MSTRG.13832.3.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.13832.3.p1
Unique Name	MSTRG.13832.3.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000112_pilon:791649..817708+
coding sequence from alignment at sc0000112_pilon:791649..817708+

mRNA from alignment at sc0000112_pilon:791649..817708+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS

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>MSTRG.13832.3.p1 ID=MSTRG.13832.3.p1|Name=MSTRG.13832.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=26060bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000112_pilon:791649..817708+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GCAACGTTTGTAGTTGCTTCACAAATTACGTAAGTATGCCAATGTGAAAt
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TATTCTTCTTTCATCTCTTATCAGCAGCTACATCAACGGACGGCCGCTGG
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TTGTTTTGATTGCATCGTTGTCATGTTAAGGTAATGTTTTGGCTTACTAA
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ATTTATTCCCCGTGGATTGCAGGTAAGTGTGTATGATATTCCCTTATAGT
ATTAAGTATATTTATTCCCACTTTCGAGGACGGCGAAGTGATTGAAACGA
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TTTGTACATGAGTCTACCTTATGATTGTGTCGTTCCACCCTCCGTTCAAA
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GTTTTTGACCTTAATATTTGATAATAGAATGACGCTTCGCTCGCAATCAt
ctatttcaaacaaaaaagctGCCAAACGTCTTTCATGCACCTCATTCAGA
GTGATATTCTGTCATTTTAATCAAATTGAGCCtcaaaatatcttgaaaaa
tatCCTATAAAgggccaaaaaaccttgaaaagacCCATGAAAGTTGCTCT
TACTTTTTACTAATGACAACAAACAGGGCTTTTGAGGTTACTATTCGTTA
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AAtctccaacttttaattgcactgttcaaaaaagataacataacccccgt
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gggtatttcgggtcccatatcttccgaaggacttttctgtttgccttgaa
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TGTACAGTTGTGTTTTGTTGGCCCTTGAAAACCCTCACAAAAAGATGTCA
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tttcctttttccgaatctttattatttgaatatatttctttaattccaat
tattattGGTCCCTCAGCTAAAAAGTGGTTTagattactctctgtaattc
gaatctttcacTAATTCGAATAAAACTTTTGGTCCATTTAGGATAGAATT
AGAGAAAATCAACCGTACTGTAATTTGAACACCTTCCAACCTTGAAACCT
TCTGGATAACCTCGAAAATGTGTCTACATTACCTTAAAAACCTTTCTGga
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gcatcgctgttttagataaatcaaaaactccaataaggTCTATTTGATAC
CGTGCTCTGATAAAAACTTTCTGTTGGCctaaaattttagatattttgcg
tctaaccaatggGAAGCCGATAAGGGGGCGCTATCAGTCCTGATAATCCA
TGATTTATTTTGACCATGAAATGGCCTATTCCCGTTTCATGAAGCTTTTA
CCAAAATGTTTCATAGGTGTGTAATGACCTATGTTTTCGTACTTTTCAGT
TACGTTATTTGATCGACACTTCGATGTTTATGATGACGTGGATTTTCTTC
ATTGAAATGATGATTAAGGTATTGATTATTTTCCCCGAAGCTATTgggct
ttttttttaaacatttcaatCTAGACGAATAACCTTAgtctttttaaatg
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GTCATATTTATTGGACTTTGATAGATTATGACGGGTAGTTTGACTTATGA
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GTTTATTCTTTTAGAAAAGTATAAAGGACGATTTAAAAGACAGCACgatt
attttgattgattttacctacctatctacctacctacctacctacctacc
tacctacctactcacctacctatctacctacctacttacctacctaacta
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AAGCTTTCATACAAACTTTTAATTGACAATCTTTATACGACAAAATTTCG
AATATAGACATGAAAGATTTTGGATTTCGATTTATAAAATCTATGATTTT
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AAATTCGTGATTTTGACTCGGAAAGTTGGACACTAAAAATTTTGTTACAT
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ATGAAATTGGTGATTCTGACAttgaaaatttgtgattttgataCAGAAAA
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TTTGATACAGAAAATTTGTTACATGGAAACAGTAAATTTGTAACATGGAC
ACGAAAAATTTGTTACCTGAACATATAAAATCTGTGATTTTGACATATGA
AATTGGTGATTTTGACACAGAAAATTTGTTACATGGacacgaaaaattta
aaacctgGACATATAAAATATGTGATTTTGACATAGAAAATTGGTGATTT
TGACATATAGAAAATTGGCGATTCTGAGGTAAgaaatttgtgattttgat
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GGTGATTTTGACATAGAAAATTGGCGATTCTGAGGTAGgaaatttgtgat
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TGATTCTGACATAGgaaatttgtgattttgatgCAGAAAATTTGTTACAT
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GAACATCGAATTTTTGACACAAATACTTGCCCCAGTCCAGGACACGATGT
AAATTATTAGGATGTTGAACATAATATACCCCATGACaaacaaaatttaa
tatctttgactttttttcattttcagcattAAAATTATTGAAGATGGCAA
AAGGATTACGATTTCTTTTGAATCATGTAGCCGAGACAATTCCTCAGGTA
TTAGAGTTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000112_pilon:791649..817708+

>MSTRG.13832.3.p1 ID=MSTRG.13832.3.p1|Name=MSTRG.13832.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=74589bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000112_pilon:791649..817708+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAACAAAACAACAATAATTTAGATAATGcaaacaataacaacaacac
CAACGCCAGTCTTCTTCCTTCAACACCAAACAGTCTGAGACCCACAAACA
ACATGCAACTGCTAACACCTGGAGACGCTGTCGATCATAATTACCTGAAA
ACAAACACCTTTTCCTTACACGCAGATACTTCGGTCACCGTACGGGGATC
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CGTGGCATCGATGCTAGAGGAGTTGATCTGGCGCCACGTACCAATTATGC
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GTCTTATCCGACCGATGCGTCATCAAATTGCCGTTATGTTACGAACAACG
TCGTCCGTCATGACGTTTTTTGCGTTGCTGTTTCTCTTCATGTTCACATT
CGCTATTTTGGGAATGCATATTTTTGGTGGgaaatttgttttcaagaaTC
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GCTATTGTGACTGTTTTCCAGATACTGACTCAAGAAGACTGGAATCTAGT
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TATCCTTGATGACGATTGGTTATTATGTCTTGTTCAACCTGTTGGTTGCT
ATCCTTGTCGAAGGTTTTACCACGCCGCTCGAAAAGAAACGTATGACTCG
ACACATTGTTTCATTGTTGAAAAGCAAAGCCAACAAAAAGATGTTAACAT
TGAAGCGGACAATCAGTTTACCGGACATGCTGATGAACAATAATAACGTT
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ACAAATATATGCACGGATGATGGCAAGACGTCGTACGCTGGGAACGATAG
GTTTGAACAACCACGACACCTTCTCTTCCACCAAGAATAATGCTGGTGAT
TACAGCTCTAGTGAAGATGAAGAAGACATCAACCTCTCACCGCTTGCTCA
ATGTGTTAAAGAGAAAACGAAACAAAACAAACCCATCCTATTATCAGCAC
GAGTAACATACGATGATGACCCAAAAGTCTTGGAATGGAAAGCTCTGAAT
GATGTGGAAGCTAACACTGCACTATTGCAAGAGTACAACCgtgagaaaaa
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GGAATAATTGGTCTTTTTATTTATTCCCCGTGGATTGCAGGTTCCGAAGG
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GAGAGCTACAAGAGCTTTAAGACCGTTAAgGATGATCAGAAAAGCTCCAG
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GGTTCAGCAATTGAAAGGGAAGTTTTATTATTGCTTTGGTGTGACGGCTA
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ACCAATTATCAATATAACTTTGATAACTTGCTGGAGgcgtTGATGACGTT
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TCGATGCTAGAGGAGTTGATCTGGCGCCACGTACCAATTATGCACAATGG
AGGATTTTATATTTCGTCTCCTTTCTCCTAATTGGTGGTTTTTTGGTGCT
CAATATGATTGTGGGCGTGGTCGTGGAGAACTTCCAGAAATGTCAAGAAC
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GAGAAAACGTATTTACAAATTATGCACAAGTGCATCATGGGATGTTGCAA
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CAGATGAGTGAGGAATTCCACATTTTGTTGGAAGTTTGCAATATCATTTT
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ATCGTCTCAATCATCAGTATTTTCTTTGATTATCTCAACGTTCATATCTC
CAATGTCAACCCTGCTGCTATCAAAGCTATGAGGCTACTACGTGTTATCC
GAGcattAAAATTATTGAAGATGGCAAAAGGATTACGATTTCTTTTGAAT
CATGTAGCCGAGACAATTCCTCAGGTATTAGAGTTAATGGAACAAAACAA
CAATAATTTAGATAATGcaaacaataacaacaacacCAACGCCAGTCTTC
TTCCTTCAACACCAAACAGTCTGAGACCCACAAACAACATGCAACTGCTA
ACACCTGGAGACGCTGTCGATCATAATTACCTGAAAACAAACACCTTTTC
CTTACACGCAGATACTTCGGTCACCGTACGGGGATCGCGGTCATCTTCGA
TTCGTTCACGGACGTCAGTCTCTTTAAGAATTAATGGAGAATCGATAGAA
GCTAGCACTTGTCTAGACACGGACAAACGAGAAACGAGGAGGAAATATTC
AACAGAAAGTAAATCTCGATCGCATAGCGTCAGCTCACAAATCAGCAGTG
TAAACGAAGCAGCTACATCAACGGACGGCCGCTGGCGAAAAAACTCACAT
GCCAACATCTTGCGAGCCAGTGTCTCAAGCTCACAAATCAGTGCTACAGA
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GTCATTGTGACAAATATTACGTGTCCGAAGTTCCGTCAAGATATAAACAA
TTCAAATTGTTTTGTAACCATTTAGCGGAAAGCTCGAAATATTCGGAGTT
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ATTGAGAGCATATTTCCAAATGGGGTTCAATTGTTTTGATTGCATCGTTG
TCATGTTAAGCATGATGGAATTACTCATCAATGATAATAACAGTTCCGGT
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CCGACCGATGCGTCATCAAATTGCCGTTATGTTACGAACAACGTCGTCCG
TCATGACGTTTTTTGCGTTGCTGTTTCTCTTCATGTTCACATTCGCTATT
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TTATTGCTTTGGTGTGACGGCTAACTTGGTGCGCAACAAAACAGAATGTA
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GTTGGTTGCTATCCTTGTCGAAGGTTTTACCACGCCGCTCGAAAAGAAAC
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GGAACGATAGGTTTGAACAACCACGACACCTTCTCTTCCACCAAGAATAA
TGCTGGTGATTACAGCTCTAGTGAAGATGAAGAAGACATCAACCTCTCAC
CGCTTGCTCAATGTGTTAAAGAGAAAACGAAACAAAACAAACCCATCCTA
TTATCAGCACGAGTAACATACGATGATGACCCAAAAGTCTTGGAATGGAA
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CCTCACAAAAAGATGTCACCAAGTTTACGTTATTTGATCGACACTTCGAT
GTTTATGATGACGTGGATTTTCTTCATTGAAATGATGATTAAGGTCATAG
CAGACGGATTCATATCAGGCCACGGTTCTTATCTACGTTGTGGGTGGAAT
GTTCTTGACTTCATGCTGGTACTAACATCCATCGTTGATGTCTTCATAAC
TCTCTACTTCTCTGGCACCAAAGCACAACACATCGAAATAATCAAAGGAA
TGCGTGTTCTGAGAGCTACAAGAGCTTTAAGACCGTTAAgGATGATCAGA
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GAATACTCGGGGTTCAGCAATTGAAAGGGAAGTTTTATTATTGCTTTGGT
GTGACGGCTAACTTGGTGCGCAACAAAACAGAATGTATTCAACACCCTGA
TGGTGTTTGGACCAATTATCAATATAACTTTGATAACTTGCTGGAGgcgt
TGATGACGTTATTCGTTGTGAGCACTAAGGACGGGTGGATTGATATTATG
AGGCGTGGCATCGATGCTAGAGGAGTTGATCTGGCGCCACGTACCAATTA
TGCACAATGGAGGATTTTATATTTCGTCTCCTTTCTCCTAATTGGTGGTT
TTTTGGTGCTCAATATGATTGTGGGCGTGGTCGTGGAGAACTTCCAGAAA
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GAAGTGGAAGAAGAAGATTGAACAAAGGCGGAACAACTATTGGAGAGAGT
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GATGTTGCAATCACCTCGGTTATCTGTTCAAATGTTGTTATAATGTCTCT
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TTCATATCTCCAATGTCAACCCTGCTGCTATCAAAGCTATGAGGCTACTA
CGTGTTATCCGAGcattAAAATTATTGAAGATGGCAAAAGGATTACGATT
TCTTTTGAATCATGTAGCCGAGACAATTCCTCAGGTATTAGAGTTAATGG
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GCAACTGCTAACACCTGGAGACGCTGTCGATCATAATTACCTGAAAACAA
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TCATCTTCGATTCGTTCACGGACGTCAGTCTCTTTAAGAATTAATGGAGA
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TCTGAGAGCTACAAGAGCTTTAAGACCGTTAAgGATGATCAGAAAAGCTC
CAGGTTTGAAATTGGTAGTTCAGACGTTACTGTTCTCCTTGAAACCGATT
GGGAACACTGTTCTTATAGCCACCATTTTCTTCATTGTGTTCGGAATACT
CGGGGTTCAGCAATTGAAAGGGAAGTTTTATTATTGCTTTGGTGTGACGG
CTAACTTGGTGCGCAACAAAACAGAATGTATTCAACACCCTGATGGTGTT
TGGACCAATTATCAATATAACTTTGATAACTTGCTGGAGgcgtTGATGAC
GTTATTCGTTGTGAGCACTAAGGACGGGTGGATTGATATTATGAGGCGTG
GCATCGATGCTAGAGGAGTTGATCTGGCGCCACGTACCAATTATGCACAA
TGGAGGATTTTATATTTCGTCTCCTTTCTCCTAATTGGTGGTTTTTTGGT
GCTCAATATGATTGTGGGCGTGGTCGTGGAGAACTTCCAGAAATGTCAAG
AACTTCAAGATATCCAAAGTAATAAAGCACGAAATGTGTTACAGAAGTGG
AAGAAGAAGATTGAACAAAGGCGGAACAACTATTGGAGAGAGTACCCACC
CTGGAGAAAACGTATTTACAAATTATGCACAAGTGCATCATGGGATGTTG
CAATCACCTCGGTTATCTGTTCAAATGTTGTTATAATGTCTCTTGAACAT
TATCAGATGAGTGAGGAATTCCACATTTTGTTGGAAGTTTGCAATATCAT
TTTCACGACCACGTATATTTGTGAGGCTGTTCTGTTGATGGTCGCTCTCT
CACCGAGAAGATACGTCAAAAACAAATGGTATTGTTTCGATTTGCTCGTT
GTCATCGTCTCAATCATCAGTATTTTCTTTGATTATCTCAACGTTCATAT
CTCCAATGTCAACCCTGCTGCTATCAAAGCTATGAGGCTACTACGTGTTA
TCCGAGcattAAAATTATTGAAGATGGCAAAAGGATTACGATTTCTTTTG
AATCATGTAGCCGAGACAATTCCTCAGGTATTAGAGTTA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13832	MSTRG.13832	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13832.3.p1	MSTRG.13832.3.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13832.3.p1.exon1	MSTRG.13832.3.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon2	MSTRG.13832.3.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon3	MSTRG.13832.3.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon4	MSTRG.13832.3.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon5	MSTRG.13832.3.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon6	MSTRG.13832.3.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon7	MSTRG.13832.3.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon8	MSTRG.13832.3.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon9	MSTRG.13832.3.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon10	MSTRG.13832.3.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon11	MSTRG.13832.3.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon12	MSTRG.13832.3.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon13	MSTRG.13832.3.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon14	MSTRG.13832.3.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon15	MSTRG.13832.3.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon16	MSTRG.13832.3.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon17	MSTRG.13832.3.p1.exon17	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon18	MSTRG.13832.3.p1.exon18	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon19	MSTRG.13832.3.p1.exon19	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon20	MSTRG.13832.3.p1.exon20	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13832.3.p1.exon21	MSTRG.13832.3.p1.exon21	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.13832.3.p1.exon23	MSTRG.13832.3.p1.exon23	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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Position

The following features are aligned


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MSTRG.13832.3.p1 (mRNA) -