MSTRG.13979.3.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13979.3.p1
Unique NameMSTRG.13979.3.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000114_pilon:701947..720942+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13979.3.p1 ID=MSTRG.13979.3.p1|Name=MSTRG.13979.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=18996bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:701947..720942+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TCaagatttttcatgaaattattcaacatgaatTAAGCTGATGAATAATG ATTAATAACTGTAACTgcaaacaaatattttcataacATATGGTCTTGGT TTGCAATTTGAGTTTGAATTCAAAAGTTCACACCTGAAAGTTGCATTCAA GAAGCTaaactttcaattaaaaagcTATAATAGAGTATGGTTTTAGATAT GAAAACGTATCAATTTCCTAGATTAATAAATATAACAAAAGTTAGATAGT CGTTAATTGTAAAGAGTAATCTTAAAAACTTCCATCATTTTTTGAAGCGT TTTGAAAACTTGAAGACCTTAGtttttttGATCAATAATGCAATATGAAA CGAAGCCAAATTTGATCAAATCTGGTATATCTTgaagttgtgattttttt gcattggtatttaaatttaaaagatcCCTTGCATTAATCAGTGACTTCAA GCTGGGTACAGTTGAATGAACCATaaaaaaaCTTGCCTTTTACTGGACTT TTAAGCCAAAAAGGCACAAAAAGAGTAATTTTGCAGCAAAAGTAGAACTT ATTTTGAAATGACAATAAATATCATaacaatttagattttttttatcaaa agatgtattatattataaaagaagaagttattataaaattttagaataac caTTTTTAAGCAGTTAAAACTGCCTTGAAATAGTTGTGTAGCCTCTTGGT ATAACACTTGctgtacaaaaatttttgttttgctttgtcgtttttgcttt ttttaagaatagaaattttagtttcttttttctcattttatttgtttttt tattgataatgtgAATATATAACAAATTTAAACAAGGAAAACATGGAAGG TTATTCATATTTAATGACATAAAGGGATAAACCAGCCACACTAAAATTTA GTCAAATTCTTAGGACAAAAACACATTCATTTAAATCCAAAAAGCT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000114_pilon:701947..720942+

>MSTRG.13979.3.p1 ID=MSTRG.13979.3.p1|Name=MSTRG.13979.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3744bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:701947..720942+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGATTGTCCGAAAAAGATGTATACAATAGAACTTGAAAAATGTCTCCA
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GGAATCAAGATGATCCGGACTTGTCAATTGTTCTTGGTTCTCGTCCATAG
AACATTCTTATTTGCAGCTGTTCTCATTGGAGGAACCTACGCCATCAGAG
CTATCGAGAACCACTATCGAGAATCGATTTCTCATATGGAGCTGAAAGAT
GCAGCTGAATATTGCTATACCATTCTAACGACCATAGGTTACGGCCGTGA
GAAAACCCTCCCTACATCAGACTGGGGCAAAGTGTTCACCATTGTCTACG
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TTGCTCATGCTGGCAAGGCAAGAAAATGAATCTCAAAGTGCTTATTATAT
TGATTCTCCTTTTCATTGcagagttcttttgttttggagtCTACGTTTGC
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GTTTCTCACCATGACAACCATTGGATTTAAACAACACAACCCGTACCCAG
ACCACTTGGATCTGTTACACGCCTTGGCCTACCTGGTTACCAGTCTATTC
AGCATCATAACTCTGGCCGCCATCTTTCAAACCGTTCAACAAATGATTGA
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AAAGATGTATACAATAGAACTTGAAAAATGTCTCCAGACACTGGATCGAG
CTACTCAGAATGTGGTGACAAACGAACGAAGGCCTCCATCATACCTCAAA
CATAGTcCTGCAGTATCGCCACCACCGGAGAAGAAAGGAATCAAGATGAT
CCGGACTTGTCAATTGTTCTTGGTTCTCGTCCATAGAACATTCTTATTTG
CAGCTGTTCTCATTGGAGGAACCTACGCCATCAGAGCTATCGAGAACCAC
TATCGAGAATCGATTTCTCATATGGAGCTGAAAGATGCAGCTGAATATTG
CTATACCATTCTAACGACCATAGGTTACGGCCGTGAGAAAACCCTCCCTA
CATCAGACTGGGGCAAAGTGTTCACCATTGTCTACGCAATCATTGGTATA
CCAGTCGCCATTTTCACTGTCGGAGCATACGGAGCATTCCTGAAGCATTG
TGTGTTGAAGTTAATCATTGGTTTAGAGCACTGTTGTTGCTCATGCTGGC
AAGGCAAGAAAATGAATCTCAAAGTGCTTATTATATTGATTCTCCTTTTC
ATTGcagagttcttttgttttggagtCTACGTTTGCTGGTTGGAAGACAA
CAACCAATGGAattatttagattctgtttacAGTTGGTTTCTCACCATGA
CAACCATTGGATTTAAACAACACAACCCGTACCCAGACCACTTGGATCTG
TTACACGCCTTGGCCTACCTGGTTACCAGTCTATTCAGCATCATAACTCT
GGCCGCCATCTTTCAAACCGTTCAACAAATGATTGACGCTGTCCACAACC
AAGATCGCAGCATCTGCGCCATGTTGTTTTGTTGTTATAGCAACAATAAG
AAAGATGCATACCCAATGGATAAATACAATTCGAATCATAGTATGCGATA
TGCAGAATATCCTCATGAATAAATGGATTGTCCGAAAAAGATGTATACAA
TAGAACTTGAAAAATGTCTCCAGACACTGGATCGAGCTACTCAGAATGTG
GTGACAAACGAACGAAGGCCTCCATCATACCTCAAACATAGTcCTGCAGT
ATCGCCACCACCGGAGAAGAAAGGAATCAAGATGATCCGGACTTGTCAAT
TGTTCTTGGTTCTCGTCCATAGAACATTCTTATTTGCAGCTGTTCTCATT
GGAGGAACCTACGCCATCAGAGCTATCGAGAACCACTATCGAGAATCGAT
TTCTCATATGGAGCTGAAAGATGCAGCTGAATATTGCTATACCATTCTAA
CGACCATAGGTTACGGCCGTGAGAAAACCCTCCCTACATCAGACTGGGGC
AAAGTGTTCACCATTGTCTACGCAATCATTGGTATACCAGTCGCCATTTT
CACTGTCGGAGCATACGGAGCATTCCTGAAGCATTGTGTGTTGAAGTTAA
TCATTGGTTTAGAGCACTGTTGTTGCTCATGCTGGCAAGGCAAGAAAATG
AATCTCAAAGTGCTTATTATATTGATTCTCCTTTTCATTGcagagttctt
ttgttttggagtCTACGTTTGCTGGTTGGAAGACAACAACCAATGGAatt
atttagattctgtttacAGTTGGTTTCTCACCATGACAACCATTGGATTT
AAACAACACAACCCGTACCCAGACCACTTGGATCTGTTACACGCCTTGGC
CTACCTGGTTACCAGTCTATTCAGCATCATAACTCTGGCCGCCATCTTTC
AAACCGTTCAACAAATGATTGACGCTGTCCACAACCAAGATCGCAGCATC
TGCGCCATGTTGTTTTGTTGTTATAGCAACAATAAGAAAGATGCATACCC
AATGGATAAATACAATTCGAATCATAGTATGCGATATGCAGAATATCCTC
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TGTCTCCAGACACTGGATCGAGCTACTCAGAATGTGGTGACAAACGAACG
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AGAAGAAAGGAATCAAGATGATCCGGACTTGTCAATTGTTCTTGGTTCTC
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CATCAGAGCTATCGAGAACCACTATCGAGAATCGATTTCTCATATGGAGC
TGAAAGATGCAGCTGAATATTGCTATACCATTCTAACGACCATAGGTTAC
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TGTCTACGCAATCATTGGTATACCAGTCGCCATTTTCACTGTCGGAGCAT
ACGGAGCATTCCTGAAGCATTGTGTGTTGAAGTTAATCATTGGTTTAGAG
CACTGTTGTTGCTCATGCTGGCAAGGCAAGAAAATGAATCTCAAAGTGCT
TATTATATTGATTCTCCTTTTCATTGcagagttcttttgttttggagtCT
ACGTTTGCTGGTTGGAAGACAACAACCAATGGAattatttagattctgtt
tacAGTTGGTTTCTCACCATGACAACCATTGGATTTAAACAACACAACCC
GTACCCAGACCACTTGGATCTGTTACACGCCTTGGCCTACCTGGTTACCA
GTCTATTCAGCATCATAACTCTGGCCGCCATCTTTCAAACCGTTCAACAA
ATGATTGACGCTGTCCACAACCAAGATCGCAGCATCTGCGCCATGTTGTT
TTGTTGTTATAGCAACAATAAGAAAGATGCATACCCAATGGATAAATACA
ATTCGAATCATAGTATGCGATATGCAGAATATCCTCATGAATAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13979MSTRG.13979Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13979.3.p1MSTRG.13979.3.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13979.3.p1.exon1MSTRG.13979.3.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13979.3.p1.exon2MSTRG.13979.3.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13979.3.p1.exon3MSTRG.13979.3.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13979.3.p1.exon4MSTRG.13979.3.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000114_pilongenomesc0000114_pilon:701947..720942 +