MSTRG.1374.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1374.1.p1
Unique NameMSTRG.1374.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:2548720..2553124+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1374.1.p1 ID=MSTRG.1374.1.p1|Name=MSTRG.1374.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=4405bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2548720..2553124+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CATGTTTCAACTTTCTGACTTATTTTAGATAAACATGTGTGAATTGTTTT
GGATGAAACTATgatttctaaatttaaaattaataagaaattgcattttt
ttcaGTCATGAAGCACCTAAAAGTTAAGTGGCAGGTTTTACTATACATTG
CATTTATATACATAAAACTGTCAGACTCAAAGGTCTGCATAGCAAGTGGT
CCATGTGGTTGTAAGTTAGATGATGATAGTGCGGAAATGGATTTATCACC
ACTCATGAACAATGCACCGAGCCCTATGTAAGTATGTTTATTAAGTTGAC
AACCTTGGTTTTCCACTTGACAGCGTAATatgaaattttaggtttttaat
aATTTGGCGTAAAGATTCTCAAAATCTCAAGATTCTTTAAGAATATTATC
ATTTCCTTGTATTACATCTTTAATACTAATAGATGTGTACTTTATATTCT
GTTTTATTTACTGATTCctcatttttacaaaatttctcaGAATAAAATTT
AGTCAATATCAACTTTTTAGTTTCCATACAGAATGTTTTTCTCTTTCGTC
AAATTCTTTGACTTTATGATATCATTGCtcttttaaaaaatgtattcaac
tttttttcaaatttcttattcCTTTCAATTTGTGAACTGACACCATCTTC
TGTGATCAAGGTTTTCAGGTGTGGACACGTCAACAGGAGGGTTTTCAGTG
TCAGTCGACTTATGCAGAACTTTTGCATGTCTCAACACTAATGATGCTAT
GGTAAgaagttttttgttgtttgtctCTTACTCTTATGGCCAACccgtga
aaataaaaaaaaaattatgtgaattggaaaactttgcaggaattgcgaaa
aaacattgcgtgaatgcatgaatttgggaaaaaaatttgcgtgattgcgt
gaattgaaagtCTGCTTGGGGGGCCTCTCTCATGAATGAAgattttgttc
acttttttaaaatagctcttggcaaatatttttcatttgattcaTCACAC
TTTTGTACTTTCATTTTAAATCTCCCTCTTCCAGTTTTGTGCTATTGATG
CCATCCCAAGCCCGTTCGTTATTGGAAACAAACTTTCAAGCTTTGATTAT
GATGAGGAGAACGATATTGTGACATTCATATATACTTTAACAGGGGCTGC
AGAGTATGCTTTTTATTAGAATTCACTTTTTATATTGTTCTGTATTGTTT
ATAAATCAATCTTTCTGGTTTTAGAAagtttattcttttaaaaaaacagA
GAAACATCAGGAAGAACTTTCAATTTGCACCGCAAAACATACATAGATTC
TGATAtcgtttaatttttgttttcccTTTTGTTTAATAGGCCTGCAACAA
TAAGGATAGTATTGCATTGCACTCAAGACAGTGGTATCGGGAAAATGTCA
GATTTTGATATCAGTGGACAGGGGTCTACTTTTGTAGGTTTAGTATTTTA
TTTCGTTTGGTTCAATGCTCTTTATAATATCCAGTGTGTCTTTTTGTGAC
ATGAACCTGgtgtttctgtttttgtttctttagaAATCTACTCTACTATC
AAAATATGCATGTTGGAAAAGGtctggtggtggtggtggatcTGGTGCGA
AGTCTGGTGGACTCAGCAAGGGTAGCATACTATGTATTTCGTAAGtttgc
tttaaattagctttaaattttaaattttttaaattttagattaaatttgt
attttagatttGAATACACTTGTATTAGGTACTGTTGGCCAggtttttcc
catttttctaGAGAAGAATTAACAACGACTACTACTAGGTCAAAAAGGCA
CACATTCAATAATTTCCACTGACTGCAAGATTTATTGACCATCTCAACAG
TTTTTATTGACTGTCAAATACAAatttattaacaaaaaaatatttttaac
cgtCAAATCAATTTTCTAGGaaactaaaaaagtaagaaaattgtCAATGT
CAATGAAACTTGCTAATAgtcaattaaaaatatttaacacGTGCCTTGTT
GGCCTATTATTGAATTAAGGTTTGGAAATGGTAAATACCCTACTGGATAG
GAGTTTTGACATACTTAAGATATCTGAAAATTTCGAATTAGAGGAAAATA
TCTTGCCTTTATgaagttttgatattttgttttcagATTATTGGTCATCA
GTGTAGTCTACATTGTTGGTGGCATTCTCATCAATAAATATGTCCGAAAA
GTAGATGAGTCCACCAGTTTATGTCCGAATGCTGAATTCTGGAAAGTATT
ACCTGGATATATTAAGGTTGGTTTAGATTTTCGTTGATATTATAATATGC
TTACTTGCACTTCATTATTATAACATCTTTGCATGTCTTGTATGGGTTCG
ATTCCCAGTAGATGCTGTGtctcacttggcaagtgaatgtaccaaCGCCc
tggtcaacccatgccatacaaggggaattgggtaccatgcTCTGATACAA
GTATGGGGAGATATGCCTGTCTCTGTGGTGTGGTTGCTAATACTTGCCAG
GTTCGACCATGCGAGGATGCACTTTCCTCCCGAGTCGTTCGAGTATAGTA
ACTGTACATACTCAGCTCTGTGTGTCGCGAGCACGAGTTGGCAGAGTCAG
GTAAGGGCAgtgatttccctatcctagGATAGTCAATACTGTCCTGGAAA
GGACCTGTTCGGTTCACCGGAAGGACTatctctctttctctctttttgca
TTCCTTTCAAAGTTAACCAACACAGTACATAAATCCTAATGAGGCCAGTA
AATACTCATGGTTTAGCTTTGGTTAATGATCTTTGGAGATTAAAAGGGTT
ACCACAATTTTTAGGtgttttttaaaatgttattcTGAAACttacaaaaa
ctaaaaattaaacagtgcacgaaaatgattttttcattcaagCAAACAAA
ATCTAccaataggccttttcataaattataagtgcaacgactgcctcgtt
ttgaaaccattaccaaggtgatcaAATCCCTTGAGGCGTCAATTATTACT
TTTTGAATAGATTTGACTCTTTTGAACTCatctgggaatcaattaccatg
gtaatattttgaaaacgaggtaagtgttgcttgtgacgtaatttataaaa
aggtctatCCCTTCACATTTTTATGTATATATGTTCTTTTTAGGATGGAT
TCATGTTTACGAAATCCAAAATTAAGAAAGACAAAGAATATGAGCAGATA
TAACATAACTTTACAACAATtcctttttttatacttttttaatgtttata
atAATTGTTTCAGTTTAGTTTAAATCATAGTAGTAATATTTTATAGGTAG
TATGCAATTTTAAAGACATAAAATGATAATTTATTTTCTAGATAATATTA
CTAGTCAGAAAGCGTTTTTCAAAACACAGCCAGTATAGAAACCCTAACTG
GGCCCAGTCAAAATATTATATGACCTAccagatttttttataaaatatcc
cATCATGGACCATCACTTCAGGATTGCTCCCAAAGGGATAGAGAATGGTG
TGATATTTCGGGAAATTTGCGATCGTTATCCTAATGCTGCGCTTGTGGAT
GTGTGAATATGGAAAGATGGGTACCCTCCCTAGGAAGTGACATTCGGAGA
agggataaaattaaaaagcttttttgaaatttaggtGCAAATACGGAAAA
TAACCAGAATTGTTGAGGTTTCAAAGTTTGTTGAATATAAtatgtttcaa
agttttcaacTCCTTGAtaaaattacaagaaaaaagGCCgtaaaacgttg
tttaattctctgacaaaaataatataatGAGTTGTATCAAGTTTGGGTCT
GATCTGTTACTTTTGGATTCAAAGTACTTAGCAGTAAGATTGATAATAAC
TTGCTTCCTCCTTTAAATCATCTTAGATAAACAGTCTCGACAGTTGGCTT
TCCTAtccgggggggagggggtgcaAAGCaactttttgtgaaatttttac
gaccctttggGACAATTTTGACCCATCTTTGACAATCCATTTTGACGATC
TTTGACCCttgtgggactgaaatttgattttctgatttttccgaccctta
gcgggactttggaaatccaaaaaaggtgcccataagggcggcacataccg
taccctccatttgcatAAGTACAGGGGGTACCCCCGGGTCCCTATCAAAC
TGTAACTTAAATACAATAAGAACCAACATAATATATTATACACAAATAGC
ATTCACCTTTTAATATGAAGTTTAGATAATTATTTTACGACAatattttt
tgtacttttttaaaatttcttctgcAGCCACTCACCagatttttataaga
taagattttgtagaatttttatactcattataatttttgtaataatttag
aataatttacattaaataaattatcataaaattaaaGATTGCATGAATAC
ACCAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:2548720..2553124+

>MSTRG.1374.1.p1 ID=MSTRG.1374.1.p1|Name=MSTRG.1374.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5397bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2548720..2553124+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAGCACCTAAAAGTTAAGTGGCAGGTTTTACTATACATTGCATTTAT
ATACATAAAACTGTCAGACTCAAAGGTCTGCATAGCAAGTGGTCCATGTG
GTTGTAAGTTAGATGATGATAGTGCGGAAATGGATTTATCACCACTCATG
AACAATGCACCGAGCCCTATGTTTTCAGGTGTGGACACGTCAACAGGAGG
GTTTTCAGTGTCAGTCGACTTATGCAGAACTTTTGCATGTCTCAACACTA
ATGATGCTATGTTTTGTGCTATTGATGCCATCCCAAGCCCGTTCGTTATT
GGAAACAAACTTTCAAGCTTTGATTATGATGAGGAGAACGATATTGTGAC
ATTCATATATACTTTAACAGGGGCTGCAGAGCCTGCAACAATAAGGATAG
TATTGCATTGCACTCAAGACAGTGGTATCGGGAAAATGTCAGATTTTGAT
ATCAGTGGACAGGGGTCTACTTTTaAATCTACTCTACTATCAAAATATGC
ATGTTGGAAAAGGtctggtggtggtggtggatcTGGTGCGAAGTCTGGTG
GACTCAGCAAGGGTAGCATACTATGTATTTCATTATTGGTCATCAGTGTA
GTCTACATTGTTGGTGGCATTCTCATCAATAAATATGTCCGAAAAGTAGA
TGAGTCCACCAGTTTATGTCCGAATGCTGAATTCTGGAAAGTATTACCTG
GATATATTAAGGATGGATTCATGTTTACGAAATCCAAAATTAAGAAAGAC
AAAGAATATGAGCAGATATAAATGAAGCACCTAAAAGTTAAGTGGCAGGT
TTTACTATACATTGCATTTATATACATAAAACTGTCAGACTCAAAGGTCT
GCATAGCAAGTGGTCCATGTGGTTGTAAGTTAGATGATGATAGTGCGGAA
ATGGATTTATCACCACTCATGAACAATGCACCGAGCCCTATGTTTTCAGG
TGTGGACACGTCAACAGGAGGGTTTTCAGTGTCAGTCGACTTATGCAGAA
CTTTTGCATGTCTCAACACTAATGATGCTATGTTTTGTGCTATTGATGCC
ATCCCAAGCCCGTTCGTTATTGGAAACAAACTTTCAAGCTTTGATTATGA
TGAGGAGAACGATATTGTGACATTCATATATACTTTAACAGGGGCTGCAG
AGCCTGCAACAATAAGGATAGTATTGCATTGCACTCAAGACAGTGGTATC
GGGAAAATGTCAGATTTTGATATCAGTGGACAGGGGTCTACTTTTaAATC
TACTCTACTATCAAAATATGCATGTTGGAAAAGGtctggtggtggtggtg
gatcTGGTGCGAAGTCTGGTGGACTCAGCAAGGGTAGCATACTATGTATT
TCATTATTGGTCATCAGTGTAGTCTACATTGTTGGTGGCATTCTCATCAA
TAAATATGTCCGAAAAGTAGATGAGTCCACCAGTTTATGTCCGAATGCTG
AATTCTGGAAAGTATTACCTGGATATATTAAGGATGGATTCATGTTTACG
AAATCCAAAATTAAGAAAGACAAAGAATATGAGCAGATATAAATGAAGCA
CCTAAAAGTTAAGTGGCAGGTTTTACTATACATTGCATTTATATACATAA
AACTGTCAGACTCAAAGGTCTGCATAGCAAGTGGTCCATGTGGTTGTAAG
TTAGATGATGATAGTGCGGAAATGGATTTATCACCACTCATGAACAATGC
ACCGAGCCCTATGTTTTCAGGTGTGGACACGTCAACAGGAGGGTTTTCAG
TGTCAGTCGACTTATGCAGAACTTTTGCATGTCTCAACACTAATGATGCT
ATGTTTTGTGCTATTGATGCCATCCCAAGCCCGTTCGTTATTGGAAACAA
ACTTTCAAGCTTTGATTATGATGAGGAGAACGATATTGTGACATTCATAT
ATACTTTAACAGGGGCTGCAGAGCCTGCAACAATAAGGATAGTATTGCAT
TGCACTCAAGACAGTGGTATCGGGAAAATGTCAGATTTTGATATCAGTGG
ACAGGGGTCTACTTTTaAATCTACTCTACTATCAAAATATGCATGTTGGA
AAAGGtctggtggtggtggtggatcTGGTGCGAAGTCTGGTGGACTCAGC
AAGGGTAGCATACTATGTATTTCATTATTGGTCATCAGTGTAGTCTACAT
TGTTGGTGGCATTCTCATCAATAAATATGTCCGAAAAGTAGATGAGTCCA
CCAGTTTATGTCCGAATGCTGAATTCTGGAAAGTATTACCTGGATATATT
AAGGATGGATTCATGTTTACGAAATCCAAAATTAAGAAAGACAAAGAATA
TGAGCAGATATAAATGAAGCACCTAAAAGTTAAGTGGCAGGTTTTACTAT
ACATTGCATTTATATACATAAAACTGTCAGACTCAAAGGTCTGCATAGCA
AGTGGTCCATGTGGTTGTAAGTTAGATGATGATAGTGCGGAAATGGATTT
ATCACCACTCATGAACAATGCACCGAGCCCTATGTTTTCAGGTGTGGACA
CGTCAACAGGAGGGTTTTCAGTGTCAGTCGACTTATGCAGAACTTTTGCA
TGTCTCAACACTAATGATGCTATGTTTTGTGCTATTGATGCCATCCCAAG
CCCGTTCGTTATTGGAAACAAACTTTCAAGCTTTGATTATGATGAGGAGA
ACGATATTGTGACATTCATATATACTTTAACAGGGGCTGCAGAGCCTGCA
ACAATAAGGATAGTATTGCATTGCACTCAAGACAGTGGTATCGGGAAAAT
GTCAGATTTTGATATCAGTGGACAGGGGTCTACTTTTaAATCTACTCTAC
TATCAAAATATGCATGTTGGAAAAGGtctggtggtggtggtggatcTGGT
GCGAAGTCTGGTGGACTCAGCAAGGGTAGCATACTATGTATTTCATTATT
GGTCATCAGTGTAGTCTACATTGTTGGTGGCATTCTCATCAATAAATATG
TCCGAAAAGTAGATGAGTCCACCAGTTTATGTCCGAATGCTGAATTCTGG
AAAGTATTACCTGGATATATTAAGGATGGATTCATGTTTACGAAATCCAA
AATTAAGAAAGACAAAGAATATGAGCAGATATAAATGAAGCACCTAAAAG
TTAAGTGGCAGGTTTTACTATACATTGCATTTATATACATAAAACTGTCA
GACTCAAAGGTCTGCATAGCAAGTGGTCCATGTGGTTGTAAGTTAGATGA
TGATAGTGCGGAAATGGATTTATCACCACTCATGAACAATGCACCGAGCC
CTATGTTTTCAGGTGTGGACACGTCAACAGGAGGGTTTTCAGTGTCAGTC
GACTTATGCAGAACTTTTGCATGTCTCAACACTAATGATGCTATGTTTTG
TGCTATTGATGCCATCCCAAGCCCGTTCGTTATTGGAAACAAACTTTCAA
GCTTTGATTATGATGAGGAGAACGATATTGTGACATTCATATATACTTTA
ACAGGGGCTGCAGAGCCTGCAACAATAAGGATAGTATTGCATTGCACTCA
AGACAGTGGTATCGGGAAAATGTCAGATTTTGATATCAGTGGACAGGGGT
CTACTTTTaAATCTACTCTACTATCAAAATATGCATGTTGGAAAAGGtct
ggtggtggtggtggatcTGGTGCGAAGTCTGGTGGACTCAGCAAGGGTAG
CATACTATGTATTTCATTATTGGTCATCAGTGTAGTCTACATTGTTGGTG
GCATTCTCATCAATAAATATGTCCGAAAAGTAGATGAGTCCACCAGTTTA
TGTCCGAATGCTGAATTCTGGAAAGTATTACCTGGATATATTAAGGATGG
ATTCATGTTTACGAAATCCAAAATTAAGAAAGACAAAGAATATGAGCAGA
TATAAATGAAGCACCTAAAAGTTAAGTGGCAGGTTTTACTATACATTGCA
TTTATATACATAAAACTGTCAGACTCAAAGGTCTGCATAGCAAGTGGTCC
ATGTGGTTGTAAGTTAGATGATGATAGTGCGGAAATGGATTTATCACCAC
TCATGAACAATGCACCGAGCCCTATGTTTTCAGGTGTGGACACGTCAACA
GGAGGGTTTTCAGTGTCAGTCGACTTATGCAGAACTTTTGCATGTCTCAA
CACTAATGATGCTATGTTTTGTGCTATTGATGCCATCCCAAGCCCGTTCG
TTATTGGAAACAAACTTTCAAGCTTTGATTATGATGAGGAGAACGATATT
GTGACATTCATATATACTTTAACAGGGGCTGCAGAGCCTGCAACAATAAG
GATAGTATTGCATTGCACTCAAGACAGTGGTATCGGGAAAATGTCAGATT
TTGATATCAGTGGACAGGGGTCTACTTTTaAATCTACTCTACTATCAAAA
TATGCATGTTGGAAAAGGtctggtggtggtggtggatcTGGTGCGAAGTC
TGGTGGACTCAGCAAGGGTAGCATACTATGTATTTCATTATTGGTCATCA
GTGTAGTCTACATTGTTGGTGGCATTCTCATCAATAAATATGTCCGAAAA
GTAGATGAGTCCACCAGTTTATGTCCGAATGCTGAATTCTGGAAAGTATT
ACCTGGATATATTAAGGATGGATTCATGTTTACGAAATCCAAAATTAAGA
AAGACAAAGAATATGAGCAGATATAAATGAAGCACCTAAAAGTTAAGTGG
CAGGTTTTACTATACATTGCATTTATATACATAAAACTGTCAGACTCAAA
GGTCTGCATAGCAAGTGGTCCATGTGGTTGTAAGTTAGATGATGATAGTG
CGGAAATGGATTTATCACCACTCATGAACAATGCACCGAGCCCTATGTTT
TCAGGTGTGGACACGTCAACAGGAGGGTTTTCAGTGTCAGTCGACTTATG
CAGAACTTTTGCATGTCTCAACACTAATGATGCTATGTTTTGTGCTATTG
ATGCCATCCCAAGCCCGTTCGTTATTGGAAACAAACTTTCAAGCTTTGAT
TATGATGAGGAGAACGATATTGTGACATTCATATATACTTTAACAGGGGC
TGCAGAGCCTGCAACAATAAGGATAGTATTGCATTGCACTCAAGACAGTG
GTATCGGGAAAATGTCAGATTTTGATATCAGTGGACAGGGGTCTACTTTT
aAATCTACTCTACTATCAAAATATGCATGTTGGAAAAGGtctggtggtgg
tggtggatcTGGTGCGAAGTCTGGTGGACTCAGCAAGGGTAGCATACTAT
GTATTTCATTATTGGTCATCAGTGTAGTCTACATTGTTGGTGGCATTCTC
ATCAATAAATATGTCCGAAAAGTAGATGAGTCCACCAGTTTATGTCCGAA
TGCTGAATTCTGGAAAGTATTACCTGGATATATTAAGGATGGATTCATGT
TTACGAAATCCAAAATTAAGAAAGACAAAGAATATGAGCAGATATAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1374MSTRG.1374Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1374.1.p1MSTRG.1374.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1374.1.p1.exon1MSTRG.1374.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1374.1.p1.exon2MSTRG.1374.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1374.1.p1.exon3MSTRG.1374.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1374.1.p1.exon4MSTRG.1374.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1374.1.p1.exon5MSTRG.1374.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1374.1.p1.exon6MSTRG.1374.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1374.1.p1.exon7MSTRG.1374.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000006_pilongenomesc0000006_pilon:2548720..2553124 +