MSTRG.13736.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13736.1.p1
Unique NameMSTRG.13736.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000111_pilon:225999..231203-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13736.1.p1 ID=MSTRG.13736.1.p1|Name=MSTRG.13736.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5205bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000111_pilon:225999..231203- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCTATCAAAATTTCTGAAATATAAACGGCTCAAAGACAAAAATTCAGTGA
AGAATTCATTTGTGGAGATAGAAAGAATTTTTGAGAGAATTTTTAACAGT
TGCTCAGATAAATAAGATCAAATTTTTCATCGAATTTTACTAAGACATGA
ATTATTTTGACTGTCACCTACTGGTATTATTTAAACTATGGACGACAGGA
TTTTGTTGTCTTTATAAAAGTGACCAAGTTCAGACGTCTGTAGACAACGC
CACATTTGTTGAATTTGCACGTTCAGCAGTTGAATGTACTTTCCAATGTC
AACGTTTAAAGAAAACACCTTTCTACACTGAAGATAAGAAATGTTATTGT
TTGGATAAAGTTCAAGATTCTGTTTATACTGAGGACGTTAAAAATGGACT
GATTTATAAAAAAGTAAACAATGTTTTCTACCATTAAAATTTAAGCAAGG
CCTTCCCACTGGAAAAAATGGCCAAAATATCGTCCCCTGTGGAAAATTAT
ACTCCAATTTTTGTCCCCACTGAAAATAGTCAAATAAAGCTATCATCACT
GCAAAATATTATGCTATTTTTCCCATCCCCACTGAATTTCCTGACTAAAC
AAGAGAATATGGGAATATCAATCCCCATCGAGTTTCAGTCCGTTATTTTT
ATCCCCACTGGCTGAAAAAATTCTACCGGGTCTGTGAGAAGGGAGTGTAT
GGACTCTTTAGTTGTCTTTCGCTAATTAGAATTACTTGGAGGTTCGAATT
ATAGAAAGCATTTTGAAAACAGAAGTATCCCCCTTGACGGGTACTAAAAA
TCAATTCGAGTTAAAGAAAGATTCGAATAAAAGTTTGAGAGGGTCCACAA
ATCTATCCCCCACTTCCATGGAGGTGTGAAGGGAACATATCTTAGGCTAA
CTCGACATTTCAAATGTCAGCCAAAAAACTTTTCTCATGATTTTGTGGTA
ATACAATTTTAAACTTTTCAGGCTGAATTCTCGTACGAAGAGAGGCAAGT
TCAACATCCTAGTCCAACAACATCCCCAACAACAACGACAACGACAACGA
CAACGACAACATCAACAACAACAACAACAACAACAACAGCGACGACGACT
GTCACCCCTACAACTCAGCCACAACGTGAGTAAATTCTAATTTAAAATTT
CAAGCAAACCAATGTCGGGTATAGGTCTATGTAATTCCTTATTAATTTCG
CATAGCGAAAGTATTACGATAGTCTTTCTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
TGTGTGGCGAGAAAATTTTTTGGGCGTAAATTATGGCGTGGGCGTTTGGC
TGCGGGCGTACTACGGCCAATGTTCTAAAAGTGGACTCACTCACAAAGAT
AAAAAACAGCGCTTTTCTTAATAATTAAAATACGCTAGTGCAAGAAGTGT
AACCAAGCCTTTGTAAACATCTATCTTCATCATGATAATTTTTTAATGGC
TGCTTGATTGCACGCATGCTTTTGAAACTTGAGATGTATAAATTTTTATC
ATGTTTTCTGGTCTTTTGTAGAGTATTTAGAGGTTTATTATTCGTTTACT
ACTAAGTATTTTATGTTTGTGTAGTTAGTGAATGCACCAATAAATTGATA
ATGCTCAGTGAGTAGTATAAAAAGAGTTAATTTTACACAACAACAACACT
CACACATAAAACCCTCTTCTTTACTGAAACTACAAACAGCACAGGTATGA
TCTTTTTTTCCTTTTTTCACCAGATAGTTATGTGTTAAATATTAACCAGT
TGTGACAAACAGTCTGGTTTAGCAAGTTTTTCCATGTATATATTTCCTAG
AAATATCATCATGTCAATTGAAATTCAGCAATTATTTCCGTAATCGAACT
GTCGAGCTATCCAACGAAATCGAACGATTTAGCTGTTTGATTACTGAGCC
TAATTTGGTAAGAAAATTTTTTGATTAGTTTGATTATACCTATAAGTTTG
ATGACAGTTTTTTATCTGATGAAGTTTGATTGTTTGATTGGTGTTCGATG
AGTTTGGTTTAAGTAAAGGTTCCAGCTTTTCCTCGCCGATGCCAGGCGAT
GATGATCAATTAAACCGATTTTGGTAATTGAACACATCGAACGAAATCGA
ACGATAGGTGTTCGATTATCGAACTTAATTTAACAGTAATAGAACTTTGC
CAGAAAATCTTCAGTTTGATGTTTGATTAAAGTTTGATTACTTACATTGC
AGTTCGATTAAATCCAATCAGTGTTTTTGTAGCTTAAATGATTCTAGTTA
TTGCTAGCGCAACAGCTCAATCAAACACATCGTACATCAATCAAACTAAC
CGGAATTTATTGGTTCGATGACTGTTGGATTTGGTTCAGTAATCAAACAG
TTCGATTGACATCGCTTGGTCGATGGGATGATAGATATTGGCCTGCTCTT
TAAGCTTTATCGTGGGTCTACTAATAAGCCATCAGAGTGTAAAAAGAATG
GTAATAAATCAAACTAATTGTGCTTTAATCAAACTTCATCGATCTTGATA
CCTCTTTTGCCAATCTGGATTTTCATTTTGAATCATTAAAAACTCCAGTG
GTACCGTTGTTTTGTATGAGATTCCCATTTCCGCACTAAGATTCTTGATA
CTTTTTTGGAATCTCACCCCGGGATAACCAACAAGAGGTTGGGGAAGGTT
TGTGTTAATGGGATGCAGTTAGAGCATAAAGGATTCTTTGTTGTGATTTT
CTAGAAGGGCCATTAATCAATTACGTATAAATATAATATTGATTCTTTTA
CTGTTTTTAGCACTTACTACTTTCACTGGTGTGTAAACATTTATTTTATG
ATTTTGAAAGATTTACGGTCAACCTAGAAATAATTAATTTTAAAGGTCTA
TTATAGCATCAGAAAATAATTGAAAATTGAAAATAATTGCATCACTTTTA
GTGAGGTTTAGTCAATTAGTATGTGGTGGGAAAATTTGAGTGACAGGTGG
TAAATAAGTCCCCATATTATATCTTGACCGAAGTCTGTATCCTTAAGTTA
ATATATTTTTATATGGATTTTTGTGTTGAAATTTGGGAAAATTTTAATCT
CAACGAGTATTATTTATTTAAAGCTTAAAGTTGGCTAGATTTTACCCTGC
CATTTTCTAGTTCAGAAGCTTGAGCTCAACTGCTTTTTGCCTTTAATGGC
CTCTGCCAGAAAATGCCTATACATGGGGGGGGGGGTAGAGAATATAGTGT
CCAGGGAGGGGGGTTAATGAAAAATCTACAAAATTTGCCTTGTCCGGTGG
ATGGGTAAACTTGCTCTGTTTGGGGTAATTTTGCTCTGTTTTAGGGTAGT
TTTGATTGTCCATGGAGTCAACTGATGTTTGTCAGAGAGTTAGACCTGCT
GTACGGGGGGTTAGACCTGCTGTCTGTGGGTCAAAAGTCACAGGGTAAAT
TTCAAAAAAAATTTATATCCTCCAACCCCCCCCCCTACAATATTCTGCAA
TATTCAAATTTTTTCGGGAAAAGCCCAATAATTTTGAGGGTGGTGCACAA
AATGAAGTCTCTGGCATCAAAGAATGGAAAGTTCTTTTTTTTTCTTCATT
TTCAAAAAATTTTAAAATTATTTTTCTCAAGTATATTGCAGTTCTCTGAT
TTATTCTGAACCCAATTAAAAGATCTTTTTTACGCTTATAAAAAGGAATT
TTTTAGTCGCATGTTTTAGGAATCTTTTTGTTTTTATTCAGATTTTTCAT
AAGAAAACAGGGTATCTACGACCTTTGTGTACTACAATGTGTATATTTTG
TGTAACGCTTCATTCAAAATCCATAATGCTGCAGGAGTCACGTTTCACGC
GTCTTCGTCGTTGATGTTCAAATATTATGCGAAATTTTCGACTTTAAGTC
GTCTTGTTTCATTTTGAAATCGTCATTTTCTTTTGAAGTCGATAGAAGTG
TATTGAGCTTATTGGTTCAGCAGAAAGAAAAGAAAATTGCTCTTTGACCT
AAGCTTTGACCAATAAGGTCAAAAATAGCCTAATATAGCCTAGTTTGTTT
TTTTGAAATTTCGCCAACGAGTCAAAAATCACAACGATTAACGTTGTCAG
TTTACTTTACCATAAGCCACTTGTGCTGCCAGTTTGGTGAATTTTCTTTA
GTGACTTAGTGACCATATTTATTCTGGGGAACTTTTGAGAATTCTACAGA
CTTTTGCCCGGGATTGTAGTTAACAATACCTTTAAGACCGGTCTCTAATT
GCGGCACTTTTTGGATTCAATCCTTTTTGCTTGCAAAAAGATTATGTCAT
GAAAATGTAGCGCGCACTCGAAAAAAAGTTTTTTCAACCGTTACGTCAGA
TCTCGCCAATGGAATTGTTTCTTTTTTTTTACCAATAGCGTTGAAGCTTT
GCTCGAAAAGTGCGATTGAAGCGCGCGCAAGTGGAGACCGGCCTTTATAA
GCCAGTCTCTATTACTCGAAATTATAACTCAAACAACTTTGAAGCCCTTC
GTATTTTGATTTTAGTACAAACCTACACTATGAGTATTCGTATCAGCATC
TACTGCTACGATGATGCAGGGAGCACGTGTGAGATTTATGGATCACTTAA
ACTTAATATTGGAAACAGAGCGTCGAATCAAAATATCGCTATATGGGGTC
CGGTATCAGGAAGCAGCACCGTCGAAATTAATGAGAGGACACCAAAATAC
TACAGTGTCACTAAGTCATTTCAAGAATACGAAGCCTTTCAAACCAGCAA
CGATAAAATCAGTATCTCTGGTACTATCAAAGAATCAGACATAACAGGGG
ATGACACAATTGCTACATTTAGTAATGTCTATATCTATGCTAGAGACGTG
TTCGGGGTCCACCACAGTCGAAAAAAAAAATATGGTAGCGATTGGGTTGA
AGTGCGAATCATATATGAGAAGTAACCTTAAAGAAAGGAACAAAAAAAAA
ACAGTAAAACTATTTTTTTTATATAAACTTCCTAATTTCTCCACATGTAT
TGTTCAAGCGAGGAAGCACGATGGACAATGAATATGAATAGGTTTAAGTT
TTAAATAATCTGTCATTTTGTATAAAATAATAGCTTTTCATGAAGAAAAA
GTTACTTGATAAGTAAGGGGTAAATGTACCACAATGTATACCCCATAGAA
TGGTGTTTCTCTTTGCATCCCACAAAGTTAGGAAATTGTTATTCAAAAAC
AAAATTTCCCAAATAACACACTTTTTTATAAGAACAACGTCGTAAATAAT
ACGAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000111_pilon:225999..231203-

>MSTRG.13736.1.p1 ID=MSTRG.13736.1.p1|Name=MSTRG.13736.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2493bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000111_pilon:225999..231203- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TACAAACCTACACTATGAGTATTCGTATCAGCATCTACTGCTACGATGAT
GCAGGGAGCACGTGTGAGATTTATGGATCACTTAAACTTAATATTGGAAA
CAGAGCGTCGAATCAAAATATCGCTATATGGGGTCCGGTATCAGGAAGCA
GCACCGTCGAAATTAATGAGAGGACACCAAAATACTACAGTGTCACTAAG
TCATTTCAAGAATACGAAGCCTTTCAAACCAGCAACGATAAAATCAGTAT
CTCTGGTACTATCAAAGAATCAGACATAACAGGGGATGACACAATTGCTA
CATTTAGTAATGTCTATATCTATGCTAGAGACGTGTTCGGGGTCCACCAC
AGTCGAAAAAAAAAATATGGTAGCGATTGGGTTGAAGTGCGAATCATATA
TGAGAAGTAAGCTGAATTCTCGTACGAAGAGAGGCAAGTTCAACATCCTA
GTCCAACAACATCCCCAACAACAACGACAACGACAACGACAACGACAACA
TCAACAACAACAACAACAACAACAACAGCGACGACGACTGTCACCCCTAC
AACTCAGCCACAACATGAATTATTTTGACTGTCACCTACTGGTATTATTT
AAACTATGGACGACAGGATTTTGTTGTCTTTATAAAAGTGACCAAGTTCA
GACGTCTGTAGACAACGCCACATTTGTTGAATTTGCACGTTCAGCAGTTG
AATGTACTTTCCAATGTCAACGTTTAAAGAAAACACCTTTCTACACTGAA
GATAAGAAATGTTATTGTTTGGATAAAGTTCAAGATTCTGTTTATACTGA
GGACGTTAAAAATGGACTGATTTATAAAAAATACAAACCTACACTATGAG
TATTCGTATCAGCATCTACTGCTACGATGATGCAGGGAGCACGTGTGAGA
TTTATGGATCACTTAAACTTAATATTGGAAACAGAGCGTCGAATCAAAAT
ATCGCTATATGGGGTCCGGTATCAGGAAGCAGCACCGTCGAAATTAATGA
GAGGACACCAAAATACTACAGTGTCACTAAGTCATTTCAAGAATACGAAG
CCTTTCAAACCAGCAACGATAAAATCAGTATCTCTGGTACTATCAAAGAA
TCAGACATAACAGGGGATGACACAATTGCTACATTTAGTAATGTCTATAT
CTATGCTAGAGACGTGTTCGGGGTCCACCACAGTCGAAAAAAAAAATATG
GTAGCGATTGGGTTGAAGTGCGAATCATATATGAGAAGTAAGCTGAATTC
TCGTACGAAGAGAGGCAAGTTCAACATCCTAGTCCAACAACATCCCCAAC
AACAACGACAACGACAACGACAACGACAACATCAACAACAACAACAACAA
CAACAACAGCGACGACGACTGTCACCCCTACAACTCAGCCACAACATGAA
TTATTTTGACTGTCACCTACTGGTATTATTTAAACTATGGACGACAGGAT
TTTGTTGTCTTTATAAAAGTGACCAAGTTCAGACGTCTGTAGACAACGCC
ACATTTGTTGAATTTGCACGTTCAGCAGTTGAATGTACTTTCCAATGTCA
ACGTTTAAAGAAAACACCTTTCTACACTGAAGATAAGAAATGTTATTGTT
TGGATAAAGTTCAAGATTCTGTTTATACTGAGGACGTTAAAAATGGACTG
ATTTATAAAAAATACAAACCTACACTATGAGTATTCGTATCAGCATCTAC
TGCTACGATGATGCAGGGAGCACGTGTGAGATTTATGGATCACTTAAACT
TAATATTGGAAACAGAGCGTCGAATCAAAATATCGCTATATGGGGTCCGG
TATCAGGAAGCAGCACCGTCGAAATTAATGAGAGGACACCAAAATACTAC
AGTGTCACTAAGTCATTTCAAGAATACGAAGCCTTTCAAACCAGCAACGA
TAAAATCAGTATCTCTGGTACTATCAAAGAATCAGACATAACAGGGGATG
ACACAATTGCTACATTTAGTAATGTCTATATCTATGCTAGAGACGTGTTC
GGGGTCCACCACAGTCGAAAAAAAAAATATGGTAGCGATTGGGTTGAAGT
GCGAATCATATATGAGAAGTAAGCTGAATTCTCGTACGAAGAGAGGCAAG
TTCAACATCCTAGTCCAACAACATCCCCAACAACAACGACAACGACAACG
ACAACGACAACATCAACAACAACAACAACAACAACAACAGCGACGACGAC
TGTCACCCCTACAACTCAGCCACAACATGAATTATTTTGACTGTCACCTA
CTGGTATTATTTAAACTATGGACGACAGGATTTTGTTGTCTTTATAAAAG
TGACCAAGTTCAGACGTCTGTAGACAACGCCACATTTGTTGAATTTGCAC
GTTCAGCAGTTGAATGTACTTTCCAATGTCAACGTTTAAAGAAAACACCT
TTCTACACTGAAGATAAGAAATGTTATTGTTTGGATAAAGTTCAAGATTC
TGTTTATACTGAGGACGTTAAAAATGGACTGATTTATAAAAAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13736MSTRG.13736Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13736.1.p1MSTRG.13736.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13736.1.p1.exon3MSTRG.13736.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13736.1.p1.exon2MSTRG.13736.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13736.1.p1.exon1MSTRG.13736.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000111_pilongenomesc0000111_pilon:225999..231203 -