MSTRG.13793.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13793.1.p1
Unique NameMSTRG.13793.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000112_pilon:214351..221624+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13793.1.p1 ID=MSTRG.13793.1.p1|Name=MSTRG.13793.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=7274bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000112_pilon:214351..221624+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTATAATCGCAAATATTTCTCAACTATCATGTTATCacggatttttgaaa aagaagaagtttttgtGCTTTATAGATCTTCTTTCGAACGTATGGAGCGT TAAGTAAAAAATCTGAACGATTTATAAATTGGACATTAAGCATGTAGACT TTACTAAAATTTCGAACTCGAAGaacgaaaaaaagaagaaaaacctCAAT TTGGTTGTGGATAAAGCAACTCAGGGAAAGTTTGAGTGTTTTAAGGCACT CAATGATAatacgagatggagtttttacaagaagTTTATACGTTTTAGTA TTAACAATAGTGTTTTTGATATCAACCTGTAGTTGTGGTGGTTCAAAGAA ATTTCCTCTTATGAAGAGGAGGAACCAAGCGACTAAGGATGTTGTTACAA CAGAGAATTTGAAAGGAAGACCTGGTCAAGGGTATTACATTGCCATTTTA TTTGGTACACCACCTCAAAGGGTATGTTTTTTCTACAAATTTTAAAGGTT TAGAATATCTTCTCTATTTGATCTTCTCTCCTCAAGCAGGGACTTCAAGC ATGAACTTCTACTGTTTTACCATCTTCACATTTTACATACAAagacaatt tcataagaatatgaACCTGAAAAATCTAAGcagaaacaatttttaatgaa tTGCTTAAAGAATGCTCTTTTAAGTTTCTTTGAAGCCAGAAAAGCTGATC TAGCTAGGATTTTAAGAAAATCACGGAGAAAAATAACTATCAATCCCTGG TCAAATTTGATTGGCTCCTATAAAATTATTATACAAACATTCAAGATAAG CAATATTTATCTAGAAGTTCAGTTTATAACTCACTTTCCAGTTCATATCT AATTATTTTCCATTCTTCAGATCAATGTATTGGTCGACACAGGGAGCAGC AACTTTGCCATCGCCTCAAGACCACACCCATATCTACCACTATATTTCCA 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TTAACAAAACCCAAACCATTCTTAATTTTCAAGCTACTCAATATTCTTTC ACCTAAATGAACTGGGTTTGGAAATTGCATGTCTTGTTTCTTTTTACACT AGCTTGGTGTACCAGACGAATTTTGGATTGGGCGTCAAATGATGTGTTGG AATTATGATAAAACACCTTGGGAAGAATTCCCTGACATGtcaatttcact tttatcttCTGTTAGCAGTTCAAAAGAATTCATACTCAAAATCACACCAC AGGTAGGGAGATACCTTACACAACATCTTTTGTTTGCCATGTTgtttaac ctttcaaagccgcttacttttttgaaaaatgccaaaaagttcataatttt tttctggaaatttattctttcaaaggcaatttctcgaccaggaaaaacga ttcaggtatcaactttggtatcgttggaaagctctttctctcagctacaa aaaatagcagatttttttctctgaatctcgagtggtcaggagttatgacc aaaagactgtgtatcggtaaaatggcctttttaaaacgtatatatacgta ttttggcttctaagggttaataCATCAGCCATTTTTGCATAAGTTTTTCT CTTAAGAGATTATTTTGGCCCATTCGGAACACTTTCCCGGTCTCAAGGAA ATAAATGACCACATAAGTTGAATGATATCTTccgaaaatgaatgaaaatg aaacaaaaatatattcagTTAAAAATCAATGCCTCGATAGCCACAATTTT AATCGATATTTGTTTCTCGGGGTCATTTGTCTCTTACTGTCTAGTATAAT TGTTATATCGTGAGGGAAGGCTGTGAAAATTGTCTACGGTTCACCTATTG TCTATTTTACTCTGTAGCAGAGCGTAACTTGCGTTTATTGTAGCGTAGCA CATTGCTTTTATTGCGgctataaattttttgaaatttccggaGATATCGG GTCTGTTTTCAGACTATCGTTGACTTGTGCAgatttagaccatgttcgca gcaaactttttaaattttaaatttcccGAGCAAATTcttttggatttaat ttcgcaattcagggttttgaaaaatttctcgtaaatttaatttcgcgaat atgcctgaaaacagctgataaatatcatttttggcaaaaaatgaagtttt ctccgccgaaaatgtttgaaaaattttgttgttgatttaattttgcaagt caAGAATTTCGTAggttttcgcgagttttaatttcgcgaaaatggcaaaa aatcgcgacatcgcgaaatttaatttcgcgaaagttACTCGATTAATTTC ACTCCAAAACGAAATGAAGCTATTCtatctcgggtaagttatggcatgtc ttaaaattaccataatttatagatcgcattagccgacagaaaaGGACcga acaaatgactgaacatgaagagtactatgatgaagtttctaacctgatgt gtaacctagttgttttttcgataatttttgcgaaaaaccgcaaaaaccga TTATATCGTCATaatcaatgacgtcataaaaactaaaaattgaatttctc aagaatggtttatccaatcgttttcaaactttcaccaaagatgtatcatt agtttttgattaggttacacatcaggttagaaacgaCATCATAgtatgtt cagtcatttgtttggtcgttttctgtcaggtgtcggctaatgcgatctaa aaattatggtaattttaagacatgccataacttacccgagattTGTTAAA AGTGAATTCAAATTGAATTTGACCAATAAAATGGCTTCATCTCGTTTTGA AGCGAAATGGAACGGTAGTGTGTGAACGTGATGTTAGGTTTcaaattctt cttcttcagcTTTATCTTCGTGAGACGATCGAGCGTGGACCATTACCCGG TCAACATTGCTATAAGTTTGCCATCACCAAAGCAGAAAGAGGGACAGTGA TTGGAGCGGTCATTATGGAAGGTTTTTATGTTGTATTTGATCGTGAAAAT GTTCAAGTAGGATTCGCTGCTACCACGTGTGGAGGTATGGGTTCAACATT TAAAGAACTATTTGAAGTTTGATTCTACTCTACTTTTGTTTTCGCAAGCA AATCTTAAAACTAGAGAATCTAGGAAAACTTTATAAATATTGATCGCTAA TTTAGAAATCttggattttccaaaaaatttcattttcaaaaaatttaaaa gtttaaatcttttgcaaatgagTTGCACGACATCCTGATTAAATTTCTTT AATCAATTTGtgatcttttttttccttttcagctGAAGGCAGGTTGAATC CAAGGTCTAGTGTTTCTGGTCCATTTAATAGAGGTAATAAAAAGAGAAGT CTTTATAGGGTATCCTTTTGTAAATTTCAAAGTTAAATTATGAAATGCCA GACGATGTGAGAAACCTTTAAATTGCCCTATACAAGCGTATTTCCTCGaa tacttataataaaaacatgaaacttaATTTTGGTCTAAATCTGagaagaa attaagaacaggGAGCCCTCATAa

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000112_pilon:214351..221624+

>MSTRG.13793.1.p1 ID=MSTRG.13793.1.p1|Name=MSTRG.13793.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=11907bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000112_pilon:214351..221624+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATAatacgagatggagtttttacaagaagTTTATACGTTTTAGTATT
AACAATAGTGTTTTTGATATCAACCTGTAGTTGTGGTGGTTCAAAGAAAT
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AACCTTCGTGTTCCTGAAGACGTTTTCAATGCTATTCTCGTGCATCTCAA
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CGATTGTTGACAGTGGTACAACCAACCTTCGTGTTCCTGAAGACGTTTTC
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TATGACAGGCTTGGTGTACCAGACGAATTTTGGATTGGGCGTCAAATGAT
GTGTTGGAATTATGATAAAACACCTTGGGAAGAATTCCCTGACATGtcaa
tttcacttttatcttCTGTTAGCAGTTCAAAAGAATTCATACTCAAAATC
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GGAAGACCTGGTCAAGGGTATTACATTGCCATTTTATTTGGTACACCACC
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TGAATGTCACTGTCAATGTAAATGTAGCTTTAATCAAAAGCTCTGAAAAC
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GGAAGAATTCCCTGACATGtcaatttcacttttatcttCTGTTAGCAGTT
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GCCATTTTATTTGGTACACCACCTCAAAGGATCAATGTATTGGTCGACAC
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GTTGCAGTACCTTACACACAAGGAAATTGGCAAGGTGAACTCGGCACTGA
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CTTTAATCAAAAGCTCTGAAAACTTCTTTATCAATGGATCGAATTGGGAA
GGCATTTTAGGCCTGGGTTACACTCATCTTTCAAAgCCTGATAGCAGTGT
TATTCCAGTGTTCGATCAATTTGTGATTGACAATGTGGTCGATGATACCT
TCTCAATGCAATTGTGCAGTAGCAGTGAACTTGATCCTTCTGCTGAACCT
ACGGTAGCCGGTACTTTGGTATTTGGTGAGACAGACGAAGACCTTTACAA
AGGAGATTTATTTTACACACCTATTGTCAAGAAGTGGTATTATGAAGTCA
TCATCACTGATTTCGCTGTCAATGGAGTGAGCTTAGGGTTGAATTGTAAG
AAGTACAATTATGACAAAACGATTGTTGACAGTGGTACAACCAACCTTCG
TGTTCCTGAAGACGTTTTCAATGCTATTCTCGTGCATCTCAAAAAATATG
ACAGGCTTGGTGTACCAGACGAATTTTGGATTGGGCGTCAAATGATGTGT
TGGAATTATGATAAAACACCTTGGGAAGAATTCCCTGACATGtcaatttc
acttttatcttCTGTTAGCAGTTCAAAAGAATTCATACTCAAAATCACAC
CACAGcTTTATCTTCGTGAGACGATCGAGCGTGGACCATTACCCGGTCAA
CATTGCTATAAGTTTGCCATCACCAAAGCAGAAAGAGGGACAGTGATTGG
AGCGGTCATTATGGAAGGTTTTTATGTTGTATTTGATCGTGAAAATGTTC
AAGTAGGATTCGCTGCTACCACGTGTGGAGctGAAGGCAGGTTGAATCCA
AGGTCTAGTGTTTCTGGTCCATTTAATAGAGGTAATAAAAAGAGAAGTCT
TTATAGGGTATCCTTTTGTAAATTTCAAAGTTAAATGATAatacgagatg
gagtttttacaagaagTTTATACGTTTTAGTATTAACAATAGTGTTTTTG
ATATCAACCTGTAGTTGTGGTGGTTCAAAGAAATTTCCTCTTATGAAGAG
GAGGAACCAAGCGACTAAGGATGTTGTTACAACAGAGAATTTGAAAGGAA
GACCTGGTCAAGGGTATTACATTGCCATTTTATTTGGTACACCACCTCAA
AGGATCAATGTATTGGTCGACACAGGGAGCAGCAACTTTGCCATCGCCTC
AAGACCACACCCATATCTACCACTATATTTCCACGCCGACCAATCAAAAA
CATTTGTTCCACTCAACCGTCCAGTTGCAGTACCTTACACACAAGGAAAT
TGGCAAGGTGAACTCGGCACTGATTTCATCCAATTCATTGACGCTTTGAA
TGTCACTGTCAATGTAAATGTAGCTTTAATCAAAAGCTCTGAAAACTTCT
TTATCAATGGATCGAATTGGGAAGGCATTTTAGGCCTGGGTTACACTCAT
CTTTCAAAgCCTGATAGCAGTGTTATTCCAGTGTTCGATCAATTTGTGAT
TGACAATGTGGTCGATGATACCTTCTCAATGCAATTGTGCAGTAGCAGTG
AACTTGATCCTTCTGCTGAACCTACGGTAGCCGGTACTTTGGTATTTGGT
GAGACAGACGAAGACCTTTACAAAGGAGATTTATTTTACACACCTATTGT
CAAGAAGTGGTATTATGAAGTCATCATCACTGATTTCGCTGTCAATGGAG
TGAGCTTAGGGTTGAATTGTAAGAAGTACAATTATGACAAAACGATTGTT
GACAGTGGTACAACCAACCTTCGTGTTCCTGAAGACGTTTTCAATGCTAT
TCTCGTGCATCTCAAAAAATATGACAGGCTTGGTGTACCAGACGAATTTT
GGATTGGGCGTCAAATGATGTGTTGGAATTATGATAAAACACCTTGGGAA
GAATTCCCTGACATGtcaatttcacttttatcttCTGTTAGCAGTTCAAA
AGAATTCATACTCAAAATCACACCACAGcTTTATCTTCGTGAGACGATCG
AGCGTGGACCATTACCCGGTCAACATTGCTATAAGTTTGCCATCACCAAA
GCAGAAAGAGGGACAGTGATTGGAGCGGTCATTATGGAAGGTTTTTATGT
TGTATTTGATCGTGAAAATGTTCAAGTAGGATTCGCTGCTACCACGTGTG
GAGctGAAGGCAGGTTGAATCCAAGGTCTAGTGTTTCTGGTCCATTTAAT
AGAGGTAATAAAAAGAGAAGTCTTTATAGGGTATCCTTTTGTAAATTTCA
AAGTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13793MSTRG.13793Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13793.1.p1MSTRG.13793.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13793.1.p1.exon1MSTRG.13793.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon2MSTRG.13793.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon3MSTRG.13793.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon4MSTRG.13793.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon5MSTRG.13793.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon6MSTRG.13793.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon7MSTRG.13793.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon8MSTRG.13793.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13793.1.p1.exon9MSTRG.13793.1.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000112_pilongenomesc0000112_pilon:214351..221624 +