGGGTCTAAGGCTATCGTTTTCCTTATTGagattatcaaaaatttcatt
tacgagttaacaaaaaatatttagctGACTTCAGGTCTCGAGTCTTAGTA
CCATAGAGGTTCTTTAATAAACAATATGTTGATAGATAGAGTCGACATTA
CGTGCATTGTCAAGTAATTTAGAACGTTTGGACAGACTTTCGATTGTTCG
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tgtctgtttgataaaaaaaaattcccgtacggaaacCTCTACTTTAttct
ctcgtcgtctcccctctctcacccgTACTCCACCGACTgctcggtttgaa
aaatctcaaatccgaaaaaacaatgacaacagaccctctacggcaatgaa
tcttgaaataagccgtagatatcgggtctgtgtactgACTACAATCTACT
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ccaatttttgaagattttcagtGACGCAGGTTTAGAATTACGTCAAGAGG
CGGATCAAAAGGGTCTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTAAGTT
TCCATGCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATGCACTCTGTTC
ACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTAAG
TTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAATGTTAAGTTTCCATCCACTCTGTT
CACCGTCAAAATGTTAAGTTTCCATCCACTCGTTCACCGTCAAAATGTAA
GTTTTCCATCCACTCTGTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCACTCTG
TTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGT
AAGTTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCACTC
TGTTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAAT
GTAAGTTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCAA
GTCCACTCTGTTCACCTTCAAAATGTAAGTTTTCCATCCACTCTGTTCAC
CGTCAAAATGTTTCCAAAGTTTCCATCCCCACTCTGTTCACCCGTCAAAA
TGTAAGTTTCCATCCACTCTGTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCACCACT
CTGTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAAT
GTAAGTTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTAAGTTTCCATCCAC
TCTGTTCACCTTCAAAATGTAAGTTTCCACTTCTGTGCTACAGATAGATT
TCGCTATTTAGTCCATCGTTTGcaagattttttcaagatttttgtaaatt
ctttttgGATCCTATCGGGGTTATTCAAGACATACAACGAGGTTCTTTTA
gttattttcttgtgttttcttttcttctgaAATTTGTCTCTACCTACCTA
AACACTGAGGAACCAATGTTCGAAATATCTAACATctatggtatttttgt
ctcgattcTCCCTCAAATATATAGACTGCTCTCCTAGTGTCgctcgagtg
tcatggtatacgacATGGCTTTACAGCTCCGTGATTCttactccttcgtg
ggtagaACCCATCacgaatgcattcggagggctcatatctatctacaatc
atggttgaaatataatgagaattccggttattttaacgtttttaaagctt
taaagttccggcgagaaagtcgatttttggctatctctttaatttaatcg
aatatttcaatttgggaggggttggcagacttccaggctatagtctgagc
cttattggactatttttgaacttttgaatcctcagatcctaagaactctc
cggtggatttcccttttttctcaaatattacgaccttgATTGTATATACA
CTCAGGAAAACTGTTTCATTCCAAAACTGGTCGATTCTTTATAACTCAAA
CGATTTTTGCCTGGTTCCTTGAAAATGTATATTCTTCAATACCATATACA
gtggaatctccataactcgaatgctCAAGGGGTGGttgagtaaggtttat
aaggcattgtcaACTGAAGGGACctgaaaatttgttcgagttaaggagac
attcgaattagaggttcgagttaaagagtttcgagttaaagagactacaT
TGTAATTCATTcagatttgttttcttttcaaacacaGGTACGCTTTGACT
TAGCAATTACCGCTATTGCTATTCGTCTGGACAAACATACTCGAAATTCG
GATCAGGCGAAAACAATTGGATGCTAAGTGCAATGGTTGGTGTAAGCAAT
GGTTGGTGAACGTATCATGACTAGTAACTGAGATTGTTTGATAGTTTGAA
GATGTTGTTTACAATTTCACGCTGAAAACGAACTAAAATGGATCCATTTC
CAATACTGTGggcctttttcataaattattttgcgTGCAACGGCTACCTC
ATTTTgaaaaccattaccaaggtgattaaataCCTTGAACCTTCAAGTTT
TGCTTTTATGGATAGacgtagcctggagatccatgttATGattgatggcg
aaatatataacatggtatgggctgagagttggAATTTCCCAGATCTTaat
gacggttgaaaacacagccaatcaaattctgttattctttcactggtcac
actttcttagagaaaacgcaacttccgaaattttgtttttattttagtaa
gtgagg

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000121_pilon:937308..949313+

>MSTRG.14545.2.p1 ID=MSTRG.14545.2.p1|Name=MSTRG.14545.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2214bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000121_pilon:937308..949313+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGaATGACGATTCACTGGCATCAAGAATAGAAAATATCTTCACCATTGG
AGCCCagtCTTTCATCCCATCTGCAGGACATTATGATTTGATTTGGATGC
AATGGTTTGTTGGTCACTTCACCGACGACGATTTCGTTGCAGTGTTACAG
AACTGTAAACGTGGATTACGAGAAGGAGGATGTATTGTGATCAAAGATAA
TGTGGCTTCAAAAGAACCAGTGCTTGATGAAGATGATAGCAGTGTCACCA
GaactCATGaccaatttttgaagattttcagtGACGCAGGTTTAGAATTA
CGTCAAGAGGCGGATCAAAAGGGTCTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAA
AATGTACGCTTTGACTTAGATGaATGACGATTCACTGGCATCAAGAATAG
AAAATATCTTCACCATTGGAGCCCagtCTTTCATCCCATCTGCAGGACAT
TATGATTTGATTTGGATGCAATGGTTTGTTGGTCACTTCACCGACGACGA
TTTCGTTGCAGTGTTACAGAACTGTAAACGTGGATTACGAGAAGGAGGAT
GTATTGTGATCAAAGATAATGTGGCTTCAAAAGAACCAGTGCTTGATGAA
GATGATAGCAGTGTCACCAGaactCATGaccaatttttgaagattttcag
tGACGCAGGTTTAGAATTACGTCAAGAGGCGGATCAAAAGGGTCTTCCAT
CCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTACGCTTTGACTTAGATGaATGACGAT
TCACTGGCATCAAGAATAGAAAATATCTTCACCATTGGAGCCCagtCTTT
CATCCCATCTGCAGGACATTATGATTTGATTTGGATGCAATGGTTTGTTG
GTCACTTCACCGACGACGATTTCGTTGCAGTGTTACAGAACTGTAAACGT
GGATTACGAGAAGGAGGATGTATTGTGATCAAAGATAATGTGGCTTCAAA
AGAACCAGTGCTTGATGAAGATGATAGCAGTGTCACCAGaactCATGacc
aatttttgaagattttcagtGACGCAGGTTTAGAATTACGTCAAGAGGCG
GATCAAAAGGGTCTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTACGCTTT
GACTTAGATGaATGACGATTCACTGGCATCAAGAATAGAAAATATCTTCA
CCATTGGAGCCCagtCTTTCATCCCATCTGCAGGACATTATGATTTGATT
TGGATGCAATGGTTTGTTGGTCACTTCACCGACGACGATTTCGTTGCAGT
GTTACAGAACTGTAAACGTGGATTACGAGAAGGAGGATGTATTGTGATCA
AAGATAATGTGGCTTCAAAAGAACCAGTGCTTGATGAAGATGATAGCAGT
GTCACCAGaactCATGaccaatttttgaagattttcagtGACGCAGGTTT
AGAATTACGTCAAGAGGCGGATCAAAAGGGTCTTCCATCCACTCTGTTCA
CCGTCAAAATGTACGCTTTGACTTAGATGaATGACGATTCACTGGCATCA
AGAATAGAAAATATCTTCACCATTGGAGCCCagtCTTTCATCCCATCTGC
AGGACATTATGATTTGATTTGGATGCAATGGTTTGTTGGTCACTTCACCG
ACGACGATTTCGTTGCAGTGTTACAGAACTGTAAACGTGGATTACGAGAA
GGAGGATGTATTGTGATCAAAGATAATGTGGCTTCAAAAGAACCAGTGCT
TGATGAAGATGATAGCAGTGTCACCAGaactCATGaccaatttttgaaga
ttttcagtGACGCAGGTTTAGAATTACGTCAAGAGGCGGATCAAAAGGGT
CTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGTACGCTTTGACTTAGATGaA
TGACGATTCACTGGCATCAAGAATAGAAAATATCTTCACCATTGGAGCCC
agtCTTTCATCCCATCTGCAGGACATTATGATTTGATTTGGATGCAATGG
TTTGTTGGTCACTTCACCGACGACGATTTCGTTGCAGTGTTACAGAACTG
TAAACGTGGATTACGAGAAGGAGGATGTATTGTGATCAAAGATAATGTGG
CTTCAAAAGAACCAGTGCTTGATGAAGATGATAGCAGTGTCACCAGaact
CATGaccaatttttgaagattttcagtGACGCAGGTTTAGAATTACGTCA
AGAGGCGGATCAAAAGGGTCTTCCATCCACTCTGTTCACCGTCAAAATGT
ACGCTTTGACTTAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.14545MSTRG.14545Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.14545.2.p1.exon1MSTRG.14545.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon2MSTRG.14545.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon3MSTRG.14545.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon4MSTRG.14545.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon5MSTRG.14545.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon6MSTRG.14545.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon7MSTRG.14545.2.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon8MSTRG.14545.2.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14545.2.p1.exon9MSTRG.14545.2.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.14545.2.p1MSTRG.14545.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000121_pilongenomesc0000121_pilon:937308..949313 +