MSTRG.13978.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13978.2.p1
Unique NameMSTRG.13978.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000114_pilon:677863..696759-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13978.2.p1 ID=MSTRG.13978.2.p1|Name=MSTRG.13978.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=18897bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:677863..696759- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AACACCTGTTATAAATCATGCGAAAACGAAAAATAGTACCATTGCTTGGT TAGTTGGTAATTGTAATTTTGGTTTTCGAATGAAATTTGCCACCCTGTTA GCGTTGGAAACGAAAGTATTTGTTGGTGGCGGTTGTCGTGACAATTACCC AGATCGTTTGCCATGTACAAGATGGTGTGGTTTAGATACATTAAAAACAT ACAAATTCTACTTATCCTTTGAGAATGGTGTTTGTACAGACTATATCACA GAAAAATATTGGAGATACTTAGAATTGGGTCTAGTGCCTATAGTGTTGGG TGGCGCTGATTATAGCAATCCGAAACTTGCTATACCGGGATCATTCATAG ATGCTTCTAAATTCAAAACGGTCAAAGATTTAGCTAAATATGTTGAGTAT TTGGATAAAAATGATACAGCTTATAACGAATATTTTACATGGAAACAAAA GTATAAAATATGGCATCCACCGACTGGGGATTGGCCTTTTGAGAGTTATA TGATGTGTGAGATATGCATGAAATTGTTTTCCAATCCACCTCCCAAAATG TATACAAAATTATCCAATTTTTGGAATATACATACAGATTGTGAGATTCC TGAAAATGATTTAACTGATAAGTTTATTCCCAAAGATTTCGATAAAAATC AAGTTGATAAGGATGAATTGGAACGTATGAAACATTCGAAAGATAACATT CCCAAAGATTTTGATGAGGAGGATTGATGATGGGGTATCTGGCATTGCTG AGTGTTATACCCTTTTTTCTTTCCATACGTTTTTTATAAGAGTATTCAAA AATTTGTAAGCCTTCAGTTGTTCTTGACTTATTGAGTTTCGAGCTTAAAA ATGTTCTTAGAATGTTCTTAGCCGTTTCACCATTTTGTGAGTAGCTTAGT GCAATTTACCAAGAAAGTGCCTTAAAATAAACTTGTTCTTTATGTTATAC GGCCATCGAAGCCTTACGTTCTTACTTAGTTTAATTGTTAATATAATTTA ATTTGTGTAAAAGATCGCCTCTACAGATTCGAACGTTTGCTTCCATCATA ATGGTGAGAATTACGTAAAACATGAAAAATCTCTTCTACATAACATGTCA AAGTGTGAATAATATCTCAAATATCAAGTCTTTTTGCCCAGTATCTTCCT TTACCAGACCAACACGAGTTTTCTCTCCTTCGACGATGTACCCTGTAAAA GCATATTTTTGGAATGTCGGCCTCTCTAAGGTTCCACGTTAATTGTAGAT CCTCACAGGGAATTGATAGTAGGGGATAGAAAGGCAAAAGTAAAATAAGA AGAAAATCAAAATGGGAAGTTTTTGAAAACACAGGTATCAATTTAGTACC ACCAACGAAATTGCTGCCTTCGTTGAAATTTGAATCCTAATCTAACTCTT AACCCCCCCCCCCGAATTATTAGTTGTTATTGTTTCAGATTTTGGTATTT AAATTTTTTTGTATATTTTGTCTTTACATTTGTCTTTATATTTTGAAAAA TTAAATGTTTTTTAGATAGGATAGGTAGTATTATTCTTCATATAAGCCAG AACCCGTGGTACTATTTATTTATTATAAGGAGAAAAAAATTTTGGATGGC ATTTTTAATAAAACTTTGTTTTAGTAAACTTTTTTATTCAGCTGACTCAA GCCTTAATCTTGATTTTTTTGTTTGTTTTATTTGGTGAATATATTTTTCC TTTGTATAATATTAGATTATTAGATATTTGGTAACGATTCTTTTGTATTT TTTATTTTGTATTGTATATGTTATATTTGTTTTTATCTATCTTTTGG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000114_pilon:677863..696759-

>MSTRG.13978.2.p1 ID=MSTRG.13978.2.p1|Name=MSTRG.13978.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=6708bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:677863..696759- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGGCAGACGAAGAAGAGGAACAATGGGAGAAATATTTAATGAAACAT
CCAACAGCAAAGAAAGGATTGAAAAATGGTGAAGACGTCTTACAAAAGAA
ACACAAAGCTAACAAGAAGAACAAAGGATCTCGTCATATCGAGGAAGAAA
AAAGAAACAAAGAATCTTTGAAAGTTGACCGAAAATTGGAACATGTCCGT
AAAAAGAAAGCTCGGCTAAAGATGAAAATTATATTAATTTATACTGGACT
CCACAAGAAAGTTTATTGGTATAATTTACCTAAGAATGAAACCAAAAGTT
ATTTGAGGCGTACCAAATGCCCACAAACAAAATGCCATATAACTTATGAT
AAACAATTACTGCCATTAGCTGATGCTGTAATATTTCACGAGAGGAATAT
GCCTAGTCTGGATATGCTACGTATATTAACGAGGCGACAAAACAGACCTA
TATCCCAACGTTGGATTTACTTCACATCTGAGACACCCAAGAACTCTGCT
ATATCATCAGTACCCTATGATGGGCTTTTTAACTGGACCATGACTTATAG
GACGGATAGTGATATTTATTTACCCTATTTACAATATAGAGAATTAGATC
AAAATGAAAAACCAACACCTGTTATAAATCATGCGAAAACGAAAAATAGT
ACCATTGCTTGGTTAGTTGGTAATTGTAATTTTGGTTTTCGAATGAAATT
TGCCACCCTGTTAGCGTTGGAAACGAAAGTATTTGTTGGTGGCGGTTGTC
GTGACAATTACCCAGATCGTTTGCCATGTACAAGATGGTGTGGTTTAGAT
ACATTAAAAACATACAAATTCTACTTATCCTTTGAGAATGGTGTTTGTAC
AGACTATATCACAGAAAAATATTGGAGATACTTAGAATTGGGTCTAGTGC
CTATAGTGTTGGGTGGCGCTGATTATAGCAATCCGAAACTTGCTATACCG
GGATCATTCATAGATGCTTCTAAATTCAAAACGGTCAAAGATTTAGCTAA
ATATGTTGAGTATTTGGATAAAAATGATACAGCTTATAACGAATATTTTA
CATGGAAACAAAAGTATAAAATATGGCATCCACCGACTGGGGATTGGCCT
TTTGAGAGTTATATGATGTGTGAGATATGCATGAAATTGTTTTCCAATCC
ACCTCCCAAAATGTATACAAAATTATCCAATTTTTGGAATATACATACAG
ATTGTGAGATTCCTGAAAATGATTTAACTGATAAGTTTATTCCCAAAGAT
TTCGATAAAAATCAAGTTGATAAGGATGAATTGGAACGTATGAAACATTC
GAAAGATAACATTCCCAAAGATTTTGATGAGGAGGATTGAAGGGAACGAT
GGTGCACAGGAAGTGGATCCTGAAGTCAATGAGAATGAAGAAGAAAATGA
AGAGGAAGAAGACTCCAAGCGATTAAAAACAGACTTGCTCCAAAGAATGT
TGATAAATTTGAGATACATCACATTGATCAAAAGAGTCGTGATGCAATCG
AATCAAATTGGGATCAATTTTTCGGAGTCACTCGTTCAAATAGAAGATGC
AAGAAATCATGAAGACACTGTTTCGTTTAGCTGTTATCGTCATCTCAATT
TGTCTACTAATCATCACCTATACACTGACAACCTCCAAAGAGAACGCATA
CTCTAAGTTTTCATACTCTAATGACAAATGGGGCAGACGAAGAAGAGGAA
CAATGGGAGAAATATTTAATGAAACATCCAACAGCAAAGAAAGGATTGAA
AAATGGTGAAGACGTCTTACAAAAGAAACACAAAGCTAACAAGAAGAACA
AAGGATCTCGTCATATCGAGGAAGAAAAAAGAAACAAAGAATCTTTGAAA
GTTGACCGAAAATTGGAACATGTCCGTAAAAAGAAAGCTCGGCTAAAGAT
GAAAATTATATTAATTTATACTGGACTCCACAAGAAAGTTTATTGGTATA
ATTTACCTAAGAATGAAACCAAAAGTTATTTGAGGCGTACCAAATGCCCA
CAAACAAAATGCCATATAACTTATGATAAACAATTACTGCCATTAGCTGA
TGCTGTAATATTTCACGAGAGGAATATGCCTAGTCTGGATATGCTACGTA
TATTAACGAGGCGACAAAACAGACCTATATCCCAACGTTGGATTTACTTC
ACATCTGAGACACCCAAGAACTCTGCTATATCATCAGTACCCTATGATGG
GCTTTTTAACTGGACCATGACTTATAGGACGGATAGTGATATTTATTTAC
CCTATTTACAATATAGAGAATTAGATCAAAATGAAAAACCAACACCTGTT
ATAAATCATGCGAAAACGAAAAATAGTACCATTGCTTGGTTAGTTGGTAA
TTGTAATTTTGGTTTTCGAATGAAATTTGCCACCCTGTTAGCGTTGGAAA
CGAAAGTATTTGTTGGTGGCGGTTGTCGTGACAATTACCCAGATCGTTTG
CCATGTACAAGATGGTGTGGTTTAGATACATTAAAAACATACAAATTCTA
CTTATCCTTTGAGAATGGTGTTTGTACAGACTATATCACAGAAAAATATT
GGAGATACTTAGAATTGGGTCTAGTGCCTATAGTGTTGGGTGGCGCTGAT
TATAGCAATCCGAAACTTGCTATACCGGGATCATTCATAGATGCTTCTAA
ATTCAAAACGGTCAAAGATTTAGCTAAATATGTTGAGTATTTGGATAAAA
ATGATACAGCTTATAACGAATATTTTACATGGAAACAAAAGTATAAAATA
TGGCATCCACCGACTGGGGATTGGCCTTTTGAGAGTTATATGATGTGTGA
GATATGCATGAAATTGTTTTCCAATCCACCTCCCAAAATGTATACAAAAT
TATCCAATTTTTGGAATATACATACAGATTGTGAGATTCCTGAAAATGAT
TTAACTGATAAGTTTATTCCCAAAGATTTCGATAAAAATCAAGTTGATAA
GGATGAATTGGAACGTATGAAACATTCGAAAGATAACATTCCCAAAGATT
TTGATGAGGAGGATTGAAGGGAACGATGGTGCACAGGAAGTGGATCCTGA
AGTCAATGAGAATGAAGAAGAAAATGAAGAGGAAGAAGACTCCAAGCGAT
TAAAAACAGACTTGCTCCAAAGAATGTTGATAAATTTGAGATACATCACA
TTGATCAAAAGAGTCGTGATGCAATCGAATCAAATTGGGATCAATTTTTC
GGAGTCACTCGTTCAAATAGAAGATGCAAGAAATCATGAAGACACTGTTT
CGTTTAGCTGTTATCGTCATCTCAATTTGTCTACTAATCATCACCTATAC
ACTGACAACCTCCAAAGAGAACGCATACTCTAAGTTTTCATACTCTAATG
ACAAATGGGGCAGACGAAGAAGAGGAACAATGGGAGAAATATTTAATGAA
ACATCCAACAGCAAAGAAAGGATTGAAAAATGGTGAAGACGTCTTACAAA
AGAAACACAAAGCTAACAAGAAGAACAAAGGATCTCGTCATATCGAGGAA
GAAAAAAGAAACAAAGAATCTTTGAAAGTTGACCGAAAATTGGAACATGT
CCGTAAAAAGAAAGCTCGGCTAAAGATGAAAATTATATTAATTTATACTG
GACTCCACAAGAAAGTTTATTGGTATAATTTACCTAAGAATGAAACCAAA
AGTTATTTGAGGCGTACCAAATGCCCACAAACAAAATGCCATATAACTTA
TGATAAACAATTACTGCCATTAGCTGATGCTGTAATATTTCACGAGAGGA
ATATGCCTAGTCTGGATATGCTACGTATATTAACGAGGCGACAAAACAGA
CCTATATCCCAACGTTGGATTTACTTCACATCTGAGACACCCAAGAACTC
TGCTATATCATCAGTACCCTATGATGGGCTTTTTAACTGGACCATGACTT
ATAGGACGGATAGTGATATTTATTTACCCTATTTACAATATAGAGAATTA
GATCAAAATGAAAAACCAACACCTGTTATAAATCATGCGAAAACGAAAAA
TAGTACCATTGCTTGGTTAGTTGGTAATTGTAATTTTGGTTTTCGAATGA
AATTTGCCACCCTGTTAGCGTTGGAAACGAAAGTATTTGTTGGTGGCGGT
TGTCGTGACAATTACCCAGATCGTTTGCCATGTACAAGATGGTGTGGTTT
AGATACATTAAAAACATACAAATTCTACTTATCCTTTGAGAATGGTGTTT
GTACAGACTATATCACAGAAAAATATTGGAGATACTTAGAATTGGGTCTA
GTGCCTATAGTGTTGGGTGGCGCTGATTATAGCAATCCGAAACTTGCTAT
ACCGGGATCATTCATAGATGCTTCTAAATTCAAAACGGTCAAAGATTTAG
CTAAATATGTTGAGTATTTGGATAAAAATGATACAGCTTATAACGAATAT
TTTACATGGAAACAAAAGTATAAAATATGGCATCCACCGACTGGGGATTG
GCCTTTTGAGAGTTATATGATGTGTGAGATATGCATGAAATTGTTTTCCA
ATCCACCTCCCAAAATGTATACAAAATTATCCAATTTTTGGAATATACAT
ACAGATTGTGAGATTCCTGAAAATGATTTAACTGATAAGTTTATTCCCAA
AGATTTCGATAAAAATCAAGTTGATAAGGATGAATTGGAACGTATGAAAC
ATTCGAAAGATAACATTCCCAAAGATTTTGATGAGGAGGATTGAAGGGAA
CGATGGTGCACAGGAAGTGGATCCTGAAGTCAATGAGAATGAAGAAGAAA
ATGAAGAGGAAGAAGACTCCAAGCGATTAAAAACAGACTTGCTCCAAAGA
ATGTTGATAAATTTGAGATACATCACATTGATCAAAAGAGTCGTGATGCA
ATCGAATCAAATTGGGATCAATTTTTCGGAGTCACTCGTTCAAATAGAAG
ATGCAAGAAATCATGAAGACACTGTTTCGTTTAGCTGTTATCGTCATCTC
AATTTGTCTACTAATCATCACCTATACACTGACAACCTCCAAAGAGAACG
CATACTCTAAGTTTTCATACTCTAATGACAAATGGGGCAGACGAAGAAGA
GGAACAATGGGAGAAATATTTAATGAAACATCCAACAGCAAAGAAAGGAT
TGAAAAATGGTGAAGACGTCTTACAAAAGAAACACAAAGCTAACAAGAAG
AACAAAGGATCTCGTCATATCGAGGAAGAAAAAAGAAACAAAGAATCTTT
GAAAGTTGACCGAAAATTGGAACATGTCCGTAAAAAGAAAGCTCGGCTAA
AGATGAAAATTATATTAATTTATACTGGACTCCACAAGAAAGTTTATTGG
TATAATTTACCTAAGAATGAAACCAAAAGTTATTTGAGGCGTACCAAATG
CCCACAAACAAAATGCCATATAACTTATGATAAACAATTACTGCCATTAG
CTGATGCTGTAATATTTCACGAGAGGAATATGCCTAGTCTGGATATGCTA
CGTATATTAACGAGGCGACAAAACAGACCTATATCCCAACGTTGGATTTA
CTTCACATCTGAGACACCCAAGAACTCTGCTATATCATCAGTACCCTATG
ATGGGCTTTTTAACTGGACCATGACTTATAGGACGGATAGTGATATTTAT
TTACCCTATTTACAATATAGAGAATTAGATCAAAATGAAAAACCAACACC
TGTTATAAATCATGCGAAAACGAAAAATAGTACCATTGCTTGGTTAGTTG
GTAATTGTAATTTTGGTTTTCGAATGAAATTTGCCACCCTGTTAGCGTTG
GAAACGAAAGTATTTGTTGGTGGCGGTTGTCGTGACAATTACCCAGATCG
TTTGCCATGTACAAGATGGTGTGGTTTAGATACATTAAAAACATACAAAT
TCTACTTATCCTTTGAGAATGGTGTTTGTACAGACTATATCACAGAAAAA
TATTGGAGATACTTAGAATTGGGTCTAGTGCCTATAGTGTTGGGTGGCGC
TGATTATAGCAATCCGAAACTTGCTATACCGGGATCATTCATAGATGCTT
CTAAATTCAAAACGGTCAAAGATTTAGCTAAATATGTTGAGTATTTGGAT
AAAAATGATACAGCTTATAACGAATATTTTACATGGAAACAAAAGTATAA
AATATGGCATCCACCGACTGGGGATTGGCCTTTTGAGAGTTATATGATGT
GTGAGATATGCATGAAATTGTTTTCCAATCCACCTCCCAAAATGTATACA
AAATTATCCAATTTTTGGAATATACATACAGATTGTGAGATTCCTGAAAA
TGATTTAACTGATAAGTTTATTCCCAAAGATTTCGATAAAAATCAAGTTG
ATAAGGATGAATTGGAACGTATGAAACATTCGAAAGATAACATTCCCAAA
GATTTTGATGAGGAGGATTGAAGGGAACGATGGTGCACAGGAAGTGGATC
CTGAAGTCAATGAGAATGAAGAAGAAAATGAAGAGGAAGAAGACTCCAAG
CGATTAAAAACAGACTTGCTCCAAAGAATGTTGATAAATTTGAGATACAT
CACATTGATCAAAAGAGTCGTGATGCAATCGAATCAAATTGGGATCAATT
TTTCGGAGTCACTCGTTCAAATAGAAGATGCAAGAAATCATGAAGACACT
GTTTCGTTTAGCTGTTATCGTCATCTCAATTTGTCTACTAATCATCACCT
ATACACTGACAACCTCCAAAGAGAACGCATACTCTAAGTTTTCATACTCT
AATGACAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13978MSTRG.13978Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13978.2.p1.exon8MSTRG.13978.2.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13978.2.p1.exon7MSTRG.13978.2.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13978.2.p1.exon6MSTRG.13978.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13978.2.p1.exon5MSTRG.13978.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13978.2.p1.exon4MSTRG.13978.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13978.2.p1.exon3MSTRG.13978.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13978.2.p1.exon2MSTRG.13978.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13978.2.p1.exon1MSTRG.13978.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13978.2.p1MSTRG.13978.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000114_pilongenomesc0000114_pilon:677863..696759 -