MSTRG.13445.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.13445.1.p1
Unique Name	MSTRG.13445.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000106_pilon:1139188..1154242+
coding sequence from alignment at sc0000106_pilon:1139188..1154242+

mRNA from alignment at sc0000106_pilon:1139188..1154242+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.13445.1.p1 ID=MSTRG.13445.1.p1|Name=MSTRG.13445.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15055bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000106_pilon:1139188..1154242+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCTGAATTTTTCTAAGATATCTGTTTGATTATGATGAGCTGAAAATAAAT
TATGtgatatttcaactttttaactccaataatttttagcatgaagaaag
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GAGCTAGGATGAAATATCTTATGTAAATCTACATTAACTACAAAGCGAAT
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GGAACAACTAATAATGGAAAATGTTTACAAAActcaacaatcaatcaagc
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GGATGTGATTGTAAGATTGGTGGTTCTTACAATGAAACTTGTGACCAAGA
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CGTCATTGGCTCCTGAGAGAAACTCTTTGcctgatttttgcacaaaattt
caaccttttgttATTGAGATAGGTATTTCTCTCTATACAAgataaaaatc
agaaataattttctttcttaggATCGTGTTATTGTCGTTTTGGTATTTCT
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TCATTACATTCTGGAAGCTGAGCAAGGCGGAGGATCATTCGAGAGAATGT
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ACTGCGAACATACTCCAAAGTGGAACGGATAAAATGATACTAGCACAAGT
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CAAACGATCAATCTATGATGTTAGATTCGTTAGTTCTGCTACCCGATTAC
AAGGGAGTGGATTTACATCGCAATGGTGGGCCATCTGTTGAGCTCATTGC
CAACTGCTGGAATAAAAGTTTAAGTTCAATGACTTTTGAGGTGACTGAAG
GATGCAAAGATGTTGTGTTTTCAACAAATATTGAGATTTATGATGGTTCT
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TGTTAAATAAAGCTTGaaattcagccaatcagagacaggggggggtcagg
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acctataatttttgaaggaattcttcaatctttataaatttggtatcatt
ggaaagatattagtgagtggaacagtttgaaataaaaaattctaaaatga
agatgaaaatgaagattttttagaaaagtgctataactatcattttcact
gaggtgaatccttgatcatccaacgtcatcactgtgaaaaaatttctcaa
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gccTAAAAATGCTGTTCTCTGCTCTTTTTTGGGGTCTATCACTTATTTAA
ACTTTGTGTCATAACTtgatattgaataaatattttagtaaaatttcttc
acaatgatgacctcctaagatcaaagaatctctccagttaaaatgaaagt
tatagcacttttccaaaagatcttcatttttttcttctttattttcatat
tcgtttttggaatttttttaaagacttatttcaaattcttccactcacaa
atatctctccaacgataccaaatttataaagattgaagaattccttcaaa
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TACTTACATTATACAACATTTTAAGtcagataccaatttcaaattcaaca
aaaattaaaaaaaaagaggacccatcccctcattttggtatcgataccaa
cttaaagattcccttattttcaaaaaaagggggacccaccccctcatttt
ggtatcaataccaacttgactttttgaaatttgaaaaaaaaaattgacac
caccacccggccctgggtttggtatcCAGAATCCTGAccccccccTGTCA
GAGACTGTttactttttggtttttcttgcaAATAACACgaagtaaaaaat
gaaattaattcaaaattcttctactcttctttcaatctttgcaGGACAAA
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ACGCTCAGGGGATGCTTACGGCTTTGTTCCAGTACTAGTAGTGAGAATGT
ATCAATTTAGCTTACCTTCATTCTTTTTTCAAGAATGCAAATGTGATGCT
ATTGGTTCATGGAATAGCACGTGTGAGACGTACGGTGGACAGTGTTATTG
TAAAGAAGGTGTGATGGGAAGAAAATGTGATCAATGCATGGCTGGTTACT
TCAATTTCACCACCAACGGATGCCAAAGTAAGATACAATAGGGTTGGCTT
CATCTGGATTATTTAATTTCCCTTCTTCACCTTCTCAAAATTACTCTCGG
TTACCTATAAACAGTATCACCATAAGTTAATTCAACCCTTGATATTCCTA
TTCTGACTCCCCCCTTTTTATAAAACTCTGTTTTTAAAGGCTAAAACTAA
AAgtatataccttattacacgaatattcttaggcaagtattcaacggcct
tgaaattaacacgcaaaaaaattaacacaaattttatctgtttttttcaa
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aaaaaaatatcatcactCGTACATGCTCTCAATGTCAAACGAATTACTTC
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TCTGGGACTGGATGCAAGTTAGTAGAAAGTCTTTTTTGCCTCCTCCCTTT
TTAAACACTgacatagaaaaaaagtataACTTTATATGAAGAAGATGCTA
TCTTTTCTCATTATAGATCTTATGAATTTTGCGTAGTATGACCCCCCTCA
TGGTATTGTCTCTTTTAATATATCCTCATTTCCCTTCTACCCCGCCATCc
cccttttttgggaaaatttcccTTAGCCTTCCTTTTTTGGCGTCCGGAAA
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TTTCAACTTGATGAAGGAGAATCACCAAGGCTGTCAGGAATGTTTCTGTT
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ATTCCATCTGATTTATTTGACTGGACACAAATTAACGGTGGTAATTTTGA
AACATCCGAAGCTGGAATCACTTTTAACATGACTGGTGGTTATTTTGTGC
TTTCAGCTCCACAAGAGTACCTTGGTAATCGACTTTACATTCTACAACAG
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TACTTCACTGAAATTCGTCACATTATACGAGGCAAAACTTGAGGGTATTA
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CTCTCTGATGAAAATAAATTCTATTATCCCTCCTCCCTTTATCACGTTCC
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CTCTTATAAGAAATAGAGAGTTTGTAACATCCTCTTGATAGGGGGGAAAT
ATATAGTACACTGATTGATGATATACACTGCCAAGTGACGCACATATTCT
AAAAACTTTATCTCATTACTATCTAGTTTTCTAGGtcaaaaccaatttaa
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ATCGGAGGGCGGAGATGCGATCGTTGCGCTGAAAATGCTGTTAATATCAG
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ACCTGGTTTCAAATGACACTTTTCCAGAACTACTCGCTAACCTGTCGTCG
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TGAGCTTTATCAGGAGTTTGATAATTTAGGTAAATTTCTatcttcagttt
ttgagactGAGCTATTCAAATAGTGGACTTGTGTCAGTTCACCTGATTCA
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tttaactttttgcgaatttgatcggtactttttCCCAAGTCTCGGTACTA
TTAGgtaggaattaaaaaaaatatatacgtTTATACTGAGATTATCCTCA
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TACTGAATTGACACCTAAGTCTGGCAATGCGTCCATTCTATTGAAACAAC
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TCGTACGCTCCAGTTCTACTCAACATTGACCAGTTATTCAATGCGTCGAA
TCAAATCTTGGTCAAGACAGCTGCAATTACCAATATAAGTATGAATATCG
ACTCCAATCTGACCAATACCAAGTCTGAATTAACCGATTTCAGTAGAGCA
GTGTCAGGTCAACGAATGTTATCTTCAAGCCTTTACAATACATCATTGGA
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ATGAGATTCAAGACCTCGATGTGAACTCTGCCAAGACGATTCTCAACGAT
TTGCAAAGTAGGAACGAAACTTTGTATCAGAGTTTATACCGTTTGAAAGA
TCATCTCCAAAACCTTCAAGAGACCTTTACATCATTGATGTTTGATTCTA
AAAGATCGTTAAATCATTCCTCAATGGTGTTGAAGAGCGCAAATACAACG
GTTAAAGAAACTGAAACGCTTCATAAACAAGTTTCTCAAATCAGGTATCA
ATctttatcaatcaaaccaaaGTTGGGTTAAGTTTTAAGAACACCTATGT
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AAGGCTTAgatattgggctgttccattaaaaattctataggggtggacga
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AAATAGTCTTTTACCACCTGaatattttagaataactttttatcccctgg
aaaaatgaaaaaaaacagtcCTGTACCCCCTGGAAACTCTTCTCAGATTT
ACCCTCTTGAAGTATTCCTCCACCCTTTCTGTATGGATAAAAATTGGAAA
TGGCCAATtacctagtctagcaagctagacgactaatttatacatagtag
aaataaagcaaaaagtaatgaatggaacaattttagtcgtctagaaacct
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tttttcctgctcaaaataattcttgagaaaaaaatatgtgtggatttgtg
tattgaaagtttttcatttgagttgatttctttttgagagtttgttgttg
tgcttgataaattgttttctcgctaggcaagtttctgcgtagctagcccc
tgtatctataaggctggaacaccggattcttccagtcgtttatacaaact
aaatcccgtattattattattattagtattggtattattagtattacacg
cattataaacgactccagtctaccaaTTACCCGAAAGTAGTtatatgaat
ttttgaaatactgGACTTTATTTTCGTATCATCTCCACTTCATTGTTTCA
CAGAGACGGTGTCTTCAATGCATCGAAGGTGTCAAATGCAACATTTAATA
CAGCGCAACGTATGTTGGTAGTATTAATGGATTATGAAAATGCTATCATC
AACTCGTCACAATCGCTGAAAGATTCAATGGCACAGTTAGATAAGGTACC
TTTTTGAAACTTTGTTATTAAAATAATATCAAGCATAAGGAAGGCCAATC
TTCCCGCACCCTCCTTGTTTGTGATATCCATCTCATAACGCCATATCTTA
CGGAATCACGTGTAAAAAATAAggttttcttcaattttgaacACTAAAGC
GAATCTAGTGGACTGTTAGCACTTCCTGGCAATACATTTCAAACATGCGG
ACGTAAGGTAACTGAAATACGTAAGCATTCGTGaaaaaaaaaCGCCAAGA
AAAGCAATGGTGAAGTAAAAAATACAGTAATTTGCATTGTGTACacgaat
acacgcttttttgatacttttttatAGTACTCGGTTTATGAGGCTGATAT
TTTCGtgatcttaaaaagtttaaattttgttaaattgttCTGAATTTTCC
ACTTGTTGACCAATTGGATTAAATTCTCTTTCTTACCTGCTACTGAACAC
ATTCTTTCTCTTTGCAGCTTAACAAGAGCAGTATTGAAACAATCAAATAC
GTGAAAAGTATGAAATTGCAAGTGACAGATATCTTTCGAAacgtttcaaa
agttttcaataagAGTACTGATCTACAAAGTAGGACTAATGAACAACGAC
AGGTATGAACCTTTTTAATACCCTAGACTAAGCTATATTCACCATCTTGA
GTTTTTAGAAAGTTGGTATTTTTGTAGCACTACTCGTTGTATATTTGTAA
CATTATTTGAATTCATGAagttttttgtctgaaaatattttgactacTCA
TCATCGAATTGgcaccattagggtaccaatttagAAAAACTCCgttcaaa
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TGGTGACAAAGCGTCTTAATTTATATCAAAAGACTTCATGAAAATGCAAT
ACAAATTGTGTTTGAATatgaaattcttcttttctAGGATGCATTAAATG
TACTTACTACATTTCGAGATCTAGAGAAGAAGCCTGTTTTCAAAACCAAT
ATGACTGAAATCCGAGCTATGTTTCGTAAAATCAACTCCCTCGGTTACGA
GGGTTACGCTTTAAGCGTTCGGTGTAACGCAACTTCTAGTCAAGTTCTCA
ACTTGACTAAACAAGTCAAAGATAGTTTGAAATGGGCAAGCGAGGCAAAA
TCGGACCAATCGAAGCAAGCTGGTGATGTTCGACGTTTGTTTGAAGAGAT
GgagaaaattgttgttttgaattCAACCCACGTGACCGAATTAACCAATG
AAATCAACCAATCACGTGACGTCTTTCAACAAATGAGTTTAACGCATGCG
CTGATGGCTTTGAGAAAAGCACGTGatgagcaaaaaataaaaattgaatc
aCAGAGGCAAAGCGTTAAAGAGATGAAAGAAGAAATTAGGCAATTGAGGC
AACTCTATGAgcaaatgaaaaatacaaaaggatgTGGTTGATTGTTTTGA
AGACCAGAGCCAACTTgagtttagagctttaggtctttGATTATTTTATC
GAGTCTTCAGTTCAGTTTACTTGTTTTTCAATCTGAAATTTTGCCGAATT
GAATTGAACCTTTAACATACTTTTGGTTGGAATTGTATACAagacaaaaa
gttaaaagtataaaaatattttcgcacttttttcaccttttttattgttt
tatttttacacatttacatctttatattattttttgcaACGAAATTTTGG
TACTGGAGTGAcatgaattaattttttcaatatattctgtatctttaaaa
gcattatttTTCTAAGTtattgttaaaaacattttgcaGTGTGTGTATAT
ATTTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000106_pilon:1139188..1154242+

>MSTRG.13445.1.p1 ID=MSTRG.13445.1.p1|Name=MSTRG.13445.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=88224bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000106_pilon:1139188..1154242+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgcgTTCAACAATATGTGTCTTGTGTTTTATGTTTCTTCGGAAGATTTT
ATTAACTTATGCTCAAAATAATGACTATAGTTGCTATGACTTTTTGTATA
ACCCAAGAGTTTGTTTACCTGGTCCCATTGATATTGctgaaaatcatgaa
ataaaTGTTGATGATAAATATACTTGTGGTACCCCACCAACAAAATATTG
CCGTAGTGCTGAGCCTTCAGGTTGTTTTATTTGTAATGCTAGTTCAACTA
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TTTTGGGACTTTGGTTATAAGCCAACTTGGTGGCAATCTATAACTTGGTG
GGATGCTAAGCAAATGAATATTTTGACCGATGGTACACTTAAAATTAACT
TGACACTGTCAATgaacaaaagttatgatttgACTGGATCATTCCAGTTA
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TTTTGGTAATAGCTGGAAACCTTATCGTTATTACGCTGATCAATGTGCTT
TGAGGTTTCCCAGAATCAAGTtggaatttcaaagaaatgatGAACGGGAA
GTGTATTGTATTGAACATCAATCATTAGATGCAGTCCAAGGCAGTCAAGT
GAAGTTCGAACCAAGTTATACAAAAGATAATTTTTGGTCTAAAGATACCC
AAGATTATATAACAGCAACGGATTTTCGGATATCATTACAATACCCATGG
ACTGAtaacaatgaaaaaatcaatcaaGAATCTTTTTTGAACAAGTATTA
TTATGACATTACAGATGTTCAAATCCATGGAAGGTGTCATTGTAATGGGC
ACGCTCCTTATTGCGATAGTAACAAACAATGTTTTTGTCAGCACAACACA
GCTGGTACCGACTGTGAGAAATGCATACCACTTTTCAATAATAAACCATG
GAAACCAGCTGAAGCTTCAAACAAACCTAATCCATGTGAAGcATGTAATT
GCAACAACCATGCAGGCAGTTGTCACTACAATGAGACACTTGAACATGGT
GTCTGTGATGAATGTAGAAATGGTACAACAGGTTATCACTGTGAACGGTG
TGATGATTTCCATTACAGAAACATATCATTGCCAATAAATGATGAAAGAG
TTTGCATAGCCTGCGATTGTTTTTTACCTGGAACAACTAATAATGGAAAA
TGTTTACAAAActcaacaatcaatcaagctGCTGGACAATGCCCCTGTAA
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TAAATGTAAACCAACCATAAGTGGACGTACTTGCTCACAATGTCAACCTG
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GTCTTCAATGCATCGAAGGTGTCAAATGCAACATTTAATACAGCGCAACG
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AAGAGATGAAAGAAGAAATTAGGCAATTGAGGCAACTCTATGAgcaaatg
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Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13445	MSTRG.13445	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13445.1.p1.exon1	MSTRG.13445.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon2	MSTRG.13445.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon3	MSTRG.13445.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon4	MSTRG.13445.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon5	MSTRG.13445.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon6	MSTRG.13445.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon7	MSTRG.13445.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon8	MSTRG.13445.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon9	MSTRG.13445.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon10	MSTRG.13445.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon11	MSTRG.13445.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon12	MSTRG.13445.1.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon13	MSTRG.13445.1.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon14	MSTRG.13445.1.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon15	MSTRG.13445.1.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13445.1.p1.exon16	MSTRG.13445.1.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13445.1.p1	MSTRG.13445.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000106_pilon	genome	sc0000106_pilon:1139188..1154242 +

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MSTRG.13445.1.p1 (mRNA) -