MSTRG.13930.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13930.2.p1
Unique NameMSTRG.13930.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000114_pilon:11869..27202-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13930.2.p1 ID=MSTRG.13930.2.p1|Name=MSTRG.13930.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15334bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:11869..27202- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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ATAACTTCTAGTCAAATACGATAAATATACGAGCTCTTAACTTTTTCCAT AATTTTTCAAAGCTTGTAAGACGATTATTTTAGGTTGGTATTAAAAGGTT TTTTCTAGCCCTAAAACTCGATAAAAAATAAACCATCAATTTTTAATGGT AAAATGTAGACAAAATGGTTCAAAATCTTTTGTAATAGATTTAGAACGCC ATGGACACAGCGTATTTTTCTTTGTATATTAAGGGGGATCAGCCACTGAC CTTTATATATCCCTGGACCAAGCAATATCCGCCATCTTTGATTGGAGTTT TTTAGAATTGGTACCCGAGAAGAAGCCATTGCAATGTTAAAAATTAACGT CTAACGCCGCTACATCACCAAAAGAATTTGAGAAAAAGTAGACCTAGCGC TCTCGATGCATTAACACCGCTATCGAGTAGTGCCGCCTTTAGGGTTACAC TTTTCAAAAAACTCCGATCAAAGATTTTGCTTGGCTGGGATTGAGAAGCT TGGTCCAGGGTATATAAAGGTCAGTGGGATCAGCGAAAAATCTGGACATT TCTGACGTCACTTTTTGAAAACTAGAAAGAAGATAACACAGTGCTAACCT GACGTTAAAATATTTACAATTACGATTTCAGCCATATTTTCTTTTGCAGA TGGAGGCATTTGCTTTGATTGAATCTCGATGTTTTTCTGGCTTGTCATAC TAATTGGTTCTCTGAAGTTTTCGTACCAAGAGGTTTATCTTGCATCATGT GAAATACGTTATGATATCCGTCACTACTTCAACCATACGTGTGAAGAAGT TTACAAATTACAGCCCGTGTGCAATCGAACTTTGCAAGTAGCGTACTCGA ATTTTCCACCATACGCTTTTGAAGATAAAGATGGAAAAGTTCAGGGTTTT ATACCAGGTATGTGTAAAACTGAAGTTCTTAATTTTACTAGCAAGTTTGT 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TCAGCTGTTTGGATTTTCGTTGGTGTCACCTTCTTTGGAATGTATTTGGG CACAATCACATCTGTTATGACAACAAACCTACAAACGAAAAGTGAATTCA AAATAAATGGACAGCCTGTAAGTATTTTTCCAGGGAATAACTGTAACACA CTATCGACCAACATTTTGTGACCTATCCCCTTAGAATCCCGGTTTGAAAT AGTCAAATTCTTAGCAATCTTAAATTCATTCAACAAAAACGACTCCCTCA ATAAGATGTGTATGGAAGCTTCCAAAGAATTTTCAATAGCTTATCACTTT TTTTCGAATGAGCCATATCCAGCTGAAACCATGAACATATAAACGACTGG AGACCCGCCACGGGACCTCTTCCAACTGGATAAGCTGGACATAATATCGT CCCATTGGAAAATTATACTCTAATTTATATCCATACTTAAAATAATCAGA TTGTGTTATTTTTTCCATCCCCACTGATTTTTTTGCTCAAAAACAATGAA GTTCAAATCCCCAGCCTTAAAAAACATGGGGATATCAATCCCCAACGAAT TTTGGTCCGTTATTTTTACCCATTATTTTACATTATTTTACCAACTGGCT GAAAAAATCCTACCGAGTCTTTGAGAAGGGGACGTTTTATGGTCATAATA TTCTTTTATAGATTGGTGTTTTATCTTGGACAACCGCGCCTATACAAAAT GTCGTACATAATCATGCAATACCTAAAGGTTGGCATTCTAATTATTTTAT CGAAAGTCATTCTTGAGAAATCGAAACCGAACATCATATATATATAGATC ATAATTACCCTGAACTCTCTGTAGCTAAAATGTCCGCCATTGTTGTAAGA AATAATGAGGATGCAGATTTTGATAGACATTCTAATACAACTGTCAACCT TCAAAAGCGTGTTTCTTCTCTGAAAATTTCGGTCCAATACCTTTTGTGGC 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CAATATTTGGACCTCCCGGTGGTGGCGATTAATCAGTCATTTCAATCCTC TCTTAGGAGGCCCCCTCTCATGCTTCGGCTGAAATTTATTTTGTGCAAAT ACTGAAAAAGACTATCAATGGAAATTATTTATAT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000114_pilon:11869..27202-

>MSTRG.13930.2.p1 ID=MSTRG.13930.2.p1|Name=MSTRG.13930.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=6867bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000114_pilon:11869..27202- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GGTAATTCAAACACAACGACTATGACGAGCTGGGAAGCAGAACAACTCAA
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ATTGGAATAAACATTTATGTTAATAGAGGGCTTGATGGATTGTCAGCACC
CTCTGCTGGTTTCGGAATGCAAGAGAGACCACATGTTCAAAACACTCCAA
GATTAAGTAAATGGAATACAAAAGCAATCTATACGACTTCGAGCGAATCT
GGTCATGAACTACATGAATTATACGACATGGACGATATATAGGAATCGCA
CTTGACAAATGGATGTCCGAATACTTCTTACCAGAAATCAAGAAAGCTGT
TCCGAAAGCTAAGATCCAAAAGCACTCAATACCATTGGATTCTGGTATAG
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AGACAAAACGTTGACAATATGAAAAAGCTTTGGTTTGATATTGCGCTCGG
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GGGCAAAATACATGATTGGTGTTTTATCTTGGACAACCGCGCCTATACAA
AATGTCGTACATAATCATGCAATACCTAAAGGTATGGCGATACAATTCCA
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CACCTTCTTTGGAATGTATTTGGGCACAATCACATCTGTTATGACAACAA
ACCTACAAACGAAAAGTGAATTCAAAATAAATGGACAGCCTGATAACAGA
TCGAGTGGAACGCAATTCCCAAGTACATGGATCGGTTTATTCGAAGGAGT
TTGGTTTGCTTATGTGTCAATGACGACATTAGGATGTTAATCTTTATGGC
ATTTGGGGCTGGCTCATTGGTTTGGGTTTTGGGTAATTCAAACACAACGA
CTATGACGAGCTGGGAAGCAGAACAACTCAATGCAGCAGTTAAAGATGAG
GAAATTGACGTCTTATTCACAACAGAACATATATCGTTCCCTTTATGTTT
GATTTCTATGGCAGTTCTTACTTTGGTCTGCATTGGAATAAACATTTATG
TTAATAGAGGGCTTGATGGATTGTCAGCACCCTCTGCTGGTTTCGGAATG
CAAGAGAGACCACATGTTCAAAACACTCCAAGATTAAGTAAATGGAATAC
AAAAGCAATCTATACGACTTCGAGCGAATCTGGTCATGAACTACATGAAT
TATACGACATGGACGATATATAGGAATCGCACTTGACAAATGGATGTCCG
AATACTTCTTACCAGAAATCAAGAAAGCTGTTCCGAAAGCTAAGATCCAA
AAGCACTCAATACCATTGGATTCTGGTATAGGCTTTATAACACATTATGA
AGATATTTTCAAAATGAAACAATTGTTTCACAGACAAAACGTTGACAATA
TGAAAAAGCTTTGGTTTGATATTGCGCTCGGATTCAATGGGAATATGAAA
CGGTAGAAGAATTGATAGAAGCTTTCAAAATGGGCAAAATACATGATTGG
TGTTTTATCTTGGACAACCGCGCCTATACAAAATGTCGTACATAATCATG
CAATACCTAAAGGTATGGCGATACAATTCCACAAGGCTGGACAGCAAGAT
TATTTTCAGCTGTTTGGATTTTCGTTGGTGTCACCTTCTTTGGAATGTAT
TTGGGCACAATCACATCTGTTATGACAACAAACCTACAAACGAAAAGTGA
ATTCAAAATAAATGGACAGCCTGATAACAGATCGAGTGGAACGCAATTCC
CAAGTACATGGATCGGTTTATTCGAAGGAGTTTGGTTTGCTTATGTGTCA
ATGACGACATTAGGATGTTAATCTTTATGGCATTTGGGGCTGGCTCATTG
GTTTGGGTTTTGGGTAATTCAAACACAACGACTATGACGAGCTGGGAAGC
AGAACAACTCAATGCAGCAGTTAAAGATGAGGAAATTGACGTCTTATTCA
CAACAGAACATATATCGTTCCCTTTATGTTTGATTTCTATGGCAGTTCTT
ACTTTGGTCTGCATTGGAATAAACATTTATGTTAATAGAGGGCTTGATGG
ATTGTCAGCACCCTCTGCTGGTTTCGGAATGCAAGAGAGACCACATGTTC
AAAACACTCCAAGATTAAGTAAATGGAATACAAAAGCAATCTATACGACT
TCGAGCGAATCTGGTCATGAACTACATGAATTATACGACATGGACGATAT
ATAGGAATCGCACTTGACAAATGGATGTCCGAATACTTCTTACCAGAAAT
CAAGAAAGCTGTTCCGAAAGCTAAGATCCAAAAGCACTCAATACCATTGG
ATTCTGGTATAGGCTTTATAACACATTATGAAGATATTTTCAAAATGAAA
CAATTGTTTCACAGACAAAACGTTGACAATATGAAAAAGCTTTGGTTTGA
TATTGCGCTCGGATTCAATGGGAATATGAAACGGTAGAAGAATTGATAGA
AGCTTTCAAAATGGGCAAAATACATGATTGGTGTTTTATCTTGGACAACC
GCGCCTATACAAAATGTCGTACATAATCATGCAATACCTAAAGGTATGGC
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TTTCGTTGGTGTCACCTTCTTTGGAATGTATTTGGGCACAATCACATCTG
TTATGACAACAAACCTACAAACGAAAAGTGAATTCAAAATAAATGGACAG
CCTGATAACAGATCGAGTGGAACGCAATTCCCAAGTACATGGATCGGTTT
ATTCGAAGGAGTTTGGTTTGCTTATGTGTCAATGACGACATTAGGATGTT
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TAAACATTTATGTTAATAGAGGGCTTGATGGATTGTCAGCACCCTCTGCT
GGTTTCGGAATGCAAGAGAGACCACATGTTCAAAACACTCCAAGATTAAG
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AATGGATGTCCGAATACTTCTTACCAGAAATCAAGAAAGCTGTTCCGAAA
GCTAAGATCCAAAAGCACTCAATACCATTGGATTCTGGTATAGGCTTTAT
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GGACAGCAAGATTATTTTCAGCTGTTTGGATTTTCGTTGGTGTCACCTTC
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AACGAAAAGTGAATTCAAAATAAATGGACAGCCTGATAACAGATCGAGTG
GAACGCAATTCCCAAGTACATGGATCGGTTTATTCGAAGGAGTTTGGTTT
GCTTATGTGTCAATGACGACATTAGGATGTTAATCTTTATGGCATTTGGG
GCTGGCTCATTGGTTTGGGTTTTGGGTAATTCAAACACAACGACTATGAC
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GACCACATGTTCAAAACACTCCAAGATTAAGTAAATGGAATACAAAAGCA
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CAATACCATTGGATTCTGGTATAGGCTTTATAACACATTATGAAGATATT
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GCTTTGGTTTGATATTGCGCTCGGATTCAATGGGAATATGAAACGGTAGA
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TTTTGGGTAATTCAAACACAACGACTATGACGAGCTGGGAAGCAGAACAA
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TCTGCATTGGAATAAACATTTATGTTAATAGAGGGCTTGATGGATTGTCA
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GAATGCAAGAGAGACCACATGTTCAAAACACTCCAAGATTAAGTAAATGG
AATACAAAAGCAATCTATACGACTTCGAGCGAATCTGGTCATGAACTACA
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GTCCGAATACTTCTTACCAGAAATCAAGAAAGCTGTTCCGAAAGCTAAGA
TCCAAAAGCACTCAATACCATTGGATTCTGGTATAGGCTTTATAACACAT
TATGAAGATATTTTCAAAATGAAACAATTGTTTCACAGACAAAACGTTGA
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TGAAACGGTAGAAGAATTGATAGAAGCTTTCAAAATGGGCAAAATACATG
ATTGGTGTTTTATCTTGGACAACCGCGCCTATACAAAATGTCGTACATAA
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AAGATTATTTTCAGCTGTTTGGATTTTCGTTGGTGTCACCTTCTTTGGAA
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AGTGAATTCAAAATAAATGGACAGCCTGATAACAGATCGAGTGGAACGCA
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TGTCAATGACGACATTAGGATGTTAATCTTTATGGCATTTGGGGCTGGCT
CATTGGTTTGGGTTTTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13930MSTRG.13930Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13930.2.p1MSTRG.13930.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13930.2.p1.exon8MSTRG.13930.2.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13930.2.p1.exon7MSTRG.13930.2.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13930.2.p1.exon6MSTRG.13930.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13930.2.p1.exon5MSTRG.13930.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13930.2.p1.exon4MSTRG.13930.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13930.2.p1.exon3MSTRG.13930.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13930.2.p1.exon2MSTRG.13930.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13930.2.p1.exon1MSTRG.13930.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000114_pilongenomesc0000114_pilon:11869..27202 -