MSTRG.14166.2.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.14166.2.p1
Unique Name	MSTRG.14166.2.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000117_pilon:163269..196249+
coding sequence from alignment at sc0000117_pilon:163269..196249+

mRNA from alignment at sc0000117_pilon:163269..196249+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.14166.2.p1 ID=MSTRG.14166.2.p1|Name=MSTRG.14166.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=32981bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000117_pilon:163269..196249+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GTTGAAGATTTGTGCTCAACTTTGTCACATATTGTTTCCGATGCATCAGC
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GCTTGAGGAGCACTTTCATGGTCTTCATTTTGACGACCATCTGGCTCGAC
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TGACAGTACTTGGCAGGGTGGCTTGAGGAGCACTTTCATGGTCTTCATTT
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ttgttctttatttttcaaaagatcaGTCACCGAGTCCAATTGATCACTCA
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CGAGTTGTCTTCGCAAACCTTGTTCCTAATAAGGGATTCCGTTtccattt
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CTACTTCATATTTAGGTAATCTACTTTCATGAAAAGGTTTAGCCCTTAGT
TGATTTACCTTGACTCTTTACACAAAGCTTCATTAAGTCCTAACGTAAAT
TGTTTGGGTTTAGTGTATCAGTGGTTCCCAGCTTATGTTTTTCTTAAACT
TACCTTTGTATTCTTTGAAGCGCGcattatttcaaataattttttttttc
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aaaaaaaacgttGACTTTTTCCATGACACCACCTGTAAATCCGGGGGTAT
TGCAAACCTAAATTCTTTAAATACAGTTACCCCGGAGAACAAAGCCCCTT
CGTCCTTTAGTATATTTACCTCAAGTTGCTAAACCGCCAAGTCTGTTTGG
AAAAACCCTTAATCCTTTTGGGATGGTAATCCCTGGGTACCAAGCCCCTA
AGTCTGTTAACATAATAACTCTCGGGTACCAAACCCCTAAGTCTCTTGGG
ATCATAACCCCTGGGCACCAAGCCCCTAAGTGTTTTGGTATGATAACCCC
TGTGCATTAAGCCCCTAAGTCTGTTAACATAATAACTCTCGGGTACCAAA
CCCCTAAGTCTTTTGGGATAATAACCCCTGGGCTACCAAGCCCCTTAGTG
TTTTGGTATAATAACCCCTTGGCACCAAAACCCTAAGAACTTTTGGGATC
ATAACCCCTGGGCACCAAGCCCCAAAGTCTTTTGGGATAATAACCCCTGG
GTACCAAGCCCCTTAGTGTTTTGGTATAATAACCCCTTGGCACCAAAACC
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TGGTATATTAATCCCTGGGCACCAACATTCTAAGTTTCATGGGATGATAT
CCCCTGGGGACCAATCCCCTAAGTGTTTAGGGATAATAACCCCTGGGGTA
CTAAGCCTCTAAGTGTTTTGGTATAATAACCAATGGGCACCAACCCCCTA
AGTATTTTGGAATAATAACCCCTGGATACCAAGCCCTTAAGTGTTTTGGT
ATAATAACCACTGGGCACCAAGCCCCTAAGTGTTTTGGTATGATAACCCC
TGGGCACCAACCCTCTAAGTCTTTTGGGACAATAACCCCTGGGTACCAAG
CCCCTAAGTCTTTTGGGATAATAACCCCTGGGCACCAAGACCCTAAGTCT
TTTGGTATAATAACCCCTGGGCACCAAGACCCTAAGTCTTTTGGTATAAT
ATCCCTTGGGTACCACAACCCTAAATCTCTTAGAATTATAACCCCTGCGG
TACCAAGCCCCTTAGTGTTTTGGTATAATAACCCCTTGGCACCAAAACCC
TAAGTCTCTTGGGATCATAACCCCTGGGCACCAAGCCCCTAAGTCTTTTG
GCATAATAATCCCTGGGCACCAACATTCTAAGTTTCATGGGATGATATCC
CCTGGGGACCAATTCCCTAAGTGTTTAGGGATAATAACCCCTGGGGTACT
AAGCCTCTAAGTGTTTTGGTATAATAACCAATGGGCACCAACCCCCTAAG
TATTTTGGAATAATAACCCCTGGATACCAAGCCCCTAAGTGTTTTGGTAT
AATAACCACTGGGCACCAAGCCCCTAAGTGTTTTGGTATGATAACCCCTG
GGCACCAACCCTCTAAGTCTTTTGGGATAATAACCCCTGGGTACCAAGCC
CCTAAGTCTTTTGGGATAATAACCCCTGGGCACCAAGACCCTAAGTCTTT
TGGTGTAATACACCTTGGATAGTAAGCTCCAAAGTCTTTTGGTATAATAT
CCCCTGGGTACCAAAACCCTAAATCTCTTAGAATTATAACCCCTACGGTA
CCAAGCCCCTTAGTGTTTTGGTATAATAACCCCTGGGTACCAAGCCCCTA
AGTATCTTGGGATCATAACCCCTGTGCACCAAGCCCCTAAGTCTTTTGGG
ATAATAACCCCTGGGTACCAAGCCCCTAAGTCTTTTGGGATACTATCCCC
TTGGGTAGCAAGCCTCTAAGTCTTTTGGTATAATAACCTCTGGGCACCAA
TCCCCTAAGTATTTTGGTATAATAACCCTGGGCACCGACCCCTAAATGTG
TTGGTGTAATAACCCCTGGGCTCAAACCCCCTAAGTCTTTTGGGATAATA
ACCCCTGGGTACCAAGCCCCTAACTTAGTCTTTTGGGATAATAAACCATT
GGGGTACCAAGCCCTTAAGTCTTTCGGGATAATAATCCCAGGGGGCCAAG
CCCCTAAGTTTCATGGGATGATATCCCCTGGGGACCAAGCCCCTAAGTCT
TTTGGTATAATATCCCCTGGGGTAGTAAGCTCCTAAGTCTTTTGGGATAA
TAACCCTTGGGGTATCAAGCCCCTAAGTCTCTTAAAATACTATATCCTGG
GGTACCAAGCCCCTGACTCTTATAGGATAATAACTCCTGGGCTACCAAGC
CCCTAAGTCTTTTGGGATAATAACCCTTGGGCTACCAAGCCCCTAAGTCT
CTTGGAATAATCCCTGGGGTACCAAGCCCCTAAGACGGGGATAATACCCC
CTCTGGGCTAAGCCCTTAACTGTTTGGGATAAAAATCTCTGGGGTAAAAA
GCCCTAAGTCTTTTTGGATAATAACCCCTTTGTACCCAGCCCCTAAGTCT
TTTGGGATAATAACCCCTGGGCACCAAGACCCTAAGTCTTTTGGTATAAT
ACACCTTGGATAGTAAGCTCCAAAGTCTTTTGGTATAATATCCCCTGGGT
ACCAAAACCCTAAATCTCTTAGAATTATAACCCCTACGGTACCAAGCCCC
TTAGTGTTTTGGTATAATAACCCCTGGGTACCAAGCCCCTAAGTATCTTG
GGATCATAACCCCTGGGCACCAAGCCCCTAAGTCTTTTGGGATAATAACC
CCTGGGTACCAAGCCCCTAAGTCTTTTGGGATACTATCCCCTTGGGTAGC
AAGCCTCTAAGTCTTTTGGTATAATAACCTCTGGGCACCAATCCCCTAAG
TATTTTGGTATAATAACCCCTGGGCACCGACCCCCTAAATGTGTTGGTGT
AATAACCCCTGGGCTCAAACCCCCTAAGTCTTTTGGGATAATAACCCCTG
GGTACCAAGCCCCTAACTTAGTCTTTTGGGATAATAAACCATTGGGGTAC
CAAGCCCTTAAGTCTTTCGGGATAATAATCCCAGGGGGCCAAGCCCCTAA
GTTTCATGGGATGATATCCCCTGGGGACCAAGCCCCTAAGTCTTTTGGTA
TAATATCCCCTGGGGTAGTAAGCTCCTAAGTCTTTTGGGATAATAACCCT
TGGGGTATCAAGCCCCTAAGTCTCTTAAAATACTATATCCTGGGGTACCA
AGCCCCTGACTCTTATAGGATAATAACTCCTGGGCTACCAAGCCCCTAAG
TCTTTTGGGATAATAACCCTTGGGCTACCAAGCCCCTAAGTCTCTTGGAA
TAATCCCTGGGGTACCAAGCCCCTAAGACGGGGATAATACCCCCTCTGGG
CTAAGCCCTTAACTGTTTGGGATAAAAATCTCTGGGGTAAAAAGCCCTAA
GTCTTTTTGGGTAATAACCCCTTTGTACCCAGCCCCTTTTATTATCCTCT
ATAGTAtttttttACCTACTAAGAATTCAGTCCTTTAATAGACCACCACA
TTACTCAAGTCCAGAATGTAAAATCTTGACAGCttcttatttttcatctt
tccgGCATTAACTTATTCTAATCTCAAATCAAGTCTATGTCTTAAGCAAA
ACCAATTAATGATATTAATTAAACGAAACAACACACGTTCAATATTCAAA
AGGGGATTGAAGTAAATATTATTCATACCTTCTGTTTGGGTTTTGATCCA
TTGGCAAGGTTCGGGTCACTGTAAACACCTAGCTCGCCCAGTGTCCGTTT
CTCCACCAGTGGGTTGTCTGTTGGATCAGCATCATTTTTGATCAGTGATG
GTTTAGGTGTAAGGTTGTCAACGATAGCTGCATTGTTCTTCGTAAGAAAG
TACTTGATTGGTCGAGtaataagataaaagaaataaatgaaaataatttg
tagaaagttaaaagaaaaattgataatTGATTTCATCTTTGCGATCCATG
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CTTTCAGCTTTATATAGACCCTGGAGGCAGTTTCTCAAACCCGgacaagc
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GCTAGATCTAAGTGATATTGCGCCGTTTGTCGCCATGCAAAGATTTAACA
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TTGtaggaaaaataataatattcgCTGCTAGAATAAGATGAACATATTCA
CACCGATCTGGATTCATATCGAGGTGAATTTGTAAacagtcaattttttt
caagagtATGGATTATTCATACTTTTGcttaaactcaaaaaataattaaa
aaatgatcTTGCTGTAACGAATTGTATCATTTGATTAGTTAggtgttgat
ttttttcaatttttttagataGACATTATcaatagcataccgcagtgaat
ctaaaaatagacattgatttttctgtttgaccgaaattcaatcccatcac
ccttcgcGTTAAATACGCCTGcatgcaaattacactcaactacaaagaaa
aagtaatgactttcacgactttttaattaat

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000117_pilon:163269..196249+

>MSTRG.14166.2.p1 ID=MSTRG.14166.2.p1|Name=MSTRG.14166.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=55926bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000117_pilon:163269..196249+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGCCAGATTCACCCAACACTTTGGTTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAG
GTTGTTTGATATCCGCAcTCAAAATCAGAATCCCAAACTCATTGCACATA
CAAAAGCAATCTATGGTATTTGCATCGACCCTAATAATCCAAGCAGATTG
GCTTCTTTTGCAAAagGACAAAAAGGAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAA
ACCGGAAAAACCTATAGTAACGATCAATCAAACGAATCCAGTTCTCAAAG
TACAATGGTGTCCTAAGAGGAGTCACATGATCTCAGTGCTACAGAAAGAT
AGCAATGCAGTCAAGTATTATGATCTGCAATTCAGTACGTCATTACAGTA
CAATTCGAACGTGGACGTGGATAACGATAGTATTCTGTTTGAACGAAATA
TCATGTTACCAAAGTCCACATCCAGTACAGTATCGTCATATGATTGGAAT
CCAGACCATGAGATGACTCTACTCGCAGTTACCAAGACAGgaaGTTTGCA
CTATTTGAAAGTGTTTGAAAGAATTGCCATGAGTTGGTCTCCTTCTTCTG
AGGTCATGTGGGCTTGTGGAAGCCAAATGTTCCTGTCCGATAAACCGGAT
CCTTCAATGCAGGACGACATTTCATTTGTGATGAAAAAGAGAGCTGAGCA
GGGCTACGGAGAAGCCTTTGTGatgAAAGACGACAGAAAATTGAATGATG
TTCTCAACGAGCCTGCTTTGTTTAACCTATGGACTTGGCTCAAACGTGCC
AAGAAGCTGAAAGACCATGATCAACGAAAAGTGCGGAAATTTTTTGGCGT
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CTTCTCGATCGCTGGAGGATGTGGCATAAACGagcACAGTTTGATTCACT
GGTTCAATCAATGAGTTTACAACGTAAAATCCCCAATCAAATAAGTGTCA
CTTGTACATATTGTAGTAAGCCCGTCTCCCTTAATATGATGGCTGCAGGA
GGGCTGAGATCAACACGTTTTCTTTACGGCGGTGCAGGCGGTGCTAATCG
ACAAAATAAGgcaatGTCATGCCCTGGATGTCGACAACCTTTACCTCGAT
GCTCAGTTTGTTTAATCAATATGGGATCTCTTTCCACACATCAACCTCGA
ACAGGCAATCAGAAACCGAAACTGGAGAATAATGTCAATTCGTTTCAAAA
TTGGTTTACATGGTGTCAAATGTGCCGCCATGGAGGACATGCCGCTCATC
TCGCTGATTGGTTCGTtGATCACGTGGAATGTCCGGTAACAAGTTGTAAT
TGCGTGTGTAACGCCTTGGATCGTGTGTCCATGGTCACTCCACAAGAATT
AccagtaaagaaaatttctatgTGAATGCCAGATTCACCCAACACTTTGG
TTGCTGGTGTCACCAAATGGATAAGGTTGTTTGATATCCGCAcTCAAAAT
CAGAATCCCAAACTCATTGCACATACAAAAGCAATCTATGGTATTTGCAT
CGACCCTAATAATCCAAGCAGATTGGCTTCTTTTGCAAAagGACAAAAAG
GAGTGGTCGTTTGGGATGTTCGAAAACCGGAAAAACCTATAGTAACGATC
AATCAAACGAATCCAGTTCTCAAAGTACAATGGTGTCCTAAGAGGAGTCA
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TGCAATTCAGTACGTCATTACAGTACAATTCGAACGTGGACGTGGATAAC
GATAGTATTCTGTTTGAACGAAATATCATGTTACCAAAGTCCACATCCAG
TACAGTATCGTCATATGATTGGAATCCAGACCATGAGATGACTCTACTCG
CAGTTACCAAGACAGgaaGTTTGCACTATTTGAAAGTGTTTGAAAGAATT
GCCATGAGTTGGTCTCCTTCTTCTGAGGTCATGTGGGCTTGTGGAAGCCA
AATGTTCCTGTCCGATAAACCGGATCCTTCAATGCAGGACGACATTTCAT
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TAccagtaaagaaaatttctatgTGA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.14166	MSTRG.14166	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.14166.2.p1	MSTRG.14166.2.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.14166.2.p1.exon1	MSTRG.14166.2.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon2	MSTRG.14166.2.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon3	MSTRG.14166.2.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon4	MSTRG.14166.2.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon5	MSTRG.14166.2.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon6	MSTRG.14166.2.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon7	MSTRG.14166.2.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon8	MSTRG.14166.2.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon9	MSTRG.14166.2.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon10	MSTRG.14166.2.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon11	MSTRG.14166.2.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon12	MSTRG.14166.2.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon13	MSTRG.14166.2.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.14166.2.p1.exon14	MSTRG.14166.2.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.14166.2.p1.exon34	MSTRG.14166.2.p1.exon34	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000117_pilon	genome	sc0000117_pilon:163269..196249 +

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MSTRG.14166.2.p1 (mRNA) -