MSTRG.13564.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13564.1.p1
Unique NameMSTRG.13564.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000108_pilon:808227..814283+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13564.1.p1 ID=MSTRG.13564.1.p1|Name=MSTRG.13564.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6057bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000108_pilon:808227..814283+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
agaggaacagactgtatGGTTAAATGACGACCTTTAATCTATCTTATTTT TTAGAAGGAACGAAGATCCAAAGATATTATCAAACTGCTGAAGACATGTT GAAATCAACAACTCTATTCCTATCGGCCATCGCCATGGTAATTGTAACAG GTACGGATGTAGCAGAAGTTGATGTTAatttcagatgagatggagttttt ataagatactttaataattggtcatttgaagtaataaaaatgacgcgttc tttagataAAATGtaacaaacattttttattacaaatcaaataagagctt gtaaaaactccatctcgccCCCCTTAATTTATGACTATGATACGAACCCT TTTTTGGGagagaaaaaattcatttttcaatgtatcttctttctttgaaa aggtgggGCCATTTCGTTGGAGAATTTGGAAGAAAATTACAAACGTTTTA TTGGAGGGTTCCTTAACAATATCGAAGGAGAAAATAACAAGCCTAGCAAA GGTACGTCAGcccatttttctgtaattcgaacaaaaatattggtccactt agctggaaagtggtttaaattactctctgtagtTTCAAATCTTATTCGAA ttctaataaaagttttttggtcatttgaagATCGagcttctgtttaattt tttcttttttctccttttttatgATTTAGCGACATCAAAGGTCACCCAAA AAGGTAAAGAAATACGAGAATTATTACTGGATAAACGCCGTGGGAAACCc acttattaattttcgaaagattttcgGACCCCCACCCGTTtgtattagga cccccccccctgtttacttaattgtgaaatattttagattttagctATAC CAAGCTGAATTGTTCTAAAAAGCCTGTGTTCAGTTTATACcaaccttatt ttggggtttttggAGGTATAGATTCGgatcagtggcgtggtggcaggaaG 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000108_pilon:808227..814283+

>MSTRG.13564.1.p1 ID=MSTRG.13564.1.p1|Name=MSTRG.13564.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=14133bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000108_pilon:808227..814283+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACGACCTTTAATCTATCTTATTTTTTAGAAGGAACGAAGATCCAAAG
ATATTATCAAACTGCTGAAGACATGTTGAAATCAACAACTCTATTCCTAT
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TCAGCTCGAGTAGATTATAAATTTGCTGACGGAATCGCACGCAAATTATT
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GGAGATTCATGCAACGGGTTCAGAACTGGGTCCGACGTTTCAATGCTTAG
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GACCTTTAATCTATCTTATTTTTTAGAAGGAACGAAGATCCAAAGATATT
ATCAAACTGCTGAAGACATGTTGAAATCAACAACTCTATTCCTATCGGCC
ATCGCCATGGTAATTGTAACAGgtgggGCCATTTCGTTGGAGAATTTGGA
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GTATTTGCCGATTGTCAAAAACGAAGATCAACCATCGACTGCAGCAAAGC
CAGCAAAAATTTCCGATCCATCGATGGGCTTTGTAACAATCTTGATCATC
CAGAATGGGGAGCCACCAAAACCCCTGTTAAGAGATTAATTGAAGCCCTT
TATGCAGATGGTGTGGCAACAGCTCGTGGATTTCCAAATACACCAGTGAT
TCCAACAGCAAATGAAGTCTCTAAAGCTGCATTTACAGTTGAACAGAAGA
GCATGTCAAACAGTGAAGGTTTTGCTGTTTCTTTCATGGCCTTTGCACAA
TTTGTGGATCATGATATGACTGATGTCGAAATGCAAGTttgcaaatataa
aaaatacggAAGTTGCGACAACATAGAGGAATCATTTAAATATCCTTGTC
TACCGATCCTGTTCAATAACAACAACTTGAACGATAATTCAAAGAATACA
CCTTGTACACCTTTTCATCAATCCGTTTCCATGTGTAAAAAAGACGAAAA
TAATGTAGATGAAGTGCGCGAAGTTCCAAATCGGGTATCGTCATTTCTTG
ATGGTTCACAAATTTATGGAGCAGAAGCTGATCTAGCAGATGCACTGAGA
AGTACAACAGATCGGGCTAAGATGAATCTTACCTGCGATGGCTTGCTACC
TGTTATGTTAATACCTGGTGTTTCTGCATGTTCCTTCCTACAAAATATTG
ATGGTTTAAAGAAGCGTAGCGCGTGTCGTGTTTTGGGTGGATGCTCTTTC
GTAGGTGACCCAAGAGGTGATGATAATATCCCCTTACACACAATGCATAC
CCTATGGCTCCGCAACCACAATAAAATTGTGGACGGTCTTCGAGCACAAA
ACCCTAACATGTACACTGATGAAACTTTGTATCAAACTGCACGCAAGATT
AATACTGGAATCTGGGCTCATTTGGCTTTTGATGAATATCTTCCAGATTT
GGTTAAACTTCCAGTCTATACAGAATACAAAGCTAACACTGATCCCAGTA
TTATTAATGCTTTTAATACCGCCGCTTTCCGTTATGGTCATAGCTTAGTT
CCCAACTCTTTTGACCAAAATGACAATGCGTTCAATCGCCTTGCTGATCC
CATTTCATTACAAGACGCTCTCAACAATCGGGAACCAGTCAACTTCCGTG
GTATCGAACCGATCTGGTTTGGATTAACTGGTAATAAATCAGCTCGAGTA
GATTATAAATTTGCTGACGGAATCGCACGCAAATTATTTGTTCGCCCTCA
AGAAAAATTATATCGTGATTTACTTGCTATTAATATCCAAAGAGGTCGTG
ATCATGGCTTGCAAACGTATGGCCATTACCGTAAGTTGTGCAAGCTCGCA
ACATTGGAGTCCTGGAAGGAAGCAGAAGATAAAAAAGTCTTCTTTAAAGC
CGCAAGAGAAGGCTTACAAAGAATCTTCAAGCATCCCAATGACGTCGATC
TGTATGCTGCTGGTGTCTCGGAGATTCATGCAACGGGTTCAGAACTGGGT
CCGACGTTTCAATGCTTAGTCAAGAAGCAATTTTCGGCAATCCGAGATGG
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GGTATCGTATCCATCCAACCAAAAGCATTGAGAGTACCTAATACAGTTGA
CAACCAGCGAACCGAATGCGGTAATatcaaaaaacttgatttatcTAAAT
GGAAGATCGATTAAATGACGACCTTTAATCTATCTTATTTTTTAGAAGGA
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AACTCTATTCCTATCGGCCATCGCCATGGTAATTGTAACAGgtgggGCCA
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CTTAACAATATCGAAGGAGAAAATAACAAGCCTAGCAAAGCGACATCAAA
GGTCACCCAAAAAGGTGGTGTATTTGCCGATTGTCAAAAACGAAGATCAA
CCATCGACTGCAGCAAAGCCAGCAAAAATTTCCGATCCATCGATGGGCTT
TGTAACAATCTTGATCATCCAGAATGGGGAGCCACCAAAACCCCTGTTAA
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TCTTTGCGACAACTTGAATGGTATCGTATCCATCCAACCAAAAGCATTGA
GAGTACCTAATACAGTTGACAACCAGCGAACCGAATGCGGTAATatcaaa
aaacttgatttatcTAAATGGAAGATCGATTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13564MSTRG.13564Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13564.1.p1MSTRG.13564.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13564.1.p1.exon1MSTRG.13564.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13564.1.p1.exon2MSTRG.13564.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13564.1.p1.exon3MSTRG.13564.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13564.1.p1.exon4MSTRG.13564.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13564.1.p1.exon5MSTRG.13564.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13564.1.p1.exon6MSTRG.13564.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13564.1.p1.exon7MSTRG.13564.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000108_pilongenomesc0000108_pilon:808227..814283 +