MSTRG.13879.4.p3 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13879.4.p3
Unique NameMSTRG.13879.4.p3
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000113_pilon:489134..526291-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13879.4.p3 ID=MSTRG.13879.4.p3|Name=MSTRG.13879.4.p3|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=37158bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:489134..526291- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AGCATGCTCTAACAAAAAAAATGAAAAATGAAAACCTATATATCGAATAA ATATTTCATTGGATTGGTACCACATTGTGATTATTTGGTTATGTCTTGGC AGATGTTACCACTCTGGTGATATGATTTCAATGTATGGATTTTCTAATGT ATTGGTTGCAGTTGAGCTGTCGGACAAATTGGTCAAATTGGAGCATGGTT TTTCGAGGCCTGAACTGTATCCGTAGTAAAGTGGGTTTTAAAAGTATGTG AACACTTTTTTATCTTTGTACGGTACAATATCTTTAAAATACAGCATTTA TGTACAGCATTTAGCCAATCAGATTGCTCATTTTTCTTGTTGACGATAAG CTACGTTAAATTGTTATTCACCGTTGAAAATACATTCAATGGTTTATTAA CCCAAAGATTTTTGAATAATAATTGACAAAAAAAGAGAAATAGAGATACT CATTAAAAAGTCATGACATAATTCTGTGTTGAATCACTGATTTCTTATTG TGTTCAGATCTTTTTGTATCGGCGATCCAAAAAAATATCTGCAATCTGAT TGGTTATAAAGAGTCCAATATATCTTGTATTCTACATGTAAAAATATGAA TTGACGAAGAGATGTTGTTGCATTGTAGTGGTGCTACTAACGTCACTTTG CTACAAAAGTACCCTGCGCTTTTTTCCAACACAAAAAGTGCATTTTTAGG GTCACCGATAAACCAGTTATCAGACCTTTGCTCGTACTATTTGGAAATTT TTACTCGTTCTGGTTTTTTCCGTATATTTTGCTCGCATAAACGCTCGGAA AATATTGTACGAAAAAATCTCGGAACTCGTAAAATATTTCTCATATTGTA CTCGCAACTGTCCGACAACTATTGCGTATCATATTTTTGATAAAACTGGG AAAATGGCCTTTTTCAGAAAATTAGCTGGAAAACTGGAATTGGGTACATT 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CTCTAAAGGAGAAAACCAATTTCTTTTATCGTAGAGAAAAAGTAGTTGCT ATTGCGCTGTAAGGTTGAAAAAGGCTGCAGAGGGTTTTCGAGGGTTGCCC GTTGGAGTGAAACAAAACAGCGTAAAAAACGGGATTTTTCGACAGGGGAG GCGTATATTCGTAGGTTGCGTTTATTTGACGGAGCCTTTATTGAAATTTT TTCCTCAAAGGAGGGACGTTTGAAAGAAGAGGGAGTTTTTTCGAAGAAAA ACGGTATGTTAAGATTAGAGCATTCGTTAAAAATGGCAAACAAAACGAAG AATAATACACAGTAAAGCGTATATTTTACACAATAAGTATTTTAAATGCA CATTTTCATTCATTTAGTATTTAGTATTTATTTCATCGAGAAGCTTTCAC TAGCTTTCAGTTTATCTTAATGTATGTACACGTTTTTTTATAAGAACATC GAAAAACTTAGGCCTAGGATGTTCTTAACTTTTTGAGTTTTAAGCCTAAA AATGTTCTTAAACTTGTTCTTGACATTTTGGCCATAGAAGCCTTATGTTC TTATATAGTCTGTTCTTATAAAGAAAACGTGTATGACGCTTTGAAATCAA CTATTTAATCGAATAAACAAAATTGTTTGAATATCCAAGCTAAGAAAACT TTTCATTATAATCAGATTACGATGATGCTGTAAAAAGCAGGAAAGGTCCC TGATAAACAGGGGGTTTGGGCCGAAAAAAAGTTCCAGATTCTAATAGACC GGGATGTATTGATCCTGATTGCTGGGGGTCTGAAACCCCCAATATTAGTA GACAAAGATTAGGCGATATCAGAGCAAAATTTGCTTTTTAAGTGTAAGAT ATTTTCAAGTAATTAATTAATTACCGTGTGGAGGGGTCTCTTATAAGATC TGGGGGTTGGTTGAAAAGCAGGTGATTGCAGGAATCCCTTTAAACACCTT TGATGGTAACCTTTCGAGGCTTTATGTTTAAGAAGAATCGTTGTATGAAC TCAAGTATTTACTTTCTTATTTAATCATTTATTTACTATTTCTACTTTTC AGCCAAAACAAACTAAACAAGGAGAGATAATAAGCTGAAAGATACGAGAG GTTCAATCTTTGAGCAGTCAGCTTATTTGCAATGAAAATGCATGGTCACA AACATACTTTACTGAAGACAATGCTTCAAACTGTATCACTTGGCAAACTG CTTGTCTAGTTGGTAACAAATGGTGCGATAAGATGGGAATAAGCAGTCAA TCTTTTCAAGGTATATTTTACACAATAAGTATTTTAAATGCACATTTTCA TTCATTTAGTATTTAGTATTTATTTCATCTAGAAGCTTTCACTAGCTTTC AGTAGATCTTAATGTATGTACTGTATTATATTAAGATGACTTGTAGCCCG GATCCCGGTTAAAGGATTTTTTGTTATTTGTTATTTTTGTTTTTTTCTTT CAAAATGGCGACCTCGTCAAATACTTCTAGTCTACTTTACTCAGTGTCAT AAAAAAATTATCATGAAGCTAAGTTTAACCAGAAGTAGTTTCTAGTCTAG TAAAAATATACATTACAGCGTAAAACTTAACAATTGGAATGAACACCTGA ATAGAATACAGATTACTTGATGAATATATTTGAACAAGATCGACCTTTCT ACGAATCCTGGTAGTACCTTATCCTTGGAAGTTTTCGAAAATCGTAAATT TTTTTTAAGATTTTTTTTTTGATTTATGACAGTTAAAATTTCTTGCACCT AGATGCACCCAAAATATTTGTTATCGCACAAGACTTTTATATTGATACCT TATTGGAGAAAGATACCGTGGTAAAAGTTGTTCGGGGGTAAAGTTTGGCA ATTCTTATACAGTCTCGCTGTGATGGTCAAAAAGATTTAGCTCACTTTCT TGAAAATTCTGGAAATCTCTCCGGTTTCTTTCAATAATAAGGTACACGTT TTTTTTTATAAGAACGTCAAAAATTTTCGAAGCCTTCGGATGTTCTTAGT TTTTTGGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000113_pilon:489134..526291-

>MSTRG.13879.4.p3 ID=MSTRG.13879.4.p3|Name=MSTRG.13879.4.p3|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1881bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:489134..526291- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGCTGGTGGGATGAC
ACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAGACAGAGATGGTT
ACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGATACTGGTATAGTC
ATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACATCAAGCTCTC
TAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACGATATTTATC
GCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACGCCTGAGAAAAAA
ATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGCATCCAGCAC
AAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCGATGAAGGCA
AATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCGACTGATGAA
ATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAATGAAGAATTTGGGAAGAAGTGGCG
ATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATATATGATATAGCA
CGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAACTGTTTCGATTTTGG
AGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAACCAAAACAAACTAAAGATTTCTC
GGTATCATATTGTGCTGGTGGGATGACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTT
TGCGCGGGGGTGAAGACAGAGATGGTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGA
TCCAAAATGAGTGATACTGGTATAGTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAAC
AGAAGTAAACATCTACATCAAGCTCTCTAACACCCGATTGAAATGTCAAT
TTACGAATATTCCTAACGATATTTATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATG
TCTTACCAAAAAACGCCTGAGAAAAAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGA
TCGTGTGGAGGTACCAGCATCCAGCACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCAT
CCAAATTCTTCCCTGGCGATGAAGGCAAATTCATGTTGGATGATATCCTC
TATATTCCCAAGTTTTCGACTGATGAAATTATTTCAAGTTACTACAATAA
AAATGAAGAATTTGGGAAGAAGTGGCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGT
GATGGTCTTGTTATATATGATATAGCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATG
CAATCTCACAAACTGTTTCGATTTTGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCT
TGAACCAAAACAAACTAAAGATTTCTCGGTATCATATTGTGCTGGTGGGA
TGACACTGGCTTTCTGGGTTCGCCTTTTGCGCGGGGGTGAAGACAGAGAT
GGTTACGTGCTGATTGTTGGTCAAGGATCCAAAATGAGTGATACTGGTAT
AGTCATTAATGTCAAGCCTTACAGAACAGAAGTAAACATCTACATCAAGC
TCTCTAACACCCGATTGAAATGTCAATTTACGAATATTCCTAACGATATT
TATCGCCAATGGTTTTTCTTGAGCATGTCTTACCAAAAAACGCCTGAGAA
AAAAATGGTTTGCTTCATGAATGAGGATCGTGTGGAGGTACCAGCATCCA
GCACAAGTGCTTCAAATCCACCTGCATCCAAATTCTTCCCTGGCGATGAA
GGCAAATTCATGTTGGATGATATCCTCTATATTCCCAAGTTTTCGACTGA
TGAAATTATTTCAAGTTACTACAATAAAAATGAAGAATTTGGGAAGAAGT
GGCGATGTTTTGACTGAAGGAACTGGTGATGGTCTTGTTATATATGATAT
AGCACGAAACACAAGAGTCTTGCAATGCAATCTCACAAACTGTTTCGATT
TTGGAGATGCCACAAGTACCAAATGCTTGAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879MSTRG.13879Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879.4.p3.exon19MSTRG.13879.4.p3.exon19Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon18MSTRG.13879.4.p3.exon18Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon17MSTRG.13879.4.p3.exon17Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon16MSTRG.13879.4.p3.exon16Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon15MSTRG.13879.4.p3.exon15Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon14MSTRG.13879.4.p3.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon13MSTRG.13879.4.p3.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon12MSTRG.13879.4.p3.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon11MSTRG.13879.4.p3.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon10MSTRG.13879.4.p3.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon9MSTRG.13879.4.p3.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon8MSTRG.13879.4.p3.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon7MSTRG.13879.4.p3.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon6MSTRG.13879.4.p3.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon5MSTRG.13879.4.p3.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon4MSTRG.13879.4.p3.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon3MSTRG.13879.4.p3.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon2MSTRG.13879.4.p3.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13879.4.p3.exon1MSTRG.13879.4.p3.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13879.4.p3MSTRG.13879.4.p3-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000113_pilongenomesc0000113_pilon:489134..526291 -