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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000006_pilon:2590311..2603591+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.1379.4.p1 ID=MSTRG.1379.4.p1|Name=MSTRG.1379.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=13281bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2590311..2603591+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
agtTCTTTCAGAGgttttgaaaaacgaagatttttgggGCACACGACAGC
AACTATTATGTGGTAAAGTCATTTCagattggattgacacagatcaTTTA
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gcaattaggtccccccgtttattaaaatctgaaaaattttccaacccccc
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TGCTATAGAGGACTTTTAAGTGGATATTAAcctatttcaagaaaattaac
gCCAATTTTTCGTTTTAACGTCTTTTCCAGTCGATGATTTACTTAAGGAA
ACTCtcttccaaaaaactttttaaatacttcattctttGAAATAATGGAC
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CAATTTACCATCAAAGACGAAGAATATTGTTCCGTTTTACGTTTGGTGGC
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aataaggacgaaatgcatatgctgctttGCCACCCAAATCACCCAAATAA
TttaataagggaatttcccttctgTCCCCTGATTTTCTCAGTTGCTTTTG
TGGTTTAACATGGTGGCTAAATCGAACTAGCCAGCCATTGtagctgacga
gtcctaataaggaaatgcatatgctgctctgtcacccaaatctcctgagt
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ATAATATATTGGCAAAACTGACAGTTAATTATTTTTACTTGTTGACAAAT
AAAtgtataaattttcaataatctaTTAATCAATTCCAGGTCGAGTTGGT
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TGGTCATGCTAGGTGGACTTGATGATGATGGCAAGGTGATCTGTTGATCC
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GGATTTGGAACACACAAGAAAAAGGCTAGAGAAATATctaacctcgtccc
cgtgtatcccaggctttatttacgttactgattgacgccagagaatatat
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aggttggggaaatatcaacaattcaaaaatcaggctAACGAATATCTGGA
CGAATATTGACAGCTGTTGCTTAAACTGAAACTGGTAAGAGGTCGATCTA
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TTAAAATTTATGTAAATTAGCTCTGGGATTATTGTGGTGTACAAAATTAT
CATAAATAGCGGTTTCTCTTAATAATTTGTTGTTGTCGTTATATATACTT
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GCTCACTATCCAACTATTaaaaaaaGCAAGGGAAGTGAAATTATAAGTTC
GGTACATGATTTTGTTTTCCGTCAGTGTTACGCTTGTTTCTTATCTTATA
TTAATGGCCGTTCAGTATAACAGGTGCACCCgggggggtgcactcatatg
gtccgacctgtggcatgtgccacccttaagggtaggtttttcgagaccct
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CGTTTTAGCTGGatgtactgtaagggtgtgttttggGGACAATGACAATG
ATACATTACTATTGGATGACAATATCTTGCTGAATTccaagtctgacagt
aaaaatctgatgtaagttttgactcgcacccattttgatttgtctTGCAC
ATTTTGTCGACATCTCAGGGTCATTTTTagatggcttcagcaaaataaga
tatgcaATAAAAACTACACTGTAAAAGGGTGAGAAACGTTCGATAAAATG
AACTgcaagggtacctttttcattACTCAggagctgcactgtaagggacc
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ATAATATACAGatttgtcaagatattgtgagTTTACGGATAAGAATTTTC
TGTCGGTTCTTTAAAGTTCCATTATTGTAAACGCGACCTCTTAAGGGATA
ACCAACCagttatatttcatttttagatacacgtttgtttttacaagaac
atccaaaatttttgaagcctttggatgttcttaactttttgagttttaag
cctcagaaatgttcttaaaattctcttattttcaccatttaagAAATTCG
ATATAACCTTAAAAtgttaacattttgaccatggaagccttatgttctta
tatacctATCCTATATAAGTGTATATTTTAAAGCAgctaattttgtgaaa
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ATACCAACAGATTTTTGGCGTTATCTTTCGAAATGTCAGCGGAGTAAAAA
TCCTACGTCGGGCTTTCGGGGTGTTGGGTATGTGCGACATTTTTAAACCC
TCAAAGGTATCTATAAGGGTTATAAAAAACCAATTCACTATCTGAAAGtg
tccaaaattcacgaaaatcgaaagTCTCCGGGGTCGTGCTCCTTAGGAGG
TTTCTATAATTTTGAAAAGCATTTATAATAGAGCCAATGTAGAGAGAGAA
CCAgcgactacacgctttttttttataagaatggtgttttttttcatttc
atcatggcccatcatggatattcttaacttttttgggaaaatcatcctta
aatattcttaggttagggtaTTTATTTAGGTTATGGTCGAAATTCAACCA
AACTTTAACAAGAACACCTGtagcaaaaattgcatttttgtgaaaatttt
gagcCTTACTGGGTGGAAActggcaatttacagttaaaatttCTCTGTAA
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gatattctCGAtttttttGGCCGTTTCcatcatgaacattcttataaagt
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AACTTAATACCTTAATTATACTACTTTTTAACAGAGAAAGGTTTATCGTA
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ttagattttgtaaaaaatggcTGAAGTGCAGGATTGGAAAGTTGAAATTG
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CTCACTCGGAAACGTAATAAAGCAATCAACAAGGGAAGTCCTGAATCCAA
CAGGAACAGTTTCATATCCATCAGCTCTGAAAGCTCCTCCGACAGTCCTA
ATATCAATACAGATAACAGGAAAAGTATTTCTAGTGACAATGACAATAGC
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GAAAATTGAGAGGGAGTGGAGatcaaagtccaaaaacatcACGAAGTCCT
AAGATACCGaaaagcccaaaaatcaaaaaagacaataagaataagggcga
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ATAGTGACGATTTTAACAACGAAAAGGATGATATTGTCGGCGATTTAAGA
ACTTCAAAGCAATTTGATCGACAAATAAACACACACCAAAGACTTTCAAG
AAAAACTTCGTATGTTGTTGAAGAAATTGTTAATTATTGTGTTCCGTTGG
TCAAAGTTGAATTTGTTGGACAGTCAAGTACTGTTAAAGTATGTATATAT
CTGGTGTTTAAAAACCTATTATCTTTTTATTACTTTTGGTCTGTACCCGT
AGCAAAAAGGTAGTTCGTCTTGTAACCACATTCGAGGGTGACACGGCTCC
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TTTTGATCCACGTTTTTAGTTGTTGATCAGAGAGAAATCGAGCGTATCTT
TTTTAGACTCGTAGgtacactttataagaacaaactatataagaacgtaa
ggcttcGGTTGCCAAATCGTTAAGagcaagctaagaacattttaaggctt
tgtagactctagAACACTTAATTtattaggaaaatagacaaaaatactca
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caaaagccgaaggctccaaaaatttttgatgttcttattaaaaaatgtgt
attatcCGATTCTCTTCTCTTGTGACTCTATGGTACTCTATGGTTGAATA
CATAACCTTGTACACCGTAGCAGAACGTTCTACCTTTGAGGTACGCAGTC
GCATTAAGTTAGAACTTTCCACAAGGGTGCCCAGGGTTCAAGCTTTAACA
CCTCTTCATCCTAAAGACTAAAAAAGATGCTTGATAATATTCGCTAcctc
tttaaagggacataacagtacttgcaaaatttgtaaacaaactgtatgca
atggatacaaaatcaaaacaaatgtcacatgtcaaaataaaaaaacaaac
caaatatggctaattttattgattgttcaattgttttataagtttgtttt
ggacacgtgattttaattgttctctttaatgacacgtggttcgcgcaatg
tttacattttactacttttatgtcacTTAAAAAGAGAAGAGTCAAGtaaa
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AGGATTCAAGGATTCTTTCTAAGGAGATCACTAGATTCTAAAGATCGATT
GAAAATACTTAAaggggcaatccgccaccacaGTGAATGTTTTTCTTGCC
TCGATAACCCAAGATGAAATTTTCGCACTCGGTTAGCAAGACGCGGGATA
TCGAGTCATGTTCGCGGGATATCGAGTAATGTTTttattcatcaaaattt
aatttttctctctttttatagACAGACAAAGTGGATAACAGTGAAAACGT
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ATAAAGATCCATTACAATTTACCATCAAAGACGAAGAATATTGTTCTGTG
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ATGTTATGAAAGATTAATGAAAGATAGTgaagaatttgagaaaatataCC
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AGgagcaaaaactttttgaagtttttgtgagGTCATTGGTCcgttgaaaa
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aggcaaaaaaggttaagaaaaaaactgtctcttatttcgcgcgaaagtgg
aggcTGGCCTTCATGGTGCATCTTGTTGACAAATTCTCTGTCCATGTATG
AgctaaattttccaattttatttttattttctacatTCTTCACAGTACAC
TATCTTTCTGAACAACCTATACACTACACTTTGAGTTTGGGAAGTCGGAA
AACCATGCATTCTATATCTTTGTACacccccggtggaactttttcatttt
ttctatcgaaatcccaatgacAATAGAAATTCTCTTGTTCCCAGGTCAAA
AATCACGTAGGATGGTCtcttggagtgcaattttctcCCATTTCAAATGG
GGAGGaaagaaattaaacttttcaGTGGAGCTGAAGTTGTAGGGTATTTC
TCCTACCAAGgatgaaatttccaaattttccagtaggtaGGGGTCTCTCT
TGGTCTGTGACACAGTGatgttttaatttcaattttcttttcatctaaTA
GTATTATCTGATGTTCTAACGCATAAATACTTCTGGGGTACACGACAACA
ATTATTATGTGGTAAAGTGATTGCTGACTGGATTGATACAGATCGTAATA
CAGCCATTGATCCAATATTTGGTGCCTTGTTATGCCCATGTGGAGGTAAG
GAAATTCAGAAATTCGCTTTTTTGCTTTTcctagaaaaagaaattcatag
gATTTTTTCTATTCCTTGTTCAACACTCCTTATTATTGACCTGGTGATAT
TAACCCTTCCCTGGAAAAGATGCCGAATATCGCGATCAGAAAAATGTCCC
GATAATTTATCCTGATGAAAATTCAAGAAACCTTTCTCCCCACTTGAACA
GACGCTAAAAATTTTAGAACTCCTAAATAACTTCCGAGATATGAACAAAA
GAGTTTACCCATATTTAATCTTGAACAAAGACTCTCCTAATGTTAGAAAA
CCATTATTATAGATGTCAATTCTTTTGGGCATAGTTAATGATAGACTAAC
AATTTTCTGCCTTTCCAGAGGAAAACTGCATGATTGGTGCTCATTTAAAC
GGTAAACGGGGTTGTTTGGAAAGTTCTTTCGCCGAAATAAGGCAATTCTT
TGACAGCTTTATTTCTTAGCTACTCAAAATATGAGAAATTAATGTTATTT
CCTTTTTTACAAAACAGGTCGAGTTGGACCAGGAGATGCAGGTTGGATGC
ACAGCGTGTTCTTTGACGACCGTGGGTTCATGGCATACCATTCTGCTGTT
CACGACGCTTTCGGATATCTCATCACTTACCATGGGAAAGGTCCCGGATA
CGACtatatgaaaaaatcaaaattgggTAGATTTAATCCTTTATCTGGCC
AGTATGATGGTATAAGTTTTTGGAGaaattatctgaaaatgaaagtgatg
cCAGATGATTTAGTTCGAAGTACTTTCGTCATGATTTTTGGTGGAATAAA
TTCAGATGGTATTATGCTGTTGTAAAAGTTGATTgtaaattaatttgtaa
atagcctttttatatatatagtatTATTAAATCTATTATTGAATCTGAGT
ATGTCAAAGGTCTCATTTCTGCTAGTTCGCC Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:2590311..2603591+ >MSTRG.1379.4.p1 ID=MSTRG.1379.4.p1|Name=MSTRG.1379.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1494bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2590311..2603591+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAAGATAGTgaagaatttgagaaaatataCCACGAGAGAAATGTATT
ATCTGATGTTCTAACGCATAAATACTTCTGGGGTACACGACAACAATTAT
TATGTGGTAAAGTGATTGCTGACTGGATTGATACAGATCGTAATACAGCC
ATTGATCCAATATTTGGTGCCTTGTTATGCCCATGTGGAGGTCGAGTTGG
ACCAGGAGATGCAGGTTGGATGCACAGCGTGTTCTTTGACGACCGTGGGT
TCATGGCATACCATTCTGCTGTTCACGACGCTTTCGGATATCTCATCACT
TACCATGGGAAAGGTCCCGGATACGACtatatgaaaaaatcaaaattggg
TAGATTTAATCCTTTATCTGGCCAGTATGATGGTATAAGTTTTTGGAGaa
attatctgaaaatgaaagtgatgcCAGATGATTTAGTTCGAAGTACTTTC
GTCATGATTTTTGGTGGAATAAATTCAGATGGTATTATGCTGTTGTAAAT
GAAAGATAGTgaagaatttgagaaaatataCCACGAGAGAAATGTATTAT
CTGATGTTCTAACGCATAAATACTTCTGGGGTACACGACAACAATTATTA
TGTGGTAAAGTGATTGCTGACTGGATTGATACAGATCGTAATACAGCCAT
TGATCCAATATTTGGTGCCTTGTTATGCCCATGTGGAGGTCGAGTTGGAC
CAGGAGATGCAGGTTGGATGCACAGCGTGTTCTTTGACGACCGTGGGTTC
ATGGCATACCATTCTGCTGTTCACGACGCTTTCGGATATCTCATCACTTA
CCATGGGAAAGGTCCCGGATACGACtatatgaaaaaatcaaaattgggTA
GATTTAATCCTTTATCTGGCCAGTATGATGGTATAAGTTTTTGGAGaaat
tatctgaaaatgaaagtgatgcCAGATGATTTAGTTCGAAGTACTTTCGT
CATGATTTTTGGTGGAATAAATTCAGATGGTATTATGCTGTTGTAAATGA
AAGATAGTgaagaatttgagaaaatataCCACGAGAGAAATGTATTATCT
GATGTTCTAACGCATAAATACTTCTGGGGTACACGACAACAATTATTATG
TGGTAAAGTGATTGCTGACTGGATTGATACAGATCGTAATACAGCCATTG
ATCCAATATTTGGTGCCTTGTTATGCCCATGTGGAGGTCGAGTTGGACCA
GGAGATGCAGGTTGGATGCACAGCGTGTTCTTTGACGACCGTGGGTTCAT
GGCATACCATTCTGCTGTTCACGACGCTTTCGGATATCTCATCACTTACC
ATGGGAAAGGTCCCGGATACGACtatatgaaaaaatcaaaattgggTAGA
TTTAATCCTTTATCTGGCCAGTATGATGGTATAAGTTTTTGGAGaaatta
tctgaaaatgaaagtgatgcCAGATGATTTAGTTCGAAGTACTTTCGTCA
TGATTTTTGGTGGAATAAATTCAGATGGTATTATGCTGTTGTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000006_pilon | genome | sc0000006_pilon:2590311..2603591 + |
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