MSTRG.1340.5.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.1340.5.p1
Unique Name	MSTRG.1340.5.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:2078695..2093255+
coding sequence from alignment at sc0000006_pilon:2078695..2093255+

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:2078695..2093255+

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>MSTRG.1340.5.p1 ID=MSTRG.1340.5.p1|Name=MSTRG.1340.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=14561bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2078695..2093255+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GTTGTAAAATTCCAGGACGGTGAtgttcttagcatattcttaattaactt
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CATTCTTAGCTCCGTTGTGGTGTGGGCTATATTTAAAACAAAGGTGTGGA
CTTCACAATCGACGAGGCTTATTTTGATTGCATCTGTTATCGATATTGTC
GGCTCATTGGTCAAAAACTTTTGCATCTCGCTTTATGTGGCTTCAAGTGA
GAATTTAGCATGTCCTACCAAGAATGTTTTACTATCTGTTGCAGTTTCAT
TATCTTACGGTCATTTTTTCATGACGGTTGTTATATCGTTTGATCGATTG
ATGCATATTCTATTTCTAAACAACTATGTTACAAAGTTCAACTCCAAAAG
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TTGACTTTACCTATTCATGTTATATCTTATATAGCATGCATATCATTTTA
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ACGATTCTCGAAGCTTGACAAAAATGGCATCCATATATATCATTATCTAT
TTAGCACAGAGTCCCTTGATTATTTTTCAAGTATTGATCTTGAAAAGTTC
TATACATTTTCAAGCGTGGCATGTTAGTATAATAAGTTTCACAGCTTTTT
TATGCCCTACAGTGGTTGGTATTATCCATGCTTTggcttttttgataaat
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GCCTTAAAAACATCCGTGGCAAGTCCCAGGAGAATAACACAGTAAACAGA
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ttgagaaagatatcTAGACTCTAAAATAACTTTTCGGAAAGAACTACAAC
TACTCTTGCTTTTTTGAACTCGGGATggagatttaatttttttatgagat
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TGACTGAGTTTACAGCCATTACAGACATTATTGGAATATGTTCTGAAAAG
ACGGGATCTGTTATTTCAACCATTACTAAGTTATGTAAAAAAGCATCCCT
TTTTTAGGTAATCTCTAAGTAAAAGtatctgctcatcctctagcaaaaaa
aaagtttcctttGCTTTACATGTAGAGAGCGTATAtctataccgggtgca
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tattttttgttaattctttttttattgtatagaggatgctctaatttgaa
ttttgagctattatacattaaatttgaattgaaaCTGACTaatttttcca
tgtcgaaatttcaaaaaatcattaaaaacagcaaccacgctataaataag
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aaccagtggcgttgtggcagggggggccgggggggccatggcccccccag
cggagcttttttgaaggggcgccgaagagcaaggggcgccaaaagagatt
tttttaaacgccccaatcttaaaaatcatactttatgcgccttaaattgc
gcccaggaccaactTTACTGAGATaatcttaaaatactttcaattttttt
cgctcgatTCGCTCGCATTACAGTTTAactggtaacttctttgcaatcta
gcttatttataagtttttttgtgtataatatagcattattaaatgaaaat
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tttcttttccctctagcaagtgtcaaatttgtctatttttatttagtgat
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GAAAAATGAAGTacaaactttaaagaaaaatccTTTTGTCGCTTTTTTAT
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attcactctaaaagccatggctccgtaagagaacCTGCGAAGCTTGGTGc
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TTTTACTGTCGTTCAGTTTCAGATGTACAACAAGACAAAAGTTGTCCGCA
AACTAGACAAAAGTCCGCTACCGAGAGAATTGTTGTTTTTCCAATACAAT
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GCATAAAAGTTTTACTTTCATgggtttaatttttttgaaaattattaaat
gATACTCGCTTGGGGAGGGAATCCGAAGGAAAAGACGAATTTTACTCACG
TAAACTTTTGCCGTCAACTCTGCAAATGAAATCACAGATCTCTTTTCTTA
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TATTTCTAAACATTTCCCGTCAATTGATTCGTTACTTCTCATTGATTCTC
ACATACAAAATTGTTATGGTGGTATTGAGAAACTCCAACACTTGACCACA
CTCAAATTGAAGGTAAATAATAACATTGTAATAGTGCTCCTCGTCGCATA
CATCGCGTGATTGTTCTAACTGAAATTTGTACGAGTCTCaatcccagggg
ggggggtttctaggggttcgaaataccgttttcccgtcaaaatttttgct
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ATTTTTTATtctgaaagagaaaaataacAGCGCCTAAATTCTAAATTTGT
CTTTCACATTCGCCTATTTTCACATCTAAAAAAGAGAAGTGACGGGAAGC
TAGCAGAGCAGTAGTTAaattcaaaacttgaaaaattatttattccCTAT
TTTCGTTCTTCAGAAATGTTGCTGTTCCAATATGTCCCTTAGAAGTAAAC
AACTGAGAGTTTTAGACATCTCTGAAAACAACATCACTAATTTATTTGGT
TTGTCCGAATTGCAATTTCTTTCCTACCTTGACGCGTCAGATAATCGAAT
CTCGAAAATCAGTAAGTTTTAtaacttttaacttttcaaatattttgaca
agCGGACGAAAGTTTTACATATTTATTTGGAGATGAGAGTTAAAAGTATC
AAAAAGCTTTTAGTACCGAAGAAATGAAATAATGTTTTCTCAACTTaatc
tttaaaaatgttttgattgtattttttaTGTTGAATTCTATTACTCGTGA
TTATTTTTCCAATGGTATAACACTTATCAAAATTAATGCTTTCGTTAAGA
ATtgattggaaagaaaatagtGTACACGTTCTGGGAAATTTTAATTGTAA
AGCAAATACCTAAAGTTATGTATCGAATTCTTACTGCAATAAGCTCCCTT
TAACGAGccttttttttgttgatttataTTTCAGATGGTATTGAAGAATG
TCGAAATATGGTTTACCTAAATTTAGATAACAATCAACTCATCTCGTTGA
AGGTAAAGAAAACACATCTTTTCACTTTGGTTTCAACCTTATGGTTATAA
AAAGGGgataagctggagtttttacaagagagAGAAATGCTGAACTTTGC
AGAACagcattaatattttttttcttattatggcgtttatatttaaaagt
tctatctgaaaataaaaaatctccaAACCCGAGGTCCCAAGTCCCCAAAA
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aaaaaaaaatatacaccaACGTAAAGTCccaaagtcccgaagtcccgaag
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aggtcccgaaagtcccgaattgaaatatgtcaaaattctatcaaaaaaaa
tatccaaccaacctaaagtcccgaggtaccgaagtcccgaattgaaatat
gtcaaaattctatcaaaaaaaaattacaccaacctaaagtcccgaggtcc
tgaagtcccgaattgaaatatgtcaaaattctatcaaaaaaatttacacc
aacctaaagtcccgaggtaaaaaaattacaccaaccaaaagtcccgtagt
cccgaagtcccgaaatatcaaattcttaataaaaaattacaccaaccaaa
agtcccgaagtcccgaattgaaatatatcaaatttctgagaGAGAAAGTT
TTTTACCCCTACTCTTTTCATACTATTTCCGCCACCTCCCTTTACATCTA
TCTCACCCTGTCTTCATGTATATCTCTGCCCCCTCTTTAAGCGTCATCTG
ATCTTTATCTTCGTGTTTCATCAATCATTTATTCAAGCCCCTCTTTTTGC
TTGAGTTTCATCCCATCCGTTTTCCTCTTTGTGTGAATATTCCACCCTTG
CCAATTTCAACAATCCCACCTCTGTCTCACCATGTCTAATCTATCATTCT
CTATCTCCGGCCCTTTTTCAACTTGAGTTCCTCCCCAACCGTTTTTCCTT
CCTTGTGTGGAAATTATATCCATGTCCATTTCATTAATCTCGCCCCTGTC
TCACTGTGTTCAATCTATTATTCATTGTTTCCGCCCCTCTTTCACACCCA
CCccttttgatagatttccacTTCTATTCTTTATGTGAAATTCACTAAAC
TCCCCCCTCTTTCCACTCGAGTTTCCCCCCAACCGCTCTCTTTGTGTGGA
AAATACACCCTTACCTATCTCATCAATATCACCCCTGCCccatcaaattt
aataaatctgTCATTTCCTCCGGCCTTCTTTCTACTTGAGTTTCCATATA
TTTCCATCAGGACTTCGGGACAACtttttttCAGACTGAACTTGGTAAAT
TTccattcgggacttcgggaccttaGGTtggtgtaaaatattttttctga
tataatttttatatgttataatgcgggacttttgtttggtgtaatttttt
attcataaatttgatatatcgggacttcgggacctcggaaCTTTAGGtgg
gtgtaattttttttttacagaaatttgatacattttaatttgggacttcg
ggacctcggcgGGACTTTAGGtaagtgtaaaaaaaattttctgatagAAA
TTTGATATGTTTCAATTCGGGACCTTGGGTTggtgaatttttttcagata
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ATACACATAAAAAATCATGGCCGACGTTGTAAAACTCAGCTCATCCGTAT
AAAAGAGGCCGAAATTACTTAATCTGTTTTATGGGGGATTCGTCAGGATT
TCATTTTCTGCTGTTTTATCTCGTTTATCTAACTTCACTAAGAATTTATT
GTTCTTCTTACCTCCCTTATTTGTGCTACTATACCCTCACTTGTGCCTTT
CCTTATATAGGCAAATGCACGGGTTGCAAAATGATATCAATGCCATCAAA
ATATGTGAtttctcgaaaaagttcacgtgattttattcccatgttacttg
ctttacaacttacagctgataactttattagtgtcaataaattcgaatca
atcagaaataaatgtcatgtaacaaacacattaaaatttcgagtaaaagc
gtgatttgtcttcagactttaattttgcagccTGTGTATTATACACCTat
cagtctgttcctctaaagaatcctgcattgggGCGGTAtgagtcactttc
ggtcggggttgtggatggcgacatttgtcgttctttttgagATTTGTCGT
TCTTGTTGTCTATTTTTAATAAATGCAGAATTCTTTATATAAACCCCGTA
TATCAATTCTTAAAGCCGTCCGGCTTTTTAGGTGACTGcggtaatgaaat
tttttctcgGCACACGGCATTTTTAAGCTGCCTCCaaaaaaaaCcgagct
acaatcatggtcagaGTTTGTTGGCATTTCTGggtattttagcattttgc
TAAATTAAGAATTTGGGCgagaataacattttcaggcttgCTACTTTATC
taattgaatatttcgatttgggtgGGGTATACTttcttccaggctatatt
cttagCCTAGTGGGACCATTCACACACATGCTTTTGGATCCTAAAGATCC
TACGCTACTAAATCTTAATTCTAATGTGTAAAAGTTGAAACTCTAATTTC
TAGCCCTAAGTTAAAGAACTTAAAAATCTACTTGcggtttttagaatttt
ggagcggaatgggctgttccattaaaaatccGGGTGGAGAAAccttttca
catcaaaaagattatttaatATGTGTGAATACCCCTGGAAGAtggcaaaa
ttttcataaaatggaaAACCCTACCTTTttagtgagggtggacgaactaa
atcAGTCTGAAACACCCTGgaaatttcttccaaaaaagTTCTTCCACCGT
GGCAAAAAACTATATATTCTAGAGATATTTCCATGGGTTTCCTGTGGTGG
AGTGCAAACTATTTCTAGCTTAAATAAGTTGATGTTAATTTATTACCTCC
ATATGTTAGGGCAACTTACTTTTTCCACAAAAGCGATCCTACACTTGTGT
CAGCGCTAAAGGCTGATAGGTAAAGCATTCCTTCTTTTGGCTGGTTGGCT
GTCTATAACAATTTTACTTTTATACATTCATAGGGTCTTGGACACCTTTC
AAAACTGTCATGGTTATCATTACGTCATAATGACGTCACATCTTTACCAG
AGATATCTCTTTGTAGGCGATTGGTAAAACTGGATGTAACGGAAAACAAC
TTGATTGAGGTATGAGCATAGatttaaagcccgaagagctagatgtcgta
cttttgctgaataGTGtaccgaggttaggtaggaaatcttacctaagtca
cgtgacattac

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:2078695..2093255+

>MSTRG.1340.5.p1 ID=MSTRG.1340.5.p1|Name=MSTRG.1340.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=981bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2078695..2093255+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
attgGATCCCATCAAACGAAAAAATCGAGTTGTCATAAGAACTCAACTCT
GGTGTTGCACAATGTGGATGCGTTTCCTGTTGGTATTTCTAAACATTTCC
CGTCAATTGATTCGTTACTTCTCATTGATTCTCACATACAAAATTGTTAT
GGTGGTATTGAGAAACTCCAACACTTGACCACACTCAAATTGAAGGGTCT
TGGACACCTTTCAAAACTGTCATGGTTATCATTACGTCATAATGACGTCA
CATCTTTACCAGAGATATCTCTTTGTAGGCGATTGGTAAAACTGGATGTA
ACGGAAAACAACTTGATTGAGGTATGAattgGATCCCATCAAACGAAAAA
ATCGAGTTGTCATAAGAACTCAACTCTGGTGTTGCACAATGTGGATGCGT
TTCCTGTTGGTATTTCTAAACATTTCCCGTCAATTGATTCGTTACTTCTC
ATTGATTCTCACATACAAAATTGTTATGGTGGTATTGAGAAACTCCAACA
CTTGACCACACTCAAATTGAAGGGTCTTGGACACCTTTCAAAACTGTCAT
GGTTATCATTACGTCATAATGACGTCACATCTTTACCAGAGATATCTCTT
TGTAGGCGATTGGTAAAACTGGATGTAACGGAAAACAACTTGATTGAGGT
ATGAattgGATCCCATCAAACGAAAAAATCGAGTTGTCATAAGAACTCAA
CTCTGGTGTTGCACAATGTGGATGCGTTTCCTGTTGGTATTTCTAAACAT
TTCCCGTCAATTGATTCGTTACTTCTCATTGATTCTCACATACAAAATTG
TTATGGTGGTATTGAGAAACTCCAACACTTGACCACACTCAAATTGAAGG
GTCTTGGACACCTTTCAAAACTGTCATGGTTATCATTACGTCATAATGAC
GTCACATCTTTACCAGAGATATCTCTTTGTAGGCGATTGGTAAAACTGGA
TGTAACGGAAAACAACTTGATTGAGGTATGA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1340	MSTRG.1340	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1340.5.p1.exon1	MSTRG.1340.5.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1340.5.p1.exon2	MSTRG.1340.5.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1340.5.p1.exon3	MSTRG.1340.5.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1340.5.p1	MSTRG.1340.5.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000006_pilon	genome	sc0000006_pilon:2078695..2093255 +

You are here

MSTRG.1340.5.p1 (mRNA) -