MSTRG.13879.6.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13879.6.p1
Unique NameMSTRG.13879.6.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000113_pilon:489644..526291-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13879.6.p1 ID=MSTRG.13879.6.p1|Name=MSTRG.13879.6.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=36648bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:489644..526291- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AGCATGCTCTAACAAAAAAAATGAAAAATGAAAACCTATATATCGAATAA ATATTTCATTGGATTGGTACCACATTGTGATTATTTGGTTATGTCTTGGC AGATGTTACCACTCTGGTGATATGATTTCAATGTATGGATTTTCTAATGT ATTGGTTGCAGTTGAGCTGTCGGACAAATTGGTCAAATTGGAGCATGGTT TTTCGAGGCCTGAACTGTATCCGTAGTAAAGTGGGTTTTAAAAGTATGTG AACACTTTTTTATCTTTGTACGGTACAATATCTTTAAAATACAGCATTTA TGTACAGCATTTAGCCAATCAGATTGCTCATTTTTCTTGTTGACGATAAG CTACGTTAAATTGTTATTCACCGTTGAAAATACATTCAATGGTTTATTAA CCCAAAGATTTTTGAATAATAATTGACAAAAAAAGAGAAATAGAGATACT CATTAAAAAGTCATGACATAATTCTGTGTTGAATCACTGATTTCTTATTG TGTTCAGATCTTTTTGTATCGGCGATCCAAAAAAATATCTGCAATCTGAT TGGTTATAAAGAGTCCAATATATCTTGTATTCTACATGTAAAAATATGAA TTGACGAAGAGATGTTGTTGCATTGTAGTGGTGCTACTAACGTCACTTTG CTACAAAAGTACCCTGCGCTTTTTTCCAACACAAAAAGTGCATTTTTAGG GTCACCGATAAACCAGTTATCAGACCTTTGCTCGTACTATTTGGAAATTT TTACTCGTTCTGGTTTTTTCCGTATATTTTGCTCGCATAAACGCTCGGAA AATATTGTACGAAAAAATCTCGGAACTCGTAAAATATTTCTCATATTGTA CTCGCAACTGTCCGACAACTATTGCGTATCATATTTTTGATAAAACTGGG AAAATGGCCTTTTTCAGAAAATTAGCTGGAAAACTGGAATTGGGTACATT 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CTCTAAAGGAGAAAACCAATTTCTTTTATCGTAGAGAAAAAGTAGTTGCT ATTGCGCTGTAAGGTTGAAAAAGGCTGCAGAGGGTTTTCGAGGGTTGCCC GTTGGAGTGAAACAAAACAGCGTAAAAAACGGGATTTTTCGACAGGGGAG GCGTATATTCGTAGGTTGCGTTTATTTGACGGAGCCTTTATTGAAATTTT TTCCTCAAAGGAGGGACGTTTGAAAGAAGAGGGAGTTTTTTCGAAGAAAA ACGGTATGTTAAGATTAGAGCATTCGTTAAAAATGGCAAACAAAACGAAG AATAATACACAGTAAAGCGTATATTTTACACAATAAGTATTTTAAATGCA CATTTTCATTCATTTAGTATTTAGTATTTATTTCATCGAGAAGCTTTCAC TAGCTTTCAGTTTATCTTAATGTATGTACACGTTTTTTTATAAGAACATC GAAAAACTTAGGCCTAGGATGTTCTTAACTTTTTGAGTTTTAAGCCTAAA AATGTTCTTAAACTTGTTCTTGACATTTTGGCCATAGAAGCCTTATGTTC TTATATAGTCTGTTCTTATAAAGAAAACGTGTATGACGCTTTGAAATCAA CTATTTAATCGAATAAACAAAATTGTTTGAATATCCAAGCTAAGAAAACT TTTCATTATAATCAGATTACGATGATGCTGTAAAAAGCAGGAAAGGTCCC TGATAAACAGGGGGTTTGGGCCGAAAAAAAGTTCCAGATTCTAATAGACC GGGATGTATTGATCCTGATTGCTGGGGGTCTGAAACCCCCAATATTAGTA GACAAAGATTAGGCGATATCAGAGCAAAATTTGCTTTTTAAGTGTAAGAT ATTTTCAAGTAATTAATTAATTACCGTGTGGAGGGGTCTCTTATAAGATC TGGGGGTTGGTTGAAAAGCAGGTGATTGCAGGAATCCCTTTAAACACCTT TGATGGTAACCTTTCGAGGCTTTATGTTTAAGAAGAATCGTTGTATGAAC TCAAGTATTTACTTTCTTATTTAATCATTTATTTACTATTTCTACTTTTC AGCCAAAACAAACTAAACAAGGAGAGATAATAAGCTGAAAGATACGAGAG GTTCAATCTTTGAGCAGTCAGCTTATTTGCAATGAAAATGCATGGTCACA AACATACTTTACTGAAGACAATGCTTCAAACTGTATCACTTGGCAAACTG CTTGTCTAGTTGGTAACAAATGGTGCGATAAGATGGGAATAAGCAGTCAA TCTTTTCAAGGTATATTTTACACAATAAGTATTTTAAATGCACATTTTCA TTCATTTAGTATTTAGTATTTATTTCATCTAGAAGCTTTCACTAGCTTTC AGTAGATCTTAATGTATGTACTGTATTATATTAAGATGACTTGTAGCCCG GATCCCGGTTAAAGGATTTTTTGTTATTTGTTATTTTTGTTTTTTTCTTT CAAAATGGCGACCTCGTCAAATACTTCTAGTCTACTTTACTCAGTGTC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000113_pilon:489644..526291-

>MSTRG.13879.6.p1 ID=MSTRG.13879.6.p1|Name=MSTRG.13879.6.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=7218bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:489644..526291- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGCTGGTGGGATGAC
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ATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACATCAAGCTCTC
TAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACGATATTTATC
GCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACGCCTGAGAAAAAA
ATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGCATCCAGCAC
AAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCGATGAAGGCA
AATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCGACTGATGAA
ATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAACCCCTTAGAAGAGGACGGCTCGGT
TTATTTCACATTCGATGATGGACAAATGAAGAATTTGGGAAGAAGTGGCG
ATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATATATGATATAGCA
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AGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAAAATTCATTTTGTGAAGATGCACC
ATGTCAAAATATTGGAAAATGTGTTCCCGACTTTGCAACCAATCAAGGTG
TATGCGAATGTACCGGTTACTCGGGAAAATTCTGTCAAGATTTAGGATTA
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TGTGAGAAAGCACAATGCAAGCAGACGTTCGGTAGTTTAGATGTCATTCA
TGGTTCCTTGGTAAAAGTGTCAGACAAGAAATTTGCTTTATGGACGGCCA
GTAAAACACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGAAAGAGAACGTTCTTGT
TCGGAAGCTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGTGTAGGAGTGCTCATTT
GGAAGCGTTTCAATCAGAAGATACACCCTCCACTTGTGAGTTGTTCGCGG
AAAATGTTTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAGCACAATTCGAACTGAT
AGCCCTGGTTGGACTTCTTTTCATGTCTTGATGGCAATGATTCGTTTTTC
AAGCCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGCTGGTGGGAT
GACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAGACAGAGATG
GTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGATACTGGTATA
GTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACATCAAGCT
CTCTAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACGATATTT
ATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACGCCTGAGAAA
AAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGCATCCAG
CACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCGATGAAG
GCAAATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCGACTGAT
GAAATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAACCCCTTAGAAGAGGACGGCTC
GGTTTATTTCACATTCGATGATGGACAAATGAAGAATTTGGGAAGAAGTG
GCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATATATGATATA
GCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAACTGTTTCGATTT
TGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAAAATTCATTTTGTGAAGATGC
ACCATGTCAAAATATTGGAAAATGTGTTCCCGACTTTGCAACCAATCAAG
GTGTATGCGAATGTACCGGTTACTCGGGAAAATTCTGTCAAGATTTAGGA
TTACTCTGGTATGGATGCTTGCTCTAACCACAGGCACAAAATCACAAGAC
ACTTGTGAGAAAGCACAATGCAAGCAGACGTTCGGTAGTTTAGATGTCAT
TCATGGTTCCTTGGTAAAAGTGTCAGACAAGAAATTTGCTTTATGGACGG
CCAGTAAAACACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGAAAGAGAACGTTCT
TGTTCGGAAGCTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGTGTAGGAGTGCTCA
TTTGGAAGCGTTTCAATCAGAAGATACACCCTCCACTTGTGAGTTGTTCG
CGGAAAATGTTTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAGCACAATTCGAACT
GATAGCCCTGGTTGGACTTCTTTTCATGTCTTGATGGCAATGATTCGTTT
TTCAAGCCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGCTGGTGG
GATGACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAGACAGAG
ATGGTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGATACTGGT
ATAGTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACATCAA
GCTCTCTAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACGATA
TTTATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACGCCTGAG
AAAAAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGCATC
CAGCACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCGATG
AAGGCAAATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCGACT
GATGAAATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAACCCCTTAGAAGAGGACGG
CTCGGTTTATTTCACATTCGATGATGGACAAATGAAGAATTTGGGAAGAA
GTGGCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATATATGAT
ATAGCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAACTGTTTCGA
TTTTGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAAAATTCATTTTGTGAAGA
TGCACCATGTCAAAATATTGGAAAATGTGTTCCCGACTTTGCAACCAATC
AAGGTGTATGCGAATGTACCGGTTACTCGGGAAAATTCTGTCAAGATTTA
GGATTACTCTGGTATGGATGCTTGCTCTAACCACAGGCACAAAATCACAA
GACACTTGTGAGAAAGCACAATGCAAGCAGACGTTCGGTAGTTTAGATGT
CATTCATGGTTCCTTGGTAAAAGTGTCAGACAAGAAATTTGCTTTATGGA
CGGCCAGTAAAACACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGAAAGAGAACGT
TCTTGTTCGGAAGCTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGTGTAGGAGTGC
TCATTTGGAAGCGTTTCAATCAGAAGATACACCCTCCACTTGTGAGTTGT
TCGCGGAAAATGTTTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAGCACAATTCGA
ACTGATAGCCCTGGTTGGACTTCTTTTCATGTCTTGATGGCAATGATTCG
TTTTTCAAGCCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGCTGG
TGGGATGACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAGACA
GAGATGGTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGATACT
GGTATAGTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACAT
CAAGCTCTCTAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACG
ATATTTATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACGCCT
GAGAAAAAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGC
ATCCAGCACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCG
ATGAAGGCAAATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCG
ACTGATGAAATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAACCCCTTAGAAGAGGA
CGGCTCGGTTTATTTCACATTCGATGATGGACAAATGAAGAATTTGGGAA
GAAGTGGCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATATAT
GATATAGCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAACTGTTT
CGATTTTGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAAAATTCATTTTGTGA
AGATGCACCATGTCAAAATATTGGAAAATGTGTTCCCGACTTTGCAACCA
ATCAAGGTGTATGCGAATGTACCGGTTACTCGGGAAAATTCTGTCAAGAT
TTAGGATTACTCTGGTATGGATGCTTGCTCTAACCACAGGCACAAAATCA
CAAGACACTTGTGAGAAAGCACAATGCAAGCAGACGTTCGGTAGTTTAGA
TGTCATTCATGGTTCCTTGGTAAAAGTGTCAGACAAGAAATTTGCTTTAT
GGACGGCCAGTAAAACACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGAAAGAGAA
CGTTCTTGTTCGGAAGCTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGTGTAGGAG
TGCTCATTTGGAAGCGTTTCAATCAGAAGATACACCCTCCACTTGTGAGT
TGTTCGCGGAAAATGTTTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAGCACAATT
CGAACTGATAGCCCTGGTTGGACTTCTTTTCATGTCTTGATGGCAATGAT
TCGTTTTTCAAGCCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGC
TGGTGGGATGACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAG
ACAGAGATGGTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGAT
ACTGGTATAGTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTA
CATCAAGCTCTCTAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTA
ACGATATTTATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACG
CCTGAGAAAAAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACC
AGCATCCAGCACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTG
GCGATGAAGGCAAATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTT
TCGACTGATGAAATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAACCCCTTAGAAGA
GGACGGCTCGGTTTATTTCACATTCGATGATGGACAAATGAAGAATTTGG
GAAGAAGTGGCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATA
TATGATATAGCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAACTG
TTTCGATTTTGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAAAATTCATTTTG
TGAAGATGCACCATGTCAAAATATTGGAAAATGTGTTCCCGACTTTGCAA
CCAATCAAGGTGTATGCGAATGTACCGGTTACTCGGGAAAATTCTGTCAA
GATTTAGGATTACTCTGGTATGGATGCTTGCTCTAACCACAGGCACAAAA
TCACAAGACACTTGTGAGAAAGCACAATGCAAGCAGACGTTCGGTAGTTT
AGATGTCATTCATGGTTCCTTGGTAAAAGTGTCAGACAAGAAATTTGCTT
TATGGACGGCCAGTAAAACACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGAAAGA
GAACGTTCTTGTTCGGAAGCTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGTGTAG
GAGTGCTCATTTGGAAGCGTTTCAATCAGAAGATACACCCTCCACTTGTG
AGTTGTTCGCGGAAAATGTTTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAGCACA
ATTCGAACTGATAGCCCTGGTTGGACTTCTTTTCATGTCTTGATGGCAAT
GATTCGTTTTTCAAGCCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTG
TGCTGGTGGGATGACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTG
AAGACAGAGATGGTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGT
GATACTGGTATAGTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACAT
CTACATCAAGCTCTCTAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTC
CTAACGATATTTATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAA
ACGCCTGAGAAAAAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGT
ACCAGCATCCAGCACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCC
CTGGCGATGAAGGCAAATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAG
TTTTCGACTGATGAAATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAACCCCTTAGA
AGAGGACGGCTCGGTTTATTTCACATTCGATGATGGACAAATGAAGAATT
TGGGAAGAAGTGGCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTT
ATATATGATATAGCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAA
CTGTTTCGATTTTGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAAAATTCATT
TTGTGAAGATGCACCATGTCAAAATATTGGAAAATGTGTTCCCGACTTTG
CAACCAATCAAGGTGTATGCGAATGTACCGGTTACTCGGGAAAATTCTGT
CAAGATTTAGGATTACTCTGGTATGGATGCTTGCTCTAACCACAGGCACA
AAATCACAAGACACTTGTGAGAAAGCACAATGCAAGCAGACGTTCGGTAG
TTTAGATGTCATTCATGGTTCCTTGGTAAAAGTGTCAGACAAGAAATTTG
CTTTATGGACGGCCAGTAAAACACTCTCCTTCACAGGGAGTCAAGAAGAA
AGAGAACGTTCTTGTTCGGAAGCTTGTGTAAAAGAAGGAAAAGACGTGTG
TAGGAGTGCTCATTTGGAAGCGTTTCAATCAGAAGATACACCCTCCACTT
GTGAGTTGTTCGCGGAAAATGTTTATGATCATTTGCCAAGTGTGTTGAGC
ACAATTCGAACTGATAGCCCTGGTTGGACTTCTTTTCATGTCTTGATGGC
AATGATTCGTTTTTCAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879MSTRG.13879Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879.6.p1MSTRG.13879.6.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879.6.p1.exon7MSTRG.13879.6.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.6.p1.exon6MSTRG.13879.6.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.6.p1.exon5MSTRG.13879.6.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.6.p1.exon4MSTRG.13879.6.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.6.p1.exon3MSTRG.13879.6.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.6.p1.exon2MSTRG.13879.6.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.6.p1.exon1MSTRG.13879.6.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000113_pilongenomesc0000113_pilon:489644..526291 -