MSTRG.14166.5.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.14166.5.p1
Unique NameMSTRG.14166.5.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000117_pilon:166121..188135+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.14166.5.p1 ID=MSTRG.14166.5.p1|Name=MSTRG.14166.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=22015bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000117_pilon:166121..188135+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CACTGACCAACATATATCATCTGCCTCATTCAAGATAAAACAAAGATACG TTTTGTTCAGTTGAATAACAATCCATGGTGTTACTTTAAACgtcttttaa attcaatttttctaaattttaggCAACCAGTATTCTTACATGGTATGTCA ACTTGAATTTTAATTCTCTTCATGCTTCCTCATTTATCTTCCATTAGTAC AGCATACATTTTATCTGCATCCCATTCTTGTTTAAATACTGCTTCATTTC ACTTTTCTTAAGTTtttgagatgtattttattgaaaagtgcCAAAAAGTG CTAGTGATCTTTTCAATGACGATATatcttaaaatctaaaaatatatatG TCTTTGATTCAGGTTCTGGAGAGAGCACATTTTCAGTACAGTGGATGCCA GATTCACCCAACACTTTGGTTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAGGTTGTT TGATATCCGCAGTAAGTCACTTTATCAGCAAACACTCATACATAATCTAA TAATAAATAGGGAGGTCTTCCCAGAAGCTTTCGCCGAAAACACTTGAATA CAGATAGTGTCTTAgagtttcagatttttttctattgttacTATGATTGA tgtttcttttctattttcagcTCAAAATCAGAATCCCAAACTCATTGCAC ATACAAAAGCAATCTATGGTATTTGCATCGACCCTAATAATCCAAGCAGA TTGGCTTCTTTTGCAAAagtatgttttctttttataatatctTTCTATAG TATATTTGTTTGCTTTCTAATTGTTGAGAAATATTCCCTTTTCagcgcca accatggtggcatGGCACTCACTATATCATAGCCCTAATACTTACAGATT GGCTggataaattttccttttgccTTGCTCTTAACTAAAAATGCTCCCCT ATGTTTAGCAATGGAAAAAACTTTGCCATCAAGTTGTTGAACTTTTAGTT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000117_pilon:166121..188135+

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TCTATGGTATTTGCATCGACCCTAATAATCCAAGCAGATTGGCTTCTTTT
GCAAAagGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAA
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GTCCTAAGAGGAGTCACATGATCTCAGTGCTACAGAAAGATAGCAATGCA
GTCAAGTATTATGATCTGCAATTCAGTACGTCATTACAGTACAATTCGAA
CGTGGACGTGGATAACGATAGTATTCTGTTTGAACGAAATATCATGTTAC
CAAAGTCCACATCCAGTACAGTATCGTCATATGATTGGAATCCAGACCAT
GAGATGACTCTACTCGCAGTTACCAAGACAGgaaGTTTGCACTATTTGAA
AGTGTTTGAAAGAATTGCCATGAGTTGGTCTCCTTCTTCTGAGGTCATGT
GGGCTTGTGGAAGCCAAATGTTCCTGTCCGATAAACCGGATCCTTCAATG
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AGAAGCCTTTGTGatgAAAGACGACAGAAAATTGAATGATGTTCTCAACG
AGCCTGCTTTGTTTAACCTATGGACTTGGCTCAAACGTGCCAAGAAGCTG
AAAGACCATGATCAACGAAAAGTGCGGAAATTTTTTGGCGTCAAAGCGAT
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aaaaaatcggaGGAAATTTGATTGCCACACAGTACAGTAATGACGATAGA
AAGCTTGCGCTATTCCTGTGCGAATGGGACGTGACAGATGAAACACTACG
AGAACGCCTCGATCAACTAGTCGCTAAAAACGAGATCGAAAGAGCCGCTG
CTGTTGCTCTTTTTCATAACAAACTAGACTGGACCATCGATATATTGGGA
AGTACACAGGCTAACCAAAAGAAAGAACTACCTATCGTAGCGATGGCGCT
ATCAGGTTACAACGACAGCATCAAGAAAGGCTCAATGTGGATCGCTAATT
GCCAACGTCTCGGCCAACAGCTAACGAATCCATATTTACGAGCAATGTTT
GCGTTCTTAACGGCCGAGGGAGAAGATTTTACAAGTGTTCTGGTAAGTTT
CTTTCAATGTCTAAACTTTCTGTTTCAAGAAAGGATCTAAATGCCAGATT
CACCCAACACTTTGGTTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAGGTTGTTTGAT
ATCCGCAcTCAAAATCAGAATCCCAAACTCATTGCACATACAAAAGCAAT
CTATGGTATTTGCATCGACCCTAATAATCCAAGCAGATTGGCTTCTTTTG
CAAAagGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAAA
CCTATAGTAACGATCAATCAAACGAATCCAGTTCTCAAAGTACAATGGTG
TCCTAAGAGGAGTCACATGATCTCAGTGCTACAGAAAGATAGCAATGCAG
TCAAGTATTATGATCTGCAATTCAGTACGTCATTACAGTACAATTCGAAC
GTGGACGTGGATAACGATAGTATTCTGTTTGAACGAAATATCATGTTACC
AAAGTCCACATCCAGTACAGTATCGTCATATGATTGGAATCCAGACCATG
AGATGACTCTACTCGCAGTTACCAAGACAGgaaGTTTGCACTATTTGAAA
GTGTTTGAAAGAATTGCCATGAGTTGGTCTCCTTCTTCTGAGGTCATGTG
GGCTTGTGGAAGCCAAATGTTCCTGTCCGATAAACCGGATCCTTCAATGC
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GAAGCCTTTGTGatgAAAGACGACAGAAAATTGAATGATGTTCTCAACGA
GCCTGCTTTGTTTAACCTATGGACTTGGCTCAAACGTGCCAAGAAGCTGA
AAGACCATGATCAACGAAAAGTGCGGAAATTTTTTGGCGTCAAAGCGATC
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TGTTGCTCTTTTTCATAACAAACTAGACTGGACCATCGATATATTGGGAA
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TCAGGTTACAACGACAGCATCAAGAAAGGCTCAATGTGGATCGCTAATTG
CCAACGTCTCGGCCAACAGCTAACGAATCCATATTTACGAGCAATGTTTG
CGTTCTTAACGGCCGAGGGAGAAGATTTTACAAGTGTTCTGGTAAGTTTC
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ACCCAACACTTTGGTTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAGGTTGTTTGATA
TCCGCAcTCAAAATCAGAATCCCAAACTCATTGCACATACAAAAGCAATC
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AAAagGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAAAC
CTATAGTAACGATCAATCAAACGAATCCAGTTCTCAAAGTACAATGGTGT
CCTAAGAGGAGTCACATGATCTCAGTGCTACAGAAAGATAGCAATGCAGT
CAAGTATTATGATCTGCAATTCAGTACGTCATTACAGTACAATTCGAACG
TGGACGTGGATAACGATAGTATTCTGTTTGAACGAAATATCATGTTACCA
AAGTCCACATCCAGTACAGTATCGTCATATGATTGGAATCCAGACCATGA
GATGACTCTACTCGCAGTTACCAAGACAGgaaGTTTGCACTATTTGAAAG
TGTTTGAAAGAATTGCCATGAGTTGGTCTCCTTCTTCTGAGGTCATGTGG
GCTTGTGGAAGCCAAATGTTCCTGTCCGATAAACCGGATCCTTCAATGCA
GGACGACATTTCATTTGTGATGAAAAAGAGAGCTGAGCAGGGCTACGGAG
AAGCCTTTGTGatgAAAGACGACAGAAAATTGAATGATGTTCTCAACGAG
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TCAAAGGTGATCTCAGTATGGGTCGCAACTTACAGAcactgaaagaagaa
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GCTTGCGCTATTCCTGTGCGAATGGGACGTGACAGATGAAACACTACGAG
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GTTGCTCTTTTTCATAACAAACTAGACTGGACCATCGATATATTGGGAAG
TACACAGGCTAACCAAAAGAAAGAACTACCTATCGTAGCGATGGCGCTAT
CAGGTTACAACGACAGCATCAAGAAAGGCTCAATGTGGATCGCTAATTGC
CAACGTCTCGGCCAACAGCTAACGAATCCATATTTACGAGCAATGTTTGC
GTTCTTAACGGCCGAGGGAGAAGATTTTACAAGTGTTCTGGTAAGTTTCT
TTCAATGTCTAAACTTTCTGTTTCAAGAAAGGATCTAAATGCCAGATTCA
CCCAACACTTTGGTTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAGGTTGTTTGATAT
CCGCAcTCAAAATCAGAATCCCAAACTCATTGCACATACAAAAGCAATCT
ATGGTATTTGCATCGACCCTAATAATCCAAGCAGATTGGCTTCTTTTGCA
AAagGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAAACC
TATAGTAACGATCAATCAAACGAATCCAGTTCTCAAAGTACAATGGTGTC
CTAAGAGGAGTCACATGATCTCAGTGCTACAGAAAGATAGCAATGCAGTC
AAGTATTATGATCTGCAATTCAGTACGTCATTACAGTACAATTCGAACGT
GGACGTGGATAACGATAGTATTCTGTTTGAACGAAATATCATGTTACCAA
AGTCCACATCCAGTACAGTATCGTCATATGATTGGAATCCAGACCATGAG
ATGACTCTACTCGCAGTTACCAAGACAGgaaGTTTGCACTATTTGAAAGT
GTTTGAAAGAATTGCCATGAGTTGGTCTCCTTCTTCTGAGGTCATGTGGG
CTTGTGGAAGCCAAATGTTCCTGTCCGATAAACCGGATCCTTCAATGCAG
GACGACATTTCATTTGTGATGAAAAAGAGAGCTGAGCAGGGCTACGGAGA
AGCCTTTGTGatgAAAGACGACAGAAAATTGAATGATGTTCTCAACGAGC
CTGCTTTGTTTAACCTATGGACTTGGCTCAAACGTGCCAAGAAGCTGAAA
GACCATGATCAACGAAAAGTGCGGAAATTTTTTGGCGTCAAAGCGATCAT
CAAAGGTGATCTCAGTATGGGTCGCAACTTACAGAcactgaaagaagaaa
aaatcggaGGAAATTTGATTGCCACACAGTACAGTAATGACGATAGAAAG
CTTGCGCTATTCCTGTGCGAATGGGACGTGACAGATGAAACACTACGAGA
ACGCCTCGATCAACTAGTCGCTAAAAACGAGATCGAAAGAGCCGCTGCTG
TTGCTCTTTTTCATAACAAACTAGACTGGACCATCGATATATTGGGAAGT
ACACAGGCTAACCAAAAGAAAGAACTACCTATCGTAGCGATGGCGCTATC
AGGTTACAACGACAGCATCAAGAAAGGCTCAATGTGGATCGCTAATTGCC
AACGTCTCGGCCAACAGCTAACGAATCCATATTTACGAGCAATGTTTGCG
TTCTTAACGGCCGAGGGAGAAGATTTTACAAGTGTTCTGGTAAGTTTCTT
TCAATGTCTAAACTTTCTGTTTCAAGAAAGGATCTAAATGCCAGATTCAC
CCAACACTTTGGTTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAGGTTGTTTGATATC
CGCAcTCAAAATCAGAATCCCAAACTCATTGCACATACAAAAGCAATCTA
TGGTATTTGCATCGACCCTAATAATCCAAGCAGATTGGCTTCTTTTGCAA
AagGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAAACCT
ATAGTAACGATCAATCAAACGAATCCAGTTCTCAAAGTACAATGGTGTCC
TAAGAGGAGTCACATGATCTCAGTGCTACAGAAAGATAGCAATGCAGTCA
AGTATTATGATCTGCAATTCAGTACGTCATTACAGTACAATTCGAACGTG
GACGTGGATAACGATAGTATTCTGTTTGAACGAAATATCATGTTACCAAA
GTCCACATCCAGTACAGTATCGTCATATGATTGGAATCCAGACCATGAGA
TGACTCTACTCGCAGTTACCAAGACAGgaaGTTTGCACTATTTGAAAGTG
TTTGAAAGAATTGCCATGAGTTGGTCTCCTTCTTCTGAGGTCATGTGGGC
TTGTGGAAGCCAAATGTTCCTGTCCGATAAACCGGATCCTTCAATGCAGG
ACGACATTTCATTTGTGATGAAAAAGAGAGCTGAGCAGGGCTACGGAGAA
GCCTTTGTGatgAAAGACGACAGAAAATTGAATGATGTTCTCAACGAGCC
TGCTTTGTTTAACCTATGGACTTGGCTCAAACGTGCCAAGAAGCTGAAAG
ACCATGATCAACGAAAAGTGCGGAAATTTTTTGGCGTCAAAGCGATCATC
AAAGGTGATCTCAGTATGGGTCGCAACTTACAGAcactgaaagaagaaaa
aatcggaGGAAATTTGATTGCCACACAGTACAGTAATGACGATAGAAAGC
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CGCCTCGATCAACTAGTCGCTAAAAACGAGATCGAAAGAGCCGCTGCTGT
TGCTCTTTTTCATAACAAACTAGACTGGACCATCGATATATTGGGAAGTA
CACAGGCTAACCAAAAGAAAGAACTACCTATCGTAGCGATGGCGCTATCA
GGTTACAACGACAGCATCAAGAAAGGCTCAATGTGGATCGCTAATTGCCA
ACGTCTCGGCCAACAGCTAACGAATCCATATTTACGAGCAATGTTTGCGT
TCTTAACGGCCGAGGGAGAAGATTTTACAAGTGTTCTGGTAAGTTTCTTT
CAATGTCTAAACTTTCTGTTTCAAGAAAGGATCTAAATGCCAGATTCACC
CAACACTTTGGTTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAGGTTGTTTGATATCC
GCAcTCAAAATCAGAATCCCAAACTCATTGCACATACAAAAGCAATCTAT
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agGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAAACCTA
TAGTAACGATCAATCAAACGAATCCAGTTCTCAAAGTACAATGGTGTCCT
AAGAGGAGTCACATGATCTCAGTGCTACAGAAAGATAGCAATGCAGTCAA
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TCCACATCCAGTACAGTATCGTCATATGATTGGAATCCAGACCATGAGAT
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TGTGGAAGCCAAATGTTCCTGTCCGATAAACCGGATCCTTCAATGCAGGA
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GCTTTGTTTAACCTATGGACTTGGCTCAAACGTGCCAAGAAGCTGAAAGA
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AAGGTGATCTCAGTATGGGTCGCAACTTACAGAcactgaaagaagaaaaa
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AATGTCTAAACTTTCTGTTTCAAGAAAGGATCTAAATGCCAGATTCACCC
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GTATTTGCATCGACCCTAATAATCCAAGCAGATTGGCTTCTTTTGCAAAa
gGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAAACCTAT
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TTTGTTTAACCTATGGACTTGGCTCAAACGTGCCAAGAAGCTGAAAGACC
ATGATCAACGAAAAGTGCGGAAATTTTTTGGCGTCAAAGCGATCATCAAA
GGTGATCTCAGTATGGGTCGCAACTTACAGAcactgaaagaagaaaaaat
cggaGGAAATTTGATTGCCACACAGTACAGTAATGACGATAGAAAGCTTG
CGCTATTCCTGTGCGAATGGGACGTGACAGATGAAACACTACGAGAACGC
CTCGATCAACTAGTCGCTAAAAACGAGATCGAAAGAGCCGCTGCTGTTGC
TCTTTTTCATAACAAACTAGACTGGACCATCGATATATTGGGAAGTACAC
AGGCTAACCAAAAGAAAGAACTACCTATCGTAGCGATGGCGCTATCAGGT
TACAACGACAGCATCAAGAAAGGCTCAATGTGGATCGCTAATTGCCAACG
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TAACGGCCGAGGGAGAAGATTTTACAAGTGTTCTGGTAAGTTTCTTTCAA
TGTCTAAACTTTCTGTTTCAAGAAAGGATCTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.14166MSTRG.14166Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.14166.5.p1MSTRG.14166.5.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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MSTRG.14166.5.p1.exon11MSTRG.14166.5.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.14166.5.p1.exon13MSTRG.14166.5.p1.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.14166.5.p1.exon14MSTRG.14166.5.p1.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000117_pilongenomesc0000117_pilon:166121..188135 +