MSTRG.13856.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13856.1.p1
Unique NameMSTRG.13856.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000113_pilon:171590..180951-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13856.1.p1 ID=MSTRG.13856.1.p1|Name=MSTRG.13856.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=9362bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:171590..180951- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TATAAAGAAAACACATCGAAGCTTGTGGCAAGAAAAAAATTGTTTGAGCC GGTGAGTTGTCGTATTTTGAGTCCTAAGTTTTAGTTGGAAACTGGTAAGT ATTTTGTGAACTGTTTTTAGTTTCATATGAACTTTAACTTATTGAGTGAG GAAAACTTTTAGCCAATAAATTAAACGAAAATAGAATGCTAAAAAAGCCA TTTTACCATCTTGTTTTCATGTTTTCTTCATTCTGTGTTTCGCATGATTA ATTAACTGCTTTGGATAACCAATGATGTTTTTCAACAATAAGATTTTAGA TATCTAAATATATGTGATAAGTGGTGGATTAATACTTGTGTAGACTTTTG CGTATTGGAGAATGGGCTCTTCCCGCCCATCTCCAGCGTCCAGGCCAGAC CAGTTAGGCGGATCTTTAAAAATTGTTTGGTTCCCGTCATTTCAACTTTA AAAAGTGGGTCATTCGGTCGGTCGGTCGAAAATATTTTTTATTGAAGGTA CCTGCATTGAGCCCATAATATCATCATGCAACATCTTGTTTTTTAGAAAG TGATGCTTCACGAAATCGGGTTAAAAAATCAGGAAATCATGGAAAAACTG GTTTTTGGTTCACTTTCCGCTGGCGCGCCACGCTTGCTATTTTGATTTGA AAACTTGTAAACACTGAGCGCGCAGAGGTTGACAATTAGGAATCCAGAAG TGGCAGAAGGGGTCTCCGACTCTCTGACTCTAACTTCAGAGTAAAAATCA GGGTCGGTCGGATGACAGGAACCAAACAATTTTTAGAGATCCGCCTTAAT GTCTGTTACAGGTTGGTGGCAGCAGGGAGGACCCTCCTGGCGCTCCGGAA ACTTGTAGATTTTTCCAGAGCAGCTAAAAAACACTATTTTTCTCTCCAGA AAGTTCCGGAGCTCTTCCGTTGCTTCCAGAGCTCTTCCGGTGCTTCCGCC 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AGACCAGCTTACTCTAGGGCTTTCAAAGTTTGCAAATAACAATCAAATGG CAGCTTTCATGAGCTACATCTTGGCGCCATTTTCAACCTTCCCCCAACTT GCCCTCCTCGAAAATGGAGAAGAAAATTAAAAATGACTGATTATTGATTA CTAACGTGCAGCAGCAAGATAATCAAACAATTTAGAATTTGTTATTTAAT GACCAAGATAGCGTTTTGATTTTAGGCTTTGATTCCTGTTACTTCCAGAA GTTTTGCGGTGAATTCTTTGCTTCCAAATCAAGTAAATATTAAAGTGTTT TCGCAGCATCAATCTTTGATTTTCGCCAGTGAAAAATTGCCTATGGAACA CAATCAAACTTTACTGGAAAATATTGTTGCATGACCATAAAAAGGAAAAA AAACTAAATTATTAGTTATCTATTCTTTTAAAGCTACTTTAAAACTTCTT GTTACCTTGCGCTTAAAAATCAGAGCTAGTAGGGAATTCATGGACTGGTG TAAAAGGACTGCACTATATATGAGTTTGAGACTTTAATGTCATCTTGGTA AAACGATGTCAATTCTGTATTACTGTATTTGAGTGTGCCATTTTAATAGC TTTCAAGATTTAAAATGTTATTTGATCAAGTGAACATGAAATGTTTCTTA TGGTTGTATGGTGTATAATATGAATTAAATGAGTACATATTCTATAATGA ACGCGATGTAACGTATTCCTTCCTCAGGAATGGCAGTACCTACTAAATTG AAATTAGTCAAAATGTCAAGGATTATCGTGAAATACACATGTTTACAGTC AAGATTCCATAGTTTTTTGGTCTCCATCATCAGCACATATTATATGCCAG GTAATGATGAGGGTAATCAAAGTTTGCTTTGTTTAAATTGCTCAAAGTGA AGCTAATTTTGTTTTAGCTTAAACTTTTACTTGGATTGTACAATAAATGG AGTAATAAAAACAAGTGCTTTGAAATAATTTGTCATTTAACATGTTTCTC ATCTGTGCACTGATCAAATTTTCTTTGCTAGTGGATGTTCTCGTCTTGTT GATCCTGGTAAATCTATTTATGCTGCAGTTTATTGAAATTGTTACTTTCT GATTTCAATTCAGATGATTTCACTTGTGACATGTTTATAAAAGAAATTCT CTTTTTTTAATATGAGTTTGATGTGCTCATAATCTTTAGTTGATTTGTTT TACTTGTGTAATGTCGTTTTAGACATTGTTGTTAATGCATCTTTAATTGT CAATATTATTAATCAACAGTAATCACACTTTTTTCATACTTTGTTTCAAT TAACAGATCAGCATTTTGAATCTATCACTTTTGACTTTACATTCTAACGC ATTTGTACACACTTCTTTCTTTCAAGATGTTTGTTTTGTATAATCATGAA ATAAGCTTTGTCATATGATTGTAATTTGATCAATGGTCTAGGGAGACAGC AAATCAGCAAGTGAACAAAGTATCATTTGTTGAGTTACAATAATATGCTT AGATTTAGGATTGAAGGAGATAAGGAGAGACCATTTTTAACAACGTGGAA AAATAATAACAATTATCATAATTGCCAGTTTTTGTCACTTTTCACCCTAG ATTATCCCATTGAAAAAAGATTCTTCATATTCTTCATTTTATTAGTGGTT TAGCTCCAACATTATGTTAAGATTGTGAAACGATAATAAAAAGCATTTCC TTTGATGAAGGACAATTAAACAACTTTATATTGAATTAGTTTTAAAGAAT GTTTCTTTGTTACATAATGGAAATCTAATTTGCTCATGTCAGATGATTTG CAGCTGATCTGTCAACTGGATCTTTTCCATAAGATTTGCTAACCTTTGTG TGTAAACAAAGCAAAGATAATAAGAATGCCTCTCTTCTTTGGGATAATGC TTTACTGTATCATTGTACATTGTGTTGGGATACATTTTGGTTAACAAATA CTAGCTACTAGCTATCCCATCTATAAAATTCATGTAAACATGAAAGACTT GTTATGTACCTTACAGCAAAAACAGTACTTCAGTTATGTTCTAAAAGCAG ATTATTTTTTCTATAAATAAACACACTAAACATGTTTTATTAACTCACTG AAAGTCATCACAAATTTCATGAGAAGACATCCCATAAGTATTACAGTAAG CCCAATAGCAGCATACATTAAAATAAAAATACCACTTAACTACATTTTTT AATTGTCATTGTTTCTGTACCTTATTACACCAAGTATCAAAGTCTCAACC TTTGGAATTTTGATGTTAGATATAGATAGAAAGTTTAAACAGTTATATAA TTATGAAAAGCCTCTGATAGCTCTCTACATTATAATCTTGTGTAAATGCT TTGTTTTACATTTAAATGTTCTACCTTTTCTCATTTTTAATAGAGTCATG TGTTTATAAAGTCATATTTTTGTTCATGCCTCTGTAAAAATACTGTCAAA ACCTTCAAAAGAATTTTTCTTATCAATAACTTTCTGTTTTTAATATTGAT GAATTTTCAAAGAATGTTTGTTTGGCTATCACAATCATCCCAAAGTAGGT TGATTTTGTTTCTTGTAGTAAATTTCCTTATCATTATCCTATCCACGTCC TTTTAAGAGGTGTAAGGAGTACTGTGAAGTGGGAACTCGCATGTCTGTGC TGTAAAATAACTAGTCCACAGGGTTTTTCCTTATCGTTTGCTAAGAGTAA GAGGGGAAGTAAGAGTTTCATTTCATTCTGATATAAATTAGAGTGGTTTA AATTGAAATTATTTCAAAGTTATTTTCTAGCCATTATAGTTTATACACAT TATCATAATATACAAAAGGTGTAATCTTGTTATGGCGCTGCCTGAAATAC ATGATCTAGTTATTATATTATAATATGTGATCTAGTTATTACATGTTTGT TTCTTCATCACCTCATTGTTAAGCTGTAATTTAATTGAATCAACCATCAT TATATTACAATCTGACAGTTTGAGATTTCTAAATGCTAATCAGTAACCAT TATTGATTTTTTTGTTATTTCAATATGAGCTTACAAAAACAAAAGGCATT TAGTTACTCAGATCTTTTAATTGATGTCAACTTGTTACTATATTATAGAA GAAGAAAAAAATTGAATAAAAATATATTGAAAAAATTGTCACATTGAACA ACATTTTACATCAATTCTGGCAAGATATCAATAACTTCAAGCTGTTTGGT GGTATTAATTTCAACTCAACCCCTATTGCTATTGGTCCACAAAAACACAT CAAATAAAAATAATAAAAAATATCTAATAAAAATGGAACAAGACTCAAAG ACCAATTTTTTATGCAAGATGGGATGTGGTTTTTTCGGAAACTCTTCTTT TGATGGTATGTGTAGTAAATGTTATAAAGACCATCTTAAACGTCAACAAC AACCATCACCATCAGCTGGCCGCACTAGCCCTGGAACTGCAGGTTAGTAA AATTTTAGCTTTTAGTTCATTTTATTCGTATGTTATTTTTCAGCTTTGCT TCATATTAAAGAGTTGACCTTTGAAAATCACATTGTCTTAATTTTGCTAA GGAACTCTTTTAGTTGAACTTTTGCAAAAATTTACTCTCGAGTTTGACAA TGATTCATTTTAAGTCATCTTTAGTATACAGATAACTTATTACATATCAC CTATTCTGAGAGCATTTTTTTCAATAAAATTTTATAAGATTCAATATTTG AGAGAACTGTCCTCCCAAAGTGAAGTGTTACAGTTGTTTTGAATGTCATA GTTTTGTATTTTCGTCACTTCTTTTCGTAAGGATTTGTTTTGTTTTGGCT TGTTTAAGTAAATTAATGATTTTTTGTGTTGTTAAGATGGGACATTTTTC TAATCAATAGAATGTGATTAGACACGATTGAAACAGTTATTGAATTCTAT TCCTACAGTGTGACAGACTTTTAACTGATTTTTATGATTGTTATTTTGTA TTGAAATATTTCTGTTCACAGCGATTTTTTTCTTTCTCTCTTGCTTACCA GTCACAACATCAATCCACAGCTCAAAAGCCTGAATTTCTTTTAGTTAAAA ACAGGAGGTTATATGAATTTTTTCTCTCATCCCACATCACACAAAATGAT TTTCATAATTTATCCTACTATCCTCTTTTTCGTCGTTGATTATGTATACA TATTTGAATGAGAAAAGGTTCTGAATAATAGATTATAAAGCTTAAATATG GGCTAATATCAGAATCGATCGAATCATAGCTTGCTTTCATAATCTTAAAA AAGAATTTATTTTCTATATCGTTGTATTGTTCTCCATGGCATTTCTACTT AATATTTTAAAATCTATTTAGATACATGAAAAGTTATTTTATTAATTTTT GATTAATATTTTTACATCAATAGGATCTATCGGTAGCATTATTGCCAATA GTCTACCTACACCATCACCCAGCCTCCCAACCGAGGTCTCTACAGCTACA ACAACTGTTGCCCAGGCAACCCCACCAATCAATATTCCATCATCAAGCAC TGGTCTAAGAACACCAGAAAAAGGCCTCGCCTCAGCTTATGTCGAAGAAG ATACCTCACCGAACCCAGAATCACCTTTGGGTGAGAGCCTCGATTCAGCA TCCCCTGGTAAATTAAAGAAACGAAATCGATGCTACTCTTGTCGCAAGAA GGTCGGACTTACCGGTAAGTGACATTTTACTTCGTTTGATTGGTACTTAT TTTACATGAACCTTCATGTTTATCATAATGGTCAGTTATAAGAAAAAAGT AGTGACAAGTAATATAATGAAAAGTCTTAAAAGATGGTTAACGCACTTGA AACTTTGATTGAGCCCTTCGTAACGTCCTGGTGTTTTAGGAAGGGTTCCG TTAAAAGATGACGTCATTGATAATCATGAATTTATTGTGTAAACAAGGAT ATCCATGATTTAATAAAATTCATAGTTTTTATGTATTTTTTTAACTTTTA CACGCAGATTGTTTCACATACAAACAACATCTCTTGTACATTTGAACAAG TGCAGAAGCACGAAACTTTAAGTTATGTACTTTTATTGAAAGAAAACTTT AAAATTTTAGTTTTTATGTATTAATGAAAGCTTTAAACCGTTGAGCCATT TCACTAGATAAAGAATTTGGACACATATTATCATTTAGACTAGTTAATCA TGCGTACACAAGACACAATAGGAATTAATGATAGCATAGCGCAAATAGCC CTCTCTGATTGAAACAGTTATCTTTGCTTGCTGGCGTGTCAATGTTTACG CTCAATAATGTTACACGTTTTTTTTTTTATAAGAACGTCAAAAATTTTCG AAGCCTTCGGATGTTCTTAGTTTTTTGGATTTGAAGCCTAAAAATGTTCT TAAAATGTTCTTATTTTCAGCATTTTTGGAGCATTTTGATGTAATTTCTT AAGAAATTGCATGTTTTTAAGTCTCCAAAGCCTTAGTATGTTCTTAGAAT GTTCTTAAATTTTTGGGCCTCGAAGCCTTATGTTCTTATATAGTTTGTTC TTATAAAAAAAAAACGTGTATCGACTCTACTATTGAAGATATGATTTATC CAGCTCTGTTATTTGACGATGAAAATCTTGATAAAGCTTGTTTGTTTTTC AAAATTCTATATTTTGGAAACCAAATCAGCCTTTGCTTGTCAATTGTATA TATGAATTTAAATCAATGTTTTGAGTCATGACTTTGTTGATCGATGAAAA TCTTTATCTCTATATGAACTAAGAATAAATAGCGACCTCGAAATACGGCG ATATATCGTTTAAGACCGCAAGCAAACCATGTTTTTAGATAAAGAAACTT GTATATGCATGTTATCTGTCATACAAACAGAAAATTTGTTTGGCATAGAC TTCCCACTTTTTAATCTGGTATTTTCACTTTTTAGAGCTCATATCAACAG TGATTTGAGTGCTTTGTTACCTTAGCAACGAACTAATTCATGTTTATGCT TTCGTCATAGGTTTCGAATGTCGATGCGGTGGACTTTACTGCGGAATTCA TCGATACTCAGATAAACATAATTGTACTTTCGATTACAAAGCTGATGCTC GCGAACAACTTACTAAAGCCAATCCAGTCGTCGTTGGAGAGAAAATCAAA AAGATTTAGAAAATATCAGATTGTCGTTTGCCGTAAATGTTGATACAATG TGCCATAAAAAATAGTAGGAAACAAAATGTGTATAAAAAATCTTTACGAG AGGAAAATATATATAAAAACTTTAGCAAAAAAATGTGTAAATTCCACGAA CTAGATTATCACTATCCTACTATTATTTTTACGTGCATAATAACTTGATT GACCAATGGCGTTTGGAGGAATAAGGAAGGAGGAGAAACGCCTTGTTGTT GTCTTGTCGAGGCTGCGTCAGCGAGATAGCAGTCTCATAGAATAACCGAA TTGACATAAAAAAATATCTTCAAAGATTTTCTTTGAAAGATAGGACGCTA GATCTTAGGTATGGTAGCTCATACCTAAAAGACGTATTCGAAGTTTGTTT TAAAGAAAAAATGGTTGATTTATTATTGGAGAGGATCGTTTTAATCATAA AAGAAGATCCATTATAGTAGTCGGTATTTTTATTACAATTTCTTTTTAAA AATTTGTGTTTTCTGTTTGTTGTGATTGATTGATATGATATAACTGGAGA ATGGTAGAGACTCTTCCCAAAAGAATGTTTTGATCTGTTGATGGCTCGTA CGATATTGTCTTGGTTCCCAAATCTTATAACTTTTAGTTTATATTATTTT GAACCTTTTTTTTTACGAATTTCTTTTGTTGTTTTTTTCATCCTTATCGA ATCGTGGGACTTAGCTTGGCTTTTTGTCTTCGAGGGCATTTGACTTTTAG GGGCGTTGTATTAAATGATTTATTCGTGTAATAGAGGTAGTATTTGGTGT TGAACCTTTTCCTAATTGTTTGTTACAATCATTGAGAACCTTCAATCATT TTGAGCAATAATTTAACCAACCATACCCTTTCAACTTTCAAATTCTCTAT AAACCATACTTGACTTGTTTGTACCCAAAGCCTCGGAACCTTTTTAGCCC CCTTCCCATCCATTGAGCACCAAAACTTATCATCAAAGCTACAATATTCT AGTTCCCAGTGTCCATTGTACCTAGTACCCTCCTTGCCCTACCTTGTAAA AAATTGAGGCCATTTCCTGAAAGAGCTATATATTTTGATCAATTATGATT AATTCACCCCCAACCGGTATCCTTTTTTCCATTGAGCATCACCGTTTTAT GAGAGATGCTTCTTATTGACTTGTTATTATTTTTCATTACAATTATATTA TACCAGAAAAACAATATGCCATCTTATTATATGTCAAGAGAGAAAGTTTG TAAGAAAGTATATATTTTGTCAGCAATTCCTTTATGTTATGTTATATTCC TTTACCTTACCTACCCCTCTATCTTTCCAATAACTGGGACCTATCCATGT ATACGTTTTTTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000113_pilon:171590..180951-

>MSTRG.13856.1.p1 ID=MSTRG.13856.1.p1|Name=MSTRG.13856.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1800bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:171590..180951- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTTTCGAATGTCGATGCGGTGGACTTTACTGCGGAATTCATCGATACTCA
GATAAACATAATTGTACTTTCGATTACAAAGCTGATGCTCGCGAACAACT
TACTAAAGCCAATCCAGTCGTCGTTGGAGAGAAAATCAAAAAGATTTAGG
ATCTATCGGTAGCATTATTGCCAATAGTCTACCTACACCATCACCCAGCC
TCCCAACCGAGGTCTCTACAGCTACAACAACTGTTGCCCAGGCAACCCCA
CCAATCAATATTCCATCATCAAGCACTGGTCTAAGAACACCAGAAAAAGG
CCTCGCCTCAGCTTATGTCGAAGAAGATACCTCACCGAACCCAGAATCAC
CTTTGGGTGAGAGCCTCGATTCAGCATCCCCTGGTAAATTAAAGAAACGA
AATCGATGCTACTCTTGTCGCAAGAAGGTCGGACTTACCGATGGAACAAG
ACTCAAAGACCAATTTTTTATGCAAGATGGGATGTGGTTTTTTCGGAAAC
TCTTCTTTTGATGGTATGTGTAGTAAATGTTATAAAGACCATCTTAAACG
TCAACAACAACCATCACCATCAGCTGGCCGCACTAGCCCTGGAACTGCAG
GTTTCGAATGTCGATGCGGTGGACTTTACTGCGGAATTCATCGATACTCA
GATAAACATAATTGTACTTTCGATTACAAAGCTGATGCTCGCGAACAACT
TACTAAAGCCAATCCAGTCGTCGTTGGAGAGAAAATCAAAAAGATTTAGG
ATCTATCGGTAGCATTATTGCCAATAGTCTACCTACACCATCACCCAGCC
TCCCAACCGAGGTCTCTACAGCTACAACAACTGTTGCCCAGGCAACCCCA
CCAATCAATATTCCATCATCAAGCACTGGTCTAAGAACACCAGAAAAAGG
CCTCGCCTCAGCTTATGTCGAAGAAGATACCTCACCGAACCCAGAATCAC
CTTTGGGTGAGAGCCTCGATTCAGCATCCCCTGGTAAATTAAAGAAACGA
AATCGATGCTACTCTTGTCGCAAGAAGGTCGGACTTACCGATGGAACAAG
ACTCAAAGACCAATTTTTTATGCAAGATGGGATGTGGTTTTTTCGGAAAC
TCTTCTTTTGATGGTATGTGTAGTAAATGTTATAAAGACCATCTTAAACG
TCAACAACAACCATCACCATCAGCTGGCCGCACTAGCCCTGGAACTGCAG
GTTTCGAATGTCGATGCGGTGGACTTTACTGCGGAATTCATCGATACTCA
GATAAACATAATTGTACTTTCGATTACAAAGCTGATGCTCGCGAACAACT
TACTAAAGCCAATCCAGTCGTCGTTGGAGAGAAAATCAAAAAGATTTAGG
ATCTATCGGTAGCATTATTGCCAATAGTCTACCTACACCATCACCCAGCC
TCCCAACCGAGGTCTCTACAGCTACAACAACTGTTGCCCAGGCAACCCCA
CCAATCAATATTCCATCATCAAGCACTGGTCTAAGAACACCAGAAAAAGG
CCTCGCCTCAGCTTATGTCGAAGAAGATACCTCACCGAACCCAGAATCAC
CTTTGGGTGAGAGCCTCGATTCAGCATCCCCTGGTAAATTAAAGAAACGA
AATCGATGCTACTCTTGTCGCAAGAAGGTCGGACTTACCGATGGAACAAG
ACTCAAAGACCAATTTTTTATGCAAGATGGGATGTGGTTTTTTCGGAAAC
TCTTCTTTTGATGGTATGTGTAGTAAATGTTATAAAGACCATCTTAAACG
TCAACAACAACCATCACCATCAGCTGGCCGCACTAGCCCTGGAACTGCAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13856MSTRG.13856Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13856.1.p1MSTRG.13856.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13856.1.p1.exon4MSTRG.13856.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13856.1.p1.exon3MSTRG.13856.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13856.1.p1.exon2MSTRG.13856.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13856.1.p1.exon1MSTRG.13856.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000113_pilongenomesc0000113_pilon:171590..180951 -