MSTRG.1396.2.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1396.2.p2
Unique NameMSTRG.1396.2.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:2780473..2821264-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1396.2.p2 ID=MSTRG.1396.2.p2|Name=MSTRG.1396.2.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=40792bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2780473..2821264- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTTACGAAGAGAAATGAATGGGCACTGAAAAGTGACTAATGAGGAGGTTT GTGACGACAGGGGAATTCCGATTTTCTGATGATCTCAGTGAAGCAAATTA CATAATTTATTTTACACACACCCATGTCACAGACCCGATGGGTTCCACAA TCAAACTGGAAAACTAGGCTTTTAGGGGCGGTTCAAAACTAGGGGGGGGG GGCTGTTCCTGTACCATCCCTTAACTTTTGATCTAGTGGGTCTCTTTGGA TGATATTTGGCACACAAGGGCCTTGTCATATAAGGTAAATTTTGACAAAA AATTGGCTTAAAGGGACATAAAAGTAGTAAAATGTAAACATTGCGCGAAC CACGTGTCATTAAAGAGAACAATTAAAATCACGTGTCCAAAACAAACTTG TAAAACAATTGAACAATCAAAATTAGCCATATTTGGTTTGATTTTTTATT TTGACATGTGACATTTGTTTTGATTTTGTATCCGCTGCGTACAGTTTGTT TACAAATTTCGCAAGTACTGTTATGTCCCTTTAACCCTATTCATACTAGG CTTTTAGGGGCGGTTCAAAACTAGGGGGGCTTTTCCTGTATCACCCCTTG ACTTTTGATCTAGTGAGTCTCTTTGGATGAAATTTGGCACACAAGACTCT TGTCATATAAGGTAACTTTTGACAAAAAATTGGCTTAACCCTATTTATAC TAGGCTTTTAGGGGCGGTTCAAAACTAGGGGGGGGCTGTTCCTGTACCAT CCCTTAACTTTTGATCTAGTGAGTCTCTTTGGATGAAATTTGGCACACAA GACCCTTGTCATATAAGGTAACTTTTGACAAAATATATTTTTTAATGACG TCACTCATCATGCCCAAAGTGAGCAAAAACCGAAAAACTCCTTTGTTCTT TTGAATAGCTATTCTATTCTAACAAAGGCTATAGAAAAAAGTTGAGTCTA 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GTCGAAACATTCCAAATTTTAAGTCGAGTCGTTGCCTCAGAAGTTGACTC GTCGCAAATTTCGGCAGTCGACTCATCCCAAAGAGTTGGACTCTAGGCTA TTCCGAAAAAAAACTTTATTGTTTCGTATATCAAAATCAAAATATTGTGG AGATAATGTTATGTTCGTGTGGTGTGCAATGTGAATTTATATTTACATTT TCATCTCCATAATATACCTGATGGATGACATGAACACTTATGAAAACAGT TAAACATACATGATTGGAACATGTACCAAGTTCCGACGAGTTAACTTCTG ATAGGAACCACTAGAAACTTGGTATGGTTCGACTTAAAAGAATTACGACC TGCGAACTTCTAGTGCGACGGGACGACTTGAAACTTGGGATGATTCGACT ACCAAAAATTGCGACGGAACGACTTGAAGGATCGAATTTTGGCGGCGATC TAACTACATAGTGATGGCTTATGTTTTATGCAGCATTTTAGACAATCGCT TTCGATGTTTTCGCACAACTTCAGCTAGGAAAGAAGTGGCTTTCAAATCC TAAGTCATTCCCCCTATTCTTAATACAATGTCAAAGAGTATTTTGTCGAG TTTTCACTGCAGTGGAACTTTCTTCACTGGTCAAATTCTGGTAAAATAAT AAAATTTAGTTTGGGGGGGGGGAGAGGGCACTGACCTTGACGGCCGACGA GGACGTGCCGCAGGAGTTGAAAAGTGGACCCTGTCAGAACGAAAAATCGA AAAAAATTTCCCACTTTCACCCTGAAAAATGACAAAAATTACTAAAAGTA GAAGAAAAATTTTATAAGAACACGAGGCTGAAAATTGGCCGGAACAATTG TTTCTTAAGTTGAAGAACTTACAGGGGTGTGTTCAATATTTTTTTTTTTT TTGGGGGGGGCTTTTTGTTGTTGTGAAAATGAGTAATAATTTAGCTTTAT GATGCTGAATTATCTTCAGCAAGCTGTGAACAGTAGGTTCCGTTTTGACG TAAGAAGGATATACGTACATTTGCAGTATATTTTTGACCTGGATAGTGAT TTTATGTTTTCCCCATCTGCCAAGAAAGGAAACAGGAAAAAATCTATTTT TGAACTTGTAAATTTTGCAATCATTTGCCTGCTTAGCCTCCTGTACATTT TAAGTTACTATTTCTAGCGTTGAAAATGTGGTTTTGACAATGCACATATT TAAACCATTCAGAAACATTCAAAATCATTCAAAAAATGAGAAGGAAAAAA AACATTTTTTTCTATTTAAGAAAGATTGGTTACCGGGGTAAACAAACAAA AGTCAATGGGAGAGGATAAATTGAGCCAAATGTGAGCACTACTAAAATAC ACCAAATCATCTTTTAATCTCATCTTTTATGATTTGTCCTCCATTCCGGT TGCACGTGTCATTAAAATAGATCATTATTAACAAAAGGAGTGCTAATTTT AATTAATTGTTTTTCAATCACTTCAGGGCATCCAATTAAACAACAAGAAA GACCCTAATAAGCCGGAGAACACCTTTGTTTGGTAAAATTATTCATTTTG TTTTTGGTTTACACCCCATACGCTGCTCGTATCTGCCATTATTGATTTTG GATGATAGTATTGGACAAGTCTTCGGACCATATAAGGTAAGGTGTTTTCC TTTTATGGAAAATTAGATGTTAGTAGGAGGAGTAGATATGAGTATTAAAA AATAAGAAGAAAAATGTTTTATCAATGTGTACTCGTTATAGAATCTCAAA AGTATTCGCGTTATCATATCAAAGCTGAGATCATGATAAGGTTTATTATT CTATTTCGTATATATGTGTCTTTGCCTGTCTGCCTATATCGCTGTACCAA GTCAGTTCATTACTGCATATCATTTTGTTTATGCCCTAAGCTCAGTGGGG TCTCTATTAAAATATACAGACAGTCTTATCAAAAGTCTTGTTCAAATTTT TTTTTACCAAGAGACAAGTTAACAGTATGAGGAATTTTGTTACTCTGTAT AAAATATATTTCATAGCGAACTAAATGATGAATCATCATTTTTATATAAA AAAACAAATCTCTATTCTAGAACATTTTTTATGGGGAAACGTTACAATAT TTTTTGTTGGAATTGAAAAAAGTCTCTCTTTTTTGTTTTTCAACCTGATA TTTATGGATTGTGACAGTATAACTAATATAAAACAAAATATTAGCTCGAT TGATTACATACTGATTTGTGGATTTGATAGCTCTTTATAGGCCTCAACTC CTCTACAGATCTCTGTGAAGTAAAAACAAGTTTGTAGCCATTATTGGCTT TCCCTTAAAAAGATCAAGTATTACTAAAAGAAGTCTTATTACAAAAACCG CACTAGTGAATAGAAAATATTTTTAGAGGCGGAGCACTTTCGTCTTATTA TGTTCGAGTCATTAATTTCCTTCCATTGACACTTTTGTTGTATGTGTTAT AACATAAAGAGAAAAAAAAAGTCACAGCCATGACCATACCATTTCTCAGC CCAGTTTCTTTTTTAGCTAGTCTTTCCTCAATAAAAAACTTTGTTTCTCT TTAACACTATCAAAAGTAAACAAGGAATCATAAATGAAAAAACTAAACAA GAATATTTCAGTGTCTGCTATGGTAAACATAATTTTTTTCCTTCTTTCGC AAATTTTCCCTATGTGGAACAAAAAATTTCTTATTTCTAAACATAAAAAA GTAGAAAGAACTAGAAAGAAAATTTTGTTTTGTTTTTGTATATTTTCTAC AGTGACTGAAAAGAAAGCTAAAAACCACATGAGGCGCTACAGCAAGAAAA ATCATCACCTATCAGATATAAGAATGGAATTCAATCAAAAATTTGATTGA CAGCTCTAGTCAAAAGAATTCTTATACGTACTGAGCGAGAACAATAAAAA TGATTTTGACCTGTCAATCAAACACCCATTCTCTCCTCCTATTGGCTCAA AACGGATTCTCTTTATTTTGTTTTATTTTTTTGTATTGATATGTAGTAAT GAGCCCGTGCAGCTGGCCTCTTATTACATTTTGAGAAAACAATCGACTGC CATTATAATTCATAACACGCTGAGTAATTTTGACGAAAGATTCGCGCGGA GAGAAAATCATTTGAAAAGAAAGAAGGAGAGGGGAGGGAGAGAGAAAGAA ATATCTCGTGCACACATCTATATACTTCTCCTCTTTTTTATATTTTCTCA GAATTAATTCGCCAAACGGCCGTCGACGACTACAGACGTAAAAGTTATAC AAAAAAACATCAGAAGAATGCGTCCCTACGCAATCAAGAAAGACGATGCG AAACTCGGCACTAATATTGCCCATACCACGGTATGTACTTAATCCATTAA CTTTTTTTTACCAACATAATAAAAGAGAGAGAGGGGGAGAGAAAGACTCT CCTTTTTTGTTTAAACTAGGGTTAGCAATCATCTCAGACATTAAAAAACC ACCCCCTTTTTAACATAAATCTCCGCCCCTAATATTGGAGAGATCTGGTT TTTCTTTTCTCAAATTATTTTTTTTAATATAAAAGTGTTTTGATTTTGAT TGCAGAGTATTCAACCGTCACCATTGGCCCTGCTGGCAGCAACATGCAGT AGAATTGGTGATACGTTACAAGAATCTCATCCAGTCTTCACTCAAAAGAA CTTAACAAATTTCATTGAGAAAAAGATATATGATGCGAATACGAGATCGT CAATTACTTCATCAACAACACAACATTTTAACATCGACCAAACGAATAGG ACAACAAACCTTCCACAAAACACAAACTGTTTACATCACTGTCAACCAAC CACCGAAACGCTGGATCTACCAAATACAAACACGACCCAATCTTTCCACC ACCACACACCGTCTAACAAACAACTCACATCATCCAACTTCAAAATCAAA ATTGAAGATTTAACACCGCAAACAACGGCTGGAACAATCCCAACGAACAA TACTTTAGACTATAATCAAAATTATACAGAAAGTATGCATATATGTCCTA ACATTGTCAACGAAACGAGAATGTTTGAACCTCAAGCAAGGCCTTCGTTT ACGCATTCTTGTCGCCACGAGCCCGCCCATTCAACCTCAAGTTGTGAACA TCAAACATCAAGTGCTATTCAGATTCAACATCAGTCTTCGTGTCAACACA GTGCTAGTGAGAACACTTCAACTTTAACTCATATCCCGTCTGGTGCAGTT TCACCAGCCAACTCGAGCACATCGTCTTGTTTATATCAACCATCATCTAC TGGTAGCTCAACCAGTCATCAACAACTTTCACCGAGCTGTGGTCCTGGTA TGACAACATTGAGTCATTTACCAATTTCTACCAACGCTTCATCTACGCTT AACAATAATAATCTGTTCGCTGATAATTCGTCTTTCGCTCGCACTAAATC GACAACATCAATCAACCCTTGGCAAAATCAATCGGTTCATCGCTTGGGAA CACAAGAGACAATACACAAACCATCCTGTATGATTCACGAAAATTCTTCT TTCACCGGGGGCCAAACTACCCATAATACGGTACCATCAAGTCCTCAAGA GAGAGCCTTTCGTACCTATTCGCCACCTGAACAATTTTCCTCAAGTTTCA GAAGTCCTGAATATGGACCTCCAAGCGTCGAAAGCCATCATTCAGCGCCT TCTCATTATGGTTCTTCAAGTCAACCTATCCCGTCGCCCCACCATCATCA ACAACAACAGACTTTTGACGGTTACGGCGCACCTTCAACTTTCGAAAATA TGGATGTCAAGCCAGACCCGTACGCTTTACAAAACATGAGAAATTCTTCA GGTATGAGTTACGATTCACATCCTCATAATATGAGCACTCCTCCTGAATC TATGCCCTTACAAAGTCCGCATTACATGACTCATGGACATCCAACTATGG ACTACGGAACGGGGTATCCTGGTAGTTTTCCTATGCATCAAAACCCGGAC ATGGTCGGAAACCCGATGGCTGGTCCACCGGATATGATCCCACCACCGAA CTTTGTTGATTATCAATATCAACAACAAATGTTTTATTCACGTGAAAACC GTAGACCACGCCGTATAGCTTGCACGTGCCCGAATTGCCGTGACGGAGAA AATAAAACTGTTACAACCAAAGACGGGAAACAACGCAAACTACATATTTG TCATATACCTGGATGCGGTAAGGAATACGGGAAAACGAGTCATTTACGTG CGCATTTACGGTGGCACGCAGGCGAACGGCCCTTCGCTTGTAACTGGTTG TTTTGTAATAAACGTTTTACGAGGTCAGACGAATTGCAAAGGCACCGACG TACTCATACTGGTGATAAGAGGTTTGAATGTAACGTTTGTTTGAAGAAAT TTATGCGTTCTGATCACTTATCAAAACATATGAAAACTCATCAAAGTCAA CAAAACAAACAACAAAATAAACAAGATAAATTATCGACTAATGATAATAA TGCTATTGAAAAGAACATGGCTGCTGTCTCTAAAGGCACTCCAATAAATA AACAACAAACTATGATCACCTCTGATCATCAAGCTTCGGTCGTTCACCAT CATCATCATTTGGACCAAAAGTCAACAAATAATTTAGGATTACCAGACGT AATGAATTTATGATTTTGTGTATTTTTTTGAAATTTTTTTGT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:2780473..2821264-

>MSTRG.1396.2.p2 ID=MSTRG.1396.2.p2|Name=MSTRG.1396.2.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1818bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2780473..2821264- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GACGAAGTAGACCTTGCTTTGATAGAAGAAAGTGGAACAATGAACTCGAT
GACCCTGACCGACCAAACAGTAGACTGGAACGAAGTCGACCGCATTTTAA
ACGAATAAGAGAACAGAGACACCAGGTGATATTTTACCATCAACAACATA
TCGTTCTCAGCCCAAGCAACAAGAAAGAGAGAGTGGTGGTCACACTGCAA
ATAAAGAAGATTTGAAAACACTTTTAGTTTCGTACGGTTTAGAGGTTGAC
CATGGATTGTTTGAAAGAAATTCTGAAACATCCAAATTATTAATGCGGAA
AACGGCCTTGATAGCAGATGTTGTACGCAAAGATCGGTCCAAGATCCGGC
AACAAACGTCAAAGATAAAAGCGAGTGATAAATCACCCAAAAAACCAAAC
AATAGACTTTTGGAGATGTCACTCCAATCAACCAACACCCTTTTGGATCA
AAGTTTCGAGCTGGTTAATTCCGGTGCAGGAAGTCCTCGTATTCAAGTAC
ACCCGGACGAATTTGTTACCGGGAAAACGTATAACCGATACCAGCGACAC
AAATCCCCGCTCGATCGATCGCTCGAAGCAACCAATTGGAAAAAGCTTGT
CAATAGGACGAAGTAGACCTTGCTTTGATAGAAGAAAGTGGAACAATGAA
CTCGATGACCCTGACCGACCAAACAGTAGACTGGAACGAAGTCGACCGCA
TTTTAAACGAATAAGAGAACAGAGACACCAGGTGATATTTTACCATCAAC
AACATATCGTTCTCAGCCCAAGCAACAAGAAAGAGAGAGTGGTGGTCACA
CTGCAAATAAAGAAGATTTGAAAACACTTTTAGTTTCGTACGGTTTAGAG
GTTGACCATGGATTGTTTGAAAGAAATTCTGAAACATCCAAATTATTAAT
GCGGAAAACGGCCTTGATAGCAGATGTTGTACGCAAAGATCGGTCCAAGA
TCCGGCAACAAACGTCAAAGATAAAAGCGAGTGATAAATCACCCAAAAAA
CCAAACAATAGACTTTTGGAGATGTCACTCCAATCAACCAACACCCTTTT
GGATCAAAGTTTCGAGCTGGTTAATTCCGGTGCAGGAAGTCCTCGTATTC
AAGTACACCCGGACGAATTTGTTACCGGGAAAACGTATAACCGATACCAG
CGACACAAATCCCCGCTCGATCGATCGCTCGAAGCAACCAATTGGAAAAA
GCTTGTCAATAGGACGAAGTAGACCTTGCTTTGATAGAAGAAAGTGGAAC
AATGAACTCGATGACCCTGACCGACCAAACAGTAGACTGGAACGAAGTCG
ACCGCATTTTAAACGAATAAGAGAACAGAGACACCAGGTGATATTTTACC
ATCAACAACATATCGTTCTCAGCCCAAGCAACAAGAAAGAGAGAGTGGTG
GTCACACTGCAAATAAAGAAGATTTGAAAACACTTTTAGTTTCGTACGGT
TTAGAGGTTGACCATGGATTGTTTGAAAGAAATTCTGAAACATCCAAATT
ATTAATGCGGAAAACGGCCTTGATAGCAGATGTTGTACGCAAAGATCGGT
CCAAGATCCGGCAACAAACGTCAAAGATAAAAGCGAGTGATAAATCACCC
AAAAAACCAAACAATAGACTTTTGGAGATGTCACTCCAATCAACCAACAC
CCTTTTGGATCAAAGTTTCGAGCTGGTTAATTCCGGTGCAGGAAGTCCTC
GTATTCAAGTACACCCGGACGAATTTGTTACCGGGAAAACGTATAACCGA
TACCAGCGACACAAATCCCCGCTCGATCGATCGCTCGAAGCAACCAATTG
GAAAAAGCTTGTCAATAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1396MSTRG.1396Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1396.2.p2.exon7MSTRG.1396.2.p2.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1396.2.p2.exon6MSTRG.1396.2.p2.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1396.2.p2.exon5MSTRG.1396.2.p2.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1396.2.p2.exon4MSTRG.1396.2.p2.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1396.2.p2.exon3MSTRG.1396.2.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1396.2.p2.exon2MSTRG.1396.2.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1396.2.p2.exon1MSTRG.1396.2.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1396.2.p2MSTRG.1396.2.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000006_pilongenomesc0000006_pilon:2780473..2821264 -