MSTRG.13879.7.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13879.7.p1
Unique NameMSTRG.13879.7.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000113_pilon:489663..505277-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13879.7.p1 ID=MSTRG.13879.7.p1|Name=MSTRG.13879.7.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15615bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:489663..505277- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TGTCGTGGTTATTTGTTACCAAAATTTCTAGAAGAATTGGACTTTGACTA AATCTTTATCAGTCAGAGTCCGGGGGGGGGGGGTACTTGGTTTTCAAGGT GACGGGTATGTACGAGCCCAAAATCGAAAATCGACCCTTAGAGAAAGAAA AGATTGATGTTTTTGGGACGCTTAGAGAGACTTTTCTGAAAGTTTTTGAA AATGTTCACTCGACTTTAGTCCAAATTTTGGAAAATCACAACCCGTTTTG AGAGAGGAATTTTCGATTTTCGTGAATTTTGGACCCTTAGAGATAGACTC AATTTTCTTTCGCACATAGCCGGCACCCATTTTGCCTAAGTACCATCCCC CCTTCCTCCACGAGTCGAAATGCACTTTAGAAAATTAAATACTGAAAATA CATAGCTTACCTTATCTGAAATTCTTTTAGCATATATATTTTTCTCAGAA CTTACTCAGACTCATATTGTCCCGATGGGATGACACTGGCTTTCTGGATT CGTATTTTACGCGGGGATGAAAACAGAGACGGTTTCATGCTGCTTATTGG TCAAGGATCTGATGATGATGCTGCTGGTATAGTCATTAATGTTAAGCCTT ACAGAAAGGAGTTAAACATCTACATCAAGCTCCTTAACAACCGATTGAAA TGTCAATTTACGAATATTCCCAACGATATTTATCGCCAATGGTTTTTCTT GAGCATGTCTTTCCAAAGAACGCCTTCAACAAAAATGGTTTGCTTTATGA ATGAGGATCGTGTGGAGGTGACAACATACAGTGCAACTACTTCTAGTCCA CCCGCGTCTCGATTCTTCGCTGGTGATCGAGGCAAATTCATGTTGGATGA TATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCGACTGATGAAATTATTTCAACTATTT ATGATAAAAGTAAGTTTTTACGTATTGGTTCTTCCAGAAGCTCTAATTTT CCCGGCTTTATACACCTTTTCGAGCGTAGCCGCCAATTGCTGCGCAGGCA TTTTTTTTGTCCGTTTTACCACCCTAAAACCGTCCCTGTCTTTTTTCGCA CCTATAGACAATATAAGAAAAGAAAAAAAAAGGATTGGATCGAGTTTAGG GTGGTAAATTAAATGATAAAGTGGCAAGTGCCTGACCGCTCGACTACGGT TGAAAAGGTGTATTGGGCTGCTCCATTAAAAATTCTTACAGAGGGTTGTA CGAACCTTTTTACGTCAAAAAGATTGAAAATGTATGGATACCCTCTGGAA AATGGCAAAGTTTTCAAAAAGACCCTTGGATTAATTCTTTTTCTATATTT CTAAGTGAGGGTGGACGAACTAAAATCAGTCTGGAACCCCGTGAAAATTT CAAAATAAATCTTTACTCCCTAGAAAAATGAGTAAACACTCTTTAGATGC CCTGCAAATTCTTCTCGAATTGGAAATGTTCGTCCATCCCCCTGTATGGA TATAAAATGGAATGGACCATTTTTAGATGGTAACATAATAGAAGCCTTAT AGACTAGGGCCTGTTTCTTTTTTAGGTTGATGTCTGTCTGTCTAAATTAA AAGTTTTTTTTTTGCCGAAATTTACCATGAAACATGATTTATTTTTGACG TATCTTTTCACTTTTACAATTTTCACATGAATTCTCACTTAAGGCAATTT TTCGATTTTACACCAACTTAAATGGCATAATTTTTGCATTTTAAAAAGAT TAATGTATAACTTTTCTTATGTGTGCCTTTTTACCTACCTTTTTAGAATC TAAAAATCTAAAAAATTGAAAATGAAAGAATTAAATAAAGACGAAAACGA AGAGTTTTTCGAAGAAGAGTATTTCACCTTTCAAAGCCCTAATCTCGGTA AAAATCAAACATTTTGGAATATTTTTTGGTTTAGGTGATGTATCTATTTG 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GTTTTATTATTTAAATCGCGATGAAAAAAGCGGTTCTCGTCTGACAGGCT AGAGCTTCAAACGTTTAAAGTGACGTCAAAAAAATGGAATGTTTAGAGCC CGAAAACCTGGGCTAAAAAACATTCGAAAAAATCGCAAAGTGGAATAGAC GTTGCCTGTACCAGACGACCACGGCTTTTTCCTTGACACCTCGATTACAG AAATCGCGTGTTGGGATATTGATAGGCTAGAATAGACGTTACAGCGTACA AAATGTTGAGACATCTAGTATAGGCTAAGTTTCTACCGTCTCAACAAAGT CTCATCTTAGGTCGGAAAACTTTTAGTGTAAAATCCGTACGGGATCCGTT TACATATCTTTTAACGATTTGAAGATATAATCCAAAAAGTATATGTTTCG TGTTTTTTTTAAGGTAACAAATCCTACATTTACGACTACCATATTAAGAC ACAATCCAATCAGTTCTAGGTCGAATAATCTACAATCATGGTCGTAATAT TTTAGAAAAAAGGGAATTTCACACGAATTTTCAAAACCACAAACGATTTG GAAGTGCTCTAGGACCTTAGGATCTGAGGATCCAAAAGTTAAAAATAGTC CAATAAGGCTCAGAATATAGTCTGGAGGAGATGGCCCAAAATCGACTTTC CCGCCCGAACTCCAAATTTCGAAAAAAGAGGAAATAAGATATAAGAAATA AGAAATTTTCAATATATTTTAACCATGATTGTTGATACAATTTTGATACA AGACCAGATTCAAATTTTATGCATGAATATAGAAAGCACATTCAAGTCTT CATTTTAGAGTTCGATTATTTGTACTGAGACTTTTTTTATATGGAACCTG TGATTTTTTTAAATCTTCATTTCAGCCAAATCAAACTAAGCTAACCGGGT TTGACAGGATGGAGTTAATACCTACGATAAACTGACTGTTGTATACGAAG 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ATTGACTCAAAAATCCATTACTTTTTAGGAAAAATTGAGGTATATTAAGG TTATATCCGATGTTCTAGCAATTCAGGCTCGCCAATGTTCTTAAATAGTT TCTTTTTTTACGATTTTGAGCCTCATTGCTGTCATAAAAGAAGAGTGTAC AAAAATCATCTACTTATACTGGAATTGATTTTCGCGAGATTAAATTCTGC TGATTCTGCGGATATGGTTGTCATCCGCGAAAATCAGCCCCATCGGCTCC AATTTCAACATGTTTAACGCCATCTAAGAATCTAAGAAGCGCTAATAACG GGTATTTCACAACAAGCATGCATAGTTTGACAGTAAAATAGCAAAAGTAG CATAAAATCGTGAAAATATTATCTCACAACAAAGTCATCCGCGAAATTAA GTCCCGCAAAATCTGAAAAATTTGCGGATGTGCTCAACCACGAAATTGAA TCCCAGCAAAAATTAATCCCAAGTAAAGTAAAGTAACGACAAAGAAATAA GAACTTTAACTGTAGTTTCTTCTCAAGTAAAAAATATTATATCCAGACCC TTCCAGCTCTTGTTTTTGTTTTCTCATAAAATATTTAAAGACACGCCCCC GCAATGTTACTTTGTTACCAAGATACCGAATTTATATACAGATACGAAAT TTAAGATTTAAGAAAATTTAAATGAAAGTCATTCCAAAACAATCAAATTT TCATTTTATTTTACAACATCAATAATTCAAGAATACATCATACACATTTG GTAATCAGACAGTTTATGACAAACTATTTTGCTTTTTAAAAATTGCTAAA TTTTAATAAACATTTATGACTCCGGTGAGCAGAAAATATGTTTTTCATTG CGTAAAGATTTTTTTCTGGTGTCAAACATGTTAAGGATTTTAACCAGGTA TGTAAAATTTTTTAAACCGTTTGATAAATTCATTTGACTACACGATTTTT 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AAACAAGGAGAGATAATAAGCTGAAAGATACGAGAGGTTCAATCTTTGAG CAGTCAGCTTATTTGCAATGAAAATGCATGGTCACAAACATACTTTACTG AAGACAATGCTTCAAACTGTATCACTTGGCAAACTGCTTGTCTAGTTGGT AACAAATGGTGCGATAAGATGGGAATAAGCAGTCAATCTTTTCAAGGTAT ATTTTACACAATAAGTATTTTAAATGCACATTTTCATTCATTTAGTATTT AGTATTTATTTCATCTAGAAGCTTTCACTAGCTTTCAGTAGATCTTAATG TATGTACTGTATTATATTAAGATGACTTGTAGCCCGGATCCCGGTTAAAG GATTTTTTGTTATTTGTTATTTTTGTTTTTTTCTTTCAAAATGGCGACCT CGTCAAATACTTCTA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000113_pilon:489663..505277-

>MSTRG.13879.7.p1 ID=MSTRG.13879.7.p1|Name=MSTRG.13879.7.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5865bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:489663..505277- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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ACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAGACAGAGATGGTT
ACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGATACTGGTATAGTC
ATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACATCAAGCTCTC
TAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACGATATTTATC
GCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACGCCTGAGAAAAAA
ATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGCATCCAGCAC
AAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCGATGAAGGCA
AATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCGACTGATGAA
ATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAACCCCTTAGAAGAGGACGGCTCGGT
TTATTTCACATTCGATGATGGACAAATGAAGAATTTGGGAAGAAGTGGCG
ATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATATATGATATAGCA
CGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAACTGTTTCGATTTTGG
AGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAAAATTCATTTTGTGAAGATGCACC
ATGTCAAAATATTGGAAAATGCGTTCCCGACTTTTCAACCAATGAAGGTG
TATGTGAATGTACCGGTTACTCGGGAAAATTCTGTCAGGATTTGGGCACT
TATTATTTTATCAATATGGAAGCTTAAACAAGCTCGAGAATTTTGTGAAA
AGACACAGTGCAAGCAGACATTTGGACGTCTACAAATTATTCATGGTTCC
TTGGTGAAAGTATCAGACAAGAAATTTGCATTATGGACGGCCAGTAAAAC
ACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGAAAGAGAACGTTCTTGTTCGGAAG
CTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGTGTAGGAGTGCTCATTTGGAAGCG
TTTCAATCAGAAGATACAACCTCCACTTGTGAGTTGTTCGTGGAAAATGT
TTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAGCACAATTCGTACTGATAGCACTG
GTTGGACCTCTTTTCATGTCTTGCCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTA
TCATATTGTGCTGGTGGGATGACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCG
CGGGGGTGAAGACAGAGATGGTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCA
AAATGAGTGATACTGGTATAGTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAA
GTAAACATCTACATCAAGCTCTCTAACACCCGATTGAAATGTCAATTTAC
GAATATTCCTAACGATATTTATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTT
ACCAAAAAACGCCTGAGAAAAAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGT
GTGGAGGTACCAGCATCCAGCACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAA
ATTCTTCCCTGGCGATGAAGGCAAATTCATGTTGGATGATATCCTCTATA
TTCCCAAGTTTTCGACTGATGAAATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAAC
CCCTTAGAAGAGGACGGCTCGGTTTATTTCACATTCGATGATGGACAAAT
GAAGAATTTGGGAAGAAGTGGCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATG
GTCTTGTTATATATGATATAGCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAAT
CTCACAAACTGTTTCGATTTTGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAA
AATTCATTTTGTGAAGATGCACCATGTCAAAATATTGGAAAATGCGTTCC
CGACTTTTCAACCAATGAAGGTGTATGTGAATGTACCGGTTACTCGGGAA
AATTCTGTCAGGATTTGGGCACTTATTATTTTATCAATATGGAAGCTTAA
ACAAGCTCGAGAATTTTGTGAAAAGACACAGTGCAAGCAGACATTTGGAC
GTCTACAAATTATTCATGGTTCCTTGGTGAAAGTATCAGACAAGAAATTT
GCATTATGGACGGCCAGTAAAACACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGA
AAGAGAACGTTCTTGTTCGGAAGCTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGT
GTAGGAGTGCTCATTTGGAAGCGTTTCAATCAGAAGATACAACCTCCACT
TGTGAGTTGTTCGTGGAAAATGTTTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAG
CACAATTCGTACTGATAGCACTGGTTGGACCTCTTTTCATGTCTTGCCAA
AACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGCTGGTGGGATGACACTG
GCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAGACAGAGATGGTTACGT
GCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGATACTGGTATAGTCATTA
ATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACATCAAGCTCTCTAAC
ACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACGATATTTATCGCCA
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TTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGCATCCAGCACAAGT
GCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCGATGAAGGCAAATT
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GACCTCTTTTCATGTCTTGCCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCAT
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AGAAGATACAACCTCCACTTGTGAGTTGTTCGTGGAAAATGTTTATGATC
ATTTGCCAAGTGTGTTGAGCACAATTCGTACTGATAGCACTGGTTGGACC
TCTTTTCATGTCTTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879MSTRG.13879Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879.7.p1MSTRG.13879.7.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879.7.p1.exon5MSTRG.13879.7.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.7.p1.exon4MSTRG.13879.7.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.7.p1.exon3MSTRG.13879.7.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.7.p1.exon2MSTRG.13879.7.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.7.p1.exon1MSTRG.13879.7.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000113_pilongenomesc0000113_pilon:489663..505277 -