MSTRG.13420.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13420.1.p1
Unique NameMSTRG.13420.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000106_pilon:801376..822978+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13420.1.p1 ID=MSTRG.13420.1.p1|Name=MSTRG.13420.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=21603bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000106_pilon:801376..822978+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TACCAAGTGGTACGAAAATCCCGGATTTATGACAGTGATGTCATTTTGTC GAGAGTGGAAACCTCGTCATCCCCCTCTCCTTTTCTCATGCTCTCCTTTC TAAGGTTGTAATCTGAGCCGTGTggtaaaaaaagggaaatttcaatgaaa ttttatgTGTTCGCTACGCAATATTTTGACCTTATTTGGTGAATTATTTC ACAATACTTGATACTAGATCGTATAACTGTGGATTGTGATTTTTTAACAA TCATTCTATCAGAAATTACTCAATGGGCTTATAAACGGTTAGTTTCTCTT AAGGGTTTTACAATGTCTTGGCTCGGGACGTTTTTTCAGTAAATGGATAT AACCATGGCGACTAACCGAACTATCTGTTATTCTGCAGGGTACTGTAAAT AGAAAACAAATGGTTTGAAAATCCCAAGTAAACTTACATTCGTTGTAGTT GTTATACCCGTCCTCTACTTGTCAATTGTATGAGATTTTTGTATGTCATG GTATCATTTAAATCTTGTATTTCTCTTTACATTTTCAGGCATGATGAACA CGCCAAGACCAGTCCCAACCATTGCTGATGATTCAAATTTCAGCAGAAAG AAGAAATCACTCTTGAACGACAGTCTATATGCGCCACGTTCACCCGTCAA ATCAGCACCGCCCATTAGTCGTATTTTCCGCCATCGACGCGGTTCAACGC CCGGTGCCCATTCAGTTAGCTTCAGAAAATCCGAAGTGCAAGGAGACGTT AGTATGACAAGCCCATTATACAAGACTTACGATCAATTGTATTTTGATCA ATGTTTCACCAAATTATCAAAAGTGGGCGTCGGCTCTTTCGGAGAAGTAT GGAAAGTTCAAAGCAAGGAGGATGGAAAATTATACGCCATTAAAAAGTCA CGTGATCGTTTCCGTGGAGACTTCGATCGTAAACAACGCTTGGAGGAAGT CAATAAAAGTGAGCGGATCCAGGGCCACTGTAATTGCGTGTATTTCCATA AAGCGTGGGAAGAGCTAGACTATTTGTATATTCAATACGAATTGTGCGAG ATGAGCCTGAAAGATTATGCCGAAAAAGTGCAATCGGTCGAGGAGAAAGA AATCTGGAAAATGATCATCGATTTTTGTTACGGGCTTAAACATCTTCACG ATGCTAACCTTGCCCACATGGACATTAAACCGGCTAATTTGTTTCTTGGT CGTGATGGCAACTATAAGATTGGAGACTTTGGATTGGTTGTTGAGTTAAC ACGTGACGTTGATGCTATGGATGGTGATTCCAAATACATTGCACCTGAAC TTCTTGAAGGAACTTTCTCAAAAGCAGCTGATATCTTTAGCTTAGGTATC ACTGTTTTGGAACTGGCATGTAGTCTTGAATTACCGAACGGAGGACCTTT GTGGCAACGTTTGAGACAAAAGCAATTGCCAAACAAATTCACCACTGGTT TATCGGATGATTTGATTCTCTTAATCTCCTCTATGATGGATCCAAATCCT TCGAATCGACCAACAGTTGACCAAATCCTCCGAATGCCGTGCGTACGTCA AGTCAATACACGGCGTCCACCAATCAGTACTTACGTCTCAACAATCACGC AACCGTTCTTTAGCCTATGGTTCTACTTTATGTGGATGTTAACGTCAATT ACGTCATTCTTCAAACGTGATTACCGTACACAGAGCTCACTTCATCACAT GAGAGAAATAAAGCGACCGAGAACTCCTTCTCCAAGGACCAGTGTCTTTG GCGAGGAAGGATGCACTCCACTTAATACTCATAGCAAAGCCCAAGAATCA CTTTCATCGCAGATCGAGACGACAGTGTTTTCCTCTCCAGCTAAGCGATC ACAACAAAAGCTACGTGCAAACATGGTTAGCcctcttttcaacaaaaaca gtCCTTTATTCAGACCTATGTTTAACCAAAGCAAGTCACAAGAATCGTCC CCAAGTGGTCTATTTGGCGAGTCACCTATAACCAGAGACAGTTCCAAAAG CAGTAGTAGAAACACTAGTATGGATAGTCCCGACCTAACAGACTGCTCAC CGCAAACTGGCACGGTGAGTGAACGAATTGTCCGCTCGCGGTTGTTTACA TGTTCTAGTGACGAGGACGAAGACTTTGATTTACAAAGAGTTCCTAAAAA CCTTATGAGTAGTTTTAAAGAAGACTCTGAGTAATGttcttttatttctc ttttAGTCTTGTTATTTCATTGTAAATTTATAGTGGGATGATTCAGAATA ACTATTGCTCTTACTCATTGCGAGTCCCCCCTCCCCATTTCCCACCCTTT TTGTAACTTCACCCCATTGAAAAACCCGTATAAAATGAACCATTTTTTGT AAATCTCTCGTGTCTCTtcagggtcaaatttttccctttttctcttTACC CCACTGTTTCCCAATAGAATTATAGATATATATTAGATTAGAAACTACAA ATTTTGGGTTGACAttttttttAGATATAGTTGCTTCGTTTATATggagt tgatttttctttggaaaaagttttttgtaaatattgatgtgtttgtttat attttgtttatCATGATGTTGCATTTCAAATatggtatttttttgtttcg aac

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000106_pilon:801376..822978+

>MSTRG.13420.1.p1 ID=MSTRG.13420.1.p1|Name=MSTRG.13420.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1644bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000106_pilon:801376..822978+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATGAACACGCCAAGACCAGTCCCAACCATTGCTGATGATTCAAATTT
CAGCAGAAAGAAGAAATCACTCTTGAACGACAGTCTATATGCGCCACGTT
CACCCGTCAAATCAGCACCGCCCATTAGTCGTATTTTCCGCCATCGACGC
GGTTCAACGCCCGGTGCCCATTCAGTTAGCTTCAGAAAATCCGAAGTGCA
AGGAGACGTTAGTATGACAAGCCCATTATACAAGACTTACGATCAATTGT
ATTTTGATCAATGTTTCACCAAATTATCAAAAGTGGGCGTCGGCTCTTTC
GGAGAAGTATGGAAAGTTCAAAGCAAGGAGGATGGAAAATTATACGCCAT
TAAAAAGTCACGTGATCGTTTCCGTGGAGACTTCGATCGTAAACAACGCT
TGGAGGAAGTCAATAAAAGTGAGCGGATCCAGGGCCACTGTAATTGCGTG
TATTTCCATAAAGCGTGGGAAGAGCTAGACTATTTGTATATTCAATACGA
ATTGTGCGAGATGAGCCTGAAAGATTATGCCGAAAAAGTGCAATCGGTCG
AGGAGAAAGAAATCTGGAAAATGATCATCGATTTTTGTTACGGGCTTAAA
CATCTTCACGATGCTAACCTTGCCCACATGGACATTAAACCGGCTAATTT
GTTTCTTGGTCGTGATGGCAACTATAAGATTGGAGACTTTGGATTGGTTG
TTGAGTTAACACGTGACGTTGATGCTATGGATGGTGATTCCAAATACATT
GCACCTGAACTTCTTGAAGGAACTTTCTCAAAAGCAGCTGATATCTTTAG
CTTAGGTATCACTGTTTTGGAACTGGCATGTAGTCTTGAATTACCGAACG
GAGGACCTTTGTGGCAACGTTTGAGACAAAAGCAATTGCCAAACAAATTC
ACCACTGGTTTATCGGATGATTTGATTCTCTTAATCTCCTCTATGATGGA
TCCAAATCCTTCGAATCGACCAACAGTTGACCAAATCCTCCGAATGCCGT
GCGTACGTCAAGTCAATACACGGCGTCCACCAATCAGTACTTACGTCTCA
ACAATCACGCAACCGTTCTTTAGCCTATGGTTCTACTTTATGTGGATGTT
AACGTCAATTACGTCATTCTTCAAACGTGATTACCGTACACAGAGCTCAC
TTCATCACATGAGAGAAATAAAGCGACCGAGAACTCCTTCTCCAAGGACC
AGTGTCTTTGGCGAGGAAGGATGCACTCCACTTAATACTCATAGCAAAGC
CCAAGAATCACTTTCATCGCAGATCGAGACGACAGTGTTTTCCTCTCCAG
CTAAGCGATCACAACAAAAGCTACGTGCAAACATGGTTAGCcctcttttc
aacaaaaacagtCCTTTATTCAGACCTATGTTTAACCAAAGCAAGTCACA
AGAATCGTCCCCAAGTGGTCTATTTGGCGAGTCACCTATAACCAGAGACA
GTTCCAAAAGCAGTAGTAGAAACACTAGTATGGATAGTCCCGACCTAACA
GACTGCTCACCGCAAACTGGCACGGTGAGTGAACGAATTGTCCGCTCGCG
GTTGTTTACATGTTCTAGTGACGAGGACGAAGACTTTGATTTACAAAGAG
TTCCTAAAAACCTTATGAGTAGTTTTAAAGAAGACTCTGAGTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13420MSTRG.13420Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13420.1.p1MSTRG.13420.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13420.1.p1.exon1MSTRG.13420.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13420.1.p1.exon2MSTRG.13420.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13420.1.p1.exon3MSTRG.13420.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000106_pilongenomesc0000106_pilon:801376..822978 +