MSTRG.13972.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13972.2.p1
Unique NameMSTRG.13972.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000114_pilon:613743..629333-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13972.2.p1 ID=MSTRG.13972.2.p1|Name=MSTRG.13972.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15591bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:613743..629333- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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ATGGTATCGTATCTGTTGCTTGTTCCTAGGATATTCTGTTTGACTCTCCT ACTACTAAATTTATTTAAAGATATACCAAAATGTTTTACGATCCTTTATC AACCTGTAGAATTGTATTTGCTTATCAAATTCGATTTCGACAAAAATTTG AAACAAAGTCAACAAAAATCTTCAAACAAAATATTTCAATATTTTTTCAC CTGTCGTCGTGTTTGGGAGGTTTGTGTAAACAGAACAAAATATTTTGAAA AAACATCAAAAATCAATAACACAAATTCAATCCAACCCTACTTTTCCATA GTTTTCTCACGCCCTCTTAATTCGCAAAATCTATGCGTGCTAAAAAGAAA ACTGTTGTCTTTAGCTCAATGCCCCATTTCATTTATACTAGCCATAGCTT TCACTAACTGCCACCCGCTACAGATGCCTATTTATAAGCATTTATAAAGA CTAATTAATGCTTATTAAAGACTAATTAATGCTTATTAAAGCTTTTTAAT GCTTTATAGCGAAAGTTTGGATATGATTAGTATATGTAATCACATGATAA CGAGTGCAATTCGAATATAATTGCACGAGTGATTTTTTTGTTATTAATTT TCCGAGTCCGAAAGGACGAGGAAAATTTGAAACAAAAAAATCACGAGTGC AATTTTCGAATTGTACGAGTTATTATGTGATTACGAGCTAATCGCACAAT GACTGTCACTACTTTTCCCAGTTAGGAAAGTAAATTAGAGAAATTACACT GAGAGTTTTATCTTTTTCTCTTCTCTTTATGTCTTTCTTTTAGTGTTGTT TTTTGATTTTCTTTCTCACAAAATAAATTTCGAATGCAATTAAAACGTTC GATGCAAAAAAAATGTAAGAAAAAACATTAAAATCAATTTTGTAAACATT GGCGCGGCATTGGAGAGTGTGATTAACGATTAATAGCTCTCTACAGGATG CAATTAACGATTAATTGCTCACTTTGAGGGCGTGCCAAATAAGAAAAAAT AACCCATTGTGCGATTATAGGAATAATTCGAATGATTCTTCTCAAAAGCA TTTTCTTTGAGATATCAACGATAAAGCTAACATAAATTAAATATATTTTT TTCTAAAAACTACTTTTACAAATAATAAAATACGAATCTTAAAATATTCA TTAGCAAAAGTGTCCAGGTAGAGTCAATTACAGATACTAAAACACTCAAA AGACATGTTACTATGTTTATTCCAACCAATTTGTACTATAAATGACCCAT AGTAGAACCAAACAGCATAAGTAAGAAATGCTATGAGCCAGAAACATAAC GAGCAGGAACCAAAAATTGACAGGTAACAACGTACTTAGGAGTTTTTCCA AAGGTTTAACAAAGGATATCGTGATCCAAAATTGTTTACATTAAAAATGG ATTTACCAGTAATCTAGAAGCTGTAACAGCGCCGTGTAAAGGATGGAAAA TGATATGACGTAACGTGGTAATAGTAGCAGTAACGAGGCAATATTGATGA GCAGAAACCAGGAAATAGCGTATCCAGGACTTTTTCCAACGGCATGACAA GGGATCTCATGGACAAAAAATTGATTATGTCAGTTATCTTGCAGTTGTAA CAGCAATATCGTGTAGAAGGATGGAAAATGATGACGTAACGTGGTAATCG TAGCAGTAACGAGGCAATATTGCGTTGTCAAAGTAAATGAATCCTCTTTC ATAAGATAAGCTTAAATGGAAAATAAGAAACATGAAATTAGATGATAATA TGGTGAGTGTACTAAAAATTTCCTCAAATAGTTCCAGTTTCTTTCAAAAG TTTCTTTCAATTTTTGATATTAATTTCCCAAATAGTGCCTGGTAAGTATC AACAAGAACACTGGTTAAACATAAAAGATTAATAAAACCAAGTCCTATAA AAGTACATAATGAAAAAATTATTTGTACTTACTGTCAAAGTTCCATAATA CAGGATTTTTAAGCATTGTTATTGGGTTTGTTAGAGTATGCTGAATGACG ATTGTCGAATAATTTTCGTTACAAGGGAATTTCGTTGCCAATTCAACCAC CAAAAATAATCAATATTCATTCATTGTTCTACTTTATCATTTTTATCATT GTTCATTATTGTTCTGTGGTAAAGATTAAACATCAGTTCACATTCACATT ATTGTAATCAACTTGGAACTTGGAAGTAATAAATGTAAATTCAATCAATC AAATAAAATTTGTACAAAATCATAAATAATACGTAATTTCAATAATTCTG TATAAAAATATAATATCCTTCAAATTTATCATAAAGATATAAAAAAATTC ATGTATTACAAAACAATATAATATTCTATAAGTTAGGATAAAAAAAAAAT AATGTAAGGATTTGAAAAGTCTAGGCAAGTATCCCATGAAAAATTCCTCT TAAAACAAAATCATTCATCTATTGTTCTCGGGAATTGTTCATAGGACACC CTGTAGTTGGAGCAGTTTTGAAATCTTTCTTATCTTAAATTCATCAATTT TTTCATGATAAAAAGTACTAAATAATTTCACTCGTTGGATAAGAATGTAT TTCAAAGGAAGAGAAAATAAAGGAGAAAAGAATAGAAAATATTGCTTTTT GCAAAATACCCTTCCCTGCCCTGAGCCCCCCCCCCCGTGCAATGGTTTTG ACATGACATATACTAAATTATTCCATCTTATTACTTCTAAGGCTTGTTTC GTGCTGCTAATTCTTCTAGTCTGCTTTCTTCGCGTACTCTAAATTTGAAT CTTTTACCGTCACTCAATTTATTGATTCTTTCGAATGGAAATGATTCAAT TATCATGTCACTTAGCTTTTTCACACGTGATAATGCAACATAAGTTAAAC 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TACAACATCAAATGAAGAGCAATGTAGTTTCAAAGACATAATTTGATGCA TTACTTCTTGTGCACTAAAGTCTCTTTCACCGACAGATTTGATAATCAGT TTTCGAAAAATATTACCAGAAGTTTCCTTTCCTGAAAGATTACCAATGAC AGATGTAAATGCTTCTTTTGCGACATCAGATATCTTTTCTGCTTTTGATG CATACTTGGCAATATAATTCAAGCAAGCATTGTGGTCAAGGATAATTTGT ATATCGCAATTAGCTCTCCATGATTGTAATTGAAGCTGTTGATGTCTATT CATTCTAGGATCATTTCTTTTTAGAACAATGTTTGGAACATACTTTTCAC CACCTCCCTTCAATTTTACTTTTTCAAAGGTTAAATGTGTTTTCTCGCAG CATTCAAAAGGAAATTTAAAACGACATTCCTGTTTGTCATTCTTAGTTCT TAGACAATAGGCTGAACTACATTTTGTATGCCGTTGCACGCTATTTGCTA GATCTATGTAATCTTGTTCTAAATCCTCTTCAGGTATATCCTCAAGTCTT TTTTTGCATGGATGAACATTTGGCTTTTCCCATTCATCAACAGGTCCTTC AATTGGATTCATAGCTGTCATTAAAGAATCTACATAATCACAGATTTGCC TTTCAGCATTGTTTCCCTCGATTACAGCAAGATTTAAAAGAGTATTATTT TCAAGGTCAATCTCTGTTTGATTTGATAAAGTTTGTTGAGCCAAAAAACC TTGCAGAGCCTTCTCAGTCAACTCACATATTCCCGGATCATCTTTCAATT TTGCTAAACCGTGACAATGTATAGAACCACGCATAACAGCAAATTCAAAC CTATACCAATGCCATTCTGCATTTAAAGATTCATATAACCAATGTTTTAC AAAACTTTTTACTCGTTCAGTGAAGAGCCAATCTACTATATGAGGATTAT CAACAATATTTTGTCTAAAATCAGCAGATTCAGATTCGTCATTTGAAGAA AATAAATCATGAATGTCTGGCCAGTGAAAATCAGCCATACTCAATGTCCA AAATATAGTTGGCGTGCCCATTTGTGTTATCGTGGCTTTTAATTTTTCCT TGACATCGCACCAATAGGCATTCGTACCTGTTACATTCTTTGAGTATCTT TGTAGTTTTTTCATTACTACGTAGAGATCATTATCCCTAACAAGATCTTG TAAATCTTCAATGCTCAAATTAGCTTCACCTGGGTTTTGCTTGATAAAAA AATTTCCTTGACTAATCAATCTTTTTCTATACAGCATATTGAAACCCCAA AAGGAAAATCTTGGATGAGATGCAAATCTATAAAACCATTTTCCTTTGTC ATCAATTTCGGCAAATTTGATTAAATGTTTCAATTTTTCAGCAAAACTCT CTGTTTCACTTTTTGCTATTTCCCTTATGATTGCAGGATTAGTTGGGTCA CCTTTTGTGTCTGGAAACAATGTTGGAAATGCAAGACTTGCTAAATAGGG TGTATTGAATTCACTAAGTGGAATACTTCCTATATCAACTTCAGTTTTTG TATTCAAAATTTCACTTTTTGTTAAGTCGGCTTCCTTTGCTTTTTTTAGT TTAGATGGTAAGAAACTTTTCATTTCAGTGTTTTCATCAAAAACACGTTC ATTGTTATCATCATTAACTGGACCTAAATCTGGTAATTCTTCATTTTCAC TGACATCTTCATTTTCGTTGTCACTTTCATTTTCTTCACCGCTCTCAATA TCATTTTTCTCATTCATTTGTACGTGCAAGTCTAGTAAGTCAATGAATCC ATTTTCAGGCAGCTTTTGTAGCCTTTCCATATCTATATTGATTTCACTAT ATAGAAAATTATTAGGTTCACCTTGTTCATTTTTTCCTGTCAGCCATAAT AATGCCTGTAAAATTTTTTCACGTCTAACGACAAGTTCTTTTGAGGTATT ATTTTTCCCATTTATTTTAAAAATCATTATAGGAATGTCGCTGGGCTCTC GTGGTAGGACATCTGCAATTTTTTGAACATTATGAGGCAAATTTAAAACG TGACCTTTATAAGCTCTCTGACCTCCTCTTGGTCGGGTGTACACTTGCAT TACTGGAAAAGCTCTAGCTATTAGCATTTCTTCAACTTGCGTGAGACCTT TCAATGCTTCTGGCACGGGACTTGGTTTCATATTATTATCCGCACTGAAT TTTTTTGGAGTTCCTTTGTCTCTTTTGCAACGCGTACAAATGAAATCATT GACTGAGTTTACTTTTGACGTAATTTTTATCGGCCAGGATTCAAAACATG TTTGACATTGAGTCATTGAAAACTTCATAGATTCCTGAAAATGTTTCATA TTTTTACTCATATTGATGTCAGTTTCTGTTTCTTGTGAATTTAATCTTTT ATCTTGTTTTTTAGAACAATGTTTTTCTTTCAGCTTCTGAAAGTCATATT TCGCCTTTCGTTTTTCAGGGTTGTATGATTTTTGATGCCGTTCTTTACGT TTTGTGGGGTCGTATTCTGCTTTATATTTTGCGGGGTCGTATTCTGCTTT ATATTTTGCGGGGTCATATTCTGCTTTACGTTTTTTGGGGTCATAAAAAT TTTGATGTCGCTCTTTACGTTTCAAAGGGGCATACTTTGTCTTTCTATTT TCATAACCAATTTTTGGCTTCTGTATCCTTTTGTCAATTTTTTTGAATAA ATCATCAAGCTTTACTTTTTTATTATTATCATTACTATTACAAAGTCCTT CATAGTTGACAAATTTTCTCTTTCGATTTGGATATTCTTTCTTGATTTCA TCAGTCTGAATATTTTTCTTAAAGATGATTTCTTCTGGATTAAAATTTGC 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CTTAAACTGATCTGCACACAACAGTAATATCACTATTATGCTCATTCGTA AAATTCGATATTCATCTTCTTTACCTTTAGATCAAGAAGCAAAAATCGAT CAATTCCCTTTGATATCACTGTTACCGGAAGACACGACAGTTTATTATAC GTACGACGGAAGCCTCACAACACCTCCATGCAATGAATGCGTCAATTGGG TTGTCCTCTCAGATACTACAAAAATATCCAAAAAACAGGTAAACATAGAA TAGTAAAGTGCCCTGCAGATTTTGTACAAAATAAAATCTGGAAGTTGTTT AGAATTTTTAAAAATTGGTGGTTAAAATATTGGTCCCGTCATAATTTTCG AATCGGCAGAAAAATTCTTAAATTTTTCTTCTATAAAGATTTTGCAGTAG ATAAGTGAGATGTCATTAACTCAACAAGTTTAAAACACTCAAATATATCC GGTTGGTCGGGATCGGAAAAATTTTGAACAATCGCAAATTAATTCAAACT CTTTAAACCCTGTTTTATCCACAGATCGATAAATTCCGTCAGCTGTATTC AAGTGAAGATGACACGGGAGAAATGATGGCAGATAATTATCGGCCACCGC AGAAAATCCATCGACGAAAAATCAAAGTTTGCATGTCTCTTCGAGACGAA GAAGACGAAGAAGAATATCTGTAATGCGCATGAGTCGAATATCTTTTATG TGCTTGCGCCAATTGGCATATTGTAAAGTGCGCATGTGCGTGGGATATTT ATAAGTGTGTGTACGTTTTTAAAAAGGAAAGTGCGAGCATTTTGTTGGAG TCTGCAAATCTGCAAAATTGTTTGGGTGCCCTTAGGTACCCTTACCTAAA AATTGTTTAATTTGAAATACAGAGTGGAATTCTGTGAATTCATGCGATTC CCTCTCAAAAATAAATCATAAAACTAAGTCTCGGTGCAAATTTCTCAATG ATAATGATTTTGACTCAAATGGCATCTGATCCAAAATATTGAAATTCATT ACAAAGTCTTGTTTGTTTCCGTTTGTTTACCGCCATTCAAAGAACACGCT GTCTTATCCGTAAACAATATGTTAATGTATATTTAACGGAATGGTTTTTT TTTCATGGCCATTCCATAATTATAATAGACGATATCGGCTTTCCGAATTC TCCCCAAATGATTACCCATGATAAGGGTTAGGGTTATCGTCCGTGAATTT TTTTGCGCAATGCATCATGGGTAATCATTCGGGGAGAATTCGGTTAAGCC GATATCGTCTATTAGTGCATTGAATTTTGTAACCGTGAAGAGGCTAGGCA AGATAATCAAGCTACTTTACGTCTCATCAAAGACGCAAATT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000114_pilon:613743..629333-

>MSTRG.13972.2.p1 ID=MSTRG.13972.2.p1|Name=MSTRG.13972.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=6699bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:613743..629333- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GATGGCAGATAATTATCGGCCACCGCAGAAAATCCATCGACGAAAAATCA
AAGTTTGCATGTCTCTTCGAGACGAAGAAGACGAAGAAGAATATCTGTAA
ATCAAGAAGCAAAAATCGATCAATTCCCTTTGATATCACTGTTACCGGAA
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CAATGAATGCGTCAATTGGGTTGTCCTCTCAGATACTACAAAAATATCCA
AAAAACAGATTGGAGAATCGAGTAACGATAGTTTCAAATACGTCACTGAT
CATTTACAAAAAATCAGATTCAAAGGTGCAAATCGTTCATCGTAATTTGA
AATATTCAGAAGATGAGATGTATGACAAACAAGATGGCCTTCTCATTCTC
GCTTTCTGGGTAGAATTGAAACTCTTCGATGAGGTGACATTAACACGTGG
TGACATGCCAGACGTTTATCAAGCAATACATGTTTTATTTCATTGGGGTG
CTAATAATCAAAGAGGGTCAGAACATCTCAATAATGGTACACCTTACCCA
ATGGAGATTGGTCATACAATGGTCCGACTGGTCCTGAGTTTTGGCAAAAG
AGTTTTCCAGTTGCCGCATCAGAATATCAAAGTCCTGTCAACATTGATAC
AAAGAAAATTATATACGATTCTAAATTGAAATCTCTTGTTTTTGACGGTT
ATCGGGATTTCAGAGGCGGTGCTAAAGTTCTGTTACAAAATAATGGATCA
ACTGTCAAGATGGTTGTGGAATTATTTTGTTGTAATAAAATCTTCAAGAA
GTATGGGAAAACATTTTGTAAACCCAACAAAGAGAAAAAGATGAAGGAAA
AATTGGTTGCAGCGCTCCCTCCAACAATCCCATCTCAACAAAGACATAAT
TCTTATGATCGATAAATTCCGTCAGCTGTATTCAAGTGAAGATGACACGG
GAGAAATGATGGCAGATAATTATCGGCCACCGCAGAAAATCCATCGACGA
AAAATCAAAGTTTGCATGTCTCTTCGAGACGAAGAAGACGAAGAAGAATA
TCTGTAAATCAAGAAGCAAAAATCGATCAATTCCCTTTGATATCACTGTT
ACCGGAAGACACGACAGTTTATTATACGTACGACGGAAGCCTCACAACAC
CTCCATGCAATGAATGCGTCAATTGGGTTGTCCTCTCAGATACTACAAAA
ATATCCAAAAAACAGATTGGAGAATCGAGTAACGATAGTTTCAAATACGT
CACTGATCATTTACAAAAAATCAGATTCAAAGGTGCAAATCGTTCATCGT
AATTTGAAATATTCAGAAGATGAGATGTATGACAAACAAGATGGCCTTCT
CATTCTCGCTTTCTGGGTAGAATTGAAACTCTTCGATGAGGTGACATTAA
CACGTGGTGACATGCCAGACGTTTATCAAGCAATACATGTTTTATTTCAT
TGGGGTGCTAATAATCAAAGAGGGTCAGAACATCTCAATAATGGTACACC
TTACCCAATGGAGATTGGTCATACAATGGTCCGACTGGTCCTGAGTTTTG
GCAAAAGAGTTTTCCAGTTGCCGCATCAGAATATCAAAGTCCTGTCAACA
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GACGGTTATCGGGATTTCAGAGGCGGTGCTAAAGTTCTGTTACAAAATAA
TGGATCAACTGTCAAGATGGTTGTGGAATTATTTTGTTGTAATAAAATCT
TCAAGAAGTATGGGAAAACATTTTGTAAACCCAACAAAGAGAAAAAGATG
AAGGAAAAATTGGTTGCAGCGCTCCCTCCAACAATCCCATCTCAACAAAG
ACATAATTCTTATGATCGATAAATTCCGTCAGCTGTATTCAAGTGAAGAT
GACACGGGAGAAATGATGGCAGATAATTATCGGCCACCGCAGAAAATCCA
TCGACGAAAAATCAAAGTTTGCATGTCTCTTCGAGACGAAGAAGACGAAG
AAGAATATCTGTAAATCAAGAAGCAAAAATCGATCAATTCCCTTTGATAT
CACTGTTACCGGAAGACACGACAGTTTATTATACGTACGACGGAAGCCTC
ACAACACCTCCATGCAATGAATGCGTCAATTGGGTTGTCCTCTCAGATAC
TACAAAAATATCCAAAAAACAGATTGGAGAATCGAGTAACGATAGTTTCA
AATACGTCACTGATCATTTACAAAAAATCAGATTCAAAGGTGCAAATCGT
TCATCGTAATTTGAAATATTCAGAAGATGAGATGTATGACAAACAAGATG
GCCTTCTCATTCTCGCTTTCTGGGTAGAATTGAAACTCTTCGATGAGGTG
ACATTAACACGTGGTGACATGCCAGACGTTTATCAAGCAATACATGTTTT
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TGTTTTTGACGGTTATCGGGATTTCAGAGGCGGTGCTAAAGTTCTGTTAC
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TTGGGTTGTCCTCTCAGATACTACAAAAATATCCAAAAAACAGATTGGAG
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GCGTCAATTGGGTTGTCCTCTCAGATACTACAAAAATATCCAAAAAACAG
ATTGGAGAATCGAGTAACGATAGTTTCAAATACGTCACTGATCATTTACA
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CAGACGTTTATCAAGCAATACATGTTTTATTTCATTGGGGTGCTAATAAT
CAAAGAGGGTCAGAACATCTCAATAATGGTACACCTTACCCAATGGAGAT
TGGTCATACAATGGTCCGACTGGTCCTGAGTTTTGGCAAAAGAGTTTTCC
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TTATATACGATTCTAAATTGAAATCTCTTGTTTTTGACGGTTATCGGGAT
TTCAGAGGCGGTGCTAAAGTTCTGTTACAAAATAATGGATCAACTGTCAA
GATGGTTGTGGAATTATTTTGTTGTAATAAAATCTTCAAGAAGTATGGGA
AAACATTTTGTAAACCCAACAAAGAGAAAAAGATGAAGGAAAAATTGGTT
GCAGCGCTCCCTCCAACAATCCCATCTCAACAAAGACATAATTCTTATG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13972MSTRG.13972Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13972.2.p1MSTRG.13972.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13972.2.p1.exon7MSTRG.13972.2.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13972.2.p1.exon6MSTRG.13972.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13972.2.p1.exon5MSTRG.13972.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13972.2.p1.exon4MSTRG.13972.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13972.2.p1.exon3MSTRG.13972.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13972.2.p1.exon2MSTRG.13972.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13972.2.p1.exon1MSTRG.13972.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000114_pilongenomesc0000114_pilon:613743..629333 -