MSTRG.13646.4.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13646.4.p2
Unique NameMSTRG.13646.4.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000109_pilon:929516..968379-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13646.4.p2 ID=MSTRG.13646.4.p2|Name=MSTRG.13646.4.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=38864bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000109_pilon:929516..968379- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CACGATATTTATATTCCATTGCGCGTGCGTTAAAGATGGTAGACCAAGTA GCGCAGAATATACAGAGAATTTTTTTGAAGAATTCAGTCTAACACGACAT TAACTTCGTTTCGTTTTTTTCTTGAACAGTTGCTAAAGTATGGGAAAGAG CAAAGATATTGTCGATATCAGGTAAATATTAATATACCTATCTTCCAGAA TATCTCTTATAATACAAATTGCCAAAAACTTTCATCATTTTCAAGATTCA ATCCTGATTATATAATAGATAATAGGGCTTCTTTATTTTCTAGTTTGCAC GTTTGCTTGAGATCATGAGTGCACAACTCAGAAAAAGTCAAGTGAAGGTG AAGAATTTAAGGTTTTCAGGTGCAAGTGCAGACGATTTTTTAACCTCATG TGCAGAGTTCCGCTATTTTCTCTTGTTCAAGTGCAGCTAATTTTAGCAAT TTTTTGCCTTTTTGTGGGCCGATTTCTGAGGCAATAAATAGGTGCACCTT GTCCGGACCAAAATTTATCAGGTGTGCTCTTCCAGAAAAATCCGACAGCC CTGCCTAAATAAATCAGATGGGGTCTTTCAAAGATACGCAAACTAAAATC ATGCCAGTATGGATTCCATGAAATCTCGCGCCGAAGATATTTTTCCGTGC AGCAAGCCTCACGCCAAGCAAAATTTCTTTTGTACCAACATTCAATTTTT CAATAAGGGTGCAAGATGGGAAAAGAGGTGCATGCGCCAACATAATTAAT AAATTGACGCGAGCGAAAGCCAATATAGCCAAATGGAAGCTAAAAACCGA TGGATTATGGAGTCATTCACGCCGAGCTGGAATTATTACTTTACGCCAAC TGAAAATCAAACAATCTTTGTAAGGGGTCACTCACATATCGATTCTTCCC ACGACTAACGTCAAATTGACGCGAAGGGGTGGGTGGGTTAGAGTCTGTGA 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GAAAAATTAAAATGCCGGCAGGTGTTTATATTGTGTTGTTCAGTTAGAAC CGCCCGCATTTTTGAAACTAAAACAGTATCCACATTCGGTATAAATTCAT TTAGCGGGAAGTGTAACTCGAACCGACGTCTTTTTATAAGCATATTTTGT ACGTGTTTTGAATGTAGTTTTTAGTATCCAAGATTTTTTAACAAAGTGCA TCTGTTTTCCTCCTTTTTCAATTCAAACGAATTTTTTTTCAAAAAAGTTT CCTCGAGGTTCCTTCTCCTTTATTTACGCCAGGTCAATAAAATAAAATTC CTGAAGCCCAGTTGCTATCTTGTCTTGGCTCAATATTATTTCCCGCGCAA TTTTTTTCTTTCTTTACTTTTGCTTATTATTTCGATGACATAATAGTACA TAAAAACGGTGCGTTTTCATTGGTTGTTTAATTCGTTCAACCAATCAAAT TCGTGTAAATTTATTACAAAATTCACACGTTATTTTAATGAGAGAAGCCT CTCTCTCCATCTTTGATGGTTAATAAATAAAATAATGAGAGTTTTTTTTC GAAAACGTGAACTCTATGGCATTTGTATGGTTTAGTTGATTGAATGGAAA AAAAAACACAACACATGACATAAGTGAGAATTTTTGTACATCTTGTTGAA GTGTGGTTCGTCTAGAATCATGGCTGCTTCATAGGAACAATTTGAACTAT GATTGCAATTTCTAATCAGAAAATCTTTGAGTTGATTAGTCCTTTCGTGT TTTCCATTTAATGGGCTTCGAGTAACCTTTTTCTAATGATATTTAATGAT TGAAAACAATTTACTATACTCGTGTGGAATTTGAGTAGAGGAGGGTTGTG TTTATGTTTTCTTATTGATCTCAAAGAGGTCTTAAAGTGGAAATTCAGTG AGAAAAAAATAGACTCGAATTTTTTTTAATGTATTTATTTTTCTTATAGA CGCGTTGTTTTGGTGGCGAGGAAAAGCACTTGAACGAAAAACACATAAAA TTACACAGAAAGTTGAATGCCTTGGCTGAATGAGAGAAATACAAGTTCGC CTTCAAACCGATGAAAACAGGACGAGGTCAAAAGACAGAAATTTGAACTT TTTACATGATGTTATCAAAGAGATGGCTTCATTCAGTCCGCAATTGGCCT CACGTGCTTTTGATAGTAGCAGCAATAAAAGTTCCCAAGATGTCTGTGGA TATTGTGGTGAATTGAGTTACGATGTTGAATTAAAAACTTTGCCATGTTT ACATTCGTTTTGTGTGTCTTGCTTACAACGTCGTGTCGTGCGAACTTTAA CCGGCGATCTTAACTTATCGTGTCCTTCGTGTCACCGTGACGTCCGACTT GAAGGTGAAGATGGAGTCAACTCGCTCCCTTCAAGTTCATGGATTCGTGA TTATTTTGCAGATGTCGTGACTGGTGATCGAGAGAGCACGCCTCCCAAAC CATCGCCTTGTGAACGTTGCAGTGATTTCCCTTCACCTCCTACTAGACGT TCCATCGATTCGCTACCACCAGGTTTGACAAATTTTTCGACCCCGCCATC AACTTCTAGTTCAGTAGCAACCTCACTTGCGACGGGCCTCAGTAAACTGG CTATCGGTGCTGTACACCAACATCGAGTTGAGCAAAAAACTTTTCCAAAA CAAGTTCAACCACAACATCATTCGTTCGTACCTTCCTTACATTCTACAAC CCTCTCTGCTGGACGATCACCTGTATTTTGTGAACTCCACAGTCGCGAAT ATCAATATTATTGCAACTACTGTTTAGTACCAGTCTGTAGAGATTGCATA AACGCTGAACATAATGGTCATAATTTCGGTTATTTTAATCCTGCTACTGC TTTTGAGAAAACAACCCAAGGCACTGCTATGAACAATAATCAACAACAAA CATCAGAGAAAGCTTTTCGTAAACTTGTTGTTGATGCTAGAGTAGAGATC AAAGCGATGGAGGATGCTTTGATCAGTGTTAAGAAAATGTCAGAGGATGT TGAAACTCGTAGTGCCAATGTGACAAGTGATGTAAAAACTACCGTCAAAA GACACATCCAAGCTGTGGAGGAGAGAGAGAAAGATTTGTTGAGGAGAATC GAATGTATTCGCCAAGTCAAGGGTAAGGCTTTACATTTGCAATCAGAACA GTTGAAACTAGCGATCAGTCGGCTCAGGATTGCTACCGATTCCTCTGAAC TTAGTCTTGAACAATGTTCTGAGGAAGATTTTACAAAAACAACTGAAAAC ATCGTGAATGCGTTGAAAGGTGTTAAGAATCAACAGTCTTTGTTGCACCC ATGTGAAGACGATTCCTTTCTATTCACTCCGCCCGATTCGGCCCTTGAGA CCGCCCTTACTTCAATGGGACTCGTGTCTAGTAGTGCTTACCCACCCCTC TGCACTGCTATTGGTGAAGGCTTGAGACGAGGAATATGTGGTAAGGCTTC AATGTTTACTGTTATTGCCAAGGATCACCAAGGTGCCAATCGCTGTGTTG GAGGAGATGTCGTTCGAGTGTCTATCACAAGTCCTGATGGTCGCGAAATG GTGGGAGAAATCTACGACCGCCAAAATGGTAATTATTCGGTCACATATCG TCCTCAGTGTGAAGGCGAGCATATTATCAATGTTACCATTCGTGGCCAGC CGATTATGGACAGTCCATTCAAACTTCAAATCAAACTCGGTCGTAATTAT GCCAACGTTGGACAGCCTATTTTCCATGTTGGGTCTGAAGGAGAAGATGG AGGTCAACTGTGTCGTCCCTGGGGAGTATGTTGTGATCGAGATGGGAATA TCATCGTCGCAGATCGTAGTAATAATCGAATCCAAGTTTTTGATTCTAAA GGTATTTTCGTGCACAAATTTGGAAGTGCTGGCTCTCGTAATGGCCAATT TGATCGACCGGCAGGTGTTTGTGTTGATTCTCAGAATCGAATTATTGTTG CCGATAAGGATAACCATAGGATTCAGGTCTTTAAAATAGATGGAACATTT GTTTTGAAATTTGGTGAGCGTGGTAGTAAAAATAGTCAATTTACATACCC TTGGGATTGTGCTGCTAATCGAGAAAATCAAATCCTTGTGTCAGATACCA GAAATCACAGAGTTCAATTATTCTCATCGGAAGGTATCTTTTTGAATAAA TATGGTTTTGAGAATTCATTCTGGAAACATTTCGATTCACCTCGTGGTGT GGCGTTTAACCATGAAGGTCACATGGTAGTCACTGATTTCAACAACCACC GATTGCTGGTTATTCACCAGGACTTCCAAACCGCACGTTACTTGGGAACG GAGGGTGATAAGAATGGACAATTTTTGCGTCCACAAGGTGTAGCTATTGA TCACGAGGGCAATATTATCGTGGCGGATTCTCGAAATCATAGAATCCAGA TTTTTCAACCCAATGGTAATTTTTTGTGTAAATTTGGTACTTACGGAGAA AGTGTTGGTCAGTTGGATCGACCTTCAGGTCTCTGTGTCACTCCTGATGG TATCATCCTTGTTGTGGATTTTGGAAATAATCGAATACAAGCATTTTGAA GTGGTCACTGTCTCCTAAAGTTTGTTGACATTCAAAACAACAAAGTGTAT TTATTTTGGATATAGTTTCAAAAGGCAGAATCTCATGTCATTCTTTTTTA ACTATGATGAAATTTTCTCACCAGACTCTGAATTTTCATTCAATACTATA CTGTATGATACAAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000109_pilon:929516..968379-

>MSTRG.13646.4.p2 ID=MSTRG.13646.4.p2|Name=MSTRG.13646.4.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2520bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000109_pilon:929516..968379- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAGAGAAATACAAGTTCGCCTTCAAACCGATGAAAACAGGACGAGGTC
AAAAGACAGAAATTTGAACTTTTTACATGATGTTATCAAAGAGATGGCTT
CATTCAGTCCGCAATTGGCCTCACGTGCTTTTGATAGTAGCAGCAATAAA
AGTTCCCAAGATGTCTGTGGATATTGTGGTGAATTGAGTTACGATGTTGA
ATTAAAAACTTTGCCATGTTTACATTCGTTTTGTGTGTCTTGCTTACAAC
GTCGTGTCGTGCGAACTTTAACCGGCGATCTTAACTTATCGTGTCCTTCG
TGTCACCGTGACGTCCGACTTGAAGGTGAAGATGGAGTCAACTCGCTCCC
TTCAAGTTCATGGATTCGTGATTATTTTGCAGATGTCGTGACTGGTGATC
GAGAGAGCACGCCTCCCAAACCATCGCCTTGTGAACGTTGCAGTGATTTC
CCTTCACCTCCTACTAGACGTTCCATCGATTCGCTACCACCAGGTTTGAC
AAATTTTTCGACCCCGCCATCAACTTCTAGTTCAGTAGCAACCTCACTTG
CGACGGGCCTCAGTAAACTGGCTATCGGTGCTGTACACCAACATCGAGTT
GAGCAAAAAACTTTTCCAAAACAAGTTCAACCACAACATCATTCGTTCGT
ACCTTCCTTACATTCTACAACCCTCTCTGCTGGACGATCACCTGTATTTT
GTGAACTCCACAGTCGCGAATATCAATATTATTGCAACTACTGTTTAGTA
CCAGTCTGTAGAGATTGCATAAACGCTGAACATAATGGTCATAATTTCGG
TTATTTTAATCCTGCTACTGCTTTTGAGAAAACAACCCAAGGCACTGCTA
TGAACAATAATCAACAACAAACATCAGAGAAAGCTTTTCGTAAACTTGTT
GTTGATGCTAGAGTAGAGATCAAAGCGATGGAGGATGCTTTGATCAGTGT
TAAGAAAATGTCAGAGGATGTTGAAACTCGTAGTGCCAATGTGACAAGTG
ATGTAAAAACTACCGTCAAAAGACACATCCAAGCTGTGGAGGAGAGAGAG
AAAGATTTGTTGAGGAGAATCGAATGTATTCGCCAAGTCAAGGGTAAGGC
TTTACATTTGCAATCAGAACAGTTGAAACTAGCGATCAGTCGGCTCAGGA
TTGCTACCGATTCCTCTGAACTTAGTCTTGAACAATGTTCTGAGGAAGAT
TTTACAAAAACAACTGAAAACATCGTGAATGCGTTGAAAGGTGTTAAGAA
TCAACAGTCTTTGTTGCACCCATGTGAAGACGATTCCTTTCTATTCACTC
CGCCCGATTCGGCCCTTGAGACCGCCCTTACTTCAATGGGACTCGTGTCT
AGTAGTGCTTACCCACCCCTCTGCACTGCTATTGGTGAAGGCTTGAGACG
AGGAATATGTGGTAAGGCTTCAATGTTTACTGTTATTGCCAAGGATCACC
AAGGTGCCAATCGCTGTGTTGGAGGAGATGTCGTTCGAGTGTCTATCACA
AGTCCTGATGGTCGCGAAATGGTGGGAGAAATCTACGACCGCCAAAATGG
TAATTATTCGGTCACATATCGTCCTCAGTGTGAAGGCGAGCATATTATCA
ATGTTACCATTCGTGGCCAGCCGATTATGGACAGTCCATTCAAACTTCAA
ATCAAACTCGGTCGTAATTATGCCAACGTTGGACAGCCTATTTTCCATGT
TGGGTCTGAAGGAGAAGATGGAGGTCAACTGTGTCGTCCCTGGGGAGTAT
GTTGTGATCGAGATGGGAATATCATCGTCGCAGATCGTAGTAATAATCGA
ATCCAAGTTTTTGATTCTAAAGGTATTTTCGTGCACAAATTTGGAAGTGC
TGGCTCTCGTAATGGCCAATTTGATCGACCGGCAGGTGTTTGTGTTGATT
CTCAGAATCGAATTATTGTTGCCGATAAGGATAACCATAGGATTCAGGTC
TTTAAAATAGATGGAACATTTGTTTTGAAATTTGGTGAGCGTGGTAGTAA
AAATAGTCAATTTACATACCCTTGGGATTGTGCTGCTAATCGAGAAAATC
AAATCCTTGTGTCAGATACCAGAAATCACAGAGTTCAATTATTCTCATCG
GAAGGTATCTTTTTGAATAAATATGGTTTTGAGAATTCATTCTGGAAACA
TTTCGATTCACCTCGTGGTGTGGCGTTTAACCATGAAGGTCACATGGTAG
TCACTGATTTCAACAACCACCGATTGCTGGTTATTCACCAGGACTTCCAA
ACCGCACGTTACTTGGGAACGGAGGGTGATAAGAATGGACAATTTTTGCG
TCCACAAGGTGTAGCTATTGATCACGAGGGCAATATTATCGTGGCGGATT
CTCGAAATCATAGAATCCAGATTTTTCAACCCAATGGTAATTTTTTGTGT
AAATTTGGTACTTACGGAGAAAGTGTTGGTCAGTTGGATCGACCTTCAGG
TCTCTGTGTCACTCCTGATGGTATCATCCTTGTTGTGGATTTTGGAAATA
ATCGAATACAAGCATTTTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13646MSTRG.13646Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13646.4.p2MSTRG.13646.4.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13646.4.p2.exon15MSTRG.13646.4.p2.exon15Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon14MSTRG.13646.4.p2.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon13MSTRG.13646.4.p2.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon12MSTRG.13646.4.p2.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon11MSTRG.13646.4.p2.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon10MSTRG.13646.4.p2.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon9MSTRG.13646.4.p2.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon8MSTRG.13646.4.p2.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon7MSTRG.13646.4.p2.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon6MSTRG.13646.4.p2.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon5MSTRG.13646.4.p2.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon4MSTRG.13646.4.p2.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon3MSTRG.13646.4.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon2MSTRG.13646.4.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13646.4.p2.exon1MSTRG.13646.4.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000109_pilongenomesc0000109_pilon:929516..968379 -