MSTRG.13496.11.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13496.11.p2
Unique NameMSTRG.13496.11.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000107_pilon:667270..708535-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13496.11.p2 ID=MSTRG.13496.11.p2|Name=MSTRG.13496.11.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=41266bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107_pilon:667270..708535- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GAAAAATTAAGAACACATTTAAGAACATTTTAGGCTGAAAATTGCTAAAA AAAATAAGCACATCCAGGCTCAGCCAAATTTTAGGTGTTCTAATAAAAAA AAAACGTGTATCTGCTTAATATTGGTGATATATTGAGAAAAATGTTTGAT CGCCAGGGCAATGATGGTAGCACGGGTTTCTAGCAATTTTGATATGTGTA AAGACTCTCGGAAATTTTCAATAGCACATCAAAAGACAAATGATTTTATT AAGAGGATGATCCAGCCTCTCACATGATTAAAAAGGACCATAGTATCCTA ACGTTATCAGTTTAGAAAAAGATTGAATCAAAGTCAGATCCTGACTGGAT TGAATCAAGAATCTATCGAATAATATCAAAAATTTACCTTGTGCGATAAC AAAGAAAGAATTAAATTCAATCCGATGCCAAAATGCGTGGCAAATCTTGA GGCTTCTTTTTCTTGTTTGGAGAAAATTAAAATTCCTCTCTTTTCCTTCG AGGGGGGGGGGGCGTACGGGCCTTCGTAATACCGATATACCAATCAATTT TTGCTCAATTACCGATATACTGATAATTTTTTTGTTCAAATACCGATACC GATCAATTTTTTTCAAAGGGGTTACTCAGGCAAAAAAAAAGGTACTGGGT ATGTGCGGACGATAAGGATCGTTTTTTTCACCTTGAAATATGTCTCTAAC GATTTCAAAAATCTGAAAATTTAGTGGTTTCTCCAAGGGTCGAAAAATGC ATCATATTTCTGCATATTTAGAAATTTTGTGTAATTTTGAGAGGAAAAAA TTGCAAAAATTCTGTGTAGAAAAGTTTTCAAAAATCGAAAAAAACTTTTC AAAAAAGGGTTCACTAAAGCTCTAAAAATGAATTTTAGACAAACATTATT TGGCCGAACGCAAAAATGCTATTACCAGCTGGTGGAGGGCCGGTGAACAG CCCTTCTCGAACGAATATCTACGTATTCTGACCACTAAAGGTGAAAGGTT AAGGAAATTTAACATTAAATTTCAATTGGATCAAAACATTGGCGTTGAAG GCAAATTTTTCTGGAGGGGCAAAAAACTAAATTTCTAAAATGGCACTCCT ATATTTTCAAATCGGCGCCCCCTTCTCCAGAGCATTCCTTAATTTACTCA CGTATGACATTACGAGGGGCAGATTATTTATTAGATCAGATTTTTGAATA TATCGTTGATGTATGAAAAGGAGTCGGGGCCCACCAGAAAAATTTTAAGA ATTATTATCGCCATGATAAGCCAAATCTTTAAAGATAAAGAGATAAATTT GATACTAGTTCTACTCTAGAGCAAAAAAATTGGAAGAAGCTAGCGCGAGT GAAGTAAGCGAAAAAATTGTGAGTTTTTGTTTTGAATATTATTGTCAGCA AATTGGTTGTGGGCGCAGCTAGATCTCCCTTCAGAAATGGTAGATTGTAG ACCAAGTAATAGCAAGAAAGGTTTATTATAATTCAAAAAATTTCATGATC TTAAAGTTATTTACAGTAAAACTGGTCTTGGGGGCAATTTAAAGCGCATT TAGTGTGATTTTAAGATTTTGGTGTTCAAAAAAGCTCAACTTTCGGGGGA GGTTTGGACTACAGAACGCCACTCGGTAGAAAAAAATAGCCATTTACGCG TCAAGTAGACCCCTGCCTGAGCCCATTGAAGTATAAGCCCGAATTATATC GAAGTATATCACTTGGAAACAAAAGATTTGCTAGATTCAATCCGTCGTCA AAAATACGGCGCATATTTTAAGGCTTCACTTTTTCTTGCCTGAGAAAGGT TAGAAATTCGATTCTAGTCCTTCGGGCTTATACTTCATTGCCTGAGCCTC TAACCTTGTAATTTTTAAAATTTGCTCTCTTGACTTTTTTAATTGGTGCC CAAGTGTTCCTTAATTTGTACTAACTTACGAATGAGGGAGGGATTATTTA GTAGATATCTATGCCGGCACATAAACAAACACTTACTTGAAAACTTCGAT TCTAATGCTTGACGTAAATTTTTTATATGAAGACGCTGTATTGATTTTTT TAAATAAACGTAGAATTTTGTTTTGATAGTTAATTCTAATCAACTGATGA ATGCGTAAGCAAGAAACTTTAAGTATTGAGAAGAAATACACCGTTTCTTA ATCTTTATGTAGTAGATATCTAAATATATCGCTCATATTTAAGAAGAATT TTAAGAAAGCTAGTGTGAGCGAAGCGAGCAAAAAGATTGAGATTTTTTGT TTTAACTAATTGTGTTCAGCAAATTGGTAGATTGTCAAAGAACTTTATTG CGAGCGAAACATGCGAAAAAAATTGCACGAATGTTAAAGTTATTTCATCA ATGGAGCGCAATAGCTGATCTTTGATACCGTTAGTTGACCAAAAATACCG AAATACCGACATAAAAAAGAGTCTTTTACCGATACCGAGATGATCTTAAA ATACCGATTACCGATCAAATTTCCCCCCTAATACCGATTTACCGATCTAA AAAAAGGTCAATACCAATGTACCGATATCCCGTACGCCCCTCCCCTTTGG GCTATGATACATTTTACAACTTCTGTCTGGCTGACCATAAAAGGGAGCCC CTTTTTGTTGTTTTTTGAATATTTTTATAGTCAATCAGTTATGAACTTTG TCAAAGACAGTTAATTTTTAATTAGCCCCAGATGATTTATTAAATATTTA AAACAATCAAAATCAACCGTCCCATCCATTCTAATTGTATTCTTAAACAA ATCCGTAAGTTTTTGACGCCTCTTGTTTTCAAATAATTGATACTAAATAA TATTTAATGACTCTGTATTGATTCGCCATTCGGAATCAAACGCTATAAAG TTTTATTTTTTCTACGTTTGTAGGTATCATTAATGACTTTCTTGGATGGA AAGTATTCATCCCGTTGAGTCGCTTAACTTATGGAGTTTATTTGATCCAT TTTTATGTTATCGATTATTATTTCGCAACATTGAATGTCAATTTCCACGC AACCGAAGTTACATTGGTAAGAATTTTTGTTGTAACCTTTTACGGTTTGT TCCAATTTGAGGATAACTTTCAGCCAAACTTATTTGATCTTCTATTCCCA ATTTCATACGAAGTAATATCTTATTATGCATGTCTGACCGAATACTTTGA GACAATCTTCAAACTTTAAAAATTGTTCTAGTTCAGGCGTACACGTTTTT TTCATAAGAACAAACCATATAAAAACATAAGGCTGAAGGGACCATAATGT TTTGGTTCGAATTGCAGAAATATTCGAGTTATAGAGATTAGAATTTAAGA GAGAATTGACTGTATTGTGAAAATTGTATATCTATTTCTATTGAAAAAAA TTTATCTGTTTTTTTTTTCATTTTAGGCTTTCGCTTTCATTCCGATTATC GTGACGTCATATTTCTTATCATACATCGTGGCTGTGTGTATCGAATATCC TGTTTTCAATCTCGAAAAGTTGCTCCTCAAATTGTAAAGATGGTATGCTG AAAAATACTTCGTTGTTTACTAGGGATGTCGCCTAAAGGGTACTTTCATT TACGCACGCCAAATTTTAAGTCGGCCGATTTTTGAAATTCTCAAACTCAC AGACAAAATTTCTCGTAAATGTGATGGGGACTTTTTGGACCTACCTTTAA AAATTAACCATTATCCGTTCGTTCGTCCGTCTGTTACCAGCTTTTCTCGA GATTAGCTCATTAGTTTTTTCTGATTTTTAGCACAAAGATGCAAAATGAT AATGTCCAAAATGTGACGGAGCCCGACTTTCGAAAAAAAAATCATTTCCG GCTGAAAATGCCGGAAACATGCCGAAATATTTTTCCCAATATGTTTTTCA ACACATAAACATTATTGATAACAATGTTACCGGAACTTTCTATTCCCCTT CCCTCTTCCCCCATCAACAATCAATGATGAATTGTAATATAAAATAAAAA GATTTGTGCGCTCTCTTCGGCCGGGACATTTGTTTTCTATTTTCGGGACA CACTGTATTTCATATATTCAGTCGACTATAGATGACTGATTGGTTAAAAC AAATAATTCTTCAGGACGTGTCATCACAAGGTTTCAACCTATCAAATCTT GTCGTGGCGATTTTTTTAAATTTGTACAAAATTTCAAGTGGTATTCTCGT CAAAGAAAAATTTGTTGTTTTTTTTTCAAAAATTATGTTAGGAACATTTG TTGAATTTGAACCCCCTGACGCTGGTCGTCTAATTTTTTTTATATCACTA TTTTTATATACACACATTTTATCTATATATTTTATATCACATGATACATC TTTTTTGTCGTGCAAAGAATGAAGTGGGCATCACCGTATTTTCAGATTTT ATACTATCCAACAAAACTTTTTTTAAACCCCTGTCTCACAGGCCCGTTGG AATTTTTTTTCACATCGGCTATAAAAATTTCTATTGAAATCCCAAAGGGG AATTTCTATTGTTTTAAGGTCAGAAAATCCAGTTCTCTTGAGAAAAACTA TAATTGGTACATTTGTTGAATTTGAACCCCCTGGCGCTGGTCGTCTAAAT TTTTTTATATCACTATTTTTATATACACACATTTTATCTATATTTTATAT CACATGATATATCTTTTTTGTCATGCAAAGAATGAAGTGGGCATCACCGT ATTTTCAGATTTTATACTGACTCGAAAAAAACTTTTTTTAAACCCCTCTC ACAGCCCCGTTGGAATTTTTTTTCACATCGGCTATAAAAATTTCCATTGA AATCCCAAAGGGGATAAAAATTCTATTGTTCTAAGGTCAAAAAATCCAGA AGGTCAAAAAATCCAGTAGGGATGGTTTTGGCCATTTTTTTACAATGAAT TTCGAAATGGGGATGAAATCAAAGTCAACTTTCCAATGGGGCTGAAATTG TAGGGTATTTTCCCCACTGGGGACAAAGTTTTGACCAAATTTTCTAGTGG GTTTAATGTCCCACCGAATCTGTGACACAGGGGTGTTTTTTTCAACACTC GTATTAGTTTAGCATTCCGTTCAGTTTTTAAATCAATTTTTTGTGAAATT TTATTCATCAGATCAATTATTTTTAATTTTAATTTGATTATTTTTATATC GAACGTCAAACAACTTTTTTGTTGACTTAGATAATCTATCGCAAAAGAAG TTGAAGTTGCAATGATTTGTTCTGTTGAGAAAATTTAGTGATTTTAAACC TATAATTGATTAGTGTCAGAGTTAATCAGCTAAAAATATCATCTATTCTA TCTCATTTAAATAGAAAGCCATTAATGAAGTGCTAATTAAATGTAATTTT AATACCGTTGATTTCAATCCACTAGCAGGGGTTCTGGAATCCTACACTAA GTAAGTACACTTTATTTTATAAGAATCAGGAAAATCTATCTTGAGGCACA GCTGTTCTTTTCCTGTAGTTTACCCTTGCTCTTCTTTAAAAAATGAGGAG AATTTCCAGGCTAAGGCTCTCTTTTAAAATCATTCTTATTCTTAGATAAT TTTGAGCATTACTGCTCTTCTAAATTGTTGTAAGTGTAATTTAGTTATTT TTTAATTTGAGCATCTTGCAATAAGTTGAAGTTTGAGAGCGGAAACTATA ATCTGGAATTTGAAAACTTTTCGATCAACTGAATGTGTGGCATATATACT TATAAGAATGGTTGGCATCTTTTGTTGATTTTGCCAAATACGTGCTCAAG TATGAGTGTTCACAAAATTTATGATATAATTGGCAAGTGCTCTCGCCACA CATCAATTCACACAAACTCGTGAAAGGATGGATATATGTGGGATTTATTA TGTTTATCATTAAAAGCTTAACGAGGCTTCTAATTGCATTAGACTCATTA TCAAAATAGCTTAACGTCAAAATAAAGAAAATTCTTTTCTTACAACAGGG ACGCCTCTTTTCCTGTGTTTACAAATAAATCTCCGCAACAGAAAATCCTC CAGGATGGAGGGTTCTTATACCAAAGTTCAAACAGTTGAAGGTATACTCC ACTCTCCGCCACGCAGTTTCTATTTTGAATATTCCTGAGGCACTTAACAG GACATTGCATTAATGGTCTATAAATTTCCTAACTTAGACTACAAGTCCTT TACAATGAATAATGAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000107_pilon:667270..708535-

>MSTRG.13496.11.p2 ID=MSTRG.13496.11.p2|Name=MSTRG.13496.11.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1908bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107_pilon:667270..708535- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GCTTTCGCTTTCATTCCGATTATCGTGACGTCATATTTCTTATCATACAT
CGTGGCTGTGTGTATCGAATATCCTGTTTTCAATCTCGAAAAGTTGCTCC
TCAAATTGTAAGTATCATTAATGACTTTCTTGGATGGAAAGTATTCATCC
CGTTGAGTCGCTTAACTTATGGAGTTTATTTGATCCATTTTTATGTTATC
GATTATTATTTCGCAACATTGAATGTCAATTTCCACGCAACCGAAGTTAC
ATTGCTGTTTTACTCTCTTGGGTGGTTGGTTGCAACCGGATTAGGAATCG
CTGTCGTTTATGGGCCTTACTCTGCAACTAAACATTCTTGGAGCGAAGCT
GAAAATATCATTTATGGAATGTCTTTCCGCCTTGTTTGGGCGGTTGCGTT
ATGTTGGGTTATCTATGCTTGCCACAATGGCTATGGAAATGTTTTATAAG
AAGACTATCAAGGGAAGATTCGCTATTGCTTTCGCTTTCATTCCGATTAT
CGTGACGTCATATTTCTTATCATACATCGTGGCTGTGTGTATCGAATATC
CTGTTTTCAATCTCGAAAAGTTGCTCCTCAAATTGTAAGTATCATTAATG
ACTTTCTTGGATGGAAAGTATTCATCCCGTTGAGTCGCTTAACTTATGGA
GTTTATTTGATCCATTTTTATGTTATCGATTATTATTTCGCAACATTGAA
TGTCAATTTCCACGCAACCGAAGTTACATTGCTGTTTTACTCTCTTGGGT
GGTTGGTTGCAACCGGATTAGGAATCGCTGTCGTTTATGGGCCTTACTCT
GCAACTAAACATTCTTGGAGCGAAGCTGAAAATATCATTTATGGAATGTC
TTTCCGCCTTGTTTGGGCGGTTGCGTTATGTTGGGTTATCTATGCTTGCC
ACAATGGCTATGGAAATGTTTTATAAGAAGACTATCAAGGGAAGATTCGC
TATTGCTTTCGCTTTCATTCCGATTATCGTGACGTCATATTTCTTATCAT
ACATCGTGGCTGTGTGTATCGAATATCCTGTTTTCAATCTCGAAAAGTTG
CTCCTCAAATTGTAAGTATCATTAATGACTTTCTTGGATGGAAAGTATTC
ATCCCGTTGAGTCGCTTAACTTATGGAGTTTATTTGATCCATTTTTATGT
TATCGATTATTATTTCGCAACATTGAATGTCAATTTCCACGCAACCGAAG
TTACATTGCTGTTTTACTCTCTTGGGTGGTTGGTTGCAACCGGATTAGGA
ATCGCTGTCGTTTATGGGCCTTACTCTGCAACTAAACATTCTTGGAGCGA
AGCTGAAAATATCATTTATGGAATGTCTTTCCGCCTTGTTTGGGCGGTTG
CGTTATGTTGGGTTATCTATGCTTGCCACAATGGCTATGGAAATGTTTTA
TAAGAAGACTATCAAGGGAAGATTCGCTATTGCTTTCGCTTTCATTCCGA
TTATCGTGACGTCATATTTCTTATCATACATCGTGGCTGTGTGTATCGAA
TATCCTGTTTTCAATCTCGAAAAGTTGCTCCTCAAATTGTAAGTATCATT
AATGACTTTCTTGGATGGAAAGTATTCATCCCGTTGAGTCGCTTAACTTA
TGGAGTTTATTTGATCCATTTTTATGTTATCGATTATTATTTCGCAACAT
TGAATGTCAATTTCCACGCAACCGAAGTTACATTGCTGTTTTACTCTCTT
GGGTGGTTGGTTGCAACCGGATTAGGAATCGCTGTCGTTTATGGGCCTTA
CTCTGCAACTAAACATTCTTGGAGCGAAGCTGAAAATATCATTTATGGAA
TGTCTTTCCGCCTTGTTTGGGCGGTTGCGTTATGTTGGGTTATCTATGCT
TGCCACAATGGCTATGGAAATGTTTTATAAGAAGACTATCAAGGGAAGAT
TCGCTATT
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13496MSTRG.13496Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13496.11.p2.exon16MSTRG.13496.11.p2.exon16Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon15MSTRG.13496.11.p2.exon15Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon14MSTRG.13496.11.p2.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon13MSTRG.13496.11.p2.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon12MSTRG.13496.11.p2.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon11MSTRG.13496.11.p2.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon10MSTRG.13496.11.p2.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon9MSTRG.13496.11.p2.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon8MSTRG.13496.11.p2.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon7MSTRG.13496.11.p2.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon6MSTRG.13496.11.p2.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon5MSTRG.13496.11.p2.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon4MSTRG.13496.11.p2.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon3MSTRG.13496.11.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon2MSTRG.13496.11.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p2.exon1MSTRG.13496.11.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13496.11.p2MSTRG.13496.11.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000107_pilongenomesc0000107_pilon:667270..708535 -