MSTRG.13847.13.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13847.13.p1
Unique NameMSTRG.13847.13.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000113_pilon:49294..62012+

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13847.13.p1 ID=MSTRG.13847.13.p1|Name=MSTRG.13847.13.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12719bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:49294..62012+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ACCAATATTCGGATTATTTAAGAAAATCATGAACTTTGATTTTGGtgagg
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tcagctggaccttcacgccacTCTGGCTTCTTGTATTatactgatataag
caaaaaaatgtttttcttttcctctttctgtccaatcttgctccacatcc
gtgtcaatccaatgttaaaaagcttgtaaattaaaattgatgagtaagca
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GCTTTTTCTCGAGTGCACAACTCGGAAGAAGTCgagtgcaggtgcaaaat
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GTTCCGCAATTTTCTCCTCAAATGTAgctaatttttgcaatttttgcctt
tttgggccaatttccgAGGTATAGGTGCACCTTGTCTGAACCAAATTTTA
TCAAGTGCGCTCTTCCAGAGCAGGAACTTGGTATTTCCGAATTTTTCCTC
GAGTGCAGccttgccatactctgcaaactggcttGAAATTATCAGGGGCA
TAGAGATATTCTGAAGTTTCTAAAGggattaaattttaattttatttcgc
CAACATTCACTTTGCGGTATATGGATTAATTTTCCCAAGTGCAGCTCCAt
tttttttCGTAGAGTTTTCATTACAAATGTTGCCATTCTTCCAGAGGATT
CGCACAATTTTAGCTATCCTTTTGGCTTGAAAAGTTTCGTCCACCTTTGA
ATCCAGGAGAACAATAGTCCGGGGAAACAAAGACACCTCAGGCTAAGGCG
AGTTGCCAGTCCGAGGTTGtgtcacaaaaacaaaaacaaaagtcgaaaag
tactctcgggtacctaatagccgtccccccccccgctaattaatttttgg
gaaaatgtttttgaaagtttcctcttttgtcctaattctgttGTATTAGC
CTccctttcaaaaaatattatgttttattaagttttcagattttttccaa
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tccctcgtagggtactTTTCTTGCTATATTTTGGGAGAAATTAGAACCAG
GCCAATCGGCTACTGTAAGTCCCCTTTAAATCACGGGGGTTTTTGGAATG
AAAAACATGCGGATTggtttacacattttttataagagatATTCTACTTA
CACTGGTTTAAGATAAATGGGTTTGTTGCTAATCCGGGCAAGATTCAAGT
TATGTTTCTCGGTAGATTTGAACCTATACAGAGTGTTACTATAGGTAATA
TCAAAGTCAAAGTTAAAAATCAGGTTAACTATTAGGTATCTATATTGATG
AAAAACTACACTTTAACTCTCATGTTGAATTATACCAAATACCAAAAGGC
GGAAAATAAAATCAGCACACTTAGACGCATCCGCCCCTTTCTTTTTCTGA
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GTATCCGCTAATCTggataaattttgtaaaacacaACAATAAGCAAATTC
AGAAAATTAACGTAGAGCTTTGGCTGTAGTTCATCAAGATTATGACTCTA
ATCTATCTCAATTATTGACTATATTCTAAAACAGCATCTTTTCACATCAA
GTTCATCCTTGAAGAAAtctataaaactttgaaaaaacaaaatcatttat
tTCCAGCTAAACTATTTAATATTAAAACTTCTGGCTTCAGTCTAAGACGA
GAAAACAGCATATGCTACCTACAGCAAACACCGTCAAGTTTGGTTTGCAA
TCTTTGTGTTTTGTCGGATCTTTATTAAAAGTGTTACCAGAGAATTTTTG
TACTTTGTAGTTTGTACCCATTATGCAAATTGTAGTAAATaggtattttt
attttaaataagtTGGATTTTATTAGTAAACGGGCACGGCTGTAATTATT
TAGGACATTGGGTCCTATCGTTAttaccaactgaaaataaattgataata
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AGATTCAAgttagttttatttatttttgagtttCTCAAAAAGTCTTTCAA
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GCAAAGTTTCTCCACGCTTTCAGGCTTGCAACAACACCTTCGAGAAAATT
TGTTGTTGTGCCAAAAATGAAACAACGGTTTTCATAATTGCGTAACTTTa
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gtcctaattcagctgtattagcctccatttcaaaaattttccacccagga
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GATCATTGTTCTATCCTTAATCTTCGTCACATCAATATACGTTTTTCTTA
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GAAACACCAGAGCCTGAAATGAAGGACTTGATTGCACTAGCGACTGATAC
CCGTGACGTCTTACACGGACTGAAAATGACGTATTTCTTGATATATGGCA
GGTATGTTTATTTGAAGTTTTTCTCTCTGATGGTATTGAAACTTTTTTCG
GATTGTTATTGTAagcttattttttataagaaagaatatttttaaagcct
ttggatgttcttaactttttgggttttatgCCTTAAATGtgatcatagtc
cgtataaaaaaccccggtctggaagccttttgtttctttctattgaaCTT
GAACTTGCAttgagaaattattttattttgctcactttttgatcatgtga
ttaacttttgaaccaatcccaagaggagtattGGTAATGTGATccaaaac
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ATAAATAGTTACACAAAAGGCTTTTAGACCAGGGCTTTTTATACGTTCAT
AGTTAGAggggggggTCTtaggttttgatgaaccaaaagcaagggggtgc
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acctaaggggggtcttcttacctaaggggggtcttcttagataaggggga
tcttccttgaattatgactcttgtacaatcgtttcatttatactgatttt
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ttaatggggggtcctcttacctaagggggggggtcttgacccctctagaa
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ATGCATGGTTGTGTTCAAAAAGTCAATACTATAGAGAACAATATGATACG
AACGTTTGAATTTCCATCATTTTTTAGCCTGTGGGGTGCATTACGACACA
ATCGACCACTAGCCTGGGACAACGATTTCGATATCGGTTTAGTTTACGAA
GAACTAAAAGATAAAGGATTAGAacaaaaactttataaagaacttcaaaa
gaaaaatatcaaaatttattatcGGTTATGGTTCGGTACCTATCGGGTTA
CTCGGGATACCGCACGTGGTGATTTGATGATATACCGACGAAACTATTTT
GATACTTGTGTACGGTTAGGTATGGAGTCGTGGGTTTTCTTTGTGAATTA
TCGTAAGTATCATCAATTCCCATGTCGATTGATTAAGAAACCATTACCTa
gtatgaaattttcaaaagtgaacTTCACGGTACCGAGAGAAggaaatgaa
attcaaaaacatttttatccaGAAGACTGGTGGGTTGAAAGTAAACCATC
TGGTTGTTGATGATGTTGATGAAACATTCAGAAACATTCTACGATTTTAG
CTTCTTGatttttcaatgaatttaaGACTTGAAAATGTTCAAGTATCATA
TGCCGGAGCAACACTGTTGTTATTCCGTTGTTGCTAGATTTAGTTAGTTT
ATATTAAGTCcgaacttgatttttcaaaatgtgaaatGAATGATTCTCTG
ATATAATATTTGGGCGAATATTAAACGTCGTCGAGTCAAAGcacatttaa
gggctctgaccatagtcgaaaaattgattttagtatttgaacataaaagt
tatgtttaacacttttaacaaagaattgcctttacaaattgcttaagagt
aattaaaaatttaattacaaaaatgacgctatgaactttaaaaagacgtt
aataatatgttgtattaccttcttttataaaaagtgctaacttttgatag
tttttttcaaactgttcgcaaagaagaattttctaaattaatgcatcaaa
tgttatggctgtttttctttggaaaattgggatgaaaaattggtcaaaaa
gcactattttcaagattttgagacaaataagcgtttagaaaaattttccg
aaaatttaattttagttcg

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000113_pilon:49294..62012+

>MSTRG.13847.13.p1 ID=MSTRG.13847.13.p1|Name=MSTRG.13847.13.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2160bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000113_pilon:49294..62012+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCAATATTCGGATTATTTAAGAAAATCATGAACTTTGATTTTGaaatgtt
cGATATGTTAACACGACATAGCCGTAATCGATATCGGATCATTGTTCTAT
CCTTAATCTTCGTCACATCAATATACGTTTTTCTTAATAAACGTAATTGG
GCATGGTACAATCGGTCTAGTGGGGAGAGTATTTGTGAAACACCAGAGCC
TGAAATGAAGGACTTGATTGCACTAGCGACTGATACCCGTGACGTCTTAC
ACGGACTGAAAATGACGTATTTCTTGATATATGGCAGCCTGTGGGGTGCA
TTACGACACAATCGACCACTAGCCTGGGACAACGATTTCGATATCGGTTT
AGTTTACGAAGAACTAAAAGATAAAGGATTAGAacaaaaactttataaag
aacttcaaaagaaaaatatcaaaatttattatcGGTTATGGTTCGGTACC
TATCGGGTTACTCGGGATACCGCACGTGGTGATTTGATGATATACCGACG
AAACTATTTTGATACTTGTGTACGGTTAGGTATGGAGTCGTGGGTTTTCT
TTGTGAATTATCGTAAGTATCATCAATTCCCATGTCGATTGATTAAGAAA
CCATTACCTagtatgaaattttcaaaagtgaacTTCACGGTACCGAGAGA
AggaaatgaaattcaaaaacatttttatccaGAAGACTGGTGGGTTGAAA
GTAAACCATCTGGTTGTTGACCAATATTCGGATTATTTAAGAAAATCATG
AACTTTGATTTTGaaatgttcGATATGTTAACACGACATAGCCGTAATCG
ATATCGGATCATTGTTCTATCCTTAATCTTCGTCACATCAATATACGTTT
TTCTTAATAAACGTAATTGGGCATGGTACAATCGGTCTAGTGGGGAGAGT
ATTTGTGAAACACCAGAGCCTGAAATGAAGGACTTGATTGCACTAGCGAC
TGATACCCGTGACGTCTTACACGGACTGAAAATGACGTATTTCTTGATAT
ATGGCAGCCTGTGGGGTGCATTACGACACAATCGACCACTAGCCTGGGAC
AACGATTTCGATATCGGTTTAGTTTACGAAGAACTAAAAGATAAAGGATT
AGAacaaaaactttataaagaacttcaaaagaaaaatatcaaaatttatt
atcGGTTATGGTTCGGTACCTATCGGGTTACTCGGGATACCGCACGTGGT
GATTTGATGATATACCGACGAAACTATTTTGATACTTGTGTACGGTTAGG
TATGGAGTCGTGGGTTTTCTTTGTGAATTATCGTAAGTATCATCAATTCC
CATGTCGATTGATTAAGAAACCATTACCTagtatgaaattttcaaaagtg
aacTTCACGGTACCGAGAGAAggaaatgaaattcaaaaacatttttatcc
aGAAGACTGGTGGGTTGAAAGTAAACCATCTGGTTGTTGACCAATATTCG
GATTATTTAAGAAAATCATGAACTTTGATTTTGaaatgttcGATATGTTA
ACACGACATAGCCGTAATCGATATCGGATCATTGTTCTATCCTTAATCTT
CGTCACATCAATATACGTTTTTCTTAATAAACGTAATTGGGCATGGTACA
ATCGGTCTAGTGGGGAGAGTATTTGTGAAACACCAGAGCCTGAAATGAAG
GACTTGATTGCACTAGCGACTGATACCCGTGACGTCTTACACGGACTGAA
AATGACGTATTTCTTGATATATGGCAGCCTGTGGGGTGCATTACGACACA
ATCGACCACTAGCCTGGGACAACGATTTCGATATCGGTTTAGTTTACGAA
GAACTAAAAGATAAAGGATTAGAacaaaaactttataaagaacttcaaaa
gaaaaatatcaaaatttattatcGGTTATGGTTCGGTACCTATCGGGTTA
CTCGGGATACCGCACGTGGTGATTTGATGATATACCGACGAAACTATTTT
GATACTTGTGTACGGTTAGGTATGGAGTCGTGGGTTTTCTTTGTGAATTA
TCGTAAGTATCATCAATTCCCATGTCGATTGATTAAGAAACCATTACCTa
gtatgaaattttcaaaagtgaacTTCACGGTACCGAGAGAAggaaatgaa
attcaaaaacatttttatccaGAAGACTGGTGGGTTGAAAGTAAACCATC
TGGTTGTTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13847MSTRG.13847Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13847.13.p1.exon1MSTRG.13847.13.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13847.13.p1.exon2MSTRG.13847.13.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13847.13.p1.exon3MSTRG.13847.13.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13847.13.p1MSTRG.13847.13.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000113_pilongenomesc0000113_pilon:49294..62012 +