MSTRG.1338.3.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1338.3.p1
Unique NameMSTRG.1338.3.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:2018406..2034559-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1338.3.p1 ID=MSTRG.1338.3.p1|Name=MSTRG.1338.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=16154bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2018406..2034559- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CGATAGGGTAATCAATCAGTTAGTCACACTAGGAAATTAAGCTTTCAGAA AAAACAACATTCAGTCATCTACAGGATACATTTCAACAACAAGGATGAGA GTTACCTGAATCAAGTTCGCAAGACAATATTAATTAAAACATAAAGTTGG AAACAAAATAAAACGTGCAGCAGCCAAAATCAACCAACCAAAATTTTTCA TTCAATTCCCGAGACAGCGCTTCGATTTTTAAGGCCTTGTTTATACGCTA AAGTAAAAACAATTCTGCACATGTAAATGGGTCATTGTTTGAGGTCCGGC AAAATTTCCGGGAGATAGCCTATCCGGCGGTGCGCGGATCTAGGTGGGTT CTGCCTCCCCCGTAGATCTTTTTCTTGGGAAGTTGATCTTCAAATTAGTT TTCAAGGTTGGCTTGGCTCAAATTTTTTTATCTATGGCTCAAATTTTAGG CAATTTCTCAAAGTTTTTGAAAATGTTAATTCCATTAAAAAGCGCTGGGT TATTTTTTCATGAATCCCTATAGAAGTTTTGTGGCGCATTTTTTTGCTTG AGAGTCAAGTAAACGATATAGCGCTTTCGCAACATTAGTCTTTGATACAC ATTTTGGCGGGACGCTAGTGTGACTAACTGTCAATAGCGAGAAAGATCGA TTAATATTAGAGCTCAATTTTTAGAAAGAGTCGATAGGGTCGATAAGATC GATAAAAGGTCGATGATAGATCGATAACTAATCATAAGCTTAAAAAAATC TTGAGTATCGATCCTCTATCGATCCCCTATCCGGATCGATAAGTAATCCA TCGATCACATATCGATCCGTCATCGAGCCGTTCCGATGATCGATCCTATC GAGCGCGGACGCCTGGAATACAATAATATTTTCAAATATTATAACAATAA TATTTTCAAATATTATATAGCTTCCGTCACAGAAATAAATTAATGATTCC 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GTCGGTCGGTCGGTCGTAAAAAATTTTCGGCCAGTGAATTTCTTCTTCTC GTCCGACCTTAATCATCCATTTTTGGAGTGTATTCTTGAAGGAAACTGCC AGCCAGCCCAGCAGCCAAGACTACCGCGCGTTACGGGTGGTTTCAAATTA TGAACTTTGAACACTGTAATGATAAACAAAGTCAAAATGCCGCAAATCGT CGCATCAAAATAAGAAAGCCTTAAGTCCATTTTTTCAAAAATTGAGTTAT GACCATACCGATGCTTTACACCCCATTTTTATCGAATTTTTGGCTTAAAT CCATCAAAAACCAACCTAAAGTGGCCTAATTTTAAGTTTTTTGAAAAATA AAATTTCATTTTTGAAATTTTCTCAAGTTAAGAAAGTCTTAATTCCATTG TCATTTTAGTTGGACTTTAGGACCTTTTAGATTAAGGTTTTAGTTAAAGA GTTCAAAAAAGTTAAGAAAGTTTAAAGCAAGAAAGTCTTAAGTCCATTTT GGAGTTAAGACACTTTTTCACTGGAAATTTTTCAAATTTTCAGTTTTAAT CAAGGAAATTTACATAGAAAAAAAGGTTTAAGTCCATTCTCGAAAAACAT GCTATGAAGAAGCATTCATATCTCCGCAATGGTATAAGTGACAATGTTGA TACTTTAGAACTTGAAAGATCTTTCTTCATTTATATTCATATCAAAAAAG CAGCTAGCTAGCCCAACATGGTCAAAAATGGCAGCCATTTCAAACCTTTA AACTTGATTTTCTCAAAACTACAAAAATGGACTTAAGGCTTTCTTATTTT GATGCGACGAAATGCGCTAAAATAATAAAATGTTTGAACGAAGGAAACGT CATCGACAGAAAAAGTCCGACAAATTTACCAACTCACCGAGTCAATTAAC TACTCAATTTTCGAGAGTCGGTCGGGCGACGCAAAACGAAGATATTTGTG ATTACCGCCTTGTGGAAAACTAATATTTTTAACTTTCTAGTTGCCCATTC AGAATTGCATCAAGAAATTAAAAAATCTTAAGTTTTTCTAAACTGATTAT GATTATGGATGAGTCGAGAAAAGAGAGATCACAAGTTTTTAAAATGATTA TATTCTACAAGCTAGGGAAGGGAAATATCACCAATTGTGACCTTGCTTGC TTTATTCTATTCTTTCTCTACCCAGATTGTGAAATTCGATTTCCCGAACT CTTTAATTTGAGTGTATCCTTTAAACAATTAATTAAATCAGAACTTATTG TTCAAACCTTCAAATAGACCATGTTGAATAATTATGTACTCCAGCATAAA AACAGATACAGCCATGCATAATTTTTAAAACATGCATGATACAGTGTAGA CCTAACTCTTCATACAAAAATTACGGAAAACACATATTTTAAAGTTCTAG GAATGAAAATTTAATAATGATAATTGAATATTATCCATTGATGATCCGCA GCACTATCGTAAATCTAGAATTGCTTTGCATACTCTTCGCTTGAGAAAAT GATTGACAGATTGAAGTTTTTTCACCCGCGCGGGAGCTCGTGGGCATTCT ACGAACGTTCTATGAGCGTTCTACGAGCATTCTCGGCTCAATCCTCAGAC CGCACTAAAAATGGTAGACTGAGCTGTGATTGATCATTTCAATGGAAGTT GTTGGAATGTTTACAAGGCTCTTGACAGAAAATCGTTTGTTTTATGTCAA CGATGACAGTGCGGCTATTAATTTTGTTAGATCTAACAAATTGACGTTTG TAAGTGCACTTTATAGTTTTGATTCCCATTCAAGAATCATATTCTGGTTT TCATGTTATTAAATGCTGTTTTAGAGCTTTAGAGCTAGCCTGCTTTTAGT TTAGATAACATTTTCTGCCCAGTCTCTGGTTATGGTACTGAAAATGTCAC 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TCTGATTTAGGTTTTAAAGTGTTTTTTGATTTTAACGTACAGTTTTGAAA ATATTTAGGTCCCAATGATCTAATTGCAACATTAGTTACTTTGCAGTGAA TCACTGTTCAAAATCTGAGACCAAAAGGACTATTTTATAAAAACTTATTG GAGAAAAACCCTTTTGTAGGAACCATAGACAGCGTACTTTCTACACAAAA AGTTTCAGCCTAAAATTCCACCTAAAGTTTCAGATAGAGGGTACCTCTAT TTTTTGTAGGTTTTAAGGGGTATCCAAGGGTTATAATTTTGCACTCGCCT ATAGCTGGGAAAAAGTACAGATTTTTGGGTGAAGGCTGGAAAAGGTACAT TTTCCATCTGAAAATACCTGAAAAAAGGATGTTTTTGACCAAAAAAGCTG GATATTTCATCTAAAATAAGCCTGGCCATCCTGTGACTTTTGACTTATCT TGATCTGGTTTGTGATGTGTTTGCTGTATGTCATGTTCACATCCAGAGTG ACTCCTAAATCCTTCACATCCATCTTGGTTTTGATTGGGGAGTCAGTGTT TGAGAGTTAATTTGAGTGTTCTTAAGCTCTTCATTTTTTCTTTATTCTGT ATTTAAGATGTTCAAACTTCAAGCCATTGAGCTGCATGTTTTTTAATGAT GTCCATTGATAAACCACATCAAGAACACATCAATTCGGAATTGCAATTCC TGTAGAGCCACCAGTACAGAGTTGTGGGACAGGACTAAATTAGGTACCAA ATAACTATTCATCAAAAGGTATTTGGGACTTTTGAACAATGTAATTATCT AATTTGTTAATATCATAACATTTCTGCTCACACCCACTCTGCTCTAAAGG GATGTAATGTACTATTATGTGCTCTTTTACAGAGTCTTCAAAGTGAATAC GTTTCATGAGTGGAGCAATCAGAATCTGCTCTGAGATTACCGAATTGTAG 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ATTTCGAGGACTCTCCCGTACCATTCCTCCCATCCCATATCCATACTCGA ACTTCAATTGTCCTCCCATTTCTCAATATTTTGAAGTAAGCTTAGTCGAT CGAGCATTCGCCTTTAATTCCGAGGTTTTTGGTTTTGATCTCCGGTCGCA TCCGCCGACTTATCGAATTTTTAGCTTAGATGAATAGTAAATTTTGATCA AAGTAATAAGCTCAGCACTCTTAGCCAAAAGATCTGGCTCTGACTCTGTT CTGTAACACTGTTGGCAAGAGGAGCTAATTGGCAGCTGAGAGAAGGTGTG TTGCTCCCCCGTCAACATTCGACCTCTTAAGTCGTAATTAGAAAAGGGAT AGACTCCCTCACTTCCGGCTCCTCCGACAGCGACCAGATGAATGAACTTC TACTTAGTGGAATTCAGTTTCAATTAATTCCATCTTAATTTTTACTTGAC AGAGTTCTTTCGGACCAAGGGATCACACCTAGAGTTATTCCATATAAGGT ATTCAGTTAAATTTATACCGCTGCCGTTATTATTTTACCTTTTCCTTGTT TTCTAAAAGACGCCCCTGTCTCAGTGACGGGTGAAAACGTCCTAGTCGAG TGGGATGAAACGAAGGAGCTACGTCTCAGACTTAAGGATAAATATATGAA GATGCCTTTTGTCATTGGAGATAAGTTCTGTTCTAATGAAATGAAATGGG TTGTTTTTCTCAGCAGGATGATTTTTCAGATCCTCGTCAATTTGTCATCA TGCGACTGACGTTGGAAAGTTGTTTCGGGACCCACTGGGTTAATTTCTAA TTAATTTCTTACTTAGATAAAATATTACTTCTATTCAATGTTCGTGTTTT ATAACCAGACTTCTTCTTGTTAGGGAGCCGACGTGAAAAAAGCAATCGAC AATGGGCTGACGAAAAAGGGATGTGCGACTTGCCAGAAAGTCAAGGTTTG 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:2018406..2034559-

>MSTRG.1338.3.p1 ID=MSTRG.1338.3.p1|Name=MSTRG.1338.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=6192bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2018406..2034559- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GGTGTTGATGGGTACGTATTGATGAGCACTACCGTATGTCTTAGCAAATC
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ATGCTGTCTACTATCAACCAATGAACTAAGGAGCCGACGTGAAAAAAGCA
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GAGTTCTTTCGGACCAAGGGATCACACCTAGAGTTATTCCATATAAGGAA
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AAACAGACCATGATTTTTTCAAAGTCACTCTTGATTTGAGAGACAAATAC
GACATGGGAAGGATTTGAACGATCGCTTGATGAAATATTGGCCAAATCTA
TTCGCAGATGAATCGAAAACTAGTTTCTGGCGACACATCAACACGAATGC
GTGATACCTGATATTGTGGATGGATGGGTCCTTCATGGTTTGTGGCCTTC
ATGCAATAACGGAAAATATCCTGCAACTTGTACACAAGAAAAATTCGACT
TCTCTAAAGTTGAGGCATGGGCACCACCGTCACCGCCATCACCGCCATCT
TGAAAAGCTTCACAGTAAACAACGCGAACGTGATCACACTTCACGCAATA
TGGAGTGGGATTTCTTCATGTTAGTCACTGAATGGCCTTTCTCCTCTTGT
GAGAAAGAAAACATGAAGTACATTTTATCTGTGGTGTTGTTGCTGGCTTT
GATTGCCATTGCTGAATCGAGATGGGTGTTGATGGGTACGTATTGATGAG
CACTACCGTATGTCTTAGCAAATCCTTACAATTGATTGATTGTCCTTATT
GTGAACAAGAATGCTATGATAACGATGCTGTCTACTATCAACCAATGAAC
TAAGGAGCCGACGTGAAAAAAGCAATCGACAATGGGCTGACGAAAAAGGG
ATGTGCGACTTGCCAGAAAGTCAAGAGTTCTTTCGGACCAAGGGATCACA
CCTAGAGTTATTCCATATAAGGAAACACGAATATGAAAAACATGGCACAT
GCGCAGAGACCGTCCAAGGCTTTGAAACAGACCATGATTTTTTCAAAGTC
ACTCTTGATTTGAGAGACAAATACGACATGGGAAGGATTTGAACGATCGC
TTGATGAAATATTGGCCAAATCTATTCGCAGATGAATCGAAAACTAGTTT
CTGGCGACACATCAACACGAATGCGTGATACCTGATATTGTGGATGGATG
GGTCCTTCATGGTTTGTGGCCTTCATGCAATAACGGAAAATATCCTGCAA
CTTGTACACAAGAAAAATTCGACTTCTCTAAAGTTGAGGCATGGGCACCA
CCGTCACCGCCATCACCGCCATCTTGAAAAGCTTCACAGTAAACAACGCG
AACGTGATCACACTTCACGCAATATGGAGTGGGATTTCTTCATGTTAGTC
ACTGAATGGCCTTTCTCCTCTTGTGAGAAAGAAAACATGAAGTACATTTT
ATCTGTGGTGTTGTTGCTGGCTTTGATTGCCATTGCTGAATCGAGATGGG
TGTTGATGGGTACGTATTGATGAGCACTACCGTATGTCTTAGCAAATCCT
TACAATTGATTGATTGTCCTTATTGTGAACAAGAATGCTATGATAACGAT
GCTGTCTACTATCAACCAATGAACTAAGGAGCCGACGTGAAAAAAGCAAT
CGACAATGGGCTGACGAAAAAGGGATGTGCGACTTGCCAGAAAGTCAAGA
GTTCTTTCGGACCAAGGGATCACACCTAGAGTTATTCCATATAAGGAAAC
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GATACCTGATATTGTGGATGGATGGGTCCTTCATGGTTTGTGGCCTTCAT
GCAATAACGGAAAATATCCTGCAACTTGTACACAAGAAAAATTCGACTTC
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GAGTGGGATTTCTTCATGTTAGTCACTGAATGGCCTTTCTCCTCTTGTGA
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CTGTGGTGTTGTTGCTGGCTTTGATTGCCATTGCTGAATCGAGATGGGTG
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TGTCTACTATCAACCAATGAACTAAGGAGCCGACGTGAAAAAAGCAATCG
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GAAAACATGAAGTACATTTTATCTGTGGTGTTGTTGCTGGCTTTGATTGC
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CGTATGTCTTAGCAAATCCTTACAATTGATTGATTGTCCTTATTGTGAAC
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GACTTGCCAGAAAGTCAAGAGTTCTTTCGGACCAAGGGATCACACCTAGA
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GATTTGAGAGACAAATACGACATGGGAAGGATTTGAACGATCGCTTGATG
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TCATGGTTTGTGGCCTTCATGCAATAACGGAAAATATCCTGCAACTTGTA
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CCGCCATCACCGCCATCTTGAAAAGCTTCACAGTAAACAACGCGAACGTG
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TGGCCTTTCTCCTCTTGTGAGAAAGAAAACATGAAGTACATTTTATCTGT
GGTGTTGTTGCTGGCTTTGATTGCCATTGCTGAATCGAGATG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1338MSTRG.1338Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1338.3.p1MSTRG.1338.3.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1338.3.p1.exon9MSTRG.1338.3.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon8MSTRG.1338.3.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon7MSTRG.1338.3.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon6MSTRG.1338.3.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon5MSTRG.1338.3.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon4MSTRG.1338.3.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon3MSTRG.1338.3.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon2MSTRG.1338.3.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1338.3.p1.exon1MSTRG.1338.3.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000006_pilongenomesc0000006_pilon:2018406..2034559 -