MSTRG.13490.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13490.1.p1
Unique NameMSTRG.13490.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000107_pilon:616261..645542-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13490.1.p1 ID=MSTRG.13490.1.p1|Name=MSTRG.13490.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=29282bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107_pilon:616261..645542- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAGGATGATTTTGAGTGGCACTCCAAAAAAAATCACAAAATGGCTTCATC GGCGGTGCTTCGGTCTCTTCGTTTTCAAAAGCAACTTTTTAAGTTAAAAT CTGTACAACAAATCGTCGCATGTGGCATTTCTTCATCTTCGGTTATCTGT GACAAGATTACACATACAGGACAGGTGAGTTCTTTCTCTCAAAGCAGAAA AACACTTTAGTTGGTGTCAATCCAAAACATTTGAATTTTTTCTATTTTTA TGCTACAGGTGTTTCTGTTTTGAATTAGTTTTGTTATGTTCATTGCATAT TCATATCAAATTTATCAGTTATATAGTGGAAGTAGTTGAATTTTTTATCT GATCCTAATCAGTTTTTATCAGACACACAAACAATAAAAGAAATATATAA AAAAGACTAAAGAAAATGTTTGTCATACATACAAATAGTCGATTGCGACG GTCTTTTGACAGCTTGGTAAAAAACCCTGTATTTCCATTTCAAGAAATGA GGCATGTGTCATCAATTACGCAAGCAATAAACAAAAGAGATGGGCGACAA TCAATTTATATCTTCGTTTCGTGTCGCCCACCCGACTCTCGAAAATTGAG TAGAATTGAGTCGATGAGTCGGTAAATTTGTCGGACTTTTTCTGTCAATG ACCTTTCCTTCTTTTGCGATTTCTAGCGTAAGCGACCCGCGTGTTCAAAA ACCTACCGCATCAAGTTGTCATTATTTGCCATTTCCAGACGGTGTCAATC GAACGAATCGAACGCCGACGCAATCGAACGCAATTGAACGCAATGGAATA ATTGCAATTCGATTGTCGAACGCAATTGAATCGCAATCGAATATTACCCA GGATTTGCTGTTCGGCTCGCTGCTTTTTTTAGATTGTTAACAACCTGAAC AGCTCTCTAGTAGTCTTTACCGTGTGAATTTAATTTTGTCATATTGTGGA 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GGCACCCTACGAGGGACTGATTTTTTATTTTGGTGTTTTTGTGACCCTAC CTGGGACTCGTGGAGGTTAAAAAAGGTACCCTGACCAGCGGAGCATCCCC GTAACCCATCTTACCCTAGTACCCCCCCCCCCTGGGGTCACAGGTTCGAT TTTGAATTAGACCCCTTAACCTTCATAGATGCAAGCATTTGATGTCCACT CTATAGCAATTTAGACTCATGTCTCTTTAATGTACAAAAGACGAAAAATT GCTTTAACGATATATTTAGAAATAAATTTACAAAAATACAACCCGAGATA ACCTACACGAATAGTGAAAATGGCCGAAGCACCGCCACCCTACGAAGTTG ACCCTCAACCGACACAAGGATCAAGTGATGAAGGTATCAGATTAAACCCT GGCTTCATAAGAACACCTCCTGGTTTGTTACTCGTCATCAATCTTGTAAG TCTTTTTTATATAAGAACATTAGTCTCAATTTTGACGATTCACTGTAAAA AATAATTTTCTAAAAAGTAGATAAAAATTCTTAATACTAGATAAATTATC CCACTTTCAAGATAAATTTTCTATTCCGATGGGTAAGAAATTTTATCTTG ATTTGAGATGGCATAGATTTTTTATCTAGAAGAATTTTCTTGTTTTAAGA TTAAAACCAAGTGCACATTTCAACCTAATTTAGGTTCCTAATCTTGTTAA GATGATATTTTTCTCTAAACAGGATGATAATATTATTAGATATTTTTTCT TGTCATATCTTGTTTTTAGATATTTTCACAATAGAGATCTTTCTTGATTT AAGTTGTTGTATAATGGGAATTACCCAGTTGACACATTGTAAAGACAGAA ATTGGTACCGACAGAAATGCGTGATTTTCAATAAAATTGAGTCTGTATAA TTTGAACCAAAAGGCTGGTGTTTCATCTTTTCTCCGTGATTAAAATGCCG CAAAAATCTCAAGTTCGACAGACCAACAATACATCCATGGACGAATTTGA GATTTTTGGATCCTATCATCAACAAAAATAAAGTAGGCCTGTTGAAAGCC TTTCATATATACATTTAACGAACAATTAACGAAAATATTAACATGTATCA TGTATACACCTTTATTTATCTGTACGCAAAAATTCCATTAAAAAACAATT CCAAGTTAAAATCCTTAGTGTATGCGAGACTTTGCTCGATGAAGGGATGG TTAAATTTAAGGTACAATAGAACTACAAAAAAGAAACCCAATTATATGGT CATTCGATTGCACTGAAAAAAAGTTTGAAAAGTACGAAAACGAACTGTAT AAATTATTAACAAAATTAAGCTCTACAAAAGTTCTAAAAAACTCGATAGT AGTTATAAAAATAAACCACAAAATGAAATACACCCCTGTCTCACAGCCCC GGTGGAACTTTTTTCCTCATTGGGGATAAGAATTTCAGTGCGAATAGTTT ATTTCGAATAGGGAAGGAATCAAAGTTAATTTCCCAGCAGTGGGACTGAA ATGTCAGGTTTTTTTCCTACCGGGACGAAATTTTTGTCAAATTTTCCAGT TGGGCGGGGGTCCCAGCGGCTCTGTGACATAGAGGTGTCGAAATCGCTGG GTAGAAATTCTGAAGTCTTTTTACTGCATTATTAAAGCTTTCGTAATGAG AATCTTTACAACAAGTGTCTTTGAAGACGATCCGGTGCTAGATTGTCATG CATGTAGGTAATCAGCTCTGTCTGTTGGATAGTATTCGTGGAGCAAGTAA AAACATAAGAAACCGAGTGGAAGCGGCTCCACCGTCAAAATCTTGCTACC ATACACGATAAACGATTTTCATGTCCTAACTTCTACCACTAGTCTTGGCA TCTCAGGCAAACAGTTCTTTCTTTCTTGCGTTCGGTTGATCAGTCTCCTG 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CCGCTCCATTAAGGTAGCCCGGTAGTCTGCACAATTTAGGTAGCACATGA CTACAAATTGTTTCTGCACTGACTTGCCAATGTTACAGTAATTTTTCTAA GGTTTTGTAGAAACAAACAGGCCGCTCCATTAAGGTAGCCCGGTAGTCTG CACGATTTAGGTAGCACATAACTACAAATTGTTTCTGCACTGACTTGCCA ATGTTACTGTTATCTTTCTAAGGTTTTGTAGAAGCAAACGGGCCGCTCCA TTTAGGTAGCCCGGTAGTCTGCACAATTTAGGTAGCACATGACTACAAAT TGTTTCCACGCTGACTTGCCAATGCTACTGTTATCTATCTAAGGTTTTGT AGAAATAAACGGGCCGCTCCATTAAGGTAGCCCGGTAGTCTGCACAATTT AGGTAGCACATGACTACAAATTGTTTCCACACTGACTTGCCAATGTTACT GTTATCTTTCTAAGGTTTTGTAGAAACAAACGGGCCTTTCCATTAAGGTA GCCCGGTAGTCTGCACAATTTAGGTAGCACGTGACTACAAATTGTTTCCA CACTGACTTGCCAATTTTACTGTTATCTTTCTAAGGTTTTGTAGAAGCAA ACGGGCCGCTCCATCGCTCCATTAAGGTAGCCCGGTAGTCTGTACAATTT AGGTAGCACATGACTACAAATTGTTTCTGCACTGACTTGCCAATGTTACT GTTATCTTTCTAAGGTTTTGTAGAAACAAACAGGCAGCTCCATTAAGGTA GCCCGGTAGTCTGCACAATTTAGGTAGCACATGACTACAAATTGTTTCCA CACTGACTTGCCAATGTTACTGTTATCTTTCTAAAGTTTTGTAGAAACAA ACGGGCTGCTCCATTAAGGTAGCCCGGCAGTCTGCACAATTTAGGTAGCA CATGACTACAAATTGTTTCTGCACTGACTTGCCAATGTTACTGTTATCTT 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TGGTTATGATGATGAGCTGATTCATTGACTGGAAAAAGTGTTTTGTATGT CAAATTTTGTTTTTTGTCTTTGAAACTGAATACTAACTAATGTAATTTAG TCAGAAGTTCACTTCAGCAATGATTTCAATTCTTTTTCCGGAATCTTTAA AGAAATTTGCTCAAGTTTTCAAATGTATATTTGATATTTTTGTTCAAACT CTAAAATTTATATTTGTCTTTTATTTTATTAATAACTACCTTTATTGTTT ATAGAGCTTCTCGAGCTTTAAATACCATCGTATGGTCGTAACTCGAGAAA GTCCTTCTTAACTTAGTAAAACAAGATACCGGCAAAGTACAAAAAAGTTG AATGTATGCATATGTAAAGTTGAATTTCCAAAAGTGGTTGAATGAATGTT GAATGTCAATCAATGTAAACAAACTTTTTCTTTTGGTCTTCAAAATAGAT TCACCTCACTTAGAGTTTTTTCACTGTTTTTTCAGTGTGGTAAATCTATT TCAAAAACCTGCAAAAAGTTTGTTTACATTCGTTTAACTTTACATGCGCA CATTCAACTTTTTCATGCAGTTGTGATAGCCTAAATAACTTACGCTCCAG TGGTTTGGTGAAATAGCTCCAATTCTGGCTTTCCAAGTTAGGATGGACCT TCCCGAAGGCGTTTAACGCTGGTTAGACTAGGTACACAGACAATCATACA GAAACACCATAAAGCGAAAGTATATATAGCTATAAACTCAAAAAGTCTAG CTTCCTGAAGGCACGTCTCTTCATTGTCTGCGCTGCTTGGAGAAAAGATT GCATCATGAAAAAGTACTATGCATGCACTTAGGCGCATTTCAACTTTTCT CGACTGTACGTCTGAATGGACCACAATGGCATTCCTTTATTTTTCTTTTG ACCAATAAAATAGAAGATTTTGTTTGAGAAGTGCAATCACAGTGTACGCA 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TTTTATCTCCATTCGAAATTCAATGTAAAAATTTGCACTCCAAAACCATC CCCACTGGACCTTTTTAGCTTTAAAACTATAGAATTTCCCCATTGGGATT TCGATAGAAATTTTTTATCAGATATCACTACTATGTTCCAAAGCTAAGTT ATAACACCCGATAAGATATTTCCAAGGAGAATAATCTAAAGGATAAAAGA CTTGGAAAATGGAAAATAAAAATGTGACGAACAAGCTACAGGCTGAATGG ACCTACCTGAAGATTGATGTAATAAGAAGATGGGAAAAAAATGACAACAA TAGCAAGTAAAGGCAGACTAAAAATCAAGAGAGATACAAAAGATCTGAAC GCAGGTTTAAAATCATCAAGGTGATTATTCTCCTTGGAAATATCAACGAT GCAGAGCTTTTCTATATGGCTTTGTACCGCTGTGGGAGACTTTCGAGGGT GTAAAAAGGACCCTTCCCACAGACCCGGTAGGAATTTTTCAGCCAGTAGG GGTAAAATAACGTACTAACACTCAATGGGGATTGATATCACTAAGTTTTT AATGGCTTGGGATTTGAATTCCATAGTTTGCAGTGAGAATGAGGGGGTCC CGGGTCGGTGAGAAGGGGGTGTCTAATTGCTCGCACATATGCGGCACCAT CTAAGTACCCACCTCCCCCCAGGGAAAGCTGGTGTCCTCATTGATATTCT TATAGAGAGTGACCATAATTTCCAGTTCACACAACAGTACACTTAGAAGT GTGAATTCTGTTGAAGATTTTCAAATTTGATTTCTCAGGTTCTGTTATTT TTGTCATGGTGCATAATGGCAGGCTGGAGAGGAGAGGTACATTGGACTGT GGAAATTCATTTTGAAGGAGGAAGTGGATTTTATTTGGCTACAACACTTA TTCCATGGTTTATCCTTCTCGTAGTTTTTGTTCTCATGTTGTTCAATATC CACAAAAAGATTCCAATCAATTTTCCTGTAACGGTGAGTATGTCATTTTT TATTCAAACAAAAATGAGGAACTTTTTCGCGTACAACTCCTTCAAGGAGT GTCGCTTTATTGACAGACATTTTGACCAAAATGACATCATTAATTTTGGC ATGTACAATGATTTTGAGGATCATTGTTGAAAAAGAAGGAAACTGTATTC TAATTCGCAATCAATTTGAGTTGCTTATAATAAACTTATAAAACTATCGA TAAGGATCTGCAACATACCTTAGGGGAAGAAATTTTGGTGGATATGGCGG ATTTTTCCCGTCATTTACTAAATTTAAATTATTGTATTTTTTCCCCGAAA TATGTCCTACCTTAAGAGAACTTTTTTTTGGCGAAAACTAATTTTGACGA ACGGTCGATTGAAATTCTTTTTTTCAATTTTGGCGAGAACTAATTTTGGC GAATCAGCGACTTATTAAATTTTGACGATAACTTATTTTGGCGAATGACT GCGTAAATCTGTTCTATTTTGCCTTATTTGAAGCTTTTTTTGTGAATTTA TTTAGGCAAAATACCAAAATTCTCAATTTTAGCGAGAACTATATTTGGCG AATGGCCTAAAAAATTAATTTTGGTGGGAACTAAATTTGGCGAATTTCGA GTTCGCCCGCCAATTTCGCCAAAACTAGATCTCACCAAAATAAGTTCCTT TAAGGTATTTCAGATATTTAATGGCGGATTTTGCTAAAAGTATCCTTCAT CCGCCAAATTTAATTTTTCAAGCCATCCACCAAATGAAATCCCTCCAAAA AAGTGCAGTATATACAGTATATATATGTCGAGTAGTATACAGTATCCCCG GGGGGGGGGGGGGGTACTTAGGCAAATGGAGGGTACGGTATGTGCCGCCC TTAAGGGTACCTTTTTTGGACTTCCAAAGTCCCGCTAAGGGTCGGAAAAA TCAGAAAATCAAATTTCAGTCCCACTAAGGGTCGAAAAAATAGGAAAATT TCAACTTTTTACCCCCTGAAAGATCGAAATTTGGTCAAAATTTGTCAAGT TTGTCCCGCTAAGGGTCGTAAAATTCCCAAAATTTTCTTTGGTTTTCTCT TTTTTAGTCCCGGTAAGGGTCAAAAGTTCGAAAGTCGGGCGGCACCCCCC CCGTCAGCTCGCAACCCTAGTACCCCCCCGGGACAGTATCCATATCGAAC ACACTCAATTAACTGTACTAAATGAATCTTCAACTTCACTGTTATAGTTG ATGATTAACTGTCTTCTGTGGGCAGTATTGTTGTTTATTGCATCATGTGT GGTAGCTGATAAAGCTCGTAAATGGAATGTGAATGGAGACGCTTGCGATT TTTACAGTTGCAATCATCTTGGTGCTGCAGCGGTAAGTCGTTCACTGATA GAATCAAATTACCCACACCTCCTGCATAAGATTGTAAGCGCTTGCTATAG TCATTTGTAATTTTACTGCAACAATTTTATTGCATTGCAAAAGCATTTTA GAATTTGCCGTGTTGAAATATTAAAATTTCTTACGCACTTGCAACGCAAT GTAAATTGCATTGTAACCGTCTTTAAAATCTTTTCAGTGTAGCCTTAGCT TTATCAGAAAAATTTAAAAACTAGTATCAACTACCCCGAAGTGGGGTTGA ATCTGTTTTTACTCTGCAAAGTAAAACGATATCAAATGTATCTGCCACTT AGACAATAAAAACGTTTACAAATCACTAACCCAACTAAACGCATTGCATT AATTAGTTTTTTTCTCTTTTACAGGCTTTTGGGTTTTTCTCAGTGGTTGG ATTAGGAGCACAAGCATTTTTACACTTCCGAGAATGGAGAAGTCCTTAAA TTTTGGCACAAAAATCAAACCAATACTAAGCAGAACACAAATATGCCAGA ACACATGGTTAACATAGATCTAAGTTTTGTAAATTTTGAAACGTTAACAT TTTTCTTTTGTAACAACTTTATTTTTTTCATATATCTGTGATATTCATGA AAATGTTTTACGGAAGCAGCCGAAAAAGACCGGGTGTTTGCCACTCATTT TGAATTTAAACAATGAAACTGGTGGCAAACGCCCGGGCTATTTTGGGTTT TTCCGTATAAAACATTACATCGTGAATATTATGAATACAATAGTGAAGTT AAGTAGATCGGTCAAATCACGACGACGAACAAAAATTTAACAGGCTAGTG AGTTTCAACCAATCAAATTTCGTATTTTCACTAGCCTATTAAATTTTTCG TCCGTCGTCGTGATTATCCTGGTTGATCATTAGTTTATTCGCCAACAAAA ATCATAAAAAAAGAAATAAGTTTATACCTAAACTAGTTGATCATGATGTT AAAAAATTAAATGAACTACTGTACACACATTCTTTATAAATTGAATAAAA ATGGACCCTGAAATGGTCCAAAAACTGGACTTAGACGTCGGTGACGCAAA TCAGTGTTTAGATAATGACATTGAAAGGAATTCCAGTACCTTTTAGTCGT AACTCTTTTTACTCTTTTTGAATACAAATTAAATCACCACAAACGTCAAC GTTAAGCCAGTCTTCTTCAGAGTTCTCTCGCCTCAAACTCACAGATATTG TTCTTGGTGTGGATTGGTTTATTACGCTTTTAGTATCTTTTAGTTGAATT TTGAGGAATCGGTGTGCTGTTTTTCCTATAAT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000107_pilon:616261..645542-

>MSTRG.13490.1.p1 ID=MSTRG.13490.1.p1|Name=MSTRG.13490.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2100bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107_pilon:616261..645542- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TGTTCTCATGTTGTTCAATATCCACAAGAAGATTCCAATCAATTTTCCTG
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AAGAAGATTCCAATCAATTTTCCTGTAACGATGTCTGAAGCATACGATAC
AGGCCCCCCACCAGCAGCAGCCCAATCATCTGATGGAGGGATCAGGCTGA
ATCCTGGTTTCATTAGGACACCACCTGGTCTCTTACTGCTGATCAATCTA
GCTTTTGGGTTTTTCTCAGTGGTTGGATTAGGAGCACAAGCATTTTTACA
CTTCCGAGAATGGAGAAGTCCTTAATTGATGATTAACTGTCTTCTGTGGG
CAGTATTGTTGTTTATTGCATCATGTGTGGTAGCTGATAAAGCTCGTAAA
TGGAATGTGAATGGAGACGCTTGCGATTTTTACAGTTGCAATCATCTTGG
TGCTGCAGCGGTGTTATTATTTTTGTCATGGTGCATCATGGCAGGCTGGA
GAGGGGAAGTACATTGGACTGTGGAAAATGATTTTGAAGGAGGAAGTGGA
TTTTATTTGGCTACAACACTTATTCCATGGTTTATCCTTCTCGTAGTTTT
TGTTCTCATGTTGTTCAATATCCACAAGAAGATTCCAATCAATTTTCCTG
TAACGATGTCTGAAGCATACGATACAGGCCCCCCACCAGCAGCAGCCCAA
TCATCTGATGGAGGGATCAGGCTGAATCCTGGTTTCATTAGGACACCACC
TGGTCTCTTACTGCTGATCAATCTAGCTTTTGGGTTTTTCTCAGTGGTTG
GATTAGGAGCACAAGCATTTTTACACTTCCGAGAATGGAGAAGTCCTTAA
TTGATGATTAACTGTCTTCTGTGGGCAGTATTGTTGTTTATTGCATCATG
TGTGGTAGCTGATAAAGCTCGTAAATGGAATGTGAATGGAGACGCTTGCG
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AAATGATTTTGAAGGAGGAAGTGGATTTTATTTGGCTACAACACTTATTC
CATGGTTTATCCTTCTCGTAGTTTTTGTTCTCATGTTGTTCAATATCCAC
AAGAAGATTCCAATCAATTTTCCTGTAACGATGTCTGAAGCATACGATAC
AGGCCCCCCACCAGCAGCAGCCCAATCATCTGATGGAGGGATCAGGCTGA
ATCCTGGTTTCATTAGGACACCACCTGGTCTCTTACTGCTGATCAATCTA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13490MSTRG.13490Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13490.1.p1MSTRG.13490.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13490.1.p1.exon5MSTRG.13490.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13490.1.p1.exon4MSTRG.13490.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13490.1.p1.exon3MSTRG.13490.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13490.1.p1.exon2MSTRG.13490.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13490.1.p1.exon1MSTRG.13490.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000107_pilongenomesc0000107_pilon:616261..645542 -